vault backup: 2025-11-21 15:09:26

.idea/workspace.xml

@@ -4,9 +4,8 @@
     <option name="autoReloadType" value="SELECTIVE" />
   </component>
   <component name="ChangeListManager">
-    <list default="true" id="d89ddef3-0f6b-45b8-91d4-ca4b15835330" name="Changes" comment="Update">
-      <change beforePath="$PROJECT_DIR$/.idea/workspace.xml" beforeDir="false" afterPath="$PROJECT_DIR$/.idea/workspace.xml" afterDir="false" />
-      <change beforePath="$PROJECT_DIR$/quartz.config.ts" beforeDir="false" afterPath="$PROJECT_DIR$/quartz.config.ts" afterDir="false" />
+    <list default="true" id="d89ddef3-0f6b-45b8-91d4-ca4b15835330" name="Changes" comment="Comment out all footer">
+      <change beforePath="$PROJECT_DIR$/content/.obsidian/workspace.json" beforeDir="false" afterPath="$PROJECT_DIR$/content/.obsidian/workspace.json" afterDir="false" />
     </list>
     <option name="SHOW_DIALOG" value="false" />
     <option name="HIGHLIGHT_CONFLICTS" value="true" />
@@ -99,7 +98,7 @@
       <workItem from="1763368336948" duration="74000" />
       <workItem from="1763468129001" duration="1460000" />
       <workItem from="1763591031608" duration="2000" />
-      <workItem from="1763668772985" duration="1040000" />
+      <workItem from="1763668772985" duration="2662000" />
     </task>
     <task id="LOCAL−00001" summary="Update">
       <option name="closed" value="true" />
@@ -219,7 +218,55 @@
       <option name="project" value="LOCAL" />
       <updated>1763668886585</updated>
     </task>
-    <option name="localTasksCounter" value="17" />
+    <task id="LOCAL-00017" summary="Update">
+      <option name="closed" value="true" />
+      <created>1763704155282</created>
+      <option name="number" value="00017" />
+      <option name="presentableId" value="LOCAL-00017" />
+      <option name="project" value="LOCAL" />
+      <updated>1763704155282</updated>
+    </task>
+    <task id="LOCAL-00018" summary="Update">
+      <option name="closed" value="true" />
+      <created>1763704169794</created>
+      <option name="number" value="00018" />
+      <option name="presentableId" value="LOCAL-00018" />
+      <option name="project" value="LOCAL" />
+      <updated>1763704169794</updated>
+    </task>
+    <task id="LOCAL-00019" summary="Update">
+      <option name="closed" value="true" />
+      <created>1763704336164</created>
+      <option name="number" value="00019" />
+      <option name="presentableId" value="LOCAL-00019" />
+      <option name="project" value="LOCAL" />
+      <updated>1763704336164</updated>
+    </task>
+    <task id="LOCAL-00020" summary="Disable graph">
+      <option name="closed" value="true" />
+      <created>1763704389594</created>
+      <option name="number" value="00020" />
+      <option name="presentableId" value="LOCAL-00020" />
+      <option name="project" value="LOCAL" />
+      <updated>1763704389594</updated>
+    </task>
+    <task id="LOCAL-00021" summary="Comment out footer">
+      <option name="closed" value="true" />
+      <created>1763704635952</created>
+      <option name="number" value="00021" />
+      <option name="presentableId" value="LOCAL-00021" />
+      <option name="project" value="LOCAL" />
+      <updated>1763704635952</updated>
+    </task>
+    <task id="LOCAL-00022" summary="Comment out all footer">
+      <option name="closed" value="true" />
+      <created>1763704774833</created>
+      <option name="number" value="00022" />
+      <option name="presentableId" value="LOCAL-00022" />
+      <option name="project" value="LOCAL" />
+      <updated>1763704774833</updated>
+    </task>
+    <option name="localTasksCounter" value="23" />
     <servers />
   </component>
   <component name="TypeScriptGeneratedFilesManager">
@@ -231,7 +278,10 @@
     </ignored-roots>
     <MESSAGE value="Add biokemi link" />
     <MESSAGE value="Update" />
-    <option name="LAST_COMMIT_MESSAGE" value="Update" />
+    <MESSAGE value="Disable graph" />
+    <MESSAGE value="Comment out footer" />
+    <MESSAGE value="Comment out all footer" />
+    <option name="LAST_COMMIT_MESSAGE" value="Comment out all footer" />
   </component>
   <component name="github-copilot-workspace">
     <instructionFileLocations>

content/.obsidian/workspace.json

@@ -4,30 +4,9 @@
     "type": "split",
     "children": [
       {
-        "id": "3f6b32748450846e",
+        "id": "167a802aa161f7e7",
         "type": "tabs",
-        "dimension": 30.91353996737357,
-        "children": [
-          {
-            "id": "a08a21064c3e182b",
-            "type": "leaf",
-            "state": {
-              "type": "markdown",
-              "state": {
-                "file": "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Instuderingsfrågor.md",
-                "mode": "source",
-                "source": false
-              },
-              "icon": "lucide-file",
-              "title": "Instuderingsfrågor"
-            }
-          }
-        ]
-      },
-      {
-        "id": "656e3366de8b7874",
-        "type": "tabs",
-        "dimension": 69.08646003262643,
+        "dimension": 38.71975019516003,
         "children": [
           {
             "id": "6be8a23612495802",
@@ -35,7 +14,28 @@
             "state": {
               "type": "markdown",
               "state": {
-                "file": "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md",
+                "file": "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Anteckningar.md",
+                "mode": "source",
+                "source": false
+              },
+              "icon": "lucide-file",
+              "title": "Anteckningar"
+            }
+          }
+        ]
+      },
+      {
+        "id": "6ce2195cbdc1aa8d",
+        "type": "tabs",
+        "dimension": 61.28024980483997,
+        "children": [
+          {
+            "id": "66d1a84367288975",
+            "type": "leaf",
+            "state": {
+              "type": "markdown",
+              "state": {
+                "file": "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Stoff.md",
                 "mode": "source",
                 "source": false
               },
@@ -100,7 +100,7 @@
       }
     ],
     "direction": "horizontal",
-    "width": 200
+    "width": 285.5024719238281
   },
   "right": {
     "id": "0948c66181b40af9",
@@ -203,53 +203,53 @@
       "obsidian-git:Open Git source control": false
     }
   },
-  "active": "6be8a23612495802",
+  "active": "66d1a84367288975",
   "lastOpenFiles": [
-    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Instuderingsfrågor.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Lärandemål.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Anteckningar.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Provfrågor.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Lärandemål.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Provfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Instuderingsfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Stoff.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Anteckningar.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Provfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Lärandemål.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor.md",
     "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Anteckningar.md",
-    "PU/Tystnadsplikt AI-svar.md",
-    "Biokemi/!Template/Anteckningar.md",
-    "attachments/Pasted image 20251120114922.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120114840.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120114710.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120114519.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120114415.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120114332.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120114149.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120114017.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120113850.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120113832.png",
+    "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md",
     "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Lärandemål.md",
     "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Instuderingsfrågor.md",
+    "attachments/Pasted image 20251121114559.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121114507.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121114215.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121113406.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121113046.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121113014.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121112518.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121112158.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121111945.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121111829.png",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Instuderingsfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Anteckningar.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Provfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Provfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Lärandemål.md",
+    "PU/Tystnadsplikt AI-svar.md",
+    "Biokemi/!Template/Anteckningar.md",
     "index.md",
     "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin",
     "Biokemi/index.md",
     "Biokemi.md",
     "Biokemi/Proteinseminarie/Stödord.md",
     "Anatomi.md",
-    "Biokemi/Introduktion.md",
-    "PU/PU.md",
-    "Untitled.md",
-    "Anatomi & Histologi/Anatomi/index.md",
-    "Studieteknik/Export all to anki.md",
     "Anatomi & Histologi",
-    "Biokemi/!Template/Lärandemål.md",
-    "Biokemi/!Template/Provfrågor.md",
     "Biokemi/Cellulära processer/Translation",
     "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin",
     "Biokemi/Cellulära processer/Kontroll avgenuttryck iprokaryoter",
     "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation",
     "Biokemi/Metabolism",
-    "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Provfrågor.md",
     "Biokemi/Cellulära processer",
-    "Biokemi/Cellulära processer.md",
-    "Biokemi/Makromolekyler",
-    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes"
+    "Biokemi/Makromolekyler"
   ]
 }

content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Anteckningar.md

@@ -0,0 +1,419 @@
+- En jämförelse mellan eukaryota och prokaryota genom
+	- mycket är lika!
+- Grundläggande enzymatiska processer vid eukaryot DNA replikation (mycket lik prokaryot!)
+	- dyker upp i läkemedel
+
+Föreläsningen täcker bl.a.:
+- Leading och Lagging strand
+- Processivity och proofreading
+- Replikationsgaffel och replisome
+- Superhelicitet och topoisomeraser
+- Nukleaser och ligaser
+
+----
+![[Pasted image 20251121091934.png]]
+Bakterier har eget genom
+- **Cirkulärt**
+	- vissa problem med linjär replikation av ändar
+	- fördelar, bara gå runt
+- 500kbp till 11Mbp
+- **Plasmider**
+	- samma typ av DNA, mindre och kan överföras mellan baktirer t.ex. antibiotikaresistens
+- Har ett genom
+
+FRÅGA: varför har människor inte plasmider för att överföra fördelar?
+
+
+---
+Eukaryota
+![[Pasted image 20251121092321.png]]
+ - 30-100 ggr så större än bakteriella
+- 3 Gbp
+- Egna problem att det är så stort och linjärt
+----
+
+Bra att lära sig: 
+- DNA replikeras
+- RNA transkription
+- Protein translation
+
+![[Pasted image 20251121092516.png]]
+
+----
+Redan Watts insåg att det var semi-konservativt så fort de förstod hur det såg ut.
+Då blev allt väldigt uppenbart
+
+Genom att titta så förstod man funktion, var komplimentära, samma information fanns i båda molekylerna
+![[Pasted image 20251121092705.png]]
+
+Viktigt: 
+- semi-konservativ som begrepp
+- föräldrasträngen är den blå (parental)
+- nybildadsträng är den röda (nascent)
+
+---
+
+![[Pasted image 20251121092822.png]]
+
+Krångligt att rita ut helixarna, blir linjärt för förenkling
+
+Man börjar på många olika ställen
+- bildar replikationsbubblor
+- sen växer bubblorna åt båda hållen
+- så småningom når det varandra, då går de ihop och då får vi nya strängar
+
+Bubblorna startar vid "origin of replication" och är **många**, som är väl definierade, väl reglerade
+Många sjukdomar beror på för mycket/lite dna, eller skapat dna,
+jättereglerat, en gång, det måste ske samtidigt över hela molekylen.
+
+Varje bubbla har två replikationsgafflar
+
+----
+![[Pasted image 20251121093320.png]]
+Bakteriell DNA behöver inte så många replikationsgafflar
+Har bara **ett** origin of replikation
+
+----
+
+Hur går det till att läsa av båda två strängarna i samma riktining?
+
+----
+![[Pasted image 20251121093608.png]]
+
+- föräldrasträngarna är antiparallela (övre)
+- undre är inga problem, mall och så bygger man en i taget
+- Mallsträngen går från 3' till 5' felaktig
+	- behöver en nödläsning
+	- gör korta snuttar
+	- lägga en ny som går bakåt
+
+Så
+- en kontinuerligt
+- en med små korta snuttar
+
+
+---
+![[Pasted image 20251121093757.png]]
+Man brukar prata om två olika
+- kontinuerligt: leading strand
+- små fragment: lagging strand
+	- varje fragment heter okazaki fragment
+	- döpt efter en japansk gästforskare på stanford
+	- 100-200 nukleotider i eukaryoter
+	- 1000-2000 i prokaryoter
+
+FRÅGA: varför storleks skillnad mellan eukaryoter och prokaryoter?
+
+---
+![[Pasted image 20251121094040.png]]
+Måste ske av ett helt enzymmaskineri
+För att lyckas så måste vi ha ett antal enzymer
+te.x ett som hjälper till att dela
+skillnad mot RNA:
+- bubblan öppnar bara upp en liten bit
+- kräver mycket mer kraft krävs (helikas)
+- polymeras för att sätta på
+	- krävs en för både lagging och leading
+
+---
+![[Pasted image 20251121094218.png]]
+Viktigaste enzymet!
+DNA-polymeras
+- hjälpa till och skapa en struktur
+- nya nukleotider som kan baspara
+- kallas DNA-syntes
+- DNA-polymeraset hjälper till att välja ut rätt nukleotid
+- kan hamna snett, när det inte sitter perfekt så bildas det inget nytt fosfodiesterbindning
+- när rätt nukleotid är på plats, nu verkar allt stämma då sker det en liten ändring i strukturen - click säger det och kopplar på i den nya kedjan
+	- får energi av fosfatgrupperna som trillar av ATP
+	- då öppnar sig DNA-polymeraset och rör sig en liten bit
+
+FRÅGA: krävs det ett ATP per replikerad nukleotid?
+
+----
+Magnesiumjoner hjälper DNA-polymeraset att sätta fast nya nukleotider
+SLIDE SAKNAS
+
+interaktion med magnesiumjoner, hjälper till att lägga så allt ligger väldigt nära varandra
+det hjälper till att få en reaktion
+skapa en ny fosfodiesterbindnig
+
+---
+![[Pasted image 20251121094606.png]]
+påminner om en högerhand som växer
+
+---
+![[Pasted image 20251121094625.png]]
+kärnpunkten i vad DNA-polymeras behöver göra
+
+När det inte funkar kan man få väldigt tråkiga sjukdomar, t.ex. sjukdom vid 13 och går bort vid 20. I mitokondrier, talar mer om det i T3
+
+Cancer orsakas pga av mutation, då man inte kan mutera DNA på rätt sätt.
+
+DNA-polymeraset måste vara
+- noggrant - kallas även **fidelitet**
+	- annars mutationer och kanske sjukdomar
+- effektivt - kallas **processivitet**
+	- måste fungera på väldigt långa sträcker, vara väldigt noggrant och en hög processivitet, långa sträcker utan att falla av
+
+----
+![[Pasted image 20251121094943.png]]
+
+Ibland blir det fel, kommer in en felaktig nukleotid
+
+Det finns en möjlighet för DNA-polymeraset att fixa det, det har inte bara
+- att röra sig framåt
+- men har också möjligheten att backa
+- exonukleoasaktivtet (ta bort ifrån änden)
+
+Förmågan att backa kallas proofreading
+
+----
+
+SLIDE endonukleaser/exonukleaser saknas
+
+----
+
+endonukleas 
+- ta bort i mitten
+exonukleas kan delas upp i två grupper
+- ta bort i en ände
+	- 5' 
+	- 3' 
+---
+
+![[Pasted image 20251121095304.png]]
+
+Måste vara processiva (effektiva!)
+Miljoner, miljarder baspar som måste replikeras
+Måste köra under en lång tid
+
+Processivitet = förmågan att koppla på **många** nukleotider till den **växande** DNA-strängen, utan att polymeraset **lossnar** från mallsträngen.
+
+sliding camp - klämma
+- sätter sig fast i änden
+- fungerar som ett ankar som håller kvar DNA
+- ökar effektivtet 50ggr för att DNA-polymeraset inte lossnar
+	- utan: 10-20 nt/s
+	- med: 500-1000nt/s
+
+----
+**Problem vid DNA-replikation (2)**
+DNA-polymeraser kan inte starta DNA replikation _de novo_. De behöver en primer.
+
+de novo = från ingenting
+
+----
+![[Pasted image 20251121095710.png]]
+För att börja, behöver vi en liten startpunkt som är en RNA primer.
+
+RNA-polymeras kan startas **de novo**
+DNA-polymeras behöver en RNA-primer
+
+Finns ett specialiserat DNA-polymeras som bara gör väldigt korta strängar, behöver bara en liten snutt, som det vanliga DNA-polymeraset kan starta och köra igång
+- det kallas för DNA-primas
+
+I våra celler sitter DNA-polymeras tillsammans med DNA-primas (kommer senare)
+
+----
+![[Pasted image 20251121095938.png]]
+
+leading strand: primers behövs bara en primer 
+lagging strand: en primer per fragment
+FRÅGA: hur lång är en fragment
+FRÅGA: varför kan man inte bygga bakvänt?
+- har med fosfatbryggan, naturen har valt att göra det
+FRÅGA: plockas primern bort?
+- vi vill inte ha RNA i DNA
+- vi vill inte ha en lucka
+
+---
+
+Problem vid DNA-replikation (3)
+På lagging-strängen finns en RNA-primer i början av varje Okazaki-fragment!
+Vi vill inte ha sträckor av RNA i DNA-molekylen!
+
+---
+
+Energin kommer med den inkommande nukleotiden
+det bestämmer att reparation måste gå i rätt riktning
+trifosfater är lite instabila, de kan gå sönder, sitter de på DNA-kedjan kan det bli katastrof.
+
+okazaki-fragement kan variera i längd, när de nått en viss längd så lossnar maskineriet
+
+----
+![[Pasted image 20251121102046.png]]
+
+VIll ta bort - fragement maturation
+- steg 1 RNA-primer
+- steg 2 brytpunkten, DNA-fragmenten måste sitta ihop ordentligt
+	- försluter ryggraden så den blir hel
+	- kallas ligering - klistrar ihop fragmenten
+		- får inte finnas brott (nicks)
+
+----
+
+![[Pasted image 20251121102319.png]]
+
+#### Steg 1
+
+Från vänster närmare sig det nya fragmentet
+DNA polymerases stannar inte, det krashar in i RNAt, när det händer så släpper det från DNA, de sitter inte längre hybridiserat. Bildar en lite flärp, flap. Som petar ut det här RNA, medan DNA finns kvar på strängen
+
+Finns ett speciellt endonukleas som känner igen detta flappar, kallas Flap Endonukleass 1 eller FEN1 som kan komma in och klyva.
+Sen finns det bara en litet nick kvar, allt RNA är borta.
+Det är eukaryota celler när vi ta bort
+
+---
+### Steg 2
+
+![[Pasted image 20251121102545.png]]
+Använder energi från ATP för att laga nicken, det är DNA-ligas som lagar.
+Själva nicken är avsaknaden av en fosfodiesterbrygga, alla nukleotider finns men en brygga saknas.
+
+----
+![[Pasted image 20251121102658.png]]
+Använder ATP som en ko-faktor som kan klistras ihop.
+
+---
+**Problem vid DNA-replikation (4)**
+
+DNA är dubbelsträngat! Hur kan vi dela på strängarna så att DNA replikation kan ske?
+
+---
+
+
+![[Pasted image 20251121102747.png]]
+
+
+
+Helikas är en grupp av enzym:
+- en förmåga att dela DNA
+- finns olika beroende på process
+
+I DNA-replikationen sitter helikaset längst fram, det är det som gör att gaffeln kan röra sig.
+- det binder till en av strängarna, fungerar som en kil
+- klättrar på en sträng, så pressar det isär DNA som finns framför
+-
+
+----
+![[Pasted image 20251121102941.png]]
+- Består av 6 st identiska subenheter
+- Den bildar runt DNA
+- Har förmåga att klättra som en repklättrare
+- Hydroliserar ATP använder energi från det
+- den rör sig upp för det här och så växer gaffel, så går den längre och längre uppför
+- klättrar utmed
+- snurrar runt lite här
+- alla olika subenheter kan hydrolisera ATP, det blir som en rörelse uppåt
+
+På leadning strand sitter DNA-pol en liten bit efter
+För lagging strand är det lite mer komplicerat, måste finns upp till 200 nt lång sträcka innan man syntesiserar, måste skydda DNA i den biten, känsligt för omgivningen, mycket som reagera, som går in och basparar med sig själv
+Måste stabilisera det enkelsträngade DNA så inte det sker
+
+Kallar de för enkelsträngadeproteiner
+
+---
+
+![[Pasted image 20251121103232.png]]
+
+Allt det här stimulerar DNA-replikation, för att det ska kunna ske effekivt
+I de flesta celler kallar det single-cell-binding protein
+
+Replication Protein A kallas det i våra celler RPA, spelar en viktig roll här.
+
+---
+![[Pasted image 20251121103336.png]]
+Proteinerna fungerar tillsammans som ett maskineri, de viktig att alla är på plats tillsammans
+Ofta bildar de interaktioner mellan varandra
+Helikaset känner av att det finns ett single-stranding DNA binding, de stimulerar **varandra** så de vågar röra sig framåt, de blir mer effektivt.
+Om man återskapar det här i ett provrör, om man lägger till ett single-stranding DNA.
+
+----
+
+www.youtube.com/watch?=l9ArIJWYZ
+
+---
+
+**Problem vid DNA-replikation (5)**
+
+När man tvingar isär dubbelhelixen så skapas topologiska problem.
+
+Varför och hur löser cellen detta?
+
+----
+När vi gör en DNA-replikation kan snörerna svängarna/helixarna, har ingenstans att ta vägen, de kommer bli massa spänningar i det här DNA. Tänk skosnöre som är tvinnat.
+Man kan inte förvänta sig att det ska lösa sig självt.
+
+![[Pasted image 20251121103747.png]]
+
+Det blir massa spänningar och jobbigt, massa konstiga sekundärstrukturer.
+Som heter **supercoils**
+
+Det blir mkt motstånd, måste bli av med spänningarna, behöver någonting framför för att slappna av DNA:t
+
+----
+
+![[Pasted image 20251121103912.png]]
+
+Går inte att snurra DNA-molekylerna, de blir fixerade och tar man bara helikaset.
+Ju mer man kör ju mer spänningar, konstiga strukturer, stannar replikationen.
+Får detta att slappna av.
+
+---
+Linking DNA
+
+
+- Har ungefär 10.4 bp/varv. Fin avslappnad och optimerad DNA-helix.
+- 160bp lång, får plats med 25 varv
+![[Pasted image 20251121104100.png]]
+
+Man kan slå ihop de, så blir de så fint här:
+![[Pasted image 20251121104106.png]]
+
+Men vad händer om man introducerar 5 extra varv, då bygger vi upp spänningar i molekylen.
+Linking Number (Lk) är antal varv, det ska motsvara det optimera och helst vara 25 varv för 160 bp
+- vad händer om det är mer eller mindre
+- då förstör man DNA, det skapar topologisk stress
+
+Stress = fler antal varv än DNA strängarna
+
+----
+Topoismeraser är de som tar bort spänningarna i DNA.
+
+Det är specilla enzymer.
+topo=läge
+iso=samma
+meris=del
+-as=enzym
+
+Typ I:
+	- tar bort supercoils, öka linking number är mer korrekt
+	- kräver inte ATP
+Typ II:
+	- Tar bort men kan också skapa, kräver ATP
+
+---
+Typ 1
+
+Klyver ena strängen och tar bort ett varv i taget
+- ändrar med en faktor av 1
+- använder energi i spänningen
+
+![[Pasted image 20251121104555.png]]
+
+---
+![[Pasted image 20251121104707.png]]
+Typ II
+- den klyver båda strängarna och låta en sträng 
+- låta en sträng komma igenom, den gör dubbelsträngat brott
+- två varv i taget
+- ändrar med en faktor av 2
+---
+
+![[Pasted image 20251121105233.png]]
+
+Framför replikationsgaffeln sitter det topoisomeras II framför replikationsgaffeln och tar bort positiva supercoils
+
+I bakterier kallas topoisomeras typ II ofta för Gyras. Gyras-hämmare är en viktig grupp av antibiotika! Tex. Ciprofloxacin för urinvägsinfektioner
+	de är bredspektrumantibiotika eftersom det är mot många

content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor.md

@@ -0,0 +1,11 @@
+#### Förklara följande begrepp: replikationsbubbla och replikationsgaffel.
+#### Var är ett origin of replication?
+#### Hur skiljer sig DNA-syntes åt på leading och lagging strand?
+#### Vilken funktion har 3’ till 5’-exonukleas-aktiviteten som återfinns hos många DNA-polymeraser?
+#### Vad är processivitet? Hur kan en sliding clamp stimulera processivitet?
+#### Vad är ett primas? När behövs ett sådant enzym?
+#### Hur går “Okazaki fragment maturation” till i våra celler?
+#### Vilka aktiviteter är förknippade med exonukleas och endonukleas?
+#### Hur fungerar helikas?
+#### Vilken roll spelar enkelsträngsbindande proteiner? Vad heter detta protein i våra celler?
+#### Varför bildas positiva supercoils? Vilka enzymer kan ta bort supercoils och hur?

content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Lärandemål.md

@@ -0,0 +1,8 @@
+- Grundläggande enzymatiska processer vid DNA replikation
+- Replikationsgaffeln och repliosomen.
+- Enzymatiska aktiviteter inom molekylärbiologin: endonukleas, exonukleas, restriktionsendonukleaser, omvänt transkriptas, DNA ligas.
+- Processivitet och proofreading.
+- DNA-molekylens topologiska egenskaper: superhelicitet och topoisomeraser.
+
+**Mål – Studenten ska kunna**
+Beskriva hur DNA replikeras i eukaryota celler. Funktionen hos enzymer som verkar på DNA.

content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Provfrågor.md

@@ -0,0 +1,89 @@
+Vilka två påståenden om eukaryot DNA-replikation är korrekta? (2p)
+
+- ORC binder till replikationsorigin under hela cellcykeln.
+- DNA-syntes initieras i M-fas.
+- CMG-komplexet bildas genom bindning av MCM, GINS och Cdc45.
+- MCM-helikaset är aktivt under hela cellcykeln.
+
+----
+
+DNA-replikation är en noggrant reglerad process. I vilken fas av cellcykeln binder MCM-helikaset
+till replikationsorigin, och vilken funktion har detta komplex under replikationen? (4p)
+
+----
+
+A) Vilken roll spelar PCNA vid den eukaryota replikationsgaffeln?
+B) Hur ser denna faktor ut?
+(4p)
+
+----
+
+Vilka två påståenden om DNA-replikation stämmer? (2p)
+
+- Okazaki-fragment bildas under syntes av ”leading strand”
+- Flap endonuclease 1 (FEN1) kan hjälpa till att ta bort en RNA-primer.
+- Topoisomeraser kan ta bort supercoils.
+- DNA replikation sker alltid i 3´ till 5´-riktning.
+
+----
+
+Initiering av eukaryot DNA-replikation är en noggrant reglerad process.
+A) I vilken fas av cellcykeln binder MCM-helikaset till replikationsorigin.
+B) I vilken fas av cellcykeln binder Cdc45 och GINS till MCM-helikaset?
+C) Vad heter det proteinkomplex som är bundet till replikationsorigin under hela cellcykeln?
+D) Vad gör CMG-helikaset när DNA-replikationen skall initieras?
+(4p) (Max 15 ord.)
+
+----
+
+![[Pasted image 20251121081923.png]]
+På bilden syns en eukaryot replikationsgaffel.
+
+A) Ange för positionerna a, b, c och d om de motsvarar en 5’ eller 3’-ände.
+Vid DNA replikation skapas de två strängarna på litet olika vis.
+B) Vad kallas strängen som markerats med e?
+C Vad kallas strängen som markerats med f?
+
+----
+
+På bilden syns en eukaryot replikationsgaffel. Fyra olika replikationsfaktorer är markerade på
+denna bild. Vad heter de olika faktorerna vid pil a, b, c och d? (4p)
+
+![[Pasted image 20251121081958.png]]
+
+----
+
+a) Vilken roll spelar DNA-polymeras epsilon?
+b) Hur kan PCNA påverka aktiviteten hos DNA-polymeras epsilon?
+(4p)
+
+----
+Enzymet flap endonuclease 1 (FEN1) är viktigt vid eukaryot DNA replikation. Vad gör detta enzym? (2p)
+
+----
+A) Vilken roll spelar PCNA vid den eukaryota replikationsgaffeln?
+B) Vilken form har denna faktor?
+
+----
+Vilka två av följande påståenden är korrekta?
+- Flap endonuklease 1 (FEN1) kan hjälpa till att ta bort en RNA-primer.
+- DNA replikation sker alltid i 5´ till 3´-riktning.
+- Okazaki-fragment bildas under syntes av ”leading strand”.
+- Topoisomeraser har en 5´ till 3´exonukleas-aktivitet.
+
+----
+Bacterial DNA may end up in a bacteriophage due to (choose one or more)/Bakteriellt DNA kan hamna i en bakteriofag för att (välj ett eller flera alternativ): (1p)
+
+**Välj ett eller flera alternativ:**
+
+- Errors during the assembly of new bacterophages./Fel som sker när nya bakteriofager sätts samman.
+- The small and circular nature of bacterial DNA./Bakteriellt DNA är cirkulärt och litet.
+- Template switching during bacterophage DNA replication./Ändring av mall när bakteriofagens DNA replikeras.
+- Imprecise excision of the prophage./Inexakt utklippning av profagen.
+
+----
+Vid eukaryot DNA replikation så spelar CMG-helikaset en viktig roll. Detta helikas består av tre delar: MCM, Gins och Cdc45. (Max 50 ord.)
+
+a. I vilken fas av cellcykeln binder MCM till replikations-origin?
+b. I vilken fas av cellcykeln binder Gins och Cdc45 till MCM?
+c. Varför är det viktigt att separera laddningen av MCM helikaset från dess aktivering med hjälp av Gins och Cdc45?

content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Stoff.md

@@ -0,0 +1,80 @@
+```
+Replikationsbubbla bildas vid {{c1::origin of replication}} där DNA öppnas och syntes sker i två riktningar.
+Replikationsgaffel är punkten där {{c1::helikas separerar DNA}} och polymeras arbetar.
+Origin of replication är {{c1::en specifik DNA-sekvens där replikation startar}}.
+Leading strand syntetiseras {{c1::kontinuerligt}} i 5’→3’-riktning.
+Lagging strand syntetiseras {{c1::diskontinuerligt}} som Okazaki-fragment.
+Okazaki-fragment är {{c1::100–200 nt långa bitar i eukaryoter}}.
+3’→5’-exonukleas hos DNA-polymeras ger {{c1::proofreading}}.
+Proofreading tar bort {{c1::felaktig nukleotid}} innan kedjan fortsätter.
+Processivitet är {{c1::polymerasets förmåga att fortsätta syntes utan att lossna}}.
+Sliding clamp (PCNA) ökar processivitet genom {{c1::att hålla polymeraset fast på DNA}}.
+Primas är {{c1::ett enzym som gör RNA-primers}}.
+RNA-primers behövs för {{c1::att DNA-polymeras inte kan starta de novo}}.
+Okazaki fragment maturation sker via {{c1::FEN1 som klyver flap + DNA-ligas som försluter nicken}}.
+FEN1 är {{c1::ett endonukleas som tar bort RNA-primer-flaps}}.
+Exonukleas tar bort nukleotider {{c1::från ändarna}}.
+Endonukleas klyver DNA {{c1::mitt i strängen}}.
+Helikas separerar DNA genom {{c1::ATP-driven upplindning av dubbelhelixen}}.
+RPA (Replication Protein A) binder {{c1::enkelsträngat DNA och stabiliserar det}}.
+Positiva supercoils bildas {{c1::framför helikas när DNA tvingas öppnas}}.
+Topoisomeras I tar bort supercoils genom {{c1::enkelsträngsbrott utan ATP}}.
+Topoisomeras II tar bort supercoils genom {{c1::dubbelsträngsbrott med ATP}}.
+CMG-komplexet består av {{c1::Cdc45, MCM och GINS}}.
+ORC är proteinkomplexet som {{c1::binder origin hela cellcykeln}}.
+MCM laddas på DNA i {{c1::G1-fasen}}.
+Cdc45 och GINS binder till MCM i {{c1::S-fasen}}.
+CMG-helikaset aktiveras i S-fasen och {{c1::öppnar DNA vid replikationsstart}}.
+PCNA:s roll är {{c1::sliding clamp som ökar polymerasets processivitet}}.
+PCNA har formen av {{c1::en trimerisk ring}} runt DNA.
+DNA-polymeras ε syntetiserar {{c1::leading strand}}.
+DNA-polymeras δ syntetiserar {{c1::lagging strand}}.
+Primers på lagging strand tas bort av {{c1::FEN1 och RNase H}}.
+DNA-ligas försluter {{c1::nicks mellan Okazaki-fragment}}.
+Topoisomeraser förhindrar {{c1::stopp i replikationen pga topologisk stress}}.
+Supercoils uppstår eftersom {{c1::dubbelhelixen inte kan rotera fritt}}.
+Bakteriofager får bakteriellt DNA genom {{c1::fel vid packning}} eller {{c2::imprecise excision av profag}}.
+Eukaryot DNA-replikation sker alltid i {{c1::5’→3’-riktning}}.
+Okazaki-fragment bildas endast på {{c1::lagging strand}}.
+```
+
+Round two
+
+```
+Replikationsbubbla bildas när {{c1::helikas öppnar DNA vid origin of replication}}.
+Replikationsgaffel är {{c1::punkten där DNA separeras och syntes sker i två riktningar}}.
+Origin of replication är {{c1::en specifik DNA-sekvens där replikation initieras}}.
+Eukaryoter har {{c1::många origins}}, bakterier {{c2::ett origin}}.
+Leading strand syntetiseras {{c1::kontinuerligt}} i 5’→3’.
+Lagging strand syntetiseras {{c1::diskontinuerligt som Okazaki-fragment}}.
+Okazaki-fragment i eukaryoter är {{c1::100–200 nt}} långa.
+DNA-polymeras kan bara syntetisera {{c1::5’→3’}}.
+3’→5’-exonukleas ger {{c1::proofreading och korrigering av fel}}.
+Processivitet är {{c1::polymerasets förmåga att fortsätta syntes utan att lossna}}.
+PCNA ökar processiviteten genom {{c1::att fungera som sliding clamp}}.
+PCNA har formen av {{c1::en ringformad trimer runt DNA}}.
+Primas syntetiserar {{c1::RNA-primers}} som startpunkter för DNA-syntes.
+DNA-polymeras α/primase gör {{c1::hybridprimer (RNA+DNA) för lagging och leading strand}}.
+RNA-primers tas bort av {{c1::RNase H}} och {{c2::FEN1}}.
+FEN1 klyver {{c1::RNA-DNA-flaps vid Okazaki-mognad}}.
+Okazaki fragment maturation avslutas av {{c1::DNA-ligas som försluter nicks med ATP}}.
+Exonukleas klyver {{c1::från ände}}; endonukleas klyver {{c2::inuti DNA-strängen}}.
+Helikas öppnar DNA genom {{c1::ATP-driven upplindning}}.
+Eukaryot enkelsträngsbindande protein heter {{c1::RPA (Replication Protein A)}}.
+RPA skyddar {{c1::ssDNA}} från degradering och sekundärstruktur.
+Positiva supercoils bildas {{c1::framför helikas då DNA inte kan rotera fritt}}.
+Topoisomeras I gör {{c1::enkelsträngsbrott utan ATP}}.
+Topoisomeras II gör {{c1::dubbelsträngsbrott med ATP}} och tar bort supercoils.
+Bakteriellt topoisomeras II kallas {{c1::DNA-gyras}}.
+Gyras hämmas av {{c1::fluorokinoloner (t.ex. ciprofloxacin)}}.
+ORC (Origin Recognition Complex) är bundet {{c1::till origins hela cellcykeln}}.
+MCM laddas på DNA under {{c1::G1-fasen}}.
+Cdc45 och GINS binder MCM i {{c1::S-fasen}}.
+CMG-komplexet består av {{c1::Cdc45}}, {{c2::MCM}}, {{c3::GINS}}.
+CMG-helikasets funktion är {{c1::att smälta DNA och öppna gaffeln vid replikationsstart}}.
+DNA-polymeras ε syntetiserar {{c1::leading strand}}.
+DNA-polymeras δ syntetiserar {{c1::lagging strand}}.
+Replisomen är {{c1::hela proteinmaskineriet vid replikationsgaffeln}}.
+DNA-replikation är {{c1::semi-konservativ}}.
+Bakteriofager kan få bakteriellt DNA genom {{c1::packningsfel}} eller {{c2::imprecise excision av profag}}.
+```

content/Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md

@@ -0,0 +1,163 @@
+Brukar ställa frågor på de som finns i föreläsningar, titta på gamla frågor, inte ställa omöjliga frågor.
+
+Bakgrund: Vi ska bli läkare, behöver veta vad som händer i humana celler
+
+
+
+![[Pasted image 20251121111405.png]]
+Generella bubblan gäller i våra celler
+CMG helikas:
+- Claes Mikael Gustavsson heter föreläsaren!
+- MCM för att sätta ihop
+- Gins
+- Cdc45
+
+Heter delta och epsilon heter polymerasen de är lite olika
+sliding camps heter PCNA
+
+-----
+
+leading strand:
+- DNA pol epsilon
+- sliding clamp PCNA
+lagging strand:
+- DNA pol delta
+- sliding clamp PCNA
+
+---
+
+Löser problemet att RNA primer inte ska sitta löst
+
+Primaset skiljer sig lite gran
+DNA-polymeras
+- RNA-primarna är c:a 5 olika
+	- finns en risk att trilla av, de vill man inte i våra celler
+	- vi vill vara säkra på att den verkligen används
+- alfa.primas
+![[Pasted image 20251121111829.png]]
+- DNA-polymeras alfa-primas
+- både primas och polymeras i samma
+- enzym som sitter ihop (namn?)
+
+om man har en mallsträng kommer enzymet att verka först
+
+de kan byta plats utan att släppa
+
+behöver bara en liten extra snutt, kommer sitta mkt mer stabilt på DNA, utan att det finns risk att primern trillar bort.
+
+![[Pasted image 20251121111945.png]]
+
+
+Vad är de olika polymerasen?
+- alpha-primas
+- delta
+- epsilon
+
+----
+![[Pasted image 20251121112158.png]]
+
+Ser likadana ut i bakterier, det är en ring som sitter och håller fast DNA pol
+Man kan uttrycka antikroppar mot PCNA, kan kroppen utveckla av misstag.
+
+----
+SLE/Lupus PCNA ANA
+
+----
+![[Pasted image 20251121112518.png]]
+
+Kan inte dela innan DNA-syntesen är färdig och heller inte sätta igång, specifikt.
+En gång per cellcykel. Då får vi felaktigt antal kopier.
+
+----
+
+Vi har upp till 30 000 origins i våra cell
+Alla går inte igång alltid
+Många måste gå igång för att kunna replikera tillräckligt fort
+50-300kbp
+Ska börja ungefär samtidigt.
+Alla behövs
+
+----
+
+Hur hittar man en origin?
+
+Det finns ett komplex som binder hela tiden, Origin recognition complex - komplexet som hittar origin. Som består av 6 proteiner. Sitter fast hel cellcykeln. En slags markör.
+![[Pasted image 20251121113014.png]]
+
+----
+
+Hur påbörjas DNA replikation?
+
+---
+![[Pasted image 20251121113046.png]]
+två rekryteringsfaktorer hjälper ORC att locka till sig DNA helikaset MCM.
+
+laddningsfaktorer:
+- Cdc6 och cdt1 till ORC
+
+
+1. ORC complex sitter i hel cellcykeln
+2. CDC6 och CDT1
+3. Helikaset
+4. Sen laddar CDC6/CDT1/ORC upp MCM i G1-fasen
+
+---
+
+![[Pasted image 20251121113406.png]]
+
+Nu är det laddat, men inte aktivt.
+
+Kräver höga nivår av cyklinberoende kinas (CDK) för att  kunna bilda CMG-helikaset
+
+Viktigt att det bara går att aktiva helikaset när det finns mycket CDK
+- som en pistol som är laddad, för att kunna få iväg kulan
+- CMG helikas smälts och replikationen kan man börja
+- Se till att man inte får en dubbel aktivering  (HUR?)
+
+Noggrant: skilj **laddning** från **aktivering**
+
+----
+
+Problem vid DNA-replikation
+Hur kan ändarna på linjärt DNA replikeras? Vi måste ju ha en RNA-primer?
+Detta är ett klassiskt problem.
+
+---
+
+![[Pasted image 20251121114215.png]]
+- Behöver ha en RNA-primer i början, men när vi kommer ut i slutet
+- den sista vi behöver lagging strand för behöver vi en primer
+- de fixar inte primerasen
+- vi kommer förlora lite i 5'-änden, över tiden blir det kortare och kortare till slut försvinner det
+- hur säkerställs det att det gör att replikera hela vägen ut i ändan?
+
+---
+
+I ändarna på kromsomerna kallas telomerer
+
+- De blir kortare och kortare till cellen dör
+- Vilket betyder att en cell kan bara delas ett visst antal gånger, sen dör cellerna
+- Men det gäller inte alla celler
+	- gäller somatiska celler
+	- gäller inte stamceller
+	- gäller inte cancerceller
+- vad är det som gör att telomererna kan finnas kvar i stam och cancerceller, men det blir kortare och kortare i alla andra celler?
+![[Pasted image 20251121114507.png]]
+
+---
+
+I centrala dogman DNA→RNA→protein
+Men det finns möjlighet att gå RNA→DNA vilket är omvänt transkriptas
+
+---
+
+![[Pasted image 20251121114559.png]]
+
+Telomeras förlänger kromsomändarna. 
+- Sker genom att lägga till en kort,
+- behöver en mall för att starta
+- har med sig en egen bit RNA som fungerar som mall
+- alla ändar ser likadana ut i slutändan (C A A U C C C A A U C)
+- lägger till skräp DNA så det är okej att förlora lite i ändarna
+
+

content/Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Instuderingsfrågor.md

@@ -1,4 +1,4 @@
-#### Instuderingsfrågor – Initiering och terminering av eukaryot DNA replikation.  
+#### Initiering och terminering av eukaryot DNA replikation.  
 #### Vad är PCNA?  
 #### Beskriv den roll ORC spelar vid initiering av eukaryot DNA-replikation. Vilken roll spelar Cdc6, Cdt1, och MCM-helikaset i denna process.  
 #### När i cell-cykeln och hur aktiveras MCM-helikaset?  

content/Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Lärandemål.md

@@ -1,4 +1,4 @@
-- Replikatorsekvenser (ARS,ori).
+- Replikatorsekvenser (ARS, ori).
 - Initieringsproteiner (ORC, CDC6, MCM).
 - Reglering av initiering kopplat till cellcykeln
 - Telomerer

content/Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Provfrågor.md

@@ -0,0 +1,45 @@
+
+Beskriv nukleosomens uppbyggnad (Nucleosome core particle). Ange vilka komponenter som ingår och hur de är organiserade.
+
+Vilka två påståenden om kromatin är korrekta? (2p)
+
+- En nukleosom innehåller 8 proteiner.
+- I en nukleosom lindas DNA 2,75 varv runt ett proteinkomplex.
+- Acetylering kan neturalisera positiva laddningar i histonsvansar.
+- Med epigenetisk reglering menas reglering av genuttryck som endast beror av den nedärvda DNA sekvensen.
+
+Vilka två av följande påståenden om histoner är korrekta?
+
+- I kromatin ingår endast DNA, ej proteiner.
+- I en nukleosom är ~146 bp av DNA lindat kring en kärna av åtta histonproteiner.
+- Acetylering av histonsvansar kan neutralisera positiva laddningar.
+- Med begreppet histonkod avses DNA-sekvensen hos histongener.
+
+Vilka två påståenden om kromatin stämmer bäst? (1p)
+
+- Acetylering gör histonsvansar mer positivt laddade.
+- Topoisomeraser kan reglera aktiviteten i en kromatinfiber-loop.
+- Histon H1 destabiliserar nukleosomen.
+- Nukleosomen har en kärna av 8 histonproteiner.
+
+Vilka två påståenden om kromatin är korrekta? (2p)
+
+- En nukleosom innehåller 8 proteiner.
+- I en nukleosom lindas DNA 2,75 varv runt ett proteinkomplex.
+- Acetylering kan neturalisera positiva laddningar i histonsvansar.
+- Med epigenetisk reglering menas reglering av genuttryck som endast beror av den nedärvda DNA sekvensen.
+
+Var binder histon H1? Vilken roll spelar detta protein? (4p)
+
+Beskriv nukleosomens (Nucleosome core particle) uppbyggnad. Ange vilka komponenter som ingår och hur de är organiserade. (4p)
+
+Var sitter histon H1 och vilken roll spelar denna faktor? (4p)
+
+Histonmodifieringar spelar en viktig roll i kromatinets funktion. Vilken effekt har acetylering av histoner på kromatinstrukturen, och varför är detta viktigt för genuttryck? (4p)
+
+Vilka två påståenden om kromatin är korrekta? (2p)
+
+- Histon H1 binder linker-DNA och stabiliserar nukleosomen.
+- Kromatin består endast av DNA.
+- Acetylering av histoner leder till en mer kondenserad kromatinstruktur.
+- Kromatin finns endast i eukaryota celler.

content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Provfrågor.md

@@ -0,0 +1,87 @@
+Hur kan en mutation i ett icke-kodande intron ge upphov till sjukdom, t.ex. talassemi?
+
+Vid initiering av RNA polymeras II-beroende transkription ingår flera basala transkriptionsfaktorer.
+Vilket/vilka påstående(n) om denna process stämmer?
+
+- TFIIB fosforylerar den C-terminala domänen (CTD) på RNA polymeras II.
+- TFIIF är den första faktor som binder till promotorn.
+- TFIIE Binder till TATA-boxen.
+- TFIIH kan smälta dubbelsträngat DNA med sin helikas-aktivitet.
+
+Förklara hur korrekturläsning fungerar på molekylär nivå under bakteriell replikation. (2p)
+
+Vilken roll spelar Mediatorn vid transkriptionell aktivering? (2p)
+
+Vilket/vilka av följande alternativ beskriver en funktion för poly-A svansen i 3'–änden på eukaryot mRNA? (1p)
+
+**Välj ett eller flera alternativ:**
+
+- Reglerar mRNA-molekylens halveringstid
+- Skyddar mot felaktig splicing
+- Samverkar med 5'-cap för att stimulera translation
+- Stimulerar transport av mRNA in till cellkärnan
+
+Vilket protein behövs ofta för att initiera transkription av bakteriellt RNA-polymeras? Hur underlättar det initieringen? (2p)
+
+Vad är intron och exon? (2p)
+
+Hur kan en punktmutation i ett intron leda till human sjukdom? (2p) (Max 25 ord).
+
+Vid initiering av RNA polymeras II-beroende transkription ingår flera basala transkriptionsfaktorer.
+
+Vilka två av följande påståenden är korrekta?
+
+- TBP binder till TATA-boxen.
+- TFIIB fosforylerar den C-terminala domänen (CTD) på RNA polymeras II.
+- TFIIF är den första faktor som binder till promotorn.
+- TFIIH kan smälta dubbelsträngat DNA med sin helikas-aktivitet.
+
+A) Var återfinns alfa-amanitin i naturen?
+B) Vilket enzym inhiberar denna substans?
+
+Vilka två av följande alternativ beskriver funktioner för poly-A svansen i 3'–änden på eukaryot mRNA?
+
+- Stimulerar transport av mRNA in till cellkärnan.
+- Skyddar mot felaktig splicing.
+- Stimulerar translation.
+- Reglerar mRNA-molekylens halveringstid.
+
+Vid initiering av RNA polymeras II-beroende transkription ingår flera basala transkriptionsfaktorer.
+
+Vilka två av följande påståenden är korrekta?
+
+- TBP binder till TATA-boxen.
+- TFIIF är den första faktor som binder till promotorn.
+- TFIIB fosforylerar den C-terminala domänen (CTD) på RNA polymeras II.
+- TFIIH kan smälta dubbelsträngat DNA med sin helikas-aktivitet.
+
+Vilka två alternativ är korrekta vad gäller 5' cap hos eukaryot mRNA? (1p)
+- Stimulerar syntes av polyA-svansen.
+- Skyddar mot felaktig splicing.
+- Skyddar mRNA från nedbrytning.
+- Består av nukleotid bunden via en 5’
+
+Hur kan en mutation i ett icke-kodande intron ge upphov till sjukdom, t.ex. talassemi?(4p)
+
+Vilka två påståenden stämmer om splicing? (2p)
+
+- Vid alternativ splicing kan även exon tas bort.
+- Greningsstället är alltid ett G.
+- Spliceosomen består av både proteiner och RNA.
+- En lariatstruktur består alltid av två sammanlänkade exoner.
+
+Vid initiering av RNA polymeras II-beroende transkription samverkar flera basala transkriptionsfaktorer. Vilka två påståenden om denna process stämmer? (2p)
+
+- TFIIH kan smälta dubbelsträngat DNA med sin helikasaktivitet.
+- TFIIB fosforylerar den C-terminala domänen (CTD) på RNA polymeras II.
+- TBP ingår som en subenhet i det större TFIIF-komplexet.
+- TBP binder till TATA-boxen.
+
+Vilken är den biologiska betydelsen av den 5’-cap som återfinns på mRNA i eukaryota celler? (4p)
+
+Vilka två påståenden om RNA-splicing är korrekta? (2p)
+
+- Spliceosomen består av både RNA och proteiner.
+- Splicingprocessen sker i cellens cytoplasma.
+- Splicing sker endast i prokaryoter.
+- En lariatstruktur bildas.

quartz.config.ts

@@ -12,9 +12,9 @@ const config: QuartzConfig = {
     pageTitleSuffix: "",
     enableSPA: true,
     enablePopovers: true,
-    locale: "sv-SE",
+    locale: "en-US",
     baseUrl: "jdahlin.github.io",
-    ignorePatterns: ["private", "templates", ".obsidian", "node_modules"],
+    ignorePatterns: ["private", "templates", ".obsidian", "node_modules", "!Template"],
     defaultDateType: "modified",
     theme: {
       fontOrigin: "googleFonts",

quartz.layout.ts

@@ -8,8 +8,6 @@ export const sharedPageComponents: SharedLayout = {
   afterBody: [],
   footer: Component.Footer({
     links: {
-      GitHub: "https://github.com/jackyzha0/quartz",
-      "Discord Community": "https://discord.gg/cRFFHYye7t",
     },
   }),
 }
@@ -41,7 +39,7 @@ export const defaultContentPageLayout: PageLayout = {
     Component.Explorer(),
   ],
   right: [
-    Component.Graph(),
+    //Component.Graph(),
     Component.DesktopOnly(Component.TableOfContents()),
     Component.Backlinks(),
   ],

quartz/components/Footer.tsx

@@ -13,10 +13,10 @@ export default ((opts?: Options) => {
     const links = opts?.links ?? []
     return (
       <footer class={`${displayClass ?? ""}`}>
-        <p>
-          {i18n(cfg.locale).components.footer.createdWith}{" "}
-          <a href="https://quartz.jzhao.xyz/">Quartz v{version}</a> © {year}
-        </p>
+        {/*<p>*/}
+        {/*  {i18n(cfg.locale).components.footer.createdWith}{" "}*/}
+        {/*  <a href="https://quartz.jzhao.xyz/">Quartz v{version}</a> © {year}*/}
+        {/*</p>*/}
         <ul>
           {Object.entries(links).map(([text, link]) => (
             <li>