diff --git a/content/Biokemi/Metabolism/Citronsyracykeln/Anteckningar.md b/content/Biokemi/Metabolism/Citronsyracykeln/Anteckningar.md index 78765fe..6c1dd4c 100644 --- a/content/Biokemi/Metabolism/Citronsyracykeln/Anteckningar.md +++ b/content/Biokemi/Metabolism/Citronsyracykeln/Anteckningar.md @@ -6,3 +6,117 @@ tags: föreläsare: Ingela Parmryd date: 2025-12-02 --- +# Mitokondrier + +- Yttre membran +- Mellanmembransytrumme (pH ~= 7.2) +- Inre membranet + - ETK, oxidativ fosforylering +- Matrix + - TCA, β-oxidation (katabolism av fettsyror) + - pH ~= 8.6 (upp till och med) +- pga pH har vi en gradient som skapas av ETK och används av oxidativ fosforylering +- cristae + - veckat membran kan vara så långt kan det vara lika långt som 1/3 av **cellens** membran + +![[Pasted image 20251202082256.png]] +# Coenzym-A + +Bärarare av acylgrupper. Har en restgrupp. +Kommer från pantotenat (vitamin $B_5$) +Reaktiv sulfhydrylgrupp, HS- + +![[Pasted image 20251202082551.png|200]] +I bilden ovan har den kopplat av en -tioesterbindning till acylgrupp. +När man använder Acetyl coenzym A transporteras två kol +Kinetiskt stabil, termodynamisk instabil +Tioester resonansstabiliseras så det är fördelaktigt att skicka iväg acylgruppen +- hade kunnat ske med en esterbindning, om det finns syre +ester=syre+? + +# Pyruvat omvandlas till acetyl-CoA +Länkar glykolysen och TCA + +Pyruvat transporteras till matrix. +Där stöter de på pyruvatdehydrognas (PDH) + + +glykolys är reversibel, man kan gå tillbaka från pyruvat till glykolysen. Men när man gått över till Acetyl-CoA går inte det, finns två öden: +- vidare oxidation i TCA +- fettsyresyntes + +Spelar det någon roll vad vi äter? +- Vi kan **inte** bilda socker av fettsyror +- Vi kan bilda fettsyror av socker + +Metastudier säger att spelar inte så stor roll vad vi äter, bara hur mycket. Kalorier in & ut. +Mättnadshormon utsöndras om vi äter fett/protein, de utsyndras inte när vi äter kalorier. + + +| Enzym | In | Ut | Rev? | Reaktion | Energi | +| ------------------ | ------------- | ------------------- | ---- | --------------- | ------------------------ | +| pyruvatdehydrognas | CoA + Pyruvat | Acetyl-CoA + $CO_2$ | Nej | dekarboxylering | $NAD^+$ → $NADH$ + $H^+$ | +| | | | | | | + +# Pyruvatdehydrogenaskomplexet + +Hittar vi i mitokondriens matrix +- det är hit pyruvat har tagit sig +Stort som en ribosom +- består av 3 enzymer många av kopior av vardera enzym + +Kopplar man ihop reaktioner blir det effektivt +- Dekarboxyleringen är väldigt mycket energi Delta G, de andra behöver tillföra energi +Finns 3 st protetiska grupper +- reminder: icke-aminosyror som deltar i grupper +- FAD känner vi igen sen tidigare, bärare av elektroner +- Lipoamid - liponsyra till Lysin + - flexibel "arm" + - bildar en arm som flyttar runt produkterna mellan enzymerna i komplexet +- Tiaminpyrofosfat, kommer ifrån Vitamin $B_1$ + +Reaktioerna + +| Steg | In | Reaktion | Plats | +| ---- | -------------------------------------- | --------- | ----- | +| 1 | Dekarboxylering vid | | $E_1$ | +| 2 | Lipoamid flyttas från $E_1$ till $E_2$ | | | +| 3 | Acetylgrupp överförs till lipoamid | oxidation | | +| 4 | Bildning av acetyl-CoA i | | $E_2$ | +| 5 | Återgenering av lipoamid | oxidation | $E_3$ | +| 6 | NADH bildas, återbildning av FAD | | $E_3$ | + +![[Pasted image 20251202084148.png|300]] + +---- + +# Acetyl-CoA kan bildas från fetter, kolhydrater och proteiner + +Inte vanligt att man använder sig av proteiner, fetter och kolhydrater är vanligare, främst glukos + +![[Pasted image 20251202084530.png|200]] + +# Arsenikförgiftning + +Arsenikjon $AsO_3^-$ +Affinitet för sulfhydridgrupper +Det blockerar armen som ska flytta runt substrat i Pyruvatdehydrogenaskomplexet PDH +- klicksilver likaså +→ blockering av lipoamid +Motgift: sulfhydridreagent, t.ex. 2,3-dimerkaptoetanol + +sulfhydridreagent används för att bryta svavelbryggor i proteiner vid elektrofores +togs ffram mot Lewisit + +Äter man inte höljet på riset får man en sjukdom som eheter Beriberi-brist på vitamin $B_1$ +Det är vanligt förekommande i alkolism, när man inte tar in mycket annat än alkohol och ger samma symptom. + +Neurologiska symptom, liknelser mathatter i Alice i Underlandet och kvicksilverlösning + + +Berberi, arsenik och kicksilverförgiftning ger framför allt neruodegenerativa problem. Vad kan vara anledning till det? + +- CNS kan bara använda sig av glukos BHB +- Funkar inte Pyruvatdehydrogenaskomplexet kommer man inte förbi glykolysen +- ATP produceras främst i ETK, 90%. + diff --git a/content/Biokemi/Metabolism/Citronsyracykeln/Slides.md b/content/Biokemi/Metabolism/Citronsyracykeln/Slides.md new file mode 100644 index 0000000..5554894 --- /dev/null +++ b/content/Biokemi/Metabolism/Citronsyracykeln/Slides.md @@ -0,0 +1,90 @@ + +Citronsyracykeln +LPG001 +Biokemi +2025-12-02 +Ingela Parmryd +Frågeställningar +• Hur är mitokondrier uppbyggda? +• Vad gör acetyl-CoA till en central metabolit? +• Vilka reaktioner ingår i citronsyracykeln? +• Hur och i vilka steg sker fullständig oxidation av kol? +• Hur regleras citronsyracykeln? +• Hur är citronsyracykeln kopplad till cancer? +Citronsyracykelns placering i +metabolismen +Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 15.2 +Mitokondrien – cellens primära +metabola organell +Figure 1-33 Molecular Biology of the Cell, Fifth Edition (© Garland Science 2008) +Coenzym A kan bilda en tioesterbinding +till acylgrupper +Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 15.15 +Acetyl coenzym A förflyttar +acetylgrupper +Biochemistry 10:e, Berg et al. sid 516 +Pyruvat omvandlas till acetyl-Coenzym A +som länkar glykolysen till citronsyracykeln +Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 17.4 +Pyruvatdehydrogenaskomplexet +Central kärna av E2 +omgiven av E1 och E3 +Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 17.6 & sid 518 +Prostetiska grupper i +pyruvatdehydrogenaskomplexet +FAD +Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 15.13 & sid 518, 520 +Reaktionerna i +pyruvatdehydrogenaskomplexet +Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 17.8 +Acetyl-CoA kan bildas från fetter, +kolhydrater och proteiner +Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 15.11 +De primära källorna till acetyl-CoA är +glukos och fettsyror +Essential Cell Biology, Fifth Edition +Figur 14.9 +Pyruvatdehydrogenaskomplexet +hämmas av arsenitjoner +Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 17.19 +Vad händer i de olika stegen i +citronsyracykeln? +Citronsyracykeln summerad +acetyl-CoA + 3NAD+ + FAD + ADP + Pi + 2H2O +CoA + 2CO2 + 3NADH + FADH2 + ATP + 2H+ +Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 17.2 +Reglering av +pyruvatdehydrogenaskomplexet +Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 17.16 +En översikt av metabolismen +Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 15.2 +Metaboliter från glykolysen och citronsyra- +cykeln kan användas i anabolism +Essential Cell Biology, Fifth Edition +Figur 13.14 +Enzymdefekter i citronsyracykeln påverkar +nedbrytningen av HIF-1 +Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 16.26 +Begrepp +Mitokondrier +Coenzym A +Tioesterbindning +Acetyl coenzym A +Pyruvatdehydrogenaskomplexet +Prostetisk grupp +Arsenik- och kvicksilverförgiftning +Citronsyracykeln +citrat +isocitrat +alfa-ketoglutarat +succinyl-CoA +succinat +fumarat +malat +oxalacetat +Dekarboxylering +Dehydrogenering +Reglering av citronsyracykeln +Kopplingar mellan glykolys, citronsyracykeln och andra metabola vägar +Hypoxi +HIF-1 \ No newline at end of file diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251202082256.png b/content/attachments/Pasted image 20251202082256.png new file mode 100644 index 0000000..4965d4c Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251202082256.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251202082551.png b/content/attachments/Pasted image 20251202082551.png new file mode 100644 index 0000000..8bbbd0f Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251202082551.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251202084148.png b/content/attachments/Pasted image 20251202084148.png new file mode 100644 index 0000000..21cef13 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251202084148.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251202084530.png b/content/attachments/Pasted image 20251202084530.png new file mode 100644 index 0000000..5943810 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251202084530.png differ