vault backup: 2025-11-20 20:43:09

content/Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md

@@ -0,0 +1,29 @@
+```
+Upptäckten av nukleosomen gjordes genom {{c1::klyvning av kromatin med DNase I}} följt av {{c2::gelelektrofores som visade 150–200 bp fragment}}.
+Nukleosomen består av {{c1::146 bp DNA}} lindat {{c2::1.75 varv}} runt en {{c3::histonoktamer (2×H2A, 2×H2B, 2×H3, 2×H4)}}.
+Histonoktamer består av {{c1::8 histonproteiner}} och har en diameter på {{c2::~11 nm}}.
+Histoner är extremt konserverade; H4 skiljer sig med {{c1::endast två aminosyror}} mellan ko och ärta över {{c2::1.3 miljarder år}}.
+Histon H1 binder till {{c1::linker-DNA}} och är nödvändig för bildning av {{c2::30-nm fiber}}.
+Kompakt kromatin hindrar processerna {{c1::transkription}}, {{c2::replikation}}, {{c3::rekombination}} och {{c4::DNA-reparation}}.
+Histonsvansar består av N-terminala delar på {{c1::H3 och H4}} som kan modifieras för att reglera paktningsgrad.
+Acetylering neutraliserar positiva laddningar på {{c1::lysin och arginin}} vilket leder till {{c2::lösare bindning till DNA}}.
+Histonkoden är {{c1::kombinationen av histonmodifieringar}} som kan {{c2::aktivera eller repressa genuttryck}}.
+Vid replikation tas nukleosomer bort framför gaffeln och återbildas bakom av {{c1::histon-chaperoner som CAF-1}}.
+Gamla histoner ({{c1::H3/H4}}) fördelas jämt mellan dottersträngarna medan {{c2::H2A/H2B}} nybildas.
+Enhancers (UAS) kan rekrytera {{c1::HATs som Gcn5}} via transkriptionsfaktorer som {{c2::Gcn4}}.
+DNA packas i nivåerna: {{c1::nukleosom (11 nm)}} → {{c2::30-nm fiber}} → {{c3::loopar (~300 nm)}} → {{c4::kromatid (700 nm)}} → {{c5::metafaskromosom (1400 nm)}}.
+Scaffold-proteiner fungerar som en {{c1::struktur som DNA-loopar är förankrade i}} och möjliggör högre ordningens packning.
+Aktivitet i loopar regleras av {{c1::histonmodifieringar}} och {{c2::topoisomeraser som styr DNA-supercoiling}}.
+Chromatin “beads-on-a-string” består av {{c1::nukleosomer ordnade längs DNA}} vid låg packningsgrad.
+Repressivt kromatin kallas {{c1::heterokromatin}} medan aktivt och öppet kromatin kallas {{c2::eukromatin}}.
+Acetylering av histoner utförs av {{c1::HATs}} och deacetylering av {{c2::HDACs}}.
+Metylering av histoner kan ge {{c1::aktivering eller repression beroende på aminosyra och position}}.
+Topoisomeraser i loopar kan {{c1::lindra eller inducera supercoils}} för att reglera genåtkomst.
+Linker-DNA är {{c1::DNA-segmentet mellan två nukleosomer}}.
+Ett nukleosomalt "core particle" innehåller {{c1::endast histonoktamer + 146 bp DNA}} utan linker-DNA.
+H1 är {{c1::inte lika konserverat}} som övriga histoner men har {{c2::stabiliserande funktion}}.
+Kromatin-remodellering kräver ofta {{c1::enzymkomplex som SWI/SNF}} som flyttar eller tar bort nukleosomer.
+Gamla histoner bär på {{c1::tidigare modifieringar}} som kan återställas på nya histoner → {{c2::epigenetisk ärftlighet}}.
+DNA-packningen måste öppnas av remodelleringskomplex för att möjliggöra {{c1::transkription}} och {{c2::replikation}}.
+Loopar är {{c1::självständiga regulatoriska enheter}} som kan vara {{c2::aktiva eller inaktiva}} oberoende av varandra.
+```

content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md

@@ -2,13 +2,12 @@
 Det sitter 3 fosfatgrupper i 5'-änden
 En fosfodiesterbrygga är bindningen som kopplar ihop nukleotider i DNA och RNA. Den bildas när 3’-OH på en sockergrupp binder till 5’-fosfatet på nästa nukleotid.
 För varje nukleotid som sätts på kedjan krävs en ATP, en fosfatgrupp går in i fosfodiesterbryggan, 2 fosfatgrupper spjälkas bort som energi
-RNA kopieras av mallsträngen, den får information som är identisk till den kodande strängen.
+RNA kopieras av mallsträngen, den får information som är identisk med den kodande strängen.
 RNA-polymeras öppnar upp DNA-strängen så RNA kan replikeras
 RNA-polymeras öppnning är ~17 baspar lång, för att ge lagom plats för mallsträng, aktivt säte och växande RNA, utan att kosta mer energi än nödvändigt.
 NTP-kanalen är en smal, laddad tunnel som leder fria nukleotider rätt in till det aktiva sätet och ökar träffsäkerheten via elektrostatiska interaktioner.
-Ribosomen är uppbyggd av ribosomalt RNA (rRNA)
-RNA-polymeras II ger upphov till ribosomalt RNA (rRNA)
-RNA-polymeras II är viktigast eftersom det gör mRNA, alltså utgångspunkten för alla proteiner. Det driver därmed huvuddelen av genuttrycket.
+Ribosomen består av rRNA + ribosomala proteiner, men rRNA utgör den katalytiska kärnan.
+Pol II syntetiserar mRNA och därmed alla protein-kodande transkript.
 TATA-boxen består av en sekvens av AT-nukleotider med lägre smältpunkt (2 isf 3 vätebindingar)
 Promotor är den region av DNA som RNA polymeraset binder vid för att börja transkriptionen
 RNA-polymeras behöver hjälp att hitta startpunkten, och detta sker via promotorn, särskilt TATA-boxen och de basala transkriptionsfaktorerna
@@ -19,15 +18,42 @@ TFIID är transkriptionsfaktorn som startar transkriptionen
 TFIIH är transkriptionsfaktorn som startar elongeringen
 Elongering är fasen där RNA-polymeras rör sig längs DNA och förlänger RNA-kedjan genom att bygga in fler nukleotider.
 Första steget vid initiering av transkription tas när det TATA-bindande proteinet (TBP) binder in till promotorns TATA-box.
-TBP binder till minor groove och inducerar en kraftig böj i DNA – 90°
+TBP binder till minor groove och inducerar en kraftig böj i DNA –90°
 TBP ingår i ett större komplex, som kallas TFIID
 Preinitieringskomplexet börjar med TFIID binder till TATA box via TBP.
 TFIIA binder in till TFIID
-TFIIB, F, E, H binder in till TTFIID
+TFIIB, F, E, H binder in till TFIID
 TFIIH öppnar DNA med sin helikasaktivitet och fosforylerar CTD med sin kinasaktivitet, vilket startar elongeringen.
 CTD är den C-terminala domänen på RNA-pol II där fosfosvansen sitter och regleras genom fosforylering.
 CTD har många fosforyleringsställen där fosfatgrupper binder för att reglera polymerasets växling mellan initiering, elongering och RNA-processing
-
-
-
+De olika stegen när man modiferar eller ändrar RNA efter transkriptionen kallas RNA processing.
+Capping innebär att man sätter på en guaninmolekyl på 5'-änden upp och ner på, så det blir en 5' - 5' bindning.
+Capping skyddar mRNA från degradering i cytoplasman
+Capping har en stimulerande effekt i proteinsyntasen
+Capping sker väldigt snabbt, efter ungefär 25 nukleotider.
+När RNA avslutar transkriptionen dyker det upp en klyvningssignal AAUAAA
+Poly(A)-svansen sitter på 3'-änden
+Poly(A)-svansen är 60-250 nukleotider lång
+Poly(A)-svansen längd kontrollerar mRNAs halveringstid
+mRNA innehåller från 5': CAP, UTR, kodandesekvens, UTR, PolyA-svans
+Ribosomen verifierar att det finns en giltlig svans i en closed loop structure
+I splicing klipps introner bort så att extroner blir kvar
+Med alternativ splicing kan man skapa flera olika proteiner från samma mRNA
+Talassemi orsakas av att nytt splice site, som är felaktig genom en punktmutation.
+Introner har {{c1::väldigt specifika splice sites}} som markerar var de börjar och slutar.
+Ett intron tas bort från {{c1::5’ splice site}} till {{c2::3’ splice site}}.
+Alla introner har ett {{c1::branch point}} som alltid innehåller {{c2::adenin (A)}}.
+Branch point-adeninet används av spliceosomen som {{c1::angreppspunkt för första nukleofilen}} i splicingen.
+Korrekt splicing är viktigt eftersom {{c1::felaktigt kvarvarande introner kan orsaka sjukdom}}.
+Till skillnad från transkription, som sker på många olika sekvenser, kräver splicing **{{c1::exakta sekvenssignaler}}** för att fungera.
+Talassemi kan orsakas av att en punktmutation skapar ett nytt, felaktigt splice site.
+Felaktig splicing kan göra att en del av ett intron blir kvar i mRNA:t och förstör läsramen.
+Introner kan inte användas som kodande sekvens eftersom de ofta innehåller stopkodon.
+En mutation inne i intronet kan få spliceosomen att tro att det finns ett nytt splice site där.
+Delvis kvarhållet intron gör att proteinet blir förkortat eller icke-fungerande.
+RNA-pol I – 28S, 18S, 5.8S rRNA
+RNA-pol II – mRNA + miRNA + snRNA
+RNA-pol III – tRNA + 5S rRNA
+Alfa-amanitin är ett svampgift som specifikt hämmar RNA-pol II (och delvis III), vilket stoppar mRNA-syntes.
+En transkriptionsbubbla innehåller ~17 baspar öppnat DNA, en RNA–DNA-hybrid på ca 8–9 nukleotider och ett växande RNA som matas ut ur polymeraset.
 ```