vault backup: 2025-12-05 15:15:25

content/Biokemi/Metabolism/Elektrontransportkedjan/Anteckningar.md

@@ -30,18 +30,63 @@ Vad händer med NADH/FADH?
 
 ## Komplex I: NADH-Q-oxidoreduktas
 2é från NADH
+$4H^+$ pumpas för varje NADH
+$H^+$ tas upp från matrix
+Får 4.5 $H^+$
+
+Fyra ej kontinuerliga, vertikala $H^+$-kanaler
+Sammanbundna både på matrixsidan och mellanmembransidan.
+1. längsgående horisontell 𝛼-helix mot matrix
+2. b-hårsnål-helix motiv mot MMU
+- $Q + 2e^- → Q^{2-}$ → konformationsändring av 1 & 2 ovanför
+	- gör att protoner som bundit in på matrix-sidan kommer släppas lös på MMU-sidan
+NADH + Q + $5H^+_{matrix}$ → $NAD^+$ + $QH_2$  + $4H^+_{mmv}$
 ## Komplex II: Succinat-Q-reduktas 
 Kopplat till TCA
 ## Komplex III: Q-Cytrokrom-oxidoreduktas
 2é från $FADH_2$ via komplex II
+Får 3 $H^+$
+Q-pool
+- allt Q & Q$H_2$ som finns i membranet
+Q-cykeln
+- -2é från Q$H_2$  cytc kan ta emot é
+
+1. $QH_2$ 1 é → cytc
+	- 1é→ Q → $Q^-$ 
+		- får en radikal som är bunden, så den lossar inte (ofarlig)
+2. $QH_2$ 1 é → cytc
+	- 1é→ $Q^-$  → $Q^{2-}$ → $QH_2$  (sista tar upp $2H^+$ från matrix)
+$QH_2$ + $2CytC_{oxi}$ + $2H^+_{matrix}$ → Q + $2cytc_{reducerad}$ + 4$H^+_{mellanmembran}$
 ## Komplex IV:  Cytokrom-C-oxidas
 $2é + 2H^+ + 1/2 O_2 → H_2O$
-- kallas cellandningen
+- kallas cellandningen eller respiration
+Är konservativt, dvs viktigt protein.
+Krävs 4 st komplex.
+Får 3 $H^+$
+1. 2 $Cytc_{red}$ reducerar
+	1. Fe
+	2. Cu
+	3. 2$Cytc_{ox}$ bildas
+2. $O_2$ binder in  → peroxid
+	1. blått reducerat (i slide)
+	2. rött oxiderat (i slide)
+3. 2$Cytc_{red}$ binder → spjälkning av perioxid till 2HO
+	1. Får en $2CytC_{ox}$ 
+4. 2$H^+$ tas från matrix → 2$H_2O$
 
+Summering: 4 $Cytc_{red}$  + 8$H^+_{mat}$ + $O_2$ → 4$cytc_{ox}$ + 2 $H_2O$ + 4 $H^+_{mellanmembran}$ 
+# Sammanfattning om Komplex
 I 1,3,4 är fördelaktig att ge sig av elektron.
 Mesta energi används för att flytta mellan matrix och 
 Kemisk energi som bygger upp elektrisk energi
 
+Verkar viktigt: Följ vad som händer med de 2 elektronerna över de olika komplexen
+Får totalt upp ungefär:
+- ~10 $H^+$/$NADH^+$ (kan variera i olika källor)
+- ~6 $H^+$/$FADH_2$ (kan variera i olika källor)
+$FADH_2$ är värt något minde
+
+# Fråga
 ---
 
 Varför bildas gradienten av protoner och inte av tex $Na^+$ eller $Cl^-$?
@@ -80,7 +125,6 @@ Redoxpotentialen bestämmer ordningen av hur elektroner går igenom komplexen i
 ---
 
 # Elektrokemik gradient
-
 # $\frac{MMV: H+ H+ H+}{MAT: H+}$
 
 Gör att vi får:
@@ -96,10 +140,70 @@ När é ➖ avges följer protoner ➕ med
 → upptag av $H^+$ från matrix, frisläppning i MMU
 $H_2O$ 🚰 bärare av protoner $H_3O^+$ 
 
----
+
+# Fråga 2
 
 Vilken typer av aminosyror är lämpliga för protontransporter?
 - Aspartinsyra och Glutaminsyra har det lättast men Lys/His och Arg kan också
 	- de har negativt laddad 
 
 
+
+
+
+
+# Respirasom
+
+Komplex med 2 av komplex I, III och IV
+- dvs de som pumpar elektroner
+- ligger nära för att minska avståndet, elektroner rör sig inte långt
+- avstång ~15Å mellan é-bärare
+- Gör att é-transporten blir effektiv (möjlig)
+
+# ATP-syntas
+
+Den använder sig av den elektrokemiska gradienten. 
+Hittas i mitokondriens inre membran. 
+Består av två delar
+- en som sitter i membranet och
+- en som sitter i matrix
+- Roterar när $H^+$ släpps igenom
+	- $F_1$ i matrix, ATP-syntes
+
+I $F_0$ finns det: (snurrar inte)
+- a-subenheten är en halvkanaler för $H^+$
+	- $H^+$ binder från MMV till Asp/Glu → neutraliseras → $H^+$ överförs till c-ring → subenheten flyttar ett steg (45 grader i eukaryota)
+- c-ring:
+	- när den snurrat ett halvt varm kan $H^+$ frigöras i matrix
+	- sker snabbt och kontinuerligt
+	- mellan 8-14 subenheter
+$F_1$ finns (i matrix)
+- 𝛼-subenhet - varannan i ringen
+
+- β-subenhet - varannan i ringen
+	- här sker ATP-syntesen
+	- pendlar mellan open/tight/loose konformationer i ett varv
+		- **L**oose = ADP+Pi binder in
+		- **T**ight = ATP bildas
+		- **O**pen = frisläppning av ATP
+- γ-subenheter (gamma) - sitter i mitten
+	- förandrade till c-ringen och roterar med den asymmetri = olika interaktion vid de tre β-subenheterna
+	- nyckel för omvandling av  β-subenheterna
+- ε-subenheter (epsilon)
+	- namedrop!
+- bildar tillsammans en ring av 6-subenheter
+- 3 ATP per varv
+
+ADP + Pi <→ ATP
+- $H^+$ → $H_2C$
+- $H_2O$ → $H^+$ 
+
+~ 100 ATP/s & ATP-syntas
+~ 4$H^+$/ATP
+
+
+
+Förenkling:
+- Rotor: c, γ, ε.
+- Stator/Statiska: a, b, α₃β₃, δ.
+