vault backup: 2025-11-26 09:14:32

content/Biokemi/Plasmidlabb/Rekombinant del II.md

@@ -0,0 +1,89 @@
+---
+tags:
+  - biokemi
+  - rekombinant-dna-teknik
+  - anteckningar
+föreläsare: Oliver Forsell
+date: 2025-11-26
+---
+Sätter dit en prime av intresse, restriktionssite. En insert som med hjälp av restriktionsenzym kan kapa och får en sticky ends.
+
+self-ligated vector, plasmiden binder till sig själv, isolera med blue/white.
+
+ampicillin?
+x-gal?
+iptg? lacz-alpha restriction, sitter ett repressionprotein, iptg inaktiverar en repressor
+AmpR: ampicillin restistans
+pellet?
+supernatant: det som hamnar ovanpå
+nukleasfritt vatten
+kilator? ko-faktor för vatten
+RnasaA: bryter ner RNA
+SDS löser upp fosfolipider och proteiner i cellmembranet
+eulera
+SYBR safe
+
+
+
+---
+
+Dagens labb
+
+# Rena fram plasmiden
+
+# Klippar ur genen av intresse
+
+# Kör agarose gel
+
+# Tolka resultatet
+
+
+
+----
+
+### What are the sites the plasmid contains that allow for this experiment? 
+- Lacz
+- Β-lactamas (ampicilin resistansen)
+- BamH-insertion site, i vårta multiple cloning site
+- Origin of replication för att kunna replikera
+
+#### What are the 3 compounds in the LB plates that allow for selection of bacteria with plasmid and the distinction of plasmids with and without the inserted gene?
+- IPTG
+- X-Gal
+- Ampicillin
+
+### What are the six steps in plasmid preparation and purification? 
+1. Pelleteringen
+2. **Suspendera**, lösa upp pelleten
+3. **Lysering** - så det läcker ut plasmid
+4. **Neutralisera** - skyddar plasmiden på nytt
+5. **Skölja bort salter**
+6. Tillsätta vatten för att eulera ut vår plasmid
+
+
+### What is a restriction enzyme and why was it used in this experiment? 
+
+Hjälpa till att klippa ut genen och foga in vår plasmid, sticky ends
+
+
+### Explain the principle of Gel Electrophoresis, what is it for? 
+
+Separation av storlek eller massa på våra DNA-fragment. Elektrostatiskt repulsion, som får våra joner att separeras
+
+### What´s the compound that allows for the visualization of the DNA in the gel?
+
+SYBR safe
+
+### How many times does BamHI cut the plasmid without the insert? And the plasmid with the insert? 
+
+Hur många gånger kommer BamHI klippa vår plasmed
+- utan insert: 1  
+- med insert: 2 på var sin sida om inserten för att få ut den
+
+### Explain the different plasmid conformations that exist.
+
+- relaxed
+- supercoiled supper snabbt, de är tvinnade
+- linjära
+-
+