From 26b9fa509d9b35150b6df3b46baab0e771d30de5 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Johan Dahlin Date: Tue, 2 Dec 2025 10:04:42 +0100 Subject: [PATCH] vault backup: 2025-12-02 10:04:42 --- .../Citronsyracykeln/Anteckningar.md | 121 +++++++++++++++++- 1 file changed, 120 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/content/Biokemi/Metabolism/Citronsyracykeln/Anteckningar.md b/content/Biokemi/Metabolism/Citronsyracykeln/Anteckningar.md index 6c1dd4c..68de618 100644 --- a/content/Biokemi/Metabolism/Citronsyracykeln/Anteckningar.md +++ b/content/Biokemi/Metabolism/Citronsyracykeln/Anteckningar.md @@ -82,7 +82,7 @@ Reaktioerna | 1 | Dekarboxylering vid | | $E_1$ | | 2 | Lipoamid flyttas från $E_1$ till $E_2$ | | | | 3 | Acetylgrupp överförs till lipoamid | oxidation | | -| 4 | Bildning av acetyl-CoA i | | $E_2$ | +| 4 | Bildning av acetyl-CoA | | $E_2$ | | 5 | Återgenering av lipoamid | oxidation | $E_3$ | | 6 | NADH bildas, återbildning av FAD | | $E_3$ | @@ -120,3 +120,122 @@ Berberi, arsenik och kicksilverförgiftning ger framför allt neruodegenerativa - Funkar inte Pyruvatdehydrogenaskomplexet kommer man inte förbi glykolysen - ATP produceras främst i ETK, 90%. + +# TCA + +Alla enzymer +utom ett berättar precis vad de gör + +acetyl-CoA (C2) +oxalacetat (C4) + +citratsyntas + +FRÅGA: Oxidation, Dekarboxylering + +Energimässigt är ATP + GDP <→ ADP + GTP +Varför är det olika i viss litteratur? +- ATP: i hjärta och skelettmuskel +- GTP: lever + - bakvänt för byggstenar till hemaglobin + + +| Steg | Enzym | In | Ut | Reaktion | Energi | Reglering | +| ---- | ----------------------------- | ---------------------------- | -------------------- | -------------------------- | ------------------------------------ | ------------------------------------- | +| 1 | Citratsyntas | Acetyl-CoA + oxalacetat (C4) | citrat (C6) | | | | +| 2 | Alcorintas | citrat (C6) | isocitrat (C6) | Isomerisering | | | +| 3 | isocitrat-dehydrogenas | isocitrat (C6) | 𝛼-ketoglutamat (C5) | Dekarboxylering | $NAD^+$ → $NADH$
Avger $CO_2$
| ⊖ ATP
⊕ ADP
⊖ NADH | +| 4 | alfaketoglutamat-dehydrogenas | 𝛼-ketoglutamat (C5) + CoA | succinyl-CoA (C4) | Dekarboxylering | $NAD^+$ → $NADH$
Avger $CO_2$
| ⊖ ATP
⊖ NADH
⊖ succinyl-
CoA | +| 5 | succinyl-CoA-syntetas | succinyl-CoA (C4) | succinat (C4) | Substratnivå-fosforylering | ADP + Pi → ATP
Avger CoA | | +| 6 | succienat-
dehydrogenas | succinat (C4) | fumarat (C4) | Oxidation | FAD → $FADH_2$ | | +| 7 | fumaras | fumarat (C4) + $H_2O$ | malat (C4) | Hydratisering | | | +| 8 | malathydrogenas | malat (C4) | oxalacetat (C4) | Oxideras | $NAD^+$ → $NADH$ | | + +Steg 6 är mitokondriens inre membran, förknippat med ETK. +- $FADH_2$ går direkt in i ETK + +Totalt: + +acetyl-CoA: +- 3NAD+ + FAD + ADP + Pi + 2H2O → +- CoA + 2CO2 + 3NADH + FADH2 + ATP + 2H + +--- +Hur många ATP fås per Glykos i citronsyracykeln? + +Vad sker den huvudsakliga regelering av TCA? +- Gas är väldigt irreversibelt, det brukar bestämma reglering + +--- + +# Reglering-PDH + +Energikvot +- ⊖ ATP ⊕ ADP +Feedback +- ⊖ acetyl-CoA ($E_2$) ⊖ NADH ($E_3$) + +aktiv→inaktiv +- Då det är fosforylersas är det inaktivt, det regleras av PDH-kinas +- kinaset regleras av: + - ⊖ pyruvat + - ⊖ ATP investeras + - ⊕ ADP avges + - ⊕ NADH + - ⊕ Acetyl-CoA +inaktiv→aktiv +- PDF-fostas stimuleras av + - $[Ca^{2+}]$ t.ex när muskler börjar arbeta, behöver effektiv ATP-produktion + - muskelkontraktion eller adrenalin +- $H_2O$ sätts in +- fosfatgruppen avges + +FRÅGA: dubbel stimulering? kinas och energikvot? +FRÅGA: energikvot, feedback och konformationsändring + +PDH Det är det mest reglerat av allt + + +---- +# Enzymdefekter i citronsyracykeln påverkar nedbrytningen av HIF-1 + +## Hypoxid +- syrebrist +- stimulerar HIF-1 transkriptionsfaktor + - står för hyoxid inducerad faktor +- GLUT1⬆️ & GLUT3 ⬆️ +- glykolytiska enzymer ⬆️ +- VEGF ⬆️ + - blodkärlsbildning + - händer i tumören när det inte finns syre +- också vid intensiv träning + +Normalt bryts HIF-1 ned +- hydroxileras +- igenkänningssignal för nedbrytning +- hydroxilas, prolilhydroxilas-2 +- enzym→nedbrytning +- ⊕ 𝛼-ketoglutarat från TCA +- ⊕ Vitamin C +- ⊕ $O_2$ +- ⊖ succinat + ⊖ fumarat + +Mutationer i enzymer (fumaras och/eller succienat- +dehydrogenas) → succinat ⬆️ och/eller fumarat ⬆️ + +---- +# Summering + +Yttre permibilablet +Inre mkt veckat +CoA när man behöver flytta acylgrupp, minsta är acetatgrupp +- när 2 kol flyttas får man Acetyl-CoA +- stabil, kräver enzymer, men fördelaktigt termodynamiskt +PDH +- 3 st enzymer +Arsenik liknar väldigt mkt fosfatgrupper +TCA +- viktigt reglering +- +