diff --git a/content/Biokemi/Metabolism/Elektrontransportkedjan/Anteckningar.md b/content/Biokemi/Metabolism/Elektrontransportkedjan/Anteckningar.md index 9d40231..fc3977d 100644 --- a/content/Biokemi/Metabolism/Elektrontransportkedjan/Anteckningar.md +++ b/content/Biokemi/Metabolism/Elektrontransportkedjan/Anteckningar.md @@ -30,18 +30,63 @@ Vad händer med NADH/FADH? ## Komplex I: NADH-Q-oxidoreduktas 2é från NADH +$4H^+$ pumpas för varje NADH +$H^+$ tas upp från matrix +Får 4.5 $H^+$ + +Fyra ej kontinuerliga, vertikala $H^+$-kanaler +Sammanbundna både på matrixsidan och mellanmembransidan. +1. längsgående horisontell 𝛼-helix mot matrix +2. b-hårsnål-helix motiv mot MMU +- $Q + 2e^- → Q^{2-}$ → konformationsändring av 1 & 2 ovanför + - gör att protoner som bundit in på matrix-sidan kommer släppas lös på MMU-sidan +NADH + Q + $5H^+_{matrix}$ → $NAD^+$ + $QH_2$ + $4H^+_{mmv}$ ## Komplex II: Succinat-Q-reduktas Kopplat till TCA ## Komplex III: Q-Cytrokrom-oxidoreduktas 2é från $FADH_2$ via komplex II +Får 3 $H^+$ +Q-pool +- allt Q & Q$H_2$ som finns i membranet +Q-cykeln +- -2é från Q$H_2$ cytc kan ta emot é + +1. $QH_2$ 1 é → cytc + - 1é→ Q → $Q^-$ + - får en radikal som är bunden, så den lossar inte (ofarlig) +2. $QH_2$ 1 é → cytc + - 1é→ $Q^-$ → $Q^{2-}$ → $QH_2$ (sista tar upp $2H^+$ från matrix) +$QH_2$ + $2CytC_{oxi}$ + $2H^+_{matrix}$ → Q + $2cytc_{reducerad}$ + 4$H^+_{mellanmembran}$ ## Komplex IV: Cytokrom-C-oxidas $2é + 2H^+ + 1/2 O_2 → H_2O$ -- kallas cellandningen +- kallas cellandningen eller respiration +Är konservativt, dvs viktigt protein. +Krävs 4 st komplex. +Får 3 $H^+$ +1. 2 $Cytc_{red}$ reducerar + 1. Fe + 2. Cu + 3. 2$Cytc_{ox}$ bildas +2. $O_2$ binder in → peroxid + 1. blått reducerat (i slide) + 2. rött oxiderat (i slide) +3. 2$Cytc_{red}$ binder → spjälkning av perioxid till 2HO + 1. Får en $2CytC_{ox}$ +4. 2$H^+$ tas från matrix → 2$H_2O$ +Summering: 4 $Cytc_{red}$ + 8$H^+_{mat}$ + $O_2$ → 4$cytc_{ox}$ + 2 $H_2O$ + 4 $H^+_{mellanmembran}$ +# Sammanfattning om Komplex I 1,3,4 är fördelaktig att ge sig av elektron. Mesta energi används för att flytta mellan matrix och Kemisk energi som bygger upp elektrisk energi +Verkar viktigt: Följ vad som händer med de 2 elektronerna över de olika komplexen +Får totalt upp ungefär: +- ~10 $H^+$/$NADH^+$ (kan variera i olika källor) +- ~6 $H^+$/$FADH_2$ (kan variera i olika källor) +$FADH_2$ är värt något minde + +# Fråga --- Varför bildas gradienten av protoner och inte av tex $Na^+$ eller $Cl^-$? @@ -80,7 +125,6 @@ Redoxpotentialen bestämmer ordningen av hur elektroner går igenom komplexen i --- # Elektrokemik gradient - # $\frac{MMV: H+ H+ H+}{MAT: H+}$ Gör att vi får: @@ -96,10 +140,70 @@ När é ➖ avges följer protoner ➕ med → upptag av $H^+$ från matrix, frisläppning i MMU $H_2O$ 🚰 bärare av protoner $H_3O^+$ ---- + +# Fråga 2 Vilken typer av aminosyror är lämpliga för protontransporter? - Aspartinsyra och Glutaminsyra har det lättast men Lys/His och Arg kan också - de har negativt laddad + + + + +# Respirasom + +Komplex med 2 av komplex I, III och IV +- dvs de som pumpar elektroner +- ligger nära för att minska avståndet, elektroner rör sig inte långt +- avstång ~15Å mellan é-bärare +- Gör att é-transporten blir effektiv (möjlig) + +# ATP-syntas + +Den använder sig av den elektrokemiska gradienten. +Hittas i mitokondriens inre membran. +Består av två delar +- en som sitter i membranet och +- en som sitter i matrix +- Roterar när $H^+$ släpps igenom + - $F_1$ i matrix, ATP-syntes + +I $F_0$ finns det: (snurrar inte) +- a-subenheten är en halvkanaler för $H^+$ + - $H^+$ binder från MMV till Asp/Glu → neutraliseras → $H^+$ överförs till c-ring → subenheten flyttar ett steg (45 grader i eukaryota) +- c-ring: + - när den snurrat ett halvt varm kan $H^+$ frigöras i matrix + - sker snabbt och kontinuerligt + - mellan 8-14 subenheter +$F_1$ finns (i matrix) +- 𝛼-subenhet - varannan i ringen + +- β-subenhet - varannan i ringen + - här sker ATP-syntesen + - pendlar mellan open/tight/loose konformationer i ett varv + - **L**oose = ADP+Pi binder in + - **T**ight = ATP bildas + - **O**pen = frisläppning av ATP +- γ-subenheter (gamma) - sitter i mitten + - förandrade till c-ringen och roterar med den asymmetri = olika interaktion vid de tre β-subenheterna + - nyckel för omvandling av β-subenheterna +- ε-subenheter (epsilon) + - namedrop! +- bildar tillsammans en ring av 6-subenheter +- 3 ATP per varv + +ADP + Pi <→ ATP +- $H^+$ → $H_2C$ +- $H_2O$ → $H^+$ + +~ 100 ATP/s & ATP-syntas +~ 4$H^+$/ATP + + + +Förenkling: +- Rotor: c, γ, ε. +- Stator/Statiska: a, b, α₃β₃, δ. +