medical-notes/content/Biokemi/🦠 Cellulära processer/Translation/Stoff.md

mRNA kodas i 5'-till-3'-riktning ett kodon i taget
Proteinet är syntetiserat från amino- till karboxyl-riktning
tRNA är en adaptormolekyl mellan kodonet och aminosyran
antikodonet parar med kodonet och är komplementar, innehåller samma information bakvänt
För att kunna syntetisera protein måste kodonet läsas av korrekt av antikodonen
tRNA är en kedja som innehåller mellan 73 och 93 nukleotider
tRNA innehåller 7 till 15 ovanliga baser, metylerade eller demetylerade derivat
Sekundärstruktuern av tRNA ser ut som ett klöverlöv
Fem grupper av bases i tRNA är inte basparade men deltar i vätebindingar
tRNAs sätter fast aminosyror i 3 CCA-terminalaregionen som också heter acceptor stem
tRNAs 3' ände har först en adenosine med en hydroxylgrupp som sitter fast med aminosyran
tRNAs 3D-struktur ser ut som ett L
tRNAs antikodonloop sitter i mitten av sekvensen
Genetiska koden är relationen mellan basparen i DNA och sekvensen av aminosyror i proteiner
Genetiska koden karakteriseras av: 3 nukleotider (kodon), går i en riktning, överlappar inte, ingen punktuation
Den genetiska koden är degenererad: flera kodon kodar för samma aminosyra, vilket minskar effekten av vanliga mutationer
Det finns 3 kodon sekvenser som terminerar translationen (UAA, UAG, UGA)
61 kodon kodar för 20 aminosyror
Vissa tRNA-molekyler kan känna igen fler än ett kodon, det heter Wobble-effekten 
Den tredje nukleotiden i ett kodon kan ’svaja’ lite, den har större sterisk frihet och behöver inte alltid baspara strikt
Svajhypotesen förutser vilket antikodon som kan binda till ett visst kodon
Inosin bildas genom deaminering av adenosin och kan bilda vätebindningar med adenin, cytosin och uracil
Aminoacyl-tRNA-syntetaser kopplar specifika aminosyror till tRNA
När man kopplar en aminosyra till tRNA heter det aminoacylisering
Aminosyror kopplar till 2' eller 3'-hydroxylgruppen på det terminala adenosin i tRNA
Varje aminosyra har ett specifikt enzym (aminoacyl-tRNA-syntetas), som katalyserar kopplingen av just den aminosyran till rätt tRNA-molekyl.
Aminoacyl-tRNA-syntetas har en redigeringsplats som korrekturläser och tar bort felaktigt bundna aminosyror
Aminoacyl-tRNA-syntetas har en aktiveringsplats som aktiverar rätt aminosyra genom att binda den till ATP innan den förs över till tRNA.
Aktiveringsplatsen försöker välja rätt aminosyra, och redigeringsplatsen fångar upp och tar bort de små fel som ändå passerar vilket ger mycket hög noggrannhet.
{{c1::Aminoacyl-tRNA-syntetaser}} är de ”sanna läsarna” av den genetiska koden eftersom de kopplar {{c2::rätt aminosyra rätt tRNA}}, vilket gör att {{c3::kodonet får rätt aminosyra oavsett wobble-variationer}}.
Syntetaser kan binda till flera olika igenkänningsställen på tRNA, till exempel acceptorstammen, antikodonloopen eller andra loopstrukturer.
De använder olika delar av tRNA för att känna igen rätt tRNA — det är inte alltid samma ställe.
Ribosomens stora subenhet heter 50S och består av 34 proteiner
Ribosomens lilla subenhet heter 30S och består av 21 proteiner

Ribosomen katalyseras inte av proteiner utan av {{c1::ribosomalt RNA (rRNA)}}.
Peptidbindningen i ribosomen bildas i {{c1::peptidyltransferascentret}}, som består av {{c2::rRNA}}.
Ribosomen är ett exempel på en {{c1::ribozym}}, eftersom {{c2::rRNA katalyserar peptidbindningen}}.
Ribosomens proteiner fungerar främst som {{c1::strukturellt stöd}}, medan {{c2::rRNA står för katalysen}}.
I ribosomen är det {{c1::23S rRNA (bakterier)}} / {{c2::28S rRNA (eukaryoter)}} som utför den katalytiska reaktionen.

mRNA fragementet binder till den lilla subenheten i ribosomen
tRNA rör både stora och lilla subenheten i ribosomen
3 tRNA-bindande platser i ribosomen skapar peptidbindingen: Aminoacyl, Peptid och Exit

Alla mRNA molekyler har en signal som definerar början och slutet på varje polypeptidkedja

Initieringsregionen i bakteriellt mRNA innehåller vanligtvis ett startkodon och en purinrik sekvens.
Shine–Dalgarno-sekvensen är en purinrik region som binder till rRNA och placerar startkodonet i P-siten
Bakteriell proteinsyntes initieras av N-formylmethionyl-transfer RNA
Bakteriell initierings-tRNA (tRNA^fMet) släpar med N-formylmethionine till ribosomen
N-formylmethionyl-tRNA is placed in the P site of the ribosome
Initiation factors (IF1, IF2, IF3) assist in the assembly of the protein-synthesizing machinery 
IF1 and IF3 bind the 30S subunit to prevent premature binding to the 50S subunit
IF2(GTP) initiator- fMet-tRNA fMet complex binds with mRNA and the 30S subunit to form the 30S initiation complex
70S initiation complex formation is the rate-limiting step in protein biosynthesis
Antibiotic Streptomycin Binds to 30S ribosomal subunit and interferes with the binding of fMet-tRNA fMet (Specific to bacteria) 
Elongation factors deliver aminoacyl-tRNAs to the ribosome
Antibiotic Tetracycline Binds to 30S ribosomal subunit and inhibits the binding of aminoacyl-tRNAs (bacteria) Elongation
Elongation – peptidyl transferase catalyzes peptide-bond formation
peptidyl transferase center = a site on the 50S subunit that catalyzes the thermodynamically spontaneous formation of the peptide bond
image av tRNA + beskrivningar för anticodon, CCA, N-term, C-term
Translocation repositions tRNAs and mRNA with respect to the ribosome
elongation factor G (EF-G, translocase) - catalyzes the movement of mRNA by one codon (requires GTP)
Termination is catalyzed by release factors that read stop codons
Release factors (RFs) RF1 and RF2 are proteins recognize stop codons (UAA, UGA, or UAG) RF3 is a GTPase that catalyzes the removal of RF1 or RF2 from the ribosome

Stop 28:55 av https://www.youtube.com/watch?v=gjjp-NUaCXE

!