Johan Dahlin
81790199af
All checks were successful
Deploy Quartz site to GitHub Pages / build (push) Successful in 2m4s
107 lines
2.6 KiB
Markdown
107 lines
2.6 KiB
Markdown
# RNA-syntes och processning
|
||
|
||
## Basala mekanisser vid transkription
|
||
- Initiering
|
||
- Elongering
|
||
- Terminering
|
||
|
||
## Tre huvudsakliga RNA-polymeraser
|
||
- RNA-pol I
|
||
- RNA-pol II
|
||
- RNA-pol III
|
||
- Specialiserade: snRNA-polymeras, mitokondriellt RNA-polymeras
|
||
|
||
## Översikt – bakterier
|
||
- Bakterier saknar cellkärna → transkription och translation sker samtidigt
|
||
|
||
## Ribosomen
|
||
- Ca 2/3 rRNA
|
||
- rRNA har central katalytisk roll
|
||
- Lilla subenheten: proteiner + 16S rRNA
|
||
|
||
## α-Amanitin
|
||
- Från lömsk flugsvamp (södra/mellersta Sverige)
|
||
- Hämmar RNA-pol II
|
||
- Latent fas 6–24 h → leverskada + njurskada
|
||
- Symptom senare: kräkningar, blodiga diarréer
|
||
- Dödsfall framförallt i södra Europa
|
||
|
||
## Protein-kodande DNA
|
||
- Endast liten del av genomet kodar för proteiner
|
||
|
||
# RNA-pol II-promotorn
|
||
|
||
## Promotorelement
|
||
1. TATA-box (−25 till −30)
|
||
2. Initiator-element (Inr) vid TSS
|
||
- Konsensus: (C/T)(C/T)AN(A/T)(C/T)(C/T)
|
||
3. Enhancers
|
||
- Kan ligga >1000 bp bort
|
||
|
||
# Basala transkriptionsfaktorer
|
||
RNA-pol II behöver:
|
||
- TFIIA
|
||
- TFIIB
|
||
- TFIID (innehåller TBP + TAFs)
|
||
- TFIIE
|
||
- TFIIF
|
||
- TFIIH (helikas + kinas)
|
||
|
||
## TBP och TFIID
|
||
- TBP binder TATA-box → böjer DNA ~90°
|
||
- TBP ingår i TFIID
|
||
|
||
# Preinitieringskomplex (PIC)
|
||
1. TFIID binder TATA + Inr
|
||
2. TFIIA binder
|
||
3. TFIIB binder
|
||
4. RNA-pol II + TFIIF ansluter
|
||
5. TFIIH och TFIIE ansluter
|
||
|
||
## TFIIH
|
||
- Helikas → smälter promotor-DNA
|
||
- Kinas → fosforylerar CTD på RNA-pol II
|
||
|
||
# CTD – C-terminala domänen
|
||
- Repeatrad: Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser × 52
|
||
- Ofosforylerad → binder PIC
|
||
- Fosforylerad → startar transkription
|
||
- Defosforyleras efter terminering
|
||
|
||
# RNA-processning
|
||
|
||
## Exon och intron
|
||
- Exon = del som behålls
|
||
- Intron = del som klipps bort
|
||
|
||
## 5’-Capping
|
||
- Guanin kopplas via 5'–5'-trifosfatbindning
|
||
- Sker efter ~25 nt
|
||
- Skyddar mot degradering
|
||
- Krävs för effektiv translation
|
||
|
||
## Poly(A)-svansen
|
||
- 60–250 adenin
|
||
- Bestämmer mRNA-livslängd
|
||
- PABP stabiliserar och stimulerar translation
|
||
- Svansen förkortas → mRNA bryts ned
|
||
|
||
## Closed-loop-struktur
|
||
- 5’-cap + Poly(A) + PABP
|
||
- Säkerställer att ribosomer arbetar på intakt mRNA
|
||
|
||
# Splicing
|
||
- Exon behålls, intron tas bort
|
||
- Kräver splice-sites
|
||
- Punktmutation kan skapa nytt splice-site → exempel: talassemi
|
||
|
||
## Spliceosomen
|
||
- snRNA + proteiner
|
||
- Utför splicing
|
||
|
||
## Alternativ splicing
|
||
- Samma gen → många proteiner
|
||
- Innerörats hårceller: >500 mRNA-varianter (Ca²⁺-aktiverad K⁺-kanal)
|
||
- En gen kan ge två hormoner via alternativa splice-mönster
|
||
|
||
![[RNA syntes Slides.pdf.pdf]] |