181 lines
5.3 KiB
Markdown
181 lines
5.3 KiB
Markdown
|
||
#### Organeller
|
||
- kärnan
|
||
- informationslagrning
|
||
- replication
|
||
- transkription
|
||
- Nukleol - ribosomsammansättning
|
||
- ER
|
||
- släta: lipidsyntes
|
||
- sträva: ribosomer och translation
|
||
- Golgi
|
||
- glykosylering
|
||
- sekretion
|
||
- Mitokondriet - primära metabola organell
|
||
- metabolism
|
||
- mest nerbrytning, mål är ATP-produktionen
|
||
- Peroxysomer
|
||
- lite metabolism
|
||
- Lysosomer
|
||
- nedbrytning
|
||
- Plasmamembranet
|
||
- skydd
|
||
- signalering
|
||
- igenkänning
|
||
- upptag
|
||
- centriol
|
||
- utgångspunkt för mikrotuber
|
||
- cellcykel
|
||
- cytoplasman
|
||
- allt som är organller
|
||
- signalering
|
||
- metabolism
|
||
- energilagring
|
||
- ribosomer
|
||
- translation
|
||
|
||
Gå igenom nästan alla dessa processer under kursen!
|
||
|
||
#### Cellens energibehov
|
||
- uppbyggnad av makromolekyler (RNA, DNA, proteiner)
|
||
- gradienter - aktiv transport, signalering
|
||
- rörelse - muskelkontraktion, migration
|
||
- värme - hålla temperaturen
|
||
- för att hålla ordning behövs mer oordning på annat håll
|
||
- oordning -> jämnvikt -> död
|
||
- funktion kräver ordning
|
||
|
||
|
||
#### Livets molekyler
|
||
Nukleinsyror
|
||
- information och dess överföring
|
||
- DNA -> RNA
|
||
- 5 nukleotider
|
||
- translation
|
||
Protein
|
||
- struktur
|
||
- signalering
|
||
- enzymer
|
||
- transport
|
||
- igenkänning (receptorer)
|
||
- immunförsvar
|
||
- 20 aa
|
||
Kolhydrater
|
||
- glykosylering
|
||
- energilagring (glykogen)
|
||
- ett tiotal
|
||
Lipider
|
||
- membran
|
||
- energilagring
|
||
- tusental (variationer av huvud)
|
||
Främst COHN
|
||
- ofullständiga yttre eletronskal
|
||
- vill dela é -> kemisk bindning
|
||
|
||
#### Kovalenta bindingar
|
||
Delning av elektronpar
|
||
|
||
- enkelbindning, $C-C$ fri rotation, 85kcal/mol, ~1.54Å
|
||
- dubbelbindning $C=C$ plan struktur, rotation ej möjlig, 150kcal/mol, ~1.34Å
|
||
|
||
#### Resonansstabilisering
|
||
Fördelning av é över flera atomer
|
||
![[Pasted image 20251105144005.png]]
|
||
|
||
Plan binding ~1.4Å
|
||
släta lipidsynetes
|
||
sträva translation
|
||
|
||
#### Jonbindning
|
||
F = den elektrostatiska kraften mellan jonerna
|
||
$F = k \frac{q_1 q_2}{\varepsilon r^2}$
|
||
där
|
||
- k = Coulombs konstant (≈ 8,99 × 10⁹ N·m²/C²)
|
||
- $q_1$, $q_2$ = jonerna laddningar
|
||
- r = avståndet mellan jonerna
|
||
- $\varepsilon$ = materialets **dielektricitetskonstant** (relativa permitivitet)
|
||
- ju mer joner, ju mer polär, vatten har högst
|
||
- vatten används som lösningsmedel i våra celler
|
||
- $D_{H_2O} = 80$ högst
|
||
- svaga jonbindingar, för vatten ska orientera sig runt jonerna
|
||
- 1-5kcal/mol
|
||
- hexan
|
||
- $D_{H_2O}$ = 2
|
||
- jonbildningarna i hexan blir 40ggr starkare än i vatten
|
||
- ankikort hur man
|
||
1.4 kcal/mol för envärda joner
|
||
#### Vatten
|
||
Syre har högre elektronegativ än väte
|
||
δ-/δ+
|
||
Elektronegativitet, dragningskraft för elektroner
|
||
- F - ovanligt
|
||
- O - om det är med vinner det
|
||
- N
|
||
- Cl - ovanligt
|
||
- Br
|
||
- I
|
||
- S
|
||
- C
|
||
- H - väte kommer alltid förlora i en binding/molekyl
|
||
|
||
Fonclbrisch
|
||
|
||
Hydratiseringsskal runt. Vatten bildar ett nätverk mellan δ-/δ+
|
||
![[Pasted image 20251105150519.png|200]]
|
||
|
||
#### Vätebindning
|
||
Bildas mellan dipoler
|
||
- Donator: grupp där vätet är δ+
|
||
- Acceptor: δ- och ha ett fritt elektronpar
|
||
I celler oftas $N$ & $O$ som donator/acceptor
|
||
Ju rakare, desto starkare,
|
||
|
||
#### van der waals-bindingar
|
||
é runt atomer flukturerar -> tillfällig dipol
|
||
bara när två molekyler är riktigt nära varandra ~3.6Å optimalt
|
||
om närmare repulsion
|
||
1-5 kcal/mol per atompar & mol
|
||
#### hydrofob effekt
|
||
|
||
- hydrofob: lipider, opolära
|
||
- hydrofil: kolhydrater, aa, polära
|
||
|
||
$H-C-OH$
|
||
|
||
hydrofoba molekyler aggregerar (klumpar ihop sig) i vatten
|
||
vatten bildar burar runt hydrofoba föreningar
|
||
aggregering - förre H2O i burar
|
||
|
||
#### DNA dubbelsträngbildning av DNA
|
||
I vatten(celler) bildar komplementära DNA-strängar
|
||
en dubbelhelix.
|
||
komplementära: A=T C≡G - vätebindingar
|
||
Observation: det kan ju binda sig i vatten, så vi får ingen nettovinst genom att para ihop dom.
|
||
I vatten vätebindingar mellan baser gör att den rätta parningen kräver minst energi
|
||
Varken nettovinst eller förlust av vätebindningar vid korrekt basparning → den blir rätt
|
||
Drivkraft: separation av laddningar (Pi) kommer hamn så lång ifrån varandra som möjligt, dessutom har vi vatten som avskärmar dom i celler har vi också joner som hjäper till Mg2+ Na2+
|
||
baser plana, staplas i mitten av strängen, kommer på ett av stång av 3.4Å
|
||
- då får vi van der waals interaktion mellan baserna
|
||
- delar av baserna är hydrofoba, när de är med i vätebindingarna interaktioner med andra, göms från $H_2O$, vända innåt
|
||
I oparat DNA bildas vätebindingarna mellan baserna och $H_2O$
|
||
|
||
#### pH
|
||
![[Pasted image 20251105153332.png|200]]
|
||
Det finns ingen vätebindingsförmåga kvar vid pH 11 och de släpper ifrån sin väteproton och blir en negativ jon. Utan vätejon
|
||
|
||
$(svag syra) \ce{HA <=> H^+A^-} (svag bas)$
|
||
|
||
Jämnviktskonstant, förklarar via
|
||
[Henders-Hasserbalch ekvation](https://en.wikipedia.org/wiki/Henderson%E2%80%93Hasselbalch_equation)
|
||
$K_\mathrm{a} = \frac{[\ce{H+}][\ce{A-}]}{[\ce{HA}]}$
|
||
$\mathrm{p}K_\mathrm{a} = -\log K_\mathrm{a}$
|
||
$\mathrm{pH} = -\log [\ce{H+}]$
|
||
$\mathrm{pH} = \mathrm{p}K_\mathrm{a} + \log\frac{[\ce{A-}]}{[\ce{HA}]}$
|
||
Vad händer när det finns lika mycket bas som syra i det här systemet?
|
||
När [A-] = [Ha-] - log(1) = 0
|
||
|
||
Vid $pK_a$ buffrande förmåga $\pm 1\ce{pH enhet}$
|
||
Det finns antingen en bas eller syra som kan ta upp/lämna en proton. En rad molekyler som gör att det krävs mycket för att göra en pH förändring
|
||
|
||
nukleotider bildar spontana xxx bindingar, fosfat grupper separas så mkt som de negativa bindningar,
|