jdahlin/medical-notes
1
0
Fork 0
Code Actions Activity

vault backup: 2025-11-20 16:15:04

Browse Source
This commit is contained in:
Johan Dahlin
2025-11-20 16:15:04 +01:00
parent 11066775de
commit 07d000610b
2 changed files with 56 additions and 6 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

30
content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md Normal file
View File

@@ -0,0 +1,30 @@
Det sitter 3 fosfatgrupper i 5'-änden
En fosfodiesterbrygga är bindningen som kopplar ihop nukleotider i DNA och RNA. Den bildas när 3’-OH på en sockergrupp binder till 5’-fosfatet på nästa nukleotid.
För varje nukleotid som sätts på kedjan krävs en ATP, en fosfatgrupp går in i fosfodiesterbryggan, 2 fosfatgrupper spjälkas bort som energi
RNA kopieras av mallsträngen, den får information som är identisk till den kodande strängen.
RNA-polymeras öppnar upp DNA-strängen så RNA kan replikeras
RNA-polymeras öppnning är ~17 baspar lång, för att ge lagom plats för mallsträng, aktivt säte och växande RNA, utan att kosta mer energi än nödvändigt.
NTP-kanalen är en smal, laddad tunnel som leder fria nukleotider rätt in till det aktiva sätet och ökar träffsäkerheten via elektrostatiska interaktioner.
Ribosomen är uppbyggd av ribosomalt RNA (rRNA)
RNA-polymeras II ger upphov till ribosomalt RNA (rRNA)
RNA-polymeras II är viktigast eftersom det gör **mRNA**, alltså utgångspunkten för alla proteiner. Det driver därmed huvuddelen av genuttrycket.
TATA-boxen består av en sekvens av AT-nukleotider med lägre smältpunkt (2 isf 3 vätebindingar)
Promotor är den region av DNA som RNA polymeraset binder vid för att börja transkriptionen
RNA-polymeras behöver hjälp att hitta startpunkten, och detta sker via promotorn, särskilt TATA-boxen och de basala transkriptionsfaktorerna
De basala transkriptionsfaktorerna är: TFIID, TFIIA, TFIIB, TFIIE, TFIIF och TFIIH.
TATA-boxen i promotorn ligger typiskt –25 till –30 baspar uppströms om transkriptionsstart
De viktigaste transkriptionsfaktorerna är TFIID och TFIIH
TFIID är transkriptionsfaktorn som startar transkriptionen
TFIIH är transkriptionsfaktorn som startar elongeringen
Elongering är fasen där RNA-polymeras rör sig längs DNA och förlänger RNA-kedjan genom att bygga in fler nukleotider.
Första steget vid initiering av transkription tas när det TATA-bindande proteinet (TBP) binder in till promotorns TATA-box.
TBP binder till minor groove och inducerar en kraftig böj i DNA – 90°
TBP ingår i ett större komplex, som kallas TFIID
Preinitieringskomplexet börjar med TFIID binder till TATA box via TBP.
TFIIA binder in till TFIID
TFIIB, F, E, H binder in till TTFIID
TFIIH öppnar DNA med sin helikasaktivitet och fosforylerar CTD med sin kinasaktivitet, vilket startar elongeringen.
CTD är den C-terminala domänen på RNA-pol II där fosfosvansen sitter och regleras genom fosforylering.
CTD har många fosforyleringsställen där fosfatgrupper binder för att reglera polymerasets växling mellan initiering, elongering och RNA-processing