From 231942679792488c7b639cb9bd066139afb629aa Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Johan Dahlin Date: Sun, 7 Dec 2025 00:38:57 +0100 Subject: [PATCH] vault backup: 2025-12-07 00:38:57 --- wip/static.py | 24 ++++-- wip/test.html | 231 ++++++++++++++++++++++++-------------------------- 2 files changed, 130 insertions(+), 125 deletions(-) diff --git a/wip/static.py b/wip/static.py index 909d054..2de6e1d 100644 --- a/wip/static.py +++ b/wip/static.py @@ -9,7 +9,7 @@ from obsidian_parser import Vault root_dir = pathlib.Path(__file__).parent -vault = Vault(root_dir / ".." / "content") +vault = Vault(root_dir.parent / "content") note = vault.get_note("Biokemi/Cellulära processer/Transport över cellmembran/Anteckningar.md") loader = jinja2.FileSystemLoader(root_dir / "templates") env = jinja2.Environment(loader=loader) @@ -31,17 +31,29 @@ class ObsidianImage(Preprocessor): return new_lines -class MyExtension(Extension): +class ObsidianImageExtension(Extension): def extendMarkdown(self, md): - md.preprocessors.register(ObsidianImage(md), 'mypattern', 175) + md.preprocessors.register(ObsidianImage(md), 'obsidianimage', 175) m = Markdown( - extensions=[MyExtension(), "mdx_math"], + extensions=[ + "mdx_math", + "mdx_truly_sane_lists", + "nl2br", + "sane_lists", + ObsidianImageExtension(), + ], extension_configs={ "mdx_math": { "enable_dollar_delimiter": True - } - }) + }, + 'mdx_truly_sane_lists': { + 'nested_indent': 2, + 'truly_sane': True, + }, + }, + #tab_length=2, +) env.filters["markdown"] = m.convert output = root_dir / "test.html" diff --git a/wip/test.html b/wip/test.html index 6a956e3..0681109 100644 --- a/wip/test.html +++ b/wip/test.html @@ -180,7 +180,6 @@ -
  • tags @@ -194,7 +193,6 @@
    • -
  • date @@ -202,38 +200,37 @@
    • - -

    Diffusion är något INTE behöver hjälp -Passiv vs Aktiv transport +

    Diffusion är något INTE behöver hjälp
    +Passiv vs Aktiv transport
    Faciliterad diffusion

    -

    plasmamembransystem -- tar in och tar -- när det går ut, börjar det i - - ER → Golgi → sekretoriska vesiklar → PM eller - - ER → golgi → PM - - heter sekretoriska vägen - - -- när det går ut - - tidigt endosom → sen endosom → lysosom -- Vad påverkar utgången? - - tjocklek - - kolesterol i membranet - - mättade fettsyror/acylgrupper - - tätare packning -- Vad påverkar ingången? +

    plasmamembransystem
    +- tar in och tar
    +- när det går ut, börjar det i
    + - ER → Golgi → sekretoriska vesiklar → PM eller
    + - ER → golgi → PM
    + - heter sekretoriska vägen
    + -
    +- när det går ut
    + - tidigt endosom → sen endosom → lysosom
    +- Vad påverkar utgången?
    + - tjocklek
    + - kolesterol i membranet
    + - mättade fettsyror/acylgrupper
    + - tätare packning
    +- Vad påverkar ingången?
    - permeabilitet (hur genomsläppligt)

    Diffusion över membran

    -

    Vad är lättast att diffunder? -- lättast → svårast - - (små) hydrofoba, (stora kommer här också) - - små polära (osmos) - - stora polära, glykos (kolhydrater) +

    Vad är lättast att diffunder?
    +- lättast → svårast
    + - (små) hydrofoba, (stora kommer här också)
    + - små polära (osmos)
    + - stora polära, glykos (kolhydrater)
    - joner, laddade har det svårast (aminosyrer, nukleotider)

    -

    Glukostransportörer faciliterar diffusion - +

    Glukostransportörer faciliterar diffusion
    +
    Även kallade bärarproteiner

    Passiv transport

    med gradienten - Man behöver inte tillföra energi, använder energin som tillför gradienten

    @@ -243,32 +240,33 @@ Faciliterad diffusion

  • uppnår mättnad är när alla transportörer är upptagna
    • -

    GLUT1-5 har olika affinitet för glukos -Varje transportör kan ta ungefär ~1000 molekyler per sekund -Högre i blodet och ECM, transport av glukos sker oftast inåt i cellen -Hastigheten beror på -- antal transportprotein +

    GLUT1-5 har olika affinitet för glukos
    +Varje transportör kan ta ungefär ~1000 molekyler per sekund
    +Högre i blodet och ECM, transport av glukos sker oftast inåt i cellen
    +Hastigheten beror på
    +- antal transportprotein
    - hur hög koncentration

    -C1 = till +
    +C1 = till
    C2 = från

    Q: Behöver vi kunna formeln. Svaret är att vi inte behöver en miniräknare på tentan.

    Diffusion av

    -

    Fysiologiskt salt ~150mM = isotonisk -- Det är så mkt joner vi har i miljön runt om och i våra celler -- Har man exakt händer ingenting -- Har man mer eller mindre så händer osmos -- hypertonisk, högre saltkoncentration - - då kommer vatten gå ut ur cellen för att xxx koncentrationsgradienten - - Då får vi en cell som krymper -- hypotonisk, lägre saltkoncentration - - då försöker vattnet att ta sig in - - då sväller cellen - - när det kommer in för mycket vatten så går den sönder, då säger den lysering - - man kan använda saltlösning för att få ut innehållet i en cell - - sen centrifugerar man så man får ut sina mitokondrier +

    Fysiologiskt salt ~150mM = isotonisk
    +- Det är så mkt joner vi har i miljön runt om och i våra celler
    +- Har man exakt händer ingenting
    +- Har man mer eller mindre så händer osmos
    +- hypertonisk, högre saltkoncentration
    + - då kommer vatten gå ut ur cellen för att xxx koncentrationsgradienten
    + - Då får vi en cell som krymper
    +- hypotonisk, lägre saltkoncentration
    + - då försöker vattnet att ta sig in
    + - då sväller cellen
    + - när det kommer in för mycket vatten så går den sönder, då säger den lysering
    + - man kan använda saltlösning för att få ut innehållet i en cell
    + - sen centrifugerar man så man får ut sina mitokondrier
    - osmos = strävar mot utjämning av koncentrationsgradienten

    Diffusion av vatten faciliteras av aquaporiner

    @@ -292,14 +290,12 @@ C2 = från

  • Pendlar mellan öppen och stängd
  • Aktiveras betyder att den öppnas @@ -307,15 +303,15 @@ C2 = från

    Transporthastigheten genom jonkanaler styrs av skillnader i koncentrations- och elektriska gradienter

    -

    Beroende av andra joner +

    Beroende av andra joner

    -

    R: gaskonstanten = 8.314 J·mol⁻¹·K⁻¹ -T: absoluta temperaturen i Kelvin (t.ex. 310 K för 37°C) -C₂: koncentration utanför cellen -C₁: koncentration innanför cellen -Z: jonens laddning (t.ex. Na⁺ = +1, Ca²⁺ = +2, Cl⁻ = –1) -F: Faradays konstant (≈ 96 485 C/mol), laddning per mol elektroner +

    R: gaskonstanten = 8.314 J·mol⁻¹·K⁻¹
    +T: absoluta temperaturen i Kelvin (t.ex. 310 K för 37°C)
    +C₂: koncentration utanför cellen
    +C₁: koncentration innanför cellen
    +Z: jonens laddning (t.ex. Na⁺ = +1, Ca²⁺ = +2, Cl⁻ = –1)
    +F: Faradays konstant (≈ 96 485 C/mol), laddning per mol elektroner
    ΔV: skillnaden i membranpotential (V₂ – V₁), mäts i volt

    Hur skulle en jonkanal vara uppbyggd?

    @@ -326,64 +322,65 @@ C2 = från

    Uppbyggnaden av katjonkanaler är konserverad

    -

    -- central por av helix S5 och S6 +


    +- central por av helix S5 och S6
    - S1-4 bildar paddel utanför por

    -

    S4 positivt laddad, känner av ändring i membranpotential +

    S4 positivt laddad, känner av ändring i membranpotential
    padel fälls upp vid aktivering

    -kanalen passar perfekt om dehydratisering sker

    -

    Selektivitetsfilter K+-kanalen -Det känner igen storlek, konkurrerar mot Na och Ka. - 0.95 Å - 1.33 Å

    -

    För att passa den här kanalen som är 3 Å, -Dehydratiseras, bort med vatten -Binder till röda grupper som är karbonylgrupper +

    Selektivitetsfilter K+-kanalen
    +Det känner igen storlek, konkurrerar mot Na och Ka.
    + 0.95 Å
    + 1.33 Å

    +

    För att passa den här kanalen som är 3 Å,
    +Dehydratiseras, bort med vatten
    +Binder till röda grupper som är karbonylgrupper
    Dehydratisering av ger lika många bindingar i filtret som till +
    1000 gr höre selektivitet för än

    -

    Kostar energi att föra igenom Na+, då blir det inte effektivt +

    Kostar energi att föra igenom Na+, då blir det inte effektivt
    Transport via repulsion i fyra bindingsställning (skjutsa vidare)

    Na⁺ är mindre → har mycket högre laddningstäthet → binder vatten hårdare. Att ta bort vatten kostar därför mer energi för Na⁺ än för K⁺.

    -

    Varför kan K⁺ passera utan kostnad? +

    Varför kan K⁺ passera utan kostnad?
    Selektivitetsfiltret är byggt exakt för K⁺-storlek: karbonylgrupperna sitter så att de ersätter precis de vattenbindningar K⁺ förlorar. Energin blir nästan neutral.

    Jonkanal stängs snabbt efter att ha öppnats

    -

    Bolldomän i cytoplasman med en länk med ett bindningsställe i den aktiverade, öppna kanalen den kan binda in till -- I öppen kanal blir bindningen→inaktiverad -- States - - Closed hänger och slänger - - Open precis utanför +

    Bolldomän i cytoplasman med en länk med ett bindningsställe i den aktiverade, öppna kanalen den kan binda in till
    +- I öppen kanal blir bindningen→inaktiverad
    +- States
    + - Closed hänger och slänger
    + - Open precis utanför
    - Inactivated inne i hållet

    Kanalen stängs efter ms efter aktivering

    -

    Acetylkolinreceptorn är en receptor för ormgift +

    Acetylkolinreceptorn är en receptor för ormgift
    Alkaliner, cuarve, hämar transport av jonkanaler

    kanaler och transportförer har olika mekanismer för att öppna och stänga

    Kanalfogar

    (gap junctions)

    -

    Möliggör snabb transport mellan celler -Förbinder cytoplasman -Uppbyggda av konnexinringar +

    Möliggör snabb transport mellan celler
    +Förbinder cytoplasman
    +Uppbyggda av konnexinringar
    Fri passage för små hydrofila molekyler/joner < kDa

    -

    Näringsöverföring: lins & ben -Synkronisering: -- finns mkt i hjärtat så allt drar åt sig samtidigt -- livmoder för forlossning, för sammandrarning +

    Näringsöverföring: lins & ben
    +Synkronisering:
    +- finns mkt i hjärtat så allt drar åt sig samtidigt
    +- livmoder för forlossning, för sammandrarning
    - stängs av går upp eller

    Aktiv transport

    -

    mot gradient +

    mot gradient
    kräver energitillsförsel

    -

    Det finns jongradienter i däggdjursceller -- Na+ lågt i högt utanför -- K högt inne, lågt utanför +

    Det finns jongradienter i däggdjursceller
    +- Na+ lågt i högt utanför
    +- K högt inne, lågt utanför
    - Cl lågt inne, högt utanför

    Na+–K+ ATPaset, en jonpump

    -

    1/3 av all energi i alla celler används till det här +

    1/3 av all energi i alla celler används till det här
    (mer i vissa celler än andra)

    • Kardiotona steoider hämmar Na+-K+ ATPaset

    -

    Används som läkemedel för personer som har hjärtsvikt, leder till starkar kontraktioner av hjärtmuskler +

    Används som läkemedel för personer som har hjärtsvikt, leder till starkar kontraktioner av hjärtmuskler
    Läkemedel heter Digitoxin, Onabain som man kan plocka från växter

    Behöver veta vad det här proteinet gör

    ABC-transportörer ändrar konformation när de binder och hydrolyserar ATP

    -

    ATP-bindande kasett -Kräver två ATP per transportcykel -Används för att transportera ut socker i eukaryota (i prokaryoter in) -1. Substrat binder från cytoplasman -2. Konformationsändring - ökad affinitet för ATP -3. ATP binder - eversion (vänder) -4. Substrat frisläpps ECM +

    ATP-bindande kasett
    +Kräver två ATP per transportcykel
    +Används för att transportera ut socker i eukaryota (i prokaryoter in)
    +1. Substrat binder från cytoplasman
    +2. Konformationsändring - ökad affinitet för ATP
    +3. ATP binder - eversion (vänder)
    +4. Substrat frisläpps ECM
    5. Defosfylering 2 ATP → 2 ADP, konformationsändring, eversion

    Ställer till besvär inom medicinen, skickar in hydrofoba föreningar. Många läkemedel är hydrofoba. Men sådana här proteiner finns det som inducerar läkemedel, multidrog-resistans, när de fått en så skickar de ut. Men de skickar ut andra läkemedel också

    MDR-multidrogresistens

    @@ -425,7 +422,7 @@ Används för att transportera ut socker i eukaryota (i prokaryoter in)
  • ABC-transportör
  • Skickar ut xenobiotika=kroppsfrämmande
  • Induceras t.ex. av läkemedel
    • -
  • Blir fler om de utsätts av mkt +
  • Blir fler om de utsätts av mkt
    CFTR-muterat cystisk firos, ABC-transportör. Segare slem i lungorna, olika mkt vatten som attraheras till det här slemmet.
    • @@ -439,9 +436,8 @@ CFTR-muterat cystisk firos, ABC-transportör. Segare slem i lungorna, olika mkt
  • Symport