vault backup: 2025-11-21 13:14:22

content/.obsidian/workspace.json

@@ -4,30 +4,9 @@
     "type": "split",
     "children": [
       {
-        "id": "3f6b32748450846e",
+        "id": "167a802aa161f7e7",
         "type": "tabs",
-        "dimension": 45.51192145862552,
+        "dimension": 47.306791569086656,
-        "children": [
-          {
-            "id": "a08a21064c3e182b",
-            "type": "leaf",
-            "state": {
-              "type": "markdown",
-              "state": {
-                "file": "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor.md",
-                "mode": "source",
-                "source": false
-              },
-              "icon": "lucide-file",
-              "title": "Instuderingsfrågor"
-            }
-          }
-        ]
-      },
-      {
-        "id": "656e3366de8b7874",
-        "type": "tabs",
-        "dimension": 54.48807854137448,
         "children": [
           {
             "id": "6be8a23612495802",
@@ -35,12 +14,33 @@
             "state": {
               "type": "markdown",
               "state": {
-                "file": "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Provfrågor.md",
+                "file": "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Anteckningar.md",
                 "mode": "source",
                 "source": false
               },
               "icon": "lucide-file",
-              "title": "Provfrågor"
+              "title": "Anteckningar"
+            }
+          }
+        ]
+      },
+      {
+        "id": "6ce2195cbdc1aa8d",
+        "type": "tabs",
+        "dimension": 52.69320843091335,
+        "children": [
+          {
+            "id": "66d1a84367288975",
+            "type": "leaf",
+            "state": {
+              "type": "markdown",
+              "state": {
+                "file": "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Stoff.md",
+                "mode": "source",
+                "source": false
+              },
+              "icon": "lucide-file",
+              "title": "Stoff"
             }
           }
         ]
@@ -100,7 +100,7 @@
       }
     ],
     "direction": "horizontal",
-    "width": 384.5
+    "width": 285.5024719238281
   },
   "right": {
     "id": "0948c66181b40af9",
@@ -203,46 +203,46 @@
       "obsidian-git:Open Git source control": false
     }
   },
-  "active": "6be8a23612495802",
+  "active": "66d1a84367288975",
   "lastOpenFiles": [
-    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Provfrågor.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Lärandemål.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Lärandemål.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Provfrågor.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Instuderingsfrågor.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md",
     "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Anteckningar.md",
-    "attachments/Pasted image 20251121081958.png",
+    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Stoff.md",
-    "attachments/Pasted image 20251121081923.png",
+    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Provfrågor.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Instuderingsfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Lärandemål.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation",
+    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Provfrågor.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Provfrågor.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Lärandemål.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Anteckningar.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md",
     "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Anteckningar.md",
-    "PU/Tystnadsplikt AI-svar.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md",
-    "Biokemi/!Template/Anteckningar.md",
-    "attachments/Pasted image 20251120114922.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120114840.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120114710.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120114519.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120114415.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120114332.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120114149.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120114017.png",
     "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Lärandemål.md",
     "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Instuderingsfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md",
+    "attachments/Pasted image 20251121114559.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121114507.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121114215.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121113406.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121113046.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121113014.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121112518.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121112158.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121111945.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121111829.png",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Lärandemål.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Provfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Instuderingsfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Instuderingsfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Anteckningar.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Provfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Provfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Lärandemål.md",
+    "PU/Tystnadsplikt AI-svar.md",
+    "Biokemi/!Template/Anteckningar.md",
     "index.md",
     "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin",
     "Biokemi/index.md",
     "Biokemi.md",
     "Biokemi/Proteinseminarie/Stödord.md",
     "Anatomi.md",
-    "Biokemi/Introduktion.md",
     "Anatomi & Histologi",
     "Biokemi/Cellulära processer/Translation",
     "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin",

content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Anteckningar.md

@@ -0,0 +1,419 @@
+- En jämförelse mellan eukaryota och prokaryota genom
+	- mycket är lika!
+- Grundläggande enzymatiska processer vid eukaryot DNA replikation (mycket lik prokaryot!)
+	- dyker upp i läkemedel
+
+Föreläsningen täcker bl.a.:
+- Leading och Lagging strand
+- Processivity och proofreading
+- Replikationsgaffel och replisome
+- Superhelicitet och topoisomeraser
+- Nukleaser och ligaser
+
+----
+![[Pasted image 20251121091934.png]]
+Bakterier har eget genom
+- **Cirkulärt**
+	- vissa problem med linjär replikation av ändar
+	- fördelar, bara gå runt
+- 500kbp till 11Mbp
+- **Plasmider**
+	- samma typ av DNA, mindre och kan överföras mellan baktirer t.ex. antibiotikaresistens
+- Har ett genom
+
+FRÅGA: varför har människor inte plasmider för att överföra fördelar?
+
+
+---
+Eukaryota
+![[Pasted image 20251121092321.png]]
+ - 30-100 ggr så större än bakteriella
+- 3 Gbp
+- Egna problem att det är så stort och linjärt
+----
+
+Bra att lära sig: 
+- DNA replikeras
+- RNA transkription
+- Protein translation
+
+![[Pasted image 20251121092516.png]]
+
+----
+Redan Watts insåg att det var semi-konservativt så fort de förstod hur det såg ut.
+Då blev allt väldigt uppenbart
+
+Genom att titta så förstod man funktion, var komplimentära, samma information fanns i båda molekylerna
+![[Pasted image 20251121092705.png]]
+
+Viktigt: 
+- semi-konservativ som begrepp
+- föräldrasträngen är den blå (parental)
+- nybildadsträng är den röda (nascent)
+
+---
+
+![[Pasted image 20251121092822.png]]
+
+Krångligt att rita ut helixarna, blir linjärt för förenkling
+
+Man börjar på många olika ställen
+- bildar replikationsbubblor
+- sen växer bubblorna åt båda hållen
+- så småningom når det varandra, då går de ihop och då får vi nya strängar
+
+Bubblorna startar vid "origin of replication" och är **många**, som är väl definierade, väl reglerade
+Många sjukdomar beror på för mycket/lite dna, eller skapat dna,
+jättereglerat, en gång, det måste ske samtidigt över hela molekylen.
+
+Varje bubbla har två replikationsgafflar
+
+----
+![[Pasted image 20251121093320.png]]
+Bakteriell DNA behöver inte så många replikationsgafflar
+Har bara **ett** origin of replikation
+
+----
+
+Hur går det till att läsa av båda två strängarna i samma riktining?
+
+----
+![[Pasted image 20251121093608.png]]
+
+- föräldrasträngarna är antiparallela (övre)
+- undre är inga problem, mall och så bygger man en i taget
+- Mallsträngen går från 3' till 5' felaktig
+	- behöver en nödläsning
+	- gör korta snuttar
+	- lägga en ny som går bakåt
+
+Så
+- en kontinuerligt
+- en med små korta snuttar
+
+
+---
+![[Pasted image 20251121093757.png]]
+Man brukar prata om två olika
+- kontinuerligt: leading strand
+- små fragment: lagging strand
+	- varje fragment heter okazaki fragment
+	- döpt efter en japansk gästforskare på stanford
+	- 100-200 nukleotider i eukaryoter
+	- 1000-2000 i prokaryoter
+
+FRÅGA: varför storleks skillnad mellan eukaryoter och prokaryoter?
+
+---
+![[Pasted image 20251121094040.png]]
+Måste ske av ett helt enzymmaskineri
+För att lyckas så måste vi ha ett antal enzymer
+te.x ett som hjälper till att dela
+skillnad mot RNA:
+- bubblan öppnar bara upp en liten bit
+- kräver mycket mer kraft krävs (helikas)
+- polymeras för att sätta på
+	- krävs en för både lagging och leading
+
+---
+![[Pasted image 20251121094218.png]]
+Viktigaste enzymet!
+DNA-polymeras
+- hjälpa till och skapa en struktur
+- nya nukleotider som kan baspara
+- kallas DNA-syntes
+- DNA-polymeraset hjälper till att välja ut rätt nukleotid
+- kan hamna snett, när det inte sitter perfekt så bildas det inget nytt fosfodiesterbindning
+- när rätt nukleotid är på plats, nu verkar allt stämma då sker det en liten ändring i strukturen - click säger det och kopplar på i den nya kedjan
+	- får energi av fosfatgrupperna som trillar av ATP
+	- då öppnar sig DNA-polymeraset och rör sig en liten bit
+
+FRÅGA: krävs det ett ATP per replikerad nukleotid?
+
+----
+Magnesiumjoner hjälper DNA-polymeraset att sätta fast nya nukleotider
+SLIDE SAKNAS
+
+interaktion med magnesiumjoner, hjälper till att lägga så allt ligger väldigt nära varandra
+det hjälper till att få en reaktion
+skapa en ny fosfodiesterbindnig
+
+---
+![[Pasted image 20251121094606.png]]
+påminner om en högerhand som växer
+
+---
+![[Pasted image 20251121094625.png]]
+kärnpunkten i vad DNA-polymeras behöver göra
+
+När det inte funkar kan man få väldigt tråkiga sjukdomar, t.ex. sjukdom vid 13 och går bort vid 20. I mitokondrier, talar mer om det i T3
+
+Cancer orsakas pga av mutation, då man inte kan mutera DNA på rätt sätt.
+
+DNA-polymeraset måste vara
+- noggrant - kallas även **fidelitet**
+	- annars mutationer och kanske sjukdomar
+- effektivt - kallas **processivitet**
+	- måste fungera på väldigt långa sträcker, vara väldigt noggrant och en hög processivitet, långa sträcker utan att falla av
+
+----
+![[Pasted image 20251121094943.png]]
+
+Ibland blir det fel, kommer in en felaktig nukleotid
+
+Det finns en möjlighet för DNA-polymeraset att fixa det, det har inte bara
+- att röra sig framåt
+- men har också möjligheten att backa
+- exonukleoasaktivtet (ta bort ifrån änden)
+
+Förmågan att backa kallas proofreading
+
+----
+
+SLIDE endonukleaser/exonukleaser saknas
+
+----
+
+endonukleas 
+- ta bort i mitten
+exonukleas kan delas upp i två grupper
+- ta bort i en ände
+	- 5' 
+	- 3' 
+---
+
+![[Pasted image 20251121095304.png]]
+
+Måste vara processiva (effektiva!)
+Miljoner, miljarder baspar som måste replikeras
+Måste köra under en lång tid
+
+Processivitet = förmågan att koppla på **många** nukleotider till den **växande** DNA-strängen, utan att polymeraset **lossnar** från mallsträngen.
+
+sliding camp - klämma
+- sätter sig fast i änden
+- fungerar som ett ankar som håller kvar DNA
+- ökar effektivtet 50ggr för att DNA-polymeraset inte lossnar
+	- utan: 10-20 nt/s
+	- med: 500-1000nt/s
+
+----
+**Problem vid DNA-replikation (2)**
+DNA-polymeraser kan inte starta DNA replikation _de novo_. De behöver en primer.
+
+de novo = från ingenting
+
+----
+![[Pasted image 20251121095710.png]]
+För att börja, behöver vi en liten startpunkt som är en RNA primer.
+
+RNA-polymeras kan startas **de novo**
+DNA-polymeras behöver en RNA-primer
+
+Finns ett specialiserat DNA-polymeras som bara gör väldigt korta strängar, behöver bara en liten snutt, som det vanliga DNA-polymeraset kan starta och köra igång
+- det kallas för DNA-primas
+
+I våra celler sitter DNA-polymeras tillsammans med DNA-primas (kommer senare)
+
+----
+![[Pasted image 20251121095938.png]]
+
+leading strand: primers behövs bara en primer 
+lagging strand: en primer per fragment
+FRÅGA: hur lång är en fragment
+FRÅGA: varför kan man inte bygga bakvänt?
+- har med fosfatbryggan, naturen har valt att göra det
+FRÅGA: plockas primern bort?
+- vi vill inte ha RNA i DNA
+- vi vill inte ha en lucka
+
+---
+
+Problem vid DNA-replikation (3)
+På lagging-strängen finns en RNA-primer i början av varje Okazaki-fragment!
+Vi vill inte ha sträckor av RNA i DNA-molekylen!
+
+---
+
+Energin kommer med den inkommande nukleotiden
+det bestämmer att reparation måste gå i rätt riktning
+trifosfater är lite instabila, de kan gå sönder, sitter de på DNA-kedjan kan det bli katastrof.
+
+okazaki-fragement kan variera i längd, när de nått en viss längd så lossnar maskineriet
+
+----
+![[Pasted image 20251121102046.png]]
+
+VIll ta bort - fragement maturation
+- steg 1 RNA-primer
+- steg 2 brytpunkten, DNA-fragmenten måste sitta ihop ordentligt
+	- försluter ryggraden så den blir hel
+	- kallas ligering - klistrar ihop fragmenten
+		- får inte finnas brott (nicks)
+
+----
+
+![[Pasted image 20251121102319.png]]
+
+#### Steg 1
+
+Från vänster närmare sig det nya fragmentet
+DNA polymerases stannar inte, det krashar in i RNAt, när det händer så släpper det från DNA, de sitter inte längre hybridiserat. Bildar en lite flärp, flap. Som petar ut det här RNA, medan DNA finns kvar på strängen
+
+Finns ett speciellt endonukleas som känner igen detta flappar, kallas Flap Endonukleass 1 eller FEN1 som kan komma in och klyva.
+Sen finns det bara en litet nick kvar, allt RNA är borta.
+Det är eukaryota celler när vi ta bort
+
+---
+### Steg 2
+
+![[Pasted image 20251121102545.png]]
+Använder energi från ATP för att laga nicken, det är DNA-ligas som lagar.
+Själva nicken är avsaknaden av en fosfodiesterbrygga, alla nukleotider finns men en brygga saknas.
+
+----
+![[Pasted image 20251121102658.png]]
+Använder ATP som en ko-faktor som kan klistras ihop.
+
+---
+**Problem vid DNA-replikation (4)**
+
+DNA är dubbelsträngat! Hur kan vi dela på strängarna så att DNA replikation kan ske?
+
+---
+
+
+![[Pasted image 20251121102747.png]]
+
+
+
+Helikas är en grupp av enzym:
+- en förmåga att dela DNA
+- finns olika beroende på process
+
+I DNA-replikationen sitter helikaset längst fram, det är det som gör att gaffeln kan röra sig.
+- det binder till en av strängarna, fungerar som en kil
+- klättrar på en sträng, så pressar det isär DNA som finns framför
+-
+
+----
+![[Pasted image 20251121102941.png]]
+- Består av 6 st identiska subenheter
+- Den bildar runt DNA
+- Har förmåga att klättra som en repklättrare
+- Hydroliserar ATP använder energi från det
+- den rör sig upp för det här och så växer gaffel, så går den längre och längre uppför
+- klättrar utmed
+- snurrar runt lite här
+- alla olika subenheter kan hydrolisera ATP, det blir som en rörelse uppåt
+
+På leadning strand sitter DNA-pol en liten bit efter
+För lagging strand är det lite mer komplicerat, måste finns upp till 200 nt lång sträcka innan man syntesiserar, måste skydda DNA i den biten, känsligt för omgivningen, mycket som reagera, som går in och basparar med sig själv
+Måste stabilisera det enkelsträngade DNA så inte det sker
+
+Kallar de för enkelsträngadeproteiner
+
+---
+
+![[Pasted image 20251121103232.png]]
+
+Allt det här stimulerar DNA-replikation, för att det ska kunna ske effekivt
+I de flesta celler kallar det single-cell-binding protein
+
+Replication Protein A kallas det i våra celler RPA, spelar en viktig roll här.
+
+---
+![[Pasted image 20251121103336.png]]
+Proteinerna fungerar tillsammans som ett maskineri, de viktig att alla är på plats tillsammans
+Ofta bildar de interaktioner mellan varandra
+Helikaset känner av att det finns ett single-stranding DNA binding, de stimulerar **varandra** så de vågar röra sig framåt, de blir mer effektivt.
+Om man återskapar det här i ett provrör, om man lägger till ett single-stranding DNA.
+
+----
+
+www.youtube.com/watch?=l9ArIJWYZ
+
+---
+
+**Problem vid DNA-replikation (5)**
+
+När man tvingar isär dubbelhelixen så skapas topologiska problem.
+
+Varför och hur löser cellen detta?
+
+----
+När vi gör en DNA-replikation kan snörerna svängarna/helixarna, har ingenstans att ta vägen, de kommer bli massa spänningar i det här DNA. Tänk skosnöre som är tvinnat.
+Man kan inte förvänta sig att det ska lösa sig självt.
+
+![[Pasted image 20251121103747.png]]
+
+Det blir massa spänningar och jobbigt, massa konstiga sekundärstrukturer.
+Som heter **supercoils**
+
+Det blir mkt motstånd, måste bli av med spänningarna, behöver någonting framför för att slappna av DNA:t
+
+----
+
+![[Pasted image 20251121103912.png]]
+
+Går inte att snurra DNA-molekylerna, de blir fixerade och tar man bara helikaset.
+Ju mer man kör ju mer spänningar, konstiga strukturer, stannar replikationen.
+Får detta att slappna av.
+
+---
+Linking DNA
+
+
+- Har ungefär 10.4 bp/varv. Fin avslappnad och optimerad DNA-helix.
+- 160bp lång, får plats med 25 varv
+![[Pasted image 20251121104100.png]]
+
+Man kan slå ihop de, så blir de så fint här:
+![[Pasted image 20251121104106.png]]
+
+Men vad händer om man introducerar 5 extra varv, då bygger vi upp spänningar i molekylen.
+Linking Number (Lk) är antal varv, det ska motsvara det optimera och helst vara 25 varv för 160 bp
+- vad händer om det är mer eller mindre
+- då förstör man DNA, det skapar topologisk stress
+
+Stress = fler antal varv än DNA strängarna
+
+----
+Topoismeraser är de som tar bort spänningarna i DNA.
+
+Det är specilla enzymer.
+topo=läge
+iso=samma
+meris=del
+-as=enzym
+
+Typ I:
+	- tar bort supercoils, öka linking number är mer korrekt
+	- kräver inte ATP
+Typ II:
+	- Tar bort men kan också skapa, kräver ATP
+
+---
+Typ 1
+
+Klyver ena strängen och tar bort ett varv i taget
+- ändrar med en faktor av 1
+- använder energi i spänningen
+
+![[Pasted image 20251121104555.png]]
+
+---
+![[Pasted image 20251121104707.png]]
+Typ II
+- den klyver båda strängarna och låta en sträng 
+- låta en sträng komma igenom, den gör dubbelsträngat brott
+- två varv i taget
+- ändrar med en faktor av 2
+---
+
+![[Pasted image 20251121105233.png]]
+
+Framför replikationsgaffeln sitter det topoisomeras II framför replikationsgaffeln och tar bort positiva supercoils
+
+I bakterier kallas topoisomeras typ II ofta för Gyras. Gyras-hämmare är en viktig grupp av antibiotika! Tex. Ciprofloxacin för urinvägsinfektioner
+	de är bredspektrumantibiotika eftersom det är mot många

content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor.md

@@ -1,11 +1,11 @@
-Förklara följande begrepp: replikationsbubbla och replikationsgaffel.
+#### Förklara följande begrepp: replikationsbubbla och replikationsgaffel.
-Var är ett origin of replication?
+#### Var är ett origin of replication?
-Hur skiljer sig DNA-syntes åt på leading och lagging strand?
+#### Hur skiljer sig DNA-syntes åt på leading och lagging strand?
-Vilken funktion har 3’ till 5’-exonukleas-aktiviteten som återfinns hos många DNA-polymeraser?
+#### Vilken funktion har 3’ till 5’-exonukleas-aktiviteten som återfinns hos många DNA-polymeraser?
-Vad är processivitet? Hur kan en sliding clamp stimulera processivitet?
+#### Vad är processivitet? Hur kan en sliding clamp stimulera processivitet?
-Vad är ett primas? När behövs ett sådant enzym?
+#### Vad är ett primas? När behövs ett sådant enzym?
-Hur går “Okazaki fragment maturation” till i våra celler?
+#### Hur går “Okazaki fragment maturation” till i våra celler?
-Vilka aktiviteter är förknippade med exonukleas och endonukleas?
+#### Vilka aktiviteter är förknippade med exonukleas och endonukleas?
-Hur fungerar helikas?
+#### Hur fungerar helikas?
-Vilken roll spelar enkelsträngsbindande proteiner? Vad heter detta protein i våra celler?
+#### Vilken roll spelar enkelsträngsbindande proteiner? Vad heter detta protein i våra celler?
-Varför bildas positiva supercoils? Vilka enzymer kan ta bort supercoils och hur?
+#### Varför bildas positiva supercoils? Vilka enzymer kan ta bort supercoils och hur?

content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Stoff.md

@@ -0,0 +1,39 @@
+```
+Replikationsbubbla bildas vid {{c1::origin of replication}} där DNA öppnas och syntes sker i två riktningar.
+Replikationsgaffel är punkten där {{c1::helikas separerar DNA}} och polymeras arbetar.
+Origin of replication är {{c1::en specifik DNA-sekvens där replikation startar}}.
+Leading strand syntetiseras {{c1::kontinuerligt}} i 5’→3’-riktning.
+Lagging strand syntetiseras {{c1::diskontinuerligt}} som Okazaki-fragment.
+Okazaki-fragment är {{c1::100–200 nt långa bitar i eukaryoter}}.
+3’→5’-exonukleas hos DNA-polymeras ger {{c1::proofreading}}.
+Proofreading tar bort {{c1::felaktig nukleotid}} innan kedjan fortsätter.
+Processivitet är {{c1::polymerasets förmåga att fortsätta syntes utan att lossna}}.
+Sliding clamp (PCNA) ökar processivitet genom {{c1::att hålla polymeraset fast på DNA}}.
+Primas är {{c1::ett enzym som gör RNA-primers}}.
+RNA-primers behövs för {{c1::att DNA-polymeras inte kan starta de novo}}.
+Okazaki fragment maturation sker via {{c1::FEN1 som klyver flap + DNA-ligas som försluter nicken}}.
+FEN1 är {{c1::ett endonukleas som tar bort RNA-primer-flaps}}.
+Exonukleas tar bort nukleotider {{c1::från ändarna}}.
+Endonukleas klyver DNA {{c1::mitt i strängen}}.
+Helikas separerar DNA genom {{c1::ATP-driven upplindning av dubbelhelixen}}.
+RPA (Replication Protein A) binder {{c1::enkelsträngat DNA och stabiliserar det}}.
+Positiva supercoils bildas {{c1::framför helikas när DNA tvingas öppnas}}.
+Topoisomeras I tar bort supercoils genom {{c1::enkelsträngsbrott utan ATP}}.
+Topoisomeras II tar bort supercoils genom {{c1::dubbelsträngsbrott med ATP}}.
+CMG-komplexet består av {{c1::Cdc45, MCM och GINS}}.
+ORC är proteinkomplexet som {{c1::binder origin hela cellcykeln}}.
+MCM laddas på DNA i {{c1::G1-fasen}}.
+Cdc45 och GINS binder till MCM i {{c1::S-fasen}}.
+CMG-helikaset aktiveras i S-fasen och {{c1::öppnar DNA vid replikationsstart}}.
+PCNA:s roll är {{c1::sliding clamp som ökar polymerasets processivitet}}.
+PCNA har formen av {{c1::en trimerisk ring}} runt DNA.
+DNA-polymeras ε syntetiserar {{c1::leading strand}}.
+DNA-polymeras δ syntetiserar {{c1::lagging strand}}.
+Primers på lagging strand tas bort av {{c1::FEN1 och RNase H}}.
+DNA-ligas försluter {{c1::nicks mellan Okazaki-fragment}}.
+Topoisomeraser förhindrar {{c1::stopp i replikationen pga topologisk stress}}.
+Supercoils uppstår eftersom {{c1::dubbelhelixen inte kan rotera fritt}}.
+Bakteriofager får bakteriellt DNA genom {{c1::fel vid packning}} eller {{c2::imprecise excision av profag}}.
+Eukaryot DNA-replikation sker alltid i {{c1::5’→3’-riktning}}.
+Okazaki-fragment bildas endast på {{c1::lagging strand}}.
+```

content/Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md

@@ -0,0 +1,163 @@
+Brukar ställa frågor på de som finns i föreläsningar, titta på gamla frågor, inte ställa omöjliga frågor.
+
+Bakgrund: Vi ska bli läkare, behöver veta vad som händer i humana celler
+
+
+
+![[Pasted image 20251121111405.png]]
+Generella bubblan gäller i våra celler
+CMG helikas:
+- Claes Mikael Gustavsson heter föreläsaren!
+- MCM för att sätta ihop
+- Gins
+- Cdc45
+
+Heter delta och epsilon heter polymerasen de är lite olika
+sliding camps heter PCNA
+
+-----
+
+leading strand:
+- DNA pol epsilon
+- sliding clamp PCNA
+lagging strand:
+- DNA pol delta
+- sliding clamp PCNA
+
+---
+
+Löser problemet att RNA primer inte ska sitta löst
+
+Primaset skiljer sig lite gran
+DNA-polymeras
+- RNA-primarna är c:a 5 olika
+	- finns en risk att trilla av, de vill man inte i våra celler
+	- vi vill vara säkra på att den verkligen används
+- alfa.primas
+![[Pasted image 20251121111829.png]]
+- DNA-polymeras alfa-primas
+- både primas och polymeras i samma
+- enzym som sitter ihop (namn?)
+
+om man har en mallsträng kommer enzymet att verka först
+
+de kan byta plats utan att släppa
+
+behöver bara en liten extra snutt, kommer sitta mkt mer stabilt på DNA, utan att det finns risk att primern trillar bort.
+
+![[Pasted image 20251121111945.png]]
+
+
+Vad är de olika polymerasen?
+- alpha-primas
+- delta
+- epsilon
+
+----
+![[Pasted image 20251121112158.png]]
+
+Ser likadana ut i bakterier, det är en ring som sitter och håller fast DNA pol
+Man kan uttrycka antikroppar mot PCNA, kan kroppen utveckla av misstag.
+
+----
+SLE/Lupus PCNA ANA
+
+----
+![[Pasted image 20251121112518.png]]
+
+Kan inte dela innan DNA-syntesen är färdig och heller inte sätta igång, specifikt.
+En gång per cellcykel. Då får vi felaktigt antal kopier.
+
+----
+
+Vi har upp till 30 000 origins i våra cell
+Alla går inte igång alltid
+Många måste gå igång för att kunna replikera tillräckligt fort
+50-300kbp
+Ska börja ungefär samtidigt.
+Alla behövs
+
+----
+
+Hur hittar man en origin?
+
+Det finns ett komplex som binder hela tiden, Origin recognition complex - komplexet som hittar origin. Som består av 6 proteiner. Sitter fast hel cellcykeln. En slags markör.
+![[Pasted image 20251121113014.png]]
+
+----
+
+Hur påbörjas DNA replikation?
+
+---
+![[Pasted image 20251121113046.png]]
+två rekryteringsfaktorer hjälper ORC att locka till sig DNA helikaset MCM.
+
+laddningsfaktorer:
+- Cdc6 och cdt1 till ORC
+
+
+1. ORC complex sitter i hel cellcykeln
+2. CDC6 och CDT1
+3. Helikaset
+4. Sen laddar CDC6/CDT1/ORC upp MCM i G1-fasen
+
+---
+
+![[Pasted image 20251121113406.png]]
+
+Nu är det laddat, men inte aktivt.
+
+Kräver höga nivår av cyklinberoende kinas (CDK) för att  kunna bilda CMG-helikaset
+
+Viktigt att det bara går att aktiva helikaset när det finns mycket CDK
+- som en pistol som är laddad, för att kunna få iväg kulan
+- CMG helikas smälts och replikationen kan man börja
+- Se till att man inte får en dubbel aktivering  (HUR?)
+
+Noggrant: skilj **laddning** från **aktivering**
+
+----
+
+Problem vid DNA-replikation
+Hur kan ändarna på linjärt DNA replikeras? Vi måste ju ha en RNA-primer?
+Detta är ett klassiskt problem.
+
+---
+
+![[Pasted image 20251121114215.png]]
+- Behöver ha en RNA-primer i början, men när vi kommer ut i slutet
+- den sista vi behöver lagging strand för behöver vi en primer
+- de fixar inte primerasen
+- vi kommer förlora lite i 5'-änden, över tiden blir det kortare och kortare till slut försvinner det
+- hur säkerställs det att det gör att replikera hela vägen ut i ändan?
+
+---
+
+I ändarna på kromsomerna kallas telomerer
+
+- De blir kortare och kortare till cellen dör
+- Vilket betyder att en cell kan bara delas ett visst antal gånger, sen dör cellerna
+- Men det gäller inte alla celler
+	- gäller somatiska celler
+	- gäller inte stamceller
+	- gäller inte cancerceller
+- vad är det som gör att telomererna kan finnas kvar i stam och cancerceller, men det blir kortare och kortare i alla andra celler?
+![[Pasted image 20251121114507.png]]
+
+---
+
+I centrala dogman DNA→RNA→protein
+Men det finns möjlighet att gå RNA→DNA vilket är omvänt transkriptas
+
+---
+
+![[Pasted image 20251121114559.png]]
+
+Telomeras förlänger kromsomändarna. 
+- Sker genom att lägga till en kort,
+- behöver en mall för att starta
+- har med sig en egen bit RNA som fungerar som mall
+- alla ändar ser likadana ut i slutändan (C A A U C C C A A U C)
+- lägger till skräp DNA så det är okej att förlora lite i ändarna
+
+