Compare commits
17 Commits
54b5578cb8
...
moln-main
| Author | SHA1 | Date | |
|---|---|---|---|
| 13ec415db7 | |||
| 85827b6a6b | |||
| ec7cb43146 | |||
| c8632540c3 | |||
| 254afa4e94 | |||
| 1c99f19cdf | |||
| 271b85ec70 | |||
| 0c31b55311 | |||
| cd95c646aa | |||
| 33ebc5ed58 | |||
| e106b73d68 | |||
| 0745ed7506 | |||
| 43c487492b | |||
| 6b6a9d6b33 | |||
| b153208ea5 | |||
| 96b1dfc319 | |||
| 7a698a1f0d |
5
.gitattributes
vendored
5
.gitattributes
vendored
@@ -1 +1,6 @@
|
||||
* text=auto eol=lf
|
||||
*.pdf filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
|
||||
*.docx filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
|
||||
*.xlsx filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
|
||||
*.pptx filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
|
||||
*.apkg filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
|
||||
|
||||
38
.github/workflows/deploy.yml
vendored
38
.github/workflows/deploy.yml
vendored
@@ -17,7 +17,7 @@ concurrency:
|
||||
|
||||
jobs:
|
||||
build:
|
||||
runs-on: ubuntu-22.04
|
||||
runs-on: moln
|
||||
steps:
|
||||
- name: Checkout
|
||||
uses: actions/checkout@v4
|
||||
@@ -35,18 +35,26 @@ jobs:
|
||||
- name: Build Quartz site
|
||||
run: npx quartz build
|
||||
|
||||
- name: Upload artifact
|
||||
uses: actions/upload-pages-artifact@v3
|
||||
with:
|
||||
path: ./public
|
||||
- name: Git LFS checkout
|
||||
run: |
|
||||
git lfs fetch
|
||||
git lfs checkout
|
||||
|
||||
deploy:
|
||||
environment:
|
||||
name: github-pages
|
||||
url: ${{ steps.deployment.outputs.page_url }}
|
||||
runs-on: ubuntu-22.04
|
||||
needs: build
|
||||
steps:
|
||||
- name: Deploy to GitHub Pages
|
||||
id: deployment
|
||||
uses: actions/deploy-pages@v4
|
||||
- name: Copy
|
||||
run: rsync public ~/notes
|
||||
|
||||
# - name: Upload artifact
|
||||
# uses: actions/upload-pages-artifact@v3
|
||||
# with:
|
||||
# path: ./public
|
||||
|
||||
# deploy:
|
||||
# environment:
|
||||
# name: github-pages
|
||||
# url: ${{ steps.deployment.outputs.page_url }}
|
||||
# runs-on: ubuntu-22.04
|
||||
# needs: build
|
||||
# steps:
|
||||
# - name: Deploy to GitHub Pages
|
||||
# id: deployment
|
||||
# uses: actions/deploy-pages@v4
|
||||
|
||||
1
.gitignore
vendored
1
.gitignore
vendored
@@ -1,3 +1,4 @@
|
||||
node_modules
|
||||
.idea/
|
||||
.obsidian/
|
||||
content/.obsidian
|
||||
|
||||
6
.idea/copilot.data.migration.agent.xml
generated
6
.idea/copilot.data.migration.agent.xml
generated
@@ -1,6 +0,0 @@
|
||||
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
|
||||
<project version="4">
|
||||
<component name="AgentMigrationStateService">
|
||||
<option name="migrationStatus" value="COMPLETED" />
|
||||
</component>
|
||||
</project>
|
||||
6
.idea/copilot.data.migration.ask.xml
generated
6
.idea/copilot.data.migration.ask.xml
generated
@@ -1,6 +0,0 @@
|
||||
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
|
||||
<project version="4">
|
||||
<component name="AskMigrationStateService">
|
||||
<option name="migrationStatus" value="COMPLETED" />
|
||||
</component>
|
||||
</project>
|
||||
6
.idea/copilot.data.migration.ask2agent.xml
generated
6
.idea/copilot.data.migration.ask2agent.xml
generated
@@ -1,6 +0,0 @@
|
||||
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
|
||||
<project version="4">
|
||||
<component name="Ask2AgentMigrationStateService">
|
||||
<option name="migrationStatus" value="COMPLETED" />
|
||||
</component>
|
||||
</project>
|
||||
6
.idea/copilot.data.migration.edit.xml
generated
6
.idea/copilot.data.migration.edit.xml
generated
@@ -1,6 +0,0 @@
|
||||
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
|
||||
<project version="4">
|
||||
<component name="EditMigrationStateService">
|
||||
<option name="migrationStatus" value="COMPLETED" />
|
||||
</component>
|
||||
</project>
|
||||
19
.idea/dataSources.xml
generated
19
.idea/dataSources.xml
generated
@@ -1,19 +0,0 @@
|
||||
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
|
||||
<project version="4">
|
||||
<component name="DataSourceManagerImpl" format="xml" multifile-model="true">
|
||||
<data-source source="LOCAL" name="collection.anki2" uuid="4eea5c4b-ac34-475e-932e-52db5d9bc3c2">
|
||||
<driver-ref>sqlite.xerial</driver-ref>
|
||||
<synchronize>true</synchronize>
|
||||
<jdbc-driver>org.sqlite.JDBC</jdbc-driver>
|
||||
<jdbc-url>jdbc:sqlite:$USER_HOME$/Library/Application Support/Anki2/User 1/collection.anki2</jdbc-url>
|
||||
<working-dir>$ProjectFileDir$</working-dir>
|
||||
</data-source>
|
||||
<data-source source="LOCAL" name="collection.media.db2" uuid="38704b31-291e-4013-816b-a9d4c110da72">
|
||||
<driver-ref>sqlite.xerial</driver-ref>
|
||||
<synchronize>true</synchronize>
|
||||
<jdbc-driver>org.sqlite.JDBC</jdbc-driver>
|
||||
<jdbc-url>jdbc:sqlite:$USER_HOME$/Library/Application Support/Anki2/User 1/collection.media.db2</jdbc-url>
|
||||
<working-dir>$ProjectFileDir$</working-dir>
|
||||
</data-source>
|
||||
</component>
|
||||
</project>
|
||||
6
.idea/inspectionProfiles/Project_Default.xml
generated
6
.idea/inspectionProfiles/Project_Default.xml
generated
@@ -1,6 +0,0 @@
|
||||
<component name="InspectionProjectProfileManager">
|
||||
<profile version="1.0">
|
||||
<option name="myName" value="Project Default" />
|
||||
<inspection_tool class="Eslint" enabled="true" level="WARNING" enabled_by_default="true" />
|
||||
</profile>
|
||||
</component>
|
||||
6
.idea/inspectionProfiles/profiles_settings.xml
generated
6
.idea/inspectionProfiles/profiles_settings.xml
generated
@@ -1,6 +0,0 @@
|
||||
<component name="InspectionProjectProfileManager">
|
||||
<settings>
|
||||
<option name="USE_PROJECT_PROFILE" value="false" />
|
||||
<version value="1.0" />
|
||||
</settings>
|
||||
</component>
|
||||
8
.idea/medical-notes.iml
generated
8
.idea/medical-notes.iml
generated
@@ -1,8 +0,0 @@
|
||||
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
|
||||
<module type="PYTHON_MODULE" version="4">
|
||||
<component name="NewModuleRootManager">
|
||||
<content url="file://$MODULE_DIR$" />
|
||||
<orderEntry type="jdk" jdkName="Python 3.9" jdkType="Python SDK" />
|
||||
<orderEntry type="sourceFolder" forTests="false" />
|
||||
</component>
|
||||
</module>
|
||||
7
.idea/misc.xml
generated
7
.idea/misc.xml
generated
@@ -1,7 +0,0 @@
|
||||
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
|
||||
<project version="4">
|
||||
<component name="Black">
|
||||
<option name="sdkName" value="Python 3.9" />
|
||||
</component>
|
||||
<component name="ProjectRootManager" version="2" project-jdk-name="Python 3.9" project-jdk-type="Python SDK" />
|
||||
</project>
|
||||
8
.idea/modules.xml
generated
8
.idea/modules.xml
generated
@@ -1,8 +0,0 @@
|
||||
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
|
||||
<project version="4">
|
||||
<component name="ProjectModuleManager">
|
||||
<modules>
|
||||
<module fileurl="file://$PROJECT_DIR$/.idea/medical-notes.iml" filepath="$PROJECT_DIR$/.idea/medical-notes.iml" />
|
||||
</modules>
|
||||
</component>
|
||||
</project>
|
||||
6
.idea/vcs.xml
generated
6
.idea/vcs.xml
generated
@@ -1,6 +0,0 @@
|
||||
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
|
||||
<project version="4">
|
||||
<component name="VcsDirectoryMappings">
|
||||
<mapping directory="$PROJECT_DIR$" vcs="Git" />
|
||||
</component>
|
||||
</project>
|
||||
244
.idea/workspace.xml
generated
244
.idea/workspace.xml
generated
@@ -1,244 +0,0 @@
|
||||
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
|
||||
<project version="4">
|
||||
<component name="AutoImportSettings">
|
||||
<option name="autoReloadType" value="SELECTIVE" />
|
||||
</component>
|
||||
<component name="ChangeListManager">
|
||||
<list default="true" id="d89ddef3-0f6b-45b8-91d4-ca4b15835330" name="Changes" comment="Update">
|
||||
<change beforePath="$PROJECT_DIR$/.idea/workspace.xml" beforeDir="false" afterPath="$PROJECT_DIR$/.idea/workspace.xml" afterDir="false" />
|
||||
<change beforePath="$PROJECT_DIR$/quartz.config.ts" beforeDir="false" afterPath="$PROJECT_DIR$/quartz.config.ts" afterDir="false" />
|
||||
</list>
|
||||
<option name="SHOW_DIALOG" value="false" />
|
||||
<option name="HIGHLIGHT_CONFLICTS" value="true" />
|
||||
<option name="HIGHLIGHT_NON_ACTIVE_CHANGELIST" value="false" />
|
||||
<option name="LAST_RESOLUTION" value="IGNORE" />
|
||||
</component>
|
||||
<component name="ChangesViewManager">
|
||||
<option name="groupingKeys">
|
||||
<option value="directory" />
|
||||
<option value="repository" />
|
||||
</option>
|
||||
</component>
|
||||
<component name="Git.Settings">
|
||||
<option name="PUSH_AUTO_UPDATE" value="true" />
|
||||
<option name="RECENT_GIT_ROOT_PATH" value="$PROJECT_DIR$" />
|
||||
<option name="UPDATE_TYPE" value="REBASE" />
|
||||
</component>
|
||||
<component name="GitHubPullRequestSearchHistory">{
|
||||
"lastFilter": {
|
||||
"state": "OPEN",
|
||||
"assignee": "jdahlin"
|
||||
}
|
||||
}</component>
|
||||
<component name="GithubPullRequestsUISettings">{
|
||||
"selectedUrlAndAccountId": {
|
||||
"url": "git@github.com:jdahlin/medical-notes.git",
|
||||
"accountId": "1e93f994-4fa7-4744-99e1-09949f7f05dc"
|
||||
}
|
||||
}</component>
|
||||
<component name="ProjectColorInfo">{
|
||||
"associatedIndex": 8
|
||||
}</component>
|
||||
<component name="ProjectId" id="357FfPPGmybv8emiZqIykuEuVFA" />
|
||||
<component name="ProjectViewState">
|
||||
<option name="hideEmptyMiddlePackages" value="true" />
|
||||
<option name="showExcludedFiles" value="false" />
|
||||
<option name="showLibraryContents" value="true" />
|
||||
</component>
|
||||
<component name="PropertiesComponent"><![CDATA[{
|
||||
"keyToString": {
|
||||
"RunOnceActivity.ShowReadmeOnStart": "true",
|
||||
"RunOnceActivity.TerminalTabsStorage.copyFrom.TerminalArrangementManager.252": "true",
|
||||
"RunOnceActivity.git.unshallow": "true",
|
||||
"SHARE_PROJECT_CONFIGURATION_FILES": "true",
|
||||
"git-widget-placeholder": "main",
|
||||
"last_opened_file_path": "/Users/johandahlin/dev/medical-notes/content",
|
||||
"node.js.detected.package.eslint": "true",
|
||||
"node.js.detected.package.tslint": "true",
|
||||
"node.js.selected.package.eslint": "(autodetect)",
|
||||
"node.js.selected.package.tslint": "(autodetect)",
|
||||
"nodejs_package_manager_path": "npm",
|
||||
"settings.editor.selected.configurable": "preferences.pluginManager",
|
||||
"ts.external.directory.path": "/Users/johandahlin/dev/medical-notes/node_modules/typescript/lib",
|
||||
"vue.rearranger.settings.migration": "true"
|
||||
},
|
||||
"keyToStringList": {
|
||||
"DatabaseDriversLRU": [
|
||||
"sqlite"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
}]]></component>
|
||||
<component name="RecentsManager">
|
||||
<key name="CopyFile.RECENT_KEYS">
|
||||
<recent name="$PROJECT_DIR$/content" />
|
||||
</key>
|
||||
</component>
|
||||
<component name="SharedIndexes">
|
||||
<attachedChunks>
|
||||
<set>
|
||||
<option value="bundled-js-predefined-d6986cc7102b-3aa1da707db6-JavaScript-PY-252.27397.106" />
|
||||
<option value="bundled-python-sdk-4e2b1448bda8-9a97661f3031-com.jetbrains.pycharm.pro.sharedIndexes.bundled-PY-252.27397.106" />
|
||||
</set>
|
||||
</attachedChunks>
|
||||
</component>
|
||||
<component name="TaskManager">
|
||||
<task active="true" id="Default" summary="Default task">
|
||||
<changelist id="d89ddef3-0f6b-45b8-91d4-ca4b15835330" name="Changes" comment="" />
|
||||
<created>1762453305813</created>
|
||||
<option name="number" value="Default" />
|
||||
<option name="presentableId" value="Default" />
|
||||
<updated>1762453305813</updated>
|
||||
<workItem from="1762453307058" duration="710000" />
|
||||
<workItem from="1762593327520" duration="34000" />
|
||||
<workItem from="1762612608374" duration="65000" />
|
||||
<workItem from="1762612692934" duration="4412000" />
|
||||
<workItem from="1762806071935" duration="668000" />
|
||||
<workItem from="1762847028359" duration="2090000" />
|
||||
<workItem from="1763284536213" duration="522000" />
|
||||
<workItem from="1763285087929" duration="5191000" />
|
||||
<workItem from="1763368336948" duration="74000" />
|
||||
<workItem from="1763468129001" duration="1460000" />
|
||||
<workItem from="1763591031608" duration="2000" />
|
||||
<workItem from="1763668772985" duration="1040000" />
|
||||
</task>
|
||||
<task id="LOCAL−00001" summary="Update">
|
||||
<option name="closed" value="true" />
|
||||
<created>1762453359057</created>
|
||||
<option name="number" value="LOCAL−00001" />
|
||||
<option name="presentableId" value="LOCAL−00001" />
|
||||
<updated>1762453359057</updated>
|
||||
</task>
|
||||
<task id="LOCAL−00002" summary="Update">
|
||||
<option name="closed" value="true" />
|
||||
<created>1762453362391</created>
|
||||
<option name="number" value="LOCAL−00002" />
|
||||
<option name="presentableId" value="LOCAL−00002" />
|
||||
<updated>1762453362391</updated>
|
||||
</task>
|
||||
<task id="LOCAL−00003" summary="Update">
|
||||
<option name="closed" value="true" />
|
||||
<created>1762453373454</created>
|
||||
<option name="number" value="LOCAL−00003" />
|
||||
<option name="presentableId" value="LOCAL−00003" />
|
||||
<updated>1762453373454</updated>
|
||||
</task>
|
||||
<task id="LOCAL−00004" summary="Update">
|
||||
<option name="closed" value="true" />
|
||||
<created>1762593338504</created>
|
||||
<option name="number" value="LOCAL−00004" />
|
||||
<option name="presentableId" value="LOCAL−00004" />
|
||||
<updated>1762593338504</updated>
|
||||
</task>
|
||||
<task id="LOCAL−00005" summary="Update">
|
||||
<option name="closed" value="true" />
|
||||
<created>1762806089583</created>
|
||||
<option name="number" value="LOCAL−00005" />
|
||||
<option name="presentableId" value="LOCAL−00005" />
|
||||
<updated>1762806089583</updated>
|
||||
</task>
|
||||
<task id="LOCAL−00006" summary="Update">
|
||||
<option name="closed" value="true" />
|
||||
<created>1762806734743</created>
|
||||
<option name="number" value="LOCAL−00006" />
|
||||
<option name="presentableId" value="LOCAL−00006" />
|
||||
<updated>1762806734743</updated>
|
||||
</task>
|
||||
<task id="LOCAL−00007" summary="Add biokemi link">
|
||||
<option name="closed" value="true" />
|
||||
<created>1762847050135</created>
|
||||
<option name="number" value="LOCAL−00007" />
|
||||
<option name="presentableId" value="LOCAL−00007" />
|
||||
<updated>1762847050135</updated>
|
||||
</task>
|
||||
<task id="LOCAL−00008" summary="Update">
|
||||
<option name="closed" value="true" />
|
||||
<created>1762857589808</created>
|
||||
<option name="number" value="LOCAL−00008" />
|
||||
<option name="presentableId" value="LOCAL−00008" />
|
||||
<updated>1762857589808</updated>
|
||||
</task>
|
||||
<task id="LOCAL−00009" summary="Update">
|
||||
<option name="closed" value="true" />
|
||||
<created>1762873221905</created>
|
||||
<option name="number" value="LOCAL−00009" />
|
||||
<option name="presentableId" value="LOCAL−00009" />
|
||||
<updated>1762873221905</updated>
|
||||
</task>
|
||||
<task id="LOCAL−00010" summary="Update">
|
||||
<option name="closed" value="true" />
|
||||
<created>1762938195312</created>
|
||||
<option name="number" value="LOCAL−00010" />
|
||||
<option name="presentableId" value="LOCAL−00010" />
|
||||
<updated>1762938195312</updated>
|
||||
</task>
|
||||
<task id="LOCAL-00011" summary="Update">
|
||||
<option name="closed" value="true" />
|
||||
<created>1763468145902</created>
|
||||
<option name="number" value="00011" />
|
||||
<option name="presentableId" value="LOCAL-00011" />
|
||||
<option name="project" value="LOCAL" />
|
||||
<updated>1763468145902</updated>
|
||||
</task>
|
||||
<task id="LOCAL-00012" summary="Update">
|
||||
<option name="closed" value="true" />
|
||||
<created>1763468981426</created>
|
||||
<option name="number" value="00012" />
|
||||
<option name="presentableId" value="LOCAL-00012" />
|
||||
<option name="project" value="LOCAL" />
|
||||
<updated>1763468981426</updated>
|
||||
</task>
|
||||
<task id="LOCAL-00013" summary="Update">
|
||||
<option name="closed" value="true" />
|
||||
<created>1763502902573</created>
|
||||
<option name="number" value="00013" />
|
||||
<option name="presentableId" value="LOCAL-00013" />
|
||||
<option name="project" value="LOCAL" />
|
||||
<updated>1763502902573</updated>
|
||||
</task>
|
||||
<task id="LOCAL-00014" summary="Update">
|
||||
<option name="closed" value="true" />
|
||||
<created>1763502909657</created>
|
||||
<option name="number" value="00014" />
|
||||
<option name="presentableId" value="LOCAL-00014" />
|
||||
<option name="project" value="LOCAL" />
|
||||
<updated>1763502909657</updated>
|
||||
</task>
|
||||
<task id="LOCAL-00015" summary="Update">
|
||||
<option name="closed" value="true" />
|
||||
<created>1763502990290</created>
|
||||
<option name="number" value="00015" />
|
||||
<option name="presentableId" value="LOCAL-00015" />
|
||||
<option name="project" value="LOCAL" />
|
||||
<updated>1763502990290</updated>
|
||||
</task>
|
||||
<task id="LOCAL-00016" summary="Update">
|
||||
<option name="closed" value="true" />
|
||||
<created>1763668886585</created>
|
||||
<option name="number" value="00016" />
|
||||
<option name="presentableId" value="LOCAL-00016" />
|
||||
<option name="project" value="LOCAL" />
|
||||
<updated>1763668886585</updated>
|
||||
</task>
|
||||
<option name="localTasksCounter" value="17" />
|
||||
<servers />
|
||||
</component>
|
||||
<component name="TypeScriptGeneratedFilesManager">
|
||||
<option name="version" value="3" />
|
||||
</component>
|
||||
<component name="VcsManagerConfiguration">
|
||||
<ignored-roots>
|
||||
<path value="$PROJECT_DIR$/content" />
|
||||
</ignored-roots>
|
||||
<MESSAGE value="Add biokemi link" />
|
||||
<MESSAGE value="Update" />
|
||||
<option name="LAST_COMMIT_MESSAGE" value="Update" />
|
||||
</component>
|
||||
<component name="github-copilot-workspace">
|
||||
<instructionFileLocations>
|
||||
<option value=".github/instructions" />
|
||||
</instructionFileLocations>
|
||||
<promptFileLocations>
|
||||
<option value=".github/prompts" />
|
||||
</promptFileLocations>
|
||||
</component>
|
||||
</project>
|
||||
BIN
content/.DS_Store
vendored
BIN
content/.DS_Store
vendored
Binary file not shown.
11
content/.obsidian/app.json
vendored
11
content/.obsidian/app.json
vendored
@@ -1,11 +0,0 @@
|
||||
{
|
||||
"alwaysUpdateLinks": true,
|
||||
"promptDelete": false,
|
||||
"attachmentFolderPath": "attachments",
|
||||
"pdfExportSettings": {
|
||||
"pageSize": "Letter",
|
||||
"landscape": false,
|
||||
"margin": "0",
|
||||
"downscalePercent": 100
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
3
content/.obsidian/appearance.json
vendored
3
content/.obsidian/appearance.json
vendored
@@ -1,3 +0,0 @@
|
||||
{
|
||||
"theme": "moonstone"
|
||||
}
|
||||
4
content/.obsidian/community-plugins.json
vendored
4
content/.obsidian/community-plugins.json
vendored
@@ -1,4 +0,0 @@
|
||||
[
|
||||
"folder-note-plugin",
|
||||
"obsidian-git"
|
||||
]
|
||||
33
content/.obsidian/core-plugins.json
vendored
33
content/.obsidian/core-plugins.json
vendored
@@ -1,33 +0,0 @@
|
||||
{
|
||||
"file-explorer": true,
|
||||
"global-search": true,
|
||||
"switcher": true,
|
||||
"graph": true,
|
||||
"backlink": true,
|
||||
"canvas": true,
|
||||
"outgoing-link": true,
|
||||
"tag-pane": true,
|
||||
"footnotes": false,
|
||||
"properties": false,
|
||||
"page-preview": true,
|
||||
"daily-notes": true,
|
||||
"templates": true,
|
||||
"note-composer": true,
|
||||
"command-palette": true,
|
||||
"slash-command": false,
|
||||
"editor-status": true,
|
||||
"bookmarks": true,
|
||||
"markdown-importer": false,
|
||||
"zk-prefixer": false,
|
||||
"random-note": false,
|
||||
"outline": true,
|
||||
"word-count": true,
|
||||
"slides": false,
|
||||
"audio-recorder": false,
|
||||
"workspaces": false,
|
||||
"file-recovery": true,
|
||||
"publish": false,
|
||||
"sync": true,
|
||||
"bases": true,
|
||||
"webviewer": false
|
||||
}
|
||||
22
content/.obsidian/graph.json
vendored
22
content/.obsidian/graph.json
vendored
@@ -1,22 +0,0 @@
|
||||
{
|
||||
"collapse-filter": true,
|
||||
"search": "",
|
||||
"showTags": false,
|
||||
"showAttachments": false,
|
||||
"hideUnresolved": false,
|
||||
"showOrphans": true,
|
||||
"collapse-color-groups": true,
|
||||
"colorGroups": [],
|
||||
"collapse-display": true,
|
||||
"showArrow": false,
|
||||
"textFadeMultiplier": 0,
|
||||
"nodeSizeMultiplier": 1,
|
||||
"lineSizeMultiplier": 1,
|
||||
"collapse-forces": true,
|
||||
"centerStrength": 0.518713248970312,
|
||||
"repelStrength": 10,
|
||||
"linkStrength": 1,
|
||||
"linkDistance": 250,
|
||||
"scale": 0.5943143512528389,
|
||||
"close": false
|
||||
}
|
||||
@@ -1,9 +0,0 @@
|
||||
{
|
||||
"folderNoteHide": true,
|
||||
"folderNoteType": "index",
|
||||
"folderNoteName": "index",
|
||||
"folderNoteKey": "ctrl",
|
||||
"folderNoteAutoRename": true,
|
||||
"folderDelete2Note": false,
|
||||
"folderNoteStrInit": "# {{FOLDER_NAME}} Overview\n {{FOLDER_BRIEF_LIVE}} \n"
|
||||
}
|
||||
9283
content/.obsidian/plugins/folder-note-plugin/main.js
vendored
9283
content/.obsidian/plugins/folder-note-plugin/main.js
vendored
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
@@ -1,10 +0,0 @@
|
||||
{
|
||||
"id": "folder-note-plugin",
|
||||
"name": "Folder Note",
|
||||
"version": "0.7.3",
|
||||
"minAppVersion": "0.9.12",
|
||||
"description": "Click a folder node to show a note describing the folder.",
|
||||
"author": "xpgo",
|
||||
"authorUrl": "https://github.com/xpgo/obsidian-folder-note",
|
||||
"isDesktopOnly": false
|
||||
}
|
||||
@@ -1,229 +0,0 @@
|
||||
/* hide the folder note file node */
|
||||
div.is-folder-note {
|
||||
display: none;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* indicate the folder has note */
|
||||
div.has-folder-note {
|
||||
color: var(--text-nav-selected);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/*---------------------------------------------
|
||||
Cute card view
|
||||
-----------------------------------------------*/
|
||||
|
||||
.cute-card-band {
|
||||
width: 100%;
|
||||
max-width: 900px;
|
||||
margin: 0 auto;
|
||||
margin-top: 15px;
|
||||
margin-bottom: 5px;
|
||||
display: grid;
|
||||
grid-template-columns: 1fr;
|
||||
grid-template-rows: auto;
|
||||
grid-gap: 20px;
|
||||
}
|
||||
|
||||
@media (min-width: 30em) {
|
||||
.cute-card-band {
|
||||
grid-template-columns: 1fr 1fr;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
@media (min-width: 60em) {
|
||||
.cute-card-band {
|
||||
grid-template-columns: repeat(3, 1fr);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
.cute-card-view {
|
||||
background: var(--background-accent);
|
||||
text-decoration: none !important;
|
||||
color: var(--text-normal);
|
||||
box-shadow: 0 2px 5px rgba(0, 0, 0, 0.1);
|
||||
display: flex;
|
||||
flex-direction: column;
|
||||
min-height: 100%;
|
||||
position: relative;
|
||||
top: 0;
|
||||
transition: all 0.1s ease-in;
|
||||
border-radius: 10px;
|
||||
}
|
||||
|
||||
.cute-card-view:hover {
|
||||
top: -2px;
|
||||
box-shadow: 0 4px 5px rgba(0, 0, 0, 0.2);
|
||||
}
|
||||
|
||||
.cute-card-view article {
|
||||
padding: 15px;
|
||||
flex: 1;
|
||||
display: flex;
|
||||
flex-direction: column;
|
||||
justify-content: space-between;
|
||||
}
|
||||
|
||||
.cute-card-view h1 {
|
||||
font-size: 1.2rem;
|
||||
margin: 0;
|
||||
color: var(--text-accent);
|
||||
}
|
||||
|
||||
.cute-card-view a {
|
||||
text-decoration: none !important;
|
||||
}
|
||||
|
||||
.cute-card-view p {
|
||||
flex: 1;
|
||||
line-height: 1.0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
.cute-card-view span {
|
||||
font-size: 0.8rem;
|
||||
font-weight: bold;
|
||||
color: var(--text-faint);
|
||||
letter-spacing: 0.05em;
|
||||
}
|
||||
|
||||
.cute-card-view .thumb {
|
||||
padding-bottom: 60%;
|
||||
background-size: cover;
|
||||
background-position: center center;
|
||||
border-radius: 10px 10px 0px 0px;
|
||||
}
|
||||
|
||||
.cute-card-view .thumb-color {
|
||||
padding-bottom: 10%;
|
||||
background-size: cover;
|
||||
background-position: center center;
|
||||
border-radius: 10px 10px 0px 0px;
|
||||
text-transform: uppercase;
|
||||
font-size: 1.2rem;
|
||||
font-weight: bold;
|
||||
text-align: center;
|
||||
color: #FFFFFF;
|
||||
padding: 10px;
|
||||
}
|
||||
|
||||
.cute-card-view .thumb-color-folder {
|
||||
background-color: slateblue;
|
||||
}
|
||||
|
||||
.cute-card-view .thumb-color-note {
|
||||
background-color: salmon;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
/*---------------------------------------------
|
||||
strip card view
|
||||
-----------------------------------------------*/
|
||||
|
||||
.strip-card-band {
|
||||
width: 100%;
|
||||
}
|
||||
|
||||
.strip-card-view {
|
||||
width: 100%;
|
||||
max-width: 100%;
|
||||
margin-top: 1.0rem;
|
||||
margin-bottom: 1.0rem;
|
||||
display: -webkit-box;
|
||||
display: -webkit-flex;
|
||||
display: -ms-flexbox;
|
||||
display: flex;
|
||||
-webkit-box-orient: horizontal;
|
||||
-webkit-box-direction: normal;
|
||||
-webkit-flex-direction: row;
|
||||
-ms-flex-direction: row;
|
||||
flex-direction: row;
|
||||
-webkit-box-align: stretch;
|
||||
-webkit-align-items: stretch;
|
||||
-ms-flex-align: stretch;
|
||||
align-items: stretch;
|
||||
min-height: 8rem;
|
||||
-webkit-border-radius: 10px;
|
||||
border-radius: 10px;
|
||||
overflow: hidden;
|
||||
-webkit-transition: all .3s ease;
|
||||
-o-transition: all .3s ease;
|
||||
transition: all .3s ease;
|
||||
-webkit-box-shadow: 0 1px 1px 0 rgba(31, 35, 46, 0.15);
|
||||
box-shadow: 0 1px 1px 0 rgba(31, 35, 46, 0.15);
|
||||
/* add by xpgo */
|
||||
background: var(--background-accent);
|
||||
text-decoration: none !important;
|
||||
color: var(--text-normal);
|
||||
}
|
||||
|
||||
.strip-card-view:hover {
|
||||
-webkit-transform: translate(0px, -2px);
|
||||
-ms-transform: translate(0px, -2px);
|
||||
transform: translate(0px, -2px);
|
||||
-webkit-box-shadow: 0 15px 45px -10px rgba(10, 16, 34, 0.2);
|
||||
box-shadow: 0 15px 45px -10px rgba(10, 16, 34, 0.2);
|
||||
}
|
||||
|
||||
.strip-card-view .thumb {
|
||||
width: 20%;
|
||||
max-width: 100%;
|
||||
min-height: 9rem;
|
||||
-webkit-background-size: cover;
|
||||
background-size: cover;
|
||||
background-position: 50% 50%;
|
||||
}
|
||||
|
||||
.strip-card-view .thumb-color {
|
||||
width: 20%;
|
||||
max-width: 100%;
|
||||
min-height: 9rem;
|
||||
-webkit-background-size: cover;
|
||||
background-size: cover;
|
||||
background-position: center center;
|
||||
/* add by xpgo */
|
||||
display: flex;
|
||||
justify-content: center;
|
||||
align-items: center;
|
||||
padding: 10px;
|
||||
text-transform: uppercase;
|
||||
font-size: 1.2rem;
|
||||
font-weight: bold;
|
||||
text-align: center;
|
||||
color: #FFFFFF;
|
||||
}
|
||||
|
||||
.strip-card-view .thumb-color-folder {
|
||||
background-color: slateblue;
|
||||
}
|
||||
|
||||
.strip-card-view .thumb-color-note {
|
||||
background-color: salmon;
|
||||
}
|
||||
|
||||
.strip-card-view article {
|
||||
padding: 1rem;
|
||||
width: 80%;
|
||||
}
|
||||
|
||||
.strip-card-view h1 {
|
||||
font-size: 1.5rem;
|
||||
margin: 0 0 10px;
|
||||
color: var(--text-accent);
|
||||
}
|
||||
|
||||
.strip-card-view a {
|
||||
text-decoration: none !important;
|
||||
}
|
||||
|
||||
.strip-card-view p {
|
||||
margin-top: 0;
|
||||
flex: 1;
|
||||
line-height: 1.0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
.strip-card-view span {
|
||||
font-size: 0.8rem;
|
||||
font-weight: bold;
|
||||
color: var(--text-faint);
|
||||
letter-spacing: 0.05em;
|
||||
}
|
||||
255
content/.obsidian/workspace.json
vendored
255
content/.obsidian/workspace.json
vendored
@@ -1,255 +0,0 @@
|
||||
{
|
||||
"main": {
|
||||
"id": "19179b278823b064",
|
||||
"type": "split",
|
||||
"children": [
|
||||
{
|
||||
"id": "3f6b32748450846e",
|
||||
"type": "tabs",
|
||||
"dimension": 30.91353996737357,
|
||||
"children": [
|
||||
{
|
||||
"id": "a08a21064c3e182b",
|
||||
"type": "leaf",
|
||||
"state": {
|
||||
"type": "markdown",
|
||||
"state": {
|
||||
"file": "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Instuderingsfrågor.md",
|
||||
"mode": "source",
|
||||
"source": false
|
||||
},
|
||||
"icon": "lucide-file",
|
||||
"title": "Instuderingsfrågor"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "656e3366de8b7874",
|
||||
"type": "tabs",
|
||||
"dimension": 69.08646003262643,
|
||||
"children": [
|
||||
{
|
||||
"id": "6be8a23612495802",
|
||||
"type": "leaf",
|
||||
"state": {
|
||||
"type": "markdown",
|
||||
"state": {
|
||||
"file": "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md",
|
||||
"mode": "source",
|
||||
"source": false
|
||||
},
|
||||
"icon": "lucide-file",
|
||||
"title": "Stoff"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"direction": "vertical"
|
||||
},
|
||||
"left": {
|
||||
"id": "70dc58e919eddd95",
|
||||
"type": "split",
|
||||
"children": [
|
||||
{
|
||||
"id": "47a30d427cdfb6db",
|
||||
"type": "tabs",
|
||||
"children": [
|
||||
{
|
||||
"id": "3eadd732417e81df",
|
||||
"type": "leaf",
|
||||
"state": {
|
||||
"type": "file-explorer",
|
||||
"state": {
|
||||
"sortOrder": "alphabetical",
|
||||
"autoReveal": false
|
||||
},
|
||||
"icon": "lucide-folder-closed",
|
||||
"title": "Files"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "2e4a8a51eb03bd6b",
|
||||
"type": "leaf",
|
||||
"state": {
|
||||
"type": "search",
|
||||
"state": {
|
||||
"query": "",
|
||||
"matchingCase": false,
|
||||
"explainSearch": false,
|
||||
"collapseAll": false,
|
||||
"extraContext": false,
|
||||
"sortOrder": "alphabetical"
|
||||
},
|
||||
"icon": "lucide-search",
|
||||
"title": "Search"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "591b7f92ddc7ac6e",
|
||||
"type": "leaf",
|
||||
"state": {
|
||||
"type": "bookmarks",
|
||||
"state": {},
|
||||
"icon": "lucide-bookmark",
|
||||
"title": "Bookmarks"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"direction": "horizontal",
|
||||
"width": 200
|
||||
},
|
||||
"right": {
|
||||
"id": "0948c66181b40af9",
|
||||
"type": "split",
|
||||
"children": [
|
||||
{
|
||||
"id": "8e42749b81d80f27",
|
||||
"type": "tabs",
|
||||
"children": [
|
||||
{
|
||||
"id": "e5aef8df0156336c",
|
||||
"type": "leaf",
|
||||
"state": {
|
||||
"type": "backlink",
|
||||
"state": {
|
||||
"file": "Biokemi/Enzymer/Anteckningar.md",
|
||||
"collapseAll": false,
|
||||
"extraContext": false,
|
||||
"sortOrder": "alphabetical",
|
||||
"showSearch": false,
|
||||
"searchQuery": "",
|
||||
"backlinkCollapsed": false,
|
||||
"unlinkedCollapsed": true
|
||||
},
|
||||
"icon": "links-coming-in",
|
||||
"title": "Backlinks for Anteckningar"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "131da419ce467615",
|
||||
"type": "leaf",
|
||||
"state": {
|
||||
"type": "outgoing-link",
|
||||
"state": {
|
||||
"file": "Histologi/Demokompendium/Preparattabell.md",
|
||||
"linksCollapsed": false,
|
||||
"unlinkedCollapsed": true
|
||||
},
|
||||
"icon": "links-going-out",
|
||||
"title": "Outgoing links from Preparattabell"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "5c1804c056cc2e31",
|
||||
"type": "leaf",
|
||||
"state": {
|
||||
"type": "tag",
|
||||
"state": {
|
||||
"sortOrder": "frequency",
|
||||
"useHierarchy": true,
|
||||
"showSearch": false,
|
||||
"searchQuery": ""
|
||||
},
|
||||
"icon": "lucide-tags",
|
||||
"title": "Tags"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "d4a03ebd29e7b96c",
|
||||
"type": "leaf",
|
||||
"state": {
|
||||
"type": "outline",
|
||||
"state": {
|
||||
"file": "Histologi/Demokompendium/Preparattabell.md",
|
||||
"followCursor": false,
|
||||
"showSearch": false,
|
||||
"searchQuery": ""
|
||||
},
|
||||
"icon": "lucide-list",
|
||||
"title": "Outline of Preparattabell"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"id": "10341d1503d8d1c5",
|
||||
"type": "leaf",
|
||||
"state": {
|
||||
"type": "git-view",
|
||||
"state": {},
|
||||
"icon": "git-pull-request",
|
||||
"title": "Source Control"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"currentTab": 4
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"direction": "horizontal",
|
||||
"width": 200,
|
||||
"collapsed": true
|
||||
},
|
||||
"left-ribbon": {
|
||||
"hiddenItems": {
|
||||
"switcher:Open quick switcher": false,
|
||||
"graph:Open graph view": false,
|
||||
"canvas:Create new canvas": false,
|
||||
"daily-notes:Open today's daily note": false,
|
||||
"templates:Insert template": false,
|
||||
"command-palette:Open command palette": false,
|
||||
"bases:Create new base": false,
|
||||
"obsidian-git:Open Git source control": false
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"active": "6be8a23612495802",
|
||||
"lastOpenFiles": [
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Instuderingsfrågor.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Lärandemål.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Anteckningar.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Provfrågor.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Anteckningar.md",
|
||||
"PU/Tystnadsplikt AI-svar.md",
|
||||
"Biokemi/!Template/Anteckningar.md",
|
||||
"attachments/Pasted image 20251120114922.png",
|
||||
"attachments/Pasted image 20251120114840.png",
|
||||
"attachments/Pasted image 20251120114710.png",
|
||||
"attachments/Pasted image 20251120114519.png",
|
||||
"attachments/Pasted image 20251120114415.png",
|
||||
"attachments/Pasted image 20251120114332.png",
|
||||
"attachments/Pasted image 20251120114149.png",
|
||||
"attachments/Pasted image 20251120114017.png",
|
||||
"attachments/Pasted image 20251120113850.png",
|
||||
"attachments/Pasted image 20251120113832.png",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Lärandemål.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Instuderingsfrågor.md",
|
||||
"index.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Kromatin",
|
||||
"Biokemi/index.md",
|
||||
"Biokemi.md",
|
||||
"Biokemi/Proteinseminarie/Stödord.md",
|
||||
"Anatomi.md",
|
||||
"Biokemi/Introduktion.md",
|
||||
"PU/PU.md",
|
||||
"Untitled.md",
|
||||
"Anatomi & Histologi/Anatomi/index.md",
|
||||
"Studieteknik/Export all to anki.md",
|
||||
"Anatomi & Histologi",
|
||||
"Biokemi/!Template/Lärandemål.md",
|
||||
"Biokemi/!Template/Provfrågor.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Translation",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Kromatin",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Kontroll avgenuttryck iprokaryoter",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation",
|
||||
"Biokemi/Metabolism",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Provfrågor.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer.md",
|
||||
"Biokemi/Makromolekyler",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md",
|
||||
"Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
198
content/Biokemi/! Målbeskrivning.md
Normal file
198
content/Biokemi/! Målbeskrivning.md
Normal file
@@ -0,0 +1,198 @@
|
||||
|
||||
[[Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/index]]
|
||||
### Lipider
|
||||
• Energi-lager: fria fettsyror och triacylglycerol. 
|
||||
• Membranlipider; amfipatibegreppet. 
|
||||
• Kolesterol (struktur ska kunnas). 
|
||||
• Fosfolipider (principiell struktur ska kunnas). 
|
||||
• Glykolipider (principiell struktur ska kunnas). 
|
||||
• Bildning av miceller och membran. 
|
||||
• Transportformer: översikt om lipoproteiners struktur och funktion.
|
||||
*Beskriva lipiders struktur och biologiska funktioner.*
|
||||
### Från aminosyror till proteiner
|
||||
• Primära aminosyror: uppbyggnad och joniseringstillstånd. 
|
||||
• Stereoisomerer. 
|
||||
• De 20 aminosyrornas kemiska egenskaper och principiella struktur. 
|
||||
• Kovalent modifiering av aminosyror. 
|
||||
• Peptidbindningen; prolin och cystein – speciella egenskaper. 
|
||||
• Primär-, sekundär-, tertiär- och kvartärstruktur. 
|
||||
• a-helixar och b-flak: uppbyggnad och stabilisering. 
|
||||
• Principer för proteinveckning; stabilisering av 3D-struktur. 
|
||||
• Disulfidbindningar; protein-disulfidisomeras. 
|
||||
• Chaperoner och chaperoniner. 
|
||||
• Prioner. 
|
||||
*Redogöra för aminosyrornas egenskaper och hur de kan interagera.*
|
||||
*Redogöra för de olika nivåerna av proteinveckning.*
|
||||
### Kolhydrater. Struktur
|
||||
• Kolhydraters struktur: aldos/ketos, isomeri, ringbildning, glykosidisk bindning. 
|
||||
• Monosackarider: glukos (struktur ska kunnas), galaktos, N-acetylglukosamin, N-acetylgalatosamin, fukos, sialinsyra. 
|
||||
• Disackarider: laktos, galaktosemi, laktosintolerans. 
|
||||
• Glykokonjugat: glykoproteiner (N-/O-länkade), glykolipider, proteoglykaner (principiell struktur ska kunnas), mucopolysackaridos. 
|
||||
• Diversitet - AB0-systemet. 
|
||||
*Beskriva kolhydraters struktur och biologiska roller.*
|
||||
### Att utforska proteiner
|
||||
• Proteom-begreppet. 
|
||||
• Proteiners kemiska/fysikaliska egenskaper som grund för rening. 
|
||||
• Gelfiltrering, jonbytes- och affinitetskromatografi. 
|
||||
• Elektrofores: SDS-PAGE, isoelektrisk fokusering. 
|
||||
• Immunologiska tekniker och ”blottning”; antikropp/antigen. 
|
||||
• Mono- vs polyklonala antikroppar. 
|
||||
• ELISA-princip och kliniska exempel. 
|
||||
• Struktur-bestämning: röntgenkristallografi, NMR, cryo-EM. 
|
||||
|
||||
### Hemoglobin
|
||||
• Receptor-ligand-interaktion. 
|
||||
• Myoglobin och hemoglobin: struktur (porfyrinring, Fe). 
|
||||
• Kooperativitet; syrebindningsförmåga. 
|
||||
• Alloster reglering: CO₂, H⁺, BPG – molekylär bakgrund. 
|
||||
• Mättnadskurvor; syretransport till vävnad. 
|
||||
• HbF vs HbA – konsekvenser. 
|
||||
• Sickle-cell-anemi: molekylär bakgrund. 
|
||||
### Nukleotider
|
||||
• Centrala dogmen: replikation, transkription, translation, genetisk kod, läsram. 
|
||||
• Enzymer: DNA-pol, RNA-pol, ribosom. 
|
||||
• Nukleotider/nukleosider: principiell struktur. 
|
||||
• Komplementär basparning; stabilitet hos dsDNA/RNA. 
|
||||
• Ribonukleotidreduktas. 
|
||||
|
||||
### Biokemi ur ett evolutionsperspektiv
|
||||
• Evolution: grundkoncept, livets evolution, RNA-värld, endosymbios; tillämpningar. 
|
||||
• DNA-replikation: grundläggande processer; replikationsgaffel/repliosom. 
|
||||
• Enzymaktiviteter: endo-/exonukleas, restriktionsendonukleaser, omvänt transkriptas, DNA-ligas. 
|
||||
• Processivitet och proofreading. 
|
||||
• DNA-topologi: superhelicitet, topoisomeraser. 
|
||||
• Transkription: RNA-pol I/II/III; capping, polyadenylering, splicing; snRNA. 
|
||||
• Prokaryot transkription: särdrag; koppling transkription-translation; operon; bakteriofag; plasmid. 
|
||||
• Kromatin: DNA-organisation; nukleosom; kromatin-nybildning. 
|
||||
• Replikationsstart i eukaryoter: ARS/ori; ORC, CDC6, MCM; cellcykelkoppling; telomerer. 
|
||||
• Translation: tRNA-struktur/funktion; aminoacylering; ribosom; initiering/elongering/translokation/terminering; reglering. 
|
||||
• Termodynamikens 3 lagar; H, S, G, ΔG, E0′; exergon/endregon; aktiveringsenergi; standardtillstånd; kopplade reaktioner. 
|
||||
• Enzymer I: aktiveringsenergi, övergångstillstånd, katalys. 
|
||||
• Enzymer II: aktiva säten; hastighetskonstanter; steady-state; Michaelis-Menten (KM, Vmax, kcat); inhibitorer (kompetitiv/okompetitiv/non-kompetitiv); kofaktorer; vitaminer; kopplade reaktioner; exempel: proteaser (chymotrypsin, katalytisk triad), Ser/Thr- och Tyr-kinaser, fosfataser, syntaser, oxidoreduktaser. 
|
||||
• Introduktion till metabolism: energiomvandling; anabolism/katabolism; katabolismens stadier; metaboliter/vägar; ATP, NAD(P)H, FADH₂; fosforyltransferpotential; energikvot; oxidation/reduktion; hydrolys/kondensation; B-vitaminer. 
|
||||
• Glykolys: reaktioner/metaboliter; enzymer; substratnivåfosforylering; reglering (alloster, feedforward, feedback); anaerob/aerob; GLUT; Warburg-effekten. 
|
||||
• Glykogen: struktur (α-1,4/α-1,6); funktion i lever/muskel; glykogenolys; glykogenes; alloster/hormonell reglering. 
|
||||
• Glukoneogenes: reaktioner/enzymer/reglering; PFK-2/FBP-2; substrat; laktatdehydrogenas; Cori-cykeln; laktatets öden. 
|
||||
• Citronsyracykeln: PDH-komplex; prostetisk grupp; CoA/acetyl-CoA; reaktioner/enzymer; dekarboxylering; dehydrogenering; reglering; hypoxi, HIF-1. 
|
||||
• Betaoxidation och TAG-syntes: fettsyrefrisättning; mitokondrietransport; betaoxidation; ketonkroppar; fettsyra/TAG-syntes. 
|
||||
• Elektrontransportkedja/oxidativ fosforylering: mitokondriens suborganeller; redoxpotential; elektronbärare; NADH→O₂; respiration; protonpumpning; elektrokemisk gradient; ATP-syntas; frikopplare; membrantransport; inhibitorer; NADH-shuntar; ATP-utbyte. 
|
||||
• Aminosyrametabolism: proteinogena/icke-proteinogena aminosyror; användning; upptag; essentiella/icke-essentiella; glukogena/ketogena; biosyntes; aminotransferaser; PKU; glutamat/glutamatdehydrogenas; ureacykel; extrahepatiska vävnader; kvävetransport; påfyllnadsreaktioner. 
|
||||
• Nukleotidnedbrytning: puriner/pyrimidiner; pentoser; skillnader i slutprodukter; pentosfosfat till glykolysintermediär/acetyl-CoA; gikt; två behandlingsstrategier. 
|
||||
• Pentosfosfatvägen: NADPH och ribos-5-fosfat – uppgifter; oxidativ/icke-oxidativ fas; koppling till glykolys/glukoneogenes; behovsstyrd slussning; G6PD-brist; oxidativ stress → hemolys. 
|
||||
• Kolesterolsyntes: källor; position i metabolism; ATP-citratelyas; HMG-CoA-reduktas (fyra regleringsmekanismer); tre huvudmekanismer för intracellulär kolesterolkontroll; funktion; utsöndring; enterohepatiska kretsloppet. 
|
||||
• Heme: syntes; nedbrytning; porfyrier (översikt). 
|
||||
• Cellmembran: membranlipider/proteiner; barriärfunktion; membrandomäner; glykokalyx (struktur/igenkänning); cell-cell-interaktioner; adhesionsmolekyler. 
|
||||
• Transport över membran: diffusion; faciliterad diffusion; bärarproteiner; aquaporiner; jonkanaler/aktivering; osmos; kanalfogar; aktiv transport (primär/sekundär; P-typ; Na⁺/K⁺-ATPase; ABC-transportörer; MDR-proteiner); uniport/antiport/symport. 
|
||||
|
||||
Mål
|
||||
• Beskriva hur olika bindningar bidrar till strukturen hos makromolekyler. 
|
||||
• Beskriva lipiders struktur och biologiska funktioner. 
|
||||
• Redogöra för aminosyrornas egenskaper och hur de kan interagera. 
|
||||
• Redogöra för de olika nivåerna av proteinveckning. 
|
||||
• Beskriva kolhydraters struktur och biologiska roller. 
|
||||
• Beskriva metoder för undersökning av proteiners struktur och funktion. 
|
||||
• Beskriva hur proteiners funktion beror på proteinstruktur, bindningspartner och enskilda aminosyrors egenskaper. 
|
||||
• Beskriva byggstenarna för DNA och RNA, deras syntes och konsekvenser av störd nukleotidsyntes. 
|
||||
• Kunna översiktligt beskriva stegen i den centrala dogmen. 
|
||||
• Primär- och sekundärstruktur för DNA och RNA (kunna översiktligt). 
|
||||
• Övergripande förståelse för utvecklingen av biologiska vägar och biomolekyler. 
|
||||
• Beskriva hur DNA replikeras i eukaryota celler. 
|
||||
• Funktionen hos enzymer som verkar på DNA. 
|
||||
• Beskriva hur information i cellens DNA översätts till RNA. 
|
||||
• Modifieringar av eukaryot mRNA (capping, poly(A), splicing). 
|
||||
• De typer av DNA som finns i prokaryoter. 
|
||||
• Överföring av genetisk information från DNA till RNA i prokaryoter. 
|
||||
• Beskriva den eukaryota kromosomens uppbyggnad. 
|
||||
• Beskriva hur replikation startar i eukaryota celler. 
|
||||
• Beskriva överföringen av genetisk information från mRNA till protein. 
|
||||
• Förstå sambandet mellan fri energi, entalpi, entropi och jämviktskonstanter. 
|
||||
• Förstå kopplingen mellan biokemiska reaktioner och biomolekyler med högt energi-innehåll. 
|
||||
• Redogöra för enzymkinetik och reglering av enzymkatalyserade reaktioner. 
|
||||
• Beskriva enzymers och koenzymers struktur och funktion. 
|
||||
• Beskriva mekanismer för reglering av proteiners aktivitet. 
|
||||
• Redogöra för vad som karaktäriserar anabolism och katabolism, energirika molekyler och cellens energivaluta. 
|
||||
• Redogöra för glykolysens reaktioner, enzymer och reglering. 
|
||||
• Förstå skillnaden mellan anaerob och aerob glykolys. 
|
||||
• Redogöra för glykogens funktion och strukturella uppbyggnad. 
|
||||
• Beskriva hur glykogen syntetiseras och bryts ned. 
|
||||
• Beskriva hur glykogenmetabolismen styrs via allostera mekanismer och hormonsignalering. 
|
||||
• Redogöra för glukoneogenesens reaktioner, enzymer och reglering. 
|
||||
• Redogöra för laktats roll i metabolismen. 
|
||||
• Redogöra för länken mellan glykolys och citronsyracykeln och dess reglering. 
|
||||
• Redogöra för citronsyracykelns reaktioner, enzymer och reglering. 
|
||||
• Redogöra för omsättningen av triacylglycerol. 
|
||||
• Redogöra för elektrontransporten och dess koppling till protonpumpning. 
|
||||
• Redogöra för ATP-syntes via oxidativ fosforylering. 
|
||||
• Beskriva hur celler får tillgång till aminosyror och vad dessa kan användas till. 
|
||||
• Förstå skillnaden på essentiella och icke-essentiella aminosyror. 
|
||||
• Översiktligt redogöra för varifrån aminosyrors α-aminogrupp och kolskelett kommer. 
|
||||
• Beskriva reaktionerna katalyserade av ALAT och ASAT. 
|
||||
• Beskriva den bakomliggande orsaken till PKU. 
|
||||
• Översiktligt beskriva ureacykeln, dess funktion och huvudsakliga reglering. 
|
||||
• Redogöra för extrahepatiska vävnaders samspel med levern i aminosyrakatabolism. 
|
||||
• Översiktligt beskriva purinnukleotiders nedbrytning. 
|
||||
• Redogöra för hur nedbrytning av puriner och pyrimidiner skiljer sig m.a.p. slutprodukter (kväven/kolskelett). 
|
||||
• Redogöra för pentosfosfatvägens huvudsakliga funktion. 
|
||||
• Ge exempel på vad NADPH och ribos-5-fosfat används till. 
|
||||
• Översiktligt beskriva pentosfosfatvägens två faser och interaktion med glykolys/glukoneogenes. 
|
||||
• Översiktligt beskriva varför G6PD-brist särskilt påverkar erytrocyter och kan ge hemolys vid oxidativ stress. 
|
||||
• Redogöra för kolesterolets omsättning samt huvudprinciper för kolesterolsyntes och reglering. 
|
||||
• Redogöra för omsättningen av heme. 
|
||||
• Beskriva hur det eukaryota cellmembranet är uppbyggt. 
|
||||
• Beskriva mekanismer för transport över cellens plasmamembran. 
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
- Beskriva metoder för undersökning av proteiners struktur och funktion.
|
||||
- Beskriva hur proteiners funktion beror på proteinstruktur, bindningspartner och enskilda aminosyrors egenskaper.
|
||||
- Beskriva byggstenarna för DNA och RNA, deras syntes och konsekvenser av störd nukleotidsyntes.
|
||||
- Kunna översiktligt beskriva stegen i den centrala dogmen.
|
||||
- Primär- och sekundärstruktur för DNA och RNA (kunna översiktligt).
|
||||
- Övergripande förståelse för utvecklingen av biologiska vägar och biomolekyler.
|
||||
- Beskriva hur DNA replikeras i eukaryota celler.
|
||||
- Funktionen hos enzymer som verkar på DNA.
|
||||
- Beskriva hur information i cellens DNA översätts till RNA.
|
||||
- Modifieringar av eukaryot mRNA (capping, poly(A), splicing).
|
||||
- De typer av DNA som finns i prokaryoter.
|
||||
- Överföring av genetisk information från DNA till RNA i prokaryoter.
|
||||
- Beskriva den eukaryota kromosomens uppbyggnad.
|
||||
- Beskriva hur replikation startar i eukaryota celler.
|
||||
- Beskriva överföringen av genetisk information från mRNA till protein.
|
||||
- Förstå sambandet mellan fri energi, entalpi, entropi och jämviktskonstanter.
|
||||
- Förstå kopplingen mellan biokemiska reaktioner och biomolekyler med högt energi-innehåll.
|
||||
- Redogöra för enzymkinetik och reglering av enzymkatalyserade reaktioner.
|
||||
- Beskriva enzymers och koenzymers struktur och funktion.
|
||||
- Beskriva mekanismer för reglering av proteiners aktivitet.
|
||||
- Redogöra för vad som karaktäriserar anabolism och katabolism, energirika molekyler och cellens energivaluta.
|
||||
- Redogöra för glykolysens reaktioner, enzymer och reglering.
|
||||
- Förstå skillnaden mellan anaerob och aerob glykolys.
|
||||
- Redogöra för glykogens funktion och strukturella uppbyggnad.
|
||||
- Beskriva hur glykogen syntetiseras och bryts ned.
|
||||
- Beskriva hur glykogenmetabolismen styrs via allostera mekanismer och hormonsignalering.
|
||||
- Redogöra för glukoneogenesens reaktioner, enzymer och reglering.
|
||||
- Redogöra för laktats roll i metabolismen.
|
||||
- Redogöra för länken mellan glykolys och citronsyracykeln och dess reglering.
|
||||
- Redogöra för citronsyracykelns reaktioner, enzymer och reglering.
|
||||
- Redogöra för omsättningen av triacylglycerol.
|
||||
- Redogöra för elektrontransporten och dess koppling till protonpumpning.
|
||||
- Redogöra för ATP-syntes via oxidativ fosforylering.
|
||||
- Beskriva hur celler får tillgång till aminosyror och vad dessa kan användas till.
|
||||
- Förstå skillnaden på essentiella och icke-essentiella aminosyror.
|
||||
- Översiktligt redogöra för varifrån aminosyrors α-aminogrupp och kolskelett kommer.
|
||||
- Beskriva reaktionerna katalyserade av ALAT och ASAT.
|
||||
- Beskriva den bakomliggande orsaken till PKU.
|
||||
- Översiktligt beskriva ureacykeln, dess funktion och huvudsakliga reglering.
|
||||
- Redogöra för extrahepatiska vävnaders samspel med levern i aminosyrakatabolism.
|
||||
- Översiktligt beskriva purinnukleotiders nedbrytning.
|
||||
- Redogöra för hur nedbrytning av puriner och pyrimidiner skiljer sig m.a.p. slutprodukter (kväven/kolskelett).
|
||||
- Redogöra för pentosfosfatvägens huvudsakliga funktion.
|
||||
- Ge exempel på vad NADPH och ribos-5-fosfat används till.
|
||||
- Översiktligt beskriva pentosfosfatvägens två faser och interaktion med glykolys/glukoneogenes.
|
||||
- Översiktligt beskriva varför G6PD-brist särskilt påverkar erytrocyter och kan ge hemolys vid oxidativ stress.
|
||||
- Redogöra för kolesterolets omsättning samt huvudprinciper för kolesterolsyntes och reglering.
|
||||
- Redogöra för omsättningen av heme.
|
||||
- Beskriva hur det eukaryota cellmembranet är uppbyggt.
|
||||
- Beskriva mekanismer för transport över cellens plasmamembran.
|
||||
BIN
content/Biokemi/.DS_Store
vendored
BIN
content/Biokemi/.DS_Store
vendored
Binary file not shown.
BIN
content/Biokemi/Cellulära processer/.DS_Store
vendored
BIN
content/Biokemi/Cellulära processer/.DS_Store
vendored
Binary file not shown.
@@ -0,0 +1,419 @@
|
||||
- En jämförelse mellan eukaryota och prokaryota genom
|
||||
- mycket är lika!
|
||||
- Grundläggande enzymatiska processer vid eukaryot DNA replikation (mycket lik prokaryot!)
|
||||
- dyker upp i läkemedel
|
||||
|
||||
Föreläsningen täcker bl.a.:
|
||||
- Leading och Lagging strand
|
||||
- Processivity och proofreading
|
||||
- Replikationsgaffel och replisome
|
||||
- Superhelicitet och topoisomeraser
|
||||
- Nukleaser och ligaser
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121091934.png]]
|
||||
Bakterier har eget genom
|
||||
- **Cirkulärt**
|
||||
- vissa problem med linjär replikation av ändar
|
||||
- fördelar, bara gå runt
|
||||
- 500kbp till 11Mbp
|
||||
- **Plasmider**
|
||||
- samma typ av DNA, mindre och kan överföras mellan baktirer t.ex. antibiotikaresistens
|
||||
- Har ett genom
|
||||
|
||||
FRÅGA: varför har människor inte plasmider för att överföra fördelar?
|
||||
|
||||
|
||||
---
|
||||
Eukaryota
|
||||
![[Pasted image 20251121092321.png]]
|
||||
- 30-100 ggr så större än bakteriella
|
||||
- 3 Gbp
|
||||
- Egna problem att det är så stort och linjärt
|
||||
----
|
||||
|
||||
Bra att lära sig:
|
||||
- DNA replikeras
|
||||
- RNA transkription
|
||||
- Protein translation
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121092516.png]]
|
||||
|
||||
----
|
||||
Redan Watts insåg att det var semi-konservativt så fort de förstod hur det såg ut.
|
||||
Då blev allt väldigt uppenbart
|
||||
|
||||
Genom att titta så förstod man funktion, var komplimentära, samma information fanns i båda molekylerna
|
||||
![[Pasted image 20251121092705.png]]
|
||||
|
||||
Viktigt:
|
||||
- semi-konservativ som begrepp
|
||||
- föräldrasträngen är den blå (parental)
|
||||
- nybildadsträng är den röda (nascent)
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121092822.png]]
|
||||
|
||||
Krångligt att rita ut helixarna, blir linjärt för förenkling
|
||||
|
||||
Man börjar på många olika ställen
|
||||
- bildar replikationsbubblor
|
||||
- sen växer bubblorna åt båda hållen
|
||||
- så småningom når det varandra, då går de ihop och då får vi nya strängar
|
||||
|
||||
Bubblorna startar vid "origin of replication" och är **många**, som är väl definierade, väl reglerade
|
||||
Många sjukdomar beror på för mycket/lite dna, eller skapat dna,
|
||||
jättereglerat, en gång, det måste ske samtidigt över hela molekylen.
|
||||
|
||||
Varje bubbla har två replikationsgafflar
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121093320.png]]
|
||||
Bakteriell DNA behöver inte så många replikationsgafflar
|
||||
Har bara **ett** origin of replikation
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
Hur går det till att läsa av båda två strängarna i samma riktining?
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121093608.png]]
|
||||
|
||||
- föräldrasträngarna är antiparallela (övre)
|
||||
- undre är inga problem, mall och så bygger man en i taget
|
||||
- Mallsträngen går från 3' till 5' felaktig
|
||||
- behöver en nödläsning
|
||||
- gör korta snuttar
|
||||
- lägga en ny som går bakåt
|
||||
|
||||
Så
|
||||
- en kontinuerligt
|
||||
- en med små korta snuttar
|
||||
|
||||
|
||||
---
|
||||
![[Pasted image 20251121093757.png]]
|
||||
Man brukar prata om två olika
|
||||
- kontinuerligt: leading strand
|
||||
- små fragment: lagging strand
|
||||
- varje fragment heter okazaki fragment
|
||||
- döpt efter en japansk gästforskare på stanford
|
||||
- 100-200 nukleotider i eukaryoter
|
||||
- 1000-2000 i prokaryoter
|
||||
|
||||
FRÅGA: varför storleks skillnad mellan eukaryoter och prokaryoter?
|
||||
|
||||
---
|
||||
![[Pasted image 20251121094040.png]]
|
||||
Måste ske av ett helt enzymmaskineri
|
||||
För att lyckas så måste vi ha ett antal enzymer
|
||||
te.x ett som hjälper till att dela
|
||||
skillnad mot RNA:
|
||||
- bubblan öppnar bara upp en liten bit
|
||||
- kräver mycket mer kraft krävs (helikas)
|
||||
- polymeras för att sätta på
|
||||
- krävs en för både lagging och leading
|
||||
|
||||
---
|
||||
![[Pasted image 20251121094218.png]]
|
||||
Viktigaste enzymet!
|
||||
DNA-polymeras
|
||||
- hjälpa till och skapa en struktur
|
||||
- nya nukleotider som kan baspara
|
||||
- kallas DNA-syntes
|
||||
- DNA-polymeraset hjälper till att välja ut rätt nukleotid
|
||||
- kan hamna snett, när det inte sitter perfekt så bildas det inget nytt fosfodiesterbindning
|
||||
- när rätt nukleotid är på plats, nu verkar allt stämma då sker det en liten ändring i strukturen - click säger det och kopplar på i den nya kedjan
|
||||
- får energi av fosfatgrupperna som trillar av ATP
|
||||
- då öppnar sig DNA-polymeraset och rör sig en liten bit
|
||||
|
||||
FRÅGA: krävs det ett ATP per replikerad nukleotid?
|
||||
|
||||
----
|
||||
Magnesiumjoner hjälper DNA-polymeraset att sätta fast nya nukleotider
|
||||
SLIDE SAKNAS
|
||||
|
||||
interaktion med magnesiumjoner, hjälper till att lägga så allt ligger väldigt nära varandra
|
||||
det hjälper till att få en reaktion
|
||||
skapa en ny fosfodiesterbindnig
|
||||
|
||||
---
|
||||
![[Pasted image 20251121094606.png]]
|
||||
påminner om en högerhand som växer
|
||||
|
||||
---
|
||||
![[Pasted image 20251121094625.png]]
|
||||
kärnpunkten i vad DNA-polymeras behöver göra
|
||||
|
||||
När det inte funkar kan man få väldigt tråkiga sjukdomar, t.ex. sjukdom vid 13 och går bort vid 20. I mitokondrier, talar mer om det i T3
|
||||
|
||||
Cancer orsakas pga av mutation, då man inte kan mutera DNA på rätt sätt.
|
||||
|
||||
DNA-polymeraset måste vara
|
||||
- noggrant - kallas även **fidelitet**
|
||||
- annars mutationer och kanske sjukdomar
|
||||
- effektivt - kallas **processivitet**
|
||||
- måste fungera på väldigt långa sträcker, vara väldigt noggrant och en hög processivitet, långa sträcker utan att falla av
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121094943.png]]
|
||||
|
||||
Ibland blir det fel, kommer in en felaktig nukleotid
|
||||
|
||||
Det finns en möjlighet för DNA-polymeraset att fixa det, det har inte bara
|
||||
- att röra sig framåt
|
||||
- men har också möjligheten att backa
|
||||
- exonukleoasaktivtet (ta bort ifrån änden)
|
||||
|
||||
Förmågan att backa kallas proofreading
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
SLIDE endonukleaser/exonukleaser saknas
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
endonukleas
|
||||
- ta bort i mitten
|
||||
exonukleas kan delas upp i två grupper
|
||||
- ta bort i en ände
|
||||
- 5'
|
||||
- 3'
|
||||
---
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121095304.png]]
|
||||
|
||||
Måste vara processiva (effektiva!)
|
||||
Miljoner, miljarder baspar som måste replikeras
|
||||
Måste köra under en lång tid
|
||||
|
||||
Processivitet = förmågan att koppla på **många** nukleotider till den **växande** DNA-strängen, utan att polymeraset **lossnar** från mallsträngen.
|
||||
|
||||
sliding camp - klämma
|
||||
- sätter sig fast i änden
|
||||
- fungerar som ett ankar som håller kvar DNA
|
||||
- ökar effektivtet 50ggr för att DNA-polymeraset inte lossnar
|
||||
- utan: 10-20 nt/s
|
||||
- med: 500-1000nt/s
|
||||
|
||||
----
|
||||
**Problem vid DNA-replikation (2)**
|
||||
DNA-polymeraser kan inte starta DNA replikation _de novo_. De behöver en primer.
|
||||
|
||||
de novo = från ingenting
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121095710.png]]
|
||||
För att börja, behöver vi en liten startpunkt som är en RNA primer.
|
||||
|
||||
RNA-polymeras kan startas **de novo**
|
||||
DNA-polymeras behöver en RNA-primer
|
||||
|
||||
Finns ett specialiserat DNA-polymeras som bara gör väldigt korta strängar, behöver bara en liten snutt, som det vanliga DNA-polymeraset kan starta och köra igång
|
||||
- det kallas för DNA-primas
|
||||
|
||||
I våra celler sitter DNA-polymeras tillsammans med DNA-primas (kommer senare)
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121095938.png]]
|
||||
|
||||
leading strand: primers behövs bara en primer
|
||||
lagging strand: en primer per fragment
|
||||
FRÅGA: hur lång är en fragment
|
||||
FRÅGA: varför kan man inte bygga bakvänt?
|
||||
- har med fosfatbryggan, naturen har valt att göra det
|
||||
FRÅGA: plockas primern bort?
|
||||
- vi vill inte ha RNA i DNA
|
||||
- vi vill inte ha en lucka
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
Problem vid DNA-replikation (3)
|
||||
På lagging-strängen finns en RNA-primer i början av varje Okazaki-fragment!
|
||||
Vi vill inte ha sträckor av RNA i DNA-molekylen!
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
Energin kommer med den inkommande nukleotiden
|
||||
det bestämmer att reparation måste gå i rätt riktning
|
||||
trifosfater är lite instabila, de kan gå sönder, sitter de på DNA-kedjan kan det bli katastrof.
|
||||
|
||||
okazaki-fragement kan variera i längd, när de nått en viss längd så lossnar maskineriet
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121102046.png]]
|
||||
|
||||
VIll ta bort - fragement maturation
|
||||
- steg 1 RNA-primer
|
||||
- steg 2 brytpunkten, DNA-fragmenten måste sitta ihop ordentligt
|
||||
- försluter ryggraden så den blir hel
|
||||
- kallas ligering - klistrar ihop fragmenten
|
||||
- får inte finnas brott (nicks)
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121102319.png]]
|
||||
|
||||
#### Steg 1
|
||||
|
||||
Från vänster närmare sig det nya fragmentet
|
||||
DNA polymerases stannar inte, det krashar in i RNAt, när det händer så släpper det från DNA, de sitter inte längre hybridiserat. Bildar en lite flärp, flap. Som petar ut det här RNA, medan DNA finns kvar på strängen
|
||||
|
||||
Finns ett speciellt endonukleas som känner igen detta flappar, kallas Flap Endonukleass 1 eller FEN1 som kan komma in och klyva.
|
||||
Sen finns det bara en litet nick kvar, allt RNA är borta.
|
||||
Det är eukaryota celler när vi ta bort
|
||||
|
||||
---
|
||||
### Steg 2
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121102545.png]]
|
||||
Använder energi från ATP för att laga nicken, det är DNA-ligas som lagar.
|
||||
Själva nicken är avsaknaden av en fosfodiesterbrygga, alla nukleotider finns men en brygga saknas.
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121102658.png]]
|
||||
Använder ATP som en ko-faktor som kan klistras ihop.
|
||||
|
||||
---
|
||||
**Problem vid DNA-replikation (4)**
|
||||
|
||||
DNA är dubbelsträngat! Hur kan vi dela på strängarna så att DNA replikation kan ske?
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121102747.png]]
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
Helikas är en grupp av enzym:
|
||||
- en förmåga att dela DNA
|
||||
- finns olika beroende på process
|
||||
|
||||
I DNA-replikationen sitter helikaset längst fram, det är det som gör att gaffeln kan röra sig.
|
||||
- det binder till en av strängarna, fungerar som en kil
|
||||
- klättrar på en sträng, så pressar det isär DNA som finns framför
|
||||
-
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121102941.png]]
|
||||
- Består av 6 st identiska subenheter
|
||||
- Den bildar runt DNA
|
||||
- Har förmåga att klättra som en repklättrare
|
||||
- Hydroliserar ATP använder energi från det
|
||||
- den rör sig upp för det här och så växer gaffel, så går den längre och längre uppför
|
||||
- klättrar utmed
|
||||
- snurrar runt lite här
|
||||
- alla olika subenheter kan hydrolisera ATP, det blir som en rörelse uppåt
|
||||
|
||||
På leadning strand sitter DNA-pol en liten bit efter
|
||||
För lagging strand är det lite mer komplicerat, måste finns upp till 200 nt lång sträcka innan man syntesiserar, måste skydda DNA i den biten, känsligt för omgivningen, mycket som reagera, som går in och basparar med sig själv
|
||||
Måste stabilisera det enkelsträngade DNA så inte det sker
|
||||
|
||||
Kallar de för enkelsträngadeproteiner
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121103232.png]]
|
||||
|
||||
Allt det här stimulerar DNA-replikation, för att det ska kunna ske effekivt
|
||||
I de flesta celler kallar det single-cell-binding protein
|
||||
|
||||
Replication Protein A kallas det i våra celler RPA, spelar en viktig roll här.
|
||||
|
||||
---
|
||||
![[Pasted image 20251121103336.png]]
|
||||
Proteinerna fungerar tillsammans som ett maskineri, de viktig att alla är på plats tillsammans
|
||||
Ofta bildar de interaktioner mellan varandra
|
||||
Helikaset känner av att det finns ett single-stranding DNA binding, de stimulerar **varandra** så de vågar röra sig framåt, de blir mer effektivt.
|
||||
Om man återskapar det här i ett provrör, om man lägger till ett single-stranding DNA.
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
www.youtube.com/watch?=l9ArIJWYZ
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
**Problem vid DNA-replikation (5)**
|
||||
|
||||
När man tvingar isär dubbelhelixen så skapas topologiska problem.
|
||||
|
||||
Varför och hur löser cellen detta?
|
||||
|
||||
----
|
||||
När vi gör en DNA-replikation kan snörerna svängarna/helixarna, har ingenstans att ta vägen, de kommer bli massa spänningar i det här DNA. Tänk skosnöre som är tvinnat.
|
||||
Man kan inte förvänta sig att det ska lösa sig självt.
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121103747.png]]
|
||||
|
||||
Det blir massa spänningar och jobbigt, massa konstiga sekundärstrukturer.
|
||||
Som heter **supercoils**
|
||||
|
||||
Det blir mkt motstånd, måste bli av med spänningarna, behöver någonting framför för att slappna av DNA:t
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121103912.png]]
|
||||
|
||||
Går inte att snurra DNA-molekylerna, de blir fixerade och tar man bara helikaset.
|
||||
Ju mer man kör ju mer spänningar, konstiga strukturer, stannar replikationen.
|
||||
Får detta att slappna av.
|
||||
|
||||
---
|
||||
Linking DNA
|
||||
|
||||
|
||||
- Har ungefär 10.4 bp/varv. Fin avslappnad och optimerad DNA-helix.
|
||||
- 160bp lång, får plats med 25 varv
|
||||
![[Pasted image 20251121104100.png]]
|
||||
|
||||
Man kan slå ihop de, så blir de så fint här:
|
||||
![[Pasted image 20251121104106.png]]
|
||||
|
||||
Men vad händer om man introducerar 5 extra varv, då bygger vi upp spänningar i molekylen.
|
||||
Linking Number (Lk) är antal varv, det ska motsvara det optimera och helst vara 25 varv för 160 bp
|
||||
- vad händer om det är mer eller mindre
|
||||
- då förstör man DNA, det skapar topologisk stress
|
||||
|
||||
Stress = fler antal varv än DNA strängarna
|
||||
|
||||
----
|
||||
Topoismeraser är de som tar bort spänningarna i DNA.
|
||||
|
||||
Det är specilla enzymer.
|
||||
topo=läge
|
||||
iso=samma
|
||||
meris=del
|
||||
-as=enzym
|
||||
|
||||
Typ I:
|
||||
- tar bort supercoils, öka linking number är mer korrekt
|
||||
- kräver inte ATP
|
||||
Typ II:
|
||||
- Tar bort men kan också skapa, kräver ATP
|
||||
|
||||
---
|
||||
Typ 1
|
||||
|
||||
Klyver ena strängen och tar bort ett varv i taget
|
||||
- ändrar med en faktor av 1
|
||||
- använder energi i spänningen
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121104555.png]]
|
||||
|
||||
---
|
||||
![[Pasted image 20251121104707.png]]
|
||||
Typ II
|
||||
- den klyver båda strängarna och låta en sträng
|
||||
- låta en sträng komma igenom, den gör dubbelsträngat brott
|
||||
- två varv i taget
|
||||
- ändrar med en faktor av 2
|
||||
---
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121105233.png]]
|
||||
|
||||
Framför replikationsgaffeln sitter det topoisomeras II framför replikationsgaffeln och tar bort positiva supercoils
|
||||
|
||||
I bakterier kallas topoisomeras typ II ofta för Gyras. Gyras-hämmare är en viktig grupp av antibiotika! Tex. Ciprofloxacin för urinvägsinfektioner
|
||||
de är bredspektrumantibiotika eftersom det är mot många
|
||||
BIN
content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/DNA replikation_V2025-2.pdf
LFS
Normal file
BIN
content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/DNA replikation_V2025-2.pdf
LFS
Normal file
Binary file not shown.
@@ -0,0 +1,11 @@
|
||||
#### Förklara följande begrepp: replikationsbubbla och replikationsgaffel.
|
||||
#### Var är ett origin of replication?
|
||||
#### Hur skiljer sig DNA-syntes åt på leading och lagging strand?
|
||||
#### Vilken funktion har 3’ till 5’-exonukleas-aktiviteten som återfinns hos många DNA-polymeraser?
|
||||
#### Vad är processivitet? Hur kan en sliding clamp stimulera processivitet?
|
||||
#### Vad är ett primas? När behövs ett sådant enzym?
|
||||
#### Hur går “Okazaki fragment maturation” till i våra celler?
|
||||
#### Vilka aktiviteter är förknippade med exonukleas och endonukleas?
|
||||
#### Hur fungerar helikas?
|
||||
#### Vilken roll spelar enkelsträngsbindande proteiner? Vad heter detta protein i våra celler?
|
||||
#### Varför bildas positiva supercoils? Vilka enzymer kan ta bort supercoils och hur?
|
||||
BIN
content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor_DNA replikation-5.pdf
LFS
Executable file
BIN
content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor_DNA replikation-5.pdf
LFS
Executable file
Binary file not shown.
@@ -0,0 +1,8 @@
|
||||
- Grundläggande enzymatiska processer vid DNA replikation
|
||||
- Replikationsgaffeln och repliosomen.
|
||||
- Enzymatiska aktiviteter inom molekylärbiologin: endonukleas, exonukleas, restriktionsendonukleaser, omvänt transkriptas, DNA ligas.
|
||||
- Processivitet och proofreading.
|
||||
- DNA-molekylens topologiska egenskaper: superhelicitet och topoisomeraser.
|
||||
|
||||
**Mål – Studenten ska kunna**
|
||||
Beskriva hur DNA replikeras i eukaryota celler. Funktionen hos enzymer som verkar på DNA.
|
||||
@@ -0,0 +1,89 @@
|
||||
Vilka två påståenden om eukaryot DNA-replikation är korrekta? (2p)
|
||||
|
||||
- ORC binder till replikationsorigin under hela cellcykeln.
|
||||
- DNA-syntes initieras i M-fas.
|
||||
- CMG-komplexet bildas genom bindning av MCM, GINS och Cdc45.
|
||||
- MCM-helikaset är aktivt under hela cellcykeln.
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
DNA-replikation är en noggrant reglerad process. I vilken fas av cellcykeln binder MCM-helikaset
|
||||
till replikationsorigin, och vilken funktion har detta komplex under replikationen? (4p)
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
A) Vilken roll spelar PCNA vid den eukaryota replikationsgaffeln?
|
||||
B) Hur ser denna faktor ut?
|
||||
(4p)
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
Vilka två påståenden om DNA-replikation stämmer? (2p)
|
||||
|
||||
- Okazaki-fragment bildas under syntes av ”leading strand”
|
||||
- Flap endonuclease 1 (FEN1) kan hjälpa till att ta bort en RNA-primer.
|
||||
- Topoisomeraser kan ta bort supercoils.
|
||||
- DNA replikation sker alltid i 3´ till 5´-riktning.
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
Initiering av eukaryot DNA-replikation är en noggrant reglerad process.
|
||||
A) I vilken fas av cellcykeln binder MCM-helikaset till replikationsorigin.
|
||||
B) I vilken fas av cellcykeln binder Cdc45 och GINS till MCM-helikaset?
|
||||
C) Vad heter det proteinkomplex som är bundet till replikationsorigin under hela cellcykeln?
|
||||
D) Vad gör CMG-helikaset när DNA-replikationen skall initieras?
|
||||
(4p) (Max 15 ord.)
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121081923.png]]
|
||||
På bilden syns en eukaryot replikationsgaffel.
|
||||
|
||||
A) Ange för positionerna a, b, c och d om de motsvarar en 5’ eller 3’-ände.
|
||||
Vid DNA replikation skapas de två strängarna på litet olika vis.
|
||||
B) Vad kallas strängen som markerats med e?
|
||||
C Vad kallas strängen som markerats med f?
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
På bilden syns en eukaryot replikationsgaffel. Fyra olika replikationsfaktorer är markerade på
|
||||
denna bild. Vad heter de olika faktorerna vid pil a, b, c och d? (4p)
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121081958.png]]
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
a) Vilken roll spelar DNA-polymeras epsilon?
|
||||
b) Hur kan PCNA påverka aktiviteten hos DNA-polymeras epsilon?
|
||||
(4p)
|
||||
|
||||
----
|
||||
Enzymet flap endonuclease 1 (FEN1) är viktigt vid eukaryot DNA replikation. Vad gör detta enzym? (2p)
|
||||
|
||||
----
|
||||
A) Vilken roll spelar PCNA vid den eukaryota replikationsgaffeln?
|
||||
B) Vilken form har denna faktor?
|
||||
|
||||
----
|
||||
Vilka två av följande påståenden är korrekta?
|
||||
- Flap endonuklease 1 (FEN1) kan hjälpa till att ta bort en RNA-primer.
|
||||
- DNA replikation sker alltid i 5´ till 3´-riktning.
|
||||
- Okazaki-fragment bildas under syntes av ”leading strand”.
|
||||
- Topoisomeraser har en 5´ till 3´exonukleas-aktivitet.
|
||||
|
||||
----
|
||||
Bacterial DNA may end up in a bacteriophage due to (choose one or more)/Bakteriellt DNA kan hamna i en bakteriofag för att (välj ett eller flera alternativ): (1p)
|
||||
|
||||
**Välj ett eller flera alternativ:**
|
||||
|
||||
- Errors during the assembly of new bacterophages./Fel som sker när nya bakteriofager sätts samman.
|
||||
- The small and circular nature of bacterial DNA./Bakteriellt DNA är cirkulärt och litet.
|
||||
- Template switching during bacterophage DNA replication./Ändring av mall när bakteriofagens DNA replikeras.
|
||||
- Imprecise excision of the prophage./Inexakt utklippning av profagen.
|
||||
|
||||
----
|
||||
Vid eukaryot DNA replikation så spelar CMG-helikaset en viktig roll. Detta helikas består av tre delar: MCM, Gins och Cdc45. (Max 50 ord.)
|
||||
|
||||
a. I vilken fas av cellcykeln binder MCM till replikations-origin?
|
||||
b. I vilken fas av cellcykeln binder Gins och Cdc45 till MCM?
|
||||
c. Varför är det viktigt att separera laddningen av MCM helikaset från dess aktivering med hjälp av Gins och Cdc45?
|
||||
80
content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Stoff.md
Normal file
80
content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Stoff.md
Normal file
@@ -0,0 +1,80 @@
|
||||
```
|
||||
Replikationsbubbla bildas vid {{c1::origin of replication}} där DNA öppnas och syntes sker i två riktningar.
|
||||
Replikationsgaffel är punkten där {{c1::helikas separerar DNA}} och polymeras arbetar.
|
||||
Origin of replication är {{c1::en specifik DNA-sekvens där replikation startar}}.
|
||||
Leading strand syntetiseras {{c1::kontinuerligt}} i 5’→3’-riktning.
|
||||
Lagging strand syntetiseras {{c1::diskontinuerligt}} som Okazaki-fragment.
|
||||
Okazaki-fragment är {{c1::100–200 nt långa bitar i eukaryoter}}.
|
||||
3’→5’-exonukleas hos DNA-polymeras ger {{c1::proofreading}}.
|
||||
Proofreading tar bort {{c1::felaktig nukleotid}} innan kedjan fortsätter.
|
||||
Processivitet är {{c1::polymerasets förmåga att fortsätta syntes utan att lossna}}.
|
||||
Sliding clamp (PCNA) ökar processivitet genom {{c1::att hålla polymeraset fast på DNA}}.
|
||||
Primas är {{c1::ett enzym som gör RNA-primers}}.
|
||||
RNA-primers behövs för {{c1::att DNA-polymeras inte kan starta de novo}}.
|
||||
Okazaki fragment maturation sker via {{c1::FEN1 som klyver flap + DNA-ligas som försluter nicken}}.
|
||||
FEN1 är {{c1::ett endonukleas som tar bort RNA-primer-flaps}}.
|
||||
Exonukleas tar bort nukleotider {{c1::från ändarna}}.
|
||||
Endonukleas klyver DNA {{c1::mitt i strängen}}.
|
||||
Helikas separerar DNA genom {{c1::ATP-driven upplindning av dubbelhelixen}}.
|
||||
RPA (Replication Protein A) binder {{c1::enkelsträngat DNA och stabiliserar det}}.
|
||||
Positiva supercoils bildas {{c1::framför helikas när DNA tvingas öppnas}}.
|
||||
Topoisomeras I tar bort supercoils genom {{c1::enkelsträngsbrott utan ATP}}.
|
||||
Topoisomeras II tar bort supercoils genom {{c1::dubbelsträngsbrott med ATP}}.
|
||||
CMG-komplexet består av {{c1::Cdc45, MCM och GINS}}.
|
||||
ORC är proteinkomplexet som {{c1::binder origin hela cellcykeln}}.
|
||||
MCM laddas på DNA i {{c1::G1-fasen}}.
|
||||
Cdc45 och GINS binder till MCM i {{c1::S-fasen}}.
|
||||
CMG-helikaset aktiveras i S-fasen och {{c1::öppnar DNA vid replikationsstart}}.
|
||||
PCNA:s roll är {{c1::sliding clamp som ökar polymerasets processivitet}}.
|
||||
PCNA har formen av {{c1::en trimerisk ring}} runt DNA.
|
||||
DNA-polymeras ε syntetiserar {{c1::leading strand}}.
|
||||
DNA-polymeras δ syntetiserar {{c1::lagging strand}}.
|
||||
Primers på lagging strand tas bort av {{c1::FEN1 och RNase H}}.
|
||||
DNA-ligas försluter {{c1::nicks mellan Okazaki-fragment}}.
|
||||
Topoisomeraser förhindrar {{c1::stopp i replikationen pga topologisk stress}}.
|
||||
Supercoils uppstår eftersom {{c1::dubbelhelixen inte kan rotera fritt}}.
|
||||
Bakteriofager får bakteriellt DNA genom {{c1::fel vid packning}} eller {{c2::imprecise excision av profag}}.
|
||||
Eukaryot DNA-replikation sker alltid i {{c1::5’→3’-riktning}}.
|
||||
Okazaki-fragment bildas endast på {{c1::lagging strand}}.
|
||||
```
|
||||
|
||||
Round two
|
||||
|
||||
```
|
||||
Replikationsbubbla bildas när {{c1::helikas öppnar DNA vid origin of replication}}.
|
||||
Replikationsgaffel är {{c1::punkten där DNA separeras och syntes sker i två riktningar}}.
|
||||
Origin of replication är {{c1::en specifik DNA-sekvens där replikation initieras}}.
|
||||
Eukaryoter har {{c1::många origins}}, bakterier {{c2::ett origin}}.
|
||||
Leading strand syntetiseras {{c1::kontinuerligt}} i 5’→3’.
|
||||
Lagging strand syntetiseras {{c1::diskontinuerligt som Okazaki-fragment}}.
|
||||
Okazaki-fragment i eukaryoter är {{c1::100–200 nt}} långa.
|
||||
DNA-polymeras kan bara syntetisera {{c1::5’→3’}}.
|
||||
3’→5’-exonukleas ger {{c1::proofreading och korrigering av fel}}.
|
||||
Processivitet är {{c1::polymerasets förmåga att fortsätta syntes utan att lossna}}.
|
||||
PCNA ökar processiviteten genom {{c1::att fungera som sliding clamp}}.
|
||||
PCNA har formen av {{c1::en ringformad trimer runt DNA}}.
|
||||
Primas syntetiserar {{c1::RNA-primers}} som startpunkter för DNA-syntes.
|
||||
DNA-polymeras α/primase gör {{c1::hybridprimer (RNA+DNA) för lagging och leading strand}}.
|
||||
RNA-primers tas bort av {{c1::RNase H}} och {{c2::FEN1}}.
|
||||
FEN1 klyver {{c1::RNA-DNA-flaps vid Okazaki-mognad}}.
|
||||
Okazaki fragment maturation avslutas av {{c1::DNA-ligas som försluter nicks med ATP}}.
|
||||
Exonukleas klyver {{c1::från ände}}; endonukleas klyver {{c2::inuti DNA-strängen}}.
|
||||
Helikas öppnar DNA genom {{c1::ATP-driven upplindning}}.
|
||||
Eukaryot enkelsträngsbindande protein heter {{c1::RPA (Replication Protein A)}}.
|
||||
RPA skyddar {{c1::ssDNA}} från degradering och sekundärstruktur.
|
||||
Positiva supercoils bildas {{c1::framför helikas då DNA inte kan rotera fritt}}.
|
||||
Topoisomeras I gör {{c1::enkelsträngsbrott utan ATP}}.
|
||||
Topoisomeras II gör {{c1::dubbelsträngsbrott med ATP}} och tar bort supercoils.
|
||||
Bakteriellt topoisomeras II kallas {{c1::DNA-gyras}}.
|
||||
Gyras hämmas av {{c1::fluorokinoloner (t.ex. ciprofloxacin)}}.
|
||||
ORC (Origin Recognition Complex) är bundet {{c1::till origins hela cellcykeln}}.
|
||||
MCM laddas på DNA under {{c1::G1-fasen}}.
|
||||
Cdc45 och GINS binder MCM i {{c1::S-fasen}}.
|
||||
CMG-komplexet består av {{c1::Cdc45}}, {{c2::MCM}}, {{c3::GINS}}.
|
||||
CMG-helikasets funktion är {{c1::att smälta DNA och öppna gaffeln vid replikationsstart}}.
|
||||
DNA-polymeras ε syntetiserar {{c1::leading strand}}.
|
||||
DNA-polymeras δ syntetiserar {{c1::lagging strand}}.
|
||||
Replisomen är {{c1::hela proteinmaskineriet vid replikationsgaffeln}}.
|
||||
DNA-replikation är {{c1::semi-konservativ}}.
|
||||
Bakteriofager kan få bakteriellt DNA genom {{c1::packningsfel}} eller {{c2::imprecise excision av profag}}.
|
||||
```
|
||||
@@ -0,0 +1,163 @@
|
||||
Brukar ställa frågor på de som finns i föreläsningar, titta på gamla frågor, inte ställa omöjliga frågor.
|
||||
|
||||
Bakgrund: Vi ska bli läkare, behöver veta vad som händer i humana celler
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121111405.png]]
|
||||
Generella bubblan gäller i våra celler
|
||||
CMG helikas:
|
||||
- Claes Mikael Gustavsson heter föreläsaren!
|
||||
- MCM för att sätta ihop
|
||||
- Gins
|
||||
- Cdc45
|
||||
|
||||
Heter delta och epsilon heter polymerasen de är lite olika
|
||||
sliding camps heter PCNA
|
||||
|
||||
-----
|
||||
|
||||
leading strand:
|
||||
- DNA pol epsilon
|
||||
- sliding clamp PCNA
|
||||
lagging strand:
|
||||
- DNA pol delta
|
||||
- sliding clamp PCNA
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
Löser problemet att RNA primer inte ska sitta löst
|
||||
|
||||
Primaset skiljer sig lite gran
|
||||
DNA-polymeras
|
||||
- RNA-primarna är c:a 5 olika
|
||||
- finns en risk att trilla av, de vill man inte i våra celler
|
||||
- vi vill vara säkra på att den verkligen används
|
||||
- alfa.primas
|
||||
![[Pasted image 20251121111829.png]]
|
||||
- DNA-polymeras alfa-primas
|
||||
- både primas och polymeras i samma
|
||||
- enzym som sitter ihop (namn?)
|
||||
|
||||
om man har en mallsträng kommer enzymet att verka först
|
||||
|
||||
de kan byta plats utan att släppa
|
||||
|
||||
behöver bara en liten extra snutt, kommer sitta mkt mer stabilt på DNA, utan att det finns risk att primern trillar bort.
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121111945.png]]
|
||||
|
||||
|
||||
Vad är de olika polymerasen?
|
||||
- alpha-primas
|
||||
- delta
|
||||
- epsilon
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121112158.png]]
|
||||
|
||||
Ser likadana ut i bakterier, det är en ring som sitter och håller fast DNA pol
|
||||
Man kan uttrycka antikroppar mot PCNA, kan kroppen utveckla av misstag.
|
||||
|
||||
----
|
||||
SLE/Lupus PCNA ANA
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121112518.png]]
|
||||
|
||||
Kan inte dela innan DNA-syntesen är färdig och heller inte sätta igång, specifikt.
|
||||
En gång per cellcykel. Då får vi felaktigt antal kopier.
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
Vi har upp till 30 000 origins i våra cell
|
||||
Alla går inte igång alltid
|
||||
Många måste gå igång för att kunna replikera tillräckligt fort
|
||||
50-300kbp
|
||||
Ska börja ungefär samtidigt.
|
||||
Alla behövs
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
Hur hittar man en origin?
|
||||
|
||||
Det finns ett komplex som binder hela tiden, Origin recognition complex - komplexet som hittar origin. Som består av 6 proteiner. Sitter fast hel cellcykeln. En slags markör.
|
||||
![[Pasted image 20251121113014.png]]
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
Hur påbörjas DNA replikation?
|
||||
|
||||
---
|
||||
![[Pasted image 20251121113046.png]]
|
||||
två rekryteringsfaktorer hjälper ORC att locka till sig DNA helikaset MCM.
|
||||
|
||||
laddningsfaktorer:
|
||||
- Cdc6 och cdt1 till ORC
|
||||
|
||||
|
||||
1. ORC complex sitter i hel cellcykeln
|
||||
2. CDC6 och CDT1
|
||||
3. Helikaset
|
||||
4. Sen laddar CDC6/CDT1/ORC upp MCM i G1-fasen
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121113406.png]]
|
||||
|
||||
Nu är det laddat, men inte aktivt.
|
||||
|
||||
Kräver höga nivår av cyklinberoende kinas (CDK) för att kunna bilda CMG-helikaset
|
||||
|
||||
Viktigt att det bara går att aktiva helikaset när det finns mycket CDK
|
||||
- som en pistol som är laddad, för att kunna få iväg kulan
|
||||
- CMG helikas smälts och replikationen kan man börja
|
||||
- Se till att man inte får en dubbel aktivering (HUR?)
|
||||
|
||||
Noggrant: skilj **laddning** från **aktivering**
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
Problem vid DNA-replikation
|
||||
Hur kan ändarna på linjärt DNA replikeras? Vi måste ju ha en RNA-primer?
|
||||
Detta är ett klassiskt problem.
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121114215.png]]
|
||||
- Behöver ha en RNA-primer i början, men när vi kommer ut i slutet
|
||||
- den sista vi behöver lagging strand för behöver vi en primer
|
||||
- de fixar inte primerasen
|
||||
- vi kommer förlora lite i 5'-änden, över tiden blir det kortare och kortare till slut försvinner det
|
||||
- hur säkerställs det att det gör att replikera hela vägen ut i ändan?
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
I ändarna på kromsomerna kallas telomerer
|
||||
|
||||
- De blir kortare och kortare till cellen dör
|
||||
- Vilket betyder att en cell kan bara delas ett visst antal gånger, sen dör cellerna
|
||||
- Men det gäller inte alla celler
|
||||
- gäller somatiska celler
|
||||
- gäller inte stamceller
|
||||
- gäller inte cancerceller
|
||||
- vad är det som gör att telomererna kan finnas kvar i stam och cancerceller, men det blir kortare och kortare i alla andra celler?
|
||||
![[Pasted image 20251121114507.png]]
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
I centrala dogman DNA→RNA→protein
|
||||
Men det finns möjlighet att gå RNA→DNA vilket är omvänt transkriptas
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121114559.png]]
|
||||
|
||||
Telomeras förlänger kromsomändarna.
|
||||
- Sker genom att lägga till en kort,
|
||||
- behöver en mall för att starta
|
||||
- har med sig en egen bit RNA som fungerar som mall
|
||||
- alla ändar ser likadana ut i slutändan (C A A U C C C A A U C)
|
||||
- lägger till skräp DNA så det är okej att förlora lite i ändarna
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -1,4 +1,4 @@
|
||||
#### Instuderingsfrågor – Initiering och terminering av eukaryot DNA replikation.
|
||||
#### Initiering och terminering av eukaryot DNA replikation.
|
||||
#### Vad är PCNA?
|
||||
#### Beskriv den roll ORC spelar vid initiering av eukaryot DNA-replikation. Vilken roll spelar Cdc6, Cdt1, och MCM-helikaset i denna process.
|
||||
#### När i cell-cykeln och hur aktiveras MCM-helikaset?
|
||||
|
||||
@@ -1,4 +1,4 @@
|
||||
- Replikatorsekvenser (ARS,ori).
|
||||
- Replikatorsekvenser (ARS, ori).
|
||||
- Initieringsproteiner (ORC, CDC6, MCM).
|
||||
- Reglering av initiering kopplat till cellcykeln
|
||||
- Telomerer
|
||||
|
||||
@@ -0,0 +1,45 @@
|
||||
|
||||
Beskriv nukleosomens uppbyggnad (Nucleosome core particle). Ange vilka komponenter som ingår och hur de är organiserade.
|
||||
|
||||
Vilka två påståenden om kromatin är korrekta? (2p)
|
||||
|
||||
- En nukleosom innehåller 8 proteiner.
|
||||
- I en nukleosom lindas DNA 2,75 varv runt ett proteinkomplex.
|
||||
- Acetylering kan neturalisera positiva laddningar i histonsvansar.
|
||||
- Med epigenetisk reglering menas reglering av genuttryck som endast beror av den nedärvda DNA sekvensen.
|
||||
|
||||
Vilka två av följande påståenden om histoner är korrekta?
|
||||
|
||||
- I kromatin ingår endast DNA, ej proteiner.
|
||||
- I en nukleosom är ~146 bp av DNA lindat kring en kärna av åtta histonproteiner.
|
||||
- Acetylering av histonsvansar kan neutralisera positiva laddningar.
|
||||
- Med begreppet histonkod avses DNA-sekvensen hos histongener.
|
||||
|
||||
Vilka två påståenden om kromatin stämmer bäst? (1p)
|
||||
|
||||
- Acetylering gör histonsvansar mer positivt laddade.
|
||||
- Topoisomeraser kan reglera aktiviteten i en kromatinfiber-loop.
|
||||
- Histon H1 destabiliserar nukleosomen.
|
||||
- Nukleosomen har en kärna av 8 histonproteiner.
|
||||
|
||||
Vilka två påståenden om kromatin är korrekta? (2p)
|
||||
|
||||
- En nukleosom innehåller 8 proteiner.
|
||||
- I en nukleosom lindas DNA 2,75 varv runt ett proteinkomplex.
|
||||
- Acetylering kan neturalisera positiva laddningar i histonsvansar.
|
||||
- Med epigenetisk reglering menas reglering av genuttryck som endast beror av den nedärvda DNA sekvensen.
|
||||
|
||||
Var binder histon H1? Vilken roll spelar detta protein? (4p)
|
||||
|
||||
Beskriv nukleosomens (Nucleosome core particle) uppbyggnad. Ange vilka komponenter som ingår och hur de är organiserade. (4p)
|
||||
|
||||
Var sitter histon H1 och vilken roll spelar denna faktor? (4p)
|
||||
|
||||
Histonmodifieringar spelar en viktig roll i kromatinets funktion. Vilken effekt har acetylering av histoner på kromatinstrukturen, och varför är detta viktigt för genuttryck? (4p)
|
||||
|
||||
Vilka två påståenden om kromatin är korrekta? (2p)
|
||||
|
||||
- Histon H1 binder linker-DNA och stabiliserar nukleosomen.
|
||||
- Kromatin består endast av DNA.
|
||||
- Acetylering av histoner leder till en mer kondenserad kromatinstruktur.
|
||||
- Kromatin finns endast i eukaryota celler.
|
||||
@@ -0,0 +1,87 @@
|
||||
Hur kan en mutation i ett icke-kodande intron ge upphov till sjukdom, t.ex. talassemi?
|
||||
|
||||
Vid initiering av RNA polymeras II-beroende transkription ingår flera basala transkriptionsfaktorer.
|
||||
Vilket/vilka påstående(n) om denna process stämmer?
|
||||
|
||||
- TFIIB fosforylerar den C-terminala domänen (CTD) på RNA polymeras II.
|
||||
- TFIIF är den första faktor som binder till promotorn.
|
||||
- TFIIE Binder till TATA-boxen.
|
||||
- TFIIH kan smälta dubbelsträngat DNA med sin helikas-aktivitet.
|
||||
|
||||
Förklara hur korrekturläsning fungerar på molekylär nivå under bakteriell replikation. (2p)
|
||||
|
||||
Vilken roll spelar Mediatorn vid transkriptionell aktivering? (2p)
|
||||
|
||||
Vilket/vilka av följande alternativ beskriver en funktion för poly-A svansen i 3'–änden på eukaryot mRNA? (1p)
|
||||
|
||||
**Välj ett eller flera alternativ:**
|
||||
|
||||
- Reglerar mRNA-molekylens halveringstid
|
||||
- Skyddar mot felaktig splicing
|
||||
- Samverkar med 5'-cap för att stimulera translation
|
||||
- Stimulerar transport av mRNA in till cellkärnan
|
||||
|
||||
Vilket protein behövs ofta för att initiera transkription av bakteriellt RNA-polymeras? Hur underlättar det initieringen? (2p)
|
||||
|
||||
Vad är intron och exon? (2p)
|
||||
|
||||
Hur kan en punktmutation i ett intron leda till human sjukdom? (2p) (Max 25 ord).
|
||||
|
||||
Vid initiering av RNA polymeras II-beroende transkription ingår flera basala transkriptionsfaktorer.
|
||||
|
||||
Vilka två av följande påståenden är korrekta?
|
||||
|
||||
- TBP binder till TATA-boxen.
|
||||
- TFIIB fosforylerar den C-terminala domänen (CTD) på RNA polymeras II.
|
||||
- TFIIF är den första faktor som binder till promotorn.
|
||||
- TFIIH kan smälta dubbelsträngat DNA med sin helikas-aktivitet.
|
||||
|
||||
A) Var återfinns alfa-amanitin i naturen?
|
||||
B) Vilket enzym inhiberar denna substans?
|
||||
|
||||
Vilka två av följande alternativ beskriver funktioner för poly-A svansen i 3'–änden på eukaryot mRNA?
|
||||
|
||||
- Stimulerar transport av mRNA in till cellkärnan.
|
||||
- Skyddar mot felaktig splicing.
|
||||
- Stimulerar translation.
|
||||
- Reglerar mRNA-molekylens halveringstid.
|
||||
|
||||
Vid initiering av RNA polymeras II-beroende transkription ingår flera basala transkriptionsfaktorer.
|
||||
|
||||
Vilka två av följande påståenden är korrekta?
|
||||
|
||||
- TBP binder till TATA-boxen.
|
||||
- TFIIF är den första faktor som binder till promotorn.
|
||||
- TFIIB fosforylerar den C-terminala domänen (CTD) på RNA polymeras II.
|
||||
- TFIIH kan smälta dubbelsträngat DNA med sin helikas-aktivitet.
|
||||
|
||||
Vilka två alternativ är korrekta vad gäller 5' cap hos eukaryot mRNA? (1p)
|
||||
- Stimulerar syntes av polyA-svansen.
|
||||
- Skyddar mot felaktig splicing.
|
||||
- Skyddar mRNA från nedbrytning.
|
||||
- Består av nukleotid bunden via en 5’
|
||||
|
||||
Hur kan en mutation i ett icke-kodande intron ge upphov till sjukdom, t.ex. talassemi?(4p)
|
||||
|
||||
Vilka två påståenden stämmer om splicing? (2p)
|
||||
|
||||
- Vid alternativ splicing kan även exon tas bort.
|
||||
- Greningsstället är alltid ett G.
|
||||
- Spliceosomen består av både proteiner och RNA.
|
||||
- En lariatstruktur består alltid av två sammanlänkade exoner.
|
||||
|
||||
Vid initiering av RNA polymeras II-beroende transkription samverkar flera basala transkriptionsfaktorer. Vilka två påståenden om denna process stämmer? (2p)
|
||||
|
||||
- TFIIH kan smälta dubbelsträngat DNA med sin helikasaktivitet.
|
||||
- TFIIB fosforylerar den C-terminala domänen (CTD) på RNA polymeras II.
|
||||
- TBP ingår som en subenhet i det större TFIIF-komplexet.
|
||||
- TBP binder till TATA-boxen.
|
||||
|
||||
Vilken är den biologiska betydelsen av den 5’-cap som återfinns på mRNA i eukaryota celler? (4p)
|
||||
|
||||
Vilka två påståenden om RNA-splicing är korrekta? (2p)
|
||||
|
||||
- Spliceosomen består av både RNA och proteiner.
|
||||
- Splicingprocessen sker i cellens cytoplasma.
|
||||
- Splicing sker endast i prokaryoter.
|
||||
- En lariatstruktur bildas.
|
||||
@@ -0,0 +1,26 @@
|
||||
en eller flera valenselektroner delas av molekyler
|
||||
|
||||
typer:
|
||||
* enkel
|
||||
* dubbel 1.7x starkare
|
||||
* trippel - ovanlig i kroppen
|
||||
|
||||
enkel kan roteras, dubbel är rak
|
||||
|
||||
elektroner kan delas av mer än 2 molekyler, kallas då resonansstabilisering
|
||||
|
||||
### Enkelbinding
|
||||
|
||||
Kan roteras
|
||||
|
||||
Exempel: HCl
|
||||
$$\ce{H. + .Cl: -> H:Cl}$$
|
||||
## Dubbelbinding
|
||||
|
||||
Rak
|
||||
|
||||
Exempel: $O
|
||||
$$\ce{:O: + :O: -> O=O}$$
|
||||
## Resonans
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251027205207.png]]
|
||||
@@ -0,0 +1 @@
|
||||
|
||||
@@ -0,0 +1,11 @@
|
||||
### Kemisk binding och biologiska makromolekyler
|
||||
• [[Kovalenta bindningar]].
|
||||
• [[Jonbindningar]]. 
|
||||
• [[Vätebindningar]]. 
|
||||
• [[van der Waals krafter]]. 
|
||||
• [[Hydrofob effekt]]. 
|
||||
• [[Poläritet]]. 
|
||||
• [[Syra-bas reaktioner]]. 
|
||||
• Klasser av biomolekyler: [[nukleinsyror]], [[proteiner]], [[kolhydrater]], [[lipider]].
|
||||
|
||||
*Beskriva hur olika bindningar bidrar till strukturen hos makromolekyler.*
|
||||
10
content/Biokemi/Lipider/index.md
Normal file
10
content/Biokemi/Lipider/index.md
Normal file
@@ -0,0 +1,10 @@
|
||||
|
||||
• Energi-lager: fria fettsyror och triacylglycerol. 
|
||||
• Membranlipider; amfipatibegreppet. 
|
||||
• Kolesterol (struktur ska kunnas). 
|
||||
• Fosfolipider (principiell struktur ska kunnas). 
|
||||
• Glykolipider (principiell struktur ska kunnas). 
|
||||
• Bildning av miceller och membran. 
|
||||
• Transportformer: översikt om lipoproteiners struktur och funktion.
|
||||
|
||||
*Beskriva lipiders struktur och biologiska funktioner.*
|
||||
BIN
content/Biokemi/Metabolism/.DS_Store
vendored
Normal file
BIN
content/Biokemi/Metabolism/.DS_Store
vendored
Normal file
Binary file not shown.
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Enzymer/Biochemistry 10th edition Kap 5-6.pdf
LFS
Executable file
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Enzymer/Biochemistry 10th edition Kap 5-6.pdf
LFS
Executable file
Binary file not shown.
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Enzymer/Enzymer_1_MO-6.pdf
LFS
Executable file
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Enzymer/Enzymer_1_MO-6.pdf
LFS
Executable file
Binary file not shown.
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Enzymer/Enzymer_2_MO-6.pdf
LFS
Executable file
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Enzymer/Enzymer_2_MO-6.pdf
LFS
Executable file
Binary file not shown.
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Enzymer/Instuderingsfrågor enzymer-3.pdf
LFS
Executable file
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Enzymer/Instuderingsfrågor enzymer-3.pdf
LFS
Executable file
Binary file not shown.
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Termodynamik/Biochemistry 10th edition 449-456.pdf
LFS
Executable file
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Termodynamik/Biochemistry 10th edition 449-456.pdf
LFS
Executable file
Binary file not shown.
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Termodynamik/Biochemistry 10th edition kap 1 12-15.pdf
LFS
Executable file
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Termodynamik/Biochemistry 10th edition kap 1 12-15.pdf
LFS
Executable file
Binary file not shown.
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Termodynamik/Biochemistry 10th edition kap 5.1.pdf
LFS
Executable file
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Termodynamik/Biochemistry 10th edition kap 5.1.pdf
LFS
Executable file
Binary file not shown.
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Termodynamik/Instuderingsfrågor termodynamik-4.pdf
LFS
Executable file
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Termodynamik/Instuderingsfrågor termodynamik-4.pdf
LFS
Executable file
Binary file not shown.
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Termodynamik/Thermodynamik_MO-5.pdf
LFS
Executable file
BIN
content/Biokemi/Metabolism/Termodynamik/Thermodynamik_MO-5.pdf
LFS
Executable file
Binary file not shown.
35
content/Instuderingsfrågor/1.1 Rörelseapparaten.md
Normal file
35
content/Instuderingsfrågor/1.1 Rörelseapparaten.md
Normal file
@@ -0,0 +1,35 @@
|
||||
Uppgifterna löses bäst i grupp.
|
||||
Utgå från den detaljerade måbeskrivningen och kurslitteraturen när ni svarar på frågorna.
|
||||
Skelettanatomi
|
||||
1: Gå igenom hela listan på kroppens ben och leder. Palpera och lär dig hitta dessa på dig
|
||||
själv eller på en kamrat. Fortsätt tills du kan peka ut och namnge dem utantill.
|
||||
2: Titta på bilder på de skelettdelar som du enligt målbeskrivningen skall kunna i detalj. Lär
|
||||
dig minst 5 utmärkande drag för var och en av dessa, så att du kan skilja dem åt om du ser
|
||||
dem eller får dem beskrivna för dig. Ett tips är att fokusera på stora knölar och utskott, samt
|
||||
på de delar som utgör ledytor.
|
||||
3: Lär dig beskriva ett bens uppbyggnad, och vilka skillnader som finns mellan långa ben,
|
||||
korta ben och platta ben avseende deras struktur. Lär dig att ge exempel på de olika typerna
|
||||
av ben och var de finns i kroppen (vilket du ju redan kan efter att ha gått igenom fråga 1
|
||||
ovan)
|
||||
Muskelanatomi och rörelselära
|
||||
4: Gå igenom muskeltabellen och öva på ursprung, fäste och funktion för samtliga muskler.
|
||||
Lär dig peka ut ursprung, fäste och förlopp på din egen kropp och visa rörelsen som är
|
||||
muskelns funktion.
|
||||
5: Studera de leder som tas upp i målbeskrivningen och som du skall kunna i detalj. Vilka
|
||||
ben utgör ledhuvud och ledpanna i dessa leder? Runt vilka axlar sker rörelsen i dessa leder
|
||||
och vad kallas de rörelserna på medicinskt latin? Vilka andra utmärkande drag finns för
|
||||
dessa leder?
|
||||
6: Lär dig använda begreppen ursprung, fäste och rörelseaxel för att förklara varför en
|
||||
muskel har en viss funktion över en led. Öva på minst tio olika muskler.
|
||||
Generell terminologi och medicinskt latin
|
||||
7: Lär dig termerna för att ange riktningar och lägen i kroppen. Öva på att peka ut två
|
||||
punkter på kroppen och beskriv deras läge i förhållande till varandra med korrekt anatomisk
|
||||
terminologi. Passa också på att namnge de ben, muskler och organ som finns i närheten av
|
||||
de punkter ni utgår ifrån.
|
||||
8: Öva på att beskriva kroppen utifrån olika axlar och plan. Leta efter radiologiska bilder på
|
||||
nätet eller i böcker och beskriv dessa utifrån vilka plan genom kroppen de visar. Ser du
|
||||
kroppen framifrån, nedifrån eller från sidan? Bonuspoäng om du dessutom kan identifiera de
|
||||
anatomiska strukturerna som visas.
|
||||
9: Slå upp namnen på de minst tio muskler du gått igenom i fråga 6 ovan. Lär dig vad
|
||||
musklernas namn betyder på svenska. Försök hitta andra muskler med liknande namn och
|
||||
diskutera med en kamrat varför namnen liknar varandra.
|
||||
27
content/Instuderingsfrågor/1.2 Hjärta och cirkulation.md
Normal file
27
content/Instuderingsfrågor/1.2 Hjärta och cirkulation.md
Normal file
@@ -0,0 +1,27 @@
|
||||
|
||||
Dessa frågor kräver längre och mer resonerande svar. Jobba gärna ihop med en el flera
|
||||
kurskamrater!
|
||||
1. Rita en schematisk bild över vilka hjärtrum och blodkärlstyper som ingår i
|
||||
cirkulationssystemet.
|
||||
2. Hur säkerställs blodets flödesriktning genom hjärta och kärl (dvs, hur hindras backflöde)?
|
||||
3. Vilka delar av hjärtat projiceras mest ventralt respektive dorsalt?
|
||||
4. På vilka sätt skiljer sig artärer från vener?
|
||||
5. Var sitter segelklaffarna och hur är de förankrade? Varför en sådan förankring?
|
||||
6. Hur sprids den signal som får hjärtat att kontrahera?
|
||||
7. Förklara kortfattat uppdelningen i stora och lilla kretsloppet.
|
||||
8. Vilka typer av kapillärer finns? Hur hänger utseende och funktion ihop? Ge exempel på
|
||||
vävnader med olika typer av kapillärer.
|
||||
9. Under fostertiden finns en öppen förbindelse mellan de båda förmaken – denna stängs
|
||||
normalt vid födseln. Vad heter denna förbindelse? Fundera över vilka konsekvenser en
|
||||
ofullständig slutning av denna förbindelse skulle kunna få.
|
||||
10. Beskriv kort funktion och uppbyggnad av hjärtvägg och hjärtsäck.
|
||||
11. Vilka tre vener tömmer sig i atrium dextrum?
|
||||
12. Vilka delar består aorta thoracica av?
|
||||
13. Beskriv med en teckning utseendet på aorta abdominalis och avgående stora kärl.
|
||||
Namnge dessa på latin och ange vilket organ/organsystem de primärt försörjer med blod.
|
||||
14. Vad är en bifurkation? Exemplifiera!
|
||||
15. Du är ute på VFU och får i uppgift att dels mäta blodtrycket på en patient, dels göra en
|
||||
venprovtagning. Vilken ”rekvisita” behöver du? Hur går du till väga för att skapa bra
|
||||
förutsättningar för ett gott resultat? Fundera över vilka parametrar som är viktigast.
|
||||
16. Vid en hjärtauskultation placeras stetoskopet inte bara på ett ställe utan flera – vilken är
|
||||
den anatomiska orsaken till att man gör så?
|
||||
5
content/Instuderingsfrågor/Zoom meeting.md
Normal file
5
content/Instuderingsfrågor/Zoom meeting.md
Normal file
@@ -0,0 +1,5 @@
|
||||
foo
|
||||
|
||||
foobar
|
||||
hej
|
||||
Hello! How can I help you today?
|
||||
6
content/Instuderingsfrågor/index.md
Normal file
6
content/Instuderingsfrågor/index.md
Normal file
@@ -0,0 +1,6 @@
|
||||
|
||||
|
||||
```dataview
|
||||
LIST
|
||||
WHERE file.name != "index" and contains(file.folder, this.file.folder)
|
||||
```
|
||||
124
content/Målbeskrivning/Alla mål.md
Normal file
124
content/Målbeskrivning/Alla mål.md
Normal file
@@ -0,0 +1,124 @@
|
||||
|
||||
## 1. Rörelseapparaten
|
||||
- Förstå hur muskler, leder och skelett samverkar för rörelse.
|
||||
- Redogöra för hur muskelns läge och kraftöverföring ger upphov till rörelse.
|
||||
- Förklara skillnaden mellan koncentrisk, excentrisk och isometrisk kontraktion.
|
||||
- Förklara hur agonist, synergist och antagonist samverkar.
|
||||
- Förstå skillnaden mellan tvärstrimmig, hjärt- och glatt muskel (struktur, innervering, funktion).
|
||||
- Förklara muskelns mikroskopiska uppbyggnad och kontraktionsmekanism (aktin–myosin).
|
||||
- Förklara principen för muskelspole och motorisk enhet (motor unit).
|
||||
- Beskriva skelettets uppbyggnad: kompakt/spongiöst ben, periost, endost, benmärg.
|
||||
- Redogöra för benbildning:
|
||||
- Intramembranös (direkt)
|
||||
- Endokondral (indirekt, via broskmodell)
|
||||
- Zonindelning i epifysplattan
|
||||
- Förklara benremodellering och skillnad mellan omoget (filtben) och lammelärt ben.
|
||||
- Förstå broskets typer (hyalint, elastiskt, fibrillärt) och dess funktion.
|
||||
- Beskriva leder (synovialledens uppbyggnad, broskfogar, bindvävsfogar, bursor, senskidor).
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
## 2. Cirkulation och hjärta
|
||||
- Förklara hjärtats pumpcykel (systole/diastole).
|
||||
- Förstå hur hjärtklaffar och retledningssystem samverkar.
|
||||
- Beskriva blodflödet genom hjärtat och de stora kärlen.
|
||||
- Förklara funktionen hos SA-knutan, AV-knutan, His’ bunt och Purkinjefibrer.
|
||||
- Förklara hjärtats vägglager (endokard, myokard, epikard) och perikardiets roll.
|
||||
- Beskriva kärlväggens lager (tunica intima, media, adventitia).
|
||||
- Förstå skillnader mellan artärer, vener, arterioler, venoler och kapillärer.
|
||||
- Förklara hur blodtrycksreglering och muskelpump fungerar.
|
||||
- Beskriva blodets sammansättning och cellernas funktion.
|
||||
- Förklara blodbildning (hematopoes) och utvecklingslinjer:
|
||||
- Myeloid och erytroid linje
|
||||
- Granulocytutveckling
|
||||
- Trombocytbildning från megakaryocyt
|
||||
- Förklara neutrofilens vandring från blod till vävnad (diapedes).
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
## 3. Hud
|
||||
- Förklara hudens lager och keratiniseringsprocessen (stratum basale → corneum).
|
||||
- Beskriva melaninsyntes och överföring till keratinocyter.
|
||||
- Förklara funktionen hos Langerhans-, Merkel- och melanocyter.
|
||||
- Redogöra för svettkörtlars sekretionstyper (merokrin, apokrin).
|
||||
- Förklara talgkörtelns holokrina sekretion.
|
||||
- Förstå hårsäckens struktur, tillväxt och stamceller.
|
||||
- Beskriva bröstkörtelns uppbyggnad och skillnaden mellan lakterande och icke-lakterande tillstånd.
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
## 4. Lymfatiska och immunologiska processer
|
||||
- Förstå lymfcirkulationen (från vävnad till venvinkel).
|
||||
- Förklara funktionen för lymfnod, mjälte och thymus.
|
||||
- Redogöra för lymfknutans filtrering och aktivering av immunsvar.
|
||||
- Förstå T-cellsselektion i thymus (positiv/negativ).
|
||||
- Förklara mjältens blodflöde, funktion i blodfiltrering och immunövervakning.
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
## 5. Nervsystemet
|
||||
- Förstå signalöverföring i neuron (aktionspotential, synapsöverföring).
|
||||
- Beskriva gliacellernas funktioner (astrocyter, oligodendrocyter, Schwannceller, mikroglia).
|
||||
- Förstå uppbyggnaden av CNS (grå/vit substans, bark, banor, kärnor).
|
||||
- Förklara hjärnhinnornas funktion (pia, arachnoidea, dura).
|
||||
- Förstå cerebrospinalvätskans produktion och cirkulation.
|
||||
- Förklara skillnaden mellan CNS och PNS: neuronens väg, ganglier och nervers lager (endo-/peri-/epineurium).
|
||||
- Förstå skillnaden mellan sympaticus och parasympaticus (ursprung, koppling, effekt).
|
||||
- Förklara reflexbågens princip.
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
## 6. Respiration
|
||||
- Förstå luftvägarnas struktur och gradvisa förändring från trakea till alveol.
|
||||
- Förklara gasutbytet i alveoler (diffusionsbarriär, typ I- och II-pneumocyter).
|
||||
- Förstå surfaktantens roll och produktion.
|
||||
- Förklara lungans elastiska egenskaper och pleurans funktion.
|
||||
- Förstå skillnaden mellan respiratoriskt och olfaktoriskt epitel.
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
## 7. Digestionssystemet
|
||||
- Förklara slemhinnans generella uppbyggnad (mucosa, submucosa, muscularis, serosa/adventitia).
|
||||
- Beskriva epitelvariationer längs GI-kanalen (esofagus → rektum).
|
||||
- Förklara magens körtelceller (parietal-, huvud-, mukösa och endokrina celler).
|
||||
- Förstå tunntarmens absorptionsmekanismer (villi, mikrovilli, kryptor).
|
||||
- Förklara tjocktarmens sekretion och resorption.
|
||||
- Förstå leverns lobulusstruktur och blodflöde (vena porta → centralven).
|
||||
- Förklara gallbildning och gallflöde.
|
||||
- Beskriva pankreas exokrina och endokrina delar (acinus, Langerhansöar).
|
||||
- Förklara hormonell reglering (insulin, glukagon) och diabetesprinciper.
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
## 8. Urogenitalorgan
|
||||
- Förstå njurens filtrationsprocess (glomerulus, Bowmans kapsel).
|
||||
- Beskriva tubulära funktioner: reabsorption, sekretion, koncentration.
|
||||
- Förklara miktionens nervreglering och sfinktrars roll.
|
||||
- Förstå spermatogenes (meios I–II, spermiogenes).
|
||||
- Förklara sertolicellers och leydigcellers funktion.
|
||||
- Förstå oogenes, follikelutveckling och ovulation.
|
||||
- Förklara endometriets cykliska förändringar (menstruation, proliferation, sekretion).
|
||||
- Förstå corpus luteums bildning och regression.
|
||||
- Beskriva placentans struktur, barriär och näringsutbyte.
|
||||
- Förklara uppbyggnad och funktion av navelsträngen.
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
## 9. Endokrina systemet
|
||||
- Förstå hormonell reglering via feedback (negativ återkoppling).
|
||||
- Förklara hypofysens uppbyggnad (adeno-/neurohypofys) och hormoner.
|
||||
- Beskriva sköldkörtelns hormonproduktion (tyroxin, T3, calcitonin).
|
||||
- Förklara paratyroideans PTH-effekt på kalciumreglering.
|
||||
- Förstå binjurens zoner och hormonproduktion (aldosteron, kortisol, androgener, adrenalin/noradrenalin).
|
||||
- Förklara pankreas endokrina funktion (insulin/glukagon).
|
||||
- Beskriva epifysens (corpus pineale) roll i melatoninsekretion.
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
## 10. Allmän cell- och vävnadsnivå
|
||||
- Förstå cell–cell och cell–matrix-förbindelser (tight junctions, desmosomer, hemidesmosomer, gap junctions).
|
||||
- Förklara basalmembranets uppbyggnad och funktion.
|
||||
- Beskriva epitelens polaritet och förnyelse.
|
||||
- Förstå ECM:s komponenter (fibrer, grundsubstans, proteoglykaner, GAG).
|
||||
- Förklara skillnaden mellan olika bindvävstyper (lucker, stram, elastisk, retikulär, mesenkymal).
|
||||
- Förstå principen för vävnadsregeneration och stamcellers roll.
|
||||
24
content/Målbeskrivning/Plan.md
Normal file
24
content/Målbeskrivning/Plan.md
Normal file
@@ -0,0 +1,24 @@
|
||||
|
||||
Fredag:
|
||||
- Gör klart Epitel/Bindväv/Ben 30min
|
||||
- Blod 2h
|
||||
- Muskler 2h
|
||||
- Nerv 2h
|
||||
- Hud 2h
|
||||
- Anki 300
|
||||
|
||||
Lördag
|
||||
* Lymfatiska 2h
|
||||
* Endokrina 2h
|
||||
* GI 2h
|
||||
* Respiratoriska 2h
|
||||
* Anki 300
|
||||
|
||||
Söndag
|
||||
* Njure 1h
|
||||
* MUG 3h
|
||||
* KUG 3h
|
||||
* Anki 300
|
||||
|
||||
Måndag
|
||||
* Anki 1000
|
||||
41
content/Studieteknik/Minnespalats.md
Normal file
41
content/Studieteknik/Minnespalats.md
Normal file
@@ -0,0 +1,41 @@
|
||||
|
||||
### Alfabet
|
||||
Arnold
|
||||
Bamse
|
||||
Chaplin
|
||||
Darth Vader
|
||||
Einstein
|
||||
Forrest Gump
|
||||
Greta
|
||||
Håkan
|
||||
Ingmar Bergman
|
||||
Jesus
|
||||
Kungen
|
||||
Lenin
|
||||
Mario
|
||||
Napoleon
|
||||
Ozzy
|
||||
Pippi
|
||||
Quentin
|
||||
Rick Ashley
|
||||
Stephen Hawkins
|
||||
Tarzan
|
||||
Ulf Kristersen
|
||||
Volvo
|
||||
Walter White
|
||||
X11
|
||||
Yoda
|
||||
Zlatan
|
||||
Åsna
|
||||
Älg
|
||||
Ödla
|
||||
1 sol
|
||||
2 glasögon
|
||||
3 tre vise men
|
||||
4 beatles
|
||||
5 pentagon
|
||||
6 tärning
|
||||
7 seven-up
|
||||
8 råtta
|
||||
9 kub
|
||||
0 Zorro
|
||||
BIN
content/attachments/Pasted image 20251027185923.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251027185923.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 148 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251027205207.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251027205207.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 50 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121081923.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121081923.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 203 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121081958.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121081958.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 354 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121091934.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121091934.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 285 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121092321.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121092321.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 211 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121092516.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121092516.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 247 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121092705.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121092705.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 83 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121092822.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121092822.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 266 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121093320.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121093320.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 508 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121093608.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121093608.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 57 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121093757.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121093757.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 116 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121094040.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121094040.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 239 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121094218.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121094218.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 401 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121094606.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121094606.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 469 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121094625.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121094625.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 241 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121094943.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121094943.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 494 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121095304.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121095304.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 80 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121095710.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121095710.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 81 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121095938.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121095938.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 190 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121102046.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121102046.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 204 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121102319.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121102319.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 157 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121102545.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121102545.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 149 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121102658.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121102658.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 121 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121102747.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121102747.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 126 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121102941.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121102941.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 237 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121103232.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121103232.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 298 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121103336.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121103336.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 327 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121103747.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121103747.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 319 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121103912.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121103912.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 306 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121104100.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121104100.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 51 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121104106.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121104106.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 70 KiB |
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121104555.png
Normal file
BIN
content/attachments/Pasted image 20251121104555.png
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 293 KiB |
Some files were not shown because too many files have changed in this diff Show More
Reference in New Issue
Block a user