jdahlin/medical-notes
1
0
Fork 0
Code Actions Activity

vault backup: 2025-12-06 23:35:49
All checks were successful
Deploy Quartz site to GitHub Pages / build (push) Successful in 1m12s
Details

Browse Source
This commit is contained in:
Johan Dahlin
2025-12-06 23:35:49 +01:00
parent 7d7b2b147b
commit e0534c4d56
5 changed files with 447 additions and 215 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

30
content/Biokemi/Metabolism/Elektrontransportkedjan/Instuderingsuppgifter.md
View File

@@ -6,3 +6,33 @@ tags:
föreläsare: Ingela Parmryd
date: 2025-12-05
---
#### 1. Var i celler finns mitokondrier?
#### 2. Vad kan påverka antalet mitokondrier per cell?
#### 3. Var finns ETK?
#### 4. Vad menas med redoxpotential?
#### 5. Hur mäts standardredoxpotentialen?
#### 6. Från vilka föreningar kommer elektronerna som går in i ETK?
#### 7. Vilka proteinkomplex finns i ETK?
#### 8. Vad händer i komplex I i ETK?
#### 9. Vad händer i komplex III i ETK?
#### 10. Vad händer i komplex IV i ETK?
#### 11. Hur är en cytokrom uppbyggd?
#### 12. Tidigt i ETK används Fe-S kluster för elektrontransport, sent används cytokromer. Varför?
#### 13. Vad krävs för att elektrontransportkedjan ska fungera?
#### 14. Vad är en respirasom?
#### 15. Vilka är beståndsdelarna i den elektrokemiska gradienten?
#### 16. Hur kan protoner pumpas över ett membran?
#### 17. Vad innebär oxidativ fosforylering?
#### 18. Hur är ATP-syntaset uppbyggt?
#### 19. Var hittas L, T och O konfiguration hos ATP-syntaset och vad sker där?
#### 20. Hur sker växling mellan L, T och O form hos ATP-syntaset?
#### 21. Hur många protoner passerar mitokondriens inre membran per varv ATP-syntaset roterar?
#### 22. Hur många protoner behöver passera mitokondriens inre membran för att ATP-syntaset ska generera en ATP?
#### 23. Hur transporteras protoner genom mitokondriens inre membran med hjälp av ATP-syntaset?
#### 24. Vad är en shunt?
#### 25. Hur kan NADH transporteras från cytoplasman till mitokondriens matrix?
#### 26. Hur transporteras ATP ut från mitokondriens matrix?
#### 27. Hur transporteras fosfat till mitokondriens matrix?
#### 28. Vad gör en frikopplare och vad får det för konsekvenser?
#### 29. Vad gör cyanid till ett gift?
#### 30. Hur många ATP kan utvinnas från en glukosmolekyl vid aerob metabolism?

20
content/Biokemi/Metabolism/Glukoneogenes/Instuderingsuppgifter.md
View File

@@ -6,3 +6,23 @@ tags:
- instuderingsuppgifter
date: 2025-12-03
---
#### 1. När sker glukoneogenes?
#### 2. Var i cellen sker glukoneogenes?
#### 3. De flesta stegen i glykolysen är reversibla, men det finns tre undantag. Vilka är de tre
#### undantagen och vad skiljer dem från de övriga stegen i glykolysen?
#### 4. Vilken reaktion katalyseras av enzymet pyruvatkarboxylas och hur sker reaktionen?
#### 5. Vad är biotin och vad har det för roll i glukoneogenesen?
#### 6. I vilken form kan koldioxid förekomma i vattenlösning?
#### 7. Hur transporteras oxalacetat ut ur mitokondrier?
#### 8. Vilken reaktion katalyseras av enzymet fosfoenolpyruvatkarboxykinas?
#### 9. I vilken vävnad finns glukos 6-fosfatas, varför finns det där och vilken reaktion katalyserar enzymet?
#### 10. Vad karaktäriserar ett bifunktionellt enzym?
#### 11. På vilket sätt kan triacylglycerider användas för glukoneogenes?
#### 12. Vilka aminosyror är glukogena?
#### 13. Vilka glukogena metaboliter kan bildas från aminosyror?
#### 14. När bildas laktat som slutprodukt i glykolysen och varför?
#### 15. Hur kan laktat som bildas i skelettmuskler användas för glukoneogenes?
#### 16. Vilka celltyper kan använda laktat som energikälla och hur gör de det?
#### 17. Vilka föreningar inhiberar respektive stimulerar glukoneogenes?
#### 18. Hur säkerställs det att glykolys och glukoneogenes inte är fullt aktiva på samma gång?
#### 19. På vilken tidsskala verkar olika regleringsmekanismer?

8
wip/static.py
View File

@@ -35,7 +35,13 @@ class MyExtension(Extension):
def extendMarkdown(self, md):
md.preprocessors.register(ObsidianImage(md), 'mypattern', 175)
m = Markdown(extensions=[MyExtension()])
m = Markdown(
extensions=[MyExtension(), "mdx_math"],
extension_configs={
"mdx_math": {
"enable_dollar_delimiter": True
}
})
env.filters["markdown"] = m.convert
output = root_dir / "test.html"

275
wip/templates/base.html
View File

@@ -1,120 +1,191 @@
<html lang="en">
<head>
<meta charset="utf-8">
<style>
/* Root scales + light/dark system colors */
:root {
color-scheme: light dark;
--font-body: system-ui, -apple-system, "Segoe UI", Roboto, sans-serif;
--font-mono: ui-monospace, "SF Mono", Menlo, monospace;
--max-width: 70ch;
--line-height: 1.6;
--space: 1.25rem;
--radius: 6px;
}
<meta charset="utf-8">
<style>
/* Root scales + light/dark system colors */
:root {
color-scheme: light dark;
--font-body: system-ui, -apple-system, "Segoe UI", Roboto, sans-serif;
--font-mono: ui-monospace, "SF Mono", Menlo, monospace;
--max-width: 70ch;
--line-height: 1.6;
--space: 1.25rem;
--radius: 6px;
}
body {
margin: 0 auto;
max-width: var(--max-width);
padding: calc(var(--space) * 1.2);
font-family: var(--font-body);
line-height: var(--line-height);
font-size: 1rem;
word-wrap: break-word;
text-rendering: optimizeLegibility;
}
body {
margin: 0 auto;
max-width: var(--max-width);
padding: calc(var(--space) * 1.2);
font-family: var(--font-body);
line-height: var(--line-height);
font-size: 1rem;
word-wrap: break-word;
text-rendering: optimizeLegibility;
}
/* Color auto-adjusts with system theme */
@media (prefers-color-scheme: light) {
body { background: #fafafa; color: #222; }
a { color: #0645ad; }
code, pre { background: #f0f0f0; }
hr { border-color: #ddd; }
}
@media (prefers-color-scheme: dark) {
body { background: #111; color: #ddd; }
a { color: #7bbaff; }
code, pre { background: #222; }
hr { border-color: #333; }
}
/* Color auto-adjusts with system theme */
@media (prefers-color-scheme: light) {
body {
background: #fafafa;
color: #222;
}
p, ul, ol, blockquote, pre, table {
margin: var(--space) 0;
}
a {
color: #0645ad;
}
/* Headings: predictable rhythm, not oversized */
h1, h2, h3, h4, h5, h6 {
line-height: 1.25;
margin: calc(var(--space) * 1.6) 0 var(--space);
font-weight: 600;
}
h1 { font-size: 1.8rem; }
h2 { font-size: 1.45rem; }
h3 { font-size: 1.25rem; }
h4 { font-size: 1.1rem; }
h5, h6 { font-size: 1rem; }
code, pre {
background: #f0f0f0;
}
/* Lists */
ul, ol {
padding-inline-start: 1.4rem;
margin-block-start: var(--space);
}
li { margin: 0.3rem 0; }
hr {
border-color: #ddd;
}
}
/* Code */
code, pre {
font-family: var(--font-mono);
font-size: 0.9rem;
border-radius: var(--radius);
}
pre {
padding: 0.75rem 1rem;
overflow-x: auto;
}
@media (prefers-color-scheme: dark) {
body {
background: #111;
color: #ddd;
}
/* Tables */
table {
width: 100%;
border-collapse: collapse;
font-size: 0.95rem;
}
th, td {
padding: 0.5rem 0.75rem;
border: 1px solid currentcolor;
border-opacity: 0.2;
}
th { font-weight: 600; }
a {
color: #7bbaff;
}
/* Blockquotes */
blockquote {
padding: 0.75rem 1rem;
border-inline-start: 4px solid currentcolor;
border-opacity: 0.4;
opacity: 0.9;
}
code, pre {
background: #222;
}
/* Images & media */
img, video {
max-width: 100%;
height: auto;
display: block;
border-radius: var(--radius);
margin: var(--space) 0;
}
hr {
border-color: #333;
}
}
/* Horizontal rule */
hr {
margin: calc(var(--space) * 2) 0;
border: none;
border-bottom: 1px solid;
opacity: 0.2;
}
</style>
<title>{{note.title}}</title>
p, ul, ol, blockquote, pre, table {
margin: var(--space) 0;
}
/* Headings: predictable rhythm, not oversized */
h1, h2, h3, h4, h5, h6 {
line-height: 1.25;
margin: calc(var(--space) * 1.6) 0 var(--space);
font-weight: 600;
}
h1 {
font-size: 1.8rem;
}
h2 {
font-size: 1.45rem;
}
h3 {
font-size: 1.25rem;
}
h4 {
font-size: 1.1rem;
}
h5, h6 {
font-size: 1rem;
}
/* Lists */
ul, ol {
padding-inline-start: 1.4rem;
margin-block-start: var(--space);
}
li {
margin: 0.3rem 0;
}
/* Code */
code, pre {
font-family: var(--font-mono);
font-size: 0.9rem;
border-radius: var(--radius);
}
pre {
padding: 0.75rem 1rem;
overflow-x: auto;
}
/* Tables */
table {
width: 100%;
border-collapse: collapse;
font-size: 0.95rem;
}
th, td {
padding: 0.5rem 0.75rem;
border: 1px solid currentcolor;
border-opacity: 0.2;
}
th {
font-weight: 600;
}
/* Blockquotes */
blockquote {
padding: 0.75rem 1rem;
border-inline-start: 4px solid currentcolor;
border-opacity: 0.4;
opacity: 0.9;
}
/* Images & media */
img, video {
max-width: 100%;
height: auto;
display: block;
border-radius: var(--radius);
margin: var(--space) 0;
}
/* Horizontal rule */
hr {
margin: calc(var(--space) * 2) 0;
border: none;
border-bottom: 1px solid;
opacity: 0.2;
}
</style>
<title>{{note.title}}</title>
<script type="text/javascript" src="https://cdn.jsdelivr.net/npm/mathjax@2/MathJax.js">
</script>
<script type="text/x-mathjax-config">
MathJax.Hub.Config({
config: ["MMLorHTML.js"],
jax: ["input/TeX", "output/HTML-CSS", "output/NativeMML"],
extensions: ["MathMenu.js", "MathZoom.js"]
});
</script>
</head>
<body>
<h1>{{note.title}}</h1>
{{note.frontmatter}}
<ul>
{% for key, value in note.frontmatter.items() %}
<li>
<strong>{{key}}</strong>
{% if key == 'tags' %}
{% for tag in value %}
#{{tag}}
{% endfor %}
{% else %}
{{value}}
{% endif %}
</li>
{% endfor %}
</ul>
{{note.our_content | markdown}}
</body>
</html>

329
wip/test.html
View File

@@ -1,114 +1,209 @@
<html lang="en">
<head>
<meta charset="utf-8">
<style>
/* Root scales + light/dark system colors */
:root {
color-scheme: light dark;
--font-body: system-ui, -apple-system, "Segoe UI", Roboto, sans-serif;
--font-mono: ui-monospace, "SF Mono", Menlo, monospace;
--max-width: 70ch;
--line-height: 1.6;
--space: 1.25rem;
--radius: 6px;
}
<meta charset="utf-8">
<style>
/* Root scales + light/dark system colors */
:root {
color-scheme: light dark;
--font-body: system-ui, -apple-system, "Segoe UI", Roboto, sans-serif;
--font-mono: ui-monospace, "SF Mono", Menlo, monospace;
--max-width: 70ch;
--line-height: 1.6;
--space: 1.25rem;
--radius: 6px;
}
body {
margin: 0 auto;
max-width: var(--max-width);
padding: calc(var(--space) * 1.2);
font-family: var(--font-body);
line-height: var(--line-height);
font-size: 1rem;
word-wrap: break-word;
text-rendering: optimizeLegibility;
}
body {
margin: 0 auto;
max-width: var(--max-width);
padding: calc(var(--space) * 1.2);
font-family: var(--font-body);
line-height: var(--line-height);
font-size: 1rem;
word-wrap: break-word;
text-rendering: optimizeLegibility;
}
/* Color auto-adjusts with system theme */
@media (prefers-color-scheme: light) {
body { background: #fafafa; color: #222; }
a { color: #0645ad; }
code, pre { background: #f0f0f0; }
hr { border-color: #ddd; }
}
@media (prefers-color-scheme: dark) {
body { background: #111; color: #ddd; }
a { color: #7bbaff; }
code, pre { background: #222; }
hr { border-color: #333; }
}
/* Color auto-adjusts with system theme */
@media (prefers-color-scheme: light) {
body {
background: #fafafa;
color: #222;
}
p, ul, ol, blockquote, pre, table {
margin: var(--space) 0;
}
a {
color: #0645ad;
}
/* Headings: predictable rhythm, not oversized */
h1, h2, h3, h4, h5, h6 {
line-height: 1.25;
margin: calc(var(--space) * 1.6) 0 var(--space);
font-weight: 600;
}
h1 { font-size: 1.8rem; }
h2 { font-size: 1.45rem; }
h3 { font-size: 1.25rem; }
h4 { font-size: 1.1rem; }
h5, h6 { font-size: 1rem; }
code, pre {
background: #f0f0f0;
}
/* Lists */
hr {
border-color: #ddd;
}
}
/* Code */
code, pre {
font-family: var(--font-mono);
font-size: 0.9rem;
border-radius: var(--radius);
}
pre {
padding: 0.75rem 1rem;
overflow-x: auto;
}
@media (prefers-color-scheme: dark) {
body {
background: #111;
color: #ddd;
}
/* Tables */
table {
width: 100%;
border-collapse: collapse;
font-size: 0.95rem;
}
th, td {
padding: 0.5rem 0.75rem;
border: 1px solid currentcolor;
border-opacity: 0.2;
}
th { font-weight: 600; }
a {
color: #7bbaff;
}
/* Blockquotes */
blockquote {
padding: 0.75rem 1rem;
border-inline-start: 4px solid currentcolor;
border-opacity: 0.4;
opacity: 0.9;
}
code, pre {
background: #222;
}
/* Images & media */
img, video {
max-width: 100%;
height: auto;
display: block;
border-radius: var(--radius);
margin: var(--space) 0;
}
hr {
border-color: #333;
}
}
/* Horizontal rule */
hr {
margin: calc(var(--space) * 2) 0;
border: none;
border-bottom: 1px solid;
opacity: 0.2;
} </style>
<title>Anteckningar</title>
p, ul, ol, blockquote, pre, table {
margin: var(--space) 0;
}
/* Headings: predictable rhythm, not oversized */
h1, h2, h3, h4, h5, h6 {
line-height: 1.25;
margin: calc(var(--space) * 1.6) 0 var(--space);
font-weight: 600;
}
h1 {
font-size: 1.8rem;
}
h2 {
font-size: 1.45rem;
}
h3 {
font-size: 1.25rem;
}
h4 {
font-size: 1.1rem;
}
h5, h6 {
font-size: 1rem;
}
/* Lists */
ul, ol {
padding-inline-start: 1.4rem;
margin-block-start: var(--space);
}
li {
margin: 0.3rem 0;
}
/* Code */
code, pre {
font-family: var(--font-mono);
font-size: 0.9rem;
border-radius: var(--radius);
}
pre {
padding: 0.75rem 1rem;
overflow-x: auto;
}
/* Tables */
table {
width: 100%;
border-collapse: collapse;
font-size: 0.95rem;
}
th, td {
padding: 0.5rem 0.75rem;
border: 1px solid currentcolor;
border-opacity: 0.2;
}
th {
font-weight: 600;
}
/* Blockquotes */
blockquote {
padding: 0.75rem 1rem;
border-inline-start: 4px solid currentcolor;
border-opacity: 0.4;
opacity: 0.9;
}
/* Images & media */
img, video {
max-width: 100%;
height: auto;
display: block;
border-radius: var(--radius);
margin: var(--space) 0;
}
/* Horizontal rule */
hr {
margin: calc(var(--space) * 2) 0;
border: none;
border-bottom: 1px solid;
opacity: 0.2;
}
</style>
<title>Anteckningar</title>
<script type="text/javascript" src="https://cdn.jsdelivr.net/npm/mathjax@2/MathJax.js">
</script>
<script type="text/x-mathjax-config">
MathJax.Hub.Config({
config: ["MMLorHTML.js"],
jax: ["input/TeX", "output/HTML-CSS", "output/NativeMML"],
extensions: ["MathMenu.js", "MathZoom.js"]
});
</script>
</head>
<body>
<h1>Anteckningar</h1>
{'föreläsare': 'Ingela Parmryd', 'tags': ['biokemi', 'anteckningar', 'transport-över-cellmembran'], 'date': datetime.date(2025, 11, 25)}
<ul>
<li>
<strong>föreläsare</strong>
Ingela Parmryd
</li>
<li>
<strong>tags</strong>
#biokemi
#anteckningar
#transport-över-cellmembran
</li>
<li>
<strong>date</strong>
2025-11-25
</li>
</ul>
<p>Diffusion är något INTE behöver hjälp
Passiv vs Aktiv transport
Faciliterad diffusion</p>
@@ -132,8 +227,8 @@ Faciliterad diffusion</p>
<h2>Diffusion över membran</h2>
<p>Vad är lättast att diffunder?
- lättast → svårast
- (små) hydrofoba, $O_2$ (stora kommer här också)
- små polära $H_2O$ (osmos)
- (små) hydrofoba, <script type="math/tex">O_2</script> (stora kommer här också)
- små polära <script type="math/tex">H_2O</script> (osmos)
- stora polära, glykos (kolhydrater)
- joner, laddade har det svårast (aminosyrer, nukleotider)</p>
<hr />
@@ -145,7 +240,8 @@ Faciliterad diffusion</p>
<h3>Transportörer/Bärarproteiner</h3>
<ul>
<li>transport av polära moleklyer</li>
<li>$k_m$ uppnår mättnad är när alla transportörer är upptagna</li>
<li>
<script type="math/tex">k_m</script> uppnår mättnad är när alla transportörer är upptagna</li>
</ul>
<p>GLUT1-5 har olika affinitet för glukos
Varje transportör kan ta ungefär ~1000 molekyler per sekund
@@ -153,11 +249,13 @@ Högre i blodet och ECM, transport av glukos sker oftast inåt i cellen
Hastigheten beror på
- antal transportprotein
- hur hög koncentration</p>
<p>$\Delta G = RTln(C_2/C_1)$
<p>
<script type="math/tex">\Delta G = RTln(C_2/C_1)</script>
C1 = till
C2 = från</p>
<p>Q: Behöver vi kunna formeln. Svaret är att vi inte behöver en miniräknare på tentan.</p>
<h3>Diffusion av $H_2O$</h3>
<h3>Diffusion av <script type="math/tex">H_2O</script>
</h3>
<p>Fysiologiskt salt ~150mM = isotonisk
- Det är så mkt joner vi har i miljön runt om och i våra celler
- Har man exakt händer ingenting
@@ -180,14 +278,15 @@ C2 = från</p>
<li>Utsöndring av svett och tårar</li>
<li>Passiv transport</li>
<li>Epitel - njurar</li>
<li>Det här går mkt snabbare $10^6$ /s 𝛼-poriner</li>
<li>Det här går mkt snabbare <script type="math/tex">10^6</script> /s 𝛼-poriner</li>
<li>Faciliterad diffusion</li>
</ul>
<h3>Jonkanalerna</h3>
<ul>
<li>Faciliterar diffusion pendlar mellan att vara öppna eller stängda</li>
<li>Faciliterad diffusion</li>
<li>$10^6$ /s per kanal<ul>
<li>
<script type="math/tex">10^6</script> /s per kanal<ul>
<li>men bara öppna någon millisekund</li>
</ul>
</li>
@@ -209,7 +308,8 @@ C2 = från</p>
<hr />
<h3>Transporthastigheten genom jonkanaler styrs av skillnader i koncentrations- och elektriska gradienter</h3>
<p>Beroende av andra joner
$\Delta G = RT ln(C_2/C_1) + ZF\Delta V$</p>
<script type="math/tex">\Delta G = RT ln(C_2/C_1) + ZF\Delta V</script>
</p>
<p><strong>R:</strong> gaskonstanten = 8.314 J·mol⁻¹·K⁻¹
<strong>T:</strong> absoluta temperaturen i Kelvin (t.ex. 310 K för 37°C)
<strong>C₂:</strong> koncentration <em>utanför</em> cellen
@@ -232,16 +332,18 @@ $\Delta G = RT ln(C_2/C_1) + ZF\Delta V$</p>
<p>S4 positivt laddad, känner av ändring i membranpotential
padel fälls upp vid aktivering</p>
<hr />
<h3>$K^+$-kanalen passar $K^+$ perfekt om dehydratisering sker</h3>
<h3>
<script type="math/tex">K^+</script>-kanalen passar <script type="math/tex">K^+</script> perfekt om dehydratisering sker</h3>
<p>Selektivitetsfilter K+-kanalen
Det känner igen storlek, konkurrerar mot Na och Ka.
$NA^+$ 0.95 Å
$K^+$ 1.33 Å</p>
<script type="math/tex">NA^+</script> 0.95 Å
<script type="math/tex">K^+</script> 1.33 Å</p>
<p>För att passa den här kanalen som är 3 Å,
Dehydratiseras, bort med vatten
Binder till röda grupper som är karbonylgrupper
Dehydratisering av $K^+$ ger lika många bindingar i filtret som till $H_2O$
1000 gr höre selektivitet för $K^+$ än $Na^+$</p>
Dehydratisering av <script type="math/tex">K^+</script> ger lika många bindingar i filtret som till <script type="math/tex">H_2O</script>
1000 gr höre selektivitet för <script type="math/tex">K^+</script> än <script type="math/tex">Na^+</script>
</p>
<p>Kostar energi att föra igenom Na+, då blir det inte effektivt
Transport via repulsion i fyra bindingsställning (skjutsa vidare)</p>
<p>Na⁺ är mindre → har mycket högre laddningstäthet → binder vatten hårdare. Att ta bort vatten kostar därför mer energi för Na⁺ än för K⁺.</p>
@@ -270,7 +372,8 @@ Fri passage för <em>små</em> hydrofila molekyler/joner &lt; kDa</p>
Synkronisering:
- finns mkt i hjärtat så allt drar åt sig samtidigt
- livmoder för forlossning, för sammandrarning
- stängs av $[Ca^{2+}]$ går upp eller $[H^+]$</p>
- stängs av <script type="math/tex">[Ca^{2+}]</script> går upp eller <script type="math/tex">[H^+]</script>
</p>
<hr />
<h1>Aktiv transport</h1>
<p>mot gradient
@@ -349,8 +452,10 @@ CFTR-muterat cystisk firos, ABC-transportör. Segare slem i lungorna, olika mkt
<li>Antiporter<ul>
<li><em>sekundär aktiv transport</em></li>
<li>två föreningar, olika håll<ul>
<li>en med gradient - nästan alltid $Na^+_{(in)}$</li>
<li>en mot gradient - tex $Ca^{2+}_{(in)}$</li>
<li>en med gradient - nästan alltid <script type="math/tex">Na^+_{(in)}</script>
</li>
<li>en mot gradient - tex <script type="math/tex">Ca^{2+}_{(in)}</script>
</li>
</ul>
</li>
</ul>