``` Replikationsbubbla bildas vid {{c1::origin of replication}} där DNA öppnas och syntes sker i två riktningar. Replikationsgaffel är punkten där {{c1::helikas separerar DNA}} och polymeras arbetar. Origin of replication är {{c1::en specifik DNA-sekvens där replikation startar}}. Leading strand syntetiseras {{c1::kontinuerligt}} i 5’→3’-riktning. Lagging strand syntetiseras {{c1::diskontinuerligt}} som Okazaki-fragment. Okazaki-fragment är {{c1::100-200 nt långa bitar i eukaryoter}}. 3’→5’-exonukleas hos DNA-polymeras ger {{c1::proofreading}}. Proofreading tar bort {{c1::felaktig nukleotid}} innan kedjan fortsätter. Processivitet är {{c1::polymerasets förmåga att fortsätta syntes utan att lossna}}. Sliding clamp (PCNA) ökar processivitet genom {{c1::att hålla polymeraset fast på DNA}}. Primas är {{c1::ett enzym som gör RNA-primers}}. RNA-primers behövs för {{c1::att DNA-polymeras inte kan starta de novo}}. Okazaki fragment maturation sker via {{c1::FEN1 som klyver flap + DNA-ligas som försluter nicken}}. FEN1 är {{c1::ett endonukleas som tar bort RNA-primer-flaps}}. Exonukleas tar bort nukleotider {{c1::från ändarna}}. Endonukleas klyver DNA {{c1::mitt i strängen}}. Helikas separerar DNA genom {{c1::ATP-driven upplindning av dubbelhelixen}}. RPA (Replication Protein A) binder {{c1::enkelsträngat DNA och stabiliserar det}}. Positiva supercoils bildas {{c1::framför helikas när DNA tvingas öppnas}}. Topoisomeras I tar bort supercoils genom {{c1::enkelsträngsbrott utan ATP}}. Topoisomeras II tar bort supercoils genom {{c1::dubbelsträngsbrott med ATP}}. CMG-komplexet består av {{c1::Cdc45, MCM och GINS}}. ORC är proteinkomplexet som {{c1::binder origin hela cellcykeln}}. MCM laddas på DNA i {{c1::G1-fasen}}. Cdc45 och GINS binder till MCM i {{c1::S-fasen}}. CMG-helikaset aktiveras i S-fasen och {{c1::öppnar DNA vid replikationsstart}}. PCNA:s roll är {{c1::sliding clamp som ökar polymerasets processivitet}}. PCNA har formen av {{c1::en trimerisk ring}} runt DNA. DNA-polymeras ε syntetiserar {{c1::leading strand}}. DNA-polymeras δ syntetiserar {{c1::lagging strand}}. Primers på lagging strand tas bort av {{c1::FEN1 och RNase H}}. DNA-ligas försluter {{c1::nicks mellan Okazaki-fragment}}. Topoisomeraser förhindrar {{c1::stopp i replikationen pga topologisk stress}}. Supercoils uppstår eftersom {{c1::dubbelhelixen inte kan rotera fritt}}. Bakteriofager får bakteriellt DNA genom {{c1::fel vid packning}} eller {{c2::imprecise excision av profag}}. Eukaryot DNA-replikation sker alltid i {{c1::5’→3’-riktning}}. Okazaki-fragment bildas endast på {{c1::lagging strand}}. ``` Round two ``` Replikationsbubbla bildas när {{c1::helikas öppnar DNA vid origin of replication}}. Replikationsgaffel är {{c1::punkten där DNA separeras och syntes sker i två riktningar}}. Origin of replication är {{c1::en specifik DNA-sekvens där replikation initieras}}. Eukaryoter har {{c1::många origins}}, bakterier {{c2::ett origin}}. Leading strand syntetiseras {{c1::kontinuerligt}} i 5’→3’. Lagging strand syntetiseras {{c1::diskontinuerligt som Okazaki-fragment}}. Okazaki-fragment i eukaryoter är {{c1::100-200 nt}} långa. DNA-polymeras kan bara syntetisera {{c1::5’→3’}}. 3’→5’-exonukleas ger {{c1::proofreading och korrigering av fel}}. Processivitet är {{c1::polymerasets förmåga att fortsätta syntes utan att lossna}}. PCNA ökar processiviteten genom {{c1::att fungera som sliding clamp}}. PCNA har formen av {{c1::en ringformad trimer runt DNA}}. Primas syntetiserar {{c1::RNA-primers}} som startpunkter för DNA-syntes. DNA-polymeras α/primase gör {{c1::hybridprimer (RNA+DNA) för lagging och leading strand}}. RNA-primers tas bort av {{c1::RNase H}} och {{c2::FEN1}}. FEN1 klyver {{c1::RNA-DNA-flaps vid Okazaki-mognad}}. Okazaki fragment maturation avslutas av {{c1::DNA-ligas som försluter nicks med ATP}}. Exonukleas klyver {{c1::från ände}}; endonukleas klyver {{c2::inuti DNA-strängen}}. Helikas öppnar DNA genom {{c1::ATP-driven upplindning}}. Eukaryot enkelsträngsbindande protein heter {{c1::RPA (Replication Protein A)}}. RPA skyddar {{c1::ssDNA}} från degradering och sekundärstruktur. Positiva supercoils bildas {{c1::framför helikas då DNA inte kan rotera fritt}}. Topoisomeras I gör {{c1::enkelsträngsbrott utan ATP}}. Topoisomeras II gör {{c1::dubbelsträngsbrott med ATP}} och tar bort supercoils. Bakteriellt topoisomeras II kallas {{c1::DNA-gyras}}. Gyras hämmas av {{c1::fluorokinoloner (t.ex. ciprofloxacin)}}. ORC (Origin Recognition Complex) är bundet {{c1::till origins hela cellcykeln}}. MCM laddas på DNA under {{c1::G1-fasen}}. Cdc45 och GINS binder MCM i {{c1::S-fasen}}. CMG-komplexet består av {{c1::Cdc45}}, {{c2::MCM}}, {{c3::GINS}}. CMG-helikasets funktion är {{c1::att smälta DNA och öppna gaffeln vid replikationsstart}}. DNA-polymeras ε syntetiserar {{c1::leading strand}}. DNA-polymeras δ syntetiserar {{c1::lagging strand}}. Replisomen är {{c1::hela proteinmaskineriet vid replikationsgaffeln}}. DNA-replikation är {{c1::semi-konservativ}}. Bakteriofager kan få bakteriellt DNA genom {{c1::packningsfel}} eller {{c2::imprecise excision av profag}}. ```