Johan Dahlin
e8b17576bb
All checks were successful
Deploy Quartz site to GitHub Pages / build (push) Successful in 1m40s
198 lines
15 KiB
Markdown
198 lines
15 KiB
Markdown
|
||
[[Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/index]]
|
||
### Lipider
|
||
• Energi-lager: fria fettsyror och triacylglycerol. 
|
||
• Membranlipider; amfipatibegreppet. 
|
||
• Kolesterol (struktur ska kunnas). 
|
||
• Fosfolipider (principiell struktur ska kunnas). 
|
||
• Glykolipider (principiell struktur ska kunnas). 
|
||
• Bildning av miceller och membran. 
|
||
• Transportformer: översikt om lipoproteiners struktur och funktion.
|
||
*Beskriva lipiders struktur och biologiska funktioner.*
|
||
### Från aminosyror till proteiner
|
||
• Primära aminosyror: uppbyggnad och joniseringstillstånd. 
|
||
• Stereoisomerer. 
|
||
• De 20 aminosyrornas kemiska egenskaper och principiella struktur. 
|
||
• Kovalent modifiering av aminosyror. 
|
||
• Peptidbindningen; prolin och cystein – speciella egenskaper. 
|
||
• Primär-, sekundär-, tertiär- och kvartärstruktur. 
|
||
• a-helixar och b-flak: uppbyggnad och stabilisering. 
|
||
• Principer för proteinveckning; stabilisering av 3D-struktur. 
|
||
• Disulfidbindningar; protein-disulfidisomeras. 
|
||
• Chaperoner och chaperoniner. 
|
||
• Prioner. 
|
||
*Redogöra för aminosyrornas egenskaper och hur de kan interagera.*
|
||
*Redogöra för de olika nivåerna av proteinveckning.*
|
||
### Kolhydrater. Struktur
|
||
• Kolhydraters struktur: aldos/ketos, isomeri, ringbildning, glykosidisk bindning. 
|
||
• Monosackarider: glukos (struktur ska kunnas), galaktos, N-acetylglukosamin, N-acetylgalatosamin, fukos, sialinsyra. 
|
||
• Disackarider: laktos, galaktosemi, laktosintolerans. 
|
||
• Glykokonjugat: glykoproteiner (N-/O-länkade), glykolipider, proteoglykaner (principiell struktur ska kunnas), mucopolysackaridos. 
|
||
• Diversitet - AB0-systemet. 
|
||
*Beskriva kolhydraters struktur och biologiska roller.*
|
||
### Att utforska proteiner
|
||
• Proteom-begreppet. 
|
||
• Proteiners kemiska/fysikaliska egenskaper som grund för rening. 
|
||
• Gelfiltrering, jonbytes- och affinitetskromatografi. 
|
||
• Elektrofores: SDS-PAGE, isoelektrisk fokusering. 
|
||
• Immunologiska tekniker och ”blottning”; antikropp/antigen. 
|
||
• Mono- vs polyklonala antikroppar. 
|
||
• ELISA-princip och kliniska exempel. 
|
||
• Struktur-bestämning: röntgenkristallografi, NMR, cryo-EM. 
|
||
|
||
### Hemoglobin
|
||
• Receptor-ligand-interaktion. 
|
||
• Myoglobin och hemoglobin: struktur (porfyrinring, Fe). 
|
||
• Kooperativitet; syrebindningsförmåga. 
|
||
• Alloster reglering: CO₂, H⁺, BPG – molekylär bakgrund. 
|
||
• Mättnadskurvor; syretransport till vävnad. 
|
||
• HbF vs HbA – konsekvenser. 
|
||
• Sickle-cell-anemi: molekylär bakgrund. 
|
||
### Nukleotider
|
||
• Centrala dogmen: replikation, transkription, translation, genetisk kod, läsram. 
|
||
• Enzymer: DNA-pol, RNA-pol, ribosom. 
|
||
• Nukleotider/nukleosider: principiell struktur. 
|
||
• Komplementär basparning; stabilitet hos dsDNA/RNA. 
|
||
• Ribonukleotidreduktas. 
|
||
|
||
### Biokemi ur ett evolutionsperspektiv
|
||
• Evolution: grundkoncept, livets evolution, RNA-värld, endosymbios; tillämpningar. 
|
||
• DNA-replikation: grundläggande processer; replikationsgaffel/repliosom. 
|
||
• Enzymaktiviteter: endo-/exonukleas, restriktionsendonukleaser, omvänt transkriptas, DNA-ligas. 
|
||
• Processivitet och proofreading. 
|
||
• DNA-topologi: superhelicitet, topoisomeraser. 
|
||
• Transkription: RNA-pol I/II/III; capping, polyadenylering, splicing; snRNA. 
|
||
• Prokaryot transkription: särdrag; koppling transkription-translation; operon; bakteriofag; plasmid. 
|
||
• Kromatin: DNA-organisation; nukleosom; kromatin-nybildning. 
|
||
• Replikationsstart i eukaryoter: ARS/ori; ORC, CDC6, MCM; cellcykelkoppling; telomerer. 
|
||
• Translation: tRNA-struktur/funktion; aminoacylering; ribosom; initiering/elongering/translokation/terminering; reglering. 
|
||
• Termodynamikens 3 lagar; H, S, G, ΔG, E0′; exergon/endregon; aktiveringsenergi; standardtillstånd; kopplade reaktioner. 
|
||
• Enzymer I: aktiveringsenergi, övergångstillstånd, katalys. 
|
||
• Enzymer II: aktiva säten; hastighetskonstanter; steady-state; Michaelis-Menten (KM, Vmax, kcat); inhibitorer (kompetitiv/okompetitiv/non-kompetitiv); kofaktorer; vitaminer; kopplade reaktioner; exempel: proteaser (chymotrypsin, katalytisk triad), Ser/Thr- och Tyr-kinaser, fosfataser, syntaser, oxidoreduktaser. 
|
||
• Introduktion till metabolism: energiomvandling; anabolism/katabolism; katabolismens stadier; metaboliter/vägar; ATP, NAD(P)H, FADH₂; fosforyltransferpotential; energikvot; oxidation/reduktion; hydrolys/kondensation; B-vitaminer. 
|
||
• Glykolys: reaktioner/metaboliter; enzymer; substratnivåfosforylering; reglering (alloster, feedforward, feedback); anaerob/aerob; GLUT; Warburg-effekten. 
|
||
• Glykogen: struktur (α-1,4/α-1,6); funktion i lever/muskel; glykogenolys; glykogenes; alloster/hormonell reglering. 
|
||
• Glukoneogenes: reaktioner/enzymer/reglering; PFK-2/FBP-2; substrat; laktatdehydrogenas; Cori-cykeln; laktatets öden. 
|
||
• Citronsyracykeln: PDH-komplex; prostetisk grupp; CoA/acetyl-CoA; reaktioner/enzymer; dekarboxylering; dehydrogenering; reglering; hypoxi, HIF-1. 
|
||
• Betaoxidation och TAG-syntes: fettsyrefrisättning; mitokondrietransport; betaoxidation; ketonkroppar; fettsyra/TAG-syntes. 
|
||
• Elektrontransportkedja/oxidativ fosforylering: mitokondriens suborganeller; redoxpotential; elektronbärare; NADH→O₂; respiration; protonpumpning; elektrokemisk gradient; ATP-syntas; frikopplare; membrantransport; inhibitorer; NADH-shuntar; ATP-utbyte. 
|
||
• Aminosyrametabolism: proteinogena/icke-proteinogena aminosyror; användning; upptag; essentiella/icke-essentiella; glukogena/ketogena; biosyntes; aminotransferaser; PKU; glutamat/glutamatdehydrogenas; ureacykel; extrahepatiska vävnader; kvävetransport; påfyllnadsreaktioner. 
|
||
• Nukleotidnedbrytning: puriner/pyrimidiner; pentoser; skillnader i slutprodukter; pentosfosfat till glykolysintermediär/acetyl-CoA; gikt; två behandlingsstrategier. 
|
||
• Pentosfosfatvägen: NADPH och ribos-5-fosfat – uppgifter; oxidativ/icke-oxidativ fas; koppling till glykolys/glukoneogenes; behovsstyrd slussning; G6PD-brist; oxidativ stress → hemolys. 
|
||
• Kolesterolsyntes: källor; position i metabolism; ATP-citratelyas; HMG-CoA-reduktas (fyra regleringsmekanismer); tre huvudmekanismer för intracellulär kolesterolkontroll; funktion; utsöndring; enterohepatiska kretsloppet. 
|
||
• Heme: syntes; nedbrytning; porfyrier (översikt). 
|
||
• Cellmembran: membranlipider/proteiner; barriärfunktion; membrandomäner; glykokalyx (struktur/igenkänning); cell-cell-interaktioner; adhesionsmolekyler. 
|
||
• Transport över membran: diffusion; faciliterad diffusion; bärarproteiner; aquaporiner; jonkanaler/aktivering; osmos; kanalfogar; aktiv transport (primär/sekundär; P-typ; Na⁺/K⁺-ATPase; ABC-transportörer; MDR-proteiner); uniport/antiport/symport. 
|
||
|
||
Mål
|
||
• Beskriva hur olika bindningar bidrar till strukturen hos makromolekyler. 
|
||
• Beskriva lipiders struktur och biologiska funktioner. 
|
||
• Redogöra för aminosyrornas egenskaper och hur de kan interagera. 
|
||
• Redogöra för de olika nivåerna av proteinveckning. 
|
||
• Beskriva kolhydraters struktur och biologiska roller. 
|
||
• Beskriva metoder för undersökning av proteiners struktur och funktion. 
|
||
• Beskriva hur proteiners funktion beror på proteinstruktur, bindningspartner och enskilda aminosyrors egenskaper. 
|
||
• Beskriva byggstenarna för DNA och RNA, deras syntes och konsekvenser av störd nukleotidsyntes. 
|
||
• Kunna översiktligt beskriva stegen i den centrala dogmen. 
|
||
• Primär- och sekundärstruktur för DNA och RNA (kunna översiktligt). 
|
||
• Övergripande förståelse för utvecklingen av biologiska vägar och biomolekyler. 
|
||
• Beskriva hur DNA replikeras i eukaryota celler. 
|
||
• Funktionen hos enzymer som verkar på DNA. 
|
||
• Beskriva hur information i cellens DNA översätts till RNA. 
|
||
• Modifieringar av eukaryot mRNA (capping, poly(A), splicing). 
|
||
• De typer av DNA som finns i prokaryoter. 
|
||
• Överföring av genetisk information från DNA till RNA i prokaryoter. 
|
||
• Beskriva den eukaryota kromosomens uppbyggnad. 
|
||
• Beskriva hur replikation startar i eukaryota celler. 
|
||
• Beskriva överföringen av genetisk information från mRNA till protein. 
|
||
• Förstå sambandet mellan fri energi, entalpi, entropi och jämviktskonstanter. 
|
||
• Förstå kopplingen mellan biokemiska reaktioner och biomolekyler med högt energi-innehåll. 
|
||
• Redogöra för enzymkinetik och reglering av enzymkatalyserade reaktioner. 
|
||
• Beskriva enzymers och koenzymers struktur och funktion. 
|
||
• Beskriva mekanismer för reglering av proteiners aktivitet. 
|
||
• Redogöra för vad som karaktäriserar anabolism och katabolism, energirika molekyler och cellens energivaluta. 
|
||
• Redogöra för glykolysens reaktioner, enzymer och reglering. 
|
||
• Förstå skillnaden mellan anaerob och aerob glykolys. 
|
||
• Redogöra för glykogens funktion och strukturella uppbyggnad. 
|
||
• Beskriva hur glykogen syntetiseras och bryts ned. 
|
||
• Beskriva hur glykogenmetabolismen styrs via allostera mekanismer och hormonsignalering. 
|
||
• Redogöra för glukoneogenesens reaktioner, enzymer och reglering. 
|
||
• Redogöra för laktats roll i metabolismen. 
|
||
• Redogöra för länken mellan glykolys och citronsyracykeln och dess reglering. 
|
||
• Redogöra för citronsyracykelns reaktioner, enzymer och reglering. 
|
||
• Redogöra för omsättningen av triacylglycerol. 
|
||
• Redogöra för elektrontransporten och dess koppling till protonpumpning. 
|
||
• Redogöra för ATP-syntes via oxidativ fosforylering. 
|
||
• Beskriva hur celler får tillgång till aminosyror och vad dessa kan användas till. 
|
||
• Förstå skillnaden på essentiella och icke-essentiella aminosyror. 
|
||
• Översiktligt redogöra för varifrån aminosyrors α-aminogrupp och kolskelett kommer. 
|
||
• Beskriva reaktionerna katalyserade av ALAT och ASAT. 
|
||
• Beskriva den bakomliggande orsaken till PKU. 
|
||
• Översiktligt beskriva ureacykeln, dess funktion och huvudsakliga reglering. 
|
||
• Redogöra för extrahepatiska vävnaders samspel med levern i aminosyrakatabolism. 
|
||
• Översiktligt beskriva purinnukleotiders nedbrytning. 
|
||
• Redogöra för hur nedbrytning av puriner och pyrimidiner skiljer sig m.a.p. slutprodukter (kväven/kolskelett). 
|
||
• Redogöra för pentosfosfatvägens huvudsakliga funktion. 
|
||
• Ge exempel på vad NADPH och ribos-5-fosfat används till. 
|
||
• Översiktligt beskriva pentosfosfatvägens två faser och interaktion med glykolys/glukoneogenes. 
|
||
• Översiktligt beskriva varför G6PD-brist särskilt påverkar erytrocyter och kan ge hemolys vid oxidativ stress. 
|
||
• Redogöra för kolesterolets omsättning samt huvudprinciper för kolesterolsyntes och reglering. 
|
||
• Redogöra för omsättningen av heme. 
|
||
• Beskriva hur det eukaryota cellmembranet är uppbyggt. 
|
||
• Beskriva mekanismer för transport över cellens plasmamembran. 
|
||
|
||
|
||
|
||
|
||
|
||
|
||
- Beskriva metoder för undersökning av proteiners struktur och funktion.
|
||
- Beskriva hur proteiners funktion beror på proteinstruktur, bindningspartner och enskilda aminosyrors egenskaper.
|
||
- Beskriva byggstenarna för DNA och RNA, deras syntes och konsekvenser av störd nukleotidsyntes.
|
||
- Kunna översiktligt beskriva stegen i den centrala dogmen.
|
||
- Primär- och sekundärstruktur för DNA och RNA (kunna översiktligt).
|
||
- Övergripande förståelse för utvecklingen av biologiska vägar och biomolekyler.
|
||
- Beskriva hur DNA replikeras i eukaryota celler.
|
||
- Funktionen hos enzymer som verkar på DNA.
|
||
- Beskriva hur information i cellens DNA översätts till RNA.
|
||
- Modifieringar av eukaryot mRNA (capping, poly(A), splicing).
|
||
- De typer av DNA som finns i prokaryoter.
|
||
- Överföring av genetisk information från DNA till RNA i prokaryoter.
|
||
- Beskriva den eukaryota kromosomens uppbyggnad.
|
||
- Beskriva hur replikation startar i eukaryota celler.
|
||
- Beskriva överföringen av genetisk information från mRNA till protein.
|
||
- Förstå sambandet mellan fri energi, entalpi, entropi och jämviktskonstanter.
|
||
- Förstå kopplingen mellan biokemiska reaktioner och biomolekyler med högt energi-innehåll.
|
||
- Redogöra för enzymkinetik och reglering av enzymkatalyserade reaktioner.
|
||
- Beskriva enzymers och koenzymers struktur och funktion.
|
||
- Beskriva mekanismer för reglering av proteiners aktivitet.
|
||
- Redogöra för vad som karaktäriserar anabolism och katabolism, energirika molekyler och cellens energivaluta.
|
||
- Redogöra för glykolysens reaktioner, enzymer och reglering.
|
||
- Förstå skillnaden mellan anaerob och aerob glykolys.
|
||
- Redogöra för glykogens funktion och strukturella uppbyggnad.
|
||
- Beskriva hur glykogen syntetiseras och bryts ned.
|
||
- Beskriva hur glykogenmetabolismen styrs via allostera mekanismer och hormonsignalering.
|
||
- Redogöra för glukoneogenesens reaktioner, enzymer och reglering.
|
||
- Redogöra för laktats roll i metabolismen.
|
||
- Redogöra för länken mellan glykolys och citronsyracykeln och dess reglering.
|
||
- Redogöra för citronsyracykelns reaktioner, enzymer och reglering.
|
||
- Redogöra för omsättningen av triacylglycerol.
|
||
- Redogöra för elektrontransporten och dess koppling till protonpumpning.
|
||
- Redogöra för ATP-syntes via oxidativ fosforylering.
|
||
- Beskriva hur celler får tillgång till aminosyror och vad dessa kan användas till.
|
||
- Förstå skillnaden på essentiella och icke-essentiella aminosyror.
|
||
- Översiktligt redogöra för varifrån aminosyrors α-aminogrupp och kolskelett kommer.
|
||
- Beskriva reaktionerna katalyserade av ALAT och ASAT.
|
||
- Beskriva den bakomliggande orsaken till PKU.
|
||
- Översiktligt beskriva ureacykeln, dess funktion och huvudsakliga reglering.
|
||
- Redogöra för extrahepatiska vävnaders samspel med levern i aminosyrakatabolism.
|
||
- Översiktligt beskriva purinnukleotiders nedbrytning.
|
||
- Redogöra för hur nedbrytning av puriner och pyrimidiner skiljer sig m.a.p. slutprodukter (kväven/kolskelett).
|
||
- Redogöra för pentosfosfatvägens huvudsakliga funktion.
|
||
- Ge exempel på vad NADPH och ribos-5-fosfat används till.
|
||
- Översiktligt beskriva pentosfosfatvägens två faser och interaktion med glykolys/glukoneogenes.
|
||
- Översiktligt beskriva varför G6PD-brist särskilt påverkar erytrocyter och kan ge hemolys vid oxidativ stress.
|
||
- Redogöra för kolesterolets omsättning samt huvudprinciper för kolesterolsyntes och reglering.
|
||
- Redogöra för omsättningen av heme.
|
||
- Beskriva hur det eukaryota cellmembranet är uppbyggt.
|
||
- Beskriva mekanismer för transport över cellens plasmamembran. |