vault backup: 2025-12-05 14:12:57

content/Biokemi/Metabolism/Elektrontransportkedjan/Anteckningar.md

@@ -0,0 +1,105 @@
+---
+tags:
+  - biokemi
+  - elektrontransportkedjan
+  - anteckningar
+föreläsare: Ingela Parmryd
+date: 2025-12-05
+---
+Redoxpotential är viktig
+Vad händer med NADH/FADH?
+
+# Mitokondrien
+- Kan ändra form, beroende på vilken cell
+- Kan finnas olika många
+- Finns där det används mycket energi
+	- t.ex. i spermier
+	- Ju fler mitokondrier ju snabbare kan man springa. Upp till 6 ggr så många
+- Yttre membranet ett porin, dvs ett kanalprotein som heter VDAC
+	- kanaltypen är anjon, speciellt för små joner
+	- mycket ska in och ut ATP, pyruvat
+- koncentratrationer i mellanmembranet och cytoplasman är lika stora
+- effektiv energionvandling kräver membran
+	- gradienter, skillnader mellan sidorna, byggs up
+
+# ETK
+1. Flyttar elektroner samtidigt som 
+2. ⛽ Pumpar protoner
+3. från matrix till $H^+$
+4. Transport av é sker mellan komponenter med ökande affinitet för é
+
+## Komplex I: NADH-Q-oxidoreduktas
+2é från NADH
+## Komplex II: Succinat-Q-reduktas 
+Kopplat till TCA
+## Komplex III: Q-Cytrokrom-oxidoreduktas
+2é från $FADH_2$ via komplex II
+## Komplex IV:  Cytokrom-C-oxidas
+$2é + 2H^+ + 1/2 O_2 → H_2O$
+- kallas cellandningen
+
+I 1,3,4 är fördelaktig att ge sig av elektron.
+Mesta energi används för att flytta mellan matrix och 
+Kemisk energi som bygger upp elektrisk energi
+
+---
+
+Varför bildas gradienten av protoner och inte av tex $Na^+$ eller $Cl^-$?
+- Får ingen pH-skillnad
+- När det är protoner får man elektriska och kemiska egenskapr
+	- dvs, proton-gradienten är störst
+
+## Redoxpotential
+- $\Delta E\degree{o}'$ = standardpotentialen
+	- mäts vid pH7 mot 1 atm $H_2$/1M H+
+- Om é överförs till $H^+$ → negativ redoxpotential
+- Om det tas från  $H_2$ → positiv redoxpotential
+- Ju högre negativt redoxpotential ju lämpligare elektrondonator
+	- NADH har den mest negativa
+- Ju mer positiv redoxpotential, desto bättre elektronacceptator
+
+Redoxpotentialen bestämmer ordningen av hur elektroner går igenom komplexen i ETK.
+
+## é-bärande lp,åpmemter i ETK
+
+- Fe-S kluster: $Fe^{2+}$/$Fe^{3+}$
+- FMN-flavin mononukleotid:  2é
+	- samma mekanisk som $FADH_2$
+- Q/coenzym eller Q/ubikinon
+	- väldigt långt namn: 
+	- finns i mitokondriens inre membran
+	- förflyttar elektroner från Komplex I & II → Komplex III
+	- bärare av 2é
+		- kan bilda skadliga **RADIKALER**
+- Cytokrom $Fe^{2+}$/$Fe^{3+}$
+	- heme-grupper
+- Cytokrom-C
+	- förflyttar é från Komplex III till komplex IV
+	- $Cu^+$/$Cu^{2+}$
+
+---
+
+# Elektrokemik gradient
+
+# $\frac{MMV: H+ H+ H+}{MAT: H+}$
+
+Gör att vi får:
+- $\Delta V$ - elektrisk 🔌 gradient
+- $\Delta pH$ - kemik ☣ gradient
+
+Stark 🦾 drifkraft för att gå tillbaka till matrix
+
+# Protonpumpar
+När é ➖ avges följer protoner ➕ med
+- protonerna kommer med från vatten 🚰, som det finns gott om
+é ➖ → energi till konformationsändring
+→ upptag av $H^+$ från matrix, frisläppning i MMU
+$H_2O$ 🚰 bärare av protoner $H_3O^+$ 
+
+---
+
+Vilken typer av aminosyror är lämpliga för protontransporter?
+- Aspartinsyra och Glutaminsyra har det lättast men Lys/His och Arg kan också
+	- de har negativt laddad 
+
+

content/Biokemi/Metabolism/Elektrontransportkedjan/Instuderingsuppgifter.md

@@ -0,0 +1,8 @@
+---
+tags:
+  - biokemi
+  - elektrontransportkedjan
+  - instuderingsuppgifter
+föreläsare: Ingela Parmryd
+date: 2025-12-05
+---

content/Biokemi/Metabolism/Elektrontransportkedjan/Lärandemål.md

@@ -0,0 +1,8 @@
+---
+tags:
+  - biokemi
+  - elektrontransportkedjan
+  - lärandemål
+föreläsare: Ingela Parmryd
+date: 2025-12-05
+---

content/Biokemi/Metabolism/Elektrontransportkedjan/Provfrågor.md

@@ -0,0 +1,8 @@
+---
+tags:
+  - biokemi
+  - elektrontransportkedjan
+  - provfrågor
+föreläsare: Ingela Parmryd
+date: 2025-12-05
+---

content/Biokemi/Metabolism/Elektrontransportkedjan/Slides.md

@@ -0,0 +1,212 @@
+---
+tags:
+  - biokemi
+  - elektrontransportkedjan
+  - slides
+föreläsare: Ingela Parmryd
+date: 2025-12-05
+---
+Page 2
+Frågeställningar
+• Vad innebär redoxpotential?
+• Hur omvandlas energi från NADH och FADH2?
+• Vilka komponenter ingår i elektrontransportkedjan?
+• Vad är och hur bildas den elektrokemiska gradienten?
+• Vad är cellandning/respiration?
+• Vad innebär oxidativ fosforylering?  
+
+Page 3
+Figure 1-33 Molecular Biology of the Cell, Fifth Edition (© Garland Science 2008)
+Mitokondrien – cellens primära metabola organell  
+
+Page 4
+Mitokondrier återfinns där mycket energi behövs  
+
+Page 5
+Katabolismen sker på tre platser
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 15.11  
+
+Page 6
+Bindningsenergin i födoämnen och elektromagnetisk energi
+används för att skapa protongradienter  
+
+Page 7
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.1
+Kopplingen mellan citronsyracykeln,
+elektrontransportkedjan,
+protonpumpning och ATP-syntes  
+
+Page 8
+Tre proteinkomplex genererar proton­gradienten över mitokondriens inre membran
+I III IV
+I III IV
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.16  
+
+Page 9
+Bestämning av redoxpotential
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.3  
+
+Page 10
+Redoxpotentialen hos komplexen i elektrontransportkedjan
+Låg redoxpotential – bra elektrondonator.
+Hög redoxpotential – bra elektronacceptor.
+Complex I
+Complex III
+Complex IV
+-Q
+oxidoreductase
+oxidoreductase
+Q-  
+
+Page 11
+I elektrontransportkedjan pumpas protoner från
+matrix till mellanmembranutrymmet
+till intermembranutrymmet
+NADH + ½ O2 + H+ -> NAD+ + H2O  
+
+Page 12
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.7
+Fe-S-kluster i elektrontransportkedjan  
+
+Page 13
+Ubikinon transporterar två elektroner från
+komplex I och II till komplex III
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.5  
+
+Page 14
+Cytokromer har en hemgrupp där
+järn kan oxideras och reduceras  
+
+Page 15
+Pumpning av protoner ger både
+membranpotential och en pH-gradient  
+
+Page 16
+Proteiner kan transportera protoner över membran
+Protoner följer med
+elektroner som transporteras
+med proteiner.
+Upptag och frisläppning av
+protoner sker på olika sidor av
+membranet.  
+
+Page 17
+De protoner som förs över membranet
+kommer från och överförs till vatten  
+
+Page 18
+Elektron- och protontransport
+i NADH-Q oxidoreduktas
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.9  
+
+Page 19
+Strukturen hos Q-cytokrom c oxidoreduktas
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.10  
+
+Page 20
+Q cykeln i Q-cytokrom oxidoreduktas
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.11  
+
+Page 21
+Strukturen hos cytokrom c oxidas
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.12  
+
+Page 22
+Reduktion av syre i cytokrom c oxidas
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.13  
+
+Page 23
+I cytokrom c oxidas både pumpas protoner genom
+det inre membranet och tas upp från matrix
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.15  
+
+Page 24
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.17
+Komplex I, III och IV bildar respirasomer  
+
+Page 25
+Den elektrokemiska gradienten används för ATP-syntes  
+
+Page 26
+Strukturen hos ATP-syntas
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.22  
+
+Page 27
+ATP-syntes sker i de tre b-subenheterna
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.28  
+
+Page 28
+Transport av protoner genom ATP-syntas sker
+genom rotation av c-subenheter
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.32  
+
+Page 29
+Kopplingen mellan protonöverföring och
+rotation i ATP-syntas
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.31  
+
+Page 30
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.24
+ATP-syntas bidrar till bildningen av cristae  
+
+Page 31
+Hur sker transport över mitokondriens inre membran?
+Små, oladdade och opolära
+Små, oladdade
+Stora, oladdade (NADH)
+Små laddade (pyruvat, Pi)
+Stora, laddade (ATP, ADP, acetyl CoA)
+Diffusion över membran
+	1.	Med hjälp av den elektrokemiska gradienten.
+	2.	Med shuntar.  
+
+Page 32
+I muskler transporteras NADH producerat i glykolysen
+till mitokondriens matrix via glycerol 3-fosfat shunten
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.34  
+
+Page 33
+I hjärta och lever transporteras NADH från glykolysen
+till mitokondriens matrix via malat-aspartat shunten
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.35
+NADH
+NAD+
+OBS! Fel rikning på pilen NADH/NAD+ i Biochemistry.  
+
+Page 34
+En frikopplare utjämnar den elektrokemiska
+gradienten utan att ATP bildas
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.39  
+
+Page 35
+Gifter som påverkar elektrontransportkedjan
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.41  
+
+Page 36
+Biochemistry 10:e, Berg et al. Figur 18.45
+Exempel på energiomvandling från protongradienter  
+
+Page 37
+Begrepp
+Mitokondrier
+ATP-behov
+Redoxpotential
+Elektrokemisk gradient
+Transport av protoner över membran
+Elektrontransportkedjan
+Q-NADH oxidoreduktaskomplexet (I)
+Ubikinon
+Succinat-Q reduktaskomplexet (II)
+Q-Cytokrom c oxidoreduktaskomplexet (III)
+Cytokrom c
+Cytokrom c oxidaskomplexet (IV)
+Respirasom
+Cellandning/respiration
+Oxidativ fosforylering
+ATP-syntas
+Elektrokemisgradientassisteradtransport
+Glycerol 3-fosfat shunten
+Malat-aspartatshunten
+Frikopplare
+Inhibitorer av andningskedjan
+ATP-utbyte