vault backup: 2025-11-20 20:43:09

content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md

@@ -2,13 +2,12 @@
 Det sitter 3 fosfatgrupper i 5'-änden
 En fosfodiesterbrygga är bindningen som kopplar ihop nukleotider i DNA och RNA. Den bildas när 3’-OH på en sockergrupp binder till 5’-fosfatet på nästa nukleotid.
 För varje nukleotid som sätts på kedjan krävs en ATP, en fosfatgrupp går in i fosfodiesterbryggan, 2 fosfatgrupper spjälkas bort som energi
-RNA kopieras av mallsträngen, den får information som är identisk till den kodande strängen.
+RNA kopieras av mallsträngen, den får information som är identisk med den kodande strängen.
 RNA-polymeras öppnar upp DNA-strängen så RNA kan replikeras
 RNA-polymeras öppnning är ~17 baspar lång, för att ge lagom plats för mallsträng, aktivt säte och växande RNA, utan att kosta mer energi än nödvändigt.
 NTP-kanalen är en smal, laddad tunnel som leder fria nukleotider rätt in till det aktiva sätet och ökar träffsäkerheten via elektrostatiska interaktioner.
-Ribosomen är uppbyggd av ribosomalt RNA (rRNA)
-RNA-polymeras II ger upphov till ribosomalt RNA (rRNA)
-RNA-polymeras II är viktigast eftersom det gör mRNA, alltså utgångspunkten för alla proteiner. Det driver därmed huvuddelen av genuttrycket.
+Ribosomen består av rRNA + ribosomala proteiner, men rRNA utgör den katalytiska kärnan.
+Pol II syntetiserar mRNA och därmed alla protein-kodande transkript.
 TATA-boxen består av en sekvens av AT-nukleotider med lägre smältpunkt (2 isf 3 vätebindingar)
 Promotor är den region av DNA som RNA polymeraset binder vid för att börja transkriptionen
 RNA-polymeras behöver hjälp att hitta startpunkten, och detta sker via promotorn, särskilt TATA-boxen och de basala transkriptionsfaktorerna
@@ -19,15 +18,42 @@ TFIID är transkriptionsfaktorn som startar transkriptionen
 TFIIH är transkriptionsfaktorn som startar elongeringen
 Elongering är fasen där RNA-polymeras rör sig längs DNA och förlänger RNA-kedjan genom att bygga in fler nukleotider.
 Första steget vid initiering av transkription tas när det TATA-bindande proteinet (TBP) binder in till promotorns TATA-box.
-TBP binder till minor groove och inducerar en kraftig böj i DNA – 90°
+TBP binder till minor groove och inducerar en kraftig böj i DNA –90°
 TBP ingår i ett större komplex, som kallas TFIID
 Preinitieringskomplexet börjar med TFIID binder till TATA box via TBP.
 TFIIA binder in till TFIID
-TFIIB, F, E, H binder in till TTFIID
+TFIIB, F, E, H binder in till TFIID
 TFIIH öppnar DNA med sin helikasaktivitet och fosforylerar CTD med sin kinasaktivitet, vilket startar elongeringen.
 CTD är den C-terminala domänen på RNA-pol II där fosfosvansen sitter och regleras genom fosforylering.
 CTD har många fosforyleringsställen där fosfatgrupper binder för att reglera polymerasets växling mellan initiering, elongering och RNA-processing
-
-
-
+De olika stegen när man modiferar eller ändrar RNA efter transkriptionen kallas RNA processing.
+Capping innebär att man sätter på en guaninmolekyl på 5'-änden upp och ner på, så det blir en 5' - 5' bindning.
+Capping skyddar mRNA från degradering i cytoplasman
+Capping har en stimulerande effekt i proteinsyntasen
+Capping sker väldigt snabbt, efter ungefär 25 nukleotider.
+När RNA avslutar transkriptionen dyker det upp en klyvningssignal AAUAAA
+Poly(A)-svansen sitter på 3'-änden
+Poly(A)-svansen är 60-250 nukleotider lång
+Poly(A)-svansen längd kontrollerar mRNAs halveringstid
+mRNA innehåller från 5': CAP, UTR, kodandesekvens, UTR, PolyA-svans
+Ribosomen verifierar att det finns en giltlig svans i en closed loop structure
+I splicing klipps introner bort så att extroner blir kvar
+Med alternativ splicing kan man skapa flera olika proteiner från samma mRNA
+Talassemi orsakas av att nytt splice site, som är felaktig genom en punktmutation.
+Introner har {{c1::väldigt specifika splice sites}} som markerar var de börjar och slutar.
+Ett intron tas bort från {{c1::5’ splice site}} till {{c2::3’ splice site}}.
+Alla introner har ett {{c1::branch point}} som alltid innehåller {{c2::adenin (A)}}.
+Branch point-adeninet används av spliceosomen som {{c1::angreppspunkt för första nukleofilen}} i splicingen.
+Korrekt splicing är viktigt eftersom {{c1::felaktigt kvarvarande introner kan orsaka sjukdom}}.
+Till skillnad från transkription, som sker på många olika sekvenser, kräver splicing **{{c1::exakta sekvenssignaler}}** för att fungera.
+Talassemi kan orsakas av att en punktmutation skapar ett nytt, felaktigt splice site.
+Felaktig splicing kan göra att en del av ett intron blir kvar i mRNA:t och förstör läsramen.
+Introner kan inte användas som kodande sekvens eftersom de ofta innehåller stopkodon.
+En mutation inne i intronet kan få spliceosomen att tro att det finns ett nytt splice site där.
+Delvis kvarhållet intron gör att proteinet blir förkortat eller icke-fungerande.
+RNA-pol I – 28S, 18S, 5.8S rRNA
+RNA-pol II – mRNA + miRNA + snRNA
+RNA-pol III – tRNA + 5S rRNA
+Alfa-amanitin är ett svampgift som specifikt hämmar RNA-pol II (och delvis III), vilket stoppar mRNA-syntes.
+En transkriptionsbubbla innehåller ~17 baspar öppnat DNA, en RNA–DNA-hybrid på ca 8–9 nukleotider och ett växande RNA som matas ut ur polymeraset.
 ```