medical-notes/content/🧪 Biokemi/🦠 Cellulära processer/Kontroll av genuttryck i prokaryoter/Stoff.md

```
Reduktion innebär att ett ämne tar upp elektroner, vilket ofta – men inte alltid – leder till förlust av syre eller ökning av väte i molekylen.
I en gen ingår även reglersekvenser, inte bara den proteinkodande delen.
Genuttryck är när en gen används för att producera ett RNA eller ett protein.
Housekeeping genes är alltid påslagna för de krävs för att en cell ska fungera.
RNA syntesiseras alltid 5 → 3 riktning. Riktningen avgör vilken av strängarna som är mall eller kodande.
Promotorn bestämmer i vilken riktning RNA- polymeraset skall transkribera
En transkriptionsenhet är den sekvens i DNA som transkriberas till RNA. Startar vid promotorn och slutar vid terminatorn
Ett operon är ett långt mRNA som kodar för flera olika proteiner
I ett bakteriellt mRNA från ett operon finns många startplatser för translation
Vid AUG som skall användas för initiering finns speciella sekvenser i mRNA – s.k. Shine-Dalgarno sekvenser, som hjälper ribosomen att hitta rätt. 
E. coli RNA-polymeras (inte DNA-polymeras) har en beta-subenhet som är en del av det katalytiska centret.
E. coli RNA-polymeras har en sigma-faktor som hjälper till att hitta promotorn.
När E. coli DNA polymeras innehåller sigma-faktorn binder den väldigt svagt till ospecifikt DNA, att den glider försiktigt längs med ytan
Bakteriellt RNA-polymeras glider längs DNA och letar efter en promotor.
I bakterier finns sju olika sigma-subenheter som reglerar olika typer av gener
I bakterier finns särskilda sigma faktorer för snabb tillväxt, för att skydda mot värme- shock, för att stimulera rörelse etc.
I bakterier finns bindningsställer för aktivatorer och repressorer nära promotorn
Regulatoriska sekvenser är platser i DNA där aktivatorer och repressorer binder.
En operator är en DNA-sekvens till vilken en repressor kan binda för att blockera initiering av transkription.
Tryptofan-operonet kodar för genprodukter (enzymer) som behövs för att bilda aminosyran tryptofan
Tryptofan-operonet kodar för fem olika gener, typ A till E som skapar var sin enzym som krävs för att skapa tryptofan
Finns det lite tryptofan i omgivningen så behöver Tryptofan-operonet uttryckas
Finns det mycket tryptofan i omgivningen så behöver inte dessa enzymer uttryckas. 
Trypotfan kan binda till trp repressorn så den inte längre binder
Tillgången på tryptofan reglerar tryptofanrepressorns aktivitet!
När E coli har god tillgång på tryptofan i mediet, binder det till repressorn och orsakar en konformationsförändring så att repressorn kan binda till operatorn. 
Lac-operonet - kodar för genprodukter som behövs för att bryta ner laktos
När det finns mycket glukos i cellerna är alternativa sockerkällor avstängda så att cellen huvudsakligen förbränner glukos
När det finns lite glukos i cellen kan arabinos, laktos eller andra sockermolekyler användas som energikällor. 
Lac-operones slås bara på när det saknas glukos i cellen
Vid reglering av Lac-operonet samverkar en aktivator och en repressor 
För att Lac-operonet ska transkribera, behövs repressorn tas bort och en aktiv aktivor som stimular RNA-polymeraset
I närvaro av laktos så bildas allolaktos. Binder till repressorn och får den att släppa operatorn
När det finns låga glukosnivåer så producerar cAMP som binder till cap-proteinern som kan binda till aktivatorplatsen brevid promotorn och hjälpa till att slå på transkriptionen
När det finns glukos så produceras inte cAMP som inte binder till cap och inget blir aktiveras och det blir ingen transkription
I närvaro av glukos används inte lac-operonet. Även om laktos finns i omgivningen! 
I frånvaro av glukos slås lac-operonet på! Men bara om det finns laktos i omgivningen! 
Antibiotika är ämnen som producerats av levande organismer i syfte att hålla andra organismer borta
Inom medicinen används antibiotika för att behandla infektioner, men också vid cancersjukdom
Rifampicin binder till beta-subenheten i det bakteriella RNA-polymeraset och blockerar elongering.
Elongering är förmångan att transkribera
Actinomycin lägger sig mellan basparen i DNA. Stör t.ex. Transkription och DNA replikation Används vid cancerbehandling t.ex. ovarialcancer 
Bakteriofager infekterar bakterien och utnyttjar cellen för att skapa många nya kopior – bakterien dödas i en s.k. lytisk cykel
Bakteriofag T7 RNA-polymeras används i ren form för att producera mRNA-vacciner mot t.ex. COVID

```