diff --git a/content/.obsidian/workspace.json b/content/.obsidian/workspace.json index 67e9999..a9246f2 100644 --- a/content/.obsidian/workspace.json +++ b/content/.obsidian/workspace.json @@ -4,30 +4,9 @@ "type": "split", "children": [ { - "id": "3f6b32748450846e", + "id": "167a802aa161f7e7", "type": "tabs", - "dimension": 45.51192145862552, - "children": [ - { - "id": "a08a21064c3e182b", - "type": "leaf", - "state": { - "type": "markdown", - "state": { - "file": "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor.md", - "mode": "source", - "source": false - }, - "icon": "lucide-file", - "title": "Instuderingsfrågor" - } - } - ] - }, - { - "id": "656e3366de8b7874", - "type": "tabs", - "dimension": 54.48807854137448, + "dimension": 47.306791569086656, "children": [ { "id": "6be8a23612495802", @@ -35,12 +14,33 @@ "state": { "type": "markdown", "state": { - "file": "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Provfrågor.md", + "file": "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Anteckningar.md", "mode": "source", "source": false }, "icon": "lucide-file", - "title": "Provfrågor" + "title": "Anteckningar" + } + } + ] + }, + { + "id": "6ce2195cbdc1aa8d", + "type": "tabs", + "dimension": 52.69320843091335, + "children": [ + { + "id": "66d1a84367288975", + "type": "leaf", + "state": { + "type": "markdown", + "state": { + "file": "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Stoff.md", + "mode": "source", + "source": false + }, + "icon": "lucide-file", + "title": "Stoff" } } ] @@ -100,7 +100,7 @@ } ], "direction": "horizontal", - "width": 384.5 + "width": 285.5024719238281 }, "right": { "id": "0948c66181b40af9", @@ -203,46 +203,46 @@ "obsidian-git:Open Git source control": false } }, - "active": "6be8a23612495802", + "active": "66d1a84367288975", "lastOpenFiles": [ - "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Provfrågor.md", - "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Lärandemål.md", - "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor.md", - "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Lärandemål.md", - "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Provfrågor.md", - "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Instuderingsfrågor.md", - "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md", - "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md", "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Anteckningar.md", - "attachments/Pasted image 20251121081958.png", - "attachments/Pasted image 20251121081923.png", - "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Instuderingsfrågor.md", - "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation", - "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Provfrågor.md", - "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Provfrågor.md", - "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Lärandemål.md", - "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Anteckningar.md", - "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md", + "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Stoff.md", + "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Provfrågor.md", + "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Lärandemål.md", + "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor.md", "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Anteckningar.md", - "PU/Tystnadsplikt AI-svar.md", - "Biokemi/!Template/Anteckningar.md", - "attachments/Pasted image 20251120114922.png", - "attachments/Pasted image 20251120114840.png", - "attachments/Pasted image 20251120114710.png", - "attachments/Pasted image 20251120114519.png", - "attachments/Pasted image 20251120114415.png", - "attachments/Pasted image 20251120114332.png", - "attachments/Pasted image 20251120114149.png", - "attachments/Pasted image 20251120114017.png", + "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md", "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Lärandemål.md", "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Instuderingsfrågor.md", + "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md", + "attachments/Pasted image 20251121114559.png", + "attachments/Pasted image 20251121114507.png", + "attachments/Pasted image 20251121114215.png", + "attachments/Pasted image 20251121113406.png", + "attachments/Pasted image 20251121113046.png", + "attachments/Pasted image 20251121113014.png", + "attachments/Pasted image 20251121112518.png", + "attachments/Pasted image 20251121112158.png", + "attachments/Pasted image 20251121111945.png", + "attachments/Pasted image 20251121111829.png", + "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Lärandemål.md", + "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Provfrågor.md", + "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Instuderingsfrågor.md", + "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Instuderingsfrågor.md", + "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Anteckningar.md", + "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Provfrågor.md", + "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md", + "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation", + "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Provfrågor.md", + "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Lärandemål.md", + "PU/Tystnadsplikt AI-svar.md", + "Biokemi/!Template/Anteckningar.md", "index.md", "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin", "Biokemi/index.md", "Biokemi.md", "Biokemi/Proteinseminarie/Stödord.md", "Anatomi.md", - "Biokemi/Introduktion.md", "Anatomi & Histologi", "Biokemi/Cellulära processer/Translation", "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin", diff --git a/content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Anteckningar.md b/content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Anteckningar.md index e69de29..f6f9523 100644 --- a/content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Anteckningar.md +++ b/content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Anteckningar.md @@ -0,0 +1,419 @@ +- En jämförelse mellan eukaryota och prokaryota genom + - mycket är lika! +- Grundläggande enzymatiska processer vid eukaryot DNA replikation (mycket lik prokaryot!) + - dyker upp i läkemedel + +Föreläsningen täcker bl.a.: +- Leading och Lagging strand +- Processivity och proofreading +- Replikationsgaffel och replisome +- Superhelicitet och topoisomeraser +- Nukleaser och ligaser + +---- +![[Pasted image 20251121091934.png]] +Bakterier har eget genom +- **Cirkulärt** + - vissa problem med linjär replikation av ändar + - fördelar, bara gå runt +- 500kbp till 11Mbp +- **Plasmider** + - samma typ av DNA, mindre och kan överföras mellan baktirer t.ex. antibiotikaresistens +- Har ett genom + +FRÅGA: varför har människor inte plasmider för att överföra fördelar? + + +--- +Eukaryota +![[Pasted image 20251121092321.png]] + - 30-100 ggr så större än bakteriella +- 3 Gbp +- Egna problem att det är så stort och linjärt +---- + +Bra att lära sig: +- DNA replikeras +- RNA transkription +- Protein translation + +![[Pasted image 20251121092516.png]] + +---- +Redan Watts insåg att det var semi-konservativt så fort de förstod hur det såg ut. +Då blev allt väldigt uppenbart + +Genom att titta så förstod man funktion, var komplimentära, samma information fanns i båda molekylerna +![[Pasted image 20251121092705.png]] + +Viktigt: +- semi-konservativ som begrepp +- föräldrasträngen är den blå (parental) +- nybildadsträng är den röda (nascent) + +--- + +![[Pasted image 20251121092822.png]] + +Krångligt att rita ut helixarna, blir linjärt för förenkling + +Man börjar på många olika ställen +- bildar replikationsbubblor +- sen växer bubblorna åt båda hållen +- så småningom når det varandra, då går de ihop och då får vi nya strängar + +Bubblorna startar vid "origin of replication" och är **många**, som är väl definierade, väl reglerade +Många sjukdomar beror på för mycket/lite dna, eller skapat dna, +jättereglerat, en gång, det måste ske samtidigt över hela molekylen. + +Varje bubbla har två replikationsgafflar + +---- +![[Pasted image 20251121093320.png]] +Bakteriell DNA behöver inte så många replikationsgafflar +Har bara **ett** origin of replikation + +---- + +Hur går det till att läsa av båda två strängarna i samma riktining? + +---- +![[Pasted image 20251121093608.png]] + +- föräldrasträngarna är antiparallela (övre) +- undre är inga problem, mall och så bygger man en i taget +- Mallsträngen går från 3' till 5' felaktig + - behöver en nödläsning + - gör korta snuttar + - lägga en ny som går bakåt + +Så +- en kontinuerligt +- en med små korta snuttar + + +--- +![[Pasted image 20251121093757.png]] +Man brukar prata om två olika +- kontinuerligt: leading strand +- små fragment: lagging strand + - varje fragment heter okazaki fragment + - döpt efter en japansk gästforskare på stanford + - 100-200 nukleotider i eukaryoter + - 1000-2000 i prokaryoter + +FRÅGA: varför storleks skillnad mellan eukaryoter och prokaryoter? + +--- +![[Pasted image 20251121094040.png]] +Måste ske av ett helt enzymmaskineri +För att lyckas så måste vi ha ett antal enzymer +te.x ett som hjälper till att dela +skillnad mot RNA: +- bubblan öppnar bara upp en liten bit +- kräver mycket mer kraft krävs (helikas) +- polymeras för att sätta på + - krävs en för både lagging och leading + +--- +![[Pasted image 20251121094218.png]] +Viktigaste enzymet! +DNA-polymeras +- hjälpa till och skapa en struktur +- nya nukleotider som kan baspara +- kallas DNA-syntes +- DNA-polymeraset hjälper till att välja ut rätt nukleotid +- kan hamna snett, när det inte sitter perfekt så bildas det inget nytt fosfodiesterbindning +- när rätt nukleotid är på plats, nu verkar allt stämma då sker det en liten ändring i strukturen - click säger det och kopplar på i den nya kedjan + - får energi av fosfatgrupperna som trillar av ATP + - då öppnar sig DNA-polymeraset och rör sig en liten bit + +FRÅGA: krävs det ett ATP per replikerad nukleotid? + +---- +Magnesiumjoner hjälper DNA-polymeraset att sätta fast nya nukleotider +SLIDE SAKNAS + +interaktion med magnesiumjoner, hjälper till att lägga så allt ligger väldigt nära varandra +det hjälper till att få en reaktion +skapa en ny fosfodiesterbindnig + +--- +![[Pasted image 20251121094606.png]] +påminner om en högerhand som växer + +--- +![[Pasted image 20251121094625.png]] +kärnpunkten i vad DNA-polymeras behöver göra + +När det inte funkar kan man få väldigt tråkiga sjukdomar, t.ex. sjukdom vid 13 och går bort vid 20. I mitokondrier, talar mer om det i T3 + +Cancer orsakas pga av mutation, då man inte kan mutera DNA på rätt sätt. + +DNA-polymeraset måste vara +- noggrant - kallas även **fidelitet** + - annars mutationer och kanske sjukdomar +- effektivt - kallas **processivitet** + - måste fungera på väldigt långa sträcker, vara väldigt noggrant och en hög processivitet, långa sträcker utan att falla av + +---- +![[Pasted image 20251121094943.png]] + +Ibland blir det fel, kommer in en felaktig nukleotid + +Det finns en möjlighet för DNA-polymeraset att fixa det, det har inte bara +- att röra sig framåt +- men har också möjligheten att backa +- exonukleoasaktivtet (ta bort ifrån änden) + +Förmågan att backa kallas proofreading + +---- + +SLIDE endonukleaser/exonukleaser saknas + +---- + +endonukleas +- ta bort i mitten +exonukleas kan delas upp i två grupper +- ta bort i en ände + - 5' + - 3' +--- + +![[Pasted image 20251121095304.png]] + +Måste vara processiva (effektiva!) +Miljoner, miljarder baspar som måste replikeras +Måste köra under en lång tid + +Processivitet = förmågan att koppla på **många** nukleotider till den **växande** DNA-strängen, utan att polymeraset **lossnar** från mallsträngen. + +sliding camp - klämma +- sätter sig fast i änden +- fungerar som ett ankar som håller kvar DNA +- ökar effektivtet 50ggr för att DNA-polymeraset inte lossnar + - utan: 10-20 nt/s + - med: 500-1000nt/s + +---- +**Problem vid DNA-replikation (2)** +DNA-polymeraser kan inte starta DNA replikation _de novo_. De behöver en primer. + +de novo = från ingenting + +---- +![[Pasted image 20251121095710.png]] +För att börja, behöver vi en liten startpunkt som är en RNA primer. + +RNA-polymeras kan startas **de novo** +DNA-polymeras behöver en RNA-primer + +Finns ett specialiserat DNA-polymeras som bara gör väldigt korta strängar, behöver bara en liten snutt, som det vanliga DNA-polymeraset kan starta och köra igång +- det kallas för DNA-primas + +I våra celler sitter DNA-polymeras tillsammans med DNA-primas (kommer senare) + +---- +![[Pasted image 20251121095938.png]] + +leading strand: primers behövs bara en primer +lagging strand: en primer per fragment +FRÅGA: hur lång är en fragment +FRÅGA: varför kan man inte bygga bakvänt? +- har med fosfatbryggan, naturen har valt att göra det +FRÅGA: plockas primern bort? +- vi vill inte ha RNA i DNA +- vi vill inte ha en lucka + +--- + +Problem vid DNA-replikation (3) +På lagging-strängen finns en RNA-primer i början av varje Okazaki-fragment! +Vi vill inte ha sträckor av RNA i DNA-molekylen! + +--- + +Energin kommer med den inkommande nukleotiden +det bestämmer att reparation måste gå i rätt riktning +trifosfater är lite instabila, de kan gå sönder, sitter de på DNA-kedjan kan det bli katastrof. + +okazaki-fragement kan variera i längd, när de nått en viss längd så lossnar maskineriet + +---- +![[Pasted image 20251121102046.png]] + +VIll ta bort - fragement maturation +- steg 1 RNA-primer +- steg 2 brytpunkten, DNA-fragmenten måste sitta ihop ordentligt + - försluter ryggraden så den blir hel + - kallas ligering - klistrar ihop fragmenten + - får inte finnas brott (nicks) + +---- + +![[Pasted image 20251121102319.png]] + +#### Steg 1 + +Från vänster närmare sig det nya fragmentet +DNA polymerases stannar inte, det krashar in i RNAt, när det händer så släpper det från DNA, de sitter inte längre hybridiserat. Bildar en lite flärp, flap. Som petar ut det här RNA, medan DNA finns kvar på strängen + +Finns ett speciellt endonukleas som känner igen detta flappar, kallas Flap Endonukleass 1 eller FEN1 som kan komma in och klyva. +Sen finns det bara en litet nick kvar, allt RNA är borta. +Det är eukaryota celler när vi ta bort + +--- +### Steg 2 + +![[Pasted image 20251121102545.png]] +Använder energi från ATP för att laga nicken, det är DNA-ligas som lagar. +Själva nicken är avsaknaden av en fosfodiesterbrygga, alla nukleotider finns men en brygga saknas. + +---- +![[Pasted image 20251121102658.png]] +Använder ATP som en ko-faktor som kan klistras ihop. + +--- +**Problem vid DNA-replikation (4)** + +DNA är dubbelsträngat! Hur kan vi dela på strängarna så att DNA replikation kan ske? + +--- + + +![[Pasted image 20251121102747.png]] + + + +Helikas är en grupp av enzym: +- en förmåga att dela DNA +- finns olika beroende på process + +I DNA-replikationen sitter helikaset längst fram, det är det som gör att gaffeln kan röra sig. +- det binder till en av strängarna, fungerar som en kil +- klättrar på en sträng, så pressar det isär DNA som finns framför +- + +---- +![[Pasted image 20251121102941.png]] +- Består av 6 st identiska subenheter +- Den bildar runt DNA +- Har förmåga att klättra som en repklättrare +- Hydroliserar ATP använder energi från det +- den rör sig upp för det här och så växer gaffel, så går den längre och längre uppför +- klättrar utmed +- snurrar runt lite här +- alla olika subenheter kan hydrolisera ATP, det blir som en rörelse uppåt + +På leadning strand sitter DNA-pol en liten bit efter +För lagging strand är det lite mer komplicerat, måste finns upp till 200 nt lång sträcka innan man syntesiserar, måste skydda DNA i den biten, känsligt för omgivningen, mycket som reagera, som går in och basparar med sig själv +Måste stabilisera det enkelsträngade DNA så inte det sker + +Kallar de för enkelsträngadeproteiner + +--- + +![[Pasted image 20251121103232.png]] + +Allt det här stimulerar DNA-replikation, för att det ska kunna ske effekivt +I de flesta celler kallar det single-cell-binding protein + +Replication Protein A kallas det i våra celler RPA, spelar en viktig roll här. + +--- +![[Pasted image 20251121103336.png]] +Proteinerna fungerar tillsammans som ett maskineri, de viktig att alla är på plats tillsammans +Ofta bildar de interaktioner mellan varandra +Helikaset känner av att det finns ett single-stranding DNA binding, de stimulerar **varandra** så de vågar röra sig framåt, de blir mer effektivt. +Om man återskapar det här i ett provrör, om man lägger till ett single-stranding DNA. + +---- + +www.youtube.com/watch?=l9ArIJWYZ + +--- + +**Problem vid DNA-replikation (5)** + +När man tvingar isär dubbelhelixen så skapas topologiska problem. + +Varför och hur löser cellen detta? + +---- +När vi gör en DNA-replikation kan snörerna svängarna/helixarna, har ingenstans att ta vägen, de kommer bli massa spänningar i det här DNA. Tänk skosnöre som är tvinnat. +Man kan inte förvänta sig att det ska lösa sig självt. + +![[Pasted image 20251121103747.png]] + +Det blir massa spänningar och jobbigt, massa konstiga sekundärstrukturer. +Som heter **supercoils** + +Det blir mkt motstånd, måste bli av med spänningarna, behöver någonting framför för att slappna av DNA:t + +---- + +![[Pasted image 20251121103912.png]] + +Går inte att snurra DNA-molekylerna, de blir fixerade och tar man bara helikaset. +Ju mer man kör ju mer spänningar, konstiga strukturer, stannar replikationen. +Får detta att slappna av. + +--- +Linking DNA + + +- Har ungefär 10.4 bp/varv. Fin avslappnad och optimerad DNA-helix. +- 160bp lång, får plats med 25 varv +![[Pasted image 20251121104100.png]] + +Man kan slå ihop de, så blir de så fint här: +![[Pasted image 20251121104106.png]] + +Men vad händer om man introducerar 5 extra varv, då bygger vi upp spänningar i molekylen. +Linking Number (Lk) är antal varv, det ska motsvara det optimera och helst vara 25 varv för 160 bp +- vad händer om det är mer eller mindre +- då förstör man DNA, det skapar topologisk stress + +Stress = fler antal varv än DNA strängarna + +---- +Topoismeraser är de som tar bort spänningarna i DNA. + +Det är specilla enzymer. +topo=läge +iso=samma +meris=del +-as=enzym + +Typ I: + - tar bort supercoils, öka linking number är mer korrekt + - kräver inte ATP +Typ II: + - Tar bort men kan också skapa, kräver ATP + +--- +Typ 1 + +Klyver ena strängen och tar bort ett varv i taget +- ändrar med en faktor av 1 +- använder energi i spänningen + +![[Pasted image 20251121104555.png]] + +--- +![[Pasted image 20251121104707.png]] +Typ II +- den klyver båda strängarna och låta en sträng +- låta en sträng komma igenom, den gör dubbelsträngat brott +- två varv i taget +- ändrar med en faktor av 2 +--- + +![[Pasted image 20251121105233.png]] + +Framför replikationsgaffeln sitter det topoisomeras II framför replikationsgaffeln och tar bort positiva supercoils + +I bakterier kallas topoisomeras typ II ofta för Gyras. Gyras-hämmare är en viktig grupp av antibiotika! Tex. Ciprofloxacin för urinvägsinfektioner + de är bredspektrumantibiotika eftersom det är mot många diff --git a/content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor.md b/content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor.md index 3c4b048..8ce508d 100644 --- a/content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor.md +++ b/content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor.md @@ -1,11 +1,11 @@ -Förklara följande begrepp: replikationsbubbla och replikationsgaffel. -Var är ett origin of replication? -Hur skiljer sig DNA-syntes åt på leading och lagging strand? -Vilken funktion har 3’ till 5’-exonukleas-aktiviteten som återfinns hos många DNA-polymeraser? -Vad är processivitet? Hur kan en sliding clamp stimulera processivitet? -Vad är ett primas? När behövs ett sådant enzym? -Hur går “Okazaki fragment maturation” till i våra celler? -Vilka aktiviteter är förknippade med exonukleas och endonukleas? -Hur fungerar helikas? -Vilken roll spelar enkelsträngsbindande proteiner? Vad heter detta protein i våra celler? -Varför bildas positiva supercoils? Vilka enzymer kan ta bort supercoils och hur? \ No newline at end of file +#### Förklara följande begrepp: replikationsbubbla och replikationsgaffel. +#### Var är ett origin of replication? +#### Hur skiljer sig DNA-syntes åt på leading och lagging strand? +#### Vilken funktion har 3’ till 5’-exonukleas-aktiviteten som återfinns hos många DNA-polymeraser? +#### Vad är processivitet? Hur kan en sliding clamp stimulera processivitet? +#### Vad är ett primas? När behövs ett sådant enzym? +#### Hur går “Okazaki fragment maturation” till i våra celler? +#### Vilka aktiviteter är förknippade med exonukleas och endonukleas? +#### Hur fungerar helikas? +#### Vilken roll spelar enkelsträngsbindande proteiner? Vad heter detta protein i våra celler? +#### Varför bildas positiva supercoils? Vilka enzymer kan ta bort supercoils och hur? \ No newline at end of file diff --git a/content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Stoff.md b/content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Stoff.md new file mode 100644 index 0000000..05cc238 --- /dev/null +++ b/content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Stoff.md @@ -0,0 +1,39 @@ +``` +Replikationsbubbla bildas vid {{c1::origin of replication}} där DNA öppnas och syntes sker i två riktningar. +Replikationsgaffel är punkten där {{c1::helikas separerar DNA}} och polymeras arbetar. +Origin of replication är {{c1::en specifik DNA-sekvens där replikation startar}}. +Leading strand syntetiseras {{c1::kontinuerligt}} i 5’→3’-riktning. +Lagging strand syntetiseras {{c1::diskontinuerligt}} som Okazaki-fragment. +Okazaki-fragment är {{c1::100–200 nt långa bitar i eukaryoter}}. +3’→5’-exonukleas hos DNA-polymeras ger {{c1::proofreading}}. +Proofreading tar bort {{c1::felaktig nukleotid}} innan kedjan fortsätter. +Processivitet är {{c1::polymerasets förmåga att fortsätta syntes utan att lossna}}. +Sliding clamp (PCNA) ökar processivitet genom {{c1::att hålla polymeraset fast på DNA}}. +Primas är {{c1::ett enzym som gör RNA-primers}}. +RNA-primers behövs för {{c1::att DNA-polymeras inte kan starta de novo}}. +Okazaki fragment maturation sker via {{c1::FEN1 som klyver flap + DNA-ligas som försluter nicken}}. +FEN1 är {{c1::ett endonukleas som tar bort RNA-primer-flaps}}. +Exonukleas tar bort nukleotider {{c1::från ändarna}}. +Endonukleas klyver DNA {{c1::mitt i strängen}}. +Helikas separerar DNA genom {{c1::ATP-driven upplindning av dubbelhelixen}}. +RPA (Replication Protein A) binder {{c1::enkelsträngat DNA och stabiliserar det}}. +Positiva supercoils bildas {{c1::framför helikas när DNA tvingas öppnas}}. +Topoisomeras I tar bort supercoils genom {{c1::enkelsträngsbrott utan ATP}}. +Topoisomeras II tar bort supercoils genom {{c1::dubbelsträngsbrott med ATP}}. +CMG-komplexet består av {{c1::Cdc45, MCM och GINS}}. +ORC är proteinkomplexet som {{c1::binder origin hela cellcykeln}}. +MCM laddas på DNA i {{c1::G1-fasen}}. +Cdc45 och GINS binder till MCM i {{c1::S-fasen}}. +CMG-helikaset aktiveras i S-fasen och {{c1::öppnar DNA vid replikationsstart}}. +PCNA:s roll är {{c1::sliding clamp som ökar polymerasets processivitet}}. +PCNA har formen av {{c1::en trimerisk ring}} runt DNA. +DNA-polymeras ε syntetiserar {{c1::leading strand}}. +DNA-polymeras δ syntetiserar {{c1::lagging strand}}. +Primers på lagging strand tas bort av {{c1::FEN1 och RNase H}}. +DNA-ligas försluter {{c1::nicks mellan Okazaki-fragment}}. +Topoisomeraser förhindrar {{c1::stopp i replikationen pga topologisk stress}}. +Supercoils uppstår eftersom {{c1::dubbelhelixen inte kan rotera fritt}}. +Bakteriofager får bakteriellt DNA genom {{c1::fel vid packning}} eller {{c2::imprecise excision av profag}}. +Eukaryot DNA-replikation sker alltid i {{c1::5’→3’-riktning}}. +Okazaki-fragment bildas endast på {{c1::lagging strand}}. +``` \ No newline at end of file diff --git a/content/Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md b/content/Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md index e69de29..418795a 100644 --- a/content/Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md +++ b/content/Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md @@ -0,0 +1,163 @@ +Brukar ställa frågor på de som finns i föreläsningar, titta på gamla frågor, inte ställa omöjliga frågor. + +Bakgrund: Vi ska bli läkare, behöver veta vad som händer i humana celler + + + +![[Pasted image 20251121111405.png]] +Generella bubblan gäller i våra celler +CMG helikas: +- Claes Mikael Gustavsson heter föreläsaren! +- MCM för att sätta ihop +- Gins +- Cdc45 + +Heter delta och epsilon heter polymerasen de är lite olika +sliding camps heter PCNA + +----- + +leading strand: +- DNA pol epsilon +- sliding clamp PCNA +lagging strand: +- DNA pol delta +- sliding clamp PCNA + +--- + +Löser problemet att RNA primer inte ska sitta löst + +Primaset skiljer sig lite gran +DNA-polymeras +- RNA-primarna är c:a 5 olika + - finns en risk att trilla av, de vill man inte i våra celler + - vi vill vara säkra på att den verkligen används +- alfa.primas +![[Pasted image 20251121111829.png]] +- DNA-polymeras alfa-primas +- både primas och polymeras i samma +- enzym som sitter ihop (namn?) + +om man har en mallsträng kommer enzymet att verka först + +de kan byta plats utan att släppa + +behöver bara en liten extra snutt, kommer sitta mkt mer stabilt på DNA, utan att det finns risk att primern trillar bort. + +![[Pasted image 20251121111945.png]] + + +Vad är de olika polymerasen? +- alpha-primas +- delta +- epsilon + +---- +![[Pasted image 20251121112158.png]] + +Ser likadana ut i bakterier, det är en ring som sitter och håller fast DNA pol +Man kan uttrycka antikroppar mot PCNA, kan kroppen utveckla av misstag. + +---- +SLE/Lupus PCNA ANA + +---- +![[Pasted image 20251121112518.png]] + +Kan inte dela innan DNA-syntesen är färdig och heller inte sätta igång, specifikt. +En gång per cellcykel. Då får vi felaktigt antal kopier. + +---- + +Vi har upp till 30 000 origins i våra cell +Alla går inte igång alltid +Många måste gå igång för att kunna replikera tillräckligt fort +50-300kbp +Ska börja ungefär samtidigt. +Alla behövs + +---- + +Hur hittar man en origin? + +Det finns ett komplex som binder hela tiden, Origin recognition complex - komplexet som hittar origin. Som består av 6 proteiner. Sitter fast hel cellcykeln. En slags markör. +![[Pasted image 20251121113014.png]] + +---- + +Hur påbörjas DNA replikation? + +--- +![[Pasted image 20251121113046.png]] +två rekryteringsfaktorer hjälper ORC att locka till sig DNA helikaset MCM. + +laddningsfaktorer: +- Cdc6 och cdt1 till ORC + + +1. ORC complex sitter i hel cellcykeln +2. CDC6 och CDT1 +3. Helikaset +4. Sen laddar CDC6/CDT1/ORC upp MCM i G1-fasen + +--- + +![[Pasted image 20251121113406.png]] + +Nu är det laddat, men inte aktivt. + +Kräver höga nivår av cyklinberoende kinas (CDK) för att kunna bilda CMG-helikaset + +Viktigt att det bara går att aktiva helikaset när det finns mycket CDK +- som en pistol som är laddad, för att kunna få iväg kulan +- CMG helikas smälts och replikationen kan man börja +- Se till att man inte får en dubbel aktivering (HUR?) + +Noggrant: skilj **laddning** från **aktivering** + +---- + +Problem vid DNA-replikation +Hur kan ändarna på linjärt DNA replikeras? Vi måste ju ha en RNA-primer? +Detta är ett klassiskt problem. + +--- + +![[Pasted image 20251121114215.png]] +- Behöver ha en RNA-primer i början, men när vi kommer ut i slutet +- den sista vi behöver lagging strand för behöver vi en primer +- de fixar inte primerasen +- vi kommer förlora lite i 5'-änden, över tiden blir det kortare och kortare till slut försvinner det +- hur säkerställs det att det gör att replikera hela vägen ut i ändan? + +--- + +I ändarna på kromsomerna kallas telomerer + +- De blir kortare och kortare till cellen dör +- Vilket betyder att en cell kan bara delas ett visst antal gånger, sen dör cellerna +- Men det gäller inte alla celler + - gäller somatiska celler + - gäller inte stamceller + - gäller inte cancerceller +- vad är det som gör att telomererna kan finnas kvar i stam och cancerceller, men det blir kortare och kortare i alla andra celler? +![[Pasted image 20251121114507.png]] + +--- + +I centrala dogman DNA→RNA→protein +Men det finns möjlighet att gå RNA→DNA vilket är omvänt transkriptas + +--- + +![[Pasted image 20251121114559.png]] + +Telomeras förlänger kromsomändarna. +- Sker genom att lägga till en kort, +- behöver en mall för att starta +- har med sig en egen bit RNA som fungerar som mall +- alla ändar ser likadana ut i slutändan (C A A U C C C A A U C) +- lägger till skräp DNA så det är okej att förlora lite i ändarna + + diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121091934.png b/content/attachments/Pasted image 20251121091934.png new file mode 100644 index 0000000..2b6dec8 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121091934.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121092321.png b/content/attachments/Pasted image 20251121092321.png new file mode 100644 index 0000000..7ddafee Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121092321.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121092516.png b/content/attachments/Pasted image 20251121092516.png new file mode 100644 index 0000000..b07ee97 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121092516.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121092705.png b/content/attachments/Pasted image 20251121092705.png new file mode 100644 index 0000000..a5d143a Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121092705.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121092822.png b/content/attachments/Pasted image 20251121092822.png new file mode 100644 index 0000000..afc77df Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121092822.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121093320.png b/content/attachments/Pasted image 20251121093320.png new file mode 100644 index 0000000..3f5fa7c Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121093320.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121093608.png b/content/attachments/Pasted image 20251121093608.png new file mode 100644 index 0000000..dd5163a Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121093608.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121093757.png b/content/attachments/Pasted image 20251121093757.png new file mode 100644 index 0000000..2c78740 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121093757.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121094040.png b/content/attachments/Pasted image 20251121094040.png new file mode 100644 index 0000000..efe33b1 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121094040.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121094218.png b/content/attachments/Pasted image 20251121094218.png new file mode 100644 index 0000000..b40d4a2 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121094218.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121094606.png b/content/attachments/Pasted image 20251121094606.png new file mode 100644 index 0000000..28581e9 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121094606.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121094625.png b/content/attachments/Pasted image 20251121094625.png new file mode 100644 index 0000000..0acfd57 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121094625.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121094943.png b/content/attachments/Pasted image 20251121094943.png new file mode 100644 index 0000000..1add6bd Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121094943.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121095304.png b/content/attachments/Pasted image 20251121095304.png new file mode 100644 index 0000000..5e554dd Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121095304.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121095710.png b/content/attachments/Pasted image 20251121095710.png new file mode 100644 index 0000000..cd9907e Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121095710.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121095938.png b/content/attachments/Pasted image 20251121095938.png new file mode 100644 index 0000000..885922b Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121095938.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121102046.png b/content/attachments/Pasted image 20251121102046.png new file mode 100644 index 0000000..d1d022d Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121102046.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121102319.png b/content/attachments/Pasted image 20251121102319.png new file mode 100644 index 0000000..44f6a63 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121102319.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121102545.png b/content/attachments/Pasted image 20251121102545.png new file mode 100644 index 0000000..571b517 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121102545.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121102658.png b/content/attachments/Pasted image 20251121102658.png new file mode 100644 index 0000000..04a231f Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121102658.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121102747.png b/content/attachments/Pasted image 20251121102747.png new file mode 100644 index 0000000..d67a1ef Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121102747.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121102941.png b/content/attachments/Pasted image 20251121102941.png new file mode 100644 index 0000000..65d4a4f Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121102941.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121103232.png b/content/attachments/Pasted image 20251121103232.png new file mode 100644 index 0000000..11bfd92 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121103232.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121103336.png b/content/attachments/Pasted image 20251121103336.png new file mode 100644 index 0000000..a39892d Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121103336.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121103747.png b/content/attachments/Pasted image 20251121103747.png new file mode 100644 index 0000000..768d66d Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121103747.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121103912.png b/content/attachments/Pasted image 20251121103912.png new file mode 100644 index 0000000..3e5fedf Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121103912.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121104100.png b/content/attachments/Pasted image 20251121104100.png new file mode 100644 index 0000000..b660d26 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121104100.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121104106.png b/content/attachments/Pasted image 20251121104106.png new file mode 100644 index 0000000..809609e Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121104106.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121104555.png b/content/attachments/Pasted image 20251121104555.png new file mode 100644 index 0000000..3101b2a Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121104555.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121104707.png b/content/attachments/Pasted image 20251121104707.png new file mode 100644 index 0000000..9ac1366 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121104707.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121105233.png b/content/attachments/Pasted image 20251121105233.png new file mode 100644 index 0000000..84c6417 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121105233.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121111405.png b/content/attachments/Pasted image 20251121111405.png new file mode 100644 index 0000000..99d4145 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121111405.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121111829.png b/content/attachments/Pasted image 20251121111829.png new file mode 100644 index 0000000..aecd462 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121111829.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121111945.png b/content/attachments/Pasted image 20251121111945.png new file mode 100644 index 0000000..71eb18f Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121111945.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121112158.png b/content/attachments/Pasted image 20251121112158.png new file mode 100644 index 0000000..659c3ec Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121112158.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121112518.png b/content/attachments/Pasted image 20251121112518.png new file mode 100644 index 0000000..e745c8f Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121112518.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121113014.png b/content/attachments/Pasted image 20251121113014.png new file mode 100644 index 0000000..ac2756e Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121113014.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121113046.png b/content/attachments/Pasted image 20251121113046.png new file mode 100644 index 0000000..cb3664b Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121113046.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121113406.png b/content/attachments/Pasted image 20251121113406.png new file mode 100644 index 0000000..e31c724 Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121113406.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121114215.png b/content/attachments/Pasted image 20251121114215.png new file mode 100644 index 0000000..3a6af9a Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121114215.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121114507.png b/content/attachments/Pasted image 20251121114507.png new file mode 100644 index 0000000..8b10a4c Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121114507.png differ diff --git a/content/attachments/Pasted image 20251121114559.png b/content/attachments/Pasted image 20251121114559.png new file mode 100644 index 0000000..99a5d3b Binary files /dev/null and b/content/attachments/Pasted image 20251121114559.png differ