Update

content/.obsidian/workspace.json

@@ -6,56 +6,39 @@
       {
         "id": "3f6b32748450846e",
         "type": "tabs",
-        "dimension": 50.579839429081176,
         "children": [
           {
-            "id": "c500e8fa861f0cdd",
+            "id": "5cd07fc76098d003",
             "type": "leaf",
             "state": {
               "type": "markdown",
               "state": {
-                "file": "Biokemi/Termodynamik/Instuderingsfrågor.md",
+                "file": "Biokemi/Proteinseminarie/Stödord.md",
                 "mode": "source",
                 "source": false
               },
               "icon": "lucide-file",
-              "title": "Instuderingsfrågor"
+              "title": "Stödord"
             }
+          }
+        ]
       },
       {
-            "id": "2ece43473d04ae34",
+        "id": "2f45996db37e6ccd",
-            "type": "leaf",
-            "state": {
-              "type": "markdown",
-              "state": {
-                "file": "Biokemi/Enzymer/Anteckningar.md",
-                "mode": "source",
-                "source": false
-              },
-              "icon": "lucide-file",
-              "title": "Anteckningar"
-            }
-          }
-        ],
-        "currentTab": 1
-      },
-      {
-        "id": "0d9c4c4ff8b60780",
         "type": "tabs",
-        "dimension": 49.420160570918824,
         "children": [
           {
-            "id": "7e85b893a73f2b8d",
+            "id": "06be19e869ba432d",
             "type": "leaf",
             "state": {
               "type": "markdown",
               "state": {
-                "file": "Biokemi/Enzymer/Anteckningar.md",
+                "file": "Biokemi/Proteinseminarie/Frågor.md",
                 "mode": "source",
                 "source": false
               },
               "icon": "lucide-file",
-              "title": "Anteckningar"
+              "title": "Frågor"
             }
           }
         ]
@@ -115,7 +98,7 @@
       }
     ],
     "direction": "horizontal",
-    "width": 305.5
+    "width": 234.5
   },
   "right": {
     "id": "0948c66181b40af9",
@@ -206,52 +189,53 @@
       "bases:Create new base": false
     }
   },
-  "active": "2ece43473d04ae34",
+  "active": "5cd07fc76098d003",
   "lastOpenFiles": [
+    "Biokemi/Proteinseminarie/Frågor.md",
+    "Biokemi/Proteinseminarie/Stödord.md",
     "Biokemi/Enzymer/Lärandemål.md",
     "Biokemi/Enzymer/Provfrågor.md",
+    "Biokemi/Enzymer/Anteckningar II.md",
+    "Biokemi/Cellmembran/Lärandemål.md",
+    "Biokemi/Cellmembran/Anteckningar.md",
+    "Biokemi/Cellmembran/Provfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellmembran/Instuderingsfrågor.md",
+    "Biokemi/Utforska proteiner/Provfrågor.md",
+    "Biokemi/Proteinseminarie",
+    "attachments/Pasted image 20251118092253.png",
+    "attachments/Pasted image 20251118091516.png",
+    "attachments/Pasted image 20251118085412.png",
+    "attachments/Pasted image 20251118085246.png",
+    "attachments/Pasted image 20251118084729.png",
+    "attachments/Pasted image 20251118084654.png",
+    "attachments/Pasted image 20251118084220.png",
+    "Biokemi/Utforska proteiner/Anteckningar.md",
+    "Biokemi/Cellmembran",
+    "Biokemi/Lipider/Lärandemål.md",
+    "Biokemi/Lipider/Instuderingsuppgifter.md",
+    "Biokemi/Enzymer/Anteckningar I.md",
+    "Biokemi/Utforska proteiner/Lärandemål.md",
+    "attachments/Pasted image 20251117145754.png",
+    "attachments/Pasted image 20251117143805.png",
+    "attachments/Pasted image 20251117143608.png",
+    "Biokemi/Utforska proteiner/Instuderingsfrågor.md",
+    "Biokemi/Lipider/Anteckningar.md",
+    "Biokemi/Utforska proteiner",
+    "Biokemi/Utforska Proteiner.md",
+    "Biokemi/Lipider/Provfrågor.md",
+    "Biokemi/Lipider",
     "Biokemi/Enzymer/Instuderingsfrågor.md",
+    "Biokemi/Nukleotider/Provfrågor.md",
     "Biokemi/Termodynamik/Lärandemål.md",
-    "Biokemi/Enzymer/Anteckningar.md",
-    "attachments/Pasted image 20251112095205.png",
-    "attachments/Pasted image 20251112095158.png",
-    "attachments/Pasted image 20251112094043.png",
-    "attachments/Pasted image 20251112093609.png",
-    "attachments/Pasted image 20251112093538.png",
-    "attachments/Pasted image 20251112085710.png",
-    "attachments/Pasted image 20251112085054.png",
-    "attachments/Pasted image 20251112081325.png",
     "Biokemi/Nukleotider/Instuderingsfrågor.md",
     "Biokemi/Enzymer",
     "Biokemi/Termodynamik/Instuderingsfrågor.md",
     "Biokemi/Hemoglobin/Labb.md",
     "Biokemi/Termodynamik/Provfrågor.md",
-    "Biokemi/Termodynamik/Anteckningar.md",
-    "Biokemi/Termodynamik/Anteckningar Gabriel.md",
-    "attachments/Pasted image 20251111110139.png",
-    "attachments/Pasted image 20251111110058.png",
-    "Biokemi/Nukleotider/Anteckningar.md",
-    "Biokemi/Nukleotider/Provfrågor.md",
-    "Biokemi/Labsäkerhet/Anteckningar.md",
-    "Biokemi/Labsäkerhet/Provfrågor.md",
-    "Biokemi/Nukleotider/Lärandemål.md",
-    "Biokemi/Nukleotider/Video undertexter.md",
     "Biokemi/Termodynamik",
     "Biokemi/Nukleotider/anki_cards_semicolon.csv",
     "Biokemi/Nukleotider/anki_cards.csv",
-    "Biokemi/Kolhydrater/Lärandemål.md",
-    "Biokemi/Kolhydrater/Provfrågor.md",
-    "Biokemi/Kolhydrater/Instuderingsfrågor.md",
-    "Biokemi/Kolhydrater/Anteckningar.md",
-    "Biokemi/Kemiska bindingar/Instuderingsfrågor.md",
-    "Biokemi/Kemiska bindingar/Föreläsning.md",
-    "Biokemi/Hemoglobin/Provfrågor.md",
-    "Biokemi/Hemoglobin/Instuderingsfrågor.md",
     "Biokemi/Nukleotider",
-    "Biokemi/Labsäkerhet",
+    "Biokemi/Labsäkerhet"
-    "Biokemi/Kemiska bindingar",
-    "Biokemi/Kolhydrater",
-    "Biokemi/Hemoglobin",
-    "Biokemi/Från aminosyror till proteiner"
   ]
 }

content/Biokemi/Cellmembran/Anteckningar.md

@@ -0,0 +1,124 @@
+Integrala membranproteiner. Aminosyror med hydrofoba sidokedjor, de har fläckar som är starkt hydrofoba. De sitter hårt associerade till membranet för att få ut de i en lösning får man använda nån form av detergent
+
+Finns olika varianter, detergenter är små amfipatiska molekyler, tex gallsyror
+
+Detergenterna kommer att i de hydrofoba regionera att sätta sig med sina hydrofoba svanser, mot de hydrofoba aminosyrororna. Man maskerar de hydrofoba områderna med hjälp av detergenterna på så sätt kan man få ut dom i en vattenlösning och studera på ett eller annat sätt
+Men membranproteiner är jobba att hantera, detergentern kladdar gärna ihop sig. De är svårstuderade i allmänhet.
+
+Vanliga protainer har hur många kristallstruktuer som vi vet hur de ser ut. Nästan alla transportproteiner som vi har i blodbanan är hydrofoba på sina ytor
+
+I MB har vi bara kristallstrukturer på säg 20 st, kan inte så mycket om de än.
+
+- Integrala
+Här finns det 3 olika klasser/varianter. Den vanligaste är att proteinerna har en eller flera 𝛼-helixar som går genom membranet
+![[Pasted image 20251118084220.png]]
+Alfahelixarna bildar i princip en kanal med hydrofoba utåt och hydrofila inåt som tillåter transport, det är vanligt för transportproteiner.
+transportproteiner har en eller flera alfahelixar.
+
+7TM - seven transmembrane, 7 st alfahelixar som passerar ett membran och bygger upp en kanal.
+- transporterar vatten/joner, vad som helst som bromsar av de hydrofoba svansarna. Glykol, aminosyror, vad som helst som har en **hydrofil karaktär**
+
+längden på dessa alfahelixar är ungefär 20 aminosyror för att kunna spänna över lipidlagret i CM där de flesta har hydrofobkaraktär. 
+
+#### Βeta-barrel
+Tunna som är uppbygd av antiparallela β-sheets.
+![[Pasted image 20251118084654.png]]
+
+Den är mycket mer ovanlig. De kan fungera som transportprotein. 
+
+#### Partiellt associerade
+Finns inget bra namn
+![[Pasted image 20251118084729.png]]
+Innehåller en liten hydrofob sekvens, som sitter intrasslade i membramlagret, men går inte igen.
+För att få loss dessa måste man använda detergenter, därför handlar de hos de membrana proteinerna
+
+alfa + beta heter transmembrala, ofta är det enzymer som sitter på kanalens insida. Så det snabbt går att använda det som kommer in i cellen.
+
+Utan att saker och ting behvöer diffundera över cytoplasman
+
+Hydropati Plot
+Aminosyrosekvensen är känd och eftersom majoritetn av transmembrana proteiner är alfahelixar ska vi försöka hitta en sekvens på ungefär 20 hydrofoba aminosyror.
+Det är det som krävs för att bygga upp en alfahelix.
+
+Finns tabeller över aminorsyror och vad som krävs för att flytta de från en lipid till en vattenmiljö. 
+Finns en tabell i slides 12.2
+
+T.ex. krävs ganska mycket att flytta Phe, men Arg trivs ganska bra i vattenmiljö.
+
+Man tar alla aminosyror och summerar alla nummer ifrån energitabellen, 
+![[Pasted image 20251118085246.png]]
+Man tar ett fönster, ett visst 20 antal som man letar efter. 
+Går det över ett visst värde kan man få en 𝛼-helix, då är det sannolikt att det är ett transmembrant protein.
+![[Pasted image 20251118085412.png]]
+Glykoporin är välstuderat, en topp
+
+Man kan ha transmembrala proteiner med många 𝛼-helixar som har en topp per helix och med beta barrels har inga tydliga toppar
+
+Hos möss är 20% av proteinerna troliga membranproteiner. Då börjar man med DNA och kört igenom program som identiferar membraner
+
+Det kommer inte upp på tentan, men ni ska veta att det finns en metod för att sannolikgöra om det är ett transmembralprotein eller inte.
+
+#### Perifera membranproteiner
+
+1. GTPas, 15C kedja nåra cystein i C-terminall
+
+2. tyrosinkinas, sitter inte stabilt, 14C kedja N-terminal glycin
+
+3.  gpi-ankare nånting ganska viktigt, kommer stöta på många gånger, bygger på glycosylfosfatidylinositol-svans C-terminal kovalent bunden till oligsackarid (kolhydrat)
+![[Pasted image 20251118091516.png|300]]
+De kan frigöras väldigt snabbt
+Finns ett batteri som heter fosfolipaser och lossar proteinet. Proteiner som sitter på det här viset är proteiner som behöver mobiliseras fort, hinner inte gå igenom DNA och proteinsyntes, behöver de på sekunden. Kan ta några timmar att bygga proteiner.
+
+Acetylkolin, muskel någonting
+GPI-ankare sitter det på 
+
+4. Jonbindingar bunda till fosfolipider (elektrostatiska)
+
+5. Associerade till integrala proteiner, cellskellet
+
+Olika celler har olika kolhydrater på sin sida. 
+
+Ligandinteraktion med cellytans kolhydrater
+![[Pasted image 20251118092253.png|200]]
+- antikroppar
+- hormoner
+- enzymer
+- andra celler, cell-cell interaktion
+- virus/bakterier/toxiner
+	- exempel: Uropatogen/escherichia/E Coli
+	- urinvägsinfektionsframkallande bakterie
+	- den ingår i vår vanliga flora, i tarmen finns det inget den kan binda till
+	- P-fibria som binder specifikt till Galoaktos 𝛼-4-bindning, de finns inte i tarmen
+	- om man inte sköter hygienen och får över bakterier från tarmfloran till urinvägarna så kan den binda till sockret i värsta fall kan de gå upp till njurarna
+### Celladhesionsmolekyler
+
+Integrala membranproteiner som förankrar. celler i varandra eller ECM
+- selectins: kolhydrater
+- integriner: ECM
+- ig-superfamiljen (ICAM): sekvenser som påminner om immunglobilner
+- cadheriner: adherens junctions och desmosomer
+
+#### Selektiner
+viktiga proteiner i inflammatoriska reaktioner
+sitter på leukocyter och binder till kolhydratreceptorer på endotelceller
+hjälper till att bromsa upp, blir en cell-cell interaktion, leukocyter(neutrofiler) binder till endotelet.
+Sen när det bromsas upp binder det med integriner, så de vita cellerna kan ta sig ner under endotelet
+det som kallas diapedesen
+
+#### Integrin
+Viktig familj av proteiner som förankrar endoteler/epitelceller i ECM
+en 𝛼-subenhet och β-subenhet
+tvåvärda joner
+kan binda till olika xxxx
+binda så att cellerna sitter på sin plats
+finns många olika varianter
+
+### Cadheriner
+Adherence junctions och desmosomer
+cadheriner binder till cadheriner på intilliggande celler
+Förhindrar att saker läcker mellan celler
+
+
+
+
+

content/Biokemi/Cellmembran/Instuderingsfrågor.md

@@ -0,0 +1,12 @@
+#### Vilka lipider ingår i det eukaryota cellmembranet?
+
+#### Vilken roll har kolesterolet?
+#### Cellmembranet brukar sägas varra assymetriskt. Vad avses med detta?
+#### Vilka molekyler kan spontant diffundera över cellmembranet? Vilka kan inte göra det?
+#### Vilka typer av rörlighet finns i cellmembranet vid 37°?
+#### Hur är lipid rafts uppbyggda?
+#### Vilka typer av integrala membranproteiner finns?
+#### Vad är en hydropatiplot? Vad ger den information om?
+#### Hur är perifera membranet associerade till cellmembranet?
+#### Vilka olika typer av celladhesionsproteiner finns? Vad binder de till? Vilken är deras
+#### huvudsakliga funktion?

content/Biokemi/Cellmembran/Lärandemål.md

@@ -0,0 +1,10 @@
+
+- Principiell uppbyggnad av biologiska membran: membranlipider och membranproteiners struktur och placering i membranet.
+- Barriärfunktionen.
+- Membrandomäner.
+- Glykokalyx struktur.
+- Glykokalyx roll för igenkänning – cell-cell + cell-mikrob.
+- Cell-cell-interaktioner.
+- Celladhesionsmolekyler.
+
+Beskriva hur det eukaryota cellmembranet är uppbyggt.

content/Biokemi/Cellmembran/Provfrågor.md

@@ -0,0 +1,35 @@
+
+**2** Ange en skillnad mellan mättade och omättade fettsyror avseende struktur och en skillnad avseende inverkan på fluiditeten hos cellens membran.
+
+Beskriv uppbyggnaden av ett GPI-ankare. (2p)
+
+Beskriv hur lipid rafts är uppbyggda. (2p)
+
+Proteinet på bilden transporterar glukos och Na +
+A) Vilken typ av transportör är det?
+B) Vilken typ av transport sker för glukos?
+C) Vilken är drivkraften bakom transporten av glukos?
+
+Vilka påståenden om det eukaryota cellmembranet är korrekta?
+- Fosfatidylserin finns enbart i det inre skiktet av cellmembranet.
+- Kolesterol finns enbart i det inre skiktet av cellmembranet.
+- Cellmembranets kolhydrater är riktade mot cellens utsida.
+- Cellmembranets kolhydrater är riktade mot cytoplasman.
+
+Proteinet på bilden utför transport.
+A) Vilken klass av transportörer tillhör proteinet?
+B) Var i cellen finns det?
+C) Vilken är drivkraften för transporten?
+(2p) Max 30 ord.
+
+Vad är en hydropatiplot och vad ger den information om? (4p)
+
+Vilka två av dessa lipider hittas i det eukaryota cellmembranet? (2p)
+- Sfingomyelin
+- Kolesterol
+- Fria fettsyror
+- Triacylglycerol
+
+Det finns tre olika typer av integrala cellmembranproteiner. Vilka? Beskriv kortfattat hur de är uppbyggda. (4p)
+
+Vilka två av nedanstående proteiner utför aktiv transport?

content/Biokemi/Enzymer/Anteckningar II.md

@@ -0,0 +1,207 @@
+
+#### Bakgrund
+Måste överkomma en aktiveringsenergi, staven måste vara tillräckligt böjd för att kunna knäckas.
+De flesta reaktioner kräver en slags aktiveringsenergi.
+Det man vill åstakomma är utbyte av valenselektroner → skapa nya bindingarna
+I vätskor sker det slumpvis, rör och knuffar på sig. För att de ska komma tillräckligt nära och byta ut valenselektroner måste prova många olika knuffar för att få rätt
+Höja sannolikoheten att de träffas på rätt sätt och rät tkonfiguration
+En bildning av ett enzymkomplex som sänker den här aktiveringsenergin, de underlättar för det här övergångstillståendet att bildas.
+ ![[Pasted image 20251114102119.png]]
+
+Gillar inte den modellen för att de finns inte magneter i alla enzymer, det är bara slumpen som bestämmer hur och om en substrat inte agerar med sitt enzym, det är en knuffa och slumpmässiga interaktioner som bestämmer om substratet hittar ett enzym, ingen dragsningskraft i det, utöver det är det en bra tankemodel, att det kan tvinga substratet för att påskynda reaktionen, det är det viktigasete.
+Enzymerna gör det med en med en katalytisk klyfta, den är särskiljt uppbyggt för att uppnås selektivtet ett snäft, molekyler som passar just lär, en unik kemisk miljö för att uppnå TS, sluter ut vattenmolekylerna som ska utesluta eftersom de inte behövs
+#### Hur snabbt kan ett enzym arbeta?
+
+Michaelis–Menten
+# $E + S \;\xrightleftharpoons[k_{-1}]{k_{1}}\; ES \;\xrightarrow{k_{2}}\; E + P$
+
+![[Pasted image 20251114102644.png]]
+
+| Konstant | Beskrivning                             |
+| -------- | --------------------------------------- |
+| E        | enzym                                   |
+| S        | substrat                                |
+| P        | produkt                                 |
+| k1       | associationskonstant ES komplex         |
+| k - 1    | dissociationskonstant ES komplex        |
+| k2       | associationskonstant produktfrisättning |
+Hur sannolikt är det att en klyfta agerar, ofta slumpmässigt kontrollerat med hjälp av diffusion, men klyfta på rätt sätt
+Förutsättningar:
+- interaktion som är enkelt som inte kräver stora förändringar i enzymet
+- försumbart att titta på den omvända reaktionen, 
+- betrakta reaktionen i inledningsfasen, $K_{-2}$ kan försummas
+- Koncentrationen av ES är konstant (steady-state)
+	- dvs det finns en stabil mängd substrat, det förändras inte
+
+![[Pasted image 20251114103113.png]]
+Streckade linjen är den ursprungliga lutningen på grafen
+Med högre mängd substrat så får man en inledande större lutningen, mindre stigning ju mindre substrat man ger. Det tyder att det tar längre tid för substratet att binda till proteinet.
+![[Pasted image 20251114103312.png]]
+Man kan se:
+- Maximala reaktionshastigheten är $V_{max}$ den kan bara nå en viss hastighet, går inte att gå  över.
+- Man kan se hur kurvan ser ut vid mindre substratkoncentrationr
+- Vid halva maximala reaktionshastigheten finns en definerad konstratkoncentration vid halva vmax, den säger hur pass sannolikt det är att bilda en stabil substratkomplex
+- vid vmax är substratkoncentrationen så högt att varje moment en enzym är ledig, för den har just frisatt produkt är den bunden med ett nytt substrat, då kan man nå den totala reaktionshastigheten
+- vmax/2
+	- halva är katalyserad
+	- halva är tillgänlig
+	- Specifik för varje enzym
+
+# $E + S \;\xrightleftharpoons[k_{-1}]{k_{1}}\; ES \;\xrightarrow{k_{2}}\; E + P$
+Kallas för Michaelis-Mentes konstant $K_m$
+- Michaelis-Mentens konstant definieras (under de givna antagandena) som den $k_{-1}$ när
+- [[[S]]] = KM så är [E] = [ES], dvs hälften av alla enzymer är bundna i ES-komplex
+- Lågt $K_m$ betyder stabilt ES
+
+**Maximala reaktionshastigheten, $V_{max}$
+
+$K = k_2 * [ES]$
+
+När substratkoncentrationen är så hög att alla enzymmolekyler är bundna i ES-komplex är reaktionshastigheten maximal, **_V_****_max_****_._**
+
+$k_2 = V_{max} / [E]_{tot}$
+
+Antalet moleklyer P som en E kan bilda per sekund, kallas turnover number (omsättningstal)
+
+Diffusionskontrollerad hur sannoligt är det att de slumpmässigt, när de reagerar reagerar de direkt. Kan ske upp till 600 000 ggr per sekund, medans DNA polymeras kan bara köra 15ggr per sekund eftersom den måste vara väldigt noggrand och kontrollera att allt blir rätt
+
+Man mäter KM och VMax genom att ta flera punkter med olika sbustratkoncentrationer, ju lägre KM desto bättre kan den hålla fast, desto sämre är affiniten. Affiniteten är viktig, den säger under vilka konstellation kan man effiktivt etablera ett substratkomplex och bestämma reaktionsahastighet. 
+
+Allosterea enzymer som hemoglobin som har kooperativitet följer inte michaelis-menten-kinetik de andra subenheterna kan förändras och då krävs en annan sorts mekanism i dessa enzym för att uppnå full reaktionshastighet.
+#### Hur kan man hämma ett enzym?
+Inhibitorer har på enzymer
+De har sin egna affinitet, ju högre affinitet, ju bättre och mindre molekyler måste man ta in
+
+Man analyserar affiniteten och $V_{max}$
+- irreversibala inhibitorer - binder mycket hårt
+- reversibla inhibitorer - binder och släpper
+
+E + I ⇌ EI
+
+#### Competitive inhibiter
+![[Pasted image 20251114104918.png]]
+Den vanliga substraten kan inte sitta eftersom den konkurrar ut substratet
+
+För att reaktionen ska kunna ske med en inhibitor måste man öka substratet så det har en chans.
+![[Pasted image 20251114105141.png]]
+Svarta går ganska svart
+När man sätter till I, så flakar den av, men den går mot samma reaktionshastighet med tillräckligt stora mängder substrat. Varje gång en enzym är ledig tillsätter den en. 
+Ju starkar inhibitor ju hägre K värde, KM blir större och större och affiniteten ökar.
+#### Non-competitive inhibitor
+Binder på ett annat ställe men ändrar konformationsformen, ingen katalys kan ske.
+
+![[Pasted image 20251114104938.png]]
+Nu finns det två olika tillstånd för varje enzym.
+![[Pasted image 20251114105502.png|300]]
+Kinetiska effekten är att man slår ut ett antal enzymer som inte är tillgängliga för katalyz, då sänker man mätbara $V_{max}$ eftersom några är utslagna och inte kan göra någonting, kan fortfarande översätta substrat till produkt. Man får samma affinitet den här reaktionen. Man slår ut enzymerna, man reducerar totalt antal tillgängliga.
+
+Inhibitorn kan kossa, den har sin egen affinitet? Hur ser man det i grafen.
+
+#### Varför vill man göra det?
+Många läkemedel är riktigade till det aktiva sätet för enzymerna. 
+Aktiva centrumet binder översgångstillståndet bättre än substratet.
+
+Exempel penicillin:
+- Penicillin åstadkommer irreversibel inhibition av enzymet glykopeptid-transpeptidas, som bygger upp bakteriers cellväggar.
+- Kan bygga till det aktiva sätet på glykopeptid-transpeptidas, man skapar en bindning
+	- den här kovalenta bindingen kan enzymet inte får bort, en kovalent binding enzym komplex kan man slå ut med hög efektivitet och bakterinen kan inte bygga upp en cellvägg
+
+#### Proteolys
+Hydrolys av peptidbindning
+Koka sojabönor
+
+Väldigt långsamt, kräver spjälkning, 10-1000 år halveringstid
+I kroppen går det milliskunder-tidskalar
+enzymer som katalyserar proteolys = proteaser
+
+#### Chymotrypsin
+Ett serin proteas
+substrat: peptid-bindning efter Phe/Met
+
+**Den klassiska triaden (Ser–His–Asp):**
+- **Aspartat** negativt laddad, stabiliserar histidin och gör att hela systemet hålls i rätt laddningsfördelning.
+- **Histidin** fungerar som en proton-shuttle och gör serin mycket mer reaktiv.
+- **Serin** har en alkoholgrupp fungerar som den nukleofila attackpunkten.
+	- Histidin drar bort protonen från serins OH-grupp
+
+
+väldigt snabb, 200ggr per sekund
+- Asp His Ser
+1. Asp drar åt sen His, His drar åt protonen från Ser
+	1. nu är syre atomkärnan aktiverad och väldigt reaktiv
+2. När man placerade en peptidbindning ovanpå det aktiva sätet kan syreatomen från Ser attackera kol-atomen
+3. När attacken har lyckats skapar man ett kortlivat övergångstillstånd skapar ett kol 4.5 bindingar
+4. Fallar ihop till en konfiguration med en ny bildning mellan kol och syre, nu är peptidbindningen spjälkad mellan kväve och kol
+5. nu kan ena hälften gå
+6. andra hälften är fortfarande bunden till serin-resten
+
+Reaktion 2 är samma sak, men använder nu vatten för att få bort bindingen
+1. börjar med att peptidresten är bunden med syret i Serin
+2. nu kommer vatten in som en reaktant i den här reaktionen,  vatten placeras in brevid histidin, alfa kolet drar åt sig en proton från ett annat ställe
+3. Histidin drar åt sig en proton, då blottas protonerna från en mvatten moelkyl, syre atomen blir aktiverad och mkt reaktiv, och kan igen aktivera bindingen
+4. skapar en kortlivad intermediär, som faller isär och bildar ett tillstånd, dragen till här histidin med en proton som kommer ifrån vatten, den andra resterade delen är bunden till andra hälften av peptid
+5. sen är enzymet återställt och kan katalysera en ny peptidbindningen
+
+Detta enzymet gör att man kan designa en kemisk reaktion, men med en mkt högre specifitet från att man binder till det aktiverade syreatomen precis ovanpå sitt substrat.
+VIKTIGT: skapar med en sån peptidkatalyseri en konformation mellan reaktanterna som hjälper till med katalysen
+VIKTIGT: man har nu etablerat ett alternativ till det vanliga katalysvägen, en enzymkatalyserat man skapar specifitet genom att ta in reaktanterna, skapa en kemisk mijö som är gynnsam, mer reaktiv
+
+Oxyanion hole är en del av enzymet för att stabilisera det instabila övergångstillståndet, som bara har en enkelbinding, drar åt sig elektronerna från två andra säten. Kol har fortfarande 4 bindingar men görs instabil. dubbelbinding till enkelbinding
+
+Viktig aspekt,  Hydrofob ficka ger ett substrat specificitet. Genom att ändra fickan så ändrar man substratets specificitet. 
+![[Pasted image 20251114113453.png]]
+
+
+Chymotrypsin: mindre specifik, hydrofob
+Trypsin: hydrofob och kan etablera jonbinding med Lysin eller Arginin
+Elastas: här kan man binda in serin/alanin, fickan är mindre, två valin
+
+#### Proteaser
+Cysteinprotas
+Aspartylproteas
+Metalloproteas
+
+Proteaser är en viktig klass av proteiner, mål för mycket läkemedel.
+HIV-virus, finns en proteas som spjälkar en polypeptidkedja i viruskapsylen, man har läkemedel som förstår proteasen, om den är förstörd kan man inte bygga nya partiklar.
+
+#### Oxidation och reduktion (redox)
+
+Förändrar molekylernas bindningar genom att ta in eller föra bort elektroner. Då använder man av oxyreduktaser
+De behöver en kofaktor för att föra över elektronerna till/från medelet. 
+Exempel: 
+- etanol $NAD^+$ (oxidation)
+- 
+- acetaldehyd $NADH$ (reduktion)
+- NAD+ är en vanlig elektronbärare
+- NAD+ lägger till två elektroner och en H+
+- 
+
+Andningskedjan kontrolleras av oxidoreduktaser.
+
+#### Syntaser/Ligaser
+Bildar nya bindingar mellan biomolekyler
+![[Pasted image 20251114114501.png]]
+För att skapa Glutamin krävs energi för att skapa den via ATP.
+Efter fosfylesering med en ny energirikbindning som man sen kan byta ut mot en ny bindning.
+
+DNA-polymeras kopierar DNA genom att skapa nya fosfodiesterbindningar. 
+
+#### Kinaser
+Använder ATP som substrat och för över en fosfatrest från ATP till en annan molekyl
+
+Fosfataser tar bort ATP-gruppen, tillsammans med kinaser reglerar man en process genom aktiverar eller desaktiverar.
+
+# Sammanfattning
+Enzymkinetik: $K_M$ (K=visst substrat, affinitet) och $V_{max}$ (maximala reaktionshastigheten)
+Enzyminhibitorer: olika typer vilken kinetisk effekt de tar
+- tävlar
+- allostera
+Enzymer:
+- proteaser
+	- chymotrypsin detaljerat
+	- många år → flera gånger per sekund via katalysator
+- oxidoreduktaser
+- ligaser
+- kinaser/fosfataser
+
+

content/Biokemi/Enzymer/Instuderingsfrågor.md

@@ -1,4 +1,3 @@
-
 #### Hur kan vi veta om en kemisk reaktion kan ske?
 #### Vad är katalys, hur kan den ske och vad kallas de biologiska katalysatorerna? Till vilken grupp av ämnen hör dessa i det flesta fall?
 #### Vilka generella strategier finns för enzym-katalyserade reaktioner?

content/Biokemi/Enzymer/Lärandemål.md

@@ -16,7 +16,6 @@
 	- Syntaser.
 	- Oxidoreduktaser.
 
-
 ## Mål
 
 Redogöra för enzymkinetik och reglering av enzymkatalyserade reaktioner.

content/Biokemi/Lipider/Anteckningar.md

@@ -0,0 +1,158 @@
+#### Struktur och energilagring
+
+- Stor del av adipocyterna är fettdroppar
+	- Består av triacylglycerol
+
+c:a 16% av vikten är fett av en man.
+
+#### Fettsyror
+- Långa kedjor av metylengrupper (CH2), metyl (CH3) och karboxylgrupp (COOH)
+- 14-24 långa kolatomer, oftast jämt
+- inga dubbelbindingar = omättad
+- 1+ dubbelbindingar = mättad
+- dubbelbindingar kan vara cis (samma sid) trans (motsatt sida)
+
+cis samma sida/könsidentitet
+trans olika sida/könsidentitet
+titta på kolatomerna brevid för att bestämma
+
+### Bindingar
+påverkar utseende och struktur
+
+#### Smältpunkten
+- styrka, hur väl håller de ihop
+- olika starka van der waals krafter
+![[Pasted image 20251117102815.png|100]]
+
+Rakar = starkar, flera van der waalskrafter
+Ju längre ju starkare, ju fler krafter mellan kolatomerna
+
+omättade
+![[Pasted image 20251117102926.png|200]]
+lägre smältpunkt, mindre krafter mellan molekylerna
+
+alfa=andra kolatomerna
+beta=tredje kolatomen
+omega=sista kolatomen
+
+![[Pasted image 20251117103100.png]]
+Oljesyra: 18:1 ($\Delta ^9$)
+Linolensyra: 18:3 ($\Delta ^{9,12,15}$)
+![[Pasted image 20251117103159.png|400]]
+
+#### Omegafettsyror
+Ett alternativt sätt att ange namnet på en omättad fettsyra
+Oklart om omega-fetter är bättre för hälsan.
+
+#### Triacylglycerol
+![[Pasted image 20251117103518.png]]
+
+Fett lagras som TAG = oladdad molekyl av 3 acylgrupper + glycerol Esterbindingar.
+Det är ingen fettsyra kemiskt sett, så egentligen ingen fettsyra.
+
+Varför TAG:
+- fettsyror är toxiska. Esterfiera så blir de bättre, bort med karboxylgruppen 
+- hydrofob och kan packas väldigt tätt
+- **starkt reducerat, dvs få O-bindingar i förhållande till H-bindingar då kan den oxideras mycket i många steg**
+	- oxidering används i många processer i metabolismen
+	- oxidering betyder mycket energi i förhållande till vikt
+	- tex i elektrontransportkedjan
+- hydrofobt och starktreducerat gör det väldigt energitätt
+- TAG innehåller 6ggr mer energi än glukogen per gram
+
+C har lägre elektronegativ än O, så då snor O en elektron, då oxideras kol, då kan man göra massa olika kemiska oxideringar på de här kolatomerna
+- Oxidering är koppla av elektroner från kolatomerna
+### Membranlipider
+Amfipatisk
+- en del polär
+- en del som är hydrofob
+
+Lipider är
+- fosfolipider
+- (sfingolipder)
+- glykolipider
+- kolesterol
+
+#### fosfolipider
+Egentligen fosfoglycerolipider
+amfipatiska
+glycerl + 2 acylgrupper + polär grupp med fosfat
+vanligaste membranlipiden
+varieande längd och mättnad på fettsyrorna
+olika subklasser beroende på fosfathuvud
+![[Pasted image 20251117110537.png]]
+
+Micell
+- en boll med hydrofoba innåt, hydrofil utåt (däck)
+Om man har mer äan en acylgrupp så skapar de en bilayer
+![[Pasted image 20251117110947.png|200]]
+Sfingolipider
+- sfingosin + acylgrupp. Har en sfingosin istället för glycerol + acylgrupp
+
+Glykolipider:
+- Egentligen glykosfingolipider
+- sfingosin + acylgrupp + glykan
+- finns på utsidan av cellmembranet
+- funktion cell-cell interaktioner, skydd, mm.
+
+![[Pasted image 20251117111753.png]]
+interagerar med omgivningen
+blodgrupper
+immunförsvaret
+cellutveckling
+infektion, t.ex. covid-19 viruset tar sig in i cellen genom att binda till specifika glykolipider
+![[Pasted image 20251117111922.png]]
+### Stereoid
+- **3 sexringar (cyklohexan)**
+- **1 femring (cyklopentan)**
+- **En hydroxylgrupp** (gör molekylen svagt amfipatisk)
+- **En kort kolvätesvans** på ring D
+- **En dubbelbindning** i ring B (vanligt i kolesterol)
+
+Kolesterol i båda leaflet hydrofobt mot hydrofobt och hydrofilt mot hydrofilt.
+Glykolipider i outer leaflets
+
+### Transport av lipider
+
+För att flytta lipider måste det finnas speciella system för att transportera lipider.
+Blod är en vattenlösning
+Lipider löser sig inte i vatten
+fettdroppar i blodet = livshotande, blodproppar
+fria fettsyror i blodet = toxiskt
+
+Det löser man via lipoproteiner
+- komplex av lipider och proteiner
+- apolipoproteiner + membranlipider + kolesterol = membranet
+	- apo = del av någonting större
+- kolesterolestar i kärnan + TAG = frakten
+- grupperas efter densitet
+![[Pasted image 20251117113528.png|300]]
+
+Chylomicroner har lägst densitet tarm→lever
+lipoprotein:
+- very low: från lever till andra ställen
+- intermediate density: 
+- low densisty: transportera kolesterol
+- high density: kolesterol från kroppen tillbaka till levern
+
+![[Pasted image 20251117113814.png]]
+
+Tar upp fett ifrån tarmen 
+från levern till utdelning blir dne mindre och mindre och får högre densitet:
+- VLDL → IDL → LDL → HDL
+	- LDL är det dåliga kolesterolet, betyder att det finns mer kolesterol i blodet än vad som är bra för dig
+- HDL är det goda kolesterol
+	- ett tecken på att man blir av med kolesterol från kroppen
+
+kost → levern → VLDL → IDL → perifier vävnad → HDL → lever
+
+
+#### Stereoidhormoner
+Fettlösliga kan gå igenom CM, kan verka intracellulärt. Receptor på insidan
+Glykokortikoider, vanlig typ av kortison, kortisol är stresshormonen
+Könshormoner
+
+**Transport av steroidhormoner,** 
+- diffunderar genom cellmembranet
+- stor andel i blodet, reversibelt bundet till proteiner
+

content/Biokemi/Lipider/Instuderingsuppgifter.md

@@ -0,0 +1,22 @@
+
+#### Redogör för nomenklaturen för fettsyror.
+#### ω-(omega)-fettsyror är idag mycket populärt. Men vad betyder det egentligen att en fettsyra är en omegafettsyra?
+#### I vilken form lagras fett i adipocyterna?
+#### Om man häller olja i en vattenlösning bildas ett tvåfas-system med oljan överst och vattnet underst. Vilken typ av interaktioner beror detta på?
+#### Hur påverkas fettsyrornas fluiditet av
+a) kedjelängden?
+b) antalet dubbelbindningar?
+c) typ av dubbelbindning?
+#### Vilken/vilka typer av dubbelbindningar (cis eller trans) finns i fettsyror som människors celler bildar?
+#### Rita strukturen för kolesterol.
+#### Rita den principiella strukturen för triacylglycerol.
+#### Rita den principiella strukturen för fosfolipider.
+#### Rita den principiella strukturen för glykolipider.
+#### Kolesterol, fosfolipider och glykolipider är amfipatiska substanser, dvs har en hydrofil och en hydrofob del. Ange vad som utgör hydrofil och hydrofob del hos kolesterol, fosfolipider och glykolipider.
+#### Fria fettsyror i vattenlösning bildar s.k. miceller, medan fosfo- och glykolipider bildar dubbelskiktade liposomer. Vad beror denna skillnad på?
+#### Lipoproteiner transporterar runt lipider i kroppen, men det finns olika sorter. Vilken/vilka lipoproteiner transporterar:
+a) Fettsyror från det vi äter till kroppens celler?
+b) Kolesterol från det vi äter till levern?
+c) Fettsyror från levern till kroppens övriga celler?
+d) Kolesterol till celler med rätt sorts receptor?
+e) Kolesterol från kroppens övriga celler till levern?

content/Biokemi/Lipider/Lärandemål.md

@@ -0,0 +1,13 @@
+**Energi-lager**: 
+- Fria fettsyror
+- Triacylglycerol.
+
+**Membranlipider**: 
+- Amfipatibegreppet.
+- Kolesterol (struktur ska kunnas).
+- Fosfolipider (principiell struktur ska kunnas). 
+- Glykolipider (principiell struktur ska kunnas).
+- Bildning av miceller och membran.
+
+**Transportformer**: 
+- Översiktligt om lipoproteiners struktur och funktion.

content/Biokemi/Lipider/Provfrågor.md

@@ -0,0 +1,33 @@
+**2** Ange en skillnad mellan mättade och omättade fettsyror avseende struktur och en skillnad avseende inverkan på fluiditeten hos cellens membran.
+
+**4** Vilken/vilka av dessa är en omega-3 fettsyra? (1p)
+
+Nya regler från EU ska se till att minimera mängden transfetter i livsmedel. Vilka två påståenden stämmer om transfetter? (1p)
+- Transfetter kan i regel packas tätare än cisfetter och bidrar därmed till minskad fluiditet i cellmembranet.
+- Transfetter kan inte brytas ner av kroppens enzymer.
+- Transfetter höjer koncentrationen av det ”goda” kolesterolet HDL i blodet. 
+- Transfetter består av mättade fettsyror.
+
+Namnge och rita:
+A) Den principiella strukturen för lipiden som lagrar energi i adipocyter.
+B) Strukturen för den vanligaste membranlipiden.
+
+Membranlipider är _amfipatiska_. Vad betyder amfipati och varför är det en nödvändig egenskap för membranlipider? (2p) _Max 75 ord._
+
+a) Rita strukturen för kolesterol.
+b) Visa hur kolesterol orienteras i ett membran.
+
+Rita den principiella strukturen för en glykolipid. (4p)
+
+A) Rita den principiella strukturen för den molekyl som framför allt används för att lagra energi i kroppen.
+
+B) Vilken sorts lipoprotein skickar levern ut i blodet för att transportera energilagringsmolekylen till resten av kroppens celler? _1 ord räcker som svar._
+
+Du är läkare och handleder en läkarstudent som är stressad över sin biokemitenta. Läkarstudenten kommer inte ihåg membranlipiderna så bra och undrar om du kan hjälpa till att förklara, vilket du gör genom att:
+
+A) Rita den principiella strukturen för den vanligaste membranlipiden.
+B) Markera i bilden som du har ritat den del som är polär, samt den del som är hydrofob. (4p)
+
+Det är sommar och du jobbar som underläkare på mikrobiologen. Det är ganska dött på avdelningen. Du har svarat ut en resistensbestämning och har inget mer att göra för dagen, så din hjärna börjar vandra. Du funderar på hur bakterier anpassar fluiditeten i sina cellmembran. Du kommer ihåg en mekanism som har att göra med att olika fettsyror har olika kemiska egenskaper beroende på hur deras struktur ser ut. Redogör för den. (4p)
+
+Du gör forskar-ST inom infektionsmedicin. Som forskningsprojekt studerar du hur magsäcksbakterien Helicobacter pylori binder till glykolipider. Du handleder en kandidat som frågar om vad du forskar på, vilket öppnar upp en flodvåg av exalterade förklaringar från dig. För att hjälpa till att förklara så ritar du upp en glykolipid i cellmembranet och markerar hur det är delen som sitter på utsidan som bakterierna binder till. Gör det på ett separat papper. Principiell struktur räcker.

content/Biokemi/Proteinseminarie/Frågor.md

@@ -0,0 +1,37 @@
+
+## Polaritet
+Förekomsten av polära respektive opolära sidokedjor i ett protein har en avgörande inverkan på proteinets struktur. Förklara innebörden av begreppet polaritet, hur proteinstrukturen påverkas av sidokedjornas polaritet och varför just polaritet har en så avgörande roll för proteinstrukturen.  
+
+Polaritet innebär att en kemisk grupp har en ojämn fördelning av elektroner, vilket ger partiella laddningar och möjlighet till vätebindningar. Polära sidokedjor interagerar gärna med vatten och hamnar därför oftast på proteinets yta, där de stabiliserar strukturen genom vätebindningar och joninteraktioner. Opolära sidokedjor är hydrofoba och packas i proteinets inre, vilket driver den grundläggande veckningen genom den hydrofoba effekten. Polaritet är avgörande eftersom hela proteinets 3D-struktur bestäms av hur sidokedjorna minimerar energin i en vattenmiljö, och små förändringar i polaritet kan dramatiskt ändra konformationen.
+
+### AlphaFold
+Sekundärstrukturen hos proteiner är svår att förutsäga från primärsekvensen av aminosyrorna. Redogör för varför det är så och hur programmet Alphafold, vars skapare tilldelats Nobelpriset i kemi 2024, ändå med stor säkerhet kan förutsäga ett proteins tredimensionella struktur.  
+
+Sekundärstruktur är svår att förutsäga från primärsekvensen eftersom varje aminosyras beteende beror på hela den tredimensionella miljön: steriska kollisioner, polaritet, vätebindningar, laddning, lösningsmedel och interaktioner med avlägsna delar av kedjan. Lokala regler räcker därför inte för att bestämma helix eller β-flak. Alphafold lyckas genom att utnyttja enorma mängder evolutionär information från homologer och analyserar bevarande, ko-variation och sannolika avstånd mellan rester. Med dessa mönster beräknar det energimässigt mest sannolika 3D-arrangemanget och förutsäger strukturen med mycket hög precision.
+### Proteinanalys
+Beskriv tre metoder som kan användas för att rena fram ett protein från lyserade celler och förklara vilken proteinegenskap som används för respektive metod.
+
+**Jonbyteskromatografi** bygger helt på att olika proteiner har olika nettoladdning vid ett givet pH. Kolonnen är packad med ett resin som antingen är negativt laddat (anionbytare) eller positivt laddat (katjonbytare). Proteiner med motsatt laddning binder och hålls kvar, medan andra sköljs bort. Eluering sker genom att höja **saltkoncentrationen**, vilket konkurrerar ut interaktionen, eller genom att ändra **pH** så att proteinets laddning ändras och det släpper från resinet. Fördelen är hög kapacitet och att man kan separera proteiner som skiljer sig bara lite i laddning.
+
+**Gelfiltrering / size-exclusion-kromatografi** separerar proteiner efter **storlek och form**. Kolonnen består av kulor med porer av definierad diameter. **Stora proteiner kan inte gå in i porerna** och passerar därför snabbt genom kolonnen och elueras först. **Mindre proteiner diffunderar in i porerna**, vilket bromsar dem, så de kommer ut senare. Det är en mild metod som inte kräver bindning eller förändring av proteinets struktur, vilket är idealiskt för proteiner som måste renas i aktiv form. Den ger också en bra uppskattning av proteinets storlek i lösning.
+
+**Elektrofores**, framför allt **SDS-PAGE**, utnyttjar både **laddning, storlek och friktion** men gör dem jämförbara genom att denaturera proteinet. SDS binder längs polypeptidkedjan och ger den en **uniform negativ laddning** i proportion till dess längd. Detta gör att vandringshastigheten i gelen styrs nästan uteslutande av molekylens **storlek**. Proteinerna tappar sin 3D-struktur eftersom SDS och värme denaturerar dem. Om man även tillsätter ett **reduktionsmedel** (t.ex. β-ME eller DTT) bryts **disulfidbryggor**, vilket gör att multimerer och subenheter separeras.
+
+
+### Hemoglobin
+En allvarlig komplikation till bl.a. Covid-19 är så kallad Acute Respiratory Distress  Syndrome (ARDS), vilket ger en gravt sviktande lungfunktion orsakad av inflammation och  
+vätskeansamling (ödem) i alveolerna. Ödemet leder till att mindre syre når blodet och att mindre koldioxid lämnar blodet. Beskriv hur den minskade mängden syre och den ökade mängden koldioxid påverkar hemoglobinets struktur och funktion.  
+
+Mindre O₂ gör att hemoglobin stabiliseras i **T-state** (tensed), den låga-affinitetsformen → svårare att binda syre. Ökad CO₂ och därmed högre H⁺ (lägre pH) protonerar sidokedjor i Hb och skapar **saltbryggor** som ytterligare stabiliserar T-state (Bohr-effekten). CO₂ binder dessutom **karbamater** till N-terminalerna i Hb och sänker affiniteten ytterligare.
+Resultatet är **högerförskjuten dissociationskurva**, lägre O₂-bindning och snabbare O₂-släpp – men vid ARDS räcker inte detta för att kompensera för den låga syrgaskoncentrationen.
+
+### Blodgrupper
+En lyckad transfusion av blod från en individ till en annan är beroende av att individerna har kompatibla blodgrupper. Om blodgrupperna inte är kompatibla kan en livshotande reaktion utlösas. Redogör för reaktionen för molekylär nivå.  
+
+### Enzymer
+Redogör för fördelen med att många enzymer har Km-värden i närheten av de substratkoncentrationer som finns i deras omgivning.  
+
+### 
+Kofaktorer bundna till proteiner är viktiga för att möjliggöra vissa kemiska reaktioner och därmed utöka repertoaren av reaktioner de kan utföra. Redogör för vad en kofaktor är och hur  kofaktorerna ... kan hjälpa enzymer att uppnå effektivitet i de reaktioner de katalyserar.  
+
+Förklara hur förtäring av metanol kan ge svåra förgiftningsskador samt hur etanol kan  förhindra förgiftningen.

content/Biokemi/Proteinseminarie/Stödord.md

@@ -0,0 +1,17 @@
+
+**Polaritet**
+- skillnad i laddning / vätebindning
+- elektronegativitet (O/N eller mättat kol)
+**Driver struktur**
+- hydrofob effekt
+- ficka, disulfid/
+- pol-mutationer → HbS
+
+
+| Nummer |                       |                                                                                                                                                                                          |
+| ------ | --------------------- | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
+| 1      | Aminosyrors polaritet | - skillnad i laddning / vätebindning<br>- elektronegativitet: O/N el mättat kol<br>- hydrofob effekt<br>- ficka, disulfid/H-/jon-<br>- pol-mutationer → HbS                              |
+| 2      | Aminosyrors veckning  | påverkas av: R-pol, H-, hinder,<br>AF tränad, proteiner, 3D vinklar, avstånd                                                                                                             |
+| 3      | Proteinanalys         | Jonbytes: laddning, res euleras via salt/pH<br>Gelfil: storlek, stora i porer, små går runt<br>elektrofores: storlek+laddning, bryter ner 3D<br>friktion, redu-medel för disulfidbryggor |
+| 4      | Hb                    | - ↓O₂ → T-state<br>- ↑CO₂/H⁺ → nya saltbryggor, stänger, O2 svårare att binda<br>- CO₂ → karbamat<br>- högerförskjutning                                                                 |
+| 5      | Blodgrupper           |                                                                                                                                                                                          |

content/Biokemi/Utforska proteiner/Anteckningar.md

@@ -0,0 +1,258 @@
+Vad som helst som kommer på presentationen kan komma.
+Ibland vävs avsnitt tillsammans med seminarier osv.
+Instuderingsfrågorna kommer hjälpa till, konceptuella
+
+Varför studera proteiner?
+- Hur ser strukturen ut?
+- Vad binder de till?
+- Var finns det?
+- Sjukdomspåverkan
+
+Klinkien:
++ antikroppar och antigen
++ ELISA-metoden
++ COVID antigen och antikroppar som är intressanta
++ misstänkt myelom
+
+Proteom
+- **Genom** vårt totala DNA innehåll - 3 miljarder DNA baser,  23000 gener
+- **Protem** 
+	- alla faktiska proteiner som uttrycks av en given cell, vid en given tidpunkt
+	- inkluderar modifikationer
+	- inkluderar interaktioner
+	- kan skilja sig mycket mellan en given cell och en given tidpunkt
+	- många kombinationer
+	- iniaitiv, alphacell
+
+Studera proteiner
+- först måste man rena fram ett specifikt protein
+- kan separeras (avgörs av aminosyrasekvensen)
+	- efter storlek
+	- efter laddning
+	- efter löslighet
+	- efter bindningsaffinitet
+
+#### Preparation av protein
+1. krossar det och gör det till flytande massa (fiska ut sitt protein ur sin cell)
+	- kallas även homogenisat (mixern)
+	- blir en slags gegga/smoothie, vilket gör att de lösgörs
+2. separerar proteinerna
+	- via ett centrifugeringssteg
+	-  tunga sakerna hamnar längst ner och lättare högre upp
+	- i botten av röret heter det: **pellet** och det ovan kallas **supernatat**
+		- egentligen blir det en gradient från minst till störst
+		- storleksskillnaden är enorm
+
+#### Kromatografi
+Finns olika typer, men först gemensamt:
+- köper en form av små beads/kulor, som har olika egenskaper
+	- man köper beads för den motsvarigheten av kromotografi som man vill utföra
+	- välja det som passar bäst. kallas för **fast fas**
+- förpackas i en kolonn
+	- ett långt rör av kulor
+	- prov in (applicerar sitt prov)
+	- prov ut som är renat på något sätt
+- kräver en fast fas (pekar på mitten av röret)
+	- själva kulor
+- mobil fas
+	- provet ingår i detta
+	- en buffert
+
+eulueras = det är då provet kommer ut, betyder olika saker beroende på 
+
+#### Gelfiltrering
+Separation med avseende på storlek
+Kolonn med porösa kulor (garnnystan)
+Stora prover kommer ut före små
+Grov och fin separation möjlig
+	kan behöva utföra det i flera steg
+![[Pasted image 20251117134344.png|400]]
+Bromsas in beroende på storlek:
+- gul → grön → rosa i hastighet
+![[Pasted image 20251117134540.png|300]]
+
+#### Jonbyteskromatografi
+Separation med avseende på laddning
+Aminosyrasekvensen avgör den totala laddningen hos proteinet
+
+Två typer av kolonner innehåller
+- Anjonbytare, binder negativt  laddade grupper (positivt laddade går igenom)
+- Katjonbrytare binder positit laddade grupper (negativt laddade går igenom)
+
+*Om man tillsätter salt på ett kontrollerat sätt, kan man samla upp varenda liten del, då går det lätt att isolera. Saltet gör att man får större kontroll av renhet genom att lägga till en viss koncentration av salt. Ibland kan det finnas 3000 andra proteiner med andra laddningar, som åker rakt igenom. De flesta åker rakt igenom men några få kan sitta kvar, där av kan man använda salt.*
+
+Kan kontrollera när det kommer ut (t.ex. via salt) lite mer reningsjobb
+
+Elueras baserat på pH eller salt (ofta båda)
+![[Pasted image 20251117134953.png|300]]
+
+katjon = katt = positiv!
+
+#### Affinitetskromatografi
+Separation med avseende på selektivtet
+Specifik egenskap (t.ex. gluksmodifikation), för att binda till en kolonn med glukosbindande egenskapr.
+Exempel: 
+- På DNA-nivå adderas en sträng av 6st Histidinaminosyror (6xHis tag). 
+- Dessa binder mycket starkt till en kolonn innehållande nickel (II) joner. 
+- Proteinet elueras ut med t.ex. imidazol
+![[Pasted image 20251117135916.png|300]]
+
+Kanska likt jonbindande, på varje bead sitter något som ditt prov binder till. Precis som jonbyteskromatografi så släpper man ut det som inte är intressant.
+Två steg:
+1. först sitter proteinet på bindningarn
+2. sen sätter man till glukos som konkurrerar ut ditt protein så de släpper
+
+## Analys av proteiner
+
+Ofta behöver man göra olika reningssteg.
+Vi är människor och gör ofta fel, så man behöver verifiera att rätt protein har renats fram.
+1. vilken renhet som önskas
+2. vilka egenskapr sin finns
+
+#### Gelelektrofores
+Liknas Plasmid men för protein istället för DNA
+
+En molekyl har en viss nettoladdning och kommer röra sig i ett elektroniskt fält, detta kallas ektrofores.
+Metoden kallas PAGE ((polyacrylamide gel electrophoresis)
+
+- Polyakrylamiden bildar ett nät där stora bromsar och små slinker igenom
+- Alla vandrar mot + polen
+- Liknar gelfiltrering men tvärtom
+
+
+### Gelelektrofores: SDS Page
+![[Pasted image 20251117142658.png|300]]
+vanligaste typen av gelelektrofores heter SDS Page
+
+Lägger till SDS (sodium dodecyl sulfate)
+ett stort protein kommer binda fler och ett litet protein färre.
+- ett proteins laddning är proportionellt mot dess massa (kDa)
+- binder till yta, störra yta större SDS, mindre yta mindre SDS
+
+Man blandar proteiner med en känd storlek, som en refens. Det laddas i så-kallade 
+brunnar.
+När man är klar med körningen, laddar men in en proteinbindande färg.
+
+Varje kolumn är ett reningstillfällende, sen lägger man till mer i steg, så då har 
+
+- I första steget har man många sträck, varje streck är ett protein
+- I tredje steget, jonbryteskromatografi, här är det väldigt många extra streck, det betyder att proteinet inte är rent.
+- I fjärde steget gelfiltreringen blir det få kvar
+- I femte blir det affinitetskromotagrfri och efter det finns det bara ett kvar
+
+
+
+**Gelfiltrering vs. gelelektrofores**
+
+| Gelfiltrering                                      | Gelelektrofores                                    |
+| -------------------------------------------------- | -------------------------------------------------- |
+| Separation av proteiner med<br>avseende på storlek | Separation av proteiner med<br>avseende på storlek |
+| Används för protein**rening**                      | Används för protein**analys**                      |
+| Störst först                                       | Minst först                                        |
+
+### Antikroppar och antigen
+Antikroppar är proteiner som genereras i respons mot främmande element (antigen).
+Bindning av antikropp till antigen leder till immunrespons som skydar individen mot infektion
+De grupper eller aminorysor som antikroppen knner igen kallas **EPITOP**
+
+#### Polyklonala antikroppar
+Det är en mix av antikroppar, känner igen olika *epitoper*
+#### Monoklonala antikroppar
+Känner igen exakt samma *epitop* av en specifik antigen
+
+antigen = min hand
+monoklonal = min hands tumme
+polyklonal = alla fingrar på min hand
+
+#### ELISA
+
+Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay kan användas för att kvantifiera protein (eller antigen) i ett prov
+En antikropp länkas kovalent till ett enzym-antikropp kan ge färg till ett visst substrat
+Om ett prov har ett antigen kommer enzym-antikropp binda till antigenet
+
+### Indirekt ELISA
+detekterar antikroppar
+
+![[Pasted image 20251117143608.png|400]]
+
+
+1. Antigen fästs i en brunn
+2. Om patienten har antikroppar för viruset kommer de binda till antigenet
+3. Om enzymbundet antikropp känner igen den specifika anikroppen
+4. Substrat adderas → om färg → betyder att personen bär på HIV antikroppar
+
+### Sandwich ELISA
+detekterar antigen
+
+- Används för att detektera antigen, t.ex. för COVID-19
+- Antikroppar sätts i en brunn
+- Tillsätt prov
+- En enzymbärande antikropp (som också binder antigenet) appliceras
+- Substrat adderas → om färg → antigen finns i provet
+![[Pasted image 20251117143805.png|400]]
+
+
+### Western blot
+Första steget är att köra en SDS-PAGE
+- Intresserad av många band
+- lösningen är att köra en WB genom att göra över proteiner itll ett membran
+- Inkubera med primär antikropp
+- Inkubera med sekundär antikropp (som bär ett enzym eller fluorescens) → mät färgskifte
+Det binder bara mot ett specifikt protein
+
+
+### Masspektrometri
+Används för att identifiera peptider och proteiner
+Kan detektera posttranslationella modifikationer
+- t.ex ett socker eller någon irreversibel modifikation
+Man slår sönder sitt protein i mindre delar, så man får peptider
+Dessa joniseras och körs i en masspektrometer som heter MALDI-TOF
+
+Den är ganska komplicerad, men tänk mer på användningsområden.
+- Kan användas för att sekvenser **ett okänt protein**
+- Kan användas för att. verifiera att **rätt protein** renats fram
+- posttranslationella modifikationer kan identifieras
+- Går att skicka till ett labb här i gbg och få information om
+	- evolutionärt ursprung
+	- identifier medlemmar i ett stort proteinkomplex
+	- identifiera signalkomplex (t.ex 50 olika medlemmar)
+		- sönderdela och kör det mot en databas, vi har hela människans genom och den kan vi översätta till proteinsekvensen. Men vi vet inte proteom, specifika för en viss cell.
+		- 
+
+#### Strukturbestämming av protein
+Vad föreläsaren jobbar med.
+Vill veta hur olika proteiner ser ut. Trots AI svårt att förutsåp den exakta strukturen. Men det brukar finnas några överraskningar. 
+Vi vill fortfarande bestämma strukturen experimentellt
+Viktigt för läkemedelsutveckling
+Läkemedelsbolag vill veta hur liganderna interagerar med ett protein.
+Kan komma på nya proteiner som kan binda till ditt protein
+
+#### NMR
+Baserat på är att atomkärnor är nära varandra och magnetiska
+Det finns inte så många isotoper har den magnetismen.
+Men väte har det!
+Man tillför en elektromagnetisk puls, då kan man få en resonans. Då kan man undersöka protonens omgivning. Men kan undersöka en proteins omgivning per gång → en dimensionell NMR
+NOESY: undersöker protonpar som är nära varandra. Det kan man använda för att få information om proteinens 3D-struktur. 
+Det finns många limiteringar i den här typen av experiment. 
+Nackdelen är att man bara kan titta på små proteiner < 50 kDa
+
+
+### Röntgenkkristallografi
+Kristalliserar proteinet som är tidskrävande ofta
+
+Exponerar mot röntgenstrålning och det mönstret som man får.
+Sen med hjälp av dator kan man ta reda på vad det är för protein.
+Ju högre upplösning ju högre detalj.
+
+Ersatts av
+
+#### Kryo-Elektronmikroskopi
+Mikroskopbaserad metod, behöver inte kristallisera sina proteiner istället.
+Inga specifika egenskapr hos proteinet behövs )inga kristaller, inga specifika isotoper
+
+Mycket snabb utvecling de senaste 5-10 åren.
+
+Använder sig av framrenat protein, man fryser det med flytande helium och sen så sätter man det under sitt mikroskop. Varje enskild proteinartikel kommer man sätta samman i en 3d-struktur.
+
+![[Pasted image 20251117145754.png]]
+en sån här molekyl som hjälper er att känns skillnaden i temperatur.

content/Biokemi/Utforska proteiner/Instuderingsfrågor.md

@@ -0,0 +1,44 @@
+
+Vad är definitionen av ”genom”?  
+1. Vad menas med ”proteom”?  
+2. Vad menas med ett homogenisat?  
+3. Beskriv några egenskaper hos proteiner som kan användas för rening  
+4. I vilken storleksordning kommer proteinerna ut vid gelfiltrering?  
+5. Vilken laddning har de protein som binder en katjonbytare?  
+6. Vilken laddning har de protein som INTE binder till en katjonbytare?  
+7. Vilken laddning har de protein som binder en anjonbytare?  
+8. Vilken laddning har de protein som INTE binder till en anjonbytare?  
+9. Hur kan man eluera ut protein från en katjonbytare?  
+10. Vad menas med affinitetskromatografi?  
+11. Hur kan man eluera ett protein med 6xHistag från en Nickel(II)-kolonn?  
+12. Vad kallas det automatiserade system som kan användas för proteinrening?  
+13. Vilken parameter brukar man följa?  
+14. Vilken typ av medium (gel) används för en SDS-PAGE?  
+15. Vad är SDS?  
+16. Vilken laddning har SDS?  
+17. Vilka molekyler hamnar längst upp respektive längst ner på en SDS-PAGE gel?  
+18. Hur kan man visualisera en SDS-PAGE efter körning?  
+19. Varför menas med proteinreferens för SDS-PAGE?  
+20. Vad är isoelektrisk fokusering?  
+21. Vad är två-dimensionell gelelektrofores?  
+22. Hur kan en SDS-PAGE användas för att följa proteinrening?  
+23. Vad är en antikropp?  
+24. Vad är ett antigen?  
+25. Vad är en epitop?  
+26. Vad kännetecknar en monoklonal antikropp?  
+27. Vad kännetecknar polyklonala antikroppar?  
+28. Hur tillverkas monoklonala antikroppar?  
+29. Beskriv ELISA  
+30. Beskriv Indirekt ELISA  
+31. Beskriv Sandwich ELISA  
+32. Vilken av de två ELISA-metoderna är mer specifik?  
+33. Nämn kliniska applikationer för de båda ELISA-metoderna.  
+34. Vad är Western blot?  
+35. Vad är skillnaden på SDS-PAGE och Western blot?  
+36. Vilka substanser kan masspektrometri detektera?  
+37. Nämn några användningsområden för masspektrometri.  
+38. Varför behöver vi kristaller för röntgenkristallografi?  
+39. Varför är det viktigt med hög upplösning?  
+40. Nämn den vanligaste atomen som används för Nuclear Magnetic Resonance (NMR).  
+41. Vad är den främsta fördelen med att använda kryo-elektronmikroskopi istället för  
+röntgenkristallografi?

content/Biokemi/Utforska proteiner/Lärandemål.md

@@ -0,0 +1,15 @@
+
+#### Nyckelord
+
+Innebörden av begreppet proteom.
+Skillnader i proteiners kemiska och fysikaliska egenskaper samt hur dessa ligger till grund för olika principer för renframställning av proteiner. 
+Gelfiltrering, jonbyteskromatografi, affinitetskromatografi.
+Principer och tillämpning av elektrofores (SDS-PAGE, isoelektrisk fokusering).
+Översiktlig beskrivning av protein-analys med immunologiska tekniker och 'blottning'. Antikropp och antigen.
+Skillnaden mellan monoklonala och polyklonala antikroppar m a p igenkänning av antigen. 
+Principen för detektion av antikroppar med ELISA-metoden. 
+Exempel på kliniska tillämpningar för ELISA.
+Förutsättningarna för proteinstrukturbestämning med röntgenkristallografi, NMR och cryo-EM och deras applikation på medicinskt relevanta proteiner.
+
+#### Mål
+Beskriva metoder för undersökning av proteiners struktur och funktion

content/Biokemi/Utforska proteiner/Provfrågor.md

@@ -0,0 +1,60 @@
+
+**8** Du har fått i uppgift att analysera proteiner i en lösning med hjälp av SDS-PAGE. (Max 150 ord)
+A) Förklara principen för metoden.
+B) Vad fyller SDS för funktion?
+C) Vilken egenskap hos proteinet används för separation?
+
+Du träffar en patient som du misstänker har drabbats av HIV. Du kommer att använda en Indirekt
+ELISA för att ta reda på detta. (Max 150 ord.) (2p)
+A) Beskriv de olika stegen för en Indirekt ELISA.
+B) Detekterar denna metod patientens antikropp eller antigen?
+
+Du har fått i uppgift att preparera fram ett protein ur ett homogenisat och du kommer använda tre olika metoder för detta. Beskriv varje metod kortfattat samt ange vilken proteinegenskap som används för separationen (2p) (Max 200 ord)
+
+A. Gelfiltrering
+B. Jonbyteskromatografi
+C. Affinitetskromatografi
+
+Du jobbar på labb över sommaren och har fått i uppgift att köra affinitetskromatografi med en 6xHis tag.
+
+A) Beskriv kortfattat principen för affinitetskromatografi.
+B) Hur kan man eluera proteinet?
+C) Ange en metod som kan användas för analys av det eluerade proteinet.
+
+Du har fått i uppgift att göra en proteinrening med hjälp av gelfiltrering samt att analysera resultatet av denna (2p). _Max 200 ord_.
+A) Beskriv metoden för gelfiltrering.
+B) Vilken egenskap hos proteinet bygger metoden på?
+
+---- 
+Du jobbar på labb över sommaren och har fått i uppgift att göra en rening av ett protein baserat på laddning (4p). (Max 200 ord)
+
+a) Beskriv vilken metod du skulle använda dig av och hur denna fungerar.
+b) Ange en metod för att analysera storleken på ditt framrenade protein och ge en förklaring till hur denna fungerar.
+
+---- 
+Du jobbar på labb över sommaren och har fått in en patient som du misstänker är smittad av
+COVID-19 (4p). (Max 200 ord.)
+a) Beskriv en analysmetod för att undersöka detta.
+b) Vilken substans hos patienten undersöks med denna metod?
+
+---- 
+Du jobbar på ett labb över sommaren och har fått i uppgift att göra en rening av ett protein med hjälp av affinitetskromatografi.
+
+A) Beskriv egenskaper hos proteinet och kolonnen som möjliggör rening med hjälp av affinitetskromatografi.
+B) Ange en metod för att analysera storleken på ditt framrenade protein och ge en kortfattad förklaring till hur denna fungerar.
+
+---- 
+Du jobbar på labb över sommaren och du har fått i uppgift att utföra en ELISA för att undersöka om en patient har HIV. Beskriv vilken typ av ELISA som skall utföras, vilka steg som utförs och ange vilken substans hos patienten som undersöks med metoden.
+
+---- 
+Du jobbar på labb över sommaren och har fått i uppgift att göra en rening av ett protein med hjälp av gelfiltrering. Proteinet innehåller också en his-tagg. 
+
+---- 
+
+A) Beskriv egenskaper hos proteinet och kolonnen som möjliggör rening med hjälp av gelfiltrering.
+B) Proteinet innehåller också en his-tagg. Beskriv vad en his-tag är och hur den kan användas för rening och detektion.
+
+---- 
+Du jobbar på labb över sommaren och har fått in en patient som du misstänker är smittad av HIV.
+A) Nämn en analysmetod som kan användas för att undersöka detta samt beskriv de olika stegen i metoden.
+B) Vilken substans hos patienten undersöks med denna metod?