vault backup: 2025-11-24 10:14:26

content/.obsidian/appearance.json

@@ -1,5 +1,5 @@
 {
   "theme": "system",
-  "showRibbon": true,
+  "showRibbon": false,
   "baseFontSize": 12
 }

content/Biokemi/Cellulära processer/Kontroll av genuttryck i prokaryoter/Anteckningar.md

@@ -4,4 +4,161 @@ tags:
   - anatomi
   - kontroll-av-genuttryck-i-prokaryoter
 föreläsare: Claes Gustavsson
+date: 2025-11-24
 ---
+---
+
+Ska kunna Ribonukleotidreduktas (RNR)
+
+Teori om RNA kom före DNA
+Först bildas dNTP som förvandlas till NTP.
+Reducera när man tar bort ett syre
+
+----
+**VAD ÄR EN GEN?**
+Gen
+- upphov till fungerande protein
+- strukturell som ger ett tRNA eller rRNA
+- inte bara den kodande delen utan allting som ligger runt omkring, som bestämmer hur mycket och om ett protein ska tillverkas
+	- t.ex. promotor, enhancer
+---
+**Olika gener uttrycks olika mycket**
+
+Kan skilja sig hur mycket vissa gener uttrycks
+Kan behöva olika mycket i olika celler
+Translationseffektiviteten kan skilja sig
+Gener och genuttryck kan regleras på flera olika nivår
+- transkription
+- translation
+
+De kommer inte alltid till uttryck lika mycket, beror på behov
+Undantag är housekeeping genes som 
+- t.ex. histoner behöver vi alltid ha packat
+- det är inte mycket reglering
+De flesta: det kan vara mycket/lite/inget alls
+----
+**Transkriptionsinitiering**
+
+RNA-pol promotor kör igång transkription
+Hur hittar ett polymeras till en promotor?
+- hur hittar de TF?
+RNA pol
+* har en svag ospecifik dragning till DNA
+* den åker på ytan av DNA, när de kommer fram till promotorn känner den det
+* fram eller tillbaka
+
+----
+**Kodande sträng och mall**
+
+----
+**Båda strängarna i DNA kan används som mall-sträng för RNA syntes.
+
+Generna har olika riktning i samma sekvens
+De har inte en enhetlig riktning
+Båda strängarna kan användas för mall för RNA syntes
+Beroende på håll är olika strängar mall
+
+----
+**Vilken sträng i DNA som skrivs av till RNA bestäms av den riktning som RNA-polymeraset rör sig** 
+
+Övre bild
+Undre strängen används som mallsträng, det är den 3'→5', läser av G:erna och då blir det då C:n, får en produkt som liknar den övre strängen
+
+Undre bild
+Om man startar från andra hållet, då är den övre delen som är mallsträng
+
+RNA syntesiseras alltid 5 → 3 riktning. Riktningen avgör vilken som är mall eller kodande.
+
+Kan promotorn användas åt båda hållen? En promotor har en riktning som är bra på att sätta igång, men ibland kan det hända att det går åt andra hållet.
+
+----
+**Promotorn bestämmer i vilken riktning RNA- polymeraset skall transkribera!** 
+
+I virus/bakterier finns det exempel (ovanligt i våra)
+- de kan gå in i varandra, överlappar
+Intron kan vara protein som ligger åt andra hållet.
+
+Virus behöver små genom, de gör de mer konkurrenskraftiga. Då kan man hitta överlappningar ibland.
+
+---
+
+**Hos bakterier kan en transkriptionsenhet bestå av flera gener Man brukar kalla en sådan enhet för ett ”operon”**
+
+Packar ihop olika gener till en stor enhet. Som kodar för 5 olika proteiner. Men de jobbar tillsammans för att skapa något, så de ligger tillsammans, de har en gemensam promotor för alltihop.
+Det ser vi inte i våra celler, men vanligt i bakterier. 
+Ett **operon** är ett långt mRNA som kodar för flera olika proteiner 
+
+Klassikt exempel är enzymer som krävs för att skapa tryptofan
+
+
+----
+**I ett bakteriellt mRNA från ett operon finns många startplatser för translation**
+
+För att skilja startplats och aminosyra, finns en liten extra kodon som heter Shine-Dalgarno site
+Tillsammans med AUG kommer de sägas att här är en translation
+
+Det finns bilder där man tagit på bakteriellt DNA där ribosomerna sitter på många platser och ger upphov till olika proteiner.
+I våra celler lockar cappen till ribosomen, man letar reda på det första AUG som man hittar. 
+Pga av operon behövs det Shine-Dalgarno-platser så man vet vad som är Metionin (AUG) eller start (AUG)
+
+----
+### E. coli RNA polymeras
+E. coli RNA polymeras är ett mindre och enklare.
+- beta är det katalytiska subenheten
+- sigma styr enzymet till promotorn
+
+a+b behövs för transkribera
+sigma har rollen att hitta promtorn, styra enzymet till det
+
+---
+### Sigma subenheten hjälper RNA-polymeraset att hitta till promotorn och påverkar enzymets allmänna egenskaper
+
+När promotorn har hitttas så lossnar sigma-faktorn.
+
+Holoenzymet är allting tillsammans (holistiskt syn), som innehåller sigma-faktorn
+Då har man kärnenzymet/grundläggande kvar.
+När enzymet innehåller sigma-faktorn binder den väldigt svagt till ospecifikt DNA, att den glider försiktigt längs med ytan
+Med sigma-faktorn hittar E. Colis pol 10 000ggr snabbare en promotor.
+
+Kärnenzymet kör fast hela tiden, har svårt att hitta promotorn.
+
+---
+Efter initiering släpper sigma-faktorn och RNA- polymeraset fortsätter på egen hand. Det
+
+När man startar transkription släpper sigma-faktorn. Sen fortsätter RNA-polymeraset på egen hand tills den terminerar.
+
+Enda uppgifterna är att hitta promtor, sen släpper den
+
+---
+
+Det finns sju olika sigma-subenheter som reglerar olika typer av gener
+
+Beroende på situation som bakterien befinner sig i, kan du uttrycka olika sigma-faktorer, som uttrycker olika gener.
+Så när en viss gen behövs slås en viss sigma-faktor på.
+
+Det finns särskilda sigma faktorer för snabb tillväxt, för att skydda mot värme- shock, för att stimulera rörelse etc.
+
+T.ex när det blir väldigt varmt, de gillar inte bakterier, de packar ihop sig etc. Det finns speciella typer av sigma-subenheter för just där bort.
+
+Behöver inte lära sig alla sigma-faktorerna
+
+Det räcker inte att ha sigma-faktor, det finns andra nivåer av regleringar.
+
+----
+
+### Aktivatorer och repressorer
+
+Har proteiner som slår på (aktivatorer) eller slår av (repressorer) en gen i närheten.
+
+Det finns bindningsställer för aktivatorer och repressorer nära promotorn
+Regulatoriska sekvenser är platser i DNA där aktivatorer och repressorer binder.
+Speciellt i bakterier är att när repressorn binder brukar man kalla det operator.
+Man hittade först att operon kunde stängas av.
+
+---
+
+### I ett typiskt operon återfinns en ”operator”. 
+
+Det är dit repressorn binder. 
+
+För att hindra någonting att hända, då binder ett repressor dit som sitter som en betongsugga, i vägen så transkriptionen inte kan. Den sitter i vägen, DNA pol kan inte komma in.

content/Stoff.md

@@ -0,0 +1,21 @@
+```
+Reducera när man tar bort ett syre
+I en gen ingår även reglersekvenser, inte bara 
+Genuttryck är när xxx
+Undantag är housekeeping genes som xxx
+RNA syntesiseras alltid 5 → 3 riktning. Riktningen avgör vilken av strängarna som är mall eller kodande.
+Promotorn bestämmer i vilken riktning RNA- polymeraset skall transkribera
+En transkriptionsenhet är den sekvens i DNA som transkriberas till RNA. Startar vid promotorn och slutar vid terminatorn
+Ett operon är ett långt mRNA som kodar för flera olika proteiner
+I ett bakteriellt mRNA från ett operon finns många startplatser för translation
+För att skilja startplats och aminosyra, finns en liten extra kodon som heter Sine-Dalgarno site
+E. coli DNA polymeras har en beta subenhet som är det katalytiska subenheten
+E. coli DNA polymeras har en sigma subenhet som hjälper till att hitta promotorn
+När E. coli DNA polymeras innehåller sigma-faktorn binder den väldigt svagt till ospecifikt DNA, att den glider försiktigt längs med ytan
+Bakteriellt RNA-polymeras glider längs DNA och letar efter en promotor.
+I bakterier finns sju olika sigma-subenheter som reglerar olika typer av gener
+I bakterier finns särskilda sigma faktorer för snabb tillväxt, för att skydda mot värme- shock, för att stimulera rörelse etc.
+I bakterier finns bindningsställer för aktivatorer och repressorer nära promotorn
+Regulatoriska sekvenser är platser i DNA där aktivatorer och repressorer binder.
+En operator är en DNA-sekvens till vilken en repressor kan binda för att blockera initiering av transkription.
+```