From 07d000610bc8e6504a8628de416d5f49a9b3f531 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Johan Dahlin Date: Thu, 20 Nov 2025 16:15:04 +0100 Subject: [PATCH] vault backup: 2025-11-20 16:15:04 --- content/.obsidian/workspace.json | 32 +++++++++++++++---- .../Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md | 30 +++++++++++++++++ 2 files changed, 56 insertions(+), 6 deletions(-) create mode 100644 content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md diff --git a/content/.obsidian/workspace.json b/content/.obsidian/workspace.json index b9e23f1..ea003bd 100644 --- a/content/.obsidian/workspace.json +++ b/content/.obsidian/workspace.json @@ -13,12 +13,32 @@ "state": { "type": "markdown", "state": { - "file": "PU/Tystnadsplikt AI-svar.md", + "file": "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Anteckningar.md", "mode": "source", "source": false }, "icon": "lucide-file", - "title": "Tystnadsplikt AI-svar" + "title": "Anteckningar" + } + } + ] + }, + { + "id": "656e3366de8b7874", + "type": "tabs", + "children": [ + { + "id": "a08a21064c3e182b", + "type": "leaf", + "state": { + "type": "markdown", + "state": { + "file": "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md", + "mode": "source", + "source": false + }, + "icon": "lucide-file", + "title": "Stoff" } } ] @@ -180,9 +200,11 @@ "obsidian-git:Open Git source control": false } }, - "active": "6b69c12590341656", + "active": "a08a21064c3e182b", "lastOpenFiles": [ "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Anteckningar.md", + "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md", + "PU/Tystnadsplikt AI-svar.md", "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Anteckningar.md", "Biokemi/!Template/Anteckningar.md", "attachments/Pasted image 20251120114922.png", @@ -225,8 +247,6 @@ "Biokemi/Makromolekyler", "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md", "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes", - "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Instuderingsfrågor.md", - "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Lärandemål.md", - "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Provfrågor.md" + "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Instuderingsfrågor.md" ] } \ No newline at end of file diff --git a/content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md b/content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md new file mode 100644 index 0000000..ca0829a --- /dev/null +++ b/content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md @@ -0,0 +1,30 @@ +Det sitter 3 fosfatgrupper i 5'-änden +En fosfodiesterbrygga är bindningen som kopplar ihop nukleotider i DNA och RNA. Den bildas när 3’-OH på en sockergrupp binder till 5’-fosfatet på nästa nukleotid. +För varje nukleotid som sätts på kedjan krävs en ATP, en fosfatgrupp går in i fosfodiesterbryggan, 2 fosfatgrupper spjälkas bort som energi +RNA kopieras av mallsträngen, den får information som är identisk till den kodande strängen. +RNA-polymeras öppnar upp DNA-strängen så RNA kan replikeras +RNA-polymeras öppnning är ~17 baspar lång, för att ge lagom plats för mallsträng, aktivt säte och växande RNA, utan att kosta mer energi än nödvändigt. +NTP-kanalen är en smal, laddad tunnel som leder fria nukleotider rätt in till det aktiva sätet och ökar träffsäkerheten via elektrostatiska interaktioner. +Ribosomen är uppbyggd av ribosomalt RNA (rRNA) +RNA-polymeras II ger upphov till ribosomalt RNA (rRNA) +RNA-polymeras II är viktigast eftersom det gör **mRNA**, alltså utgångspunkten för alla proteiner. Det driver därmed huvuddelen av genuttrycket. +TATA-boxen består av en sekvens av AT-nukleotider med lägre smältpunkt (2 isf 3 vätebindingar) +Promotor är den region av DNA som RNA polymeraset binder vid för att börja transkriptionen +RNA-polymeras behöver hjälp att hitta startpunkten, och detta sker via promotorn, särskilt TATA-boxen och de basala transkriptionsfaktorerna +De basala transkriptionsfaktorerna är: TFIID, TFIIA, TFIIB, TFIIE, TFIIF och TFIIH. +TATA-boxen i promotorn ligger typiskt –25 till –30 baspar uppströms om transkriptionsstart +De viktigaste transkriptionsfaktorerna är TFIID och TFIIH +TFIID är transkriptionsfaktorn som startar transkriptionen +TFIIH är transkriptionsfaktorn som startar elongeringen +Elongering är fasen där RNA-polymeras rör sig längs DNA och förlänger RNA-kedjan genom att bygga in fler nukleotider. +Första steget vid initiering av transkription tas när det TATA-bindande proteinet (TBP) binder in till promotorns TATA-box. +TBP binder till minor groove och inducerar en kraftig böj i DNA – 90° +TBP ingår i ett större komplex, som kallas TFIID +Preinitieringskomplexet börjar med TFIID binder till TATA box via TBP. +TFIIA binder in till TFIID +TFIIB, F, E, H binder in till TTFIID +TFIIH öppnar DNA med sin helikasaktivitet och fosforylerar CTD med sin kinasaktivitet, vilket startar elongeringen. +CTD är den C-terminala domänen på RNA-pol II där fosfosvansen sitter och regleras genom fosforylering. +CTD har många fosforyleringsställen där fosfatgrupper binder för att reglera polymerasets växling mellan initiering, elongering och RNA-processing + +