From 198c119a1834d7fd3e0490b8864993316659a955 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Johan Dahlin Date: Mon, 24 Nov 2025 11:46:02 +0100 Subject: [PATCH] vault backup: 2025-11-24 11:46:02 --- .../Anteckningar.md | 107 ++++++++++++++++++ content/Stoff.md | 26 +++++ 2 files changed, 133 insertions(+) diff --git a/content/Biokemi/Cellulära processer/Kontroll av genuttryck i prokaryoter/Anteckningar.md b/content/Biokemi/Cellulära processer/Kontroll av genuttryck i prokaryoter/Anteckningar.md index 9d5a85a..d4d9700 100644 --- a/content/Biokemi/Cellulära processer/Kontroll av genuttryck i prokaryoter/Anteckningar.md +++ b/content/Biokemi/Cellulära processer/Kontroll av genuttryck i prokaryoter/Anteckningar.md @@ -162,3 +162,110 @@ Man hittade först att operon kunde stängas av. Det är dit repressorn binder. För att hindra någonting att hända, då binder ett repressor dit som sitter som en betongsugga, i vägen så transkriptionen inte kan. Den sitter i vägen, DNA pol kan inte komma in. + + +--- + +Tryptofan-operonet behövs när det inte finns tryptofan och vice versa +Tryptofan-operonet kodar för fem olika gener, typ A till E som skapar var sin enzym som krävs för att skapa tryptofan + +När det transkriberas så får man ett mRNA för alltihopa, när det translateras + +--- + +Finns det lite tryptofan i omgivningen så behöver operonet uttryckas. + +Repressorn är inaktiv när det finns lite + +Trypotfan kan binda till trp repressorn så den inte längre binder + +--- + +### Tillgången på tryptofan reglerar tryptofanrepressorns aktivitet! + +Det finns större variation i major groove, ska man känna igen en specfifik sekvens så behöver en regulator binda där + +--- + +### Lac-operonet + +Lac-operonet - kodar för genprodukter som behövs för att bryta ner laktos + +---- + +### Glukos är förstahandsvalet som energikälla i bakterier. +När det finns mycket glukos i cellerna är alternativa sockerkällor avstängda så att cellen huvudsakligen förbränner glukos. +När det finns lite glukos i cellen kan arabinos, laktos eller andra sockermolekyler användas som energikällor. + +Förklarar varför Lac-operonet i normalfallet är avstängt! Vill endast slås på när glukos saknas! Och endast i de fall det finns laktos att tillgå! + +Lac-operones slås bara på när det saknas glukos i cellen + +---- + +### Vid reglering av Lac-operonet samverkar en aktivator och en repressor + +Har en cap i transkription som har inget med eukaryoter att göra +Den sitter i närheten av promotorn för att stimulera att RNA-polymeraset binder. +Finns repressor, som kan blockera DNA-polymeraset + +För att Lac-operonet ska transkribera, behövs repressorn tas bort och en aktiv aktivor som stimular RNA-polymeraset + +--- + +### Aktivatorer stimulerar transkription + +Aktivatorn gör det lättare for pol att hitta till promtorn, behöver inte bara använda sigma-faktorn. +När den sitter dit kan det bli en kraftig ökning (10000ggr) + +Vissa aktivatorer behöver en mindre molekyl, en så kallad co-aktivator som binder till aktivatorn för att den skall vara aktiv. + +Skillnad mot sliding clamp? +1. RNA polymeras sitter fast väldigt hårt, skapar transkriptionsbubblan den sitter stabilt +2. Inte hela världen om en RNA polymeras trillar av, kan börja om igen. Det gäller inte för DNA som måste vara mer noggran + +--- + +### I närvaro av laktos så bildas allolaktos. Binder till repressorn och får den att släppa operatorn + +Tvärtom mot tryptofan-operatorn +Om det finns glukos närvarande? + +--- + +### Hur regleras aktiviteten hos aktivatorn, d.v.s. proteinet CAP? + +I frånvaro av glukos så bildas molekylen cAMP (används för signalering i våra celler också) + +När det finns låga glukosnivåer så producerar cAMP som binder till cap-proteinern som kan binda till aktivatorplatsen brevid promotorn och hjälpa till att slå på transkriptionen + +När det finns glukos så produceras inte cAMP som inte binder till cap och inget blir aktiveras och det blir ingen transkription + +--- + +Hur samverkar laktos och glukos? + +if NOT glukos AND laktos: + +fyra situation: +* NOT glukos AND NOT laktos → av +* NOT glukos AND laktos → på +* glukos AND NOT laktos → av +* glukos AND laktos → av + +---- + +### Antibiotika + +Antibiotika är ämnen som producerats av levande organismer i syfte att hålla andra organismer borta +Inom medicinen används antibiotika för att behandla infektioner, men också vid cancersjukdom + +Actinomycin lägger sig mellan basparen i DNA i en hydrofob miljö. Stör t.ex. Transkription och DNA replikation Används vid cancerbehandling t.ex. ovarialcancer + +Interkalation är när ett ämne lägger sig mellan basparen. + +---- + +T7 har ett jätteaktivt DNA och RNA-polymeras på att läsa av DNA + + diff --git a/content/Stoff.md b/content/Stoff.md index a216044..9ec901c 100644 --- a/content/Stoff.md +++ b/content/Stoff.md @@ -18,4 +18,30 @@ I bakterier finns särskilda sigma faktorer för snabb tillväxt, för att skydd I bakterier finns bindningsställer för aktivatorer och repressorer nära promotorn Regulatoriska sekvenser är platser i DNA där aktivatorer och repressorer binder. En operator är en DNA-sekvens till vilken en repressor kan binda för att blockera initiering av transkription. +Tryptofan-operonet kodar för genprodukter (enzymer) som behövs för att bilda aminosyran tryptofan +Tryptofan-operonet kodar för fem olika gener, typ A till E som skapar var sin enzym som krävs för att skapa tryptofan +Finns det lite tryptofan i omgivningen så behöver Tryptofan-operonet uttryckas +Finns det mycket tryptofan i omgivningen så behöver inte dessa enzymer uttryckas. +Trypotfan kan binda till trp repressorn så den inte längre binder +Tillgången på tryptofan reglerar tryptofanrepressorns aktivitet! +När E coli har god tillgång på tryptofan i mediet, binder det till repressorn och orsakar en konformationsförändring så att repressorn kan binda till operatorn. +Lac-operonet - kodar för genprodukter som behövs för att bryta ner laktos +När det finns mycket glukos i cellerna är alternativa sockerkällor avstängda så att cellen huvudsakligen förbränner glukos +När det finns lite glukos i cellen kan arabinos, laktos eller andra sockermolekyler användas som energikällor. +Lac-operones slås bara på när det saknas glukos i cellen +Vid reglering av Lac-operonet samverkar en aktivator och en repressor +För att Lac-operonet ska transkribera, behövs repressorn tas bort och en aktiv aktivor som stimular RNA-polymeraset +I närvaro av laktos så bildas allolaktos. Binder till repressorn och får den att släppa operatorn +När det finns låga glukosnivåer så producerar cAMP som binder till cap-proteinern som kan binda till aktivatorplatsen brevid promotorn och hjälpa till att slå på transkriptionen +När det finns glukos så produceras inte cAMP som inte binder till cap och inget blir aktiveras och det blir ingen transkription +I närvaro av glukos används inte lac-operonet. Även om laktos finns i omgivningen! +I frånvaro av glukos slås lac-operonet på! Men bara om det finns laktos i omgivningen! +Antibiotika är ämnen som producerats av levande organismer i syfte att hålla andra organismer borta +Inom medicinen används antibiotika för att behandla infektioner, men också vid cancersjukdom +Rifampicin binder till beta-subenheten i det bakteriella RNA polymeraset och blockerar elongering (förmåga att transkribera). Används t.ex. vid behandling av tuberkulos +Elongering är förmångan att transkribera +Actinomycin lägger sig mellan basparen i DNA. Stör t.ex. Transkription och DNA replikation Används vid cancerbehandling t.ex. ovarialcancer +Bakteriofager infekterar bakterien och utnyttjar cellen för att skapa många nya kopior – bakterien dödas i en s.k. lytisk cykel +Bakteriofag T7 RNA-polymeras används i ren form för att producera mRNA-vacciner mot t.ex. COVID + ``` \ No newline at end of file