From 75d974d33cac4af040c3f965936c6a9e28cfb611 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Johan Dahlin Date: Mon, 24 Nov 2025 10:14:26 +0100 Subject: [PATCH] vault backup: 2025-11-24 10:14:26 --- content/.obsidian/appearance.json | 2 +- .../Anteckningar.md | 157 ++++++++++++++++++ content/Stoff.md | 21 +++ 3 files changed, 179 insertions(+), 1 deletion(-) create mode 100644 content/Stoff.md diff --git a/content/.obsidian/appearance.json b/content/.obsidian/appearance.json index f8a91da..ad0dafd 100644 --- a/content/.obsidian/appearance.json +++ b/content/.obsidian/appearance.json @@ -1,5 +1,5 @@ { "theme": "system", - "showRibbon": true, + "showRibbon": false, "baseFontSize": 12 } \ No newline at end of file diff --git a/content/Biokemi/Cellulära processer/Kontroll av genuttryck i prokaryoter/Anteckningar.md b/content/Biokemi/Cellulära processer/Kontroll av genuttryck i prokaryoter/Anteckningar.md index 90a0932..9d5a85a 100644 --- a/content/Biokemi/Cellulära processer/Kontroll av genuttryck i prokaryoter/Anteckningar.md +++ b/content/Biokemi/Cellulära processer/Kontroll av genuttryck i prokaryoter/Anteckningar.md @@ -4,4 +4,161 @@ tags: - anatomi - kontroll-av-genuttryck-i-prokaryoter föreläsare: Claes Gustavsson +date: 2025-11-24 --- +--- + +Ska kunna Ribonukleotidreduktas (RNR) + +Teori om RNA kom före DNA +Först bildas dNTP som förvandlas till NTP. +Reducera när man tar bort ett syre + +---- +**VAD ÄR EN GEN?** +Gen +- upphov till fungerande protein +- strukturell som ger ett tRNA eller rRNA +- inte bara den kodande delen utan allting som ligger runt omkring, som bestämmer hur mycket och om ett protein ska tillverkas + - t.ex. promotor, enhancer +--- +**Olika gener uttrycks olika mycket** + +Kan skilja sig hur mycket vissa gener uttrycks +Kan behöva olika mycket i olika celler +Translationseffektiviteten kan skilja sig +Gener och genuttryck kan regleras på flera olika nivår +- transkription +- translation + +De kommer inte alltid till uttryck lika mycket, beror på behov +Undantag är housekeeping genes som +- t.ex. histoner behöver vi alltid ha packat +- det är inte mycket reglering +De flesta: det kan vara mycket/lite/inget alls +---- +**Transkriptionsinitiering** + +RNA-pol promotor kör igång transkription +Hur hittar ett polymeras till en promotor? +- hur hittar de TF? +RNA pol +* har en svag ospecifik dragning till DNA +* den åker på ytan av DNA, när de kommer fram till promotorn känner den det +* fram eller tillbaka + +---- +**Kodande sträng och mall** + +---- +**Båda strängarna i DNA kan används som mall-sträng för RNA syntes. + +Generna har olika riktning i samma sekvens +De har inte en enhetlig riktning +Båda strängarna kan användas för mall för RNA syntes +Beroende på håll är olika strängar mall + +---- +**Vilken sträng i DNA som skrivs av till RNA bestäms av den riktning som RNA-polymeraset rör sig** + +Övre bild +Undre strängen används som mallsträng, det är den 3'→5', läser av G:erna och då blir det då C:n, får en produkt som liknar den övre strängen + +Undre bild +Om man startar från andra hållet, då är den övre delen som är mallsträng + +RNA syntesiseras alltid 5 → 3 riktning. Riktningen avgör vilken som är mall eller kodande. + +Kan promotorn användas åt båda hållen? En promotor har en riktning som är bra på att sätta igång, men ibland kan det hända att det går åt andra hållet. + +---- +**Promotorn bestämmer i vilken riktning RNA- polymeraset skall transkribera!** + +I virus/bakterier finns det exempel (ovanligt i våra) +- de kan gå in i varandra, överlappar +Intron kan vara protein som ligger åt andra hållet. + +Virus behöver små genom, de gör de mer konkurrenskraftiga. Då kan man hitta överlappningar ibland. + +--- + +**Hos bakterier kan en transkriptionsenhet bestå av flera gener Man brukar kalla en sådan enhet för ett ”operon”** + +Packar ihop olika gener till en stor enhet. Som kodar för 5 olika proteiner. Men de jobbar tillsammans för att skapa något, så de ligger tillsammans, de har en gemensam promotor för alltihop. +Det ser vi inte i våra celler, men vanligt i bakterier. +Ett **operon** är ett långt mRNA som kodar för flera olika proteiner + +Klassikt exempel är enzymer som krävs för att skapa tryptofan + + +---- +**I ett bakteriellt mRNA från ett operon finns många startplatser för translation** + +För att skilja startplats och aminosyra, finns en liten extra kodon som heter Shine-Dalgarno site +Tillsammans med AUG kommer de sägas att här är en translation + +Det finns bilder där man tagit på bakteriellt DNA där ribosomerna sitter på många platser och ger upphov till olika proteiner. +I våra celler lockar cappen till ribosomen, man letar reda på det första AUG som man hittar. +Pga av operon behövs det Shine-Dalgarno-platser så man vet vad som är Metionin (AUG) eller start (AUG) + +---- +### E. coli RNA polymeras +E. coli RNA polymeras är ett mindre och enklare. +- beta är det katalytiska subenheten +- sigma styr enzymet till promotorn + +a+b behövs för transkribera +sigma har rollen att hitta promtorn, styra enzymet till det + +--- +### Sigma subenheten hjälper RNA-polymeraset att hitta till promotorn och påverkar enzymets allmänna egenskaper + +När promotorn har hitttas så lossnar sigma-faktorn. + +Holoenzymet är allting tillsammans (holistiskt syn), som innehåller sigma-faktorn +Då har man kärnenzymet/grundläggande kvar. +När enzymet innehåller sigma-faktorn binder den väldigt svagt till ospecifikt DNA, att den glider försiktigt längs med ytan +Med sigma-faktorn hittar E. Colis pol 10 000ggr snabbare en promotor. + +Kärnenzymet kör fast hela tiden, har svårt att hitta promotorn. + +--- +Efter initiering släpper sigma-faktorn och RNA- polymeraset fortsätter på egen hand. Det + +När man startar transkription släpper sigma-faktorn. Sen fortsätter RNA-polymeraset på egen hand tills den terminerar. + +Enda uppgifterna är att hitta promtor, sen släpper den + +--- + +Det finns sju olika sigma-subenheter som reglerar olika typer av gener + +Beroende på situation som bakterien befinner sig i, kan du uttrycka olika sigma-faktorer, som uttrycker olika gener. +Så när en viss gen behövs slås en viss sigma-faktor på. + +Det finns särskilda sigma faktorer för snabb tillväxt, för att skydda mot värme- shock, för att stimulera rörelse etc. + +T.ex när det blir väldigt varmt, de gillar inte bakterier, de packar ihop sig etc. Det finns speciella typer av sigma-subenheter för just där bort. + +Behöver inte lära sig alla sigma-faktorerna + +Det räcker inte att ha sigma-faktor, det finns andra nivåer av regleringar. + +---- + +### Aktivatorer och repressorer + +Har proteiner som slår på (aktivatorer) eller slår av (repressorer) en gen i närheten. + +Det finns bindningsställer för aktivatorer och repressorer nära promotorn +Regulatoriska sekvenser är platser i DNA där aktivatorer och repressorer binder. +Speciellt i bakterier är att när repressorn binder brukar man kalla det operator. +Man hittade först att operon kunde stängas av. + +--- + +### I ett typiskt operon återfinns en ”operator”. + +Det är dit repressorn binder. + +För att hindra någonting att hända, då binder ett repressor dit som sitter som en betongsugga, i vägen så transkriptionen inte kan. Den sitter i vägen, DNA pol kan inte komma in. diff --git a/content/Stoff.md b/content/Stoff.md new file mode 100644 index 0000000..a216044 --- /dev/null +++ b/content/Stoff.md @@ -0,0 +1,21 @@ +``` +Reducera när man tar bort ett syre +I en gen ingår även reglersekvenser, inte bara +Genuttryck är när xxx +Undantag är housekeeping genes som xxx +RNA syntesiseras alltid 5 → 3 riktning. Riktningen avgör vilken av strängarna som är mall eller kodande. +Promotorn bestämmer i vilken riktning RNA- polymeraset skall transkribera +En transkriptionsenhet är den sekvens i DNA som transkriberas till RNA. Startar vid promotorn och slutar vid terminatorn +Ett operon är ett långt mRNA som kodar för flera olika proteiner +I ett bakteriellt mRNA från ett operon finns många startplatser för translation +För att skilja startplats och aminosyra, finns en liten extra kodon som heter Sine-Dalgarno site +E. coli DNA polymeras har en beta subenhet som är det katalytiska subenheten +E. coli DNA polymeras har en sigma subenhet som hjälper till att hitta promotorn +När E. coli DNA polymeras innehåller sigma-faktorn binder den väldigt svagt till ospecifikt DNA, att den glider försiktigt längs med ytan +Bakteriellt RNA-polymeras glider längs DNA och letar efter en promotor. +I bakterier finns sju olika sigma-subenheter som reglerar olika typer av gener +I bakterier finns särskilda sigma faktorer för snabb tillväxt, för att skydda mot värme- shock, för att stimulera rörelse etc. +I bakterier finns bindningsställer för aktivatorer och repressorer nära promotorn +Regulatoriska sekvenser är platser i DNA där aktivatorer och repressorer binder. +En operator är en DNA-sekvens till vilken en repressor kan binda för att blockera initiering av transkription. +``` \ No newline at end of file