medical-notes/content/🧪 Biokemi/⌬ Makromolekyler/Kemiska bindingar/Anteckningar.md

---
tags:
  - biokemi
  - kemiska-bindingar
  - anteckningar
föreläsare: Ingela Parmryd
---

#### Organeller
- kärnan
	- informationslagrning
	- replication
	- transkription
- Nukleol - ribosomsammansättning
- ER
	- släta: lipidsyntes
	- sträva: ribosomer och translation
- Golgi
	- glykosylering
	- sekretion
- Mitokondriet - primära metabola organell
	- metabolism
	- mest nerbrytning, mål är ATP-produktionen
- Peroxysomer
	- lite metabolism
- Lysosomer
	- nedbrytning
- Plasmamembranet
	- skydd
	- signalering
	- igenkänning
	- upptag
- centriol
	- utgångspunkt för mikrotuber
	- cellcykel
- cytoplasman
	- allt som är organller
	- signalering
	- metabolism
	- energilagring
- ribosomer
	- translation

Gå igenom nästan alla dessa processer under kursen!

#### Cellens energibehov
- uppbyggnad av makromolekyler (RNA, DNA, proteiner)
- gradienter - aktiv transport, signalering
- rörelse - muskelkontraktion, migration
- värme - hålla temperaturen
- för att hålla ordning behövs mer oordning på annat håll
	- oordning -> jämnvikt -> död
	- funktion kräver ordning


#### Livets molekyler
Nukleinsyror
- information och dess överföring
- DNA -> RNA
- 5 nukleotider
- translation
Protein
- struktur
- signalering
- enzymer
- transport
- igenkänning (receptorer)
- immunförsvar
- 20 aa
Kolhydrater
- glykosylering
- energilagring (glykogen)
- ett tiotal
Lipider
- membran
- energilagring
- tusental (variationer av huvud)
Främst COHN
- ofullständiga yttre eletronskal
- vill dela é -> kemisk bindning

#### Kovalenta bindingar
Delning av elektronpar

- enkelbindning, $C-C$ fri rotation, 85kcal/mol, ~1.54Å
- dubbelbindning $C=C$ plan struktur, rotation ej möjlig, 150kcal/mol,  ~1.34Å

#### Resonansstabilisering
Fördelning av é över flera atomer
![[Pasted image 20251105144005.png]]

Plan binding ~1.4Å
släta lipidsynetes
sträva translation

#### Jonbindning
F = den elektrostatiska kraften mellan jonerna
$F = k \frac{q_1 q_2}{\varepsilon r^2}$
där
- k = Coulombs konstant (≈ 8,99 × 10⁹ N·m²/C²)
- $q_1$, $q_2$ = jonerna laddningar
- r = avståndet mellan jonerna
- $\varepsilon$ = materialets **dielektricitetskonstant** (relativa permitivitet)
	- ju mer joner, ju mer polär, vatten har högst
	- vatten används som lösningsmedel i våra celler
		- $D_{H_2O} = 80$ högst
		- svaga jonbindingar, för vatten ska orientera sig runt jonerna
		- 1-5kcal/mol
	- hexan
		- $D_{H_2O}$ = 2
		- jonbildningarna i hexan blir 40ggr starkare än i vatten
	- ankikort hur man 
1.4 kcal/mol för envärda joner
#### Vatten
Syre har högre elektronegativ än väte
δ-/δ+
Elektronegativitet, dragningskraft för elektroner
- F - ovanligt
- O - om det är med vinner det
- N
- Cl - ovanligt
- Br
- I
- S
- C
- H - väte kommer alltid förlora i en binding/molekyl

Fonclbrisch

Hydratiseringsskal runt. Vatten bildar ett nätverk mellan δ-/δ+
![[Pasted image 20251105150519.png|200]]

#### Vätebindning
Bildas mellan dipoler
- Donator: grupp där vätet är δ+
- Acceptor: δ- och ha ett fritt elektronpar
I celler oftas $N$ & $O$ som donator/acceptor
Ju rakare, desto starkare, 

#### van der waals-bindingar
é runt atomer flukturerar -> tillfällig dipol
bara när två molekyler är riktigt nära varandra ~3.6Å optimalt
om närmare repulsion
1-5 kcal/mol per atompar & mol
#### hydrofob effekt

- hydrofob: lipider, opolära
- hydrofil: kolhydrater, aa, polära

$H-C-OH$

hydrofoba molekyler aggregerar (klumpar ihop sig) i vatten
vatten bildar burar runt hydrofoba föreningar
aggregering - förre H2O i burar

#### DNA dubbelsträngbildning av DNA
I vatten(celler) bildar komplementära DNA-strängar 
en dubbelhelix. 
komplementära: A=T C≡G - vätebindingar
Observation: det kan ju binda sig i vatten, så vi får ingen nettovinst genom att para ihop dom.
I vatten vätebindingar mellan baser gör att den rätta parningen kräver minst energi
Varken nettovinst eller förlust av vätebindningar vid korrekt basparning → den blir rätt
Drivkraft: separation av laddningar (Pi) kommer hamn så lång ifrån varandra som möjligt, dessutom har vi vatten som avskärmar dom i celler har vi också joner som hjäper till Mg2+ Na2+
baser plana, staplas i mitten av strängen, kommer på ett av stång av 3.4Å
- då får vi van der waals interaktion mellan baserna
- delar av baserna är hydrofoba, när de är med i vätebindingarna interaktioner med andra, göms från $H_2O$, vända innåt
I oparat DNA bildas vätebindingarna mellan baserna och $H_2O$

#### pH
![[Pasted image 20251105153332.png|200]]
Det finns ingen vätebindingsförmåga kvar vid pH 11 och de släpper ifrån sin väteproton och blir en negativ jon. Utan vätejon

$(svag syra) \ce{HA <=> H^+A^-} (svag bas)$

Jämnviktskonstant, förklarar via
[Henders-Hasserbalch ekvation](https://en.wikipedia.org/wiki/Henderson%E2%80%93Hasselbalch_equation)
$K_\mathrm{a} = \frac{[\ce{H+}][\ce{A-}]}{[\ce{HA}]}$
$\mathrm{p}K_\mathrm{a} = -\log K_\mathrm{a}$
$\mathrm{pH} = -\log [\ce{H+}]$
$\mathrm{pH} = \mathrm{p}K_\mathrm{a} + \log\frac{[\ce{A-}]}{[\ce{HA}]}$
Vad händer när det finns lika mycket bas som syra i det här systemet?
När [A-] = [Ha-] - log(1) = 0

Vid $pK_a$ buffrande förmåga $\pm 1\ce{pH enhet}$
Det finns antingen en bas eller syra som kan ta upp/lämna en proton. En rad molekyler som gör att det krävs mycket för att göra en pH förändring

nukleotider bildar spontana xxx bindingar, fosfat grupper separas så mkt som de negativa bindningar,