vault backup: 2025-12-02 10:04:42

content/Biokemi/Metabolism/Citronsyracykeln/Anteckningar.md

@@ -82,7 +82,7 @@ Reaktioerna
 | 1    | Dekarboxylering vid                    |           | $E_1$ |
 | 2    | Lipoamid flyttas från $E_1$ till $E_2$ |           |       |
 | 3    | Acetylgrupp överförs till lipoamid     | oxidation |       |
-| 4    | Bildning av  acetyl-CoA i              |           | $E_2$ |
+| 4    | Bildning av  acetyl-CoA                |           | $E_2$ |
 | 5    | Återgenering av lipoamid               | oxidation | $E_3$ |
 | 6    | NADH bildas, återbildning av FAD       |           | $E_3$ |
 
@@ -120,3 +120,122 @@ Berberi, arsenik och kicksilverförgiftning ger framför allt neruodegenerativa
 - Funkar inte Pyruvatdehydrogenaskomplexet kommer man inte förbi glykolysen
 - ATP produceras främst i ETK, 90%. 
 
+
+# TCA
+
+Alla enzymer
+utom ett berättar precis vad de gör
+
+acetyl-CoA (C2)
+oxalacetat (C4)
+
+citratsyntas
+
+FRÅGA: Oxidation, Dekarboxylering
+
+Energimässigt är ATP + GDP <→ ADP + GTP
+Varför är det olika i viss litteratur?
+- ATP: i hjärta och skelettmuskel
+- GTP: lever
+	- bakvänt för byggstenar till hemaglobin
+
+
+| Steg | Enzym                         | In                           | Ut                   | Reaktion                   | Energi                               | Reglering                             |
+| ---- | ----------------------------- | ---------------------------- | -------------------- | -------------------------- | ------------------------------------ | ------------------------------------- |
+| 1    | Citratsyntas                  | Acetyl-CoA + oxalacetat (C4) | citrat (C6)          |                            |                                      |                                       |
+| 2    | Alcorintas                    | citrat (C6)                  | isocitrat (C6)       | Isomerisering              |                                      |                                       |
+| 3    | isocitrat-dehydrogenas        | isocitrat (C6)               | 𝛼-ketoglutamat (C5) | Dekarboxylering            | $NAD^+$ → $NADH$<br>Avger $CO_2$<br> | ⊖ ATP<br>⊕ ADP<br>⊖ NADH              |
+| 4    | alfaketoglutamat-dehydrogenas | 𝛼-ketoglutamat (C5) + CoA   | succinyl-CoA (C4)    | Dekarboxylering            | $NAD^+$ → $NADH$<br>Avger $CO_2$<br> | ⊖ ATP<br>⊖ NADH<br>⊖ succinyl-<br>CoA |
+| 5    | succinyl-CoA-syntetas         | succinyl-CoA (C4)            | succinat (C4)        | Substratnivå-fosforylering | ADP + Pi → ATP<br>Avger CoA          |                                       |
+| 6    | succienat-<br>dehydrogenas    | succinat (C4)                | fumarat (C4)         | Oxidation                  | FAD → $FADH_2$                       |                                       |
+| 7    | fumaras                       | fumarat (C4) + $H_2O$        | malat (C4)           | Hydratisering              |                                      |                                       |
+| 8    | malathydrogenas               | malat (C4)                   | oxalacetat (C4)      | Oxideras                   | $NAD^+$ → $NADH$                     |                                       |
+
+Steg 6 är mitokondriens inre membran, förknippat med ETK. 
+- $FADH_2$ går direkt in i ETK
+
+Totalt:
+
+acetyl-CoA:
+- 3NAD+ + FAD + ADP + Pi + 2H2O → 
+- CoA + 2CO2 + 3NADH + FADH2 + ATP + 2H
+
+---
+Hur många ATP fås per Glykos i citronsyracykeln?
+
+Vad sker den huvudsakliga regelering av TCA?
+- Gas är väldigt irreversibelt, det brukar bestämma reglering
+
+---
+
+# Reglering-PDH
+
+Energikvot
+- ⊖ ATP ⊕ ADP
+Feedback
+- ⊖ acetyl-CoA ($E_2$) ⊖ NADH ($E_3$)
+
+aktiv→inaktiv
+- Då det är fosforylersas är det inaktivt, det regleras av PDH-kinas
+- kinaset regleras av:
+	- ⊖ pyruvat
+	- ⊖ ATP investeras
+	- ⊕ ADP avges
+	- ⊕ NADH
+	- ⊕ Acetyl-CoA
+inaktiv→aktiv
+- PDF-fostas stimuleras av
+	- $[Ca^{2+}]$ t.ex när muskler börjar arbeta, behöver effektiv ATP-produktion
+		- muskelkontraktion eller adrenalin
+- $H_2O$ sätts in
+- fosfatgruppen avges
+
+FRÅGA: dubbel stimulering? kinas och energikvot?
+FRÅGA: energikvot, feedback och konformationsändring
+
+PDH Det är det mest reglerat av allt
+
+
+----
+# Enzymdefekter i citronsyracykeln påverkar nedbrytningen av HIF-1
+
+## Hypoxid
+- syrebrist
+- stimulerar HIF-1 transkriptionsfaktor
+	- står för hyoxid inducerad faktor
+- GLUT1⬆️ & GLUT3 ⬆️
+- glykolytiska enzymer ⬆️
+- VEGF ⬆️
+	- blodkärlsbildning
+	- händer i tumören när det inte finns syre
+- också vid intensiv träning
+
+Normalt bryts HIF-1 ned
+- hydroxileras
+- igenkänningssignal för nedbrytning
+- hydroxilas, prolilhydroxilas-2
+- enzym→nedbrytning
+- ⊕ 𝛼-ketoglutarat från TCA
+- ⊕ Vitamin C
+- ⊕ $O_2$
+- ⊖ succinat
+  ⊖ fumarat
+
+Mutationer i enzymer (fumaras och/eller succienat-
+dehydrogenas) → succinat ⬆️  och/eller fumarat ⬆️
+
+----
+# Summering
+
+Yttre permibilablet
+Inre mkt veckat
+CoA när man behöver flytta acylgrupp, minsta är acetatgrupp
+- när 2 kol flyttas får man Acetyl-CoA
+- stabil, kräver enzymer, men fördelaktigt termodynamiskt
+PDH
+- 3 st enzymer
+Arsenik liknar väldigt mkt fosfatgrupper
+TCA
+- viktigt reglering
+- 
+