update

content/Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Slides.md

@@ -0,0 +1,112 @@
+
+# Kromosomer och kromatin
+
+## Grundprincip
+- Nukleärt DNA är organiserat i kromosomer.  
+- I kärnan är DNA bundet till proteiner → **kromatin**.
+
+---
+
+# Upptäckten av nukleosomen
+
+## Experimentet som avslöjade nukleosomen
+1. Isolera kärnor  
+2. Klyv med ospecifikt endonukleas (DNase I)  
+3. Analysera fragmenten med gelelektrofores  
+
+**Resultat:**  
+- Små ”pärlor” innehöll DNA (150–200 bp) + proteiner → **histoner**.
+
+---
+
+# Histoner
+
+## Evolutionär konservering
+- De små pärlorna visade sig innehålla en grupp **högt konserverade proteiner**.  
+- Exempel: histon H4 skiljer sig med endast **två aminosyror** mellan gröna ärtor och kor.  
+- Evolutionär distans: **≈1,3 miljarder år**.
+
+---
+
+# Nukleosomen
+
+## Nucleosome core particle
+En nukleosom består av:
+- **2 × H2A**
+- **2 × H2B**
+- **2 × H3**
+- **2 × H4**
+
+Totalt: **8 proteiner (histonoktamer)**  
+DNA: **146 bp** virat **1,75 varv** runt oktameren.
+
+---
+
+## Histon H1
+- Ett femte histon som binder till **linker-DNA**.  
+- Mindre konserverat.  
+- Har en **stabiliserande effekt** på nukleosomen.
+
+---
+
+# Kromatinets funktionella betydelse
+- När DNA täcks av histoner → **repressiv effekt**.  
+- DNA måste öppnas för processer som:
+  - DNA-replikation  
+  - Transkription  
+
+---
+
+# Histonsvansar
+
+## Struktur
+- N-terminala delar (främst H3 och H4) sticker ut från nukleosomen.  
+- Dessa svansar påverkar hur hårt histoner binder DNA.
+
+## Modifieringar
+- Modifieringar alters styrka i bindningen:
+  - **Acetylering**  
+    - Neutraliserar positiva laddningar på lysin/arginin  
+    - → svagare bindning till negativ DNA-ryggrad  
+  - **Metylering**  
+  - Flera andra modifieringar förekommer  
+
+### Funktion
+- Modifieringar kan **aktivera eller repressa** genuttryck.  
+- Detta är **epigenetisk reglering** → styrning utan förändring i DNA-sekvensen.
+
+---
+
+# Histonkoden
+- Den specifika **kombinationen** av modifieringar är avgörande.  
+- Kallas populärt **”histonkoden”**.
+
+---
+
+# Histoner vid DNA-replikation
+- Nukleosomer tas bort av replikationsmaskineriet och byggs om direkt bakom replikationsgaffeln.  
+- Gamla histoner fördelas **jämnt** mellan de två dottersträngarna.  
+- Detta ger **semikonservativ nedärvning** av epigenetiska markeringar.  
+- Specialiserade proteinmaskiner reglerar modifieringar (mer i termin 3).
+
+---
+
+# Kromatinets organisation i högre nivåer
+
+## Organisation
+- **A:** 30 nm-fiber i interfas-kromosom  
+- **B:** Nukleosomer längs DNA  
+
+## Loopar och protein-ställningar
+- DNA organiseras även i **loopar**, som fästs vid proteinstrukturer.  
+- Loopars aktivitet kan regleras via:
+  1. **Histonmodifieringar**  
+  2. **Topoisomeraser**
+
+Dessa styr **åtkomlighet och packning** av det genetiska materialet.
+
+---
+
+# Sammanfattning
+- Flera nivåer av DNA-packning krävs för att få plats i cellkärnan.  
+- Reglering sker både via histonmodifieringar och strukturell organisering av kromatin.