medical-notes/content/Biokemi/🦠 Cellulära processer/RNA syntes/RNA syntes Stoff.md

Det sitter 3 fosfatgrupper i 5'-änden
En fosfodiesterbrygga är bindningen som kopplar ihop nukleotider i DNA och RNA. Den bildas när 3’-OH på en sockergrupp binder till 5’-fosfatet på nästa nukleotid.
För varje nukleotid som sätts på kedjan krävs en ATP, en fosfatgrupp går in i fosfodiesterbryggan, 2 fosfatgrupper spjälkas bort som energi
RNA kopieras av mallsträngen, den får information som är identisk med den kodande strängen.
RNA-polymeras öppnar upp DNA-strängen så RNA kan replikeras
RNA-polymeras öppnning är ~17 baspar lång, för att ge lagom plats för mallsträng, aktivt säte och växande RNA, utan att kosta mer energi än nödvändigt.
NTP-kanalen är en smal, laddad tunnel som leder fria nukleotider rätt in till det aktiva sätet och ökar träffsäkerheten via elektrostatiska interaktioner.
Ribosomen består av rRNA + ribosomala proteiner, men rRNA utgör den katalytiska kärnan.
Pol II syntetiserar mRNA och därmed alla protein-kodande transkript.
TATA-boxen består av en sekvens av AT-nukleotider med lägre smältpunkt (2 isf 3 vätebindingar)
Promotor är den region av DNA som RNA polymeraset binder vid för att börja transkriptionen
RNA-polymeras behöver hjälp att hitta startpunkten, och detta sker via promotorn, särskilt TATA-boxen och de basala transkriptionsfaktorerna
De basala transkriptionsfaktorerna är: TFIID, TFIIA, TFIIB, TFIIE, TFIIF och TFIIH.
TATA-boxen i promotorn ligger typiskt -25 till -30 baspar uppströms om transkriptionsstart
De viktigaste transkriptionsfaktorerna är TFIID och TFIIH
TFIID är transkriptionsfaktorn som startar transkriptionen
TFIIH är transkriptionsfaktorn som startar elongeringen
Elongering är fasen där RNA-polymeras rör sig längs DNA och förlänger RNA-kedjan genom att bygga in fler nukleotider.
Första steget vid initiering av transkription tas när det TATA-bindande proteinet (TBP) binder in till promotorns TATA-box.
TBP binder till minor groove och inducerar en kraftig böj i DNA -90°
TBP ingår i ett större komplex, som kallas TFIID
Preinitieringskomplexet börjar med TFIID binder till TATA box via TBP.
TFIIA binder in till TFIID
TFIIB, F, E, H binder in till TFIID
TFIIH öppnar DNA med sin helikasaktivitet och fosforylerar CTD med sin kinasaktivitet, vilket startar elongeringen.
CTD är den C-terminala domänen på RNA-pol II där fosfosvansen sitter och regleras genom fosforylering.
CTD har många fosforyleringsställen där fosfatgrupper binder för att reglera polymerasets växling mellan initiering, elongering och RNA-processing
De olika stegen när man modiferar eller ändrar RNA efter transkriptionen kallas RNA processing.
Capping innebär att man sätter på en guaninmolekyl på 5'-änden upp och ner på, så det blir en 5' - 5' bindning.
Capping skyddar mRNA från degradering i cytoplasman
Capping har en stimulerande effekt i proteinsyntasen
Capping sker väldigt snabbt, efter ungefär 25 nukleotider.
När RNA avslutar transkriptionen dyker det upp en klyvningssignal AAUAAA
Poly(A)-svansen sitter på 3'-änden
Poly(A)-svansen är 60-250 nukleotider lång
Poly(A)-svansen längd kontrollerar mRNAs halveringstid
mRNA innehåller från 5': CAP, UTR, kodandesekvens, UTR, PolyA-svans
Ribosomen verifierar att det finns en giltlig svans i en closed loop structure
I splicing klipps introner bort så att extroner blir kvar
Med alternativ splicing kan man skapa flera olika proteiner från samma mRNA
Talassemi orsakas av att nytt splice site, som är felaktig genom en punktmutation.
Introner har {{c1::väldigt specifika splice sites}} som markerar var de börjar och slutar.
Ett intron tas bort från {{c1::5’ splice site}} till {{c2::3’ splice site}}.
Alla introner har ett {{c1::branch point}} som alltid innehåller {{c2::adenin (A)}}.
Branch point-adeninet används av spliceosomen som {{c1::angreppspunkt för första nukleofilen}} i splicingen.
Korrekt splicing är viktigt eftersom {{c1::felaktigt kvarvarande introner kan orsaka sjukdom}}.
Till skillnad från transkription, som sker på många olika sekvenser, kräver splicing **{{c1::exakta sekvenssignaler}}** för att fungera.
Talassemi kan orsakas av att en punktmutation skapar ett nytt, felaktigt splice site.
Felaktig splicing kan göra att en del av ett intron blir kvar i mRNA:t och förstör läsramen.
Introner kan inte användas som kodande sekvens eftersom de ofta innehåller stopkodon.
En mutation inne i intronet kan få spliceosomen att tro att det finns ett nytt splice site där.
Delvis kvarhållet intron gör att proteinet blir förkortat eller icke-fungerande.
RNA-pol I - 28S, 18S, 5.8S rRNA
RNA-pol II - mRNA + miRNA + snRNA
RNA-pol III - tRNA + 5S rRNA
Alfa-amanitin är ett svampgift som specifikt hämmar RNA-pol II (och delvis III), vilket stoppar mRNA-syntes.
En transkriptionsbubbla innehåller ~17 baspar öppnat DNA, en RNA-DNA-hybrid på ca 8-9 nukleotider och ett växande RNA som matas ut ur polymeraset.