59 lines
4.9 KiB
Markdown
59 lines
4.9 KiB
Markdown
```
|
||
Det sitter 3 fosfatgrupper i 5'-änden
|
||
En fosfodiesterbrygga är bindningen som kopplar ihop nukleotider i DNA och RNA. Den bildas när 3’-OH på en sockergrupp binder till 5’-fosfatet på nästa nukleotid.
|
||
För varje nukleotid som sätts på kedjan krävs en ATP, en fosfatgrupp går in i fosfodiesterbryggan, 2 fosfatgrupper spjälkas bort som energi
|
||
RNA kopieras av mallsträngen, den får information som är identisk med den kodande strängen.
|
||
RNA-polymeras öppnar upp DNA-strängen så RNA kan replikeras
|
||
RNA-polymeras öppnning är ~17 baspar lång, för att ge lagom plats för mallsträng, aktivt säte och växande RNA, utan att kosta mer energi än nödvändigt.
|
||
NTP-kanalen är en smal, laddad tunnel som leder fria nukleotider rätt in till det aktiva sätet och ökar träffsäkerheten via elektrostatiska interaktioner.
|
||
Ribosomen består av rRNA + ribosomala proteiner, men rRNA utgör den katalytiska kärnan.
|
||
Pol II syntetiserar mRNA och därmed alla protein-kodande transkript.
|
||
TATA-boxen består av en sekvens av AT-nukleotider med lägre smältpunkt (2 isf 3 vätebindingar)
|
||
Promotor är den region av DNA som RNA polymeraset binder vid för att börja transkriptionen
|
||
RNA-polymeras behöver hjälp att hitta startpunkten, och detta sker via promotorn, särskilt TATA-boxen och de basala transkriptionsfaktorerna
|
||
De basala transkriptionsfaktorerna är: TFIID, TFIIA, TFIIB, TFIIE, TFIIF och TFIIH.
|
||
TATA-boxen i promotorn ligger typiskt -25 till -30 baspar uppströms om transkriptionsstart
|
||
De viktigaste transkriptionsfaktorerna är TFIID och TFIIH
|
||
TFIID är transkriptionsfaktorn som startar transkriptionen
|
||
TFIIH är transkriptionsfaktorn som startar elongeringen
|
||
Elongering är fasen där RNA-polymeras rör sig längs DNA och förlänger RNA-kedjan genom att bygga in fler nukleotider.
|
||
Första steget vid initiering av transkription tas när det TATA-bindande proteinet (TBP) binder in till promotorns TATA-box.
|
||
TBP binder till minor groove och inducerar en kraftig böj i DNA -90°
|
||
TBP ingår i ett större komplex, som kallas TFIID
|
||
Preinitieringskomplexet börjar med TFIID binder till TATA box via TBP.
|
||
TFIIA binder in till TFIID
|
||
TFIIB, F, E, H binder in till TFIID
|
||
TFIIH öppnar DNA med sin helikasaktivitet och fosforylerar CTD med sin kinasaktivitet, vilket startar elongeringen.
|
||
CTD är den C-terminala domänen på RNA-pol II där fosfosvansen sitter och regleras genom fosforylering.
|
||
CTD har många fosforyleringsställen där fosfatgrupper binder för att reglera polymerasets växling mellan initiering, elongering och RNA-processing
|
||
De olika stegen när man modiferar eller ändrar RNA efter transkriptionen kallas RNA processing.
|
||
Capping innebär att man sätter på en guaninmolekyl på 5'-änden upp och ner på, så det blir en 5' - 5' bindning.
|
||
Capping skyddar mRNA från degradering i cytoplasman
|
||
Capping har en stimulerande effekt i proteinsyntasen
|
||
Capping sker väldigt snabbt, efter ungefär 25 nukleotider.
|
||
När RNA avslutar transkriptionen dyker det upp en klyvningssignal AAUAAA
|
||
Poly(A)-svansen sitter på 3'-änden
|
||
Poly(A)-svansen är 60-250 nukleotider lång
|
||
Poly(A)-svansen längd kontrollerar mRNAs halveringstid
|
||
mRNA innehåller från 5': CAP, UTR, kodandesekvens, UTR, PolyA-svans
|
||
Ribosomen verifierar att det finns en giltlig svans i en closed loop structure
|
||
I splicing klipps introner bort så att extroner blir kvar
|
||
Med alternativ splicing kan man skapa flera olika proteiner från samma mRNA
|
||
Talassemi orsakas av att nytt splice site, som är felaktig genom en punktmutation.
|
||
Introner har {{c1::väldigt specifika splice sites}} som markerar var de börjar och slutar.
|
||
Ett intron tas bort från {{c1::5’ splice site}} till {{c2::3’ splice site}}.
|
||
Alla introner har ett {{c1::branch point}} som alltid innehåller {{c2::adenin (A)}}.
|
||
Branch point-adeninet används av spliceosomen som {{c1::angreppspunkt för första nukleofilen}} i splicingen.
|
||
Korrekt splicing är viktigt eftersom {{c1::felaktigt kvarvarande introner kan orsaka sjukdom}}.
|
||
Till skillnad från transkription, som sker på många olika sekvenser, kräver splicing **{{c1::exakta sekvenssignaler}}** för att fungera.
|
||
Talassemi kan orsakas av att en punktmutation skapar ett nytt, felaktigt splice site.
|
||
Felaktig splicing kan göra att en del av ett intron blir kvar i mRNA:t och förstör läsramen.
|
||
Introner kan inte användas som kodande sekvens eftersom de ofta innehåller stopkodon.
|
||
En mutation inne i intronet kan få spliceosomen att tro att det finns ett nytt splice site där.
|
||
Delvis kvarhållet intron gör att proteinet blir förkortat eller icke-fungerande.
|
||
RNA-pol I - 28S, 18S, 5.8S rRNA
|
||
RNA-pol II - mRNA + miRNA + snRNA
|
||
RNA-pol III - tRNA + 5S rRNA
|
||
Alfa-amanitin är ett svampgift som specifikt hämmar RNA-pol II (och delvis III), vilket stoppar mRNA-syntes.
|
||
En transkriptionsbubbla innehåller ~17 baspar öppnat DNA, en RNA-DNA-hybrid på ca 8-9 nukleotider och ett växande RNA som matas ut ur polymeraset.
|
||
``` |