vault backup: 2025-11-28 11:09:35

content/Biokemi/Gamla tentor/2024-12-20/2024-12-20-0036-OWN.md

@@ -0,0 +1,574 @@
+# LPG001 Biokemi med skannat papper – Kandidat 0036-OWN  [oai_citation:0‡2024-12-20-0036-OWN.pdf](sediment://file_00000000a7dc720eaf50b352e8b3275f)  
+
+---
+
+## 1. Resonansstabilisering
+
+**Uppgift**  
+Förklara vad som menas med att en molekyl är resonansstabiliserad och vad det innebär för molekylen. Illustrera med ett valfritt exempel. (4p) Max 30 ord. Illustrationen görs på ett separat papper.
+
+**Svar**  
+"Mellanläge" mellan enkelbindning och dubbelbindning, så styrkan på en resonansstabiliserad bindning är mellan enkelbindning och dubbelbindning. Atomer delar på elektronerna, så molekylen kan stabiliseras och finnas i flera konfigurationer.  
+
+*Ritning:* ATP med streckade bindningar mellan P–O som visar resonans (sid 8).
+
+Ord: 29  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 2. Lysin och dess egenskaper
+
+**Uppgift**  
+En aminosyra har en sidogrupp bestående av en aminogrupp och en kedja med fyra CH₂-grupper.  
+A) Vilken är aminosyran?  
+B) Ange två egenskaper aminosyran har.  
+C) Rita upp aminosyran vid pH = 2.  
+(4p) Max 30 ord. Uppgift C på separat papper.
+
+**Svar**  
+A) Lysin  
+B) Basisk, kan ta upp en H⁺ vid lågt pH. Fungerar i vissa enzymkomplex som en arm som flyttar prostetisk grupp mellan enzymer, t.ex lipoamiden i pyruvatdehydrogenaskomplexet.  
+
+*Ritning:* Lysin vid pH 2, fullständigt protonerad (sid 12).
+
+Ord: 29  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 3. Kooperativitet
+
+**Uppgift**  
+A) Define cooperativity in the context of hemoglobin and myoglobin.  
+B) Give an example where cooperativity is beneficial and explain how it is beneficial. (4p) Max 100 words. Answer in English.
+
+**Answer**  
+A) Coopertivity means that once one hemegroup in hemoglobin binds to one oxygen molecule, it makes it easier to other oxygen molecules to bind in to the other hemegroups in the same hemoglobin molecule. Even when one oxygen molecule gets released from heme, it fascilitates for other oxygen molecules to get released.  
+B) In hemoglobin there are 4 hememolecules, and each one of them can bind to one oxygen. In the lungs, the partial pressure of oxygen is high, which encourage hemoglobin to bind to oxygen. Coopevtivity here is benificial because it makes the oxygen transport in the body effective.  
+
+Ord: 100  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 4. Gelfiltrering och His-tagg
+
+**Uppgift**  
+Du ska rena ett protein med gelfiltrering. Proteinet innehåller också en his-tagg. (4p) Max 200 ord.  
+A) Beskriv egenskaper hos proteinet och kolonnen som möjliggör rening med gelfiltrering.  
+B) Beskriv vad en his-tag är och hur den kan användas för rening och detektion.
+
+**Svar**  
+A) Gelfiltrening består av en fast fas med porösa kulor i en kolonn, och en mobil fas med en buffert och proteinet som ska renas. Små molekyler kommer att fastna i håligheterna i kulorna, medan stora proteiner kommer att komma ut först. Reningsmetoden är alltså baserad på proteiners storlek.  
+B) His-tagg är en sekvens av 6 histidin-aminosyror efter varandra. His-tagg binder starkt till nickel-joner och man kan därför använda den egenskapen vid rening av proteinet. Man använder då affinitetskromatografi, och renar proteinet baserat på selektivitet alltså en specifik egenskap. Proteinet kan sedan elueras med Imidazol, som konkurrerar ut His-taggen.  
+
+Ord: 99  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 5. Fettsyror, kolesterol och membranfluiditet
+
+**Uppgift**  
+Redogör för hur bakterier/anpassning av cellmembranets fluiditet kan ske via fettsyrornas egenskaper. (4p)
+
+**Svar**  
+Fettsyror i cellmembran är amfipatiska, och har alltså en polär del (huvud) och en opolär del (svans). Den opolära delen består av acylgrupper, som binder till varandra via VdW-krafter, vilket inte är så starka bindningar och börjar därför lossna vid värmetillförsel (även om det inte är så hög temperatur).  
+Fluiditeten i cellmembran ökar när temperaturen ökar, eftersom fettsyrorna börjar att röra på sig av värmeenergin. För att cellmembranet inte ska bli alltför genomsläppligt så fungerar kolesterol som en buffert som minskar på rörelsen hos fettsyrorna.  
+Och tvärtom gäller det att när temperaturen sjunker så minskar fettsyrornas rörelseenergi, och de börjar att binda hårdare till varandra. För att cellmembranet inte ska klumpa ihop sig, och bli helt ogenomsläppligt så fungerar kolesterolet även här som en buffert som sitter mellan fettsyrorna och sänker möjligheten för ihopklumpning av fettsyrorna.  
+
+Ord: 136  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 6. Glukos, glukopyranos och N-acetylglukosamin
+
+**Uppgift**  
+Förklara kortfattat likheter och skillnader mellan glukos, glukopyranos och N-acetylglukosamin på strukturell/molekylär nivå. (4p)
+
+**Svar**  
+Linjär glukos blir cirkulär genom att aldehydgruppen på kol 1 binder till kol 5. Glukopyranos bildas genom att en aldehydgrupp på en molekyl binder till en hydroxylgrupp på en annan molekyl. Likheten är alltså att båda är cirkulära, men att antalet molekyler är olika.  
+N-acetylglukosamin är en glukosmolekyl, som är bunden till en acetylamingrupp. Acetylamingruppen är bunden till glukoset via sitt kväve. Likheten är alltså att glukos och N-acetylglukosamin båda innehåller glukos, men att N-acetylglukosamin även innehåller en acetylamingrupp.  
+
+Ord: 79  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 7. Nukleotider – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka två påståenden om nukleotider är korrekta? (2p)
+
+- En nukleotid består av en kvävebas, ett socker och tre fosfatgrupper.  
+- Den innersta fosfatgruppen, närmast sockret, kallas gamma.  
+- Ribonukleotider har en OH-grupp på 3'-kolatomen.  
+- Deoxyribonukleotider innehåller en OH-grupp på 2'-kolatomen.  
+
+**Svar**  
+*(svar markerat i tentamen; gav 2/2 poäng)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 8. MCM-helikas och CMG-komplexet
+
+**Uppgift**  
+DNA-replikation är en noggrant reglerad process. I vilken fas av cellcykeln binder MCM-helikaset till replikationsorigin, och vilken funktion har detta komplex under replikationen? (4p)
+
+**Svar**  
+MCM-helikaset binder till replikationsorigin under G1-fasen när den lockas dit av ORC, och laddas av Cdc6 och Cdt1. Detta är möjligt under G1-fasen eftersom CDK-nivåerna är låga.  
+Under S-fasen höjs CDK-nivåerna vilket lockar dit Gins och Cdc45, som binder till det laddade MCM-helikaset och skapar ett komplett CMG-helikas som kan börja öppna upp dubbelsträngen. Replikationen sker under S-fasen, och det möjliggörs alltså av de höga nivåerna av CDK, vilket säkerställer att replikationen endast sker en gång under cellcykeln. Helikaset är ett motorprotein som glider längs med DNA-ryggraden av fosfatgrupper och bryter vätebindningarna mellan kvävebaserna genom hydrolys av ATP.  
+
+Ord: 98  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 9. Acetylering av histoner
+
+**Uppgift**  
+Histonmodifieringar spelar en viktig roll i kromatinets funktion. Vilken effekt har acetylering av histoner på kromatinstrukturen, och varför är detta viktigt för genuttryck? (4p)
+
+**Svar**  
+I nukleosomen finns bland annat dubbla uppsättningar av H3 och H4, och dessa 4 histoner har svansar av positivt laddade aminosyror (t.ex lysin och arginin) vid sin N-terminal. Dessa aminosyror binder till fosfatgrupperna på DNA:et ryggrad, eftersom fosfatgrupperna är negativt laddade. När svansarna blir acetylerade så neutraliseras de positiva laddningarna, och svansarna binder inte lika hårt till fosfatgrupperna. Detta möjliggör för enzymer att komma åt DNA:et, eftersom den inte är så hårt bunden till histonerna och möjliggör reglering av genuttryck (antingen mer eller mindre transkription beroende på gen och vilket enzym det handlar om).  
+
+Ord: 94  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 10. 5’-cap på eukaryot mRNA
+
+**Uppgift**  
+Vilken är den biologiska betydelsen av den 5’-cap som återfinns på mRNA i eukaryota celler? (4p)
+
+**Svar**  
+Så fort mRNA:et börjar komma ut från RNA polymeras II, så sätts det på en guaninmolekyl på 5'-ändan via en 5'-5' bindning. Detta gör att mRNA-sekvensen inte bryts ner och att transkriptionen kan fortgå. När transkriptionen är färdig och mRNA-sekvensen har fått sin poly(A)-svans på sin 3´-ända och ska translateras så krävs det att både 5´cap och poly(A) finns på mRNA:et för att det ska kännas igen av ribosomen och translateras. 5´-capen hämmar alltså nedbrytning av mRNA, och möjliggör intiering av translation (tillsammas med poly(A)-svansen).  
+
+Ord: 85  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 11. Lac-operonet – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka två påståenden om lac-operonet stämmer? (2p)
+
+- Lac-repressorn kan binda till operatorn också när det finns mycket glukos.  
+- Lac-operonet uttrycks alltid, oavsett närvaro av laktos.  
+- I närvaro av laktos binder allolaktos till repressorn och förhindrar dess bindning till DNA.  
+- CAP-proteinet förhindrar transkription av lac-operonet när glukos är frånvarande.  
+
+**Svar**  
+*(svar markerat i tentamen; gav 2/2 poäng)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 12. B-DNA – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka två påståenden om B-DNA (Watson–Crick helix) är korrekta? (2p)
+
+- Avståndet mellan baspar i helixen är 5,0 Å.  
+- Helixen är vänstervriden.  
+- De två strängarna i helixen löper i motsatta riktningar.  
+- Ett varv av DNA består av ungefär 10 baspar.  
+
+**Svar**  
+*(svar markerat i tentamen; gav 2/2 poäng)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 13. Den genetiska koden
+
+**Uppgift**  
+Describe the main features of the genetic code and explain their biological significance. (4p) Answer in English.
+
+**Answer**  
+The genetic code is that 3 codons on the mRNA, translates into 3 anti-codons on tRNA which gives the correct amino acid. Many amino acids has 3 codons that encode for them, because in case something goes wrong the correct amino acid binds anyway. Even the first base of the anticodon got what is called the Wobble effect, which means that for example Inosin there can bind to either A, C or U on the third base of codon. This enables that some errors in the genetic code does not lead to mutations because it bind the correct amino acid.  
+
+Ord: 100  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 14. Identifiera viktiga aminosyror med sekvensanalys
+
+**Uppgift**  
+Hur kan man identifiera viktiga aminosyror i ett protein när man bara har sekvensinformation från många olika organismer att tillgå? (4p)
+
+**Svar**  
+Sekvensanalys innebär att man kan identifiera viktiga aminosyror genom att jämföra sekvenser från flera olika organismer och hitta likheter mellan organismerna. Viktiga aminosyror, t.ex den katalytiska triaden i t.ex chymotrypsin tenderar att bevaras i organismer därför att det naturliga urvalet bevarar sekvenser som är gynnsamma för artens anpassning och överlevnad.  
+
+Ord: 50  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 15. Jonkanaler – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka två påståenden om jonkanaler är korrekta? (2p)
+
+- Transport sker alltid med en gradient.  
+- Na⁺-kanalen är mer selektiv än K⁺-kanalen.  
+- ATP driver transporten.  
+- De kan aktiveras genom ligandbindning.  
+
+**Svar**  
+*(svar markerat i tentamen; gav 2/2 poäng)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 16. Transporttyper – matchning
+
+**Uppgift**  
+Para ihop respektive molekyl med en typ av transport den kan genomgå. Varje alternativ får enbart användas en gång. (2p)
+
+- Glukos  
+- O₂  
+- K⁺  
+- Vatten  
+
+Transporttyper:
+
+- Sekundär aktiv transport  
+- Primär aktiv transport  
+- Passiv transport  
+- Fri diffusion  
+
+**Svar**  
+
+- Glukos → Sekundär aktiv transport  
+- O₂ → Fri diffusion  
+- K⁺ → Primär aktiv transport  
+- Vatten → Passiv transport (kanal/aquaporin)  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 17. Gibbs fria energi och temperatur
+
+**Uppgift**  
+Gibbs fria energi möjliggör att man kan förutsäga om en kemisk reaktion kan ske spontant. Ange vilka termer som ingår i formeln som beskriver förändringar i Gibbs fria energi. Förklara även hur ökad respektive minskad temperatur påverkar förändringen av Gibbs fria energi. (4p)
+
+**Svar**  
+I formeln för Gibbs fria energi ingår entalpi (H), entropi (S) och skilland i temperatur (delta T)  
+delta G= delta T * S + H  
+Ökad temperatur leder till mer rörelse, vilket leder till mer oordning alltså att entropin ökar.  
+Om entalpin är negativ så kan en liten temperaturökning få reaktionen att starta spontant (exergon reaktion). Gibbs fria energi är då fortfarande negativ.  
+Om entalpin är positiv så betyder det att det är en endergon reaktion, som inte kommer att ske spontant. Positiv entalpi och ökad temperatur och ökad oordning kommer att ge en positiv delta G, alltså har endergona reaktioner positivt delta G.  
+Sänkt temperatur leder till sänkt oordning, eftersom rörelsenergin minskar.  
+
+Ord: 113  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 18. Regenerering av chymotrypsin
+
+**Uppgift**  
+Chymotrypsin är ett enzym som använder kovalent katalys, vilken lämnar en kovalent bunden polypeptid till ett serin i enzymet efter att peptidbindningen har spjälkats. Redogör för den kemiska mekanism med vilken enzymet regenereras. (4p)
+
+**Svar**  
+Brevid serinet finns histidin, som en del av den katalytiska triaden (med bredvid menas endast i den katalytiska triaden, eftersom i primärstrukturen ligger serin och histidin inte brevid varandra). När en vattenmolekyl kommer in i den katalytiska klyftan så kommer histidinet att ta upp ett väte från vattenmolekylen, vilket aktiverar syremolekylen i vattnet. Syremolekylen utför en nukleofil attack på bindningen mellan serin och polypeptiden, och syret från vattnet binder till polypeptiden istället för serin. Detta gör att peptiden och OH-gruppen från vattnet lämnar den katalytiska klyftan, och att histidin donerar sitt väte som den tog från vattnet till serinet så att serin återgår till att ha en OH-grupp i sin sidokedja så att enzymet regenereras till sin ursprungsform.  
+
+Ord: 118  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 19. Km och Michaelis–Menten – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Ett enzym uppvisar Michaelis-Menten kinetik, vilket gör det möjligt att bestämma dess Km-värde. Km kan man använda för att förstå: (2p)
+
+- Hur snabbt det går för bundet substrat att bli omsatt till frisatt produkt.  
+- Hur sannolikt det är att substrat binder till enzymet.  
+- Hur bra ett enzym kan skilja mellan olika möjliga substrat.  
+- Hur sannolikt det är att substrat lossnar från enzymet när det har bundit.  
+
+**Svar**  
+*(svar markerat i tentamen; gav 2/2 poäng)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 20. ATP – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka två av följande påståenden stämmer för ATP? (2p)
+
+- När en fosfatgrupp frigörs från ATP ökar entropin.  
+- ATP kan bildas via substratnivåfosforylering från glukos 6-fosfat.  
+- Det frigörs lika mycket energi när ATP och GTP hydrolyseras.  
+- ATP har högre fosforyltransferpotential än fosfoenolpyruvat.  
+
+**Svar**  
+*(svar markerat i tentamen; gav 2/2 poäng)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 21. Alloster reglering
+
+**Uppgift**  
+A) Förklara vad som menas med allosterisk reglering.  
+B) Ge ett exempel på ett enzym i glykolysen som regleras allosteriskt och redogör för hur enzymets aktivitet ändras av regleringen.  
+(4p) Max 50 ord.
+
+**Svar**  
+A) När en molekyl binder till ett annat ställe på enzymet än på det aktiva sätet och ändrar enzymets form, vilket ändrar dess aktivitet.  
+B) Fosfofruktokinas I stimuleras vid allosterisk reglering av AMP och fruktos-2,6-bisfofat. Den hämmas vid allosterisk reglering av ATP och citrat.  
+
+Ord: 44  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 22. Glukoneogenes – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka två av nedanstående påståenden stämmer för glukoneogenes? (2p)
+
+- Glukoneogenes sker när hormonet insulin utsöndras.  
+- Aminosyrorna alanin och lysin är glukogena.  
+- Glukoneogenes sker under nattens fasta.  
+- Glukoneogenes regleras av fruktos 2,6-bisfosfat.  
+
+**Svar**  
+*(svar markerat i tentamen; gav 2/2 poäng)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 23. Glykogenmetabolism – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka två av följande påståenden relaterade till glykogenmetabolism är korrekta? (2p)
+
+- Stimuleras en skelettmuskelcell med hormonet adrenalin induceras glykogenes i cellen.  
+- Glykogen upplagrat i skelettmuskel används främst för att upprätthålla blodglukoskoncentrationen mellan måltider.  
+- Glukos-6-fosfat är slutprodukten vid glykogenolys i skelettmuskler.  
+- Glykogenin är ett enzym som är kovalent bundet till glykogen.  
+
+**Svar**  
+*(svar markerat i tentamen; gav 2/2 poäng)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 24. Glykogenolys – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka av följande faktorer stimulerar glykogenolys i en skelettmuskelcell? (2p)
+
+- Intracellulär signalering inducerad av hormonet adrenalin.  
+- Aktivering av proteinfosfatas 1 i cellen.  
+- En låg energistatus i cellen, vilket reflekteras av en förhöjd intracellulär koncentration av AMP.  
+- En förhöjd koncentration av ATP i cellen.  
+
+**Svar**  
+*(svar markerat i tentamen; gav 2/2 poäng)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 25. Enzymordning i katabolism – matchning
+
+**Uppgift**  
+I vilken ordning kommer glukos att stöta på nedanstående enzymer under sin väg i katabolismen? (2p)
+
+- succinyl-CoA syntetas  
+- glyceraldehyd 3-dehydrogenas  
+- malatdehydrogenas  
+- fosfoglyceratkinas  
+
+**Svar**  
+*(svar markerat i drag-och-släpp; gav 2/2 poäng)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 26. Metabol anpassning vid träning
+
+**Uppgift**  
+Redogör för två sätt som metabolismen ändras vid träning och hur ändringarna leder till förbättrad prestation. (4p) Max 120 ord.
+
+**Svar**  
+Laktat i muskeltyp IIb tas upp av hjärtat och av muskeltyp I, vilket gör att mängden laktat minskar i muskeltyp IIb så att anaerob metabolism kan fortgå längre. Hjärtats konkurrens om glukos minskar även då.  
+Laktat tas även upp av levern, och omvandlas till pyruvat, och sedan till glukos som går ut till blodet och tas upp av muskeltyp IIb och används i glykolysen. Detta kallas för Coricykeln. Båda dessa metabola vägar leder till förbättrad prestation, eftersom kroppen orkar hålla på under längre tid.  
+
+Ord: 84  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 27. Q-cykeln i elektrontransportkedjan
+
+**Uppgift**  
+I elektrontransportkedjan förekommer steg där elektrondonatorn och elektronacceptorn inte är bärare av lika många elektroner. Redogör för vad som händer vid ett sådant steg. (4p) Max 100 ord.
+
+**Svar**  
+Detta händer i komplex III i elektrontransportkedjan när coenzym Q ska donera 2 elektroner till cytokrom C som endast kan ta upp en elektron.  
+Q-cykeln:  
+QH₂ kommer till Q Cytokrom C oxidoreduktas (komplex III):  
+1 elektron tas upp av cytokrom C och ges till cytokrom C (elektronen transporteras till komplex IV)  
+1 elektron tas upp av Q som blir Q⁻  
+En annan QH₂ kommer in till komplex III  
+1 elektron tas upp av cytokrom C1 och ges till cytokrom C  
+1 elektron tas upp av Q⁻ blir till QH₂ (2 H⁺ tas upp från matrix)  
+
+Ord: 95  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 28. Enzymer mot ROS
+
+**Uppgift**  
+Vid reduktion av syre bildas små mängder reaktiva syreföreningar. Ange två enzymer som oskadliggör dessa. (2p) Max 10 ord.
+
+**Svar**  
+1. Glutation perioxidas  
+2. Superoxid dismutas  
+
+Ord: 6  
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 29. Nedbrytning av triacylglycerol i fettceller
+
+**Uppgift**  
+Beskriv hur triacylglycerol i fettceller bryts ner till fria fettsyror. (4p)
+
+**Svar**  
+Adrenalin eller glukagon inducerar intracellulära reaktioner via 7TM, vilket omvandlar ATP till cAMP. cAMP aktiverar proteinkinas A, som i sin tur aktiverar perilipin. Perilipin omarrangerar TAG så att ATGL kan klyva den första fettsyran (TAG blir DAG). Proteinkinas A aktiverar HS lipas som spjälkar den andra fettsyran (DAG till MAG). MAG lipas spjälkar den tredje fettsyran, så att det bara blir kvar glycerol.  
+
+Ord: 63  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 30. Reglering av hemesyntes
+
+**Uppgift**  
+Syntes av heme beror på kroppens järninnehåll. Beskriv hur hemesyntesen regleras. (4p)
+
+**Svar**  
+I första steget av hemesyntesen används enzymet ALA-syntas, och det är translationen av detta enzym som regleras.  
+Det finns ett järn-bindande protein som binder till mRNA:et som kodar för ALA-syntas vid frånvaro av järn. När det finns järn så binder järnet till järn-bindande proteinet, och får det att lossna från mRNA:et. Då kan mRNA:et translateras och ALA-syntas bildas. Järn sätts in i heme som sista steg vid syntesen, så det hade varit onödigt om alla syntes-steg skedde trots att det inte finns något järn.  
+
+Ord: 84  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 31. Alfa-ketosyra och transaminering
+
+**Uppgift**  
+Nämn en så kallad alfa-ketosyra, som via transaminering kan omvandlas till en aminosyra. Ange även vilken aminosyra som bildas från alfa-ketosyran, vad enzymet som katalyserar reaktionen heter, samt från vilken metabol väg alfa-ketosyran kan hämtas. (4p) Max 25 ord.
+
+**Svar**  
+Oxaloacetat (alfaketosyra) transamineras vid deaminering av glutamat (aminosyra), och bilda aspartat (aminosyra som bildas) och alfa-ketoglutarat (alfa-ketosyran som bildas)  
+Enzym: aspartataminotransferas (AST)  
+Alfa-ketosyran från citronsyracykeln  
+
+Ord: 25  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 32. Sjukdom kopplad till nukleotidnedbrytning
+
+**Uppgift**  
+Nämn en vanlig sjukdom som är relaterad till nedbrytning av nukleotider, samt ange vilken av de två huvudtyperna av nukleotider som har en koppling till denna sjukdom. (2p) Max 10 ord.
+
+**Svar**  
+Gikt, och puriner har en koppling till sjukdomen.  
+
+Ord: 8  
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 33. Pentosfosfatvägen
+
+**Uppgift**  
+Var i cellen sker pentosfosfatvägen, och vilken biomolekyl, som kan användas vid reduktiv biosyntes, kan bildas i denna väg? (2p) Max 10 ord.
+
+**Svar**  
+Pentosfosfatvägen sker i cytosolen, och bildar NADPH.  
+
+Ord: 7  
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 34. Reglering av kolesterolsyntes – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+På vilka två sätt regleras kolesterolsyntesens hastighet? (2p)
+
+- Via mängden aktivt 24-dehydrokolesterolreduktas, som styr aktiviteten i Kandutsch-Russel vägen för kolesterolsyntes.  
+- Via mängden aktivt HMG-CoA reduktas, som katalyserar bildningen av mevalonat.  
+- Via mängden aktivt squalenmonooxygenas, som katalyserar första steget i cykliseringen av squalen till lanosterol.  
+- Via mängden aktivt SLC25A1, ett transportprotein som transporterar citrat ut ur mitokondrien.  
+
+**Svar**  
+*(svar markerat i tentamen; gav 2/2 poäng)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 35. Ny kolesterolsänkande tablett – p-värde och konfidensintervall
+
+**Uppgift**  
+Du jämför ny kolesterolsänkande tablett mot standardbehandling. Efter tre månader görs t-test: p = 0,02, 95% KI för skillnaden 0,5–1,7 mmol/L.  
+A) Formulera nollhypotes och alternativhypotes.  
+B) Vilka slutsatser kan dras baserat på p-värdet och konfidensintervallet? (4p)
+
+**Svar**  
+A) Nollhypotes: Det finns ingen skilland mellan blodtryckssänkningen om standradbehandling eller den nya tabletten används  
+Alternativ hypotes: Det finns en skilland mellan blodtryckssänkningen om standradbehandling eller den nya tabletten används  
+B) Testet visar statistisk signifikans, eftersom p-värdet är lägre än 0,05 och konfidensintervallet inte innehåller siffran noll. Nollhypotesen kan därför förkastas.  
+
+Ord: 51  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 36. Plasmidkloning – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka två påståenden om plasmidkloning är korrekta? (2p)
+
+- När en miniprep görs centrifugeras lösningen direkt efter alkalisk lysering för att separera plasmider från bakterierester.  
+- IPTG används för att bryta ned X-gal vilket gör att kolonier som tagit upp plasmiden blir blå.  
+- LacZ-genen används för blåvit screening där vita kolonier indikerar rekombinant DNA och blå kolonier indikerar icke-rekombinant DNA.  
+- BamHI är ett restriktionsenzym som klyver DNA vid en specifik sekvens.  
+
+**Svar**  
+*(svar markerat i tentamen; gav 2/2 poäng)*  
+
+Totalpoäng: 2  

content/Biokemi/Gamla tentor/2024-12-20/35.md

@@ -2,4 +2,17 @@
 tags:
   - biokemi
   - provfråga
+  - introduktionslaboration
 ---
+**Uppgift**  
+Du jämför ny kolesterolsänkande tablett mot standardbehandling. Efter tre månader görs t-test: p = 0,02, 95% KI för skillnaden 0,5–1,7 mmol/L.  
+A) Formulera nollhypotes och alternativhypotes.  
+B) Vilka slutsatser kan dras baserat på p-värdet och konfidensintervallet? (4p)
+
+**Svar**  
+A) Nollhypotes: Det finns ingen skilland mellan blodtryckssänkningen om standradbehandling eller den nya tabletten används  
+Alternativ hypotes: Det finns en skilland mellan blodtryckssänkningen om standradbehandling eller den nya tabletten används  
+B) Testet visar statistisk signifikans, eftersom p-värdet är lägre än 0,05 och konfidensintervallet inte innehåller siffran noll. Nollhypotesen kan därför förkastas.  
+
+Ord: 51  
+Totalpoäng: 4  

content/Biokemi/Gamla tentor/2024-12-20/36.md

@@ -0,0 +1,18 @@
+---
+tags:
+  - biokemi
+  - provfråga
+  - plasmid
+---
+**Uppgift**  
+Vilka två påståenden om plasmidkloning är korrekta? (2p)
+
+- När en miniprep görs centrifugeras lösningen direkt efter alkalisk lysering för att separera plasmider från bakterierester.  
+- IPTG används för att bryta ned X-gal vilket gör att kolonier som tagit upp plasmiden blir blå.  
+- LacZ-genen används för blåvit screening där vita kolonier indikerar rekombinant DNA och blå kolonier indikerar icke-rekombinant DNA.  
+- BamHI är ett restriktionsenzym som klyver DNA vid en specifik sekvens.  
+
+**Svar**  
+*(svar markerat i tentamen; gav 2/2 poäng)*  
+
+Totalpoäng: 2  

content/Biokemi/Gamla tentor/2025-02-01/1.md

@@ -2,4 +2,15 @@
 tags:
   - biokemi
   - provfråga
+  - kemiska-bindingar
 ---
+**Uppgift**  
+Förklara vad som menas med att en molekyl är resonansstabiliserad och vad det innebär för molekylen. Illustrera med ett valfritt exempel. (4p) Max 30 ord. Illustrationen görs på ett separat papper.
+
+**Svar**  
+"Mellanläge" mellan enkelbindning och dubbelbindning, så styrkan på en resonansstabiliserad bindning är mellan enkelbindning och dubbelbindning. Atomer delar på elektronerna, så molekylen kan stabiliseras och finnas i flera konfigurationer.  
+
+*Ritning:* ATP med streckade bindningar mellan P–O som visar resonans (sid 8).
+
+Ord: 29  
+Totalpoäng: 4  

content/Biokemi/Gamla tentor/2025-02-01/2025-02-01-0035-UTD.md

@@ -0,0 +1,588 @@
+# LPG001 Biokemi med skannat papper – Omtentamen  
+*Kandidat 0035-UTD*  [oai_citation:0‡2025-02-01-0035-UTD.pdf](sediment://file_000000008ffc720eb3a0fb39aad4b892)  
+
+---
+
+## 1. Vätebindningar – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka två påståenden om vätebindningar är korrekta? (2p)
+
+- De stabiliserar primärstrukturen hos proteiner.  
+- De bildas mellan dipoler.  
+- Ju rakare bindning, desto svagare.  
+- Acceptoratomerna har hög elektronegativet.
+
+**Svar**
+
+*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 2. Proteinveckning – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka två av nedanstående påstående stämmer för proteinveckning? (2p)
+
+- Den är reversibel.  
+- Det är en ofördelaktig process.  
+- Den börjar på lokal nivå.  
+- En aminosyrasekvens veckas alltid till samma struktur.
+
+**Svar**
+
+*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 3. Alfahelix och hårnålsböj
+
+**Uppgift**  
+Ange två likheter och två skillnader mellan en alfahelix och en hårnålsböj (reverse turn). (4p)  
+Max 50 ord.
+
+**Svar**
+
+Alfahelixar har vätebindningar mellan var fjärde aminosyra, medan hårnålsböj har mellan var tredje.  
+Båda är en typ av primärstruktur.  
+Alfahelixar är ofta högervridna.  
+
+Ord: 23  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 4. Allosteriska regulatorer för hemoglobin
+
+**Uppgift**  
+A) Name two allosteric regulators of oxygen binding to hemoglobin.  
+B) Explain an outcome for each regulator.  
+(Max 100 words.) Please answer this question in English. (4p)
+
+**Answer**
+
+a) O₂ and CO₂  
+b)  
+O₂:  
+Hemoglobin has four subunits that bind to O₂ through cooperativity, meaning that if one subunit binds to an O₂, the other subunits' affinity for O₂ will increase, leading to all subunits binding to O₂. When O₂ binds, the state goes from T-state (deoxy; tense) to R-state (oxy; relaxed).  
+
+CO₂:  
+When CO₂ binds to hemoglobin, the hemoglobin's affinity to oxygen decreases, leading to a stabilization of the T-state instead.  
+
+Ord: 74  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 5. HIV-diagnostik med ELISA
+
+**Uppgift**  
+Du jobbar på labb över sommaren och har fått in en patient som du misstänker är smittad av HIV. (4p) Max 200 ord. (Lista A–B i ditt svar nedan!)
+
+A) Nämn en analysmetod som kan användas för att undersöka detta samt beskriv de olika stegen i metoden.  
+B) Vilken substans hos patienten undersöks med denna metod?
+
+**Svar**
+
+a) För att undersöka huruvida en patient är smittad av HIV eller inte, kan metoden indirekt ELISA användas. I denna metod har vi först en brunn med HIV-antigener. Prov från patienten tillsätts för att senare kunna se om dess antikroppar binder till antigenerna, och därefter sköljer vi för att undvika att oönskade substanser ska påverka resultatet. Senare tillsätts enzymbundna antikroppar till provet, och sedan sköljer vi igen. Efteråt tillsätts ett substrat som binder till enzymet. Om patienten har antikroppar, kommer patientens antikroppar ha bundit till antigenena och därmed kommer provet att färgas. Om patientens antikroppar inte binder, kommer vi inte få något färgämne, vilket tyder på att patienten inte har antikropparna och har därmed inte HIV.  
+
+b) antikroppar  
+
+Ord: 118  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 6. Glykolipid i cellmembran
+
+**Uppgift**  
+Du gör forskar-ST inom infektionsmedicin och studerar hur Helicobacter pylori binder till glykolipider. Du ritar upp en glykolipid i cellmembranet och markerar hur den del som sitter på utsidan är den bakterierna binder till. Principiell struktur räcker. (4p)
+
+**Svar**
+
+.  
+
+*Ritning:* På ritningen (sida 11) visas ett cellmembran med glykolipider: hydrofila huvuden utåt, hydofoba fettsyrasvansar i membranet och en kolhydrat kopplad via glycerol (kommentar: ”kan också vara sfingosin”).  
+
+*Lärarens kommentar:* Det absolut vanligaste är att glykolipider har sfingosin som bas och inte glycerol, och när man säger glykolipid utan att specificera mer så menar man nästan alltid de med sfingosin som bas.  
+
+Ord (textsvar): 1  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 7. Glykogen vs stärkelse
+
+**Uppgift**  
+Glukos lagras hos människan i form av glykogen. Hos växter lagras glukos som stärkelse. Beskriv skillnader och likheter mellan glykogen och stärkelse. (4p)
+
+**Svar**
+
+Båda är långa kedjor av kolhydrater. Skillnaden är dock att glykogen består av förgrenade kedjor där vi har 1,4-glykosidbindningar mellan linjära delar, och 1,6-glykosidbindningar mellan förgreningar. Stärkelse är en enda linjär kedja som inte förgrenas.  
+
+Ord: 35  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 8. Ribo- vs deoxyribonukleotider
+
+**Uppgift**  
+Nukleotider är de byggstenar som bygger upp både DNA och RNA. Vilken kemisk grupp finns i 2'-position hos ribonukleotider, och hur skiljer sig denna från deoxyribonukleotider? (4p)
+
+**Svar**
+
+I ribonukleotider finns en OH-grupp på 2'-kolet, vilket inte finns på deoxyribonukleotider då dessa inte är bundna till något på 2'-kolet.  
+
+Ord: 21  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 9. Eukaryot DNA-replikation – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka två påståenden om eukaryot DNA-replikation är korrekta? (2p)
+
+- ORC binder till replikationsorigin under hela cellcykeln.  
+- DNA-syntes initieras i M-fas.  
+- CMG-komplexet bildas genom bindning av MCM, GINS och Cdc45.  
+- MCM-helikaset är aktivt under hela cellcykeln.
+
+**Svar**
+
+*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 10. Kromatin – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka två påståenden om kromatin är korrekta? (2p)
+
+- Histon H1 binder linker-DNA och stabiliserar nukleosomen.  
+- Kromatin består endast av DNA.  
+- Acetylering av histoner leder till en mer kondenserad kromatinstruktur.  
+- Kromatin finns endast i eukaryota celler.
+
+**Svar**
+
+*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 11. Telomeras och kromosomernas integritet
+
+**Uppgift**  
+Telomeras är ett enzym som spelar en viktig roll i bevarandet av kromosomernas integritet under DNA-replikation. Vad gör telomeras, och varför är det viktigt för celler som delar sig ofta, som stamceller och könsceller? (4p)
+
+**Svar**
+
+Vid replikation av DNA har vi en ledande sträng som syntetiseras kontinuerligt, och en lagging sträng som syntetiseras i olika fragment kallade Okazakifragment. Då replikationen sker i 5'- till 3'-riktning, måste Okazakifragmenten ha olika RNA-primers som de startar vid. Just här uppstår ett problem, då vi inte kan lägga till primers på ändarna, så lagging strand kommer inte kunna syntetisera där. I normala fall leder detta till att DNA förkortas efter varje replikation. Men i celler som stamceller och cancerceller kommer telomeraset att ha med sig en egen RNA-mall och utför omvänd transkriptas, det vill säga att göra RNA till DNA. Så telomeraset kommer att förlänga ändarna med en repeterande sekvens. Det som händer då är att vid nästa replikation kommer DNA att förkortas vid de sekvenserna som lades till av telomeraset, men ingen viktig information kommer att tas bort. Detta utnyttjas av stamceller och cancerceller för att cellerna ska kunna dela sig utan att dö eller tappa viktiga gener.  
+
+Ord: 159  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 12. RNA-splicing – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka två påståenden om RNA-splicing är korrekta? (2p)
+
+- Spliceosomen består av både RNA och proteiner.  
+- Splicingprocessen sker i cellens cytoplasma.  
+- Splicing sker endast i prokaryoter.  
+- En lariatstruktur bildas.
+
+**Svar**
+
+*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 13. Allolaktos och lac-operonet
+
+**Uppgift**  
+Lac-operonet reglerar nedbrytningen av laktos i bakterier. Vilken roll spelar allolaktos vid lac-operonet, och hur påverkar detta transkriptionen av generna som är inblandade i laktosmetabolismen? (4p)
+
+**Svar**
+
+Allolaktos är en korepressor som binder till repressorn på lac-operonet vid närvaro av laktos. När allolaktos binder, kommer repressorn att flyttas och därmed kommer gener som kodar för enzymer som bryter ner laktos att kunna transkriberas.  
+
+Ord: 36  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 14. Aminoacyl-tRNA-syntetaser
+
+**Uppgift**  
+Aminoacyl-tRNA synthetases have an activation site and an editing site. Account for their function in translation. (4p) Please answer this question in English.
+
+**Answer**
+
+The activation site of the Aminoacyl-tRNA synthetase is responsible for adding an amino acid to the tRNA that carries the right anticodon. The binding of the amino acid and tRNA is then controlled by the editing site. If the wrong amino acid is added, the binding between the amino acid and tRNA is cleaved, and a new amino acid gets added by the activation site to the tRNA.  
+
+Ord: 68  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 15. Evolutionens principer
+
+**Uppgift**  
+Redogör för de två viktigaste principerna som förklarar hur nya egenskaper kan utvecklas i ett evolutionärt sammanhang samt hur de två principerna är beroende av varandra. (4p)
+
+**Svar**
+
+De två viktigaste principerna är variation och naturligt urval.  
+I en population förekommer en genetisk variation mellan individerna. Den genetiska variationen beror på mutationer bland annat. Alla individer har inte samma egenskaper och är därför olika anpassade efter miljön som dessa lever i. De individer som är bäst anpassade till miljön kommer ha en större chans att utnyttja resurserna och kunna överleva samt föröka sig och föra vidare sina gynnsamma gener. Detta i sin tur är kallat naturligt urval där miljön "selekterar" de bäst anpassade.  
+Exempel på det är hur giraffens långa hals kan ha uppstått. I en giraffpopulation förekom en genetisk variation med giraffer som hade både korta och långa halser. I en miljö med korta träd kunde båda nyttjas, men i samband med att träden blev allt högre, kunde de som hade långt hals nå upp och utnyttja det. Dessa blev de bäst anpassade och därmed överförde vidare de gynnsamma generna, medan de som hade kort hals kunde inte utnyttja resurserna på samma sätt i just den specifika miljön.  
+
+Ord: 171  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 16. Transportprotein (bildfråga)
+
+**Uppgift**  
+Proteinet på bilden utför transport.  
+A) Vilken klass av transportörer tillhör proteinet?  
+B) Var i cellen finns proteinet?  
+C) Vad driver transporten?  
+(4p) Max 40 ord.
+
+**Svar**
+
+a) Uniport  
+b) Cellmembranet  
+c) ATP  
+
+Ord: 6  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 17. Perifera membranproteiner
+
+**Uppgift**  
+Perifera membranproteiner kan vara bundna till cellmembranet på flera olika sätt. Beskriv tre olika varianter. (4p)
+
+**Svar**
+
+Genom GPI-ankare  
+Genom glykolipider  
+
+Ord: 4  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 18. Entalpi
+
+**Uppgift**  
+Redogör för begreppet entalpi. Vilka termer/aspekter ingår och hur kan man använda entalpiförändringar för att förutse benägenheten för en viss biokemisk reaktion att ske? (4p)
+
+**Svar**
+
+Entalpi är skillnaden mellan produkternas och reaktanternas energi i en reaktion. Om entalpivärdet är positivt, innebär det att reaktionen kommer kräva energitillförsel, då produkterna kommer ha högre energi än reaktanterna. Om entalpivärdet är negativt innebär det att reaktionen kan ske spontant då det frigörs energi och det är därmed fördelaktig.  
+
+Ord: 50  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 19. Initialhastighet – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Fördelen med att mäta den initiala hastigheten V i början av en reaktion är att (välj två av nedanstående): (2p)
+
+- Förändringar i [S] är försumbara, så [S] kan behandlas som en konstant.  
+- Produktinhibering kan då inte påverka hastigheten.  
+- Förändringar i Km är försumbara, så Km kan behandlas som en konstant.  
+- Variationer av [S] har ingen effekt på V₀.  
+
+**Svar**
+
+*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 20. Katalytisk klyfta hos enzymer
+
+**Uppgift**  
+Enzymer har ofta en katalytisk klyfta där den katalyserade reaktionen sker. Redogör för två olika kemiska fördelar med detta. (4p)
+
+**Svar**
+
+Den katalytiska klyftan har både liten storlek och en hydrofob miljö.  
+Den lilla storleken är fördelaktig då denna ger den katalytiska klyftan en hög selektivitet. Den hydrofoba miljön utesluter vatten så det inte kan påverka katalysreaktionen.  
+
+Ord: 36  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 21. Molekyler med B-vitamin – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka två av nedanstående molekyler innehåller delar från en B-vitamin? (2p)
+
+- Cyt c  
+- ATP  
+- CoA  
+- NADH  
+
+**Svar**
+
+*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 22. Glykolysen – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka två av nedanstående påståenden stämmer för glykolysen? (2p)
+
+- När glukos fosforyleras av hexokinas kan produkten enbart användas i glykolysen.  
+- För varje glukosmolekyl bildas 4 ATP.  
+- Den sker i cellens cytoplasma.  
+- Den kräver syre.  
+
+**Svar**
+
+*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 23. Hormonell reglering av glukosmetabolismen
+
+**Uppgift**  
+Redogör för hur glukosmetabolismen regleras på hormonell nivå. (4p) Max 150 ord.
+
+**Svar**
+
+Glukagon aktiverar glukoneogenesen, det vill säga återbildning av glukos. Detta då glukagon aktiverar cAMP som fosforylerar PKA. PKA, i sin tur, fosforylerar Fosfofruktokinas 2 (PFK2) /fruktos-2,6-bisfosfatas (FBPase-2). Vid fosforylering kommer PFK2-delen att hämmas, samtidigt som FBPase-2-delen aktiveras. När FBPase-2 är aktivt, kommer fruktos-2,6-bisfosfat att brytas ner. Då fruktos-2,6-bisfosfat är en allosterisk regluator som aktiverar fosfofruktokinas 1 i glykolysen, kommer glykolysen att hämmas då f-2,6-bp kommer att brytas ned.  
+Om insulin är dominerande, kommer det däremot signalera defosforylering som medför att PFK2 blir aktivt och bilda fruktos-2,6-bisfosfat som kan stimulera glykolysen.  
+(Sen tror jag också att även glukokinas i levern regleras hormonellt där insulin aktiverar och glukagon hämmar)  
+
+Ord: 107  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 24. Glykogen i lever vs skelettmuskel
+
+**Uppgift**  
+Hur skiljer sig glykogenets huvudsakliga funktion i levern från dess funktion i skelettmuskulaturen? Vilket enzym är avgörande för denna skillnad och i vilken av vävnaderna uttrycks det? (4p) Max 50 ord.
+
+**Svar**
+
+Glykogenet i levern utnyttjas för att reglera blodglukosnivån mellan måltider, medan i skelettmusklerna fungerar det som energilager för själva muskeln.  
+Detta då levern har enzymet glukos-6-fosfatas som kan defosforylera glukos-6-fosfat till glukos, medan skelettmusklerna saknar det enzymet.  
+
+Ord: 37  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 25. Dehydrogenaser i citronsyracykeln
+
+**Uppgift**  
+I citronsyracykeln deltar fyra dehydrogenaser.  
+A) Vad gör ett dehydrogenas?  
+B) Vilka två av de fyra dehydrogenaserna utför också en annan gemensam reaktion?  
+C) Vilken är den andra gemensamma reaktionen?  
+(4p) Max 30 ord.
+
+**Svar**
+
+a) Tar bort väte  
+b) Isocitratdehydrogenas och alfa-ketoglutaratdehydrogenas  
+c) Dekarboxylering; frigör CO₂  
+
+Ord: 12  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 26. Reglering av acetyl-CoA-karboxylas
+
+**Uppgift**  
+Beskriv hur acetyl-CoA karboxylas regleras. (4p)
+
+**Svar**
+
+Insulin stimulerar enzymet medan glukagon hämmar.  
+Enzymet är aktivt i dess defosforylerade form, och insulin stimulerar defosforylering.  
+Acetyl-CoA-karboxylas fosforyleras när glukagon är dominerande, och därmed hämmas enzymet av glukagon.  
+Feedforwardreglering av pyruvat där höga mängder pyruvat hämmar och låga mängder stimulerar.  
+
+Ord: 41  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 27. Andningskedjan – redoxpotential – drag-och-släpp
+
+**Uppgift**  
+Rangordna nedanstående komponenter i andningskedjan från lägst till högst redoxpotential. (2p)  
+
+Börja med lägst redoxpotential:
+
+- NADH  
+- FADH₂  
+- cytokrom c  
+- O₂  
+
+**Svar**
+
+*(svar markerat i tentamen; dra-och-släpp)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 28. Protoner och ATP-syntas
+
+**Uppgift**  
+Redogör för ett skäl till att man inte kan säga exakt hur många protoner som behöver förflyttas över mitokondriens inre membran för varje ATP som bildas av ATP-syntaset. Förklara också hur protonerna förflyttas i ATP-syntaset. (4p) Max 80 ord.
+
+**Svar**
+
+Det beror på mängden syre som är tillgängligt, då ATP-syntes sker genom oxidativ fosforylering vilket kräver syre.  
+H⁺ kommer att interagera med aminosyrorna i C-subenheterna vilket medför en konformationsändring i gamma-stjälken som håller ihop F₁ och F₀. Stjälken kommer att rotera och släppa igenom H⁺.  
+
+Ord: 45  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 29. Ureacykeln – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka två av följande påståenden relaterade till ureacykeln är korrekta? (2p)
+
+- Nedsatt funktion av enzymer som verkar i ureacykeln leder till förhöjda plasmanivåer av ammoniak.  
+- Ureacykeln sker i ibland i muskel när denna vävnad använder sig av aminosyror som energikälla.  
+- De två kväveatomer som slutligen hamnar i urea har förts in i ureacykeln via karbamoylfosfat och aspartat.  
+- Ureacykelns huvudsakliga funktion är att omvandla urea, som bildas vid nedbrytning av tex aminosyror, till ammoniak som kan utsöndras med urinen.  
+
+**Svar**
+
+*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 30. Aminosyrametabolism – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Vilka två av följande påståenden relaterade till aminosyrametabolism är korrekta? (2p)
+
+- Glutamat och serin utgör de två viktigaste transportformerna av kväve från extrahepatiska vävnader till levern.  
+- Vid nedbrytning av flera olika aminosyror hamnar deras aminogrupper i glutamat, som i sin tur är molekylen som kan avge aminogruppen som ammoniak i levercellernas mitokondrier.  
+- Rent ketogena aminosyror kan omvandlas till oxaloacetat.  
+- Vid leverskada ses oftast förhöjda plasmanivåer av två aminotransferaser, alaninaminotransferas och aspartataminotransferas.  
+
+**Svar**
+
+*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 31. Nukleosid och nedbrytning
+
+**Uppgift**  
+Namnge en nukleosid och ange i vilken molekyl merparten av nukleosidens kväveatomer hamnar när den bryts ned. Molekylen utsöndras slutligen med urinen. (2p) Max 10 ord.
+
+**Svar**
+
+Adenosin. Hamnar i Urat  
+
+Ord: 4  
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 32. Pentosfosfatvägen – integrerade vägar
+
+**Uppgift**  
+Nämn två metabola vägar som är integrerade med pentosfosfatvägen eftersom de sker i samma del av cellen och har gemensamma intermediärer. (2p) Max 10 ord.
+
+**Svar**
+
+Glykolysen och glukoneogenesen  
+
+Ord: 3  
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 33. Reglering av intracellulärt kolesterol
+
+**Uppgift**  
+Beskriv två huvudsakliga och principiellt olika sätt, på vilka cellen reglerar mängden fritt intracellulärt kolesterol. (4p)
+
+**Svar**
+
+Kolesterolhalten intracellulärt kan regleras genom bl.a. intag från ECM om kolesterolhalten är låg, eller utsläpp till ECM om kolesterolhalten är hög intracellulärt.  
+Kolesterol kan även förestras.  
+
+Ord: 26  
+Totalpoäng: 4  
+
+---
+
+## 34. Hb-värden och normalfördelning – flervalsfråga
+
+**Uppgift**  
+Du arbetar som läkare och följer upp hemoglobin (Hb) hos 200 patienter behandlade för järnbrist. Hb följer en normalfördelning med medelvärde 130 g/L och standardavvikelse 10 g/L.  
+Vilka två av följande påståenden är korrekta? (2p)
+
+- Cirka 68% av patienterna har ett Hb mellan 120 och 140 g/L.  
+- Standardavvikelsen beskriver hur spridda Hb-värdena är kring medelvärdet.  
+- Cirka 99% av patienterna har ett Hb under 120 g/L.  
+- Cirka 95% av patienterna har ett Hb mellan 100 och 200 g/L.  
+
+**Svar**
+
+*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*  
+
+Totalpoäng: 2  
+
+---
+
+## 35. Plasmidkonformationer och gelelektrofores
+
+**Uppgift**  
+Explain how gel electrophoresis can be used to analyze different conformations of plasmid DNA. Discuss how the migration patterns of these conformations differ and how comparing them with the ladder (marker) helps interpreting the gel results and understand the structure of the plasmid DNA. (4p) Max 150 words. Answer in English.
+
+**Answer**
+
+The electrophoresis has two differently charged ends, one positive and one negative. The plasmids get injected into the gel electrophoresis in a well from the negatively charged end. When we then give it a current, the plasmids will travel to the positive end (because DNA is negative). The bigger the plasmid is, the further it will travel, because it has more negative charges than a small one. Supercoiled and circular DNA will meet different amount of friction, since they have different forms, which will result in one traveling further than the other even though they have the same size.  
+The marker will help identify how many base pairs the plasmid have. But if we analyze two of the same plasmids and they travel different distances, then it means that they have different conformations where one is supercoiled and the other is circular. The circular meets more friction.  
+
+Ord: 147  
+Totalpoäng: 4  

content/Biokemi/Gamla tentor/2025-02-01/34.md

@@ -2,4 +2,19 @@
 tags:
   - biokemi
   - provfråga
+  - introduktionslaboration
 ---
+**Uppgift**  
+Du arbetar som läkare och följer upp hemoglobin (Hb) hos 200 patienter behandlade för järnbrist. Hb följer en normalfördelning med medelvärde 130 g/L och standardavvikelse 10 g/L.  
+Vilka två av följande påståenden är korrekta? (2p)
+
+- Cirka 68% av patienterna har ett Hb mellan 120 och 140 g/L.  
+- Standardavvikelsen beskriver hur spridda Hb-värdena är kring medelvärdet.  
+- Cirka 99% av patienterna har ett Hb under 120 g/L.  
+- Cirka 95% av patienterna har ett Hb mellan 100 och 200 g/L.  
+
+**Svar**
+
+*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*  
+
+Totalpoäng: 2  

content/Biokemi/Gamla tentor/2025-02-01/35.md

@@ -2,4 +2,15 @@
 tags:
   - biokemi
   - provfråga
+  - plasmid
 ---
+**Uppgift**  
+Explain how gel electrophoresis can be used to analyze different conformations of plasmid DNA. Discuss how the migration patterns of these conformations differ and how comparing them with the ladder (marker) helps interpreting the gel results and understand the structure of the plasmid DNA. (4p) Max 150 words. Answer in English.
+
+**Answer**
+
+The electrophoresis has two differently charged ends, one positive and one negative. The plasmids get injected into the gel electrophoresis in a well from the negatively charged end. When we then give it a current, the plasmids will travel to the positive end (because DNA is negative). The bigger the plasmid is, the further it will travel, because it has more negative charges than a small one. Supercoiled and circular DNA will meet different amount of friction, since they have different forms, which will result in one traveling further than the other even though they have the same size.  
+The marker will help identify how many base pairs the plasmid have. But if we analyze two of the same plasmids and they travel different distances, then it means that they have different conformations where one is supercoiled and the other is circular. The circular meets more friction.  
+
+Ord: 147  
+Totalpoäng: 4  

content/Biokemi/Plasmidlabb/Förståelse.md

@@ -12,4 +12,78 @@ Klyvning kan ge två typer av ändar: sticky ends (överhängande ändar) och bl
 
 E. coli används eftersom den växer snabbt, är lätt att odla och genetiskt manipulera, och vi känner dess genom mycket väl.
 
+### Dag 1 & 2:
+- Genen lacZ i E. coli kodar för enzymet β-galaktosidas
+- IPTG är en inducer som behövs för att slå på lacZ, så att enzymet faktiskt bildas
+- X-gal är ett konstgjort substrat, som blir blått när de klyvs av β-galaktosidas
+- X-gal och 5-Bromo-4-Chloro-3-Indolyl β-D-Galactopyranoside är samma sak
+- Normalt klyver enzymet β-galaktosidas X-gal → blått färgämne bildas
+- För att substratet ska bli blått krävs lacZ, IPTG och X-gal. Saknas några av dem blir det inte blått
+- Ampicillin dödar bakterier som inte har plasmiden, så bara de vi vill studera överlever.
+- Heat-shock 0->37 grader skapar en tryckskillnad och öppnar porer i membrandet så plasmid-DNA kan ta sig in i cytoplasman
+	- Nerkylning direkt efteråt gör att de stannar kvar
+- LB-plattan är både odlingsmedium och selektions-/screeningsverktyg
+	- näring (aminosyror, mineral, salt, tillväxtfaktorer osv)
+	- ampicillin dödar allt utan plasmid
+	- IPTG slår på lacZ
+	- X-gal infärgning
 
+### Dag 3
+
+#### A. Förbered plasmiden
+
+Cellerna centrifugeras, spräcks och plasmiden separeras från cellskräpet. Plasmiden fångas sedan upp i en spin-kolonn, tvättas ren och sköljs ut i en ny tub.
+
+![[Pasted image 20251128104012.png]]
+
+Vi har två lösningar i separata falkonrör, en blå (utan våran insert) och en vit (med vår insert). Upprepa alla stegen för varje lösning.
+
+| Steg            | Input                | Output                                 | Kort beskrivning                                                |
+| --------------- | -------------------- | -------------------------------------- | --------------------------------------------------------------- |
+| 1. Pelletera    | Bakteriekultur       | Cellpellet + borttagen supernatant     | Celler centrifugeras ned till botten.                           |
+| 2. Lös upp      | Cellpellet + A1      | Jämn cellsuspension                    | Löser upp pelleten så lysering kan fungera.                     |
+| 3. Lysera       | Cellsuspension + A2  | Lyserad lösning                        | Cellmembran öppnas, plasmid + DNA/proteiner frigörs.            |
+| 4. Neutralisera | Lyserad lösning + A3 | Fällt skräp + plasmid i lösn.          | Stora DNA/proteiner klumpar ihop sig. Plasmiden stannar löslig. |
+| 5. Centrifugera | Neutraliserad mix    | Pellet (skräp) + supernatant (plasmid) | Plasmiden separeras från cellskräp.                             |
+| 6. Ladda kolumn | Supernatant          | Plasmid bundet till kolumn             | Plasmiden fastnar på membranet; skräp rinner igenom.            |
+| 7. Tvätta       | Kolumn + A4          | Renad kolumn                           | Tar bort salter, proteiner och kvarvarande föroreningar.        |
+| 8. Torka kolumn | Tvättad kolumn       | Torr kolumn                            | Extra spinn för att avlägsna etanolrester.                      |
+| 9. Skölj        | Kolumn + vatten      | Ren plasmid-DNA i eppendorf            | Vattnet löser av plasmiden från membranet.                      |
+Vi får nu ut en ren plasmid
+
+#### B. klyv plasmiden med BamHI och jämför den med en oklippt kontroll.
+
+Skapa en BamHI-enzym som kan klippa plasmiden, klipp plasmiden och tillsätt färgnings
+
+Master solution:
+- vatten, buffert och enzym blandas in
+
+Digested = cut = plasmid som har blivit klippt vid BamHI-sajten
+Cybr safe gör det synligt i UV-ljus utan att vara cancerframkallande
+loading dye gör att vi kan se vad vi pipeterar in i elektroforesen i nästa steg
+
+![[Pasted image 20251128104645.png]]
+
+
+| Steg                          | Input                     | Output                           | Kort beskrivning                                     |
+| ----------------------------- | ------------------------- | -------------------------------- | ---------------------------------------------------- |
+| 1. Gör BamHI-mastermix        | H₂O + 10× buffer + BamHI  | Färdig enzymmix                  | Blandar så alla prover får samma enzym och buffer.   |
+| 2. Fördela plasmider          | Plasmid-DNA               | Tub “white-cut” + tub “blue-cut” | Flyttar plasmiderna till nya rör för klippning.      |
+| 3. Tillsätt master + inkubera | Plasmid + BamHI-mastermix | Digesterat (klippt) DNA          | Enzymet klipper plasmiden vid BamHI-sajten.          |
+| 4. Tillsätt loading dye       | Klippt DNA + dye          | Färdiga “cut”-prover för gel     | Gör proverna tyngre och synliga i gelen.             |
+| 5. Gör oklippta kontroller    | Plasmid + loading dye     | “white-uncut” + “blue-uncut”     | Referensprover som visar hur odigesterat DNA ser ut. |
+
+Du blandar en BamHI-lösning, blandar den med plasmiderna och låter enzymet klippa DNA:t vid 37 °C. Sedan tillsätter du loading dye och gör även två oklippta kontroller för jämförelse i gelen.
+
+
+#### Steg 3
+
+Elektrofoera och läs av i UV-ljus
+
+![[Pasted image 20251128104949.png]]
+
+| Steg                         | Input                       | Output                           | Kort beskrivning                              |
+| ---------------------------- | --------------------------- | -------------------------------- | --------------------------------------------- |
+| 7. Ladda prover              | Marker + cut/uncut-prover   | Gel med laddade prover           | Proverna placeras i rätt ordning i brunnarna. |
+| 8. Kör elektrofores          | Gel i tank + 120 V          | Separering av DNA-fragment       | DNA vandrar efter storlek genom gelen.        |
+| 9. Fotografera               | Färdigkörd gel              | UV-bild med DNA-band             | Bandmönstret visar plasmidens storlek/insätt. |