vault backup: 2025-11-24 11:46:02

content/Biokemi/Cellulära processer/Kontroll av genuttryck i prokaryoter/Anteckningar.md

@@ -162,3 +162,110 @@ Man hittade först att operon kunde stängas av.
 Det är dit repressorn binder. 
 
 För att hindra någonting att hända, då binder ett repressor dit som sitter som en betongsugga, i vägen så transkriptionen inte kan. Den sitter i vägen, DNA pol kan inte komma in.
+
+
+---
+
+Tryptofan-operonet behövs när det inte finns tryptofan och vice versa
+Tryptofan-operonet kodar för fem olika gener, typ A till E som skapar var sin enzym som krävs för att skapa tryptofan
+
+När det transkriberas så får man ett mRNA för alltihopa, när det translateras
+
+---
+
+Finns det lite tryptofan i omgivningen så behöver operonet uttryckas.
+
+Repressorn är inaktiv när det finns lite 
+
+Trypotfan kan binda till trp repressorn så den inte längre binder
+
+---
+
+### Tillgången på tryptofan reglerar tryptofanrepressorns aktivitet! 
+
+Det finns större variation i major groove, ska man känna igen en specfifik sekvens så behöver en regulator binda där
+
+---
+
+### Lac-operonet
+
+Lac-operonet - kodar för genprodukter som behövs för att bryta ner laktos
+
+----
+
+### Glukos är förstahandsvalet som energikälla i bakterier.
+När det finns mycket glukos i cellerna är alternativa sockerkällor avstängda så att cellen huvudsakligen förbränner glukos. 
+När det finns lite glukos i cellen kan arabinos, laktos eller andra sockermolekyler användas som energikällor. 
+
+Förklarar varför Lac-operonet i normalfallet är avstängt! Vill endast slås på när glukos saknas! Och endast i de fall det finns laktos att tillgå!
+
+Lac-operones slås bara på när det saknas glukos i cellen
+
+----
+
+### Vid reglering av Lac-operonet samverkar en aktivator och en repressor 
+
+Har en cap i transkription som har inget med eukaryoter att göra
+Den sitter i närheten av promotorn för att stimulera att RNA-polymeraset binder.
+Finns repressor, som kan blockera DNA-polymeraset
+
+För att Lac-operonet ska transkribera, behövs repressorn tas bort och en aktiv aktivor som stimular RNA-polymeraset
+
+---
+
+### Aktivatorer stimulerar transkription 
+
+Aktivatorn gör det lättare for pol att hitta till promtorn, behöver inte bara använda sigma-faktorn.
+När den sitter dit kan det bli en kraftig ökning (10000ggr)
+
+Vissa aktivatorer behöver en mindre molekyl, en så kallad co-aktivator som binder till aktivatorn för att den skall vara aktiv.
+
+Skillnad mot sliding clamp? 
+1. RNA polymeras sitter fast väldigt hårt, skapar transkriptionsbubblan  den sitter stabilt
+2. Inte hela världen om en RNA polymeras trillar av, kan börja om igen. Det gäller inte för DNA som måste vara mer noggran
+
+---
+
+### I närvaro av laktos så bildas allolaktos. Binder till repressorn och får den att släppa operatorn
+
+Tvärtom mot tryptofan-operatorn 
+Om det finns glukos närvarande?
+
+---
+
+### Hur regleras aktiviteten hos aktivatorn, d.v.s. proteinet CAP?
+
+I frånvaro av glukos så bildas molekylen cAMP (används för signalering i våra celler också)
+
+När det finns låga glukosnivåer så producerar cAMP som binder till cap-proteinern som kan binda till aktivatorplatsen brevid promotorn och hjälpa till att slå på transkriptionen
+
+När det finns glukos så produceras inte cAMP som inte binder till cap och inget blir aktiveras och det blir ingen transkription
+
+---
+
+Hur samverkar laktos och glukos?
+
+if NOT glukos AND laktos:
+
+fyra situation:
+* NOT glukos AND NOT laktos → av
+* NOT glukos AND laktos → på
+* glukos AND NOT laktos → av
+* glukos AND laktos → av
+
+----
+
+### Antibiotika
+
+Antibiotika är ämnen som producerats av levande organismer i syfte att hålla andra organismer borta
+Inom medicinen används antibiotika för att behandla infektioner, men också vid cancersjukdom
+
+Actinomycin lägger sig mellan basparen i DNA i en hydrofob miljö. Stör t.ex. Transkription och DNA replikation Används vid cancerbehandling t.ex. ovarialcancer 
+
+Interkalation är när ett ämne lägger sig mellan basparen.
+
+----
+
+T7 har ett jätteaktivt DNA och RNA-polymeras på att läsa av DNA
+
+

content/Stoff.md

@@ -18,4 +18,30 @@ I bakterier finns särskilda sigma faktorer för snabb tillväxt, för att skydd
 I bakterier finns bindningsställer för aktivatorer och repressorer nära promotorn
 Regulatoriska sekvenser är platser i DNA där aktivatorer och repressorer binder.
 En operator är en DNA-sekvens till vilken en repressor kan binda för att blockera initiering av transkription.
+Tryptofan-operonet kodar för genprodukter (enzymer) som behövs för att bilda aminosyran tryptofan
+Tryptofan-operonet kodar för fem olika gener, typ A till E som skapar var sin enzym som krävs för att skapa tryptofan
+Finns det lite tryptofan i omgivningen så behöver Tryptofan-operonet uttryckas
+Finns det mycket tryptofan i omgivningen så behöver inte dessa enzymer uttryckas. 
+Trypotfan kan binda till trp repressorn så den inte längre binder
+Tillgången på tryptofan reglerar tryptofanrepressorns aktivitet!
+När E coli har god tillgång på tryptofan i mediet, binder det till repressorn och orsakar en konformationsförändring så att repressorn kan binda till operatorn. 
+Lac-operonet - kodar för genprodukter som behövs för att bryta ner laktos
+När det finns mycket glukos i cellerna är alternativa sockerkällor avstängda så att cellen huvudsakligen förbränner glukos
+När det finns lite glukos i cellen kan arabinos, laktos eller andra sockermolekyler användas som energikällor. 
+Lac-operones slås bara på när det saknas glukos i cellen
+Vid reglering av Lac-operonet samverkar en aktivator och en repressor 
+För att Lac-operonet ska transkribera, behövs repressorn tas bort och en aktiv aktivor som stimular RNA-polymeraset
+I närvaro av laktos så bildas allolaktos. Binder till repressorn och får den att släppa operatorn
+När det finns låga glukosnivåer så producerar cAMP som binder till cap-proteinern som kan binda till aktivatorplatsen brevid promotorn och hjälpa till att slå på transkriptionen
+När det finns glukos så produceras inte cAMP som inte binder till cap och inget blir aktiveras och det blir ingen transkription
+I närvaro av glukos används inte lac-operonet. Även om laktos finns i omgivningen! 
+I frånvaro av glukos slås lac-operonet på! Men bara om det finns laktos i omgivningen! 
+Antibiotika är ämnen som producerats av levande organismer i syfte att hålla andra organismer borta
+Inom medicinen används antibiotika för att behandla infektioner, men också vid cancersjukdom
+Rifampicin binder till beta-subenheten i det bakteriella RNA polymeraset och blockerar elongering (förmåga att transkribera). Används t.ex. vid behandling av tuberkulos 
+Elongering är förmångan att transkribera
+Actinomycin lägger sig mellan basparen i DNA. Stör t.ex. Transkription och DNA replikation Används vid cancerbehandling t.ex. ovarialcancer 
+Bakteriofager infekterar bakterien och utnyttjar cellen för att skapa många nya kopior – bakterien dödas i en s.k. lytisk cykel
+Bakteriofag T7 RNA-polymeras används i ren form för att producera mRNA-vacciner mot t.ex. COVID
+
 ```