diff --git a/content/.DS_Store b/content/.DS_Store index dc0e6ef..36aa435 100644 Binary files a/content/.DS_Store and b/content/.DS_Store differ diff --git a/content/.obsidian/workspace.json b/content/.obsidian/workspace.json index 212f1e5..f752572 100644 --- a/content/.obsidian/workspace.json +++ b/content/.obsidian/workspace.json @@ -9,17 +9,17 @@ "dimension": 51.060358890701465, "children": [ { - "id": "6b69c12590341656", + "id": "a08a21064c3e182b", "type": "leaf", "state": { "type": "markdown", "state": { - "file": "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Anteckningar.md", + "file": "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Instuderingsfrågor.md", "mode": "source", "source": false }, "icon": "lucide-file", - "title": "Anteckningar" + "title": "Instuderingsfrågor" } } ] @@ -30,12 +30,12 @@ "dimension": 48.939641109298535, "children": [ { - "id": "a08a21064c3e182b", + "id": "6be8a23612495802", "type": "leaf", "state": { "type": "markdown", "state": { - "file": "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md", + "file": "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md", "mode": "source", "source": false }, @@ -100,8 +100,7 @@ } ], "direction": "horizontal", - "width": 287.5, - "collapsed": true + "width": 287.5 }, "right": { "id": "0948c66181b40af9", @@ -203,12 +202,16 @@ "obsidian-git:Open Git source control": false } }, - "active": "a08a21064c3e182b", + "active": "6be8a23612495802", "lastOpenFiles": [ - "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Anteckningar.md", - "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md", - "PU/Tystnadsplikt AI-svar.md", + "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Instuderingsfrågor.md", + "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Lärandemål.md", "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Anteckningar.md", + "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md", + "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Provfrågor.md", + "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md", + "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Anteckningar.md", + "PU/Tystnadsplikt AI-svar.md", "Biokemi/!Template/Anteckningar.md", "attachments/Pasted image 20251120114922.png", "attachments/Pasted image 20251120114840.png", @@ -220,11 +223,8 @@ "attachments/Pasted image 20251120114017.png", "attachments/Pasted image 20251120113850.png", "attachments/Pasted image 20251120113832.png", - "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Lärandemål.md", "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Lärandemål.md", "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Instuderingsfrågor.md", - "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Provfrågor.md", - "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Instuderingsfrågor.md", "index.md", "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin", "Biokemi/index.md", @@ -249,7 +249,6 @@ "Biokemi/Cellulära processer.md", "Biokemi/Makromolekyler", "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md", - "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes", - "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Instuderingsfrågor.md" + "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes" ] } \ No newline at end of file diff --git a/content/Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md b/content/Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md new file mode 100644 index 0000000..eb1c79a --- /dev/null +++ b/content/Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md @@ -0,0 +1,29 @@ +``` +Upptäckten av nukleosomen gjordes genom {{c1::klyvning av kromatin med DNase I}} följt av {{c2::gelelektrofores som visade 150–200 bp fragment}}. +Nukleosomen består av {{c1::146 bp DNA}} lindat {{c2::1.75 varv}} runt en {{c3::histonoktamer (2×H2A, 2×H2B, 2×H3, 2×H4)}}. +Histonoktamer består av {{c1::8 histonproteiner}} och har en diameter på {{c2::~11 nm}}. +Histoner är extremt konserverade; H4 skiljer sig med {{c1::endast två aminosyror}} mellan ko och ärta över {{c2::1.3 miljarder år}}. +Histon H1 binder till {{c1::linker-DNA}} och är nödvändig för bildning av {{c2::30-nm fiber}}. +Kompakt kromatin hindrar processerna {{c1::transkription}}, {{c2::replikation}}, {{c3::rekombination}} och {{c4::DNA-reparation}}. +Histonsvansar består av N-terminala delar på {{c1::H3 och H4}} som kan modifieras för att reglera paktningsgrad. +Acetylering neutraliserar positiva laddningar på {{c1::lysin och arginin}} vilket leder till {{c2::lösare bindning till DNA}}. +Histonkoden är {{c1::kombinationen av histonmodifieringar}} som kan {{c2::aktivera eller repressa genuttryck}}. +Vid replikation tas nukleosomer bort framför gaffeln och återbildas bakom av {{c1::histon-chaperoner som CAF-1}}. +Gamla histoner ({{c1::H3/H4}}) fördelas jämt mellan dottersträngarna medan {{c2::H2A/H2B}} nybildas. +Enhancers (UAS) kan rekrytera {{c1::HATs som Gcn5}} via transkriptionsfaktorer som {{c2::Gcn4}}. +DNA packas i nivåerna: {{c1::nukleosom (11 nm)}} → {{c2::30-nm fiber}} → {{c3::loopar (~300 nm)}} → {{c4::kromatid (700 nm)}} → {{c5::metafaskromosom (1400 nm)}}. +Scaffold-proteiner fungerar som en {{c1::struktur som DNA-loopar är förankrade i}} och möjliggör högre ordningens packning. +Aktivitet i loopar regleras av {{c1::histonmodifieringar}} och {{c2::topoisomeraser som styr DNA-supercoiling}}. +Chromatin “beads-on-a-string” består av {{c1::nukleosomer ordnade längs DNA}} vid låg packningsgrad. +Repressivt kromatin kallas {{c1::heterokromatin}} medan aktivt och öppet kromatin kallas {{c2::eukromatin}}. +Acetylering av histoner utförs av {{c1::HATs}} och deacetylering av {{c2::HDACs}}. +Metylering av histoner kan ge {{c1::aktivering eller repression beroende på aminosyra och position}}. +Topoisomeraser i loopar kan {{c1::lindra eller inducera supercoils}} för att reglera genåtkomst. +Linker-DNA är {{c1::DNA-segmentet mellan två nukleosomer}}. +Ett nukleosomalt "core particle" innehåller {{c1::endast histonoktamer + 146 bp DNA}} utan linker-DNA. +H1 är {{c1::inte lika konserverat}} som övriga histoner men har {{c2::stabiliserande funktion}}. +Kromatin-remodellering kräver ofta {{c1::enzymkomplex som SWI/SNF}} som flyttar eller tar bort nukleosomer. +Gamla histoner bär på {{c1::tidigare modifieringar}} som kan återställas på nya histoner → {{c2::epigenetisk ärftlighet}}. +DNA-packningen måste öppnas av remodelleringskomplex för att möjliggöra {{c1::transkription}} och {{c2::replikation}}. +Loopar är {{c1::självständiga regulatoriska enheter}} som kan vara {{c2::aktiva eller inaktiva}} oberoende av varandra. +``` \ No newline at end of file diff --git a/content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md b/content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md index 3ab50c2..c205773 100644 --- a/content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md +++ b/content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md @@ -2,13 +2,12 @@ Det sitter 3 fosfatgrupper i 5'-änden En fosfodiesterbrygga är bindningen som kopplar ihop nukleotider i DNA och RNA. Den bildas när 3’-OH på en sockergrupp binder till 5’-fosfatet på nästa nukleotid. För varje nukleotid som sätts på kedjan krävs en ATP, en fosfatgrupp går in i fosfodiesterbryggan, 2 fosfatgrupper spjälkas bort som energi -RNA kopieras av mallsträngen, den får information som är identisk till den kodande strängen. +RNA kopieras av mallsträngen, den får information som är identisk med den kodande strängen. RNA-polymeras öppnar upp DNA-strängen så RNA kan replikeras RNA-polymeras öppnning är ~17 baspar lång, för att ge lagom plats för mallsträng, aktivt säte och växande RNA, utan att kosta mer energi än nödvändigt. NTP-kanalen är en smal, laddad tunnel som leder fria nukleotider rätt in till det aktiva sätet och ökar träffsäkerheten via elektrostatiska interaktioner. -Ribosomen är uppbyggd av ribosomalt RNA (rRNA) -RNA-polymeras II ger upphov till ribosomalt RNA (rRNA) -RNA-polymeras II är viktigast eftersom det gör mRNA, alltså utgångspunkten för alla proteiner. Det driver därmed huvuddelen av genuttrycket. +Ribosomen består av rRNA + ribosomala proteiner, men rRNA utgör den katalytiska kärnan. +Pol II syntetiserar mRNA och därmed alla protein-kodande transkript. TATA-boxen består av en sekvens av AT-nukleotider med lägre smältpunkt (2 isf 3 vätebindingar) Promotor är den region av DNA som RNA polymeraset binder vid för att börja transkriptionen RNA-polymeras behöver hjälp att hitta startpunkten, och detta sker via promotorn, särskilt TATA-boxen och de basala transkriptionsfaktorerna @@ -19,15 +18,42 @@ TFIID är transkriptionsfaktorn som startar transkriptionen TFIIH är transkriptionsfaktorn som startar elongeringen Elongering är fasen där RNA-polymeras rör sig längs DNA och förlänger RNA-kedjan genom att bygga in fler nukleotider. Första steget vid initiering av transkription tas när det TATA-bindande proteinet (TBP) binder in till promotorns TATA-box. -TBP binder till minor groove och inducerar en kraftig böj i DNA – 90° +TBP binder till minor groove och inducerar en kraftig böj i DNA –90° TBP ingår i ett större komplex, som kallas TFIID Preinitieringskomplexet börjar med TFIID binder till TATA box via TBP. TFIIA binder in till TFIID -TFIIB, F, E, H binder in till TTFIID +TFIIB, F, E, H binder in till TFIID TFIIH öppnar DNA med sin helikasaktivitet och fosforylerar CTD med sin kinasaktivitet, vilket startar elongeringen. CTD är den C-terminala domänen på RNA-pol II där fosfosvansen sitter och regleras genom fosforylering. CTD har många fosforyleringsställen där fosfatgrupper binder för att reglera polymerasets växling mellan initiering, elongering och RNA-processing - - - +De olika stegen när man modiferar eller ändrar RNA efter transkriptionen kallas RNA processing. +Capping innebär att man sätter på en guaninmolekyl på 5'-änden upp och ner på, så det blir en 5' - 5' bindning. +Capping skyddar mRNA från degradering i cytoplasman +Capping har en stimulerande effekt i proteinsyntasen +Capping sker väldigt snabbt, efter ungefär 25 nukleotider. +När RNA avslutar transkriptionen dyker det upp en klyvningssignal AAUAAA +Poly(A)-svansen sitter på 3'-änden +Poly(A)-svansen är 60-250 nukleotider lång +Poly(A)-svansen längd kontrollerar mRNAs halveringstid +mRNA innehåller från 5': CAP, UTR, kodandesekvens, UTR, PolyA-svans +Ribosomen verifierar att det finns en giltlig svans i en closed loop structure +I splicing klipps introner bort så att extroner blir kvar +Med alternativ splicing kan man skapa flera olika proteiner från samma mRNA +Talassemi orsakas av att nytt splice site, som är felaktig genom en punktmutation. +Introner har {{c1::väldigt specifika splice sites}} som markerar var de börjar och slutar. +Ett intron tas bort från {{c1::5’ splice site}} till {{c2::3’ splice site}}. +Alla introner har ett {{c1::branch point}} som alltid innehåller {{c2::adenin (A)}}. +Branch point-adeninet används av spliceosomen som {{c1::angreppspunkt för första nukleofilen}} i splicingen. +Korrekt splicing är viktigt eftersom {{c1::felaktigt kvarvarande introner kan orsaka sjukdom}}. +Till skillnad från transkription, som sker på många olika sekvenser, kräver splicing **{{c1::exakta sekvenssignaler}}** för att fungera. +Talassemi kan orsakas av att en punktmutation skapar ett nytt, felaktigt splice site. +Felaktig splicing kan göra att en del av ett intron blir kvar i mRNA:t och förstör läsramen. +Introner kan inte användas som kodande sekvens eftersom de ofta innehåller stopkodon. +En mutation inne i intronet kan få spliceosomen att tro att det finns ett nytt splice site där. +Delvis kvarhållet intron gör att proteinet blir förkortat eller icke-fungerande. +RNA-pol I – 28S, 18S, 5.8S rRNA +RNA-pol II – mRNA + miRNA + snRNA +RNA-pol III – tRNA + 5S rRNA +Alfa-amanitin är ett svampgift som specifikt hämmar RNA-pol II (och delvis III), vilket stoppar mRNA-syntes. +En transkriptionsbubbla innehåller ~17 baspar öppnat DNA, en RNA–DNA-hybrid på ca 8–9 nukleotider och ett växande RNA som matas ut ur polymeraset. ``` \ No newline at end of file