vault backup: 2025-12-07 00:38:57

wip/static.py

@@ -9,7 +9,7 @@ from obsidian_parser import Vault
 
 
 root_dir = pathlib.Path(__file__).parent
-vault = Vault(root_dir / ".." / "content")
+vault = Vault(root_dir.parent / "content")
 note = vault.get_note("Biokemi/Cellulära processer/Transport över cellmembran/Anteckningar.md")
 loader = jinja2.FileSystemLoader(root_dir / "templates")
 env = jinja2.Environment(loader=loader)
@@ -31,17 +31,29 @@ class ObsidianImage(Preprocessor):
         return new_lines
 
 
-class MyExtension(Extension):
+class ObsidianImageExtension(Extension):
     def extendMarkdown(self, md):
-        md.preprocessors.register(ObsidianImage(md), 'mypattern', 175)
+        md.preprocessors.register(ObsidianImage(md), 'obsidianimage', 175)
 
 m = Markdown(
-    extensions=[MyExtension(), "mdx_math"],
+    extensions=[
+        "mdx_math",
+        "mdx_truly_sane_lists",
+        "nl2br",
+        "sane_lists",
+        ObsidianImageExtension(),
+    ],
     extension_configs={
         "mdx_math": {
             "enable_dollar_delimiter": True
-        }
-    })
+        },
+        'mdx_truly_sane_lists': {
+            'nested_indent': 2,
+            'truly_sane': True,
+        },
+    },
+    #tab_length=2,
+)
 env.filters["markdown"] = m.convert
 
 output = root_dir / "test.html"

wip/test.html

@@ -180,7 +180,6 @@
         
     </li>
 
-
     <li>
         <strong>tags</strong>
         
@@ -194,7 +193,6 @@
         
     </li>
 
-
     <li>
         <strong>date</strong>
         
@@ -202,38 +200,37 @@
         
     </li>
 
-
 </ul>
-<p>Diffusion är något INTE behöver hjälp
-Passiv vs Aktiv transport
+<p>Diffusion är något INTE behöver hjälp<br />
+Passiv vs Aktiv transport<br />
 Faciliterad diffusion</p>
-<p>plasmamembransystem
-- tar in och tar
-- när det går ut, börjar det i 
-    - ER → Golgi → sekretoriska vesiklar → PM eller 
-    - ER → golgi → PM
-    - heter sekretoriska vägen
-    - 
-- när det går ut
-    - tidigt endosom → sen endosom → lysosom
-- Vad påverkar utgången?
-    - tjocklek
-    - kolesterol i membranet
-    - mättade fettsyror/acylgrupper
-    - tätare packning
-- Vad påverkar ingången?
+<p>plasmamembransystem<br />
+- tar in och tar<br />
+- när det går ut, börjar det i <br />
+    - ER → Golgi → sekretoriska vesiklar → PM eller <br />
+    - ER → golgi → PM<br />
+    - heter sekretoriska vägen<br />
+    - <br />
+- när det går ut<br />
+    - tidigt endosom → sen endosom → lysosom<br />
+- Vad påverkar utgången?<br />
+    - tjocklek<br />
+    - kolesterol i membranet<br />
+    - mättade fettsyror/acylgrupper<br />
+    - tätare packning<br />
+- Vad påverkar ingången?<br />
     - permeabilitet (hur genomsläppligt)</p>
 <hr />
 <h2>Diffusion över membran</h2>
-<p>Vad är lättast att diffunder?
-- lättast → svårast
-    - (små) hydrofoba, <script type="math/tex">O_2</script> (stora kommer här också)
-    - små polära <script type="math/tex">H_2O</script> (osmos)
-    - stora polära, glykos (kolhydrater) 
+<p>Vad är lättast att diffunder?<br />
+- lättast → svårast<br />
+    - (små) hydrofoba, <script type="math/tex">O_2</script> (stora kommer här också)<br />
+    - små polära <script type="math/tex">H_2O</script> (osmos)<br />
+    - stora polära, glykos (kolhydrater) <br />
     - joner, laddade har det svårast (aminosyrer, nukleotider)</p>
 <hr />
-<p>Glukostransportörer faciliterar diffusion
-<img src='../content/attachments/Pasted image 20251125132516.png'/>
+<p>Glukostransportörer faciliterar diffusion<br />
+<img src='../content/attachments/Pasted image 20251125132516.png'/><br />
 Även kallade bärarproteiner </p>
 <h1>Passiv transport</h1>
 <p>med gradienten - Man behöver inte tillföra energi, använder energin som tillför gradienten </p>
@@ -243,32 +240,33 @@ Faciliterad diffusion</p>
 <li>
 <script type="math/tex">k_m</script> uppnår mättnad är när alla transportörer är upptagna</li>
 </ul>
-<p>GLUT1-5 har olika affinitet för glukos
-Varje transportör kan ta ungefär ~1000 molekyler per sekund
-Högre i blodet och ECM, transport av glukos sker oftast inåt i cellen
-Hastigheten beror på
-- antal transportprotein
+<p>GLUT1-5 har olika affinitet för glukos<br />
+Varje transportör kan ta ungefär ~1000 molekyler per sekund<br />
+Högre i blodet och ECM, transport av glukos sker oftast inåt i cellen<br />
+Hastigheten beror på<br />
+- antal transportprotein<br />
 - hur hög koncentration</p>
 <p>
 <script type="math/tex">\Delta G = RTln(C_2/C_1)</script>
-C1 = till
+<br />
+C1 = till<br />
 C2 = från</p>
 <p>Q: Behöver vi kunna formeln. Svaret är att vi inte behöver en miniräknare på tentan.</p>
 <h3>Diffusion av <script type="math/tex">H_2O</script>
 </h3>
-<p>Fysiologiskt salt ~150mM = isotonisk
-- Det är så mkt joner vi har i miljön runt om och i våra celler
-- Har man exakt händer ingenting
-- Har man mer eller mindre så händer osmos
-- hypertonisk, högre saltkoncentration
-    - då kommer vatten gå ut ur cellen för att xxx koncentrationsgradienten
-    - Då får vi en cell som krymper
-- hypotonisk, lägre saltkoncentration
-    - då försöker vattnet att ta sig in
-    - då sväller cellen
-    - när det kommer in för mycket vatten så går den sönder, då säger den lysering
-        - man kan använda saltlösning för att få ut innehållet i en cell
-        - sen centrifugerar man så man får ut sina mitokondrier
+<p>Fysiologiskt salt ~150mM = isotonisk<br />
+- Det är så mkt joner vi har i miljön runt om och i våra celler<br />
+- Har man exakt händer ingenting<br />
+- Har man mer eller mindre så händer osmos<br />
+- hypertonisk, högre saltkoncentration<br />
+    - då kommer vatten gå ut ur cellen för att xxx koncentrationsgradienten<br />
+    - Då får vi en cell som krymper<br />
+- hypotonisk, lägre saltkoncentration<br />
+    - då försöker vattnet att ta sig in<br />
+    - då sväller cellen<br />
+    - när det kommer in för mycket vatten så går den sönder, då säger den lysering<br />
+        - man kan använda saltlösning för att få ut innehållet i en cell<br />
+        - sen centrifugerar man så man får ut sina mitokondrier<br />
 - osmos = strävar mot utjämning av koncentrationsgradienten</p>
 <hr />
 <h3>Diffusion av vatten faciliteras av aquaporiner</h3>
@@ -292,14 +290,12 @@ C2 = från</p>
 </li>
 <li>Pendlar mellan öppen och stängd</li>
 <li>Aktiveras betyder att den öppnas<ul>
-<li>ligandbindning - kommer någonting utanför cellen, får en konformationsändring och öppnar sig<ul>
-<li>i sliden nämns att det kan t.ex. vara acetylkolin</li>
-<li>elektriskt rocka, har 20k per kvmm, det gör att det kan komma upp i höga spänningar</li>
-</ul>
+<li>ligandbindning - kommer någonting utanför cellen, får en konformationsändring och öppnar sig<pre><code>- i sliden nämns att det kan t.ex. vara acetylkolin
+- elektriskt rocka, har 20k per kvmm, det gör att det kan komma upp i höga spänningar
+</code></pre>
 </li>
-<li>ändring av spänning<ul>
-<li>membranpotential, skillnad mellan joner över ett membran</li>
-</ul>
+<li>ändring av spänning<pre><code>- membranpotential, skillnad mellan joner över ett membran
+</code></pre>
 </li>
 <li>mekaniskt</li>
 </ul>
@@ -307,15 +303,15 @@ C2 = från</p>
 </ul>
 <hr />
 <h3>Transporthastigheten genom jonkanaler styrs av skillnader i koncentrations- och elektriska gradienter</h3>
-<p>Beroende av andra joner
+<p>Beroende av andra joner<br />
 <script type="math/tex">\Delta G = RT ln(C_2/C_1) + ZF\Delta V</script>
 </p>
-<p><strong>R:</strong> gaskonstanten = 8.314 J·mol⁻¹·K⁻¹
-<strong>T:</strong> absoluta temperaturen i Kelvin (t.ex. 310 K för 37°C)
-<strong>C₂:</strong> koncentration <em>utanför</em> cellen
-<strong>C₁:</strong> koncentration <em>innanför</em> cellen
-<strong>Z:</strong> jonens laddning (t.ex. Na⁺ = +1, Ca²⁺ = +2, Cl⁻ = –1)
-<strong>F:</strong> Faradays konstant (≈ 96 485 C/mol), laddning per mol elektroner
+<p><strong>R:</strong> gaskonstanten = 8.314 J·mol⁻¹·K⁻¹<br />
+<strong>T:</strong> absoluta temperaturen i Kelvin (t.ex. 310 K för 37°C)<br />
+<strong>C₂:</strong> koncentration <em>utanför</em> cellen<br />
+<strong>C₁:</strong> koncentration <em>innanför</em> cellen<br />
+<strong>Z:</strong> jonens laddning (t.ex. Na⁺ = +1, Ca²⁺ = +2, Cl⁻ = –1)<br />
+<strong>F:</strong> Faradays konstant (≈ 96 485 C/mol), laddning per mol elektroner<br />
 <strong>ΔV:</strong> skillnaden i membranpotential (V₂ – V₁), mäts i volt</p>
 <hr />
 <h3>Hur skulle en jonkanal vara uppbyggd?</h3>
@@ -326,64 +322,65 @@ C2 = från</p>
 </ul>
 <hr />
 <h3>Uppbyggnaden av katjonkanaler är konserverad</h3>
-<p><img src='../content/attachments/Pasted image 20251125135429.png'/>
-- central por av helix S5 och S6
+<p><img src='../content/attachments/Pasted image 20251125135429.png'/><br />
+- central por av helix S5 och S6<br />
 - S1-4 bildar paddel utanför por</p>
-<p>S4 positivt laddad, känner av ändring i membranpotential
+<p>S4 positivt laddad, känner av ändring i membranpotential<br />
 padel fälls upp vid aktivering</p>
 <hr />
 <h3>
 <script type="math/tex">K^+</script>-kanalen passar <script type="math/tex">K^+</script> perfekt om dehydratisering sker</h3>
-<p>Selektivitetsfilter K+-kanalen
-Det känner igen storlek, konkurrerar mot Na och Ka.
-    <script type="math/tex">NA^+</script> 0.95 Å 
-    <script type="math/tex">K^+</script> 1.33 Å</p>
-<p>För att passa den här kanalen som är 3 Å, 
-Dehydratiseras, bort med vatten
-Binder till röda grupper som är karbonylgrupper
+<p>Selektivitetsfilter K+-kanalen<br />
+Det känner igen storlek, konkurrerar mot Na och Ka.<br />
+<script type="math/tex">NA^+</script> 0.95 Å <br />
+<script type="math/tex">K^+</script> 1.33 Å</p>
+<p>För att passa den här kanalen som är 3 Å, <br />
+Dehydratiseras, bort med vatten<br />
+Binder till röda grupper som är karbonylgrupper<br />
 Dehydratisering av <script type="math/tex">K^+</script> ger lika många bindingar i filtret som till <script type="math/tex">H_2O</script>
+<br />
 1000 gr höre selektivitet för <script type="math/tex">K^+</script> än <script type="math/tex">Na^+</script>
 </p>
-<p>Kostar energi att föra igenom Na+, då blir det inte effektivt
+<p>Kostar energi att föra igenom Na+, då blir det inte effektivt<br />
 Transport via repulsion i fyra bindingsställning (skjutsa vidare)</p>
 <p>Na⁺ är mindre → har mycket högre laddningstäthet → binder vatten hårdare. Att ta bort vatten kostar därför mer energi för Na⁺ än för K⁺.</p>
-<p><strong>Varför kan K⁺ passera utan kostnad?</strong>
+<p><strong>Varför kan K⁺ passera utan kostnad?</strong><br />
 Selektivitetsfiltret är byggt exakt för K⁺-storlek: karbonylgrupperna sitter så att de ersätter <em>precis</em> de vattenbindningar K⁺ förlorar. Energin blir nästan neutral.</p>
 <hr />
 <h3>Jonkanal stängs snabbt efter att ha öppnats</h3>
-<p>Bolldomän i cytoplasman med en länk med ett bindningsställe i den aktiverade, öppna kanalen den kan binda in till
-- I öppen kanal blir <em>bindningen</em>→inaktiverad
-- States
-    - Closed hänger och slänger
-    - Open precis utanför
+<p>Bolldomän i cytoplasman med en länk med ett bindningsställe i den aktiverade, öppna kanalen den kan binda in till<br />
+- I öppen kanal blir <em>bindningen</em>→inaktiverad<br />
+- States<br />
+    - Closed hänger och slänger<br />
+    - Open precis utanför<br />
     - Inactivated inne i hållet</p>
 <p>Kanalen stängs efter ms efter aktivering</p>
-<p>Acetylkolinreceptorn är en receptor för ormgift
+<p>Acetylkolinreceptorn är en receptor för ormgift<br />
 Alkaliner, cuarve, hämar transport av jonkanaler</p>
 <p>kanaler och transportförer har olika mekanismer för att öppna och stänga</p>
 <hr />
 <h3>Kanalfogar</h3>
 <p>(gap junctions)</p>
-<p>Möliggör snabb transport mellan celler
-Förbinder cytoplasman
-Uppbyggda av konnexinringar
+<p>Möliggör snabb transport mellan celler<br />
+Förbinder cytoplasman<br />
+Uppbyggda av konnexinringar<br />
 Fri passage för <em>små</em> hydrofila molekyler/joner &lt; kDa</p>
-<p>Näringsöverföring: lins &amp; ben
-Synkronisering: 
-- finns mkt i hjärtat så allt drar åt sig samtidigt
-- livmoder för forlossning, för sammandrarning
+<p>Näringsöverföring: lins &amp; ben<br />
+Synkronisering: <br />
+- finns mkt i hjärtat så allt drar åt sig samtidigt<br />
+- livmoder för forlossning, för sammandrarning<br />
 - stängs av <script type="math/tex">[Ca^{2+}]</script> går upp eller <script type="math/tex">[H^+]</script>
 </p>
 <hr />
 <h1>Aktiv transport</h1>
-<p>mot gradient
+<p>mot gradient<br />
 kräver energitillsförsel</p>
-<p>Det finns jongradienter i däggdjursceller
-- Na+ lågt i högt utanför
-- K högt inne, lågt utanför
+<p>Det finns jongradienter i däggdjursceller<br />
+- Na+ lågt i högt utanför<br />
+- K högt inne, lågt utanför<br />
 - Cl lågt inne, högt utanför</p>
 <h4>Na+–K+ ATPaset, en jonpump</h4>
-<p>1/3 av all energi i alla celler används till det här
+<p>1/3 av all energi i alla celler används till det här<br />
 (mer i vissa celler än andra)</p>
 <ul>
 <li>Nervsignalering</li>
@@ -399,25 +396,25 @@ kräver energitillsförsel</p>
 <li>4: 2 Ka+ binder in på ECM-sidan</li>
 <li>5: Defosfylering</li>
 <li>6: Eversion, K+ frisläpps i cytoplasman</li>
-<li>Alltid Na+ cytoplasma→ECM och Ka+ ECM→cytoplasma
+<li>Alltid Na+ cytoplasma→ECM och Ka+ ECM→cytoplasma<br />
 Finns 70 st andra kända pumpar</li>
 </ul>
 </li>
 </ul>
 <hr />
 <h4>Kardiotona steoider hämmar Na+-K+ ATPaset</h4>
-<p>Används som läkemedel för personer som har hjärtsvikt, leder till starkar kontraktioner av hjärtmuskler
+<p>Används som läkemedel för personer som har hjärtsvikt, leder till starkar kontraktioner av hjärtmuskler<br />
 Läkemedel heter Digitoxin, Onabain som man kan plocka från växter</p>
 <p>Behöver veta vad det här proteinet gör</p>
 <hr />
 <h4>ABC-transportörer ändrar konformation när de binder och hydrolyserar ATP</h4>
-<p>ATP-bindande kasett
-Kräver två ATP per transportcykel
-Används för att transportera ut socker i eukaryota (i prokaryoter in)
-1. Substrat binder från cytoplasman
-2. Konformationsändring - ökad affinitet för ATP
-3. ATP binder - eversion (vänder)
-4. Substrat frisläpps ECM
+<p>ATP-bindande kasett<br />
+Kräver två ATP per transportcykel<br />
+Används för att transportera ut socker i eukaryota (i prokaryoter in)<br />
+1. Substrat binder från cytoplasman<br />
+2. Konformationsändring - ökad affinitet för ATP<br />
+3. ATP binder - eversion (vänder)<br />
+4. Substrat frisläpps ECM<br />
 5. Defosfylering 2 ATP → 2 ADP, konformationsändring, eversion</p>
 <p>Ställer till besvär inom medicinen, skickar in hydrofoba föreningar. Många läkemedel är hydrofoba. Men sådana här proteiner finns det som inducerar läkemedel, multidrog-resistans, när de fått en så skickar de ut. Men de skickar ut andra läkemedel också</p>
 <h4>MDR-multidrogresistens</h4>
@@ -425,7 +422,7 @@ Används för att transportera ut socker i eukaryota (i prokaryoter in)
 <li>ABC-transportör</li>
 <li>Skickar ut xenobiotika=kroppsfrämmande</li>
 <li>Induceras t.ex. av läkemedel</li>
-<li>Blir fler om de utsätts av mkt
+<li>Blir fler om de utsätts av mkt<br />
 CFTR-muterat cystisk firos, ABC-transportör. Segare slem i lungorna, olika mkt vatten som attraheras till det här slemmet.</li>
 </ul>
 <hr />
@@ -439,9 +436,8 @@ CFTR-muterat cystisk firos, ABC-transportör. Segare slem i lungorna, olika mkt
 </ul>
 </li>
 <li>Symport<ul>
-<li><em>sekundär aktiv transport</em><ul>
-<li>p-typ ATP eller ABC-transportörer heter <em>primär aktiv transport</em></li>
-</ul>
+<li><em>sekundär aktiv transport</em><pre><code>- p-typ ATP eller ABC-transportörer heter *primär aktiv transport*
+</code></pre>
 </li>
 <li>två föreningar, samma håll</li>
 <li>använder en gradient för att skapa en annan</li>
@@ -451,12 +447,9 @@ CFTR-muterat cystisk firos, ABC-transportör. Segare slem i lungorna, olika mkt
 </li>
 <li>Antiporter<ul>
 <li><em>sekundär aktiv transport</em></li>
-<li>två föreningar, olika håll<ul>
-<li>en med gradient - nästan alltid <script type="math/tex">Na^+_{(in)}</script>
-</li>
-<li>en mot gradient - tex <script type="math/tex">Ca^{2+}_{(in)}</script>
-</li>
-</ul>
+<li>två föreningar, olika håll<pre><code>- en med gradient - nästan alltid $Na^+_{(in)}$
+- en mot gradient - tex $Ca^{2+}_{(in)}$
+</code></pre>
 </li>
 </ul>
 </li>
@@ -467,16 +460,16 @@ CFTR-muterat cystisk firos, ABC-transportör. Segare slem i lungorna, olika mkt
 <h3>Glukosupptag från tarmarna involverar transportörer av olika typer Begrepp</h3>
 <p>I samma cell kan man ha olika typer av transport av samma typ av</p>
 <h1>Summary</h1>
-<p>transportör med gradient
-hyperton mer joner, ut vatten
-hypoton mindre joner, in vatten
-aquaporiner släpper bara igenom vatten
-jonkanaler behöver aktiveras 3 st (ligand, potential, mekaniska dragningar)
-primärt om ATP är med i reaktionen
-sekundär om ATP hjälpt till att bygga upp gradienten
-kanalfogar binder ihop små celler, t.ex. näring i benceller
-Jongradienter Na/Kalium mkt inne/ut på av ATPaset-pump
-ABC kräver 2 ATP fosfo+defosfo
+<p>transportör med gradient<br />
+hyperton mer joner, ut vatten<br />
+hypoton mindre joner, in vatten<br />
+aquaporiner släpper bara igenom vatten<br />
+jonkanaler behöver aktiveras 3 st (ligand, potential, mekaniska dragningar)<br />
+primärt om ATP är med i reaktionen<br />
+sekundär om ATP hjälpt till att bygga upp gradienten<br />
+kanalfogar binder ihop små celler, t.ex. näring i benceller<br />
+Jongradienter Na/Kalium mkt inne/ut på av ATPaset-pump<br />
+ABC kräver 2 ATP fosfo+defosfo<br />
 MDR inblandat i pumpar</p>
 </body>
 </html>