Johan Dahlin
6806d3634f
All checks were successful
Deploy Quartz site to GitHub Pages / build (push) Successful in 1m7s
22 lines
1.1 KiB
Markdown
22 lines
1.1 KiB
Markdown
---
|
||
date: 2023-12-18
|
||
tags:
|
||
- biokemi
|
||
- provfråga
|
||
- cellmembran
|
||
---
|
||
**Vad är en hydropatiplot och vad ger den information om? (4p)**
|
||
|
||
**Svar**
|
||
```spoiler-block
|
||
|
||
En hydropatiplot kan ge information om det är sannolikt att en viss sekvens är en transmembran alfahelix och hur många alfahelixar det kan motsvara.
|
||
En hydropatiplot kan skapas genom att undersöka en aminosyrasekvens från N- till C-terminal i intervaller om 20 (aminosyra 1–20, 2–21, 3–22 osv.).
|
||
Detta beror på att det krävs 20 aminosyror för att gå genom cellmembranet.
|
||
Man tittar på den energimässiga kostnaden för att flytta respektive aminosyra från en hydrofob till hydrofil miljö.
|
||
Värdena plottas i en graf där energinivån är på y-axeln och intervallerna är på x-axeln.
|
||
Man sätter gränsvärdet på 84 kJ/mol (kommer från transmembrana alfahelixar med känd struktur).
|
||
Om en graf går över gränsvärdet en gång är det sannolikt en transmembran alfahelix.
|
||
Om den går ovanför gränsvärdet flera gånger tyder det på flera transmembrana alfahelixar.
|
||
```
|