``` mRNA kodas i 5'-till-3'-riktning ett kodon i taget Proteinet är syntetiserat från amino- till karboxyl-riktning tRNA är en adaptormolekyl mellan kodonet och aminosyran antikodonet parar med kodonet och är komplementar, innehåller samma information bakvänt För att kunna syntetisera protein måste kodonet läsas av korrekt av antikodonen tRNA är en kedja som innehåller mellan 73 och 93 nukleotider tRNA innehåller 7 till 15 ovanliga baser, metylerade eller demetylerade derivat Sekundärstruktuern av tRNA ser ut som ett klöverlöv Fem grupper av bases i tRNA är inte basparade men deltar i vätebindingar tRNAs sätter fast aminosyror i 3 CCA-terminalaregionen som också heter acceptor stem tRNAs 3' ände har först en adenosine med en hydroxylgrupp som sitter fast med aminosyran tRNAs 3D-struktur ser ut som ett L tRNAs antikodonloop sitter i mitten av sekvensen Genetiska koden är relationen mellan basparen i DNA och sekvensen av aminosyror i proteiner Genetiska koden karakteriseras av: 3 nukleotider (kodon), går i en riktning, överlappar inte, ingen punktuation Den genetiska koden är degenererad: flera kodon kodar för samma aminosyra, vilket minskar effekten av vanliga mutationer Det finns 3 kodon sekvenser som terminerar translationen (UAA, UAG, UGA) 61 kodon kodar för 20 aminosyror Vissa tRNA-molekyler kan känna igen fler än ett kodon, det heter Wobble-effekten Den tredje nukleotiden i ett kodon kan ’svaja’ lite, den har större sterisk frihet och behöver inte alltid baspara strikt Svajhypotesen förutser vilket antikodon som kan binda till ett visst kodon Inosin bildas genom deaminering av adenosin och kan bilda vätebindningar med adenin, cytosin och uracil Aminoacyl-tRNA-syntetaser kopplar specifika aminosyror till tRNA När man kopplar en aminosyra till tRNA heter det aminoacylisering Aminosyror kopplar till 2' eller 3'-hydroxylgruppen på det terminala adenosin i tRNA Varje aminosyra har ett specifikt enzym (aminoacyl-tRNA-syntetas), som katalyserar kopplingen av just den aminosyran till rätt tRNA-molekyl. Aminoacyl-tRNA-syntetas har en redigeringsplats som korrekturläser och tar bort felaktigt bundna aminosyror Aminoacyl-tRNA-syntetas har en aktiveringsplats som aktiverar rätt aminosyra genom att binda den till ATP innan den förs över till tRNA. Aktiveringsplatsen försöker välja rätt aminosyra, och redigeringsplatsen fångar upp och tar bort de små fel som ändå passerar vilket ger mycket hög noggrannhet. {{c1::Aminoacyl-tRNA-syntetaser}} är de ”sanna läsarna” av den genetiska koden eftersom de kopplar {{c2::rätt aminosyra rätt tRNA}}, vilket gör att {{c3::kodonet får rätt aminosyra oavsett wobble-variationer}}. Syntetaser kan binda till flera olika igenkänningsställen på tRNA, till exempel acceptorstammen, antikodonloopen eller andra loopstrukturer. De använder olika delar av tRNA för att känna igen rätt tRNA — det är inte alltid samma ställe. Ribosomens stora subenhet heter 50S och består av 34 proteiner Ribosomens lilla subenhet heter 30S och består av 21 proteiner Ribosomen katalyseras inte av proteiner utan av {{c1::ribosomalt RNA (rRNA)}}. Peptidbindningen i ribosomen bildas i {{c1::peptidyltransferascentret}}, som består av {{c2::rRNA}}. Ribosomen är ett exempel på en {{c1::ribozym}}, eftersom {{c2::rRNA katalyserar peptidbindningen}}. Ribosomens proteiner fungerar främst som {{c1::strukturellt stöd}}, medan {{c2::rRNA står för katalysen}}. I ribosomen är det {{c1::23S rRNA (bakterier)}} / {{c2::28S rRNA (eukaryoter)}} som utför den katalytiska reaktionen. mRNA fragementet binder till den lilla subenheten i ribosomen tRNA rör både stora och lilla subenheten i ribosomen 3 tRNA-bindande platser i ribosomen skapar peptidbindingen: Aminoacyl, Peptid och Exit Alla mRNA molekyler har en signal som definerar början och slutet på varje polypeptidkedja Initieringsregionen i bakteriellt mRNA innehåller vanligtvis ett startkodon och en purinrik sekvens. Shine–Dalgarno-sekvensen är en purinrik region som binder till rRNA och placerar startkodonet i P-siten Bakteriell proteinsyntes initieras av N-formylmethionyl-transfer RNA Bakteriell initierings-tRNA (tRNA^fMet) släpar med N-formylmethionine till ribosomen N-formylmethionyl-tRNA is placed in the P site of the ribosome Initiation factors (IF1, IF2, IF3) assist in the assembly of the protein-synthesizing machinery IF1 and IF3 bind the 30S subunit to prevent premature binding to the 50S subunit IF2(GTP) initiator- fMet-tRNA fMet complex binds with mRNA and the 30S subunit to form the 30S initiation complex 70S initiation complex formation is the rate-limiting step in protein biosynthesis Antibiotic Streptomycin Binds to 30S ribosomal subunit and interferes with the binding of fMet-tRNA fMet (Specific to bacteria) Elongation factors deliver aminoacyl-tRNAs to the ribosome Antibiotic Tetracycline Binds to 30S ribosomal subunit and inhibits the binding of aminoacyl-tRNAs (bacteria) Elongation Elongation – peptidyl transferase catalyzes peptide-bond formation peptidyl transferase center = a site on the 50S subunit that catalyzes the thermodynamically spontaneous formation of the peptide bond image av tRNA + beskrivningar för anticodon, CCA, N-term, C-term Translocation repositions tRNAs and mRNA with respect to the ribosome elongation factor G (EF-G, translocase) - catalyzes the movement of mRNA by one codon (requires GTP) Termination is catalyzed by release factors that read stop codons Release factors (RFs) RF1 and RF2 are proteins recognize stop codons (UAA, UGA, or UAG) RF3 is a GTPase that catalyzes the removal of RF1 or RF2 from the ribosome ``` Stop 28:55 av https://www.youtube.com/watch?v=gjjp-NUaCXE ![[Pasted image 20251127131807.png]]