# RNA-syntes och processning

## Basala mekanisser vid transkription
- Initiering  
- Elongering  
- Terminering  

## Tre huvudsakliga RNA-polymeraser
- RNA-pol I  
- RNA-pol II  
- RNA-pol III  
- Specialiserade: snRNA-polymeras, mitokondriellt RNA-polymeras

## Översikt – bakterier
- Bakterier saknar cellkärna → transkription och translation sker samtidigt

## Ribosomen
- Ca 2/3 rRNA  
- rRNA har central katalytisk roll  
- Lilla subenheten: proteiner + 16S rRNA

## α-Amanitin
- Från lömsk flugsvamp (södra/mellersta Sverige)  
- Hämmar RNA-pol II  
- Latent fas 6–24 h → leverskada + njurskada  
- Symptom senare: kräkningar, blodiga diarréer  
- Dödsfall framförallt i södra Europa

## Protein-kodande DNA
- Endast liten del av genomet kodar för proteiner

# RNA-pol II-promotorn

## Promotorelement
1. TATA-box (−25 till −30)
2. Initiator-element (Inr) vid TSS  
   - Konsensus: (C/T)(C/T)AN(A/T)(C/T)(C/T)
3. Enhancers  
   - Kan ligga >1000 bp bort

# Basala transkriptionsfaktorer
RNA-pol II behöver:
- TFIIA  
- TFIIB  
- TFIID (innehåller TBP + TAFs)  
- TFIIE  
- TFIIF  
- TFIIH (helikas + kinas)

## TBP och TFIID
- TBP binder TATA-box → böjer DNA ~90°  
- TBP ingår i TFIID

# Preinitieringskomplex (PIC)
1. TFIID binder TATA + Inr  
2. TFIIA binder  
3. TFIIB binder  
4. RNA-pol II + TFIIF ansluter  
5. TFIIH och TFIIE ansluter  

## TFIIH
- Helikas → smälter promotor-DNA  
- Kinas → fosforylerar CTD på RNA-pol II

# CTD – C-terminala domänen
- Repeatrad: Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser × 52  
- Ofosforylerad → binder PIC  
- Fosforylerad → startar transkription  
- Defosforyleras efter terminering

# RNA-processning

## Exon och intron
- Exon = del som behålls  
- Intron = del som klipps bort  

## 5’-Capping
- Guanin kopplas via 5'–5'-trifosfatbindning  
- Sker efter ~25 nt  
- Skyddar mot degradering  
- Krävs för effektiv translation

## Poly(A)-svansen
- 60–250 adenin  
- Bestämmer mRNA-livslängd  
- PABP stabiliserar och stimulerar translation  
- Svansen förkortas → mRNA bryts ned  

## Closed-loop-struktur
- 5’-cap + Poly(A) + PABP  
- Säkerställer att ribosomer arbetar på intakt mRNA

# Splicing
- Exon behålls, intron tas bort  
- Kräver splice-sites  
- Punktmutation kan skapa nytt splice-site → exempel: talassemi

## Spliceosomen
- snRNA + proteiner  
- Utför splicing

## Alternativ splicing
- Samma gen → många proteiner  
- Innerörats hårceller: >500 mRNA-varianter (Ca²⁺-aktiverad K⁺-kanal)  
- En gen kan ge två hormoner via alternativa splice-mönster

![[RNA syntes Slides.pdf.pdf]]