vault backup: 2025-11-20 20:43:09
This commit is contained in:
BIN
content/.DS_Store
vendored
BIN
content/.DS_Store
vendored
Binary file not shown.
31
content/.obsidian/workspace.json
vendored
31
content/.obsidian/workspace.json
vendored
@@ -9,17 +9,17 @@
|
||||
"dimension": 51.060358890701465,
|
||||
"children": [
|
||||
{
|
||||
"id": "6b69c12590341656",
|
||||
"id": "a08a21064c3e182b",
|
||||
"type": "leaf",
|
||||
"state": {
|
||||
"type": "markdown",
|
||||
"state": {
|
||||
"file": "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Anteckningar.md",
|
||||
"file": "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Instuderingsfrågor.md",
|
||||
"mode": "source",
|
||||
"source": false
|
||||
},
|
||||
"icon": "lucide-file",
|
||||
"title": "Anteckningar"
|
||||
"title": "Instuderingsfrågor"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
@@ -30,12 +30,12 @@
|
||||
"dimension": 48.939641109298535,
|
||||
"children": [
|
||||
{
|
||||
"id": "a08a21064c3e182b",
|
||||
"id": "6be8a23612495802",
|
||||
"type": "leaf",
|
||||
"state": {
|
||||
"type": "markdown",
|
||||
"state": {
|
||||
"file": "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md",
|
||||
"file": "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md",
|
||||
"mode": "source",
|
||||
"source": false
|
||||
},
|
||||
@@ -100,8 +100,7 @@
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"direction": "horizontal",
|
||||
"width": 287.5,
|
||||
"collapsed": true
|
||||
"width": 287.5
|
||||
},
|
||||
"right": {
|
||||
"id": "0948c66181b40af9",
|
||||
@@ -203,12 +202,16 @@
|
||||
"obsidian-git:Open Git source control": false
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"active": "a08a21064c3e182b",
|
||||
"active": "6be8a23612495802",
|
||||
"lastOpenFiles": [
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Anteckningar.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md",
|
||||
"PU/Tystnadsplikt AI-svar.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Instuderingsfrågor.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Lärandemål.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Anteckningar.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Provfrågor.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Anteckningar.md",
|
||||
"PU/Tystnadsplikt AI-svar.md",
|
||||
"Biokemi/!Template/Anteckningar.md",
|
||||
"attachments/Pasted image 20251120114922.png",
|
||||
"attachments/Pasted image 20251120114840.png",
|
||||
@@ -220,11 +223,8 @@
|
||||
"attachments/Pasted image 20251120114017.png",
|
||||
"attachments/Pasted image 20251120113850.png",
|
||||
"attachments/Pasted image 20251120113832.png",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Lärandemål.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Lärandemål.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Instuderingsfrågor.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Provfrågor.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Instuderingsfrågor.md",
|
||||
"index.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Kromatin",
|
||||
"Biokemi/index.md",
|
||||
@@ -249,7 +249,6 @@
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer.md",
|
||||
"Biokemi/Makromolekyler",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Instuderingsfrågor.md"
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
29
content/Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md
Normal file
29
content/Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md
Normal file
@@ -0,0 +1,29 @@
|
||||
```
|
||||
Upptäckten av nukleosomen gjordes genom {{c1::klyvning av kromatin med DNase I}} följt av {{c2::gelelektrofores som visade 150–200 bp fragment}}.
|
||||
Nukleosomen består av {{c1::146 bp DNA}} lindat {{c2::1.75 varv}} runt en {{c3::histonoktamer (2×H2A, 2×H2B, 2×H3, 2×H4)}}.
|
||||
Histonoktamer består av {{c1::8 histonproteiner}} och har en diameter på {{c2::~11 nm}}.
|
||||
Histoner är extremt konserverade; H4 skiljer sig med {{c1::endast två aminosyror}} mellan ko och ärta över {{c2::1.3 miljarder år}}.
|
||||
Histon H1 binder till {{c1::linker-DNA}} och är nödvändig för bildning av {{c2::30-nm fiber}}.
|
||||
Kompakt kromatin hindrar processerna {{c1::transkription}}, {{c2::replikation}}, {{c3::rekombination}} och {{c4::DNA-reparation}}.
|
||||
Histonsvansar består av N-terminala delar på {{c1::H3 och H4}} som kan modifieras för att reglera paktningsgrad.
|
||||
Acetylering neutraliserar positiva laddningar på {{c1::lysin och arginin}} vilket leder till {{c2::lösare bindning till DNA}}.
|
||||
Histonkoden är {{c1::kombinationen av histonmodifieringar}} som kan {{c2::aktivera eller repressa genuttryck}}.
|
||||
Vid replikation tas nukleosomer bort framför gaffeln och återbildas bakom av {{c1::histon-chaperoner som CAF-1}}.
|
||||
Gamla histoner ({{c1::H3/H4}}) fördelas jämt mellan dottersträngarna medan {{c2::H2A/H2B}} nybildas.
|
||||
Enhancers (UAS) kan rekrytera {{c1::HATs som Gcn5}} via transkriptionsfaktorer som {{c2::Gcn4}}.
|
||||
DNA packas i nivåerna: {{c1::nukleosom (11 nm)}} → {{c2::30-nm fiber}} → {{c3::loopar (~300 nm)}} → {{c4::kromatid (700 nm)}} → {{c5::metafaskromosom (1400 nm)}}.
|
||||
Scaffold-proteiner fungerar som en {{c1::struktur som DNA-loopar är förankrade i}} och möjliggör högre ordningens packning.
|
||||
Aktivitet i loopar regleras av {{c1::histonmodifieringar}} och {{c2::topoisomeraser som styr DNA-supercoiling}}.
|
||||
Chromatin “beads-on-a-string” består av {{c1::nukleosomer ordnade längs DNA}} vid låg packningsgrad.
|
||||
Repressivt kromatin kallas {{c1::heterokromatin}} medan aktivt och öppet kromatin kallas {{c2::eukromatin}}.
|
||||
Acetylering av histoner utförs av {{c1::HATs}} och deacetylering av {{c2::HDACs}}.
|
||||
Metylering av histoner kan ge {{c1::aktivering eller repression beroende på aminosyra och position}}.
|
||||
Topoisomeraser i loopar kan {{c1::lindra eller inducera supercoils}} för att reglera genåtkomst.
|
||||
Linker-DNA är {{c1::DNA-segmentet mellan två nukleosomer}}.
|
||||
Ett nukleosomalt "core particle" innehåller {{c1::endast histonoktamer + 146 bp DNA}} utan linker-DNA.
|
||||
H1 är {{c1::inte lika konserverat}} som övriga histoner men har {{c2::stabiliserande funktion}}.
|
||||
Kromatin-remodellering kräver ofta {{c1::enzymkomplex som SWI/SNF}} som flyttar eller tar bort nukleosomer.
|
||||
Gamla histoner bär på {{c1::tidigare modifieringar}} som kan återställas på nya histoner → {{c2::epigenetisk ärftlighet}}.
|
||||
DNA-packningen måste öppnas av remodelleringskomplex för att möjliggöra {{c1::transkription}} och {{c2::replikation}}.
|
||||
Loopar är {{c1::självständiga regulatoriska enheter}} som kan vara {{c2::aktiva eller inaktiva}} oberoende av varandra.
|
||||
```
|
||||
@@ -2,13 +2,12 @@
|
||||
Det sitter 3 fosfatgrupper i 5'-änden
|
||||
En fosfodiesterbrygga är bindningen som kopplar ihop nukleotider i DNA och RNA. Den bildas när 3’-OH på en sockergrupp binder till 5’-fosfatet på nästa nukleotid.
|
||||
För varje nukleotid som sätts på kedjan krävs en ATP, en fosfatgrupp går in i fosfodiesterbryggan, 2 fosfatgrupper spjälkas bort som energi
|
||||
RNA kopieras av mallsträngen, den får information som är identisk till den kodande strängen.
|
||||
RNA kopieras av mallsträngen, den får information som är identisk med den kodande strängen.
|
||||
RNA-polymeras öppnar upp DNA-strängen så RNA kan replikeras
|
||||
RNA-polymeras öppnning är ~17 baspar lång, för att ge lagom plats för mallsträng, aktivt säte och växande RNA, utan att kosta mer energi än nödvändigt.
|
||||
NTP-kanalen är en smal, laddad tunnel som leder fria nukleotider rätt in till det aktiva sätet och ökar träffsäkerheten via elektrostatiska interaktioner.
|
||||
Ribosomen är uppbyggd av ribosomalt RNA (rRNA)
|
||||
RNA-polymeras II ger upphov till ribosomalt RNA (rRNA)
|
||||
RNA-polymeras II är viktigast eftersom det gör mRNA, alltså utgångspunkten för alla proteiner. Det driver därmed huvuddelen av genuttrycket.
|
||||
Ribosomen består av rRNA + ribosomala proteiner, men rRNA utgör den katalytiska kärnan.
|
||||
Pol II syntetiserar mRNA och därmed alla protein-kodande transkript.
|
||||
TATA-boxen består av en sekvens av AT-nukleotider med lägre smältpunkt (2 isf 3 vätebindingar)
|
||||
Promotor är den region av DNA som RNA polymeraset binder vid för att börja transkriptionen
|
||||
RNA-polymeras behöver hjälp att hitta startpunkten, och detta sker via promotorn, särskilt TATA-boxen och de basala transkriptionsfaktorerna
|
||||
@@ -23,11 +22,38 @@ TBP binder till minor groove och inducerar en kraftig böj i DNA – 90°
|
||||
TBP ingår i ett större komplex, som kallas TFIID
|
||||
Preinitieringskomplexet börjar med TFIID binder till TATA box via TBP.
|
||||
TFIIA binder in till TFIID
|
||||
TFIIB, F, E, H binder in till TTFIID
|
||||
TFIIB, F, E, H binder in till TFIID
|
||||
TFIIH öppnar DNA med sin helikasaktivitet och fosforylerar CTD med sin kinasaktivitet, vilket startar elongeringen.
|
||||
CTD är den C-terminala domänen på RNA-pol II där fosfosvansen sitter och regleras genom fosforylering.
|
||||
CTD har många fosforyleringsställen där fosfatgrupper binder för att reglera polymerasets växling mellan initiering, elongering och RNA-processing
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
De olika stegen när man modiferar eller ändrar RNA efter transkriptionen kallas RNA processing.
|
||||
Capping innebär att man sätter på en guaninmolekyl på 5'-änden upp och ner på, så det blir en 5' - 5' bindning.
|
||||
Capping skyddar mRNA från degradering i cytoplasman
|
||||
Capping har en stimulerande effekt i proteinsyntasen
|
||||
Capping sker väldigt snabbt, efter ungefär 25 nukleotider.
|
||||
När RNA avslutar transkriptionen dyker det upp en klyvningssignal AAUAAA
|
||||
Poly(A)-svansen sitter på 3'-änden
|
||||
Poly(A)-svansen är 60-250 nukleotider lång
|
||||
Poly(A)-svansen längd kontrollerar mRNAs halveringstid
|
||||
mRNA innehåller från 5': CAP, UTR, kodandesekvens, UTR, PolyA-svans
|
||||
Ribosomen verifierar att det finns en giltlig svans i en closed loop structure
|
||||
I splicing klipps introner bort så att extroner blir kvar
|
||||
Med alternativ splicing kan man skapa flera olika proteiner från samma mRNA
|
||||
Talassemi orsakas av att nytt splice site, som är felaktig genom en punktmutation.
|
||||
Introner har {{c1::väldigt specifika splice sites}} som markerar var de börjar och slutar.
|
||||
Ett intron tas bort från {{c1::5’ splice site}} till {{c2::3’ splice site}}.
|
||||
Alla introner har ett {{c1::branch point}} som alltid innehåller {{c2::adenin (A)}}.
|
||||
Branch point-adeninet används av spliceosomen som {{c1::angreppspunkt för första nukleofilen}} i splicingen.
|
||||
Korrekt splicing är viktigt eftersom {{c1::felaktigt kvarvarande introner kan orsaka sjukdom}}.
|
||||
Till skillnad från transkription, som sker på många olika sekvenser, kräver splicing **{{c1::exakta sekvenssignaler}}** för att fungera.
|
||||
Talassemi kan orsakas av att en punktmutation skapar ett nytt, felaktigt splice site.
|
||||
Felaktig splicing kan göra att en del av ett intron blir kvar i mRNA:t och förstör läsramen.
|
||||
Introner kan inte användas som kodande sekvens eftersom de ofta innehåller stopkodon.
|
||||
En mutation inne i intronet kan få spliceosomen att tro att det finns ett nytt splice site där.
|
||||
Delvis kvarhållet intron gör att proteinet blir förkortat eller icke-fungerande.
|
||||
RNA-pol I – 28S, 18S, 5.8S rRNA
|
||||
RNA-pol II – mRNA + miRNA + snRNA
|
||||
RNA-pol III – tRNA + 5S rRNA
|
||||
Alfa-amanitin är ett svampgift som specifikt hämmar RNA-pol II (och delvis III), vilket stoppar mRNA-syntes.
|
||||
En transkriptionsbubbla innehåller ~17 baspar öppnat DNA, en RNA–DNA-hybrid på ca 8–9 nukleotider och ett växande RNA som matas ut ur polymeraset.
|
||||
```
|
||||
Reference in New Issue
Block a user