jdahlin/medical-notes
1
0
Fork 0
Code Actions Activity

Add spoiler-block
All checks were successful
Deploy Quartz site to GitHub Pages / build (push) Successful in 1m7s
Details

Browse Source
This commit is contained in:
Johan Dahlin
2025-11-30 01:06:30 +01:00
parent ae183bc7d8
commit 6806d3634f
304 changed files with 1265 additions and 103 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/11.md
View File

@@ -8,7 +8,7 @@ date: 2021-12-16
**Beskriv nukleosomens uppbyggnad (Nucleosome core particle). Ange vilka komponenter som ingår och hur de är organiserade.**
**Svar**
```spoiler-block
Nukleosomen består av histon-proteiner och DNA-helix. I mitten av nukleosomen finns två kopior av histonproteinerna H2A, H2B, H3 och H4. Detta bildar alltså en oktamer. Sedan lindas DNA runt histonerna ungefär 1,75 varv, ca 100–200 baspar långt. Sedan sätter sig en till histon, H1, utanpå DNA-strängen och oktameren för att stabilisera och motverka att strukturen lindas upp. Mellan två histoner kommer det finnas en fri bit av DNA som kallas linker-DNA.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/13.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
**Describe mechanistically how an antibiotic may interfere with transcription of a bacterial genome. / Beskriv en mekanism för hur antibiotika kan störa transkription av ett bakteriellt genom.**
**Answer**
```spoiler-block
Antibiotics can work as repressors. They can bind in to the operator region of an operon and thereby inhibiting the transcription of the genes that the operon contains.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/15.md
View File

@@ -11,9 +11,11 @@ A) Which two enzymes are involved in bacterial OF maturation?
B) Briefly describe their specific functions in the process.
**Svar**
```spoiler-block
a) Polymeras 1 och DNA-ligas.
b) Polymeras 1 har en 5-3-exonukleas-aktivitet, den kommer att bryta upp RNA-primerna på Okazakifragmenten i 5-3-riktning. Den kommer också byta ut RNAt mot korresponderande DNA. För att detta ska ske korrekt har den även en 3-5-exonukleas-aktivitet som kan bryta fosfodiesterbindningar om fel nukleotid sätts på.
Ligaset kommer att reparera "nicks", alltså små mellanrum som kommer finnas mellan det nysyntetiserade DNAt som tagit primerns plats och det "äldre" DNAt. Detta gör ligaset genom att skapa en fosfodiesterbindning mellan nukleotiderna, detta sker med hjälp av ATP.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/16.md
View File

@@ -8,9 +8,11 @@ tags:
**Which basic building blocks is the ribosome made of? / Vad är ribosomen huvudsakligen uppbyggd av?**
**Answer**
```spoiler-block
It is made of rRNA and proteins. rRNA is in the center of both the large subunit and the small subunit. The proteins are more in the periphery.
As described the ribosome has a large and a small subunit. In prokaryotes the small subunit is 30S and the large is 50S – they together form the 70S ribosome. In eukaryotes the ribosome is a bigger, the small subunit is 40S and the bigger is 60S – they form the 80S ribosome.
The small subunits is where the t-RNA´s anticodon pairs with the codon on the RNA strand, in the large subunit the peptide-bond is formed.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/18.md
View File

@@ -8,9 +8,11 @@ tags:
**Vid syntes av DNA eller RNA måste var och en av de nukleotider som ska adderas till den växande strängen ha tre fosfatgrupper på sig. Man får ingen reaktion om det bara sitter en eller två fosfatgrupper på nukleotiderna. Förklara varför de tre fosfatgrupperna behövs. (Max 150 ord.)**
**Svar**
```spoiler-block
Nukleotider kopplas ihop med fosfodiesterbindningar. Bildningen av denna bindning är termodynamiskt ofördelaktig eftersom att entropin minskar – reaktionen kräver tillförd energi. Fosfatgrupperna på nukleotiden är kopplade med mycket energirika fosfoanhydridbindningar. När dessa hydrolyseras frigörs mycket energi.
När nukleotiden ska binda in kommer då två av fosfatgrupperna att släppa – först frigörs det energi när de bryter från det ena fosfatet (som fortfarande sitter på nukleotiden) – och sedan ännu mer energi när bindningen bryts mellan de två frigjorda fosfatgrupperna sinsemellan. Med hjälp av denna energi kan man då driva den energikrävande processen av att skapa en fosfodiesterbindning mellan den nya nukleotiden och den som redan finns på DNA/RNA-strängen.
För att få tillräckligt med energi för att driva fosfodiesterbindningen behöver man alltså bryta två fosfoanhydridbindningar m.h.a. hydrolys. Därför krävs det totalt tre stycken fosfat (två släpps av och en hamnar i DNA/RNA-skelettet).
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/19.md
View File

@@ -12,9 +12,11 @@ tags:
Vi upprepar nu försöket på samma sätt, men med den skillnaden att vi nu tillsätter 10 gånger högre koncentration av enzymet omedelbart efter tiden t₀. Ange för var och en av tidpunkterna t₀, t₁ och t₂ om [A] kommer att vara högre, lägre eller oförändrad jämfört med i diagrammet ovan. Ange också en motivation till ditt svar vid varje tidpunkt. (Max 150 ord.)
**Svar**
```spoiler-block
t₀ kommer att vara oförändrad. Detta pga att utgångskoncentrationen av A inte kommer att minska bara för att man adderar mer enzym.
t₁ kommer vara lägre. Detta pga att enzymet katalyserar reaktionen – den kommer ske mycket snabbare – A kommer att bildas till B snabbare när man tillsätter mer enzym – därför sänks koncentrationen av A snabbare.
t₂ kommer även den att vara oförändrad eftersom man i kurvan ser att reaktionen vid den tidpunkten uppnått jämvikt (koncentrationen förändras inte). Enzymer påverkar inte jämviktskonstanten – alltså vid vilket förhållande mellan koncentrationerna av A och B som reaktionshastigheten av A→B och B→A är lika. Därför kommer koncentrationen av A vid jämvikt (t₂) inte att påverkas av ökad koncentration av enzym.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/2.md
View File

@@ -9,8 +9,8 @@ tags:
**Ange en skillnad mellan mättade och omättade fettsyror avseende struktur och en skillnad avseende inverkan på fluiditeten hos cellens membran.**
**Svar**
```spoiler-block
Mättade fettsyror har inga dubbelbindningar – därav är deras fettsyrekedjor raka strukturer.
Omättade fettsyror har däremot en eller flera dubbelbindningar – detta leder till en böjning i strukturen där dubbelbindningen sitter – fettsyrorna blir inte helt raka strukturer utan böjda på olika sätt beroende på vart dubbelbindningarna sitter och om de har trans eller cis-konfiguration.

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/20.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
**Ge ett exempel på och förklara mekanismen bakom en förändring i metabolismen som sker vid högintensivt muskelarbete för att vi ska bli bättre på att utföra anaerob glykolys framöver. (Max 120 ord.)**
**Svar**
```spoiler-block
Högintensivt muskelarbete kommer leda till syrebrist, när detta sker kommer transkriptionsfaktorn HIF-1 att aktiveras. Den kommer att stimulera ökad produktion av glukostransportörer, enzymer i glykolysen och även aktivera VEGF. VEGF ökar vaskulariseringen av vävnaden – mer blodkärl. Detta gör att musklerna kommer i kontakt med fler blodkärl och därmed mer glukos. Den ökade mängden glukostransportörer gör att cellerna kan ta upp glukos i större mängder när det behövs. Ökad mängd enzymer i glykolysen gör att musklerna kan ta hand om glukoset och omvandla det till energi i större utsträckning när det behövs. Vid anaeroba förhållanden kan musklerna bara använda sig av glykolys – genom HIF-1 blir de bättre på att ta upp glukos och bättre på att utnyttja den.
```

42
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/2021-12-16-0073-AXA.md
View File

@@ -11,6 +11,7 @@ A) Hur skiljer sig A, B och O strukturerna från varandra?
B) När man ska ge röda blodkroppar till patienter kan man ge röda blodkroppar från O-donatorer till patienter med blodgrupp A, B och AB, men man kan inte ge patienter med blodgrupp O röda blodkroppar från donatorer med blodgrupp A, B eller AB. Varför?
**Svar**
```spoiler-block
A) De har olika uppsättning av sockerenheter.
- A har fucos + galaktos + acetylgalaktosamin
@@ -27,6 +28,7 @@ B) Beroende på vilken blodgrupp man har kommer man ha olika antigen och antikro
Anledningen varför en person med blodgrupp 0 då inte kan få röda blodkroppar från vare sig A, B eller AB är att den har antikroppar mot både A och B. Dessa skulle då fästa sig på de transfererade blodkropparnas antigen och aktivera immunförsvaret → autoimmun reaktion. Däremot går det bra att personer som har blodgrupp A, B eller AB får 0-röda blodkroppar eftersom dessa inte innehåller några antigen som deras immunförsvar (antikroppar) skulle känna igen.
```
---
## Fråga 2
@@ -34,12 +36,14 @@ Anledningen varför en person med blodgrupp 0 då inte kan få röda blodkroppar
**Ange en skillnad mellan mättade och omättade fettsyror avseende struktur och en skillnad avseende inverkan på fluiditeten hos cellens membran.**
**Svar**
```spoiler-block
Mättade fettsyror har inga dubbelbindningar – därav är deras fettsyrekedjor raka strukturer.
Omättade fettsyror har däremot en eller flera dubbelbindningar – detta leder till en böjning i strukturen där dubbelbindningen sitter – fettsyrorna blir inte helt raka strukturer utan böjda på olika sätt beroende på vart dubbelbindningarna sitter och om de har trans eller cis-konfiguration.
Eftersom att de mättade fettsyrorna har raka fettsyrasvansar kan dessa packas mycket tätt – fluiditeten i membranet minskar. Däremot kan de omättade fettsvansarna inte packas lika tätt på grund av att de inte är raka strukturer – fluiditeten i membranet ökar.
```
---
## Fråga 3
@@ -47,11 +51,13 @@ Eftersom att de mättade fettsyrorna har raka fettsyrasvansar kan dessa packas m
**Rita en dipeptid bestående av de två (olika) aminosyror från vars sidokedjor det inte går att bilda glukos. Dipeptiden befinner sig i en lösning med pH-värde 2. Ange vilka aminosyrorna är.**
**Svar**
```spoiler-block
*(Handritad struktur i originalet)*
Ska stå **Lysin**, inte *Lycin*.
```
---
## Fråga 4
@@ -59,9 +65,11 @@ Ska stå **Lysin**, inte *Lycin*.
**När elektroner från NADH genom transport i NADH-Q oxidoreduktas når Q sker en konformationsförändring i komplexet som tillåter protontransport över mitokondriens inre membran. Redogör för vilken egenskap en aminosyra som förmedlar konformationsändringen behöver ha, varför den behöver ha den egenskapen samt ge ett exempel på en aminosyra som har den egenskapen. (Max 75 ord.)**
**Svar**
```spoiler-block
När Q tar upp två elektroner kommer den innan upptaget av protoner att vara negativt laddad, Q²⁻. Eftersom den är negativt laddad kommer den då att interagera med aminosyror som har en laddning (kommer ske repulsion eller attraktion), därför krävs det att aminosyran som förmedlar konformationsändringen är positivt eller negativt laddad. Ett exempel på en sådan aminosyra är arginin (Arg) – som är positivt laddad vid pH runt 7.
```
---
## Fråga 5
@@ -70,10 +78,12 @@ A) Vilken typ av bindning bryter nukleaser?
B) Skriv det fullständiga namnet för dCMP.
**Svar**
```spoiler-block
A) Nukleaser bryter bindningar mellan nukleotider – därav fosfodiesterbindningar.
B) dehydroxyriboscytosinmonofosfat
```
---
## Fråga 6
@@ -95,11 +105,13 @@ Välj ett eller flera alternativ:
**Briefly describe the RNA world hypothesis with an example. / Beskriv kortfattat RNA-världs-hypotesen genom ett exempel. (Max 100 words.)**
**Answer**
```spoiler-block
The RNA world hypothesis describes how living things has gone from using only RNA as storage of genetic material and catalyzing chemical processes (ribozymes) to being close to solely depending on proteins to catalyze many important chemical processes.
One example is the enzyme RNAse P which function is cleave the 5´ end of tRNA-molecules. In bacteria the enzyme consits of almost only RNA and very little proteins (which are not even essentiall to the function). In archea there is less RNA and more protein, and in eukaryotes proteins make up the largest part of the enzyme. This is aligned with the hypothesis.
```
---
## Fråga 8
@@ -110,6 +122,7 @@ B) Vad fyller SDS för funktion?
C) Vilken egenskap hos proteinet används för separation?
**Svar**
```spoiler-block
A) Principen med SDS-PAGE är att man vill analysera proteiner avseende massa. Man använder först en molekyl som heter SDS, en negativt laddad molekyl som binder till proteiner. Ju större massa proteinet har – desto större mängd SDS-molekyler binder – resulterar i en större negativ laddning (jämfört med mindre proteiner). Sedan låter man dessa proteiner vandra genom en polyakrylamid-gel från en negativ elektrod till en positiv elektrod. Ju större negativ laddning desto större motstånd i gelen. Detta leder till att små proteiner vandrar längst och stora kortast. Då får man alltså en separation i gelen avseende storlek.
@@ -117,6 +130,7 @@ B) SDS som beskrivet är en negativ molekyl som binder till protein – funktion
C) Det är proteinernas massa som används för separation.
```
---
## Fråga 9
@@ -128,11 +142,13 @@ b. I vilken fas av cellcykeln binder Gins och Cdc45 till MCM?
c. Varför är det viktigt att separera laddningen av MCM-helikaset från dess aktivering med hjälp av Gins och Cdc45?
**Svar**
```spoiler-block
a) I G1-fasen binder MCM m.h.a. ORC och laddningsfaktorerna Cdc6 och Cdt1.
b) Ökad nivå av CDK (kinaser) bidrar till att binda Gins och Cdc45 i S-fasen.
c) För att försäkra att replikationen bara sker en gång per cellcykel. Därför är nivåerna av CDK låga i G1 och stiger i S.
```
---
## Fråga 10
@@ -154,9 +170,11 @@ Välj ett eller flera alternativ:
**Beskriv nukleosomens uppbyggnad (Nucleosome core particle). Ange vilka komponenter som ingår och hur de är organiserade.**
**Svar**
```spoiler-block
Nukleosomen består av histon-proteiner och DNA-helix. I mitten av nukleosomen finns två kopior av histonproteinerna H2A, H2B, H3 och H4. Detta bildar alltså en oktamer. Sedan lindas DNA runt histonerna ungefär 1,75 varv, ca 100–200 baspar långt. Sedan sätter sig en till histon, H1, utanpå DNA-strängen och oktameren för att stabilisera och motverka att strukturen lindas upp. Mellan två histoner kommer det finnas en fri bit av DNA som kallas linker-DNA.
```
---
## Fråga 12
@@ -178,9 +196,11 @@ Välj ett eller flera alternativ:
**Describe mechanistically how an antibiotic may interfere with transcription of a bacterial genome. / Beskriv en mekanism för hur antibiotika kan störa transkription av ett bakteriellt genom.**
**Answer**
```spoiler-block
Antibiotics can work as repressors. They can bind in to the operator region of an operon and thereby inhibiting the transcription of the genes that the operon contains.
```
---
## Fråga 14
@@ -205,6 +225,7 @@ A) Which two enzymes are involved in bacterial OF maturation?
B) Briefly describe their specific functions in the process.
**Svar**
```spoiler-block
a) Polymeras 1 och DNA-ligas.
@@ -212,6 +233,7 @@ b) Polymeras 1 har en 5-3-exonukleas-aktivitet, den kommer att bryta upp RNA-pri
Ligaset kommer att reparera "nicks", alltså små mellanrum som kommer finnas mellan det nysyntetiserade DNAt som tagit primerns plats och det "äldre" DNAt. Detta gör ligaset genom att skapa en fosfodiesterbindning mellan nukleotiderna, detta sker med hjälp av ATP.
```
---
## Fråga 16
@@ -219,6 +241,7 @@ Ligaset kommer att reparera "nicks", alltså små mellanrum som kommer finnas me
**Which basic building blocks is the ribosome made of? / Vad är ribosomen huvudsakligen uppbyggd av?**
**Answer**
```spoiler-block
It is made of rRNA and proteins. rRNA is in the center of both the large subunit and the small subunit. The proteins are more in the periphery.
@@ -226,6 +249,7 @@ As described the ribosome has a large and a small subunit. In prokaryotes the sm
The small subunits is where the t-RNA´s anticodon pairs with the codon on the RNA strand, in the large subunit the peptide-bond is formed.
```
---
## Fråga 17
@@ -254,6 +278,7 @@ Välj ett alternativ:
**Vid syntes av DNA eller RNA måste var och en av de nukleotider som ska adderas till den växande strängen ha tre fosfatgrupper på sig. Man får ingen reaktion om det bara sitter en eller två fosfatgrupper på nukleotiderna. Förklara varför de tre fosfatgrupperna behövs. (Max 150 ord.)**
**Svar**
```spoiler-block
Nukleotider kopplas ihop med fosfodiesterbindningar. Bildningen av denna bindning är termodynamiskt ofördelaktig eftersom att entropin minskar – reaktionen kräver tillförd energi. Fosfatgrupperna på nukleotiden är kopplade med mycket energirika fosfoanhydridbindningar. När dessa hydrolyseras frigörs mycket energi.
@@ -261,6 +286,7 @@ När nukleotiden ska binda in kommer då två av fosfatgrupperna att släppa –
För att få tillräckligt med energi för att driva fosfodiesterbindningen behöver man alltså bryta två fosfoanhydridbindningar m.h.a. hydrolys. Därför krävs det totalt tre stycken fosfat (två släpps av och en hamnar i DNA/RNA-skelettet).
```
---
## Fråga 19
@@ -272,6 +298,7 @@ För att få tillräckligt med energi för att driva fosfodiesterbindningen beh
Vi upprepar nu försöket på samma sätt, men med den skillnaden att vi nu tillsätter 10 gånger högre koncentration av enzymet omedelbart efter tiden t₀. Ange för var och en av tidpunkterna t₀, t₁ och t₂ om [A] kommer att vara högre, lägre eller oförändrad jämfört med i diagrammet ovan. Ange också en motivation till ditt svar vid varje tidpunkt. (Max 150 ord.)
**Svar**
```spoiler-block
t₀ kommer att vara oförändrad. Detta pga att utgångskoncentrationen av A inte kommer att minska bara för att man adderar mer enzym.
@@ -279,6 +306,7 @@ t₁ kommer vara lägre. Detta pga att enzymet katalyserar reaktionen – den ko
t₂ kommer även den att vara oförändrad eftersom man i kurvan ser att reaktionen vid den tidpunkten uppnått jämvikt (koncentrationen förändras inte). Enzymer påverkar inte jämviktskonstanten – alltså vid vilket förhållande mellan koncentrationerna av A och B som reaktionshastigheten av A→B och B→A är lika. Därför kommer koncentrationen av A vid jämvikt (t₂) inte att påverkas av ökad koncentration av enzym.
```
---
## Fråga 20
@@ -286,9 +314,11 @@ t₂ kommer även den att vara oförändrad eftersom man i kurvan ser att reakti
**Ge ett exempel på och förklara mekanismen bakom en förändring i metabolismen som sker vid högintensivt muskelarbete för att vi ska bli bättre på att utföra anaerob glykolys framöver. (Max 120 ord.)**
**Svar**
```spoiler-block
Högintensivt muskelarbete kommer leda till syrebrist, när detta sker kommer transkriptionsfaktorn HIF-1 att aktiveras. Den kommer att stimulera ökad produktion av glukostransportörer, enzymer i glykolysen och även aktivera VEGF. VEGF ökar vaskulariseringen av vävnaden – mer blodkärl. Detta gör att musklerna kommer i kontakt med fler blodkärl och därmed mer glukos. Den ökade mängden glukostransportörer gör att cellerna kan ta upp glukos i större mängder när det behövs. Ökad mängd enzymer i glykolysen gör att musklerna kan ta hand om glukoset och omvandla det till energi i större utsträckning när det behövs. Vid anaeroba förhållanden kan musklerna bara använda sig av glykolys – genom HIF-1 blir de bättre på att ta upp glukos och bättre på att utnyttja den.
```
---
## Fråga 21
@@ -296,6 +326,7 @@ Högintensivt muskelarbete kommer leda till syrebrist, när detta sker kommer tr
**Förklara varför utbytet av ATP från en glukos som genomgår aerob katabolism inte alltid blir detsamma. (Max 120 ord.)**
**Svar**
```spoiler-block
Hur mycket ATP man får beror på vilken transportör som används för intaget av de 2 NADH till mitokondrien som tillverkats vid glykolys.
@@ -303,6 +334,7 @@ Om glycerol-3-fosfatshunten används, där kommer NADH genom ett mellansteg done
Om istället malat-aspartatshunten användas kommer inte två ATP att förloras. Där kommer NADH reducera oxaloacetat till malat → transporteras in i mitokondrien → omvända reaktionen sker → NAD⁺ i mitokondrien blir NADH → donerar elektroner till komplex 1 → inga protoner "tappas", två "extra" ATP.
```
---
## Fråga 22
@@ -314,6 +346,7 @@ B) Ange summaformeln för de reaktioner som katalyseras av komplexet.
C) En typ av reglering av komplexet är av feedforward-typ. Vad innebär feedforwardreglering, vad ger feedforwardreglering av komplexet och hur? Rita gärna.
**Svar**
```spoiler-block
a) Eftersom att den omvandlar pyruvat till acetyl-CoA – ett irreversibelt steg – glukoneogenes kan ej ske (eftersom pyruvat omvandlats).
@@ -321,6 +354,7 @@ b) Pyruvat + CoA + NAD⁺ → Acetyl-CoA + CO₂ + NADH + H⁺
c) PDC kommer att feedforward-stimuleras av pyruvat. Feedforwardreglering innebär att en metabolit i något steg innan det aktuella steget kommer att reglera den aktuella reaktionen. Stor mängd pyruvat – det finns tillräckligt – pyruvat inhiberar PD-kinas (enzym som fosforylerar och därmed inhiberar PDC) – PDC är ej fosforylerat och därmed aktivt. Pyruvatet signalerar alltså att det finns tillräckligt pyruvat – bättre att omvandlas till acetyl-CoA för andra användningsområden.
```
---
## Fråga 23
@@ -364,6 +398,7 @@ Högst:
**Vilken är den huvudsakliga funktionen av glykogen i levern respektive skelettmuskulaturen? Ange även den huvudsakliga orsaken till denna skillnad samt vilken slutprodukt som bildas vid fullständig glykogenolys i respektive vävnad.**
**Svar**
```spoiler-block
Glykogen i levern fungerar som en glukosreserv för blodet – man vill kunna sänka blodglukosen om den är för hög – glykogen bildas – och kunna höja den om den är för låg – glykogen bryts ner – glukos släpps ut i blodet.
@@ -373,6 +408,7 @@ Anledningen till att bara levern kan skicka ut glukos till blodet är för att d
Sammanfattat är alltså anledningen till varför glykogen har olika funktioner i muskler och lever för att lever innehåller enzymet glukos-6-fosfatas medan muskler inte innehåller detta enzym. Detta enzym möjliggör att glukos kan släppas ut i blodet och inte endast användas i den egna cellen.
```
---
## Fråga 26
@@ -380,11 +416,13 @@ Sammanfattat är alltså anledningen till varför glykogen har olika funktioner
**Under vilka omständigheter sker bildning av ketonkroppar. Varför sker detta? Beskriv den molekylära mekanismen.**
**Svar**
```spoiler-block
Bildning av ketonkroppar sker vid svält/fasta men kan även ske vid diabetes typ 1. Vid båda dessa tillstånd kommer det finnas en låg nivå av insulin i blodet. Vid svält för att glukoshalten är mycket låg – vid diabetes typ 1 för att pankreas ej kan producera insulin. Levern kommer att tolka de låga nivåerna av insulin som att kroppen svälter – den kommer genomföra mycket glukoneogenes för att bilda glukos för att släppa ut till kroppens vävnader. Vid glukoneogenes används oxaloacetat – när levern kör glukoneogenes i högvarv kommer den därför nästan helt ta slut. Den behövs även för att slås ihop med acetyl-CoA för att kunna påbörja citronsyracykeln. Vid avsaknad av oxaloacetat kommer därav acetyl-CoA att ansamlas – den kommer då att brytas ner till ketonkroppar. Dessa är vattenlösliga (till skillnad från lipider) och kan därav ta sig igenom blod-hjärnbarriären. Hjärnan kan då omvandla ketonkropparna till acetyl-CoA och använda det som energi. Hjärnan tar dock endast upp dessa vid svält (då finns ju ingen glukos i blodet) men inte vid diabetes (då är glukoshalten hög).
Bildningen av ketonkroppar är alltså ett sätt att se till att hjärnan får energi vid svält. Vid svält kan andra celler bilda energi m.h.a lipider men det kan inte hjärnan eftersom dessa inte kan passera blod-hjärnbarriären. Vid svält (lågt glukos) måste därför hjärnan få energi på annat sätt än glukos. Detta sker genom bildningen av ketonkroppar.
```
---
## Fråga 27
@@ -406,11 +444,13 @@ Välj ett eller flera alternativ:
**ALAT är ett kliniskt mycket viktigt enzym. Beskriv reaktionen enzymet katalyserar samt vad en ökad plasmakoncentration av enzymet vanligen indikerar.**
**Svar**
```spoiler-block
ALAT – alaninaminotransferas. Enzymet utför en transaminering – glutamat slås ihop med pyruvat – aminogruppen från glutamat överförs till pyruvat – pyruvat blir då alanin och glutamat alfaketoglutarat. ALAT kan även genomföra omvänd reaktion.
ALAT är vanligtvis ett intracellulärt enzym, om man uppmäter en hög koncentration av detta antyder det på att det läckt ut ur cellerna. Detta indikerar därav på vävnadsskada. ALAT finns i hög utsträckning i levern. Därför kan man se höga koncentrationer av ALAT i plasma vid många typer av leversjukdomar t.ex. hepatit.
```
---
## Fråga 29
@@ -446,9 +486,11 @@ Välj ett eller flera alternativ:
**Beskriv översiktligt hur heme bryts ner och utsöndras.**
**Svar**
```spoiler-block
Heme kommer först att bilda biliverdin – sedan bildas bilirubin – sedan bildas bilrubin. Bilirubin är en hydrofob molekul – kan inte transporteras fritt i blodet – därför kommer den i levern att konjugeras med två stycken syror, glukaronsyror – bilrubin bildas som är amfipatisk och en mer vattenlöslig molekyl. Den kommer därmed att utsöndras genom gallan i levern → transporteras till tunntarmen → utsöndras slutligen i avföringen.
```
---
## Fråga 32

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/21.md
View File

@@ -8,9 +8,11 @@ tags:
**Förklara varför utbytet av ATP från en glukos som genomgår aerob katabolism inte alltid blir detsamma. (Max 120 ord.)**
**Svar**
```spoiler-block
Hur mycket ATP man får beror på vilken transportör som används för intaget av de 2 NADH till mitokondrien som tillverkats vid glykolys.
Om glycerol-3-fosfatshunten används, där kommer NADH genom ett mellansteg donera sina elektroner till FAD som befinner sig i komplex 2 i elektrontransportkedjan. Därav kommer 2 st NADH inte att donera några elektroner till komplex 1 vilket skulle ha resulterat i utpumpandet av 2×4 väten som i sin tur skulle resulterat två mer ATP genererade.
Om istället malat-aspartatshunten användas kommer inte två ATP att förloras. Där kommer NADH reducera oxaloacetat till malat → transporteras in i mitokondrien → omvända reaktionen sker → NAD⁺ i mitokondrien blir NADH → donerar elektroner till komplex 1 → inga protoner "tappas", två "extra" ATP.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/22.md
View File

@@ -12,9 +12,11 @@ B) Ange summaformeln för de reaktioner som katalyseras av komplexet.
C) En typ av reglering av komplexet är av feedforward-typ. Vad innebär feedforwardreglering, vad ger feedforwardreglering av komplexet och hur? Rita gärna.
**Svar**
```spoiler-block
a) Eftersom att den omvandlar pyruvat till acetyl-CoA – ett irreversibelt steg – glukoneogenes kan ej ske (eftersom pyruvat omvandlats).
b) Pyruvat + CoA + NAD⁺ → Acetyl-CoA + CO₂ + NADH + H⁺
c) PDC kommer att feedforward-stimuleras av pyruvat. Feedforwardreglering innebär att en metabolit i något steg innan det aktuella steget kommer att reglera den aktuella reaktionen. Stor mängd pyruvat – det finns tillräckligt – pyruvat inhiberar PD-kinas (enzym som fosforylerar och därmed inhiberar PDC) – PDC är ej fosforylerat och därmed aktivt. Pyruvatet signalerar alltså att det finns tillräckligt pyruvat – bättre att omvandlas till acetyl-CoA för andra användningsområden.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/25.md
View File

@@ -8,6 +8,7 @@ tags:
**Vilken är den huvudsakliga funktionen av glykogen i levern respektive skelettmuskulaturen? Ange även den huvudsakliga orsaken till denna skillnad samt vilken slutprodukt som bildas vid fullständig glykogenolys i respektive vävnad.**
**Svar**
```spoiler-block
Glykogen i levern fungerar som en glukosreserv för blodet – man vill kunna sänka blodglukosen om den är för hög – glykogen bildas – och kunna höja den om den är för låg – glykogen bryts ner – glukos släpps ut i blodet.
@@ -16,3 +17,4 @@ I muskler fungerar glykogen som en glukosreserv för muskeln själv. Om det beh
Anledningen till att bara levern kan skicka ut glukos till blodet är för att den har enzymet glukos-6-fosfatas i ER. Vid nedbrytning av glykogen kommer glukos-1-fosfat bildas → sedan isomeriseras detta m.h.a. fosfoglukosmutas (sker i både muskler och lever) till glukos-6-fosfat. Detta är den slutgiltiga produkt som bildas i glykogenolys i muskler → den kan gå in i glykolys eller andra metabola vägar. Glukos-6-fosfat kan dock inte transporteras ut ur cellerna. För att göra detta måste den omvandlas till glukos. Det är vad glukos-6-fosfatas-enzymet gör, den tar bort fosfatgruppen med hjälp av hydrolys. Då kan glukos släppas ut i blodet och transporteras till andra vävnader. Glukos är alltså slutprodukten i lever.
Sammanfattat är alltså anledningen till varför glykogen har olika funktioner i muskler och lever för att lever innehåller enzymet glukos-6-fosfatas medan muskler inte innehåller detta enzym. Detta enzym möjliggör att glukos kan släppas ut i blodet och inte endast användas i den egna cellen.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/26.md
View File

@@ -9,7 +9,9 @@ tags:
**Under vilka omständigheter sker bildning av ketonkroppar. Varför sker detta? Beskriv den molekylära mekanismen.**
**Svar**
```spoiler-block
Bildning av ketonkroppar sker vid svält/fasta men kan även ske vid diabetes typ 1. Vid båda dessa tillstånd kommer det finnas en låg nivå av insulin i blodet. Vid svält för att glukoshalten är mycket låg – vid diabetes typ 1 för att pankreas ej kan producera insulin. Levern kommer att tolka de låga nivåerna av insulin som att kroppen svälter – den kommer genomföra mycket glukoneogenes för att bilda glukos för att släppa ut till kroppens vävnader. Vid glukoneogenes används oxaloacetat – när levern kör glukoneogenes i högvarv kommer den därför nästan helt ta slut. Den behövs även för att slås ihop med acetyl-CoA för att kunna påbörja citronsyracykeln. Vid avsaknad av oxaloacetat kommer därav acetyl-CoA att ansamlas – den kommer då att brytas ner till ketonkroppar. Dessa är vattenlösliga (till skillnad från lipider) och kan därav ta sig igenom blod-hjärnbarriären. Hjärnan kan då omvandla ketonkropparna till acetyl-CoA och använda det som energi. Hjärnan tar dock endast upp dessa vid svält (då finns ju ingen glukos i blodet) men inte vid diabetes (då är glukoshalten hög).
Bildningen av ketonkroppar är alltså ett sätt att se till att hjärnan får energi vid svält. Vid svält kan andra celler bilda energi m.h.a lipider men det kan inte hjärnan eftersom dessa inte kan passera blod-hjärnbarriären. Vid svält (lågt glukos) måste därför hjärnan få energi på annat sätt än glukos. Detta sker genom bildningen av ketonkroppar.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/28.md
View File

@@ -8,7 +8,9 @@ tags:
**ALAT är ett kliniskt mycket viktigt enzym. Beskriv reaktionen enzymet katalyserar samt vad en ökad plasmakoncentration av enzymet vanligen indikerar.**
**Svar**
```spoiler-block
ALAT – alaninaminotransferas. Enzymet utför en transaminering – glutamat slås ihop med pyruvat – aminogruppen från glutamat överförs till pyruvat – pyruvat blir då alanin och glutamat alfaketoglutarat. ALAT kan även genomföra omvänd reaktion.
ALAT är vanligtvis ett intracellulärt enzym, om man uppmäter en hög koncentration av detta antyder det på att det läckt ut ur cellerna. Detta indikerar därav på vävnadsskada. ALAT finns i hög utsträckning i levern. Därför kan man se höga koncentrationer av ALAT i plasma vid många typer av leversjukdomar t.ex. hepatit.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/3.md
View File

@@ -10,7 +10,9 @@ tags:
**Rita en dipeptid bestående av de två (olika) aminosyror från vars sidokedjor det inte går att bilda glukos. Dipeptiden befinner sig i en lösning med pH-värde 2. Ange vilka aminosyrorna är.**
**Svar**
```spoiler-block
![[Pasted image 20251128074813.png]]
Ska stå **Lysin**, inte *Lycin*.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/31.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
**Beskriv översiktligt hur heme bryts ner och utsöndras.**
**Svar**
```spoiler-block
Heme kommer först att bilda biliverdin – sedan bildas bilirubin – sedan bildas bilrubin. Bilirubin är en hydrofob molekul – kan inte transporteras fritt i blodet – därför kommer den i levern att konjugeras med två stycken syror, glukaronsyror – bilrubin bildas som är amfipatisk och en mer vattenlöslig molekyl. Den kommer därmed att utsöndras genom gallan i levern → transporteras till tunntarmen → utsöndras slutligen i avföringen.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/4.md
View File

@@ -10,7 +10,7 @@ tags:
**När elektroner från NADH genom transport i NADH-Q oxidoreduktas når Q sker en konformationsförändring i komplexet som tillåter protontransport över mitokondriens inre membran. Redogör för vilken egenskap en aminosyra som förmedlar konformationsändringen behöver ha, varför den behöver ha den egenskapen samt ge ett exempel på en aminosyra som har den egenskapen. (Max 75 ord.)**
**Svar**
```spoiler-block
När Q tar upp två elektroner kommer den innan upptaget av protoner att vara negativt laddad, Q²⁻. Eftersom den är negativt laddad kommer den då att interagera med aminosyror som har en laddning (kommer ske repulsion eller attraktion), därför krävs det att aminosyran som förmedlar konformationsändringen är positivt eller negativt laddad. Ett exempel på en sådan aminosyra är arginin (Arg) – som är positivt laddad vid pH runt 7.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/5.md
View File

@@ -9,8 +9,8 @@ A) Vilken typ av bindning bryter nukleaser?
B) Skriv det fullständiga namnet för dCMP.
**Svar**
```spoiler-block
A) Nukleaser bryter bindningar mellan nukleotider – därav fosfodiesterbindningar.
B) dehydroxyriboscytosinmonofosfat (fel)
rätt: - **deoxycytidinmonofosfat**

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/7.md
View File

@@ -8,8 +8,8 @@ tags:
**Briefly describe the RNA world hypothesis with an example. / Beskriv kortfattat RNA-världs-hypotesen genom ett exempel. (Max 100 words.)**
**Answer**
```spoiler-block
The RNA world hypothesis describes how living things has gone from using only RNA as storage of genetic material and catalyzing chemical processes (ribozymes) to being close to solely depending on proteins to catalyze many important chemical processes.
One example is the enzyme RNAse P which function is cleave the 5´ end of tRNA-molecules. In bacteria the enzyme consits of almost only RNA and very little proteins (which are not even essentiall to the function). In archea there is less RNA and more protein, and in eukaryotes proteins make up the largest part of the enzyme. This is aligned with the hypothesis.

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/8.md
View File

@@ -11,8 +11,8 @@ B) Vad fyller SDS för funktion?
C) Vilken egenskap hos proteinet används för separation?
**Svar**
```spoiler-block
A) Principen med SDS-PAGE är att man vill analysera proteiner avseende massa. Man använder först en molekyl som heter SDS, en negativt laddad molekyl som binder till proteiner. Ju större massa proteinet har – desto större mängd SDS-molekyler binder – resulterar i en större negativ laddning (jämfört med mindre proteiner). Sedan låter man dessa proteiner vandra genom en polyakrylamid-gel från en negativ elektrod till en positiv elektrod. Ju större negativ laddning desto större motstånd i gelen. Detta leder till att små proteiner vandrar längst och stora kortast. Då får man alltså en separation i gelen avseende storlek.
B) SDS som beskrivet är en negativ molekyl som binder till protein – funktionen är att skapa en laddningsskillnad mellan proteiner som korresponderar till storleken.

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2021-12-16/9.md
View File

@@ -12,8 +12,8 @@ b. I vilken fas av cellcykeln binder Gins och Cdc45 till MCM?
c. Varför är det viktigt att separera laddningen av MCM-helikaset från dess aktivering med hjälp av Gins och Cdc45?
**Svar**
```spoiler-block
a) I G1-fasen binder MCM m.h.a. ORC och laddningsfaktorerna Cdc6 och Cdt1.
b) Ökad nivå av CDK (kinaser) bidrar till att binda Gins och Cdc45 i S-fasen.
c) För att försäkra att replikationen bara sker en gång per cellcykel. Därför är nivåerna av CDK låga i G1 och stiger i S.

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/1.md
View File

@@ -9,6 +9,8 @@ A) Nämn två olika aminosyror mellan vilkas R-grupper en vätebindning kan bild
B) Nämn två olika aminosyror mellan vilkas R-grupper en jonbindning kan bildas vid pH = 7.
**Svar**
```spoiler-block
a) Serin syre är donator, Asparagin kväve är acceptor
b) Lysin, Aspartat
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/10.md
View File

@@ -8,7 +8,9 @@ tags:
Explain how proofreading works at the molecular level during bacterial replication./Förklara hur korrekturläsning fungerar på molekylär nivå under bakteriell replikation. (2p) Denna fråga kan besvaras på svenska eller engelska.
**Svar**
```spoiler-block
DNA-polymeras 3 har både en DNA-syntetiserande del och en exonukleas del, detta gör det möjligt för polymeraset att "backtracka" om den skulle upptäcka att något basparat fel. Detta gör den genom sin exonukleas-aktivitet där den klyver peptidbidningar (genom att backa) 3´ till 5´. När den klyvt bort den/de felparade baserna syntetiserar den nya baser 5´ till 3´ och fortsätter som vanligt.
DNA-polymeras 1 vars funktion är att klippa bort RNA-primer och syntetisera nya baser i gapsen har samma exonukleasa funktion (3´ till 5´ radering) för att korrigera den korta del den nyligen syntetiserat om ett fel skulle upptäckas.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/11.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Vilken roll spelar Mediatorn vid transkriptionell aktivering? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Mediatorn fungerar som en sambandscentral mellan enhancern (och dess aktivatorprotein) och promotorsekvensen, enhancern ligger ca 1000 baspar bort, men påverkar transkriptionen för sin specifika gen.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/13.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Which protein is often required to initiate transcription by a bacterial RNA polymerase? How does it mediate initiation?/Vilket protein behövs ofta för att initiera transkription av bakteriellt RNA-polymeras? Hur underlättar det initieringen? (2p) Denna fråga kan besvaras på svenska eller engelska.
**Svar**
```spoiler-block
Proteinet CAP behövs för att binda in cAMP för att aktivera RNA-polymeraset, så att det sedan kan hitta fram till promotorn och där starta transkriptionen.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/14.md
View File

@@ -8,7 +8,9 @@ tags:
Vad är intron och exon? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Intron och exon är båda en del av den transkriberade omogna RNA-kedjan. För att skapa ett moget mRNA klipps introner ("onödiga" RNA-sekvenser) bort genom splicing. Medan de sekvenser som krävs för transaltion utgör den mogna RNA-kedjan och används som mall i proteinsyntesen.
Det finns flera exon på samma mRNA kedja, vissa exon kan också klippas bort för att samma gen kan koda för olika protein. Vilket protein som uttryck styrs av miljön i cellen och beror alltså på vilka exon som sparas.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/15.md
View File

@@ -9,6 +9,8 @@ What regions of a tRNA are recognized by amino-acyl-tRNA synthetases?/Vilka regi
Denna fråga kan besvaras på svenska eller engelska.
**Svar**
```spoiler-block
OH-gruppen på 3´änden
Den specifika nukleotidsekvensen näst längst ut på 3´änden
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/18.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
För ett enzym är Michaelis-Mentens konstant (K_M) 15 mM. Vid en substratkoncentration på 5 mM, vad är förhållandet mellan reaktionshastigheten V och den maximala reaktionshastigheten V_max? Motivera ditt svar. (Max 150 ord) (2p)
![[Pasted image 20251128081722.png]]
**Svar**
```spoiler-block
Reaktionshastigheten vid 5mM är alltså en fjärdedel av hastigheten vid Vmax
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/19.md
View File

@@ -8,6 +8,8 @@ tags:
I en av delreaktionerna som katalyseras av chymotrypsin krävs närvaro av vatten, medan i en annan delreaktion krävs det att inget vatten är närvarande. Vilka är dessa delreaktioner och varför krävs närvaro respektive frånvaro av vatten i de respektive stegen? (Max 150 ord) (2p)
**Svar**
```spoiler-block
I delreaktion 1 krävs inget vatten, då his tar emot vätet från asp som gör en nukleofilattack på den inkommande peptidbidningen.
I delreaktion 2 krävs vatten, för att den peptiden ska klyvas och släppa från chymotrypsin
```

42
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/2022-01-29-0028-UWE.md
View File

@@ -9,10 +9,12 @@ A) Nämn två olika aminosyror mellan vilkas R-grupper en vätebindning kan bild
B) Nämn två olika aminosyror mellan vilkas R-grupper en jonbindning kan bildas vid pH = 7.
**Svar**
```spoiler-block
a) Serin syre är donator, Asparagin kväve är acceptor
b) Lysin, Aspartat
```
---
## Fråga 2
@@ -33,6 +35,7 @@ Välj ett eller flera alternativ:
Diskutera molekylära likheter och skillnader mellan mekanismerna bakom galaktosemi och laktosintolerans. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Laktos är en molekyl som består av glukos och galaktos.
Båda sjukdommarna beror på brist av enzymet som bryter ned den specifika molekylen.
@@ -42,6 +45,7 @@ Vid obehandlad galaktosemi ansamlas galaktos, vilket leder till att galaktos gå
Den vanligaste behandlingen för båda intoleranserna handlar främst om att utesluta den sjukdomsframkallande molekylen. Båda molekylerna finns i komjölk, vilket alltså ska undvikas. Vid laktosintolerans finns laktosfria mjölkprodukter, det finns däremot inte galaktosfria mjölkprodukter.
```
---
## Fråga 4
@@ -68,6 +72,7 @@ A. Hur många vätebindningar finns i AT resp. GC baspar?
B. Hur påverkar baskompositionen DNA stabiliteten? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
A.
AT har 2 vätebidningar
@@ -77,6 +82,7 @@ B.
Detta gör att vätebidningarna mellan G och C är stabilare eftersom det finns fler bidningspunkter.
AT-bidningarna som har färre bindningspunkter /par är därmed ostabilare, detta är något som kan utnyttjas vid bl.a. transkription, eftersom DNA blir mer lättsmält vid AT-rika sekvenser som TATA-boxen.
```
---
## Fråga 6
@@ -97,6 +103,7 @@ Välj ett eller flera alternativ:
En allvarlig komplikation till bl.a. Covid-19 är så kallad Acute Respiratory Distress Syndrome (ARDS), vilket ger en gravt sviktande lungfunktion orsakad av inflammation och vätskeansamling (ödem) i alveolerna. Ödemet leder till att mindre syre når blodet och att mindre koldioxid lämnar blodet. Beskriv i detalj hur den minskade mängden syre och den ökade mängden koldioxid påverkar hemoglobinets struktur och funktion. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Den ökande mängden koldioxid stabiliserar T-state, deoxy-formen, av hemoglobin vilket minskar hemoglobinets affinitet för syre och gör det svårare för syremolekylen att binda in. Detta sker bl.a. genom att koldioxid binder i till hemoglobins ena peptidände, vilket gör det möjligt för saltbryggor att återskapas vilket stabiliserar T-state (tense state). Ökad mängd koldioxid innebär även lägre PH i blodet, dvs. ökad mängd vätejoner - vilka kan binda in till hemoglobin och de möjliggör också återskapandet av saltbryggor för hemoglobinet.
@@ -106,6 +113,7 @@ Syrehalten ska också bidra till att en syremolekyl initialt binder in till jär
Vanligtvis sker denna växling mellan T- och R-state på så vis att koldioxid konc. är högst i muskler och stimulerar T-state vilket gör att syret släpps av där det behövs. Å andra sidan är koncentrationen syre tillräckligt hög vid lungorna för att stimulera R-state och binda in syre. Dessa konformationsändringar är nödvändiga för ett så effektivt gasutbyte som möjligt och för att syre ska binda och släppa på rätt ställe. När dessa koncentrationer ändras och koldioxidhalten i bloden blir för hög i relation till syrehalten rubbas samspelet mellan dessa konformationsformer och T-state, deoxyformen blir dominerande.
```
---
## Fråga 8
@@ -116,6 +124,7 @@ A) Beskriv de olika stegen för en Indirekt ELISA.
B) Detekterar denna metod patientens antikropp eller antigen?
**Svar**
```spoiler-block
A.
Ett specifikt antigen fästs i en brunn, patientens prov tillsätts, sköljning genomförs för att sortera bort de antikroppar som inte fäst till antigenet, ytterligare en antikropp tillsätts som binder till den första antikroppen, färg som binder till den andra antikroppen tillsätts, provet färgas om antikroppen är detekterad.
@@ -123,6 +132,7 @@ Ett specifikt antigen fästs i en brunn, patientens prov tillsätts, sköljning
B.
Antikropp
```
---
## Fråga 9
@@ -130,9 +140,11 @@ Antikropp
Discuss the evolutionary origin of RNase P. This question needs to be answered in English. (Max 100 words.) (2p)
**Answer**
```spoiler-block
The RNaseP is an enzyme consisting of both RNA and protein. By comparing the level of protein in different organisms we can see that in less complex organisms like bacteria the enzyme consists of most RNA and only one protein unit, comparing with "arkener" which is a more complex organism there is shorter/smaller RNA unit and more protein units. In even more complex organisms like humans the protein units are much greater than the RNA-unit. This provens the hypothesis that RNA also acted as enzymes long time ago, before "the tasks were split" to proteins to be more efficient.
```
---
## Fråga 10
@@ -140,11 +152,13 @@ The RNaseP is an enzyme consisting of both RNA and protein. By comparing the lev
Explain how proofreading works at the molecular level during bacterial replication./Förklara hur korrekturläsning fungerar på molekylär nivå under bakteriell replikation. (2p) Denna fråga kan besvaras på svenska eller engelska.
**Svar**
```spoiler-block
DNA-polymeras 3 har både en DNA-syntetiserande del och en exonukleas del, detta gör det möjligt för polymeraset att "backtracka" om den skulle upptäcka att något basparat fel. Detta gör den genom sin exonukleas-aktivitet där den klyver peptidbidningar (genom att backa) 3´ till 5´. När den klyvt bort den/de felparade baserna syntetiserar den nya baser 5´ till 3´ och fortsätter som vanligt.
DNA-polymeras 1 vars funktion är att klippa bort RNA-primer och syntetisera nya baser i gapsen har samma exonukleasa funktion (3´ till 5´ radering) för att korrigera den korta del den nyligen syntetiserat om ett fel skulle upptäckas.
```
---
## Fråga 11
@@ -152,9 +166,11 @@ DNA-polymeras 1 vars funktion är att klippa bort RNA-primer och syntetisera nya
Vilken roll spelar Mediatorn vid transkriptionell aktivering? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Mediatorn fungerar som en sambandscentral mellan enhancern (och dess aktivatorprotein) och promotorsekvensen, enhancern ligger ca 1000 baspar bort, men påverkar transkriptionen för sin specifika gen.
```
---
## Fråga 12
@@ -175,9 +191,11 @@ Välj ett eller flera alternativ:
Which protein is often required to initiate transcription by a bacterial RNA polymerase? How does it mediate initiation?/Vilket protein behövs ofta för att initiera transkription av bakteriellt RNA-polymeras? Hur underlättar det initieringen? (2p) Denna fråga kan besvaras på svenska eller engelska.
**Svar**
```spoiler-block
Proteinet CAP behövs för att binda in cAMP för att aktivera RNA-polymeraset, så att det sedan kan hitta fram till promotorn och där starta transkriptionen.
```
---
## Fråga 14
@@ -185,11 +203,13 @@ Proteinet CAP behövs för att binda in cAMP för att aktivera RNA-polymeraset,
Vad är intron och exon? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Intron och exon är båda en del av den transkriberade omogna RNA-kedjan. För att skapa ett moget mRNA klipps introner ("onödiga" RNA-sekvenser) bort genom splicing. Medan de sekvenser som krävs för transaltion utgör den mogna RNA-kedjan och används som mall i proteinsyntesen.
Det finns flera exon på samma mRNA kedja, vissa exon kan också klippas bort för att samma gen kan koda för olika protein. Vilket protein som uttryck styrs av miljön i cellen och beror alltså på vilka exon som sparas.
```
---
## Fråga 15
@@ -198,10 +218,12 @@ What regions of a tRNA are recognized by amino-acyl-tRNA synthetases?/Vilka regi
Denna fråga kan besvaras på svenska eller engelska.
**Svar**
```spoiler-block
OH-gruppen på 3´änden
Den specifika nukleotidsekvensen näst längst ut på 3´änden
```
---
## Fråga 16
@@ -235,9 +257,11 @@ Välj ett alternativ:
För ett enzym är Michaelis-Mentens konstant (K_M) 15 mM. Vid en substratkoncentration på 5 mM, vad är förhållandet mellan reaktionshastigheten V och den maximala reaktionshastigheten V_max? Motivera ditt svar. (Max 150 ord) (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Reaktionshastigheten vid 5mM är alltså en fjärdedel av hastigheten vid Vmax
```
---
## Fråga 19
@@ -245,10 +269,12 @@ Reaktionshastigheten vid 5mM är alltså en fjärdedel av hastigheten vid Vmax
I en av delreaktionerna som katalyseras av chymotrypsin krävs närvaro av vatten, medan i en annan delreaktion krävs det att inget vatten är närvarande. Vilka är dessa delreaktioner och varför krävs närvaro respektive frånvaro av vatten i de respektive stegen? (Max 150 ord) (2p)
**Svar**
```spoiler-block
I delreaktion 1 krävs inget vatten, då his tar emot vätet från asp som gör en nukleofilattack på den inkommande peptidbidningen.
I delreaktion 2 krävs vatten, för att den peptiden ska klyvas och släppa från chymotrypsin
```
---
## Fråga 20
@@ -282,6 +308,7 @@ Välj ett alternativ:
Redogör för hur enzymet fruktos 2,6-bisfosfatas/fosfofruktokinas 2 regleras och spelar en central roll i glukosmetabolismen. Max 150 ord. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Enzymets aktivitet styrs av hormonreglering och fosforylering.
När insulin binder in till cellens recptor stimuleras PP1. Funktionen för PP1 är att defosforylera enzymet. När fruktos 2,6-bisfosfatas/fosfofruktoskinas 2 är defosforylerat inhiberas fosfatasdelen medan kinasdelen aktiveras. När kinasdelen är aktiverad katalyseras reaktionen där fruktos 6-fosfat blir fruktos-2,6-bisfosfat.
@@ -292,6 +319,7 @@ Detta spelar en central roll i metabolismen då hög koncentration av fruktos-2,
Alltså fruktos 2,6-bisfosfatas/fosfofruktoskinas 2 styr mängden fruktos-2,6-bisfosfat vilket reglerar om cellen ska köra glykolys eller glukoneogenes.
```
---
## Fråga 23
@@ -299,9 +327,11 @@ Alltså fruktos 2,6-bisfosfatas/fosfofruktoskinas 2 styr mängden fruktos-2,6-bi
Vad gör proteinet glykogenin och vilken viktig roll spelar enzymet i relation till glykogenmetabolism? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Glykogenin är ett protein som fungerar som en primer i glykogensyntesen. Det har en enzymaktivitet som fäster några glukos-enheter på sig själv för att utgöra en primer som glykogensyntataset kan syntetisera vidare på. Utan glykogenin skulle inte glykogensyntaset ha någon reducerad ände att starta sin glykogensyntes ifrån och vi skulle därmed inte kunna få någon glykogensyntes.
```
---
## Fråga 24
@@ -309,9 +339,11 @@ Glykogenin är ett protein som fungerar som en primer i glykogensyntesen. Det ha
Redogör för vilket sätt arsenikförgiftning påverkar metabolismen och vad som kan göras för att häva förgiftningen. Max 150 ord. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Arsenikförgiftning hämmar natrium/kalium-pumpen vilket förstör gradienterna. Pumpen upprätthåller gradienter över membranet som annars skulle utjämnas av jonkanalerna. Cellen är beroende av gradienten för att upprätthålla vissa reaktioner i cellen och transporter över cellmembranet. Bl.a. så utnyttjas den uppbyggda kaliumgradienten för att aktivit (sekundär aktiv transport) transportera glukos in i cellen genom att kalium som transporteras med sin gradient drar med sig glukosmolekylen mot sin gradient in i cellen.
```
---
## Fråga 25
@@ -333,11 +365,13 @@ Välj ett eller flera alternativ:
Redogör för mekanismen hos ATP-syntas i mitokondriens innermembran. Max 150 ord. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
ATP-syntas funktion är att utnyttja den elektrokemiska gradienten som skapats av de protonpumpande komplexen i ETK, för att omvandla vätejoners rörelseenergi till kemisk bidningsenergi mellan fosfatgrupperna i ATP.
Detta sker genom att vätejoner som strävar efter att ta sig från mmu genom innermembranet till matrix för att jämna ut gradienten åker in och neutraliserar en halvkanal i F0s c-ring, som roterar ett steg för varje vätejon som binder in. (När vätejonen åkt ett helt varv släpps den ut i matrix.) Rörelseenergin som skapas av rotationen i c-ringen leds genom den roterande gammasjälken till F1-enheten som finns i matrix och inducerar konformationsändringar i dess subenheter. ADP + Pi binder in i B-subeneheterna under Loose state, binds samman under Tense state och släpps ut som ATP under Open state.
```
---
## Fråga 27
@@ -345,10 +379,12 @@ Detta sker genom att vätejoner som strävar efter att ta sig från mmu genom in
Vilka är de två viktigaste transportörerna av kväve från kroppens vävnader till levern, och via vilka två andra molekyler kommer de två kväveatomerna, som slutligen hamnar i urea, föras in i ureacykelns cykliska del? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
De två viktigate transportörerna av kväve från kroppen vävnader är alanin och asparagin.
Kväveatomerna hamnar i urea cykeln genom glutamat, vars kvävegrupp reagerar med koldioxid och bildar karbamoyl som sedan reagerar och bildar citrulin. Och asparaginsyra som i nästa steg lämnar av sin kvävegrupp till citrulin som då bildar argininsuccinat.
```
---
## Fråga 28
@@ -382,9 +418,11 @@ Välj ett eller flera alternativ:
Syntes av heme beror på cellens tillgång till järn. Beskriv vad som sker när järntillgången är låg. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
På mRNA som används som mall för att syntetisera ALA-syntetaset som behövs vid hemsyntes finns den reglerande sekvensen IRE, Ire Respossible Element. När järntillgången är låg binder IRP, IRE-binding protein, till IRE vilket hämmar translationen av det nödvändiga enzymet ALA-syntas. Detta inhiberar hemsyntesen, vilket är syftet eftersom vi inte har något järn.
```
---
## Fråga 31
@@ -405,9 +443,11 @@ Välj ett eller flera alternativ:
Beskriv uppbyggnaden av ett GPI-ankare. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
En GPI-ankare består av 3 olika molekyler bundna till varandra, den innersta delen fäster till cellmembranet och den yttersta delen binder till tex. en kolhydrat.
```
---
## Fråga 33
@@ -415,12 +455,14 @@ En GPI-ankare består av 3 olika molekyler bundna till varandra, den innersta de
Rangordna molekylerna vatten, leucin, glukos och kväveoxid efter deras förmåga att passera cellens plasmamembran. Starta med den molekyl som har lättast att passera. Ange två egenskaper hos varje molekyl av betydelse för deras placering i listan. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Vatten - liten, oladdad molekyl
Glukos - hydrofob, relativt stor molekyl
Leucin - oladdad, hydrofil "kropp" (alltså NH3+ och COO-, inte R-kedjan)
Kväveoxid - laddad, hydrofil
```
---
## Fråga 34

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/22.md
View File

@@ -8,6 +8,7 @@ tags:
Redogör för hur enzymet fruktos 2,6-bisfosfatas/fosfofruktokinas 2 regleras och spelar en central roll i glukosmetabolismen. Max 150 ord. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Enzymets aktivitet styrs av hormonreglering och fosforylering.
När insulin binder in till cellens recptor stimuleras PP1. Funktionen för PP1 är att defosforylera enzymet. När fruktos 2,6-bisfosfatas/fosfofruktoskinas 2 är defosforylerat inhiberas fosfatasdelen medan kinasdelen aktiveras. När kinasdelen är aktiverad katalyseras reaktionen där fruktos 6-fosfat blir fruktos-2,6-bisfosfat.
@@ -17,3 +18,4 @@ När glukagon binder in till cellens receptor sätter en kaskadreaktion igång d
Detta spelar en central roll i metabolismen då hög koncentration av fruktos-2,6-bisfosfat (vilket bildas när enzymet är defosforylerat) stimulerar glykolysenzymet fosfofruktikinas 1 (som katalyserar reaktionen fruktos 6-fosfat --> fruktos 1,6-bisfosfat) samtidigt som det inhiberar glykoneogenes enzymet fruktos 1,6-bisfosfatas (som katalyserar reaktionen fruktos 1,6-bisfosfat --> fruktos 6-fosfat).
Alltså fruktos 2,6-bisfosfatas/fosfofruktoskinas 2 styr mängden fruktos-2,6-bisfosfat vilket reglerar om cellen ska köra glykolys eller glukoneogenes.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/23.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Vad gör proteinet glykogenin och vilken viktig roll spelar enzymet i relation till glykogenmetabolism? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Glykogenin är ett protein som fungerar som en primer i glykogensyntesen. Det har en enzymaktivitet som fäster några glukos-enheter på sig själv för att utgöra en primer som glykogensyntataset kan syntetisera vidare på. Utan glykogenin skulle inte glykogensyntaset ha någon reducerad ände att starta sin glykogensyntes ifrån och vi skulle därmed inte kunna få någon glykogensyntes.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/24.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Redogör för vilket sätt arsenikförgiftning påverkar metabolismen och vad som kan göras för att häva förgiftningen. Max 150 ord. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Arsenikförgiftning hämmar natrium/kalium-pumpen vilket förstör gradienterna. Pumpen upprätthåller gradienter över membranet som annars skulle utjämnas av jonkanalerna. Cellen är beroende av gradienten för att upprätthålla vissa reaktioner i cellen och transporter över cellmembranet. Bl.a. så utnyttjas den uppbyggda kaliumgradienten för att aktivit (sekundär aktiv transport) transportera glukos in i cellen genom att kalium som transporteras med sin gradient drar med sig glukosmolekylen mot sin gradient in i cellen.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/26.md
View File

@@ -8,7 +8,9 @@ tags:
Redogör för mekanismen hos ATP-syntas i mitokondriens innermembran. Max 150 ord. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
ATP-syntas funktion är att utnyttja den elektrokemiska gradienten som skapats av de protonpumpande komplexen i ETK, för att omvandla vätejoners rörelseenergi till kemisk bidningsenergi mellan fosfatgrupperna i ATP.
Detta sker genom att vätejoner som strävar efter att ta sig från mmu genom innermembranet till matrix för att jämna ut gradienten åker in och neutraliserar en halvkanal i F0s c-ring, som roterar ett steg för varje vätejon som binder in. (När vätejonen åkt ett helt varv släpps den ut i matrix.) Rörelseenergin som skapas av rotationen i c-ringen leds genom den roterande gammasjälken till F1-enheten som finns i matrix och inducerar konformationsändringar i dess subenheter. ADP + Pi binder in i B-subeneheterna under Loose state, binds samman under Tense state och släpps ut som ATP under Open state.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/27.md
View File

@@ -8,6 +8,8 @@ tags:
Vilka är de två viktigaste transportörerna av kväve från kroppens vävnader till levern, och via vilka två andra molekyler kommer de två kväveatomerna, som slutligen hamnar i urea, föras in i ureacykelns cykliska del? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
De två viktigate transportörerna av kväve från kroppen vävnader är alanin och asparagin.
Kväveatomerna hamnar i urea cykeln genom glutamat, vars kvävegrupp reagerar med koldioxid och bildar karbamoyl som sedan reagerar och bildar citrulin. Och asparaginsyra som i nästa steg lämnar av sin kvävegrupp till citrulin som då bildar argininsuccinat.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/3.md
View File

@@ -10,6 +10,7 @@ tags:
Diskutera molekylära likheter och skillnader mellan mekanismerna bakom galaktosemi och laktosintolerans. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Laktos är en molekyl som består av glukos och galaktos.
Båda sjukdommarna beror på brist av enzymet som bryter ned den specifika molekylen.
@@ -18,3 +19,4 @@ I laktosintolerans handlar det om enzymet laktas som spjälkar laktos till galak
Vid obehandlad galaktosemi ansamlas galaktos, vilket leder till att galaktos går ut i blodet och omvandlas till den toxiska molekylen galaktitol, vilket är mycket farligt. Vid obehandlad laktos bryts inte laktosmolekylen ned i tunntarmen som kroppen annars hade gjort, utan den fortsätter genom magtarmkanalen tills den hamnar i tjocktramen där den fermenteras av bakterier, vilket leder till gasbildning och buksmärtor. Ometaboliserad laktos blir alltså inte toxiskt som galaktos(--> galaktitol).
Den vanligaste behandlingen för båda intoleranserna handlar främst om att utesluta den sjukdomsframkallande molekylen. Båda molekylerna finns i komjölk, vilket alltså ska undvikas. Vid laktosintolerans finns laktosfria mjölkprodukter, det finns däremot inte galaktosfria mjölkprodukter.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/30.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Syntes av heme beror på cellens tillgång till järn. Beskriv vad som sker när järntillgången är låg. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
På mRNA som används som mall för att syntetisera ALA-syntetaset som behövs vid hemsyntes finns den reglerande sekvensen IRE, Ire Respossible Element. När järntillgången är låg binder IRP, IRE-binding protein, till IRE vilket hämmar translationen av det nödvändiga enzymet ALA-syntas. Detta inhiberar hemsyntesen, vilket är syftet eftersom vi inte har något järn.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/32.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Beskriv uppbyggnaden av ett GPI-ankare. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
En GPI-ankare består av 3 olika molekyler bundna till varandra, den innersta delen fäster till cellmembranet och den yttersta delen binder till tex. en kolhydrat.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/33.md
View File

@@ -8,8 +8,10 @@ tags:
Rangordna molekylerna vatten, leucin, glukos och kväveoxid efter deras förmåga att passera cellens plasmamembran. Starta med den molekyl som har lättast att passera. Ange två egenskaper hos varje molekyl av betydelse för deras placering i listan. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Vatten - liten, oladdad molekyl
Glukos - hydrofob, relativt stor molekyl
Leucin - oladdad, hydrofil "kropp" (alltså NH3+ och COO-, inte R-kedjan)
Kväveoxid - laddad, hydrofil
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/5.md
View File

@@ -11,6 +11,7 @@ A. Hur många vätebindningar finns i AT resp. GC baspar?
B. Hur påverkar baskompositionen DNA stabiliteten? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
A.
AT har 2 vätebidningar
@@ -19,3 +20,4 @@ GC har 3 vätebidningar
B.
Detta gör att vätebidningarna mellan G och C är stabilare eftersom det finns fler bidningspunkter.
AT-bidningarna som har färre bindningspunkter /par är därmed ostabilare, detta är något som kan utnyttjas vid bl.a. transkription, eftersom DNA blir mer lättsmält vid AT-rika sekvenser som TATA-boxen.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/7.md
View File

@@ -8,6 +8,7 @@ tags:
En allvarlig komplikation till bl.a. Covid-19 är så kallad Acute Respiratory Distress Syndrome (ARDS), vilket ger en gravt sviktande lungfunktion orsakad av inflammation och vätskeansamling (ödem) i alveolerna. Ödemet leder till att mindre syre når blodet och att mindre koldioxid lämnar blodet. Beskriv i detalj hur den minskade mängden syre och den ökade mängden koldioxid påverkar hemoglobinets struktur och funktion. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Den ökande mängden koldioxid stabiliserar T-state, deoxy-formen, av hemoglobin vilket minskar hemoglobinets affinitet för syre och gör det svårare för syremolekylen att binda in. Detta sker bl.a. genom att koldioxid binder i till hemoglobins ena peptidände, vilket gör det möjligt för saltbryggor att återskapas vilket stabiliserar T-state (tense state). Ökad mängd koldioxid innebär även lägre PH i blodet, dvs. ökad mängd vätejoner - vilka kan binda in till hemoglobin och de möjliggör också återskapandet av saltbryggor för hemoglobinet.
@@ -16,3 +17,4 @@ Vid lungorna ska normalt sett den höga syrehalten och det högre PHt leda till
Syrehalten ska också bidra till att en syremolekyl initialt binder in till järnet i en subenhet. Eftersom hemoglobin är ett kooperativ av 4 subenheter med 4 hemgrupper leder inbidningen av syre i en enhet till en konformationsändring i de andra subenheterna vilket gör järnemolekylerna mer tillgängliga för syre att binda in till. Detta stimulerar R-state och oxy-formen av hemoglobin. Den låga syrehalten gör "sannolikheten lägre" för det första syret att binda in, och konformationsändringen sker då inte.
Vanligtvis sker denna växling mellan T- och R-state på så vis att koldioxid konc. är högst i muskler och stimulerar T-state vilket gör att syret släpps av där det behövs. Å andra sidan är koncentrationen syre tillräckligt hög vid lungorna för att stimulera R-state och binda in syre. Dessa konformationsändringar är nödvändiga för ett så effektivt gasutbyte som möjligt och för att syre ska binda och släppa på rätt ställe. När dessa koncentrationer ändras och koldioxidhalten i bloden blir för hög i relation till syrehalten rubbas samspelet mellan dessa konformationsformer och T-state, deoxyformen blir dominerande.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/8.md
View File

@@ -11,9 +11,11 @@ A) Beskriv de olika stegen för en Indirekt ELISA.
B) Detekterar denna metod patientens antikropp eller antigen?
**Svar**
```spoiler-block
A.
Ett specifikt antigen fästs i en brunn, patientens prov tillsätts, sköljning genomförs för att sortera bort de antikroppar som inte fäst till antigenet, ytterligare en antikropp tillsätts som binder till den första antikroppen, färg som binder till den andra antikroppen tillsätts, provet färgas om antikroppen är detekterad.
B.
Antikropp
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-01-29/9.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Discuss the evolutionary origin of RNase P. This question needs to be answered in English. (Max 100 words.) (2p)
**Answer**
```spoiler-block
The RNaseP is an enzyme consisting of both RNA and protein. By comparing the level of protein in different organisms we can see that in less complex organisms like bacteria the enzyme consists of most RNA and only one protein unit, comparing with "arkener" which is a more complex organism there is shorter/smaller RNA unit and more protein units. In even more complex organisms like humans the protein units are much greater than the RNA-unit. This provens the hypothesis that RNA also acted as enzymes long time ago, before "the tasks were split" to proteins to be more efficient.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/1.md
View File

@@ -9,9 +9,11 @@ A) Vad är mukopolysackaridos?
B) Beskriv den biokemiska bakgrunden för mukopolysackaridos. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
A.
Mukopolysackaridos är en sjukdom som innebär att GAG (glukoaminoglukaner) inte kan brytas ner. Då ansamlas GAGs i blodet och kroppens vävnader vilket har negativa konsekvenser på kroppen.
B.
GAG finns i proteoglykaner och består av repeterande disackarid enheter. Disackariden består av en negativt laddad monosackarid och en annan monosackarid som innehåller en acetylamin grupp (till exempel acetylgalaktosamin). Nedbrytningen av GAG behöver speciella enzymer. När dessa enzymer fungerar inte som de ska bryts GAGs inte ner. Då ansamlas stora mängder av GAG i kroppen.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/13.md
View File

@@ -8,8 +8,10 @@ tags:
Vilken roll spelar tryptofanrepressorn vid tryptofanoperonet? Hur styrs dess aktivitet av mängden tryptofan? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Tryptofanoperonet kodar för enzymer som är essentiella för bildningen av tryptofan. Tryptofanrepressorn binder till operatorn i tryptofanoperonet och hämmar transkriptionen. När en tryptofan molekyl binder sig till tryptofanrepressorn, kommer tryptofanrepressorn att kunna binda till operatorn och hämma transkriptionen av tryptofanoperonet. Vid brist på tryptofan, kommer trymptofanrepressorn inte att vara bunden till några tryptofan molekyler och därmed kommer tryptofanrepressorn att lösna från operatorn och tillåta transkriptionen av tryptofanoperonet.
Mycket tryptofan => tryptofanrepressorn binder => Transkriptionen hämmas
Lite tryptofan => tryptofanrepressorn lössnar => Transkriptionen stimuleras
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/14.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Hur är det möjligt för en bakterie att initiera proteinsyntes av flera olika proteiner från enbart ett mRNA-transkript? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Till skillnad från eukaryouter där mRNAt har endast en startkodon (AUG), har bakterier flera start kodoner inom samma mRNA molekyl. I bakterier har mRNAt "shine dalgarno" sekvenser i närhet till startkodonerna AUG. Dessa "shine dalgarno" sekvenser känns igen med hjälp av S16 subenheten som i sin tur finns i S30 subenheten av ribosomen (också kallad den lilla subenheten). Detta förklarar hur det är möjligt att initiera proteinsyntes av flera olika proteiner från enbart ett mRNA-transkript i bakterier.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/15.md
View File

@@ -21,5 +21,7 @@ Vad avses med ∆G inom termodynamiken? Vilken av reaktionerna är spontan och v
This question needs to be answered in English. (2p) (Max 100 words)
**Answer**
```spoiler-block
G (Gibbs free energi) means the change of free energy in the system. Delta-G explains how the free energi in the system change after a specific reaction. Negative delta-G means the reaction is spontaneous, while positive delta-G indicates that the reaction is not spontaneous and is not thermodynamicly favorable. The spontaneous reaction is P + H₂O -> Q + Pi because it has negativ Delta-G.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/16.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Hexokinas är ett enzym som kan använda både D-glukos och D-fruktos som substrat. Km för D-glukos = 0.05 mM är, och för D-fruktos = 1.5 mM. Vmax är detsamma för båda substraten. Vid samtidig tillsats av 1 mM av båda substraten till enzymet kommer produkter att bildas. Vilket substrat kommer att förbrukas först? Motivera svaret. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Km är substratkoncentrationen när enzymhastigheten är hälften av den maximala enzymhastigheten (Vmax/2). Ett lägre Km-värde innebär att enzymet kommer att nå hälften av sin maximala hastigheten vid en mindre substratkoncentration. Om vi jämför Km-värdet för D-glukos och D-fruktos så ser vi att Km-värdet är lägre för D-glukos. Detta innebär att hexokinas kommer att förbruka D-glukos snabbare.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/20.md
View File

@@ -8,9 +8,11 @@ tags:
I vilka två vävnader hittar vi framförallt glykogen hos människa, och vilken huvudsakliga funktion har glykogenet i respektive vävnad? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Glykogen finns i muskelvävnad och i levern.
Glykogen i levern används för att reglera glukoshalten i blodet. Glykogen bryts ner till glukos-1-fosfat och omvandlas senare till glukos-6-fosfat med hjälp av enzymet fosfoglukomutas. Glukos-6-fosfat kan defosforyliseras till glukos med hjälp av enzymet glukos-6-fosfatas som endast finns i levern. Senare kan glukos molekylerna frisättas från levern till blodet.
Muskler saknar enzymet glukos-6-fosfatas vilket innebär att muskler kan inte skapa glukos och frisätta det i blodet. Glykogenet i muskler används därför som energireserv, genom att brytas ner till glukos-6-fosfat som kan fortsätta i glykolysen och till sist producera ATP.
```

46
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/2022-05-16-0025-JCM.md
View File

@@ -9,6 +9,7 @@ A) Vad är mukopolysackaridos?
B) Beskriv den biokemiska bakgrunden för mukopolysackaridos. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
A.
Mukopolysackaridos är en sjukdom som innebär att GAG (glukoaminoglukaner) inte kan brytas ner. Då ansamlas GAGs i blodet och kroppens vävnader vilket har negativa konsekvenser på kroppen.
@@ -16,6 +17,7 @@ Mukopolysackaridos är en sjukdom som innebär att GAG (glukoaminoglukaner) inte
B.
GAG finns i proteoglykaner och består av repeterande disackarid enheter. Disackariden består av en negativt laddad monosackarid och en annan monosackarid som innehåller en acetylamin grupp (till exempel acetylgalaktosamin). Nedbrytningen av GAG behöver speciella enzymer. När dessa enzymer fungerar inte som de ska bryts GAGs inte ner. Då ansamlas stora mängder av GAG i kroppen.
```
---
## Fråga 2 – DZ – Lipider MCQ2
@@ -34,10 +36,12 @@ Nya regler från EU ska se till att minimera mängden transfetter i livsmedel. V
När protoner transporteras över mitokondriens inre membran genom ATPsyntas spelar specifika aminosyror en viktig roll. Redogör för vilken egenskap en aminosyra som förmedlar protontransporten behöver ha och vad som möjliggör protontransporten. Ge även ett exempel på en aminosyra som har den egenskapen. (2p) (Max 100 ord)
**Svar**
```spoiler-block
ATPsyntasets transmembranella del (F0) ansvarar för transporten av protoner över mitokondriens inre membran. F0 innehåller en roterande c-ring som består av 10 c-subenheter samt en a-subenhet som protoniserar och deprotoniserar c-subenheterna. När en c-subenhet protoniseras, nutraliseras ett negativt laddat aminosyra i c-subenheten, vilket leder till en konformationsändring som tillåter c-ringen att rotera. En protoniserad c-subenhet roterar en varv runt c-ringen innan den släpper sin proton, då blir aminosyran negativt laddad som i början.
Exempel på ett negativt laddad aminosyra: Aspartat
```
---
## Fråga 4 – IP – Aminosyror och proteiner MCQ2
@@ -67,6 +71,7 @@ Möjliga bindningstyper:
Rita syredissociationskurvan för hemoglobin och myoglobin. Vilken strukturell skillnad mellan myoglobin och hemoglobin förklarar skillnaden i dissociationskurvorna? (2p) (Max 100 ord)
**Svar**
```spoiler-block
Myoglobin består av en subenhet och har mycket affinitet för syre. Myoglobin har en mycket brant dissociationskurva. Man kan säga att myoglobin fungerar som en on-off knapp, då den antingen är oxiderad (oxyform) eller deoxiderad (deoxyform). Myoglobin är därför bra för lagring av syre men väldigt dåligt för syretransport.
@@ -74,6 +79,7 @@ Tillskillnad från myoglobin består hemoglobin av fyra subenheter. Hemoglobin h
*(Figur med två syredissociationskurvor i originalet.)*
```
---
## Fråga 6 – LJ – Proteinstudier 3
@@ -85,6 +91,7 @@ B. Jonbyteskromatografi
C. Affinitetskromatografi
**Svar**
```spoiler-block
A. Vid gelfiltrering består den fasta fasen av kulor med håligheter. Vid gelfiltrering filtreras proteinerna storleksmässigt, där små proteiner binder till kulorna medan de stora proteiner fortsätter vidare genom kolumnen. Därför kommer protienerna med störst massa först ut, och proteinerna med låg massa hamnar sist i filtreringen.
@@ -92,6 +99,7 @@ B. Jonbyteskromatografi filtrerar protiener beroende på laddning. De finns två
C. Affinitetskromatografi är en filtreringsmetod som är baserad på att filtrera protiener med hjälp av en speciell egenskap hos proteinerna. Till exempel kan proteinernas glykolysering användas för att filtrera protienerna.
```
---
## Fråga 7 – CG – RNA/DNA 3
@@ -101,11 +109,13 @@ B. Skriv det fullständiga namnet för dADP?
(2p)
**Svar**
```spoiler-block
A. Endonukleaser klipper nukleinsyror från mitten, medan exonukleaser klipper nukleinsyror från ändarna (antingen från 3' till 5' riktning eller från 5' till 3'). Detta utförs genom att bryta fosfodiesterbindningen mellan nukleotiderna.
B. Deoxyadinosindifosfat
```
---
## Fråga 8 – MO Evolution 1
@@ -113,9 +123,11 @@ B. Deoxyadinosindifosfat
Beskriv kortfattat hur endosymbios gav upphov till en viktig organell i våra celler. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Endosymbios är en teori som förklarar mitokondriens uppkomst i eukaryota celler. Teorin går ut på att en stor anaerob eukaryotcell har endocyterat en aerob bakterie. Den eukaryota cellen och bakterien lever i symbios, där den eukaryota cellen försörjer bakterien med metaboliter medan bakterien utför aerob metabolism åt den eukaryotacellen. Bakterien har senare utvecklats till mitokondrie. En bevis på att endosymbios teorin stämmer är att mitokondrier har egna DNA.
```
---
## Fråga 9 – CG – RNA/DNA 4
@@ -123,9 +135,11 @@ Endosymbios är en teori som förklarar mitokondriens uppkomst i eukaryota celle
Hur kan en punktmutation i ett intron leda till human sjukdom? (2p) (Max 25 ord).
**Svar**
```spoiler-block
Genom att skapa nya splice-sites i intronen som leder till att mRNAt klivs felaktigt, som gör att mRNAt kan koda för fel proteiner.
```
---
## Fråga 10 – CG – Transkription MCQ 6
@@ -166,12 +180,14 @@ Vilka två av följande påståenden är korrekta?
Vilken roll spelar tryptofanrepressorn vid tryptofanoperonet? Hur styrs dess aktivitet av mängden tryptofan? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Tryptofanoperonet kodar för enzymer som är essentiella för bildningen av tryptofan. Tryptofanrepressorn binder till operatorn i tryptofanoperonet och hämmar transkriptionen. När en tryptofan molekyl binder sig till tryptofanrepressorn, kommer tryptofanrepressorn att kunna binda till operatorn och hämma transkriptionen av tryptofanoperonet. Vid brist på tryptofan, kommer trymptofanrepressorn inte att vara bunden till några tryptofan molekyler och därmed kommer tryptofanrepressorn att lösna från operatorn och tillåta transkriptionen av tryptofanoperonet.
Mycket tryptofan => tryptofanrepressorn binder => Transkriptionen hämmas
Lite tryptofan => tryptofanrepressorn lössnar => Transkriptionen stimuleras
```
---
## Fråga 14 – AC – Translation 5
@@ -179,9 +195,11 @@ Lite tryptofan => tryptofanrepressorn lössnar => Transkriptionen stimuleras
Hur är det möjligt för en bakterie att initiera proteinsyntes av flera olika proteiner från enbart ett mRNA-transkript? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Till skillnad från eukaryouter där mRNAt har endast en startkodon (AUG), har bakterier flera start kodoner inom samma mRNA molekyl. I bakterier har mRNAt "shine dalgarno" sekvenser i närhet till startkodonerna AUG. Dessa "shine dalgarno" sekvenser känns igen med hjälp av S16 subenheten som i sin tur finns i S30 subenheten av ribosomen (också kallad den lilla subenheten). Detta förklarar hur det är möjligt att initiera proteinsyntes av flera olika proteiner från enbart ett mRNA-transkript i bakterier.
```
---
## Fråga 15 – SS – Termodynamik 1
@@ -202,9 +220,11 @@ Vad avses med ∆G inom termodynamiken? Vilken av reaktionerna är spontan och v
This question needs to be answered in English. (2p) (Max 100 words)
**Answer**
```spoiler-block
G (Gibbs free energi) means the change of free energy in the system. Delta-G explains how the free energi in the system change after a specific reaction. Negative delta-G means the reaction is spontaneous, while positive delta-G indicates that the reaction is not spontaneous and is not thermodynamicly favorable. The spontaneous reaction is P + H₂O -> Q + Pi because it has negativ Delta-G.
```
---
## Fråga 16 – MO Enzymer 1
@@ -212,9 +232,11 @@ G (Gibbs free energi) means the change of free energy in the system. Delta-G exp
Hexokinas är ett enzym som kan använda både D-glukos och D-fruktos som substrat. Km för D-glukos = 0.05 mM är, och för D-fruktos = 1.5 mM. Vmax är detsamma för båda substraten. Vid samtidig tillsats av 1 mM av båda substraten till enzymet kommer produkter att bildas. Vilket substrat kommer att förbrukas först? Motivera svaret. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Km är substratkoncentrationen när enzymhastigheten är hälften av den maximala enzymhastigheten (Vmax/2). Ett lägre Km-värde innebär att enzymet kommer att nå hälften av sin maximala hastigheten vid en mindre substratkoncentration. Om vi jämför Km-värdet för D-glukos och D-fruktos så ser vi att Km-värdet är lägre för D-glukos. Detta innebär att hexokinas kommer att förbruka D-glukos snabbare.
```
---
## Fråga 17 – MO Enzymer MCQ1
@@ -260,6 +282,7 @@ I aerob katabolism kommer glukos att passera ett flertal steg innan det oxiderat
I vilka två vävnader hittar vi framförallt glykogen hos människa, och vilken huvudsakliga funktion har glykogenet i respektive vävnad? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Glykogen finns i muskelvävnad och i levern.
@@ -267,6 +290,7 @@ Glykogen i levern används för att reglera glukoshalten i blodet. Glykogen bryt
Muskler saknar enzymet glukos-6-fosfatas vilket innebär att muskler kan inte skapa glukos och frisätta det i blodet. Glykogenet i muskler används därför som energireserv, genom att brytas ner till glukos-6-fosfat som kan fortsätta i glykolysen och till sist producera ATP.
```
---
## Fråga 21 – IP – Integrering av metabolismen 5
@@ -278,6 +302,7 @@ B) Varför är det viktigt att komplexet är reglerat?
C) En typ av reglering av komplexet är av feedforwardtyp. Redogör för vad feedforwardreglering innebär samt vad som ger feedforwardreglering av komplexet och hur.
**Svar**
```spoiler-block
A. Pyruvatdehydrogenaskomplexet är länken mellan glykolysen och citronsyracykeln. Komplexet katalyserar den irreversibla nedbrytningen av pyruvat till koldioxid och acetyl-Coa.
@@ -285,6 +310,7 @@ B. Komplexet styr en irreversibel reaktion där pyruvat bryts ner till Acetyl-Co
C. Feedforwardreglering innebär att substraten i en reaktion stimulerar enzymet som katalyserar denna reaktion. Pyruvat ger feedforwardreglering av pyruvatdehydrogenaskomplexet, då ökade koncentrationen av pyruvat leder till att komplexet stimuleras. Då bryts pyruvat till Acetyl-Coa för att minska koncentrationen av pyruvat.
```
---
## Fråga 22 – ST – Betaoxidation MCQ2
@@ -314,11 +340,13 @@ Vilka två av nedanstående enzymer katalyserar en dekarboxylering?
2,4-dinitrofenol är en frikopplare och ett effektivt bantningspreparat. Förklara hur 2,4-dinitrofenol leder till viktminskning. (2p) (Max 150 ord)
**Svar**
```spoiler-block
2,4-dinitrofenol är en frikopplare, vilket innebär att den förstör protongradienten över mitokondriens inremembran. 2,4-dinitrofenol är en hydrofob molekyl som kan lätt diffundera från mitokondriens intermembranutrymmet till matrix. 2,4-dinitrofenol kan binda till vätejoner och transportera de över mitokondriens inre membran, vilket förstör protongradienter och ger upphov till värme.
Protongradienten behövs för att producera ATP. När protongradienter förstörs kommer cellen att bryta mer fettsyror ner för att upprätthålla gradienter. Detta gör att upptag av 2,4-dinitrofenol leder till viktminskning, då kroppen bryter ner en stor mängd av fett.
```
---
## Fråga 25 – IP – ETK 2
@@ -328,11 +356,13 @@ B. Ge två exempel på redoxpar som förekommer i elektrontransportkedjan.
(2p) (Max 75 ord)
**Svar**
```spoiler-block
A. Redoxpotential innebär ett molekyls förmåga att ta upp elektroner. Hög redoxpotential innebär att molekylen har stor affinitet till elektroner (molekylen vill ta upp mer elektroner), medan låg redoxpotential innebär att molekylen har låg affinitet till elektroner (molekylen vill avge sina elektroner).
B. Ubiquiton (Q) och Ubiquinol (QH₂). QH₂ har lägre redoxpotential än Q, då QH₂ vill avge sina två elektroner. FADH₂ och FAD är ett annat redoxpar i elektrontransportkedjan.
```
---
## Fråga 26 – ML – Aminosyrametabolism MCQ2
@@ -365,10 +395,12 @@ A: AMP
B: CMP
**Svar**
```spoiler-block
A: Urat
B: Urea
```
---
## Fråga 29 – ML – Pentosfosfatvägen 1
@@ -376,9 +408,11 @@ B: Urea
Ribos-5-fosfat kan bildas på två olika sätt i pentosfosfatvägen. I det ena fallet utnyttjas enbart den icke-oxidativa fasen av denna metabola väg. Vilka två glykolysintermediärer utnyttjas i detta fall för syntesen av ribos-5-fosfat? Ange molekylernas fullständiga namn, inte förkortningar. (1p)
**Svar**
```spoiler-block
fruktos-6-fosfat och glyceraldehyd-3-fosfat
```
---
## Fråga 30 – ST – Heme 3
@@ -386,9 +420,11 @@ fruktos-6-fosfat och glyceraldehyd-3-fosfat
Vilken typ av bilirubin (konjugerat eller okonjugerat) är förhöjt vid hemolytisk sjukdom? Förklara varför. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
I mjälten bryts hem ner till biliverdin och sedan omvandlas till okonjugerat bilirubin som frisätts i blodet. I levern konjugeras bilirubinet och utsöndras via galla. Konjugeringen sker för att göra den hydrofoba bilirubinet amfipatisk och vattenlöslig. Vid hemolytiska sjukdomar ökar nedbrytningen av röda blodkroppar i mjälten vilket ger upphov till förhöjt koncentration av okonjugerat bilirubin. Om levern inte kan ta hand om de stora koncentrationer av okonjugerat bilirubin i blodet ansamlas okonjugerat bilirubin i stora koncentrationer.
```
---
## Fråga 31 – JS – Kolesterol 1
@@ -396,11 +432,13 @@ I mjälten bryts hem ner till biliverdin och sedan omvandlas till okonjugerat bi
Beskriv kortfattat två huvudsakliga mekanismer för hur cellens intracellulära kolesterolkoncentration regleras. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
1. Transkriptionen av HMGR kan regleras. Vid låg halt av kolesterol kommer Insig-proteinet att lössna från scap-SREBP komplexet i ER, vilket gör att scap-SREBP transporteras till golgia apparaten med hjälp av COPII. SREBP bryts ner av enzymerna S1P och S2P, vilket gör att den N-terminala delen av SREBP frigörs till cellkärnan. I cellkärnan kan den N-terminala delen av SREBP binda till SRE-1, vilket bland annat ökar transkriptionen av enzymet HMGR. HMGR katalyserar första steget i kolesterolsyntesen där HMG omvandlas till mevalonat.
2. Translationen av HMGR-mRNAt kan regleras med hjälp av oxylanesterol-halten i cellen. En hög halt oxylanesterol (orsakad av hög halt av kolesterol) leder till att mindre polysomer binder till HMGR-mRNAt, vilket leder till mindre translation av HMGR. Å andra sidan kommer en låg oxylanesterol-halt (orsakad av låg halt av kolesterol) i cellen att leda till att fler polysomer binder sig till HMGR-mRNAt, då translateras fler HMGR som stimulerar kolesterolsyntes.
```
---
## Fråga 32 – ST – Membran 7
@@ -408,9 +446,11 @@ Beskriv kortfattat två huvudsakliga mekanismer för hur cellens intracellulära
Beskriv hur lipid rafts är uppbyggda. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Lipid rafts är uppbyggda av kolesterol, sphingomyelin och glukolipider.
```
---
## Fråga 33 – IP – Membrantransport 7
@@ -423,6 +463,7 @@ C) Vilken är drivkraften bakom transporten av glukos?
(Max 75 ord)
**Svar**
```spoiler-block
A. Symport
@@ -430,6 +471,7 @@ B. Sekundär-aktivtransport
C. Vid sekundär-aktivtransport används en molekyl koncentrationsgradient för att transportera en annan molekyl mot sin koncentrationsgradient. Vid transport av glukos används Na jonernas koncentrationsgradient som drivkraften. Det är termodynamiskt fördelaktigt att transportera Na in i cellen då det sker med koncentrationsgradienten.
```
---
## Fråga 34 – Plasmidlaborationen 3
@@ -442,11 +484,13 @@ B) Blåvit screening
(2p) Den här frågan kan besvaras på svenska eller engelska.
**Svar**
```spoiler-block
A. Selektion av antibiotikaresistenta bakterier innebär att odla bakterier i en miljö med antibiotika. Då kommer bara de bakterier med antibiotikaresistens att överleva, medan de bakterier utan antibiotika resistens kommer att dö ut. Ampicillin är ett exempel av antibiotika som används vid selektion av antibiotikaresistenta bakterier. Genom att använda plasmider som innehåller antibiotikaresistens-gener kommer endast de bakterier som bär på dessa plasmider att överleva i en antibiotikarik miljö.
B. Blåvit screening är ett metod att skilja mellan bakterier med plasmider och bakterier utan plasmider. Bakterier med plasmider har en klyvd lac-operon och därför kommer inte de färgas vid addition av x-GAL, då säger man att de är vita kolonier. Bakterier utan plasmider har en fullt fungerande lac-operon och kommer att färgas blått vid addition av x-GAL, då säger man att de är blå kolonier.
```
---
## Fråga 35 – Introduktionslaboration 1
@@ -454,6 +498,8 @@ B. Blåvit screening är ett metod att skilja mellan bakterier med plasmider och
Du vill sätta upp en studie för att ta reda på hur lång tid det tar för blod att koagulera hos friska individer. Du vill få ett relativt litet standardfel (SE) för att känna att du har lyckats få en bra skattning av hur lång tid det brukar ta för blod att koagulera. SE kan härledas fram med hjälp av två parametrar. Vilka är parametrarna och hur ska de se ut om du vill få ett litet värde på SE? (2p) (Max 50 ord.)
**Svar**
```spoiler-block
1- Ju större antal individer som försöket utförs på desto lägre SE.
2- Ju mer lika dessa individers egenskaper är (ålder, kön, hälsa, kost mm.) desto lägre SE.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/21.md
View File

@@ -12,9 +12,11 @@ B) Varför är det viktigt att komplexet är reglerat?
C) En typ av reglering av komplexet är av feedforwardtyp. Redogör för vad feedforwardreglering innebär samt vad som ger feedforwardreglering av komplexet och hur.
**Svar**
```spoiler-block
A. Pyruvatdehydrogenaskomplexet är länken mellan glykolysen och citronsyracykeln. Komplexet katalyserar den irreversibla nedbrytningen av pyruvat till koldioxid och acetyl-Coa.
B. Komplexet styr en irreversibel reaktion där pyruvat bryts ner till Acetyl-Coa. Acetyl-Coa kan inte användas för återbilda pyruvat och därför måste den användas i andra metabola vägar. Därför är enormt viktigt att reglera komplexet för att inte slösa pyruvat onödigt.
C. Feedforwardreglering innebär att substraten i en reaktion stimulerar enzymet som katalyserar denna reaktion. Pyruvat ger feedforwardreglering av pyruvatdehydrogenaskomplexet, då ökade koncentrationen av pyruvat leder till att komplexet stimuleras. Då bryts pyruvat till Acetyl-Coa för att minska koncentrationen av pyruvat.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/23.md
View File

@@ -8,6 +8,7 @@ tags:
2,4-dinitrofenol är en frikopplare och ett effektivt bantningspreparat. Förklara hur 2,4-dinitrofenol leder till viktminskning. (2p) (Max 150 ord)
**Svar**
```spoiler-block
2,4-dinitrofenol är en frikopplare, vilket innebär att den förstör protongradienten över mitokondriens inremembran. 2,4-dinitrofenol är en hydrofob molekyl som kan lätt diffundera från mitokondriens intermembranutrymmet till matrix. 2,4-dinitrofenol kan binda till vätejoner och transportera de över mitokondriens inre membran, vilket förstör protongradienter och ger upphov till värme.
@@ -17,3 +18,4 @@ Protongradienten behövs för att producera ATP. När protongradienter förstör
- **Alfaketoglutaratdehydrogenas**
- Malatdehydrogenas
- Succinatdehydrogenas
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/25.md
View File

@@ -10,7 +10,9 @@ B. Ge två exempel på redoxpar som förekommer i elektrontransportkedjan.
(2p) (Max 75 ord)
**Svar**
```spoiler-block
A. Redoxpotential innebär ett molekyls förmåga att ta upp elektroner. Hög redoxpotential innebär att molekylen har stor affinitet till elektroner (molekylen vill ta upp mer elektroner), medan låg redoxpotential innebär att molekylen har låg affinitet till elektroner (molekylen vill avge sina elektroner).
B. Ubiquiton (Q) och Ubiquinol (QH₂). QH₂ har lägre redoxpotential än Q, då QH₂ vill avge sina två elektroner. FADH₂ och FAD är ett annat redoxpar i elektrontransportkedjan.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/28.md
View File

@@ -11,6 +11,8 @@ A: AMP
B: CMP
**Svar**
```spoiler-block
A: Urat
B: Urea
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/29.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Ribos-5-fosfat kan bildas på två olika sätt i pentosfosfatvägen. I det ena fallet utnyttjas enbart den icke-oxidativa fasen av denna metabola väg. Vilka två glykolysintermediärer utnyttjas i detta fall för syntesen av ribos-5-fosfat? Ange molekylernas fullständiga namn, inte förkortningar. (1p)
**Svar**
```spoiler-block
fruktos-6-fosfat och glyceraldehyd-3-fosfat
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/3.md
View File

@@ -8,6 +8,8 @@ tags:
När protoner transporteras över mitokondriens inre membran genom ATPsyntas spelar specifika aminosyror en viktig roll. Redogör för vilken egenskap en aminosyra som förmedlar protontransporten behöver ha och vad som möjliggör protontransporten. Ge även ett exempel på en aminosyra som har den egenskapen. (2p) (Max 100 ord)
**Svar**
```spoiler-block
ATPsyntasets transmembranella del (F0) ansvarar för transporten av protoner över mitokondriens inre membran. F0 innehåller en roterande c-ring som består av 10 c-subenheter samt en a-subenhet som protoniserar och deprotoniserar c-subenheterna. När en c-subenhet protoniseras, nutraliseras ett negativt laddat aminosyra i c-subenheten, vilket leder till en konformationsändring som tillåter c-ringen att rotera. En protoniserad c-subenhet roterar en varv runt c-ringen innan den släpper sin proton, då blir aminosyran negativt laddad som i början.
Exempel på ett negativt laddad aminosyra: Aspartat
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/30.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Vilken typ av bilirubin (konjugerat eller okonjugerat) är förhöjt vid hemolytisk sjukdom? Förklara varför. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
I mjälten bryts hem ner till biliverdin och sedan omvandlas till okonjugerat bilirubin som frisätts i blodet. I levern konjugeras bilirubinet och utsöndras via galla. Konjugeringen sker för att göra den hydrofoba bilirubinet amfipatisk och vattenlöslig. Vid hemolytiska sjukdomar ökar nedbrytningen av röda blodkroppar i mjälten vilket ger upphov till förhöjt koncentration av okonjugerat bilirubin. Om levern inte kan ta hand om de stora koncentrationer av okonjugerat bilirubin i blodet ansamlas okonjugerat bilirubin i stora koncentrationer.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/31.md
View File

@@ -8,7 +8,9 @@ tags:
Beskriv kortfattat två huvudsakliga mekanismer för hur cellens intracellulära kolesterolkoncentration regleras. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
1. Transkriptionen av HMGR kan regleras. Vid låg halt av kolesterol kommer Insig-proteinet att lössna från scap-SREBP komplexet i ER, vilket gör att scap-SREBP transporteras till golgia apparaten med hjälp av COPII. SREBP bryts ner av enzymerna S1P och S2P, vilket gör att den N-terminala delen av SREBP frigörs till cellkärnan. I cellkärnan kan den N-terminala delen av SREBP binda till SRE-1, vilket bland annat ökar transkriptionen av enzymet HMGR. HMGR katalyserar första steget i kolesterolsyntesen där HMG omvandlas till mevalonat.
2. Translationen av HMGR-mRNAt kan regleras med hjälp av oxylanesterol-halten i cellen. En hög halt oxylanesterol (orsakad av hög halt av kolesterol) leder till att mindre polysomer binder till HMGR-mRNAt, vilket leder till mindre translation av HMGR. Å andra sidan kommer en låg oxylanesterol-halt (orsakad av låg halt av kolesterol) i cellen att leda till att fler polysomer binder sig till HMGR-mRNAt, då translateras fler HMGR som stimulerar kolesterolsyntes.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/32.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Beskriv hur lipid rafts är uppbyggda. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Lipid rafts är uppbyggda av kolesterol, sphingomyelin och glukolipider.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/33.md
View File

@@ -15,9 +15,11 @@ C) Vilken är drivkraften bakom transporten av glukos?
![[Pasted image 20251128083857.png]]
**Svar**
```spoiler-block
A. Symport
B. Sekundär-aktivtransport
C. Vid sekundär-aktivtransport används en molekyl koncentrationsgradient för att transportera en annan molekyl mot sin koncentrationsgradient. Vid transport av glukos används Na jonernas koncentrationsgradient som drivkraften. Det är termodynamiskt fördelaktigt att transportera Na in i cellen då det sker med koncentrationsgradienten.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/34.md
View File

@@ -13,7 +13,9 @@ B) Blåvit screening
(2p) Den här frågan kan besvaras på svenska eller engelska.
**Svar**
```spoiler-block
A. Selektion av antibiotikaresistenta bakterier innebär att odla bakterier i en miljö med antibiotika. Då kommer bara de bakterier med antibiotikaresistens att överleva, medan de bakterier utan antibiotika resistens kommer att dö ut. Ampicillin är ett exempel av antibiotika som används vid selektion av antibiotikaresistenta bakterier. Genom att använda plasmider som innehåller antibiotikaresistens-gener kommer endast de bakterier som bär på dessa plasmider att överleva i en antibiotikarik miljö.
B. Blåvit screening är ett metod att skilja mellan bakterier med plasmider och bakterier utan plasmider. Bakterier med plasmider har en klyvd lac-operon och därför kommer inte de färgas vid addition av x-GAL, då säger man att de är vita kolonier. Bakterier utan plasmider har en fullt fungerande lac-operon och kommer att färgas blått vid addition av x-GAL, då säger man att de är blå kolonier.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/35.md
View File

@@ -9,6 +9,8 @@ tags:
Du vill sätta upp en studie för att ta reda på hur lång tid det tar för blod att koagulera hos friska individer. Du vill få ett relativt litet standardfel (SE) för att känna att du har lyckats få en bra skattning av hur lång tid det brukar ta för blod att koagulera. SE kan härledas fram med hjälp av två parametrar. Vilka är parametrarna och hur ska de se ut om du vill få ett litet värde på SE? (2p) (Max 50 ord.)
**Svar**
```spoiler-block
1- Ju större antal individer som försöket utförs på desto lägre SE.
2- Ju mer lika dessa individers egenskaper är (ålder, kön, hälsa, kost mm.) desto lägre SE.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/5.md
View File

@@ -8,9 +8,11 @@ tags:
Rita syredissociationskurvan för hemoglobin och myoglobin. Vilken strukturell skillnad mellan myoglobin och hemoglobin förklarar skillnaden i dissociationskurvorna? (2p) (Max 100 ord)
**Svar**
```spoiler-block
Myoglobin består av en subenhet och har mycket affinitet för syre. Myoglobin har en mycket brant dissociationskurva. Man kan säga att myoglobin fungerar som en on-off knapp, då den antingen är oxiderad (oxyform) eller deoxiderad (deoxyform). Myoglobin är därför bra för lagring av syre men väldigt dåligt för syretransport.
Tillskillnad från myoglobin består hemoglobin av fyra subenheter. Hemoglobin har inte lika brant dissociationskurva, vilket innebär att hemoglobin är lämplig för transport av syre. Hemoglobin blir oxyform i lungorna där syrehalten är stor. I musklerna släpper hemoglobinet sina syre atomer gradvist och till slut blir den deoxyform.
![[Pasted image 20251129234842.png]]
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/6.md
View File

@@ -12,9 +12,11 @@ B. Jonbyteskromatografi
C. Affinitetskromatografi
**Svar**
```spoiler-block
A. Vid gelfiltrering består den fasta fasen av kulor med håligheter. Vid gelfiltrering filtreras proteinerna storleksmässigt, där små proteiner binder till kulorna medan de stora proteiner fortsätter vidare genom kolumnen. Därför kommer protienerna med störst massa först ut, och proteinerna med låg massa hamnar sist i filtreringen.
B. Jonbyteskromatografi filtrerar protiener beroende på laddning. De finns två typer av jonbyteskromatografi. Första typen är anjonsbytare, där proteinerna med positiv laddning kommer ut först. Andra typen är katjonsbytare där jonerna med negativ laddning kommer ut först. Den fasta fasen består av kulor med antingen negativ eller positiv laddning som kan fästa till de laddade proteinerna med hjälp av jonbindningar.
C. Affinitetskromatografi är en filtreringsmetod som är baserad på att filtrera protiener med hjälp av en speciell egenskap hos proteinerna. Till exempel kan proteinernas glykolysering användas för att filtrera protienerna.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/7.md
View File

@@ -8,6 +8,7 @@ tags:
Beskriv kortfattat hur endosymbios gav upphov till en viktig organell i våra celler. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Endosymbios är en teori som förklarar mitokondriens uppkomst i eukaryota celler. Teorin går ut på att en stor anaerob eukaryotcell har endocyterat en aerob bakterie. Den eukaryota cellen och bakterien lever i symbios, där den eukaryota cellen försörjer bakterien med metaboliter medan bakterien utför aerob metabolism åt den eukaryotacellen. Bakterien har senare utvecklats till mitokondrie. En bevis på att endosymbios teorin stämmer är att mitokondrier har egna DNA. A. Hur skiljer sig endonukleaser från exonukleaser?
B. Skriv det fullständiga namnet för dADP?
@@ -18,3 +19,4 @@ B. Skriv det fullständiga namnet för dADP?
A. Endonukleaser klipper nukleinsyror från mitten, medan exonukleaser klipper nukleinsyror från ändarna (antingen från 3' till 5' riktning eller från 5' till 3'). Detta utförs genom att bryta fosfodiesterbindningen mellan nukleotiderna.
B. Deoxyadinosindifosfat
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/8.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Beskriv kortfattat hur endosymbios gav upphov till en viktig organell i våra celler. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Endosymbios är en teori som förklarar mitokondriens uppkomst i eukaryota celler. Teorin går ut på att en stor anaerob eukaryotcell har endocyterat en aerob bakterie. Den eukaryota cellen och bakterien lever i symbios, där den eukaryota cellen försörjer bakterien med metaboliter medan bakterien utför aerob metabolism åt den eukaryotacellen. Bakterien har senare utvecklats till mitokondrie. En bevis på att endosymbios teorin stämmer är att mitokondrier har egna DNA.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-05-16/9.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Hur kan en punktmutation i ett intron leda till human sjukdom? (2p) (Max 25 ord).
**Svar**
```spoiler-block
Genom att skapa nya splice-sites i intronen som leder till att mRNAt klivs felaktigt, som gör att mRNAt kan koda för fel proteiner.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/11.md
View File

@@ -9,6 +9,8 @@ A) Var återfinns alfa-amanitin i naturen?
B) Vilket enzym inhiberar denna substans?
**Svar**
```spoiler-block
A) I den lömska flugsvampen
B) Substansen inhiberar RNA-polymeras II
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/14.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
**Beskriv sekundärstrukturen hos molekylen som transporterar aminosyror till ribosomen och förklara vilken funktionen är för varje del av strukturen. Rita gärna.**
![[Pasted image 20251128085533.png]]
**Svar**
```spoiler-block
Strukturen som transporterar aminosyror till ribosomen kallas tRNA och byggs upp av RNA. I 2D, sekundärstruktur, är tRNA klöverformad och stabiliseras av vätebindningar mellan komplementära baspar i RNA kedjan. Den nedersta loopen, Antikodon loopen, innehåller ett antikodon på tre baser som är komplementärt till kodonet på mRNA och därmed aggerar som mellanhand mellan kodon och aminosyra vilket möjliggör för den genetiska koden. De andra två looparna spelar roll för interaktioner med exempelvis aminoacyl-tRNA syntetaser som kopplar ihop rätt aminosyra med rätt tRNA. De bidrar alltså till identifiering av det specifika tRNA:t. 5'-änden av tRNA kedjan är fosforylerad och i 3'-änden sitter en CCA-sekvens, så kallad acceptor stem. Till den fria OH-gruppen på 3'-änden av adenosin i acceptor stem kopplas aminosyran av aminoacyl-tRNA syntetaser.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/15.md
View File

@@ -8,6 +8,7 @@ tags:
**Cancerceller utvecklas från normala celler. Beskriv hur man kan använda koncept från evolutionen för att förstå hur detta går till.**
**Svar**
```spoiler-block
2.0p
Evolution beror på variation och naturligt urval. Det sker mutationer "ofta", vilket ökar variationen inom en population. Många gånger är mutationen som uppstår sämre och försvinner. Ibland är en mutation bra och den blir selekterad (survival of the fittest) och lever kvar inom en population (evolution)
@@ -17,3 +18,4 @@ muterade och orsakar sjukdom). Cancerceller genomgår också mutationer.
1.5p
Evolutionen utgår från att det finns en genetisk variation och ett naturligt urval där de egenskaper som gynnar överlevnad i den aktuella miljön kommer föras vidare till nästa generation i större utsträckning. Genetisk variation uppnås bland annat genom slumpmässiga spontana mutationer i DNA. Mutationer kan då uppkomma i en cell som stänger av en tumörsupressorgen vilket då är "gynnsamt" för den individuella cellen som kan fortsätta dela sig. Andra mutationer kan då uppstå i en gen som kodar för reparation av DNA vilket möjliggör för ytterligare mutationer som aktiverar oncogener och stänger av andra tumörsupressorgener. Genom ett flertal steg där mutationer möjliggör för cellen att dela sig oftare och för fler mutationer att uppstå kan således en cancertumör utvecklas ur en normal cell.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/17.md
View File

@@ -13,9 +13,11 @@ C) Vad händer med glukos när den kommit in i cellen och varför?
*Max 50 ord.*
![[Pasted image 20251128085555.png]]
**Svar**
```spoiler-block
A) GLUT-4
B) Faciliterad diffusion
C) Den kommer genom enzymet Hexokinas och förbrukning av 1 ATP bilda glukos 6-fosfat. Fosforyleringen gör att bärarproteinet inte längre känner igen glukosmolekylen och därmed kan den inte transporteras ut igen utan kommer, beroende på energikvoten, brytas ned i glykolysen eller användas för uppbyggnad av glykogen.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/18.md
View File

@@ -8,6 +8,7 @@ tags:
**Diffusion är en viktig process för att fördela molekyler i gaser och vätskor. Vad beror den på och vilken termodynamisk drivkraft finns bakom den?**
**Svar**
```spoiler-block
1.5p
@@ -16,3 +17,4 @@ Diffusion beror på att det finns många fler sätt för ett ämne i en vätska
2.0p
**Brownsk rörelse** (stavning?) innebär att en liten molekyl har större sannolikhet att inte stöta på något (annan molekyl) på ena sidan än andra. Det leder till att molekyler rör sig mot där det är mindre molekyl-tätt, och således sprids ämnet jämt. Ämnet vill fördela sig, eftersom att ha det ordnat = **_låg entropi =>_** ofördelaktigt (**om molekylen är löslig i sin omgiving**, om olja i vatten är det mer fördelaktigt att oljan är samlad i en stor klump)
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/2.md
View File

@@ -11,8 +11,10 @@ B) Förklara vad som gör dessa aminosyror lämpliga för uppdraget.
*Max 75 ord.*
**Svar**
```spoiler-block
A) Negativt laddad – lysin
Som kan bilda vätebindningar – Asparagin
B) Vid allosterisk reglering av cellens energikvot kommer ATP respektive ADP/AMP binda in till enzymet. Fosfatgrupperna är negativt laddade vilket gör att de kan interaggera med positivt laddade sidokedjor som lysin genom jonbindningar. Kvävebasen adenin som är en del av molekylerna kommer innehålla kvävegrupper som kan bilda vätebindningar med en aminosyra som har karbonyl, hydroxyl- eller aminogrupper, som asparagin med både amino- och karbonylgrupp.
```

40
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/2022-12-19-0097-TUX.md
View File

@@ -24,12 +24,14 @@ B) Förklara vad som gör dessa aminosyror lämpliga för uppdraget.
*Max 75 ord.*
**Svar**
```spoiler-block
A) Negativt laddad – lysin
Som kan bilda vätebindningar – Asparagin
B) Vid allosterisk reglering av cellens energikvot kommer ATP respektive ADP/AMP binda in till enzymet. Fosfatgrupperna är negativt laddade vilket gör att de kan interaggera med positivt laddade sidokedjor som lysin genom jonbindningar. Kvävebasen adenin som är en del av molekylerna kommer innehålla kvävegrupper som kan bilda vätebindningar med en aminosyra som har karbonyl, hydroxyl- eller aminogrupper, som asparagin med både amino- och karbonylgrupp.
```
---
## 3. IP – Aminosyror och proteiner 13
@@ -38,9 +40,11 @@ B) Vid allosterisk reglering av cellens energikvot kommer ATP respektive ADP/AMP
*Max 75 ord.*
**Svar**
```spoiler-block
Amyloider bildas då ett protein med alfahelixrik struktur övergår i en betaflaksrik struktur. Betaflaken kan sedan aggregeras och bilda långa fibrer, så kallade amyloider.
```
---
## 4. DZ – Hemoglobin 4
@@ -49,9 +53,11 @@ Amyloider bildas då ett protein med alfahelixrik struktur övergår i en betafl
*Max 70 ord.*
**Svar**
```spoiler-block
Järnatomens storlek gör att den inte får plats i mitten av hemegruppen. När syre binder in blir järnets atommoln mindre och kan således flyttas upp 0,4 Å in i hemeplanet. Då kommer även det proximala histidinet kopplat till järnet att flyttas upp samt den alfahelix den är kopplad till. Det påverkar strukturen på hemoglobinet där subenheterna totalt kommer vridas upp 15 grader till R-state med ökad affinitet för syre.
```
---
## 5. LJ – Proteinstudier 5
@@ -64,6 +70,7 @@ C) Ange en metod som kan användas för analys av det eluerade proteinet.
*Max 200 ord.*
**Svar**
```spoiler-block
A) Affinitetskromatografi är en kromatografimetod som bygger på att separera proteiner baserat på en viss egeskap. Exempelvis kan glykosylerade proteiner separeras ut genom att kulorna i kolonnen har molekyler som binder till sockerenheterna. Man kan även, som i detta fall, modifiera DNA-sekvensen för proteinet man är ute efter genom att lägga till en tag av histidin vilken binder väl till nickeljoner på kulorna.
@@ -71,6 +78,7 @@ B) För att få proteinet att lossna från kulorna krävs att man eluerar. Det k
C) Gelelektrofores, SDS-PAGE, kan användas för att analysera proteinets storlek samt hur väl proteinreningen lyckats.
```
---
## 6. DZ – Lipider 2
@@ -88,10 +96,12 @@ B) Strukturen för den vanligaste membranlipiden.
**Kolhydrater finns förutom i fri form även bundna till lipider och proteiner. Vilka är de två vanligaste typerna av bindningar mellan kolhydrater och proteiner?** (2p)
**Svar**
```spoiler-block
O-link: kolhydraten binder till OH-gruppen i sidokedjan på serin eller treonin i proteinet.
N-link: kolhydraten binder till aminogruppen i en asparaginrests sidokedja i proteinet.
```
---
## 8. CG – Nukleotider 5
@@ -100,10 +110,12 @@ A) Vilken kemisk grupp finns i 2’-positionen hos ribonukleotider?
B) Vad är AMP förkortning för?
**Svar**
```spoiler-block
A) Hydroxylgrupp (OH)
B) Adenosinmonofosfat
```
---
## 9. CG – Replikation 3
@@ -112,11 +124,13 @@ A) Vilken roll spelar PCNA vid den eukaryota replikationsgaffeln?
B) Vilken form har denna faktor?
**Svar**
```spoiler-block
A) PCNA, eller sliding clamp som den också kallas, har funktionen att den sitter runt en av DNA-strängarna under replikation och håller fast DNA-polymeras på strängen. Det gör att processiviteten ökar upp till 50 gånger jämfört med utan PCNA då DNA-polymeras kan syntetisera långa sträckor DNA utan att ramla av.
B) Ringformad
```
---
## 10. CG – RNA, DNA MCQ 8
@@ -136,10 +150,12 @@ A) Var återfinns alfa-amanitin i naturen?
B) Vilket enzym inhiberar denna substans?
**Svar**
```spoiler-block
A) I den lömska flugsvampen
B) Substansen inhiberar RNA-polymeras II
```
---
## 12. CG – Transkription MCQ 7
@@ -169,9 +185,11 @@ B) Substansen inhiberar RNA-polymeras II
**Beskriv sekundärstrukturen hos molekylen som transporterar aminosyror till ribosomen och förklara vilken funktionen är för varje del av strukturen. Rita gärna.**
**Svar**
```spoiler-block
Strukturen som transporterar aminosyror till ribosomen kallas tRNA och byggs upp av RNA. I 2D, sekundärstruktur, är tRNA klöverformad och stabiliseras av vätebindningar mellan komplementära baspar i RNA kedjan. Den nedersta loopen, Antikodon loopen, innehåller ett antikodon på tre baser som är komplementärt till kodonet på mRNA och därmed aggerar som mellanhand mellan kodon och aminosyra vilket möjliggör för den genetiska koden. De andra två looparna spelar roll för interaktioner med exempelvis aminoacyl-tRNA syntetaser som kopplar ihop rätt aminosyra med rätt tRNA. De bidrar alltså till identifiering av det specifika tRNA:t. 5'-änden av tRNA kedjan är fosforylerad och i 3'-änden sitter en CCA-sekvens, så kallad acceptor stem. Till den fria OH-gruppen på 3'-änden av adenosin i acceptor stem kopplas aminosyran av aminoacyl-tRNA syntetaser.
```
---
## 15. MO – Evolution 3
@@ -179,9 +197,11 @@ Strukturen som transporterar aminosyror till ribosomen kallas tRNA och byggs upp
**Cancerceller utvecklas från normala celler. Beskriv hur man kan använda koncept från evolutionen för att förstå hur detta går till.**
**Svar**
```spoiler-block
Evolutionen utgår från att det finns en genetisk variation och ett naturligt urval där de egenskaper som gynnar överlevnad i den aktuella miljön kommer föras vidare till nästa generation i större utsträckning. Genetisk variation uppnås bland annat genom slumpmässiga spontana mutationer i DNA. Mutationer kan då uppkomma i en cell som stänger av en tumörsupressorgen vilket då är "gynnsamt" för den individuella cellen som kan fortsätta dela sig. Andra mutationer kan då uppstå i en gen som kodar för reparation av DNA vilket möjliggör för ytterligare mutationer som aktiverar oncogener och stänger av andra tumörsupressorgener. Genom ett flertal steg där mutationer möjliggör för cellen att dela sig oftare och för fler mutationer att uppstå kan således en cancertumör utvecklas ur en normal cell.
```
---
## 16. ST – Membran MCQ 2
@@ -205,6 +225,7 @@ C) Vad händer med glukos när den kommit in i cellen och varför?
*Max 50 ord.*
**Svar**
```spoiler-block
A) GLUT-4
@@ -212,6 +233,7 @@ B) Faciliterad diffusion
C) Den kommer genom enzymet Hexokinas och förbrukning av 1 ATP bilda glukos 6-fosfat. Fosforyleringen gör att bärarproteinet inte längre känner igen glukosmolekylen och därmed kan den inte transporteras ut igen utan kommer, beroende på energikvoten, brytas ned i glykolysen eller användas för uppbyggnad av glykogen.
```
---
## 18. MO – Termodynamik 1
@@ -219,9 +241,11 @@ C) Den kommer genom enzymet Hexokinas och förbrukning av 1 ATP bilda glukos 6-f
**Diffusion är en viktig process för att fördela molekyler i gaser och vätskor. Vad beror den på och vilken termodynamisk drivkraft finns bakom den?**
**Svar**
```spoiler-block
Diffusion beror på att det finns många fler sätt för ett ämne i en vätska eller gas att vara oordnat än ordnat, alltså är sannolikheten för ett oordnat tillstånd större och molekylerna kommer då till följd av sin konstanta rörelse att hamna i ett oordnat tillstånd. Den termodynamiska drivkraften bakom diffusion är således termodynamikens andra lag, att ett system tenderar att gå mot mer oordnade tillstånd, alltså att entropin ökar.
```
---
## 19. MO – Enzymer MCQ3
@@ -240,9 +264,11 @@ Diffusion beror på att det finns många fler sätt för ett ämne i en vätska
**Redogör för hur heme bryts ner och utsöndras.**
**Svar**
```spoiler-block
Heme bryts ner i mjälten när röda blodkroppar bryts ner. Först bildas biliverdin som sedan omvandlas till bilirubin. Då bilirubin är en hydrofob molekyl kommer den att transporteras bunden till blodproteinet albumin via blodet till levern. I levern kommer bilirubinet konjugeras och då bli amfipatiskt för att sedan utsöndras via gallan.
```
---
## 21. ST – Betaoxidation MCQ3
@@ -261,6 +287,7 @@ Heme bryts ner i mjälten när röda blodkroppar bryts ner. Först bildas bilive
**Ett enzym uppvisar Michaelis–Menten-kinetik. Behöver du känna till den totala enzymkoncentrationen för att bestämma konstanterna (i) Kₘ, (ii) Vmax eller (iii) kcat? Motivera ditt svar.**
**Svar**
```spoiler-block
Vmax motsvarar den maximala reaktionshastighet som är möjlig för en enzymkatalyserad reaktion och uppnås då alla enzym är bundna i enzym-substratkomplex. Vmax beror alltså av enzymkoncentratonen. Kₘ motsvarar den substratkoncentration då V = Vmax/2, alltså när hälften av enzymen har bundit substratet och är upptagna med katalys.
@@ -268,6 +295,7 @@ Kₘ och Vmax kan bestämmas experimentellt för en reaktion genom att mäta den
kcat är ett mått på hur många molekyler produkt som bildas per sekund och enzym, turnover number, och räknas således fram ur den maximala reaktionshastigheten dividerat med den totala enzymkoncentrationen. För att bestämma kcat krävs alltså att känna till den maximala enzymkoncentrationen.
```
---
## 23. IP – Integrering av metabolismen MCQ7
@@ -291,6 +319,7 @@ C) Vilket enzym katalyserar reaktionen?
*Max 50 ord.*
**Svar**
```spoiler-block
A) Laktat
@@ -298,6 +327,7 @@ B) Cellen behöver återbilda NAD⁺ i cytoplasman för att inte glykolysen ska
C) Laktatdehydrogenas
```
---
## 25. IP – Glukosmetabolism MCQ1
@@ -317,12 +347,14 @@ A) Vilka två enzymer hjälps åt att återuppbygga en delvis nedbruten glykogen
B) Vilken typ av bindning skapar respektive enzym?
**Svar**
```spoiler-block
A) En delvis nedbruten glykogenpartikel har redan en primer i form av glykogenin, alltså behöver bara kedjorna elongeras och förgreningar bildas. Glykogensyntas kommer att förlänga kedjorna genom att addera glukosenheter medan branching enzyme kommer skapa förgreningar genom att flytta 7 glukosenheter.
B) Glykogensyntas – alfa 1–4 glykosidbindning
Branching enzyme – alfa 1–6 glykosidbindning
```
---
## 27. IP – Citronsyracykeln 3
@@ -332,11 +364,13 @@ B) Varför är citronsyracykeln inte aktiv i frånvaro av syre?
*Max 50 ord.*
**Svar**
```spoiler-block
A) 3 NADH och 1 FADH₂
B) För att citronsyracykeln ska ske krävs att det finns mitokondriellt NAD⁺ och FAD. Utan syre avstannar elektrontransportkedjan då syre behövs i komplex IV och därmed kan inte NADH och FADH₂ oxideras vilket är det enda sättet att återbilda NAD⁺ och FAD i mitokondriens matrix.
```
---
## 28. IP – ETK 3
@@ -348,11 +382,13 @@ B) Vilken är drivkraften bakom protonpumpningen?
*Max 50 ord.*
**Svar**
```spoiler-block
A) I komplex I, III och IV
B) I elektrontransportkedjans komplex flyttas elektroner från komponenter med lägre redoxpotential till komponenter med högre. Detta är en energimässigt gynnsam process och energin kan då utnyttjas för att pumpa protoner från matrix till mellanmembransutrymmet mot gradienten. Energin omvandlas då till elektrokemisk energi.
```
---
## 29. IP – Integrering av metabolismen MCQ8
@@ -373,10 +409,12 @@ B) I elektrontransportkedjans komplex flyttas elektroner från komponenter med l
**Nämn två aminosyror som genom transaminering kan omvandlas till citronsyracykelintermediärer vilket gör dem till glukogena aminosyror. Ange även vilken citronsyracykelintermediär respektive aminosyra bildar.**
**Svar**
```spoiler-block
Glutamat kan omvandlas till alfaketoglutarat
Aspartat kan omvandlas till oxalacetat
```
---
## 31. ML – Nukleotidnedbrytning MCQ3
@@ -417,9 +455,11 @@ Aspartat kan omvandlas till oxalacetat
**Beskriv vad som karaktäriserar plasmider med konformationen supercoiled respektive relaxerad cirkulär, hur de bildas och hur de kan skiljas åt med gelelektrofores. Den här frågan kan besvaras på svenska eller engelska i tabellform eller i fritext. Max 75 ord.**
**Svar**
```spoiler-block
I supercoiled kommer DNAt i plasmiden vara överdrivet tvinnat, så kallat supercoiled med högre linkingnumber än normalt. Därmed kommer det bildas en linjär struktur. I relaxerad cirkulär är plasmiden istället ringformat. De två olika konformationerna kommer möta olika stort motstånd av gelen under gelelektrofores till följd av att de har olika form och de kan således separeras baserat på att de kommer färdas olika långt.
```
---
## 35. Introduktionslaboration MCQ3

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/22.md
View File

@@ -9,9 +9,11 @@ tags:
![[Pasted image 20251128085625.png]]
**Svar**
```spoiler-block
Vmax motsvarar den maximala reaktionshastighet som är möjlig för en enzymkatalyserad reaktion och uppnås då alla enzym är bundna i enzym-substratkomplex. Vmax beror alltså av enzymkoncentratonen. Kₘ motsvarar den substratkoncentration då V = Vmax/2, alltså när hälften av enzymen har bundit substratet och är upptagna med katalys.
Kₘ och Vmax kan bestämmas experimentellt för en reaktion genom att mäta den initiella reaktionshastigheten för varierande substratkoncentrationer men med samma enzymkoncentration. Värdena förs in i ett diagram där reaktionshastigheten blir en funktion av substratkoncentrationen (se nedan). När substratkoncentrationen går mot oändligheten kommer då V gå mot Vmax och man kan då matematiskt bestämma Vmax utan att känna till den exakta enzymkoncentrationen. Kₘ kan sedan bestämmas utifrån vid vilken substratkoncentration som V = Vmax/2.
kcat är ett mått på hur många molekyler produkt som bildas per sekund och enzym, turnover number, och räknas således fram ur den maximala reaktionshastigheten dividerat med den totala enzymkoncentrationen. För att bestämma kcat krävs alltså att känna till den maximala enzymkoncentrationen.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/24.md
View File

@@ -13,9 +13,11 @@ C) Vilket enzym katalyserar reaktionen?
*Max 50 ord.*
**Svar**
```spoiler-block
A) Laktat
B) Cellen behöver återbilda NAD⁺ i cytoplasman för att inte glykolysen ska avstanna då det krävs i steg 6. Vid anaerob glykolys sker detta genom fermentering där pyruvat reduceras till laktat och NADH oxideras till NAD⁺.
C) Laktatdehydrogenas
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/26.md
View File

@@ -9,8 +9,10 @@ A) Vilka två enzymer hjälps åt att återuppbygga en delvis nedbruten glykogen
B) Vilken typ av bindning skapar respektive enzym?
**Svar**
```spoiler-block
A) En delvis nedbruten glykogenpartikel har redan en primer i form av glykogenin, alltså behöver bara kedjorna elongeras och förgreningar bildas. Glykogensyntas kommer att förlänga kedjorna genom att addera glukosenheter medan branching enzyme kommer skapa förgreningar genom att flytta 7 glukosenheter.
B) Glykogensyntas – alfa 1–4 glykosidbindning
Branching enzyme – alfa 1–6 glykosidbindning
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/27.md
View File

@@ -10,7 +10,9 @@ B) Varför är citronsyracykeln inte aktiv i frånvaro av syre?
*Max 50 ord.*
**Svar**
```spoiler-block
A) 3 NADH och 1 FADH₂
B) För att citronsyracykeln ska ske krävs att det finns mitokondriellt NAD⁺ och FAD. Utan syre avstannar elektrontransportkedjan då syre behövs i komplex IV och därmed kan inte NADH och FADH₂ oxideras vilket är det enda sättet att återbilda NAD⁺ och FAD i mitokondriens matrix.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/28.md
View File

@@ -12,7 +12,9 @@ B) Vilken är drivkraften bakom protonpumpningen?
*Max 50 ord.*
**Svar**
```spoiler-block
A) I komplex I, III och IV
B) I elektrontransportkedjans komplex flyttas elektroner från komponenter med lägre redoxpotential till komponenter med högre. Detta är en energimässigt gynnsam process och energin kan då utnyttjas för att pumpa protoner från matrix till mellanmembransutrymmet mot gradienten. Energin omvandlas då till elektrokemisk energi.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/3.md
View File

@@ -9,5 +9,7 @@ tags:
*Max 75 ord.*
**Svar**
```spoiler-block
Amyloider bildas då ett protein med alfahelixrik struktur övergår i en betaflaksrik struktur. Betaflaken kan sedan aggregeras och bilda långa fibrer, så kallade amyloider.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/30.md
View File

@@ -8,6 +8,8 @@ tags:
**Nämn två aminosyror som genom transaminering kan omvandlas till citronsyracykelintermediärer vilket gör dem till glukogena aminosyror. Ange även vilken citronsyracykelintermediär respektive aminosyra bildar.**
**Svar**
```spoiler-block
Glutamat kan omvandlas till alfaketoglutarat
Aspartat kan omvandlas till oxalacetat
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/34.md
View File

@@ -8,6 +8,8 @@ tags:
**Beskriv vad som karaktäriserar plasmider med konformationen supercoiled respektive relaxerad cirkulär, hur de bildas och hur de kan skiljas åt med gelelektrofores. Den här frågan kan besvaras på svenska eller engelska i tabellform eller i fritext. Max 75 ord.**
**Svar**
```spoiler-block
I supercoiled kommer DNAt i plasmiden vara överdrivet tvinnat, så kallat supercoiled med högre linkingnumber än normalt. Därmed kommer det bildas en linjär struktur. I relaxerad cirkulär är plasmiden istället ringformat. De två olika konformationerna kommer möta olika stort motstånd av gelen under gelelektrofores till följd av att de har olika form och de kan således separeras baserat på att de kommer färdas olika långt.
![[Pasted image 20251128085752.png]]
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/4.md
View File

@@ -9,5 +9,7 @@ tags:
*Max 70 ord.*
**Svar**
```spoiler-block
Järnatomens storlek gör att den inte får plats i mitten av hemegruppen. När syre binder in blir järnets atommoln mindre och kan således flyttas upp 0,4 Å in i hemeplanet. Då kommer även det proximala histidinet kopplat till järnet att flyttas upp samt den alfahelix den är kopplad till. Det påverkar strukturen på hemoglobinet där subenheterna totalt kommer vridas upp 15 grader till R-state med ökad affinitet för syre.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/5.md
View File

@@ -13,9 +13,11 @@ C) Ange en metod som kan användas för analys av det eluerade proteinet.
*Max 200 ord.*
**Svar**
```spoiler-block
A) Affinitetskromatografi är en kromatografimetod som bygger på att separera proteiner baserat på en viss egeskap. Exempelvis kan glykosylerade proteiner separeras ut genom att kulorna i kolonnen har molekyler som binder till sockerenheterna. Man kan även, som i detta fall, modifiera DNA-sekvensen för proteinet man är ute efter genom att lägga till en tag av histidin vilken binder väl till nickeljoner på kulorna.
B) För att få proteinet att lossna från kulorna krävs att man eluerar. Det kan ske med hjälp av en stark buffert eller saltlösning, ofta en kombination av båda.
C) Gelelektrofores, SDS-PAGE, kan användas för att analysera proteinets storlek samt hur väl proteinreningen lyckats.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/7.md
View File

@@ -8,6 +8,8 @@ tags:
**Kolhydrater finns förutom i fri form även bundna till lipider och proteiner. Vilka är de två vanligaste typerna av bindningar mellan kolhydrater och proteiner?** (2p)
**Svar**
```spoiler-block
O-link: kolhydraten binder till OH-gruppen i sidokedjan på serin eller treonin i proteinet.
N-link: kolhydraten binder till aminogruppen i en asparaginrests sidokedja i proteinet.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/8.md
View File

@@ -9,6 +9,8 @@ A) Vilken kemisk grupp finns i 2’-positionen hos ribonukleotider?
B) Vad är AMP förkortning för?
**Svar**
```spoiler-block
A) Hydroxylgrupp (OH)
B) Adenosinmonofosfat
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2022-12-19/9.md
View File

@@ -9,7 +9,9 @@ A) Vilken roll spelar PCNA vid den eukaryota replikationsgaffeln?
B) Vilken form har denna faktor?
**Svar**
```spoiler-block
A) PCNA, eller sliding clamp som den också kallas, har funktionen att den sitter runt en av DNA-strängarna under replikation och håller fast DNA-polymeras på strängen. Det gör att processiviteten ökar upp till 50 gånger jämfört med utan PCNA då DNA-polymeras kan syntetisera långa sträckor DNA utan att ramla av.
B) Ringformad
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-05-15/11.md
View File

@@ -8,7 +8,9 @@ tags:
Enzymet flap endonuclease 1 (FEN1) är viktigt vid eukaryot DNA-replikation. Vad gör detta enzym? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
FEN1 är verksamt vid lagging strand under Okazaki fragment maturation.
Eftersom lagging strand syntetiseras i flera sekvenser finns det flera primers med RNA inne i den nysyntetiserade strängen. I färdigt DNA vill vi inte ha något RNA kvar, detta måste på något sätt plockas bort.
När polymeraset syntetiserar ett fragment kommer det slutligen krocka in i RNA-primern som utgjorde starten för det föregående fragmentet. När polymeraset och primern krockar kommer primern puttas bort och hänga som en liten svans från DNA-strängen. Då är det FEN1 som med sin endonukleasaktivitet klipper bort primern så att enbart DNA återstår i den nya strängen.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-05-15/13.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Vilken roll spelar sigma-faktorn vid prokaryot transkription? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Sigmafaktorn är en av de 6 subenheter som ingår i det prokaryota polymeraset. Sigmafaktorns uppgift är att hjälpa polymeraset att snabbare hitta fram till rätt promotor. Polymeraset med sigmafaktorn åker längs med DNA till dess att rätt promotor hittas. Sigmafaktorns effekt är att polymeraset binder lösare till ospecifikt DNA, vilket gör att det kan glida längs DNA utan att fastna på fel ställe. Utan sigmafaktorn hade polymeraset bundit mycket starkare till ospecifikt DNA, vilket hade försvårat processen då det hade haft problem med att glida längs DNA utan att fastna på fel ställe. När sigmafaktorn väl hittat och bundit till rätt promotor kan transkriptionen börja. Då kommer sigmafaktorn att falla av, eftersom vi nu vill att polymeraset ska sitta fast vid DNA för att kunna utföra transkriptionen korrekt.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-05-15/14.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Beskriv strukturen och funktionen av aminoacyl-tRNA syntetas översiktligt samt förklara vad som sker i aminoacyl-tRNA syntetas om fel aminosyra binder till tRNA. (2p) Max 150 ord.
**Svar**
```spoiler-block
Aminoacyl-tRNA syntetas är ett enzym som katalyserar inbindning av en aminosyra till sin motsvarande tRNA-molekyl för att kunna nyttjas i translationen och kopplas ihop med andra aminosyror. Aminoacyl-tRNA syntetas har två olika delar som är avgörande för funktionen. Det finns ett active site, dit aminosyran binder för att sedan kunna länkas till en OH-grupp på tRNA-molekylens CCA-svans. Sedan finns också ett editing site. Enzymet kommer att känna av om kopplingen mellan aminosyran och tRNA blev rätt eller inte. Om det blev fel kommer editing siten direkt att spjälka loss aminosyran från tRNA för att via active site kunna sätta dit en ny. Det finns en god flexibilitet hos enzymet som gör att dessa två olika delar enkelt kan samarbeta för att snabbt åtgärda ett eventuellt fel.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-05-15/15.md
View File

@@ -8,7 +8,9 @@ tags:
Coronavirus ändrades mycket under pandemin, från en ganska dödlig variant som var lagom smittsam till en variant som är relativt ofarlig men mycket smittsam. Beskriv hur man kan använda koncept från evolutionen för att förstå hur detta går till. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Med tiden har celler, organismer och hela populationer förändrats efter rådande omständigheter. Miljön påverkar och leder till att egenskaper som är gynnsamma för en organisms överlevnad i den aktuella miljön kommer att bevaras medan egenskaper som inte är gynnsamma kommer att selekteras bort hos kommande generationer.
Coronaviruset genomgick en sådan förändring. Till en början var viruset mindre smittsamt men hade en högre dödlighet hos de smittade. Människor kom fram med sätt att skydda sig mot viruset och metoder för att bli frisk om man blivit smittad. Viruset mötte motstånd som hotade dess fortsatta utveckling och överlevnad. Omgivningen fick alltså viruset att utveckla nya egenskaper som var mer gynnsamma för att kunna fortsätta utvecklas och leva vidare. Det var i detta fall att bli mindre dödligt men desto mer smittsamt.
Omgivningens selektionstryck kommer alltså leda till en förändring hos organismen där de mest fördelaktiga egenskaperna för dess överlevnad kommer att bevaras och utvecklas vidare.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-05-15/16.md
View File

@@ -14,7 +14,9 @@ C) Vilken är drivkraften för transporten?
(2p) Max 30 ord.
**Svar**
```spoiler-block
A) En antiport.
B) I mitokondriens inre membran.
C) Energikvoten. Dvs fördelningen mellan ATP och ADP innanför respektive utanför mitokondriens inre membran.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-05-15/17.md
View File

@@ -8,6 +8,8 @@ tags:
Var hittas ett GPI-ankare och vad har det för funktion? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Ett GPI-ankare är ett perifert membranprotein. Det sitter förankrat till cellmembranet via fosfatgrupper och sockerstrukturer. GPI-ankaret kan mobiliseras väldigt snabbt genom att klippas loss med hjälp av lipaser.
Vid en synaps i t.ex. en muskel kommer transmittorsubstansen acetylkolin på en impuls frisättas och leda till muskelkontraktion. För att kontraktionen ska upphöra måste acetylkolin plockas bort från muskelcellens receptorer, och det sker via acetylkolinesteras. Acetylkolinesteras sitter bundet till axonterminalen via ett GPI-ankare, vilket gör att det då snabbt kan frigöras och avsluta muskelkontraktionen.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-05-15/18.md
View File

@@ -10,6 +10,7 @@ B) Hur är jämviktskonstanten definierad?
(2p)
**Svar**
```spoiler-block
A) Jämviktskonstanten K anger förhållandet mellan substrat/reaktant och produkt.
Om K = 1 betyder det att systemet är i jämvikt, mängden reaktant är lika stor som mängden produkt.
@@ -17,3 +18,4 @@ Om K > 1 finns mer produkt än reaktant.
Om K < 1 finns mer reaktant än produkt.
Detta kan visa åt vilket håll en reaktion är förskjuten, och visar förhållandet mellan olika ämnen i ett system. I cellen är ofta flera reaktioner kopplade eller sker som en kedjereaktion. Det innebär att det som är produkt i en reaktion går vidare och utgör reaktant i en annan reaktion. Detta dynamiska samspel gör att jämviktskonstanten hela tiden kommer att förändras och gå åt olika håll. Det är bra, vi vill inte ha jämvikt (K = 1) i cellerna eftersom det då inte finns några gradienter eller någon reaktionsbenägenhet, vilket skulle innebära att alla livsviktiga processer avstannar och vi skulle dö.
B) K = [produkt]/[reaktant]
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-05-15/19.md
View File

@@ -12,6 +12,8 @@ B) Förklara vad som händer med Kₘ respektive Vmax om man tillsätter en komp
(2p)
**Svar**
```spoiler-block
A) Om ett enzym uppvisar Michaelis–Menten-kinetik kommer vi i ett sådant diagram se en hyperbol kurva där reaktionshastigheten ökar och går mot den maximala reaktionshastigheten med ökningen av substratets koncentration. Varje reaktion har ett Vmax, det vill säga den maximala hastighet en reaktion kan nå då samtliga enzym är bundna till substratet. När kurvan planar ut är V nära Vmax och kommer mycket långsamt fortsätta gå mot Vmax med en ökande substratkoncentration. Kₘ är den substratkoncentration för vilken reaktionshastigheten uppnår 1/2 Vmax. Kₘ är alltså den punkt på kurvan där V når halva Vmax.
B) En kompetitiv inhibitor kommer att binda till enzymets aktiva säte och hindra det tänkta substratet från att binda in. Det uppstår alltså konkurrens om att binda in till de enzym som finns. Detta innebär att enzymets affinitet för substratet minskar och det betyder att vi vid närvaro av inhibitorn kommer att få ett lägre Kₘ-värde än utan. Om substratet hinner binda enzymet innan inhibitorn gör det finns det inget som hindrar att den tänkta produkten bildas. Vmax kommer alltså inte att förändras, det kommer bara krävas en högre substratkoncentration för att lyckas konkurrera ut inhibitorn.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-05-15/2.md
View File

@@ -11,6 +11,8 @@ A) Vilken aminosyra är lämplig för uppdraget och varför?
B) Förklara kortfattat syftet med överföringen.
**Svar**
```spoiler-block
A) Serin. Är en alkohol, har OH-grupp som kan bilda vätebindning till kväveatomer hos lipoamidarmen.
B) Acetylgrupp överförs av lipoamidarmen från E1 till E2 där den blir acetyl-CoA.
```

46
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-05-15/2023-05-15-0134-FDC.md
View File

@@ -27,10 +27,12 @@ A) Vilken aminosyra är lämplig för uppdraget och varför?
B) Förklara kortfattat syftet med överföringen.
**Svar**
```spoiler-block
A) Serin. Är en alkohol, har OH-grupp som kan bilda vätebindning till kväveatomer hos lipoamidarmen.
B) Acetylgrupp överförs av lipoamidarmen från E1 till E2 där den blir acetyl-CoA.
```
---
## Fråga 3
@@ -58,12 +60,14 @@ Bindningstyper:
Nämn de allosteriska regulatorerna för hemoglobin och ange om de höjer eller sänker hemoglobinets syreaffinitet. (2p) Max 25 ord.
**Svar**
```spoiler-block
CO₂: bildar kolsyra & karbamatjoner, sänker pH.
H⁺: interagerar med sidokedjor, uppstår jonbindningar.
2,3-BPG: binder subenheterna, förhindrar konformationsändring.
Samtliga stabiliserar T-state, sänker affiniteten för syre.
```
---
## Fråga 5
@@ -74,10 +78,12 @@ A) Beskriv metoden för gelfiltrering.
B) Vilken egenskap hos proteinet bygger metoden på?
**Svar**
```spoiler-block
A) Gelfiltrering är en separationsmetod med avseende på storlek. Man preparerar en kolonn med "beads", dvs porösa gelékulor. Detta utgör den fasta fasen. Sedan tillsätts en lösning med det protein man vill separera ut, detta kallas för den mobila fasen. När den mobila fasen hälls till kolonnen kommer den att rinna igenom och elueras under kolonnen. Stora proteiner kommer att ta vägen förbi kulorna och därmed komma ut först. De små proteinerna kommer istället att gå igenom de porösa kulorna. Detta tar längre tid och de kommer därför komma ut sist. Resultatet blir en separation med avseende på storlek där störst går först.
B) Separation med avseende på storlek, där störst går först.
```
---
## Fråga 6
@@ -87,12 +93,14 @@ B) Ange två skäl till varför tre hexoser kan resultera i många fler olika tr
(2p) Max 100 ord.
**Svar**
```spoiler-block
A) Glykosidbindning.
B) Det finns 20 proteinogena aminosyror. Dessa kan förekomma i L- och D-form efter hur de bryter ljus. I kroppen finns bara aminosyror av L-form, det innebär att det i kroppen endast finns 20 olika aminosyror att välja mellan i skapandet av en tripeptid. Antalet möjliga kombinationer är begränsat.
Det finns många olika monosackarider. Dessa kan likt aminosyrorna också förekomma i olika former, så kallade stereoisomerer. Skillnaden är att det finns väldigt många fler monosackarider och fler isomerer av dessa som kan förekomma i kroppen. Det gör att det finns en större möjlig variation vid bildandet av en trisackarid.
```
---
## Fråga 7
@@ -100,9 +108,11 @@ Det finns många olika monosackarider. Dessa kan likt aminosyrorna också förek
Membranlipider är amfipatiska. Vad betyder amfipati och varför är det en nödvändig egenskap för membranlipider? (2p) Max 75 ord.
**Svar**
```spoiler-block
En molekyl som är amfipatisk har både en hydrofob och en hydrofil del. Både fosfolipiderna och kolesterol är amfipatiska molekyler. Egenskapen gör att membranlipiderna kan orientera sig så att det bildas ett dubbellager med samtliga molekylers hydrofoba delar riktade in mot varandra och membranets mitt medan dess hydrofila delar riktas mot cytoplasman respektive extracellulärmatrix. Amfipati är alltså en nödvändig egenskap för att kunna bilda ett cellmembran som kan interagera med omgivningen och utgöra en barriärfunktion.
```
---
## Fråga 8
@@ -113,10 +123,12 @@ A) Vad skiljer ribos från deoxyribos?
B) Till vilken position är basen kopplad?
**Svar**
```spoiler-block
A) Ribos har en OH-grupp kopplad till både 2´ och 3´ position. Deoxyribos har också en OH-grupp vid 3´ position, men enbart ett väte i 2´ position.
B) Kvävebasen är kopplad till pentosens 1´ position.
```
---
## Fråga 9
@@ -150,11 +162,13 @@ Vilka två alternativ är korrekta vad gäller 5' cap hos eukaryot mRNA? (1p)
Enzymet flap endonuclease 1 (FEN1) är viktigt vid eukaryot DNA-replikation. Vad gör detta enzym? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
FEN1 är verksamt vid lagging strand under Okazaki fragment maturation.
Eftersom lagging strand syntetiseras i flera sekvenser finns det flera primers med RNA inne i den nysyntetiserade strängen. I färdigt DNA vill vi inte ha något RNA kvar, detta måste på något sätt plockas bort.
När polymeraset syntetiserar ett fragment kommer det slutligen krocka in i RNA-primern som utgjorde starten för det föregående fragmentet. När polymeraset och primern krockar kommer primern puttas bort och hänga som en liten svans från DNA-strängen. Då är det FEN1 som med sin endonukleasaktivitet klipper bort primern så att enbart DNA återstår i den nya strängen.
```
---
## Fråga 12
@@ -175,9 +189,11 @@ Vilka två påståenden om kromatin stämmer bäst? (1p)
Vilken roll spelar sigma-faktorn vid prokaryot transkription? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Sigmafaktorn är en av de 6 subenheter som ingår i det prokaryota polymeraset. Sigmafaktorns uppgift är att hjälpa polymeraset att snabbare hitta fram till rätt promotor. Polymeraset med sigmafaktorn åker längs med DNA till dess att rätt promotor hittas. Sigmafaktorns effekt är att polymeraset binder lösare till ospecifikt DNA, vilket gör att det kan glida längs DNA utan att fastna på fel ställe. Utan sigmafaktorn hade polymeraset bundit mycket starkare till ospecifikt DNA, vilket hade försvårat processen då det hade haft problem med att glida längs DNA utan att fastna på fel ställe. När sigmafaktorn väl hittat och bundit till rätt promotor kan transkriptionen börja. Då kommer sigmafaktorn att falla av, eftersom vi nu vill att polymeraset ska sitta fast vid DNA för att kunna utföra transkriptionen korrekt.
```
---
## Fråga 14
@@ -185,9 +201,11 @@ Sigmafaktorn är en av de 6 subenheter som ingår i det prokaryota polymeraset.
Beskriv strukturen och funktionen av aminoacyl-tRNA syntetas översiktligt samt förklara vad som sker i aminoacyl-tRNA syntetas om fel aminosyra binder till tRNA. (2p) Max 150 ord.
**Svar**
```spoiler-block
Aminoacyl-tRNA syntetas är ett enzym som katalyserar inbindning av en aminosyra till sin motsvarande tRNA-molekyl för att kunna nyttjas i translationen och kopplas ihop med andra aminosyror. Aminoacyl-tRNA syntetas har två olika delar som är avgörande för funktionen. Det finns ett active site, dit aminosyran binder för att sedan kunna länkas till en OH-grupp på tRNA-molekylens CCA-svans. Sedan finns också ett editing site. Enzymet kommer att känna av om kopplingen mellan aminosyran och tRNA blev rätt eller inte. Om det blev fel kommer editing siten direkt att spjälka loss aminosyran från tRNA för att via active site kunna sätta dit en ny. Det finns en god flexibilitet hos enzymet som gör att dessa två olika delar enkelt kan samarbeta för att snabbt åtgärda ett eventuellt fel.
```
---
## Fråga 15
@@ -195,11 +213,13 @@ Aminoacyl-tRNA syntetas är ett enzym som katalyserar inbindning av en aminosyra
Coronavirus ändrades mycket under pandemin, från en ganska dödlig variant som var lagom smittsam till en variant som är relativt ofarlig men mycket smittsam. Beskriv hur man kan använda koncept från evolutionen för att förstå hur detta går till. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Med tiden har celler, organismer och hela populationer förändrats efter rådande omständigheter. Miljön påverkar och leder till att egenskaper som är gynnsamma för en organisms överlevnad i den aktuella miljön kommer att bevaras medan egenskaper som inte är gynnsamma kommer att selekteras bort hos kommande generationer.
Coronaviruset genomgick en sådan förändring. Till en början var viruset mindre smittsamt men hade en högre dödlighet hos de smittade. Människor kom fram med sätt att skydda sig mot viruset och metoder för att bli frisk om man blivit smittad. Viruset mötte motstånd som hotade dess fortsatta utveckling och överlevnad. Omgivningen fick alltså viruset att utveckla nya egenskaper som var mer gynnsamma för att kunna fortsätta utvecklas och leva vidare. Det var i detta fall att bli mindre dödligt men desto mer smittsamt.
Omgivningens selektionstryck kommer alltså leda till en förändring hos organismen där de mest fördelaktiga egenskaperna för dess överlevnad kommer att bevaras och utvecklas vidare.
```
---
## Fråga 16
@@ -212,11 +232,13 @@ C) Vilken är drivkraften för transporten?
(2p) Max 30 ord.
**Svar**
```spoiler-block
A) En antiport.
B) I mitokondriens inre membran.
C) Energikvoten. Dvs fördelningen mellan ATP och ADP innanför respektive utanför mitokondriens inre membran.
```
---
## Fråga 17
@@ -224,10 +246,12 @@ C) Energikvoten. Dvs fördelningen mellan ATP och ADP innanför respektive utanf
Var hittas ett GPI-ankare och vad har det för funktion? (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Ett GPI-ankare är ett perifert membranprotein. Det sitter förankrat till cellmembranet via fosfatgrupper och sockerstrukturer. GPI-ankaret kan mobiliseras väldigt snabbt genom att klippas loss med hjälp av lipaser.
Vid en synaps i t.ex. en muskel kommer transmittorsubstansen acetylkolin på en impuls frisättas och leda till muskelkontraktion. För att kontraktionen ska upphöra måste acetylkolin plockas bort från muskelcellens receptorer, och det sker via acetylkolinesteras. Acetylkolinesteras sitter bundet till axonterminalen via ett GPI-ankare, vilket gör att det då snabbt kan frigöras och avsluta muskelkontraktionen.
```
---
## Fråga 18
@@ -237,6 +261,7 @@ B) Hur är jämviktskonstanten definierad?
(2p)
**Svar**
```spoiler-block
A) Jämviktskonstanten K anger förhållandet mellan substrat/reaktant och produkt.
Om K = 1 betyder det att systemet är i jämvikt, mängden reaktant är lika stor som mängden produkt.
@@ -245,6 +270,7 @@ Om K < 1 finns mer reaktant än produkt.
Detta kan visa åt vilket håll en reaktion är förskjuten, och visar förhållandet mellan olika ämnen i ett system. I cellen är ofta flera reaktioner kopplade eller sker som en kedjereaktion. Det innebär att det som är produkt i en reaktion går vidare och utgör reaktant i en annan reaktion. Detta dynamiska samspel gör att jämviktskonstanten hela tiden kommer att förändras och gå åt olika håll. Det är bra, vi vill inte ha jämvikt (K = 1) i cellerna eftersom det då inte finns några gradienter eller någon reaktionsbenägenhet, vilket skulle innebära att alla livsviktiga processer avstannar och vi skulle dö.
B) K = [produkt]/[reaktant]
```
---
## Fråga 19
@@ -256,10 +282,12 @@ B) Förklara vad som händer med Kₘ respektive Vmax om man tillsätter en komp
(2p)
**Svar**
```spoiler-block
A) Om ett enzym uppvisar Michaelis–Menten-kinetik kommer vi i ett sådant diagram se en hyperbol kurva där reaktionshastigheten ökar och går mot den maximala reaktionshastigheten med ökningen av substratets koncentration. Varje reaktion har ett Vmax, det vill säga den maximala hastighet en reaktion kan nå då samtliga enzym är bundna till substratet. När kurvan planar ut är V nära Vmax och kommer mycket långsamt fortsätta gå mot Vmax med en ökande substratkoncentration. Kₘ är den substratkoncentration för vilken reaktionshastigheten uppnår 1/2 Vmax. Kₘ är alltså den punkt på kurvan där V når halva Vmax.
B) En kompetitiv inhibitor kommer att binda till enzymets aktiva säte och hindra det tänkta substratet från att binda in. Det uppstår alltså konkurrens om att binda in till de enzym som finns. Detta innebär att enzymets affinitet för substratet minskar och det betyder att vi vid närvaro av inhibitorn kommer att få ett lägre Kₘ-värde än utan. Om substratet hinner binda enzymet innan inhibitorn gör det finns det inget som hindrar att den tänkta produkten bildas. Vmax kommer alltså inte att förändras, det kommer bara krävas en högre substratkoncentration för att lyckas konkurrera ut inhibitorn.
```
---
## Fråga 20
@@ -297,10 +325,12 @@ B) Förklara med hjälp av termodynamik varför du har blivit varm.
(Max 120 ord) (3p)
**Svar**
```spoiler-block
A) När jag började springa förbrukades energi. Glykolysen omvandlade blodglukos till pyruvat för att skapa mer ATP via citronsyracykeln, ETK och oxidativ fosforylering. Glykogen lagrat i musklerna bröts ner för att frigöra energi där.
B) När ett arbete utförs kommer alltid lite av energin att gå till spillo och bli till kinetisk energi/värme. Tack vare att alla processer i kroppen är uppdelade i många men mindre steg kan vi ta tillvara på en större del av den tillgängliga energin, vi får alltså en större verkningsgrad än t.ex. en förbränningsmotor. Vår verkningsgrad är ca 50%, det innebär att hälften av den energi jag förbrukade när jag sprang frigjordes i form av värme och det var därför jag blev varm.
```
---
## Fråga 23
@@ -347,9 +377,11 @@ Vilka två av nedanstående påståenden om ketonkroppar är korrekta? (1p)
Din kompis har bestämt sig för att utesluta fett ur sin diet med målet att minska sina fettförråd. Du som har studerat metabolism ser en svaghet i strategin. Redogör för den svagheten på molekylär nivå. (Max 75 ord) (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Fett utgör kroppens största energireserv. När vi behöver använda energi förbrukas först blodglukos och vår glykogenreserv. Denna räcker i ca 24 h, tar slut snabbt. Om man går utan mat så att glykogenet förbrukas och sen inte har fettdepåer att bryta ner för energi kommer proteiner börja brytas ner. Detta är dåligt eftersom proteiner har viktiga strukturella, mekaniska och enzymatiska funktioner som vi behöver, de är inte till för att ner för energi.
```
---
## Fråga 27
@@ -371,9 +403,11 @@ D) CuB
Vad menas med respirationskontroll? (1p) Max 25 ord.
**Svar**
```spoiler-block
Reglering av cellandningen, dvs bildningen av ATP genom oxidativ fosforylering. Drivs av elektrontransportkedjan och den elektrokemiska gradient som uppstår, och regleras av cellens energikvot.
```
---
## Fråga 29
@@ -384,10 +418,12 @@ A) Alanin
B) Aspartat
**Svar**
```spoiler-block
A) Pyruvat → Alanin. Sker med hjälp av ALAT (alaninaminotransferas). Alfaketosyran är pyruvat och hämtas från glykolysen.
B) Oxaloacetat → Aspartat. Sker med hjälp av ASAT (aspartataminotransferas). Alfaketosyran är oxaloacetat och hämtas från citronsyracykeln.
```
---
## Fråga 30
@@ -395,9 +431,11 @@ B) Oxaloacetat → Aspartat. Sker med hjälp av ASAT (aspartataminotransferas).
Varför är tillgång av NADPH essentiellt för ett fungerande glutationsystem? (1p) Max 50 ord.
**Svar**
```spoiler-block
Glutation är en antioxidant som reducerar reaktiva syreföreningar, ex väteperoxid till vatten. För att reaktionen ska kunna ske igen måste glutation reduceras tillbaka till sin ursprungsform. Det är NADPH som fungerar som reduktionsmedel och oxideras till NADP⁺. Utan NADPH förblir glutation oxiderat och kan inte reducera fler farliga syreradikaler.
```
---
## Fråga 31
@@ -405,12 +443,14 @@ Glutation är en antioxidant som reducerar reaktiva syreföreningar, ex väteper
Beskriv översiktligt kolesterolets omsättning i kroppen: var det kommer ifrån, två viktiga funktioner och hur det kan utsöndras. (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Kolesterol kan antingen bildas i kroppen eller intas via födan. För en person som väger ca 70 kg och har en västerländsk diet får man i sig ca 500–700 mikrogram kolesterol via födan varje dygn och ca 50% av detta tas upp i kroppen. Syntes av kolesterol kommer att ske ändå, men i vilken utsträckning varierar beroende på kostsammansättningen.
Kolesterol är en viktig komponent i våra cellmembran där det påverkar membranets fluiditet och skyddar membranet från att fluiditeten ska bli för hög eller låg vid temperaturförändringar i kroppen.
Kolesterol utgör också grundstrukturen i syntesen av katekolaminer i binjuren, exempelvis testosteron, testosteron och progesteron.
När kolesterol bryts ner kommer det att utsöndras gallan.
```
---
## Fråga 32
@@ -421,10 +461,12 @@ A) Inosin
B) Cytidin
**Svar**
```spoiler-block
A) Urat.
B) Urea.
```
---
## Fråga 33
@@ -432,9 +474,11 @@ B) Urea.
Vilken typ av bilirubin är förhöjt vid hemolytisk sjukdom? (1p)
**Svar**
```spoiler-block
Det okonjugerade bilirubinet. Bilirubin är en hydrofob molekyl. I normala fall kommer bilirubin i levern att konjugeras med två glukuronsyra som gör att molekylen blir vattenlöslig och kan utsöndras med gallsyran. Om denna konjugering inte sker kan bilirubin inte utsöndras, och därför är det denna variant vi kommer att se förhöjda halter av vid sjukdom.
```
---
## Fråga 34
@@ -442,12 +486,14 @@ Det okonjugerade bilirubinet. Bilirubin är en hydrofob molekyl. I normala fall
Du ska labba! Beskriv fyra saker som du behöver göra innan du börjar experimentera. (2p) Max 50 ord.
**Svar**
```spoiler-block
Förbereda mig genom att läsa igenom labb-handledningen så att jag vet vad jag ska göra.
Lämna ytterkläder och väska och ta på mig labbrock.
Tvätta av bänken med minst 75% etanol.
Vid behov, ta på mig handskar.
```
---
## Fråga 35

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-05-15/22.md
View File

@@ -12,6 +12,8 @@ B) Förklara med hjälp av termodynamik varför du har blivit varm.
(Max 120 ord) (3p)
**Svar**
```spoiler-block
A) När jag började springa förbrukades energi. Glykolysen omvandlade blodglukos till pyruvat för att skapa mer ATP via citronsyracykeln, ETK och oxidativ fosforylering. Glykogen lagrat i musklerna bröts ner för att frigöra energi där.
B) När ett arbete utförs kommer alltid lite av energin att gå till spillo och bli till kinetisk energi/värme. Tack vare att alla processer i kroppen är uppdelade i många men mindre steg kan vi ta tillvara på en större del av den tillgängliga energin, vi får alltså en större verkningsgrad än t.ex. en förbränningsmotor. Vår verkningsgrad är ca 50%, det innebär att hälften av den energi jag förbrukade när jag sprang frigjordes i form av värme och det var därför jag blev varm.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-05-15/26.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Din kompis har bestämt sig för att utesluta fett ur sin diet med målet att minska sina fettförråd. Du som har studerat metabolism ser en svaghet i strategin. Redogör för den svagheten på molekylär nivå. (Max 75 ord) (2p)
**Svar**
```spoiler-block
Fett utgör kroppens största energireserv. När vi behöver använda energi förbrukas först blodglukos och vår glykogenreserv. Denna räcker i ca 24 h, tar slut snabbt. Om man går utan mat så att glykogenet förbrukas och sen inte har fettdepåer att bryta ner för energi kommer proteiner börja brytas ner. Detta är dåligt eftersom proteiner har viktiga strukturella, mekaniska och enzymatiska funktioner som vi behöver, de är inte till för att ner för energi.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-05-15/28.md
View File

@@ -8,5 +8,7 @@ tags:
Vad menas med respirationskontroll? (1p) Max 25 ord.
**Svar**
```spoiler-block
Reglering av cellandningen, dvs bildningen av ATP genom oxidativ fosforylering. Drivs av elektrontransportkedjan och den elektrokemiska gradient som uppstår, och regleras av cellens energikvot.
```

Some files were not shown because too many files have changed in this diff Show More