vault backup: 2025-12-02 09:06:11

content/Biokemi/Metabolism/Citronsyracykeln/Anteckningar.md

@@ -6,3 +6,117 @@ tags:
 föreläsare: Ingela Parmryd
 date: 2025-12-02
 ---
+# Mitokondrier
+
+- Yttre membran
+- Mellanmembransytrumme (pH ~= 7.2)
+- Inre membranet
+	- ETK, oxidativ fosforylering
+- Matrix
+	- TCA, β-oxidation (katabolism av fettsyror)
+	- pH ~= 8.6 (upp till och med)
+- pga pH har vi en gradient som skapas av ETK och används av oxidativ fosforylering
+- cristae
+	- veckat membran kan vara så långt kan det vara lika långt som 1/3 av **cellens** membran
+	
+![[Pasted image 20251202082256.png]]
+# Coenzym-A
+
+Bärarare av acylgrupper. Har en restgrupp. 
+Kommer från pantotenat (vitamin $B_5$)
+Reaktiv sulfhydrylgrupp, HS-
+
+![[Pasted image 20251202082551.png|200]]
+I bilden ovan har den kopplat av en -tioesterbindning till acylgrupp.
+När man använder Acetyl coenzym A transporteras två kol
+Kinetiskt stabil, termodynamisk instabil
+Tioester resonansstabiliseras så det är fördelaktigt att skicka iväg acylgruppen
+- hade kunnat ske med en esterbindning, om det finns syre
+ester=syre+?
+
+# Pyruvat omvandlas till acetyl-CoA
+Länkar glykolysen och TCA
+
+Pyruvat transporteras till matrix.
+Där stöter de på pyruvatdehydrognas (PDH)
+
+
+glykolys är reversibel, man kan gå tillbaka från pyruvat till glykolysen. Men när man gått över till Acetyl-CoA går inte det, finns två öden:
+- vidare oxidation i TCA
+- fettsyresyntes
+
+Spelar det någon roll vad vi äter?
+- Vi kan **inte** bilda socker av fettsyror
+- Vi kan bilda fettsyror av socker
+
+Metastudier säger att spelar inte så stor roll vad vi äter, bara hur mycket. Kalorier in & ut.
+Mättnadshormon utsöndras om vi äter fett/protein, de utsyndras inte när vi äter kalorier.
+
+
+| Enzym              | In            | Ut                  | Rev? | Reaktion        | Energi                   |
+| ------------------ | ------------- | ------------------- | ---- | --------------- | ------------------------ |
+| pyruvatdehydrognas | CoA + Pyruvat | Acetyl-CoA + $CO_2$ | Nej  | dekarboxylering | $NAD^+$ → $NADH$ + $H^+$ |
+|                    |               |                     |      |                 |                          |
+
+# Pyruvatdehydrogenaskomplexet
+
+Hittar vi i mitokondriens matrix
+- det är hit pyruvat har tagit sig
+Stort som en ribosom
+- består av 3 enzymer många av kopior av vardera enzym
+
+Kopplar man ihop reaktioner blir det effektivt
+- Dekarboxyleringen är väldigt mycket energi Delta G, de andra behöver tillföra energi
+Finns 3 st protetiska grupper
+- reminder: icke-aminosyror som deltar i grupper
+- FAD känner vi igen sen tidigare, bärare av elektroner
+- Lipoamid - liponsyra till Lysin
+	- flexibel "arm"
+	- bildar en arm som flyttar runt produkterna mellan enzymerna i komplexet
+- Tiaminpyrofosfat, kommer ifrån Vitamin $B_1$
+
+Reaktioerna
+
+| Steg | In                                     | Reaktion  | Plats |
+| ---- | -------------------------------------- | --------- | ----- |
+| 1    | Dekarboxylering vid                    |           | $E_1$ |
+| 2    | Lipoamid flyttas från $E_1$ till $E_2$ |           |       |
+| 3    | Acetylgrupp överförs till lipoamid     | oxidation |       |
+| 4    | Bildning av  acetyl-CoA i              |           | $E_2$ |
+| 5    | Återgenering av lipoamid               | oxidation | $E_3$ |
+| 6    | NADH bildas, återbildning av FAD       |           | $E_3$ |
+
+![[Pasted image 20251202084148.png|300]]
+
+----
+
+# Acetyl-CoA kan bildas från fetter, kolhydrater och proteiner
+
+Inte vanligt att man använder sig av proteiner, fetter och kolhydrater är vanligare, främst glukos
+
+![[Pasted image 20251202084530.png|200]]
+
+# Arsenikförgiftning
+
+Arsenikjon $AsO_3^-$ 
+Affinitet för sulfhydridgrupper
+Det blockerar armen som ska flytta runt substrat i Pyruvatdehydrogenaskomplexet PDH
+- klicksilver likaså
+→ blockering av lipoamid
+Motgift: sulfhydridreagent, t.ex. 2,3-dimerkaptoetanol
+
+sulfhydridreagent används för att bryta svavelbryggor i proteiner vid elektrofores
+togs ffram mot Lewisit
+
+Äter man inte höljet på riset får man en sjukdom som eheter Beriberi-brist på vitamin $B_1$
+Det är vanligt förekommande i alkolism, när man inte tar in mycket annat än alkohol och ger samma symptom.
+
+Neurologiska symptom, liknelser mathatter i Alice i Underlandet och kvicksilverlösning
+
+
+Berberi, arsenik och kicksilverförgiftning ger framför allt neruodegenerativa problem. Vad kan vara anledning till det?
+
+- CNS kan bara använda sig av glukos BHB
+- Funkar inte Pyruvatdehydrogenaskomplexet kommer man inte förbi glykolysen
+- ATP produceras främst i ETK, 90%. 
+

content/Biokemi/Metabolism/Citronsyracykeln/Slides.md

@@ -0,0 +1,90 @@
+
+Citronsyracykeln
+LPG001
+Biokemi
+2025-12-02
+Ingela Parmryd
+Frågeställningar
+• Hur är mitokondrier uppbyggda?
+• Vad gör acetyl-CoA till en central metabolit?
+• Vilka reaktioner ingår i citronsyracykeln?
+• Hur och i vilka steg sker fullständig oxidation av kol?
+• Hur regleras citronsyracykeln?
+• Hur är citronsyracykeln kopplad till cancer?
+Citronsyracykelns placering i
+metabolismen
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 15.2
+Mitokondrien – cellens primära
+metabola organell
+Figure 1-33 Molecular Biology of the Cell, Fifth Edition (© Garland Science 2008)
+Coenzym A kan bilda en tioesterbinding
+till acylgrupper
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 15.15
+Acetyl coenzym A förflyttar
+acetylgrupper
+Biochemistry 10:e, Berg et al. sid 516
+Pyruvat omvandlas till acetyl-Coenzym A
+som länkar glykolysen till citronsyracykeln
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 17.4
+Pyruvatdehydrogenaskomplexet
+Central kärna av E2
+omgiven av E1 och E3
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 17.6 & sid 518
+Prostetiska grupper i
+pyruvatdehydrogenaskomplexet
+FAD
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 15.13 & sid 518, 520
+Reaktionerna i
+pyruvatdehydrogenaskomplexet
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 17.8
+Acetyl-CoA kan bildas från fetter,
+kolhydrater och proteiner
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 15.11
+De primära källorna till acetyl-CoA är
+glukos och fettsyror
+Essential Cell Biology, Fifth Edition
+Figur 14.9
+Pyruvatdehydrogenaskomplexet
+hämmas av arsenitjoner
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 17.19
+Vad händer i de olika stegen i
+citronsyracykeln?
+Citronsyracykeln summerad
+acetyl-CoA + 3NAD+ + FAD + ADP + Pi + 2H2O
+CoA + 2CO2 + 3NADH + FADH2 + ATP + 2H+
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 17.2
+Reglering av
+pyruvatdehydrogenaskomplexet
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 17.16
+En översikt av metabolismen
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 15.2
+Metaboliter från glykolysen och citronsyra-
+cykeln kan användas i anabolism
+Essential Cell Biology, Fifth Edition
+Figur 13.14
+Enzymdefekter i citronsyracykeln påverkar
+nedbrytningen av HIF-1
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 16.26
+Begrepp
+Mitokondrier
+Coenzym A
+Tioesterbindning
+Acetyl coenzym A
+Pyruvatdehydrogenaskomplexet
+Prostetisk grupp
+Arsenik- och kvicksilverförgiftning
+Citronsyracykeln
+citrat
+isocitrat
+alfa-ketoglutarat
+succinyl-CoA
+succinat
+fumarat
+malat
+oxalacetat
+Dekarboxylering
+Dehydrogenering
+Reglering av citronsyracykeln
+Kopplingar mellan glykolys, citronsyracykeln och andra metabola vägar
+Hypoxi
+HIF-1