Remove weird dash
This commit is contained in:
@@ -4,5 +4,5 @@
|
||||
- Processivitet och proofreading.
|
||||
- DNA-molekylens topologiska egenskaper: superhelicitet och topoisomeraser.
|
||||
|
||||
**Mål – Studenten ska kunna**
|
||||
**Mål - Studenten ska kunna**
|
||||
Beskriva hur DNA replikeras i eukaryota celler. Funktionen hos enzymer som verkar på DNA.
|
||||
@@ -4,7 +4,7 @@ Replikationsgaffel är punkten där {{c1::helikas separerar DNA}} och polymeras
|
||||
Origin of replication är {{c1::en specifik DNA-sekvens där replikation startar}}.
|
||||
Leading strand syntetiseras {{c1::kontinuerligt}} i 5’→3’-riktning.
|
||||
Lagging strand syntetiseras {{c1::diskontinuerligt}} som Okazaki-fragment.
|
||||
Okazaki-fragment är {{c1::100–200 nt långa bitar i eukaryoter}}.
|
||||
Okazaki-fragment är {{c1::100-200 nt långa bitar i eukaryoter}}.
|
||||
3’→5’-exonukleas hos DNA-polymeras ger {{c1::proofreading}}.
|
||||
Proofreading tar bort {{c1::felaktig nukleotid}} innan kedjan fortsätter.
|
||||
Processivitet är {{c1::polymerasets förmåga att fortsätta syntes utan att lossna}}.
|
||||
@@ -47,7 +47,7 @@ Origin of replication är {{c1::en specifik DNA-sekvens där replikation initier
|
||||
Eukaryoter har {{c1::många origins}}, bakterier {{c2::ett origin}}.
|
||||
Leading strand syntetiseras {{c1::kontinuerligt}} i 5’→3’.
|
||||
Lagging strand syntetiseras {{c1::diskontinuerligt som Okazaki-fragment}}.
|
||||
Okazaki-fragment i eukaryoter är {{c1::100–200 nt}} långa.
|
||||
Okazaki-fragment i eukaryoter är {{c1::100-200 nt}} långa.
|
||||
DNA-polymeras kan bara syntetisera {{c1::5’→3’}}.
|
||||
3’→5’-exonukleas ger {{c1::proofreading och korrigering av fel}}.
|
||||
Processivitet är {{c1::polymerasets förmåga att fortsätta syntes utan att lossna}}.
|
||||
|
||||
@@ -1,4 +1,4 @@
|
||||
#### Instuderingsfrågor – RNA-syntes och processning
|
||||
#### Instuderingsfrågor - RNA-syntes och processning
|
||||
#### 1. Hur ser en transkriptionsbubbla ut?
|
||||
#### 2. Vilka tre typer av RNA-polymeraser finns i kärnan och vilka gener transkriberar de?
|
||||
#### 3. Vad är alfa-amanitin?
|
||||
|
||||
@@ -12,7 +12,7 @@ Förklara hur korrekturläsning fungerar på molekylär nivå under bakteriell r
|
||||
|
||||
Vilken roll spelar Mediatorn vid transkriptionell aktivering? (2p)
|
||||
|
||||
Vilket/vilka av följande alternativ beskriver en funktion för poly-A svansen i 3'–änden på eukaryot mRNA? (1p)
|
||||
Vilket/vilka av följande alternativ beskriver en funktion för poly-A svansen i 3'-änden på eukaryot mRNA? (1p)
|
||||
|
||||
**Välj ett eller flera alternativ:**
|
||||
|
||||
@@ -39,7 +39,7 @@ Vilka två av följande påståenden är korrekta?
|
||||
A) Var återfinns alfa-amanitin i naturen?
|
||||
B) Vilket enzym inhiberar denna substans?
|
||||
|
||||
Vilka två av följande alternativ beskriver funktioner för poly-A svansen i 3'–änden på eukaryot mRNA?
|
||||
Vilka två av följande alternativ beskriver funktioner för poly-A svansen i 3'-änden på eukaryot mRNA?
|
||||
|
||||
- Stimulerar transport av mRNA in till cellkärnan.
|
||||
- Skyddar mot felaktig splicing.
|
||||
|
||||
@@ -12,13 +12,13 @@ TATA-boxen består av en sekvens av AT-nukleotider med lägre smältpunkt (2 isf
|
||||
Promotor är den region av DNA som RNA polymeraset binder vid för att börja transkriptionen
|
||||
RNA-polymeras behöver hjälp att hitta startpunkten, och detta sker via promotorn, särskilt TATA-boxen och de basala transkriptionsfaktorerna
|
||||
De basala transkriptionsfaktorerna är: TFIID, TFIIA, TFIIB, TFIIE, TFIIF och TFIIH.
|
||||
TATA-boxen i promotorn ligger typiskt –25 till –30 baspar uppströms om transkriptionsstart
|
||||
TATA-boxen i promotorn ligger typiskt -25 till -30 baspar uppströms om transkriptionsstart
|
||||
De viktigaste transkriptionsfaktorerna är TFIID och TFIIH
|
||||
TFIID är transkriptionsfaktorn som startar transkriptionen
|
||||
TFIIH är transkriptionsfaktorn som startar elongeringen
|
||||
Elongering är fasen där RNA-polymeras rör sig längs DNA och förlänger RNA-kedjan genom att bygga in fler nukleotider.
|
||||
Första steget vid initiering av transkription tas när det TATA-bindande proteinet (TBP) binder in till promotorns TATA-box.
|
||||
TBP binder till minor groove och inducerar en kraftig böj i DNA –90°
|
||||
TBP binder till minor groove och inducerar en kraftig böj i DNA -90°
|
||||
TBP ingår i ett större komplex, som kallas TFIID
|
||||
Preinitieringskomplexet börjar med TFIID binder till TATA box via TBP.
|
||||
TFIIA binder in till TFIID
|
||||
@@ -51,9 +51,9 @@ Felaktig splicing kan göra att en del av ett intron blir kvar i mRNA:t och för
|
||||
Introner kan inte användas som kodande sekvens eftersom de ofta innehåller stopkodon.
|
||||
En mutation inne i intronet kan få spliceosomen att tro att det finns ett nytt splice site där.
|
||||
Delvis kvarhållet intron gör att proteinet blir förkortat eller icke-fungerande.
|
||||
RNA-pol I – 28S, 18S, 5.8S rRNA
|
||||
RNA-pol II – mRNA + miRNA + snRNA
|
||||
RNA-pol III – tRNA + 5S rRNA
|
||||
RNA-pol I - 28S, 18S, 5.8S rRNA
|
||||
RNA-pol II - mRNA + miRNA + snRNA
|
||||
RNA-pol III - tRNA + 5S rRNA
|
||||
Alfa-amanitin är ett svampgift som specifikt hämmar RNA-pol II (och delvis III), vilket stoppar mRNA-syntes.
|
||||
En transkriptionsbubbla innehåller ~17 baspar öppnat DNA, en RNA–DNA-hybrid på ca 8–9 nukleotider och ett växande RNA som matas ut ur polymeraset.
|
||||
En transkriptionsbubbla innehåller ~17 baspar öppnat DNA, en RNA-DNA-hybrid på ca 8-9 nukleotider och ett växande RNA som matas ut ur polymeraset.
|
||||
```
|
||||
@@ -3,7 +3,7 @@
|
||||
- Barriärfunktionen.
|
||||
- Membrandomäner.
|
||||
- Glykokalyx struktur.
|
||||
- Glykokalyx roll för igenkänning – cell-cell + cell-mikrob.
|
||||
- Glykokalyx roll för igenkänning - cell-cell + cell-mikrob.
|
||||
- Cell-cell-interaktioner.
|
||||
- Celladhesionsmolekyler.
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -56,10 +56,10 @@ Polära eftersom de har OH-grupper
|
||||
- Serin (Ser)
|
||||
- -OH
|
||||
- Treonin (Tre)
|
||||
- $–CH₂–OH$
|
||||
- $-CH₂-OH$
|
||||
- Essentiell
|
||||
- Tyrosin (Tyr)
|
||||
- $–CH(OH)–CH₃$
|
||||
- $-CH(OH)-CH₃$
|
||||
|
||||
#### Sulfhyhlil
|
||||
Polär
|
||||
@@ -71,18 +71,18 @@ Polär
|
||||
### Amider
|
||||
Polär
|
||||
|
||||
Med en kvävegrupp –NH₂
|
||||
Med en kvävegrupp -NH₂
|
||||
|
||||
- Aspargarin (Asn)
|
||||
- $–CH₂–CONH₂$
|
||||
- $-CH₂-CONH₂$
|
||||
- Glutamin (Gln)
|
||||
- $–CH₂–CH₂–CONH₂$
|
||||
- $-CH₂-CH₂-CONH₂$
|
||||
|
||||
#### Imidazol
|
||||
Polär
|
||||
|
||||
- Histidin (His)
|
||||
- $–(CH₂)₃–NH–C(=NH₂⁺)–NH₂$
|
||||
- $-(CH₂)₃-NH-C(=NH₂⁺)-NH₂$
|
||||
- $pK_a$ ligger nära fysiologisk pH
|
||||
- förekommer också i joniserad form
|
||||
- de flesta är inte, liten del kommer vara protonerad
|
||||
@@ -93,15 +93,15 @@ Ytterligare en syra
|
||||
Negativt laddade
|
||||
|
||||
- Aspartat (Asp)
|
||||
- $–CH₂–COO⁻$
|
||||
- $-CH₂-COO⁻$
|
||||
- Glutamat (Glu)
|
||||
- $–CH₂–CH₂–COO⁻$
|
||||
- $-CH₂-CH₂-COO⁻$
|
||||
|
||||
#### Baser
|
||||
Netto-laddning +1/-1
|
||||
Basiska, dvs positivt laddade
|
||||
- Lysin (Lys) $–CH₂–imidazolring$
|
||||
- Arginin (Arg) $–(CH₂)₄–NH₃⁺$
|
||||
- Lysin (Lys) $-CH₂-imidazolring$
|
||||
- Arginin (Arg) $-(CH₂)₄-NH₃⁺$
|
||||
|
||||
Sju aminosyror har pH-känslighet
|
||||
![[Pasted image 20251106092004.png|300]]
|
||||
|
||||
@@ -81,8 +81,8 @@ finns alltid en viss mängd av HSP70, men vid feber får vi fler då hydrofoba d
|
||||
#### Chaperonier
|
||||
Heter HSP60, den är större än chaperoner pga många subenheter
|
||||
|
||||
De skapar en skyddad miljö genom att föra polypeptidkedjan till chaperoner, där den kan veckas utan att interagera med andra molekyler i cytoplasman. Inuti chaperonen finns en **burk-liknande struktur** – stora ringar som omsluter en **hålighet** med en **optimerad miljö** för korrekt veckning.
|
||||
Aggregat är skadliga för cellen eftersom de **förhindrar proteiner från att utföra sin normala funktion** och leder till **dysfunktion**. Dessutom är de **svåra att bryta ned eller eliminera**, vilket gör att de kan **ansamlas och störa cellens processer** – något cellen försöker undvika med hjälp av chaperoner och nedbrytningssystem.
|
||||
De skapar en skyddad miljö genom att föra polypeptidkedjan till chaperoner, där den kan veckas utan att interagera med andra molekyler i cytoplasman. Inuti chaperonen finns en **burk-liknande struktur** - stora ringar som omsluter en **hålighet** med en **optimerad miljö** för korrekt veckning.
|
||||
Aggregat är skadliga för cellen eftersom de **förhindrar proteiner från att utföra sin normala funktion** och leder till **dysfunktion**. Dessutom är de **svåra att bryta ned eller eliminera**, vilket gör att de kan **ansamlas och störa cellens processer** - något cellen försöker undvika med hjälp av chaperoner och nedbrytningssystem.
|
||||
|
||||
- dubbla ringar med hålighet
|
||||
- skyddar miljö för veckning
|
||||
|
||||
@@ -59,10 +59,10 @@ sialinsyra
|
||||
- skiljer sig mycket mot andra
|
||||
|
||||
kunna skilja:
|
||||
- **Blodsocker (glukos)** – en enkel sockerart (monosackarid) som används direkt som energikälla i kroppen.
|
||||
- **Acetylamin** – en kemisk grupp (–NHCOCH₃) som innehåller kväve och syre; den kan kopplas till socker och göra dem mer komplexa.
|
||||
- **N-acetylglukosamin** – en glukosmolekyl där en hydroxylgrupp ersatts av en acetylamin-grupp; bygger t.ex. upp kitin och delar av cellväggar och glykoproteiner.
|
||||
- **Sialinsyra** – en negativt laddad sockerderivat som ofta sitter ytterst på cellers ytskikt; viktig för celligenkänning och virusbindning.
|
||||
- **Blodsocker (glukos)** - en enkel sockerart (monosackarid) som används direkt som energikälla i kroppen.
|
||||
- **Acetylamin** - en kemisk grupp (-NHCOCH₃) som innehåller kväve och syre; den kan kopplas till socker och göra dem mer komplexa.
|
||||
- **N-acetylglukosamin** - en glukosmolekyl där en hydroxylgrupp ersatts av en acetylamin-grupp; bygger t.ex. upp kitin och delar av cellväggar och glykoproteiner.
|
||||
- **Sialinsyra** - en negativt laddad sockerderivat som ofta sitter ytterst på cellers ytskikt; viktig för celligenkänning och virusbindning.
|
||||
|
||||
blodsocker är viktigt att kua reglera i kroppen
|
||||
- normal 3.3-5.6 mmol/liter
|
||||
|
||||
@@ -27,7 +27,7 @@ Att enzymet laktas inte fungerar fullt ut och laktos kan inte spjälkas ner till
|
||||
#### Redogör för AB0-blodgruppssystemet.
|
||||
#### På vilket sätt är biologiska barns blodgrupp kopplade till föräldrarnas
|
||||
#### blodgrupp
|
||||
#### Människor har både blodgruppsantigener och antikroppar mot blodgrupper i sitt blod. Förklara vad detta innebär – vilka blodgrupper har man antikroppar mot om man har blodgrupp:
|
||||
#### Människor har både blodgruppsantigener och antikroppar mot blodgrupper i sitt blod. Förklara vad detta innebär - vilka blodgrupper har man antikroppar mot om man har blodgrupp:
|
||||
a) A
|
||||
b) B
|
||||
c) O
|
||||
|
||||
@@ -3,7 +3,7 @@
|
||||
~~**Monosackarider:** glukos (struktur ska kunnas), galaktos, N-acetylglukosamin, N-acetylgalaktosamin, fukos, sialinsyra.~~
|
||||
**Disackarider:** laktos, galaktosemi, laktosintolerans.
|
||||
**Glykokonjugat:** glykoproteiner (N-linked + O-linked) / glykolipider / proteoglykaner (principiell struktur ska kunnas), mucopolysackaridos.
|
||||
**Diversitet – AB0-systemet.**
|
||||
**Diversitet - AB0-systemet.**
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -17,7 +17,7 @@ B) Till vilken position är basen kopplad?
|
||||
|
||||
Den vanligaste formen som DNA antar kallas B-DNA. Vilka två påståenden stämmer om denna? (2p)
|
||||
|
||||
Det är mellan 10 – 10,4 baspar per varv av helixen.
|
||||
Det är mellan 10 - 10,4 baspar per varv av helixen.
|
||||
Den är vänstervriden.
|
||||
Avståndet mellan baspar är cirka 3,4 Å.
|
||||
De två strängarna parallella.
|
||||
|
||||
@@ -12,7 +12,7 @@ Gillar inte den modellen för att de finns inte magneter i alla enzymer, det är
|
||||
Enzymerna gör det med en med en katalytisk klyfta, den är särskiljt uppbyggt för att uppnås selektivtet ett snäft, molekyler som passar just lär, en unik kemisk miljö för att uppnå TS, sluter ut vattenmolekylerna som ska utesluta eftersom de inte behövs
|
||||
#### Hur snabbt kan ett enzym arbeta?
|
||||
|
||||
Michaelis–Menten
|
||||
Michaelis-Menten
|
||||
# $E + S \;\xrightleftharpoons[k_{-1}]{k_{1}}\; ES \;\xrightarrow{k_{2}}\; E + P$
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251114102644.png]]
|
||||
@@ -118,7 +118,7 @@ enzymer som katalyserar proteolys = proteaser
|
||||
Ett serin proteas
|
||||
substrat: peptid-bindning efter Phe/Met
|
||||
|
||||
**Den klassiska triaden (Ser–His–Asp):**
|
||||
**Den klassiska triaden (Ser-His-Asp):**
|
||||
- **Aspartat** negativt laddad, stabiliserar histidin och gör att hela systemet hålls i rätt laddningsfördelning.
|
||||
- **Histidin** fungerar som en proton-shuttle och gör serin mycket mer reaktiv.
|
||||
- **Serin** har en alkoholgrupp fungerar som den nukleofila attackpunkten.
|
||||
|
||||
@@ -66,7 +66,7 @@ Summan av all energi i ett separat system behålls
|
||||
Universums totala entropi ökar
|
||||
Blir ett system ordnat måste ett annat be oordnat.
|
||||
#### 3. Entropi av ett perfekt (kristallint) ordnat ämne går till 0 när T → 0 K
|
||||
Vid denna temperatur är alla partiklar ordnade i sitt **mest stabila** tillstånd, **utan** rörelse eller oordning. Eftersom entropi mäter systemets oordning eller antalet möjliga mikrotillstånd, finns bara ett enda tillstånd kvar – **den fullständigt ordnade kristallen**. Därför blir entropin S = 0. Detta ger en naturlig nollpunkt för entropiskalan och förklarar varför det är omöjligt att nå 0 K: all energiöverföring skulle upphöra och ingen ytterligare minskning av entropin vore möjlig.
|
||||
Vid denna temperatur är alla partiklar ordnade i sitt **mest stabila** tillstånd, **utan** rörelse eller oordning. Eftersom entropi mäter systemets oordning eller antalet möjliga mikrotillstånd, finns bara ett enda tillstånd kvar - **den fullständigt ordnade kristallen**. Därför blir entropin S = 0. Detta ger en naturlig nollpunkt för entropiskalan och förklarar varför det är omöjligt att nå 0 K: all energiöverföring skulle upphöra och ingen ytterligare minskning av entropin vore möjlig.
|
||||
|
||||
Ju mindre energi vatten har, ju mer oordnad är den
|
||||
oordning = rörelse? Ordningen gäller också tid/rörelse
|
||||
@@ -134,7 +134,7 @@ gäller också information som är lagrad i t.ex. DNA, sker inte spontant, har i
|
||||
Enkelt sätt att förutsäga en kemisk reaktion
|
||||
|
||||
$\Delta G = \Delta H_{system} - T\Delta S_{system}$
|
||||
- H (entalpi): systemets värmeinnehåll – den energi som frigörs eller upptas vid reaktionen.
|
||||
- H (entalpi): systemets värmeinnehåll - den energi som frigörs eller upptas vid reaktionen.
|
||||
- S (entropi): systemets grad av oordning eller antalet möjliga mikrotillstånd.
|
||||
∆G < 0 ⇒ nettoreaktion: A → B
|
||||
∆G > 0 ⇒ nettoreaktion: A ← B
|
||||
|
||||
@@ -1,5 +1,5 @@
|
||||
#### Termodynamik
|
||||
Berg kap 1: sid 12–15, kap 5.2, kap 115: sid 449–456
|
||||
Berg kap 1: sid 12-15, kap 5.2, kap 115: sid 449-456
|
||||
|
||||
#### Nyckelord
|
||||
Grundkoncept och termodynamikens tre lagar.
|
||||
|
||||
@@ -23,7 +23,7 @@ En allvarlig komplikation till bl.a. Covid-19 är så kallad Acute Respiratory D
|
||||
vätskeansamling (ödem) i alveolerna. Ödemet leder till att mindre syre når blodet och att mindre koldioxid lämnar blodet. Beskriv hur den minskade mängden syre och den ökade mängden koldioxid påverkar hemoglobinets struktur och funktion.
|
||||
|
||||
Mindre O₂ gör att hemoglobin stabiliseras i **T-state** (tensed), den låga-affinitetsformen → svårare att binda syre. Ökad CO₂ och därmed högre H⁺ (lägre pH) protonerar sidokedjor i Hb och skapar **saltbryggor** som ytterligare stabiliserar T-state (Bohr-effekten). CO₂ binder dessutom **karbamater** till N-terminalerna i Hb och sänker affiniteten ytterligare.
|
||||
Resultatet är **högerförskjuten dissociationskurva**, lägre O₂-bindning och snabbare O₂-släpp – men vid ARDS räcker inte detta för att kompensera för den låga syrgaskoncentrationen.
|
||||
Resultatet är **högerförskjuten dissociationskurva**, lägre O₂-bindning och snabbare O₂-släpp - men vid ARDS räcker inte detta för att kompensera för den låga syrgaskoncentrationen.
|
||||
|
||||
### Blodgrupper
|
||||
En lyckad transfusion av blod från en individ till en annan är beroende av att individerna har kompatibla blodgrupper. Om blodgrupperna inte är kompatibla kan en livshotande reaktion utlösas. Redogör för reaktionen för molekylär nivå.
|
||||
@@ -36,7 +36,7 @@ När ett enzyms Km ligger nära den faktiska substratkoncentrationen fungerar en
|
||||
### Kofaktorer
|
||||
Kofaktorer bundna till proteiner är viktiga för att möjliggöra vissa kemiska reaktioner och därmed utöka repertoaren av reaktioner de kan utföra. Redogör för vad en kofaktor är och hur kofaktorerna ... kan hjälpa enzymer att uppnå effektivitet i de reaktioner de katalyserar.
|
||||
|
||||
Kofaktorer är små icke-proteinkomponenter som ett enzym behöver för att katalysera reaktioner som aminosyror själva inte klarar av. De kan vara **metalljoner** (t.ex. Zn²⁺, Mg²⁺, Fe²⁺) eller **organiska molekyler** som ofta kallas **coenzymer** (t.ex. NAD⁺, FAD, CoA, TPP, biotin). Kofaktorer kan bära elektroner, protoner eller kemiska grupper, stabilisera övergångstillstånd eller skapa reaktiva intermediärer. Genom att tillföra nya kemiska egenskaper – redoxförmåga, gruppöverföring, syra–bas-katalys eller strukturell stabilisering – ökar de både reaktionshastighet och specificitet och gör att enzymet kan utföra reaktioner som annars vore omöjliga.
|
||||
Kofaktorer är små icke-proteinkomponenter som ett enzym behöver för att katalysera reaktioner som aminosyror själva inte klarar av. De kan vara **metalljoner** (t.ex. Zn²⁺, Mg²⁺, Fe²⁺) eller **organiska molekyler** som ofta kallas **coenzymer** (t.ex. NAD⁺, FAD, CoA, TPP, biotin). Kofaktorer kan bära elektroner, protoner eller kemiska grupper, stabilisera övergångstillstånd eller skapa reaktiva intermediärer. Genom att tillföra nya kemiska egenskaper - redoxförmåga, gruppöverföring, syra-bas-katalys eller strukturell stabilisering - ökar de både reaktionshastighet och specificitet och gör att enzymet kan utföra reaktioner som annars vore omöjliga.
|
||||
### Metanol
|
||||
Förklara hur förtäring av metanol kan ge svåra förgiftningsskador samt hur etanol kan förhindra förgiftningen.
|
||||
|
||||
|
||||
Reference in New Issue
Block a user