vault backup: 2025-12-07 12:39:26

.gitignore

@@ -4,3 +4,4 @@
 .quartz-cache
 node_modules
 public
+wip/output

content/Biokemi/Behöver göra.md

@@ -33,6 +33,6 @@ Finns det värde i att svara alla med AI?
 - [ ] göra klart introduktion till metabolismen
 - [ ] glykolysen, lägg till vilka steg som är reversibla
 	- [ ] också vilka steg som producerar ATP+NADPH
-- [ ] β-oxidation
+- [ ] β-oxidation (men har använt emils)
 - [ ] glykogen
 - [ ] ETK

wip/script.js

@@ -0,0 +1,73 @@
+MathJax.Hub.Config({
+  config: ["MMLorHTML.js"],
+  jax: ["input/TeX", "output/HTML-CSS", "output/NativeMML"],
+  extensions: ["MathMenu.js", "MathZoom.js"]
+});
+
+let indexData = null;
+
+async function loadIndex() {
+    if (indexData) return indexData;
+    const res = await fetch("/index.json");
+    indexData = await res.json();
+    return indexData;
+}
+
+const templates = {
+    folder: i => `<li><details><summary>${i.key}</summary>${i.inner}</details></li>`,
+    file: i => `<li><a href="${i.href}">${i.title}</a></li>`
+};
+
+function renderTree(data) {
+    const items = Object.entries(data).map(([key, note]) => {
+        if (key === "children") return null;
+        if (note.children) return { type: "folder", key, inner: renderTree(note.children) };
+        if (note.folder && note.filename) {
+            const title = note.title || note.filename.replace(/\.md$/, "");
+            let href = title + ".html";
+            if (note.folder !== ".") href = `${note.folder}/${href}`;
+            href = "/" + href;
+            return { type: "file", href, title };
+        }
+        return null;
+    }).filter((i) => i !== null);
+
+    // Sort: folders first (alphabetically), then files (alphabetically)
+    // Use natural sorting for numbers (1, 2, 10 instead of 1, 10, 2)
+    items.sort((a, b) => {
+        if (a.type !== b.type) return a.type === "folder" ? -1 : 1;
+        const nameA = (a.type === "folder" ? a.key : a.title);
+        const nameB = (b.type === "folder" ? b.key : b.title);
+        return nameA.localeCompare(nameB, undefined, { numeric: true, sensitivity: "base" });
+    });
+
+    return `<ul>${items.map(i => templates[i.type](i)).join("")}</ul>`;
+}
+
+loadIndex().then(data => {
+    const sidebar = document.querySelector(".sidebar");
+    if (sidebar) {
+        sidebar.innerHTML = renderTree(data);
+
+        // Find and highlight the current page link
+        const currentPath = window.location.pathname;
+        const links = sidebar.querySelectorAll("a");
+        for (const link of links) {
+            const linkPath = new URL(link.href, window.location.origin).pathname;
+            if (linkPath === currentPath) {
+                link.classList.add("active");
+
+                // Expand all parent <details> elements
+                let parent = link.parentElement;
+                while (parent && parent !== sidebar) {
+                    if (parent.tagName === "DETAILS") {
+                        parent.open = true;
+                    }
+                    parent = parent.parentElement;
+                }
+                break;
+            }
+        }
+    }
+});
+

wip/static.py

@@ -1,16 +1,27 @@
+import argparse
+import http.server
+import json
+import os
 import pathlib
 import re
-
+import shutil
 import jinja2
+
 from markdown.core import Markdown
 from markdown.extensions import Extension
 from markdown.preprocessors import Preprocessor
-from obsidian_parser import Vault
+from obsidian_parser import Note, Vault
 
 
+def out_content(self):
+    content = self.content
+    if content.startswith("---\n"):
+        content = content.split("---\n", 2)[2]
+    return content
+Note.our_content = property(out_content)
+
 root_dir = pathlib.Path(__file__).parent
 vault = Vault(root_dir.parent / "content")
-note = vault.get_note("Biokemi/Cellulära processer/Transport över cellmembran/Anteckningar.md")
 loader = jinja2.FileSystemLoader(root_dir / "templates")
 env = jinja2.Environment(loader=loader)
 
@@ -23,9 +34,9 @@ class ObsidianImage(Preprocessor):
             if m:
                 if "|" in m.group(1):
                     img, width = m.group(1).split("|")
-                    new_lines.append("<img src='../content/attachments/" + img + "' style='width:" + width + ";'/>")
+                    new_lines.append(f"<img src='attachments/{img}' style='width:{width};'/>")
                 else:
-                    new_lines.append("<img src='../content/attachments/" + m.group(1) + "'/>")
+                    new_lines.append(f"<img src='attachments/{m.group(1)}'/>")
             else:
                 new_lines.append(line)
         return new_lines
@@ -35,35 +46,145 @@ class ObsidianImageExtension(Extension):
     def extendMarkdown(self, md):
         md.preprocessors.register(ObsidianImage(md), 'obsidianimage', 175)
 
-m = Markdown(
+def make_markdown():
-    extensions=[
+    return Markdown(
-        "mdx_math",
+        extensions=[
-        "nl2br",
+            "fenced_code",
-        ObsidianImageExtension(),
+            "mdx_math",
-    ],
+            "nl2br",
-    extension_configs={
+            "tables",
-        "mdx_math": {
+            ObsidianImageExtension(),
-            "enable_dollar_delimiter": True
+        ],
-        }
+        extension_configs={
-    },
+            "mdx_math": {
-    tab_length=2,
+                "enable_dollar_delimiter": True
-)
+            }
-env.filters["markdown"] = m.convert
+        },
+        tab_length=2,
+    )
+
+def markdown_filter(text):
+    md = make_markdown()
+    return md.convert(text)
+
+env.filters["markdown"] = markdown_filter
 
-output = root_dir / "test.html"
 template = env.get_template("base.html")
+output_dir = root_dir / "output"
 
-def out_content(self):
-    content = note.content
-    if content.startswith("---\n"):
-        content = content.split("---\n", 2)[2]
-    return content
 
-note.__class__.our_content = property(out_content)
+def build_tree(vault: Vault):
-with output.open("w", encoding="utf-8") as f:
+    root = vault.path
-    data = template.render(note=note, vault=vault)
+    tree = {}
-    f.write(data)
+    for folder, dirnames, filenames in root.walk():
+        for dirname in dirnames[:]:
+            if dirname.startswith(".") or dirname == "attachments":
+                dirnames.remove(dirname)
+        cur = tree
+        for part in folder.relative_to(root).parts:
+            cur = cur.setdefault(part, {"children": {}})["children"]
 
-import webbrowser
+        for filename in filenames:
-webbrowser.open(output.as_uri())
+            # .DS_Store etc
-print(f"Written to {output}")
+            if filename.startswith("."):
+                continue
+            item = {
+                "filename": filename,
+                "folder": str(folder.relative_to(root)),
+            }
+            note = vault.get_note((folder / filename).relative_to(root))
+            if note:
+                item["title"] = note.title
+                # TODO: for search add tags, modified time, content etc
+
+            cur[filename] = item
+    return tree
+
+
+def write_note(item, tree_json):
+    if "children" in item:
+        for child in item["children"].values():
+            write_note(child, tree_json)
+    else:
+        path = pathlib.Path(item["folder"]) / item["filename"]
+        note = vault.get_note(path)
+        if note:
+            out_path = output_dir / item["folder"] / (item["title"] + ".html")
+            out_path.parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
+
+            # Calculate relative base_path based on folder depth
+            folder = item["folder"]
+            if folder == ".":
+                base_path = ""
+            else:
+                depth = len(pathlib.Path(folder).parts)
+                base_path = "../" * depth
+
+            with out_path.open("w", encoding="utf-8") as f:
+                data = template.render(note=note, vault=vault, base_path=base_path, index_json=tree_json)
+                f.write(data)
+        else:
+            print(f"Note not found for {path}")
+
+
+def build():
+    """Build the static site."""
+    print("Building...")
+
+    # 1. Create output dir
+    shutil.rmtree(output_dir, ignore_errors=True)
+    output_dir.mkdir(exist_ok=True)
+
+    # 1b. Symlink CSS/JS to output root
+    (output_dir / "style.css").symlink_to(root_dir / "style.css")
+    (output_dir / "script.js").symlink_to(root_dir / "script.js")
+
+    # 1c. Symlink attachments directory
+    attachments_src = root_dir.parent / "content" / "attachments"
+    attachments_dst = output_dir / "attachments"
+    attachments_dst.symlink_to(attachments_src)
+
+    # 2. Build tree and write index json
+    tree = build_tree(vault)
+    tree_json = json.dumps(tree)
+    with (output_dir / "index.json").open("w") as f:
+        f.write(tree_json)
+
+    # 3. Write out each note as html
+    write_note({"children": tree}, tree_json)
+
+    print(f"Built to {output_dir}")
+
+
+def serve(port):
+    """Build and serve the site."""
+    build()
+
+    os.chdir(output_dir)
+    print(f"Serving at http://localhost:{port}")
+    server = http.server.HTTPServer(("", port), http.server.SimpleHTTPRequestHandler)
+    try:
+        server.serve_forever()
+    except KeyboardInterrupt:
+        print("\nStopped.")
+
+
+def main():
+    parser = argparse.ArgumentParser(description="Static site generator for medical notes")
+    subparsers = parser.add_subparsers(dest="command", required=True)
+
+    subparsers.add_parser("build", help="Build the static site")
+
+    serve_parser = subparsers.add_parser("serve", help="Build and serve the site")
+    serve_parser.add_argument("-p", "--port", type=int, default=8000, help="Port to serve on")
+
+    args = parser.parse_args()
+
+    if args.command == "build":
+        build()
+    elif args.command == "serve":
+        serve(args.port)
+
+
+if __name__ == "__main__":
+    main()

wip/style.css

@@ -0,0 +1,139 @@
+:root {
+    color-scheme: light dark;
+    --font-sans-serif: system-ui, -apple-system, "Segoe UI", Roboto, sans-serif;
+    --font-mono: ui-monospace, "SF Mono", Menlo, monospace;
+    --max-width: 70ch;
+    --line-height: 1.15;
+    --space: 1.25rem;
+    --radius: 6px;
+    --sidebar-width: 250px;
+}
+body {
+    margin: 0;
+    display: flex;
+    font-family: var(--font-sans-serif);
+    line-height: var(--line-height);
+    font-size: 1rem;
+}
+.sidebar {
+    width: var(--sidebar-width);
+    height: 100vh;
+    position: sticky;
+    top: 0;
+    overflow-y: auto;
+    padding: var(--space);
+    box-sizing: border-box;
+}
+.sidebar ul { list-style: none; padding: 0; margin: 0; }
+.sidebar details ul { padding-left: 1rem; }
+.sidebar li { margin: 0.2rem 0; }
+.sidebar a { text-decoration: none; }
+.sidebar a.active { font-weight: 600; }
+.sidebar details { margin: 0.2rem 0; }
+.sidebar summary { cursor: pointer; }
+.content {
+    flex: 1;
+    max-width: var(--max-width);
+    padding: calc(var(--space) * 1.2);
+}
+
+@media (prefers-color-scheme: light) {
+    body { background: #fafafa; color: #222; }
+    .sidebar { background: #f0f0f0; }
+    a { color: #0645ad; }
+    code, pre { background: #f0f0f0; }
+    hr { border-color: #ddd; }
+}
+@media (prefers-color-scheme: dark) {
+    body { background: #111; color: #ddd; }
+    .sidebar { background: #1a1a1a; }
+    a { color: #7bbaff; }
+    code, pre { background: #222; }
+    hr { border-color: #333; }
+}
+
+p, ul, ol, blockquote, pre, table {
+    margin: var(--space) 0;
+}
+
+h1, h2, h3, h4, h5, h6 {
+    line-height: 1.25;
+    margin: calc(var(--space) * 1.6) 0 var(--space);
+    font-weight: 600;
+}
+
+h1 {
+    font-size: 1.8rem;
+}
+
+h2 {
+    font-size: 1.45rem;
+}
+
+h3 {
+    font-size: 1.25rem;
+}
+
+h4 {
+    font-size: 1.1rem;
+}
+
+h5, h6 {
+    font-size: 1rem;
+}
+
+ul, ol {
+    padding-inline-start: 1.4rem;
+    margin-block-start: var(--space);
+}
+
+li {
+    margin: 0.3rem 0;
+}
+
+code, pre {
+    font-family: var(--font-mono) monospace;
+    font-size: 0.9rem;
+    border-radius: var(--radius);
+}
+
+pre {
+    padding: 0.75rem 1rem;
+    overflow-x: auto;
+}
+
+table {
+    width: 100%;
+    border-collapse: collapse;
+    font-size: 0.95rem;
+}
+
+th, td {
+    padding: 0.5rem 0.75rem;
+    border: 1px solid currentcolor;
+}
+
+th {
+    font-weight: 600;
+}
+
+blockquote {
+    padding: 0.75rem 1rem;
+    border-inline-start: 4px solid currentcolor;
+    opacity: 0.9;
+}
+
+img, video {
+    max-width: 100%;
+    height: auto;
+    display: block;
+    border-radius: var(--radius);
+    margin: var(--space) 0;
+}
+
+hr {
+    margin: calc(var(--space) * 2) 0;
+    border: none;
+    border-bottom: 1px solid;
+    opacity: 0.2;
+}

wip/templates/base.html

@@ -1,175 +1,14 @@
 <html lang="en">
 <head>
     <meta charset="utf-8">
-    <style>
+    <base href="{{base_path}}">
-        /* Root scales + light/dark system colors */
+    <link rel="stylesheet" href="style.css">
-        :root {
-            color-scheme: light dark;
-            --font-body: system-ui, -apple-system, "Segoe UI", Roboto, sans-serif;
-            --font-mono: ui-monospace, "SF Mono", Menlo, monospace;
-            --max-width: 70ch;
-            --line-height: 1.15;
-            --space: 1.25rem;
-            --radius: 6px;
-        }
-
-        body {
-            margin: 0 auto;
-            max-width: var(--max-width);
-            padding: calc(var(--space) * 1.2);
-            font-family: var(--font-body);
-            line-height: var(--line-height);
-            font-size: 1rem;
-            word-wrap: break-word;
-            text-rendering: optimizeLegibility;
-        }
-
-        /* Color auto-adjusts with system theme */
-        @media (prefers-color-scheme: light) {
-            body {
-                background: #fafafa;
-                color: #222;
-            }
-
-            a {
-                color: #0645ad;
-            }
-
-            code, pre {
-                background: #f0f0f0;
-            }
-
-            hr {
-                border-color: #ddd;
-            }
-        }
-
-        @media (prefers-color-scheme: dark) {
-            body {
-                background: #111;
-                color: #ddd;
-            }
-
-            a {
-                color: #7bbaff;
-            }
-
-            code, pre {
-                background: #222;
-            }
-
-            hr {
-                border-color: #333;
-            }
-        }
-
-        p, ul, ol, blockquote, pre, table {
-            margin: var(--space) 0;
-        }
-
-        /* Headings: predictable rhythm, not oversized */
-        h1, h2, h3, h4, h5, h6 {
-            line-height: 1.25;
-            margin: calc(var(--space) * 1.6) 0 var(--space);
-            font-weight: 600;
-        }
-
-        h1 {
-            font-size: 1.8rem;
-        }
-
-        h2 {
-            font-size: 1.45rem;
-        }
-
-        h3 {
-            font-size: 1.25rem;
-        }
-
-        h4 {
-            font-size: 1.1rem;
-        }
-
-        h5, h6 {
-            font-size: 1rem;
-        }
-
-        /* Lists */
-        ul, ol {
-            padding-inline-start: 1.4rem;
-            margin-block-start: var(--space);
-        }
-
-        li {
-            margin: 0.3rem 0;
-        }
-
-        /* Code */
-        code, pre {
-            font-family: var(--font-mono);
-            font-size: 0.9rem;
-            border-radius: var(--radius);
-        }
-
-        pre {
-            padding: 0.75rem 1rem;
-            overflow-x: auto;
-        }
-
-        /* Tables */
-        table {
-            width: 100%;
-            border-collapse: collapse;
-            font-size: 0.95rem;
-        }
-
-        th, td {
-            padding: 0.5rem 0.75rem;
-            border: 1px solid currentcolor;
-            border-opacity: 0.2;
-        }
-
-        th {
-            font-weight: 600;
-        }
-
-        /* Blockquotes */
-        blockquote {
-            padding: 0.75rem 1rem;
-            border-inline-start: 4px solid currentcolor;
-            border-opacity: 0.4;
-            opacity: 0.9;
-        }
-
-        /* Images & media */
-        img, video {
-            max-width: 100%;
-            height: auto;
-            display: block;
-            border-radius: var(--radius);
-            margin: var(--space) 0;
-        }
-
-        /* Horizontal rule */
-        hr {
-            margin: calc(var(--space) * 2) 0;
-            border: none;
-            border-bottom: 1px solid;
-            opacity: 0.2;
-        }
-    </style>
     <title>{{note.title}}</title>
-    <script type="text/javascript" src="https://cdn.jsdelivr.net/npm/mathjax@2/MathJax.js">
+    <script type="text/javascript" src="https://cdn.jsdelivr.net/npm/mathjax@2/MathJax.js"></script>
-    </script>
-    <script type="text/x-mathjax-config">
-        MathJax.Hub.Config({
-          config: ["MMLorHTML.js"],
-          jax: ["input/TeX", "output/HTML-CSS", "output/NativeMML"],
-          extensions: ["MathMenu.js", "MathZoom.js"]
-        });
-    </script>
 </head>
 <body>
+<div class="sidebar"></div>
+<div class="content">
 <h1>{{note.title}}</h1>
 <ul>
 {% for key, value in note.frontmatter.items() %}
@@ -186,5 +25,7 @@
 {% endfor %}
 </ul>
 {{note.our_content | markdown}}
+</div>
+<script src="script.js"></script>
 </body>
 </html>

wip/test.html

@@ -1,495 +0,0 @@
-<html lang="en">
-<head>
-    <meta charset="utf-8">
-    <style>
-        /* Root scales + light/dark system colors */
-        :root {
-            color-scheme: light dark;
-            --font-body: system-ui, -apple-system, "Segoe UI", Roboto, sans-serif;
-            --font-mono: ui-monospace, "SF Mono", Menlo, monospace;
-            --max-width: 70ch;
-            --line-height: 1.15;
-            --space: 1.25rem;
-            --radius: 6px;
-        }
-
-        body {
-            margin: 0 auto;
-            max-width: var(--max-width);
-            padding: calc(var(--space) * 1.2);
-            font-family: var(--font-body);
-            line-height: var(--line-height);
-            font-size: 1rem;
-            word-wrap: break-word;
-            text-rendering: optimizeLegibility;
-        }
-
-        /* Color auto-adjusts with system theme */
-        @media (prefers-color-scheme: light) {
-            body {
-                background: #fafafa;
-                color: #222;
-            }
-
-            a {
-                color: #0645ad;
-            }
-
-            code, pre {
-                background: #f0f0f0;
-            }
-
-            hr {
-                border-color: #ddd;
-            }
-        }
-
-        @media (prefers-color-scheme: dark) {
-            body {
-                background: #111;
-                color: #ddd;
-            }
-
-            a {
-                color: #7bbaff;
-            }
-
-            code, pre {
-                background: #222;
-            }
-
-            hr {
-                border-color: #333;
-            }
-        }
-
-        p, ul, ol, blockquote, pre, table {
-            margin: var(--space) 0;
-        }
-
-        /* Headings: predictable rhythm, not oversized */
-        h1, h2, h3, h4, h5, h6 {
-            line-height: 1.25;
-            margin: calc(var(--space) * 1.6) 0 var(--space);
-            font-weight: 600;
-        }
-
-        h1 {
-            font-size: 1.8rem;
-        }
-
-        h2 {
-            font-size: 1.45rem;
-        }
-
-        h3 {
-            font-size: 1.25rem;
-        }
-
-        h4 {
-            font-size: 1.1rem;
-        }
-
-        h5, h6 {
-            font-size: 1rem;
-        }
-
-        /* Lists */
-        ul, ol {
-            padding-inline-start: 1.4rem;
-            margin-block-start: var(--space);
-        }
-
-        li {
-            margin: 0.3rem 0;
-        }
-
-        /* Code */
-        code, pre {
-            font-family: var(--font-mono);
-            font-size: 0.9rem;
-            border-radius: var(--radius);
-        }
-
-        pre {
-            padding: 0.75rem 1rem;
-            overflow-x: auto;
-        }
-
-        /* Tables */
-        table {
-            width: 100%;
-            border-collapse: collapse;
-            font-size: 0.95rem;
-        }
-
-        th, td {
-            padding: 0.5rem 0.75rem;
-            border: 1px solid currentcolor;
-            border-opacity: 0.2;
-        }
-
-        th {
-            font-weight: 600;
-        }
-
-        /* Blockquotes */
-        blockquote {
-            padding: 0.75rem 1rem;
-            border-inline-start: 4px solid currentcolor;
-            border-opacity: 0.4;
-            opacity: 0.9;
-        }
-
-        /* Images & media */
-        img, video {
-            max-width: 100%;
-            height: auto;
-            display: block;
-            border-radius: var(--radius);
-            margin: var(--space) 0;
-        }
-
-        /* Horizontal rule */
-        hr {
-            margin: calc(var(--space) * 2) 0;
-            border: none;
-            border-bottom: 1px solid;
-            opacity: 0.2;
-        }
-    </style>
-    <title>Anteckningar</title>
-    <script type="text/javascript" src="https://cdn.jsdelivr.net/npm/mathjax@2/MathJax.js">
-    </script>
-    <script type="text/x-mathjax-config">
-        MathJax.Hub.Config({
-          config: ["MMLorHTML.js"],
-          jax: ["input/TeX", "output/HTML-CSS", "output/NativeMML"],
-          extensions: ["MathMenu.js", "MathZoom.js"]
-        });
-    </script>
-</head>
-<body>
-<h1>Anteckningar</h1>
-<ul>
-
-    <li>
-        <strong>föreläsare</strong>
-        
-        Ingela Parmryd
-        
-    </li>
-
-    <li>
-        <strong>tags</strong>
-        
-            
-                #biokemi
-            
-                #anteckningar
-            
-                #transport-över-cellmembran
-            
-        
-    </li>
-
-    <li>
-        <strong>date</strong>
-        
-        2025-11-25
-        
-    </li>
-
-</ul>
-<p>Diffusion är något INTE behöver hjälp<br />
-Passiv vs Aktiv transport<br />
-Faciliterad diffusion</p>
-<p>plasmamembransystem</p>
-<ul>
-<li>tar in och tar</li>
-<li>när det går ut, börjar det i <ul>
-<li>ER → Golgi → sekretoriska vesiklar → PM eller </li>
-<li>ER → golgi → PM</li>
-<li>heter sekretoriska vägen</li>
-<li></li>
-</ul>
-</li>
-<li>när det går ut<ul>
-<li>tidigt endosom → sen endosom → lysosom</li>
-</ul>
-</li>
-<li>Vad påverkar utgången?<ul>
-<li>tjocklek</li>
-<li>kolesterol i membranet</li>
-<li>mättade fettsyror/acylgrupper</li>
-<li>tätare packning</li>
-</ul>
-</li>
-<li>Vad påverkar ingången?<ul>
-<li>permeabilitet (hur genomsläppligt)</li>
-</ul>
-</li>
-</ul>
-<hr />
-<h2>Diffusion över membran</h2>
-<p>Vad är lättast att diffunder?</p>
-<ul>
-<li>lättast → svårast<ul>
-<li>(små) hydrofoba, <script type="math/tex">O_2</script> (stora kommer här också)</li>
-<li>små polära <script type="math/tex">H_2O</script> (osmos)</li>
-<li>stora polära, glykos (kolhydrater) </li>
-<li>joner, laddade har det svårast (aminosyrer, nukleotider)</li>
-</ul>
-</li>
-</ul>
-<hr />
-<p>Glukostransportörer faciliterar diffusion<br />
-<img src='../content/attachments/Pasted image 20251125132516.png'/><br />
-Även kallade bärarproteiner </p>
-<h1>Passiv transport</h1>
-<p>med gradienten - Man behöver inte tillföra energi, använder energin som tillför gradienten </p>
-<h3>Transportörer/Bärarproteiner</h3>
-<ul>
-<li>transport av polära moleklyer</li>
-<li>
-<script type="math/tex">k_m</script> uppnår mättnad är när alla transportörer är upptagna</li>
-</ul>
-<p>GLUT1-5 har olika affinitet för glukos<br />
-Varje transportör kan ta ungefär ~1000 molekyler per sekund<br />
-Högre i blodet och ECM, transport av glukos sker oftast inåt i cellen<br />
-Hastigheten beror på<br />
-- antal transportprotein<br />
-- hur hög koncentration</p>
-<p>
-<script type="math/tex">\Delta G = RTln(C_2/C_1)</script>
-<br />
-C1 = till<br />
-C2 = från</p>
-<p>Q: Behöver vi kunna formeln. Svaret är att vi inte behöver en miniräknare på tentan.</p>
-<h3>Diffusion av <script type="math/tex">H_2O</script>
-</h3>
-<p>Fysiologiskt salt ~150mM = isotonisk<br />
-- Det är så mkt joner vi har i miljön runt om och i våra celler<br />
-- Har man exakt händer ingenting<br />
-- Har man mer eller mindre så händer osmos<br />
-- hypertonisk, högre saltkoncentration<br />
-  - då kommer vatten gå ut ur cellen för att xxx koncentrationsgradienten<br />
-  - Då får vi en cell som krymper<br />
-- hypotonisk, lägre saltkoncentration<br />
-  - då försöker vattnet att ta sig in<br />
-  - då sväller cellen<br />
-  - när det kommer in för mycket vatten så går den sönder, då säger den lysering<br />
-    - man kan använda saltlösning för att få ut innehållet i en cell<br />
-    - sen centrifugerar man så man får ut sina mitokondrier<br />
-- osmos = strävar mot utjämning av koncentrationsgradienten</p>
-<hr />
-<h3>Diffusion av vatten faciliteras av aquaporiner</h3>
-<h3>Aquaporiner</h3>
-<ul>
-<li>Ett ökat vattenflöde ibland, t.ex. i njurarna</li>
-<li>Utsöndring av svett och tårar</li>
-<li>Passiv transport</li>
-<li>Epitel - njurar</li>
-<li>Det här går mkt snabbare <script type="math/tex">10^6</script> /s 𝛼-poriner</li>
-<li>Faciliterad diffusion</li>
-</ul>
-<h3>Jonkanalerna</h3>
-<ul>
-<li>Faciliterar diffusion pendlar mellan att vara öppna eller stängda</li>
-<li>Faciliterad diffusion</li>
-<li>
-<script type="math/tex">10^6</script> /s per kanal<ul>
-<li>men bara öppna någon millisekund</li>
-</ul>
-</li>
-<li>Pendlar mellan öppen och stängd</li>
-<li>Aktiveras betyder att den öppnas<ul>
-<li>ligandbindning - kommer någonting utanför cellen, får en konformationsändring och öppnar sig<ul>
-<li>i sliden nämns att det kan t.ex. vara acetylkolin</li>
-<li>elektriskt rocka, har 20k per kvmm, det gör att det kan komma upp i höga spänningar</li>
-</ul>
-</li>
-<li>ändring av spänning<ul>
-<li>membranpotential, skillnad mellan joner över ett membran</li>
-</ul>
-</li>
-<li>mekaniskt</li>
-</ul>
-</li>
-</ul>
-<hr />
-<h3>Transporthastigheten genom jonkanaler styrs av skillnader i koncentrations- och elektriska gradienter</h3>
-<p>Beroende av andra joner<br />
-<script type="math/tex">\Delta G = RT ln(C_2/C_1) + ZF\Delta V</script>
-</p>
-<p><strong>R:</strong> gaskonstanten = 8.314 J·mol⁻¹·K⁻¹<br />
-<strong>T:</strong> absoluta temperaturen i Kelvin (t.ex. 310 K för 37°C)<br />
-<strong>C₂:</strong> koncentration <em>utanför</em> cellen<br />
-<strong>C₁:</strong> koncentration <em>innanför</em> cellen<br />
-<strong>Z:</strong> jonens laddning (t.ex. Na⁺ = +1, Ca²⁺ = +2, Cl⁻ = –1)<br />
-<strong>F:</strong> Faradays konstant (≈ 96 485 C/mol), laddning per mol elektroner<br />
-<strong>ΔV:</strong> skillnaden i membranpotential (V₂ – V₁), mäts i volt</p>
-<hr />
-<h3>Hur skulle en jonkanal vara uppbyggd?</h3>
-<ul>
-<li>amfipatiska hydrofila mot kanalen, hydrofoba mot insidan av cellmembranet</li>
-<li>8 helixar ovanför</li>
-<li>slicad i mitten av hydrofob/fil</li>
-</ul>
-<hr />
-<h3>Uppbyggnaden av katjonkanaler är konserverad</h3>
-<p><img src='../content/attachments/Pasted image 20251125135429.png'/><br />
-- central por av helix S5 och S6<br />
-- S1-4 bildar paddel utanför por</p>
-<p>S4 positivt laddad, känner av ändring i membranpotential<br />
-padel fälls upp vid aktivering</p>
-<hr />
-<h3>
-<script type="math/tex">K^+</script>-kanalen passar <script type="math/tex">K^+</script> perfekt om dehydratisering sker</h3>
-<p>Selektivitetsfilter K+-kanalen<br />
-Det känner igen storlek, konkurrerar mot Na och Ka.<br />
-<script type="math/tex">NA^+</script> 0.95 Å <br />
-<script type="math/tex">K^+</script> 1.33 Å</p>
-<p>För att passa den här kanalen som är 3 Å, <br />
-Dehydratiseras, bort med vatten<br />
-Binder till röda grupper som är karbonylgrupper<br />
-Dehydratisering av <script type="math/tex">K^+</script> ger lika många bindingar i filtret som till <script type="math/tex">H_2O</script>
-<br />
-1000 gr höre selektivitet för <script type="math/tex">K^+</script> än <script type="math/tex">Na^+</script>
-</p>
-<p>Kostar energi att föra igenom Na+, då blir det inte effektivt<br />
-Transport via repulsion i fyra bindingsställning (skjutsa vidare)</p>
-<p>Na⁺ är mindre → har mycket högre laddningstäthet → binder vatten hårdare. Att ta bort vatten kostar därför mer energi för Na⁺ än för K⁺.</p>
-<p><strong>Varför kan K⁺ passera utan kostnad?</strong><br />
-Selektivitetsfiltret är byggt exakt för K⁺-storlek: karbonylgrupperna sitter så att de ersätter <em>precis</em> de vattenbindningar K⁺ förlorar. Energin blir nästan neutral.</p>
-<hr />
-<h3>Jonkanal stängs snabbt efter att ha öppnats</h3>
-<p>Bolldomän i cytoplasman med en länk med ett bindningsställe i den aktiverade, öppna kanalen den kan binda in till<br />
-- I öppen kanal blir <em>bindningen</em>→inaktiverad<br />
-- States<br />
-  - Closed hänger och slänger<br />
-  - Open precis utanför<br />
-  - Inactivated inne i hållet</p>
-<p>Kanalen stängs efter ms efter aktivering</p>
-<p>Acetylkolinreceptorn är en receptor för ormgift<br />
-Alkaliner, cuarve, hämar transport av jonkanaler</p>
-<p>kanaler och transportförer har olika mekanismer för att öppna och stänga</p>
-<hr />
-<h3>Kanalfogar</h3>
-<p>(gap junctions)</p>
-<p>Möliggör snabb transport mellan celler<br />
-Förbinder cytoplasman<br />
-Uppbyggda av konnexinringar<br />
-Fri passage för <em>små</em> hydrofila molekyler/joner &lt; kDa</p>
-<p>Näringsöverföring: lins &amp; ben<br />
-Synkronisering: <br />
-- finns mkt i hjärtat så allt drar åt sig samtidigt<br />
-- livmoder för forlossning, för sammandrarning<br />
-- stängs av <script type="math/tex">[Ca^{2+}]</script> går upp eller <script type="math/tex">[H^+]</script>
-</p>
-<hr />
-<h1>Aktiv transport</h1>
-<p>mot gradient<br />
-kräver energitillsförsel</p>
-<p>Det finns jongradienter i däggdjursceller<br />
-- Na+ lågt i högt utanför<br />
-- K högt inne, lågt utanför<br />
-- Cl lågt inne, högt utanför</p>
-<h4>Na+–K+ ATPaset, en jonpump</h4>
-<p>1/3 av all energi i alla celler används till det här<br />
-(mer i vissa celler än andra)</p>
-<ul>
-<li>Nervsignalering</li>
-<li>för att få in aminosyror/andra byggstenar</li>
-<li>Pendlar mellan två konformationer (öppna åt olika håll, in/ut, ut/in)<ul>
-<li>de fosfyliseras, tar upp en P från ATP från Aspartat</li>
-</ul>
-</li>
-<li>6 steg<ul>
-<li>1: 3 Na+ binder på cyt-sidan</li>
-<li>2: Fosforylering</li>
-<li>3: Eversion (vänder sig), frisläppning av Na+ extra cellulärt</li>
-<li>4: 2 Ka+ binder in på ECM-sidan</li>
-<li>5: Defosfylering</li>
-<li>6: Eversion, K+ frisläpps i cytoplasman</li>
-<li>Alltid Na+ cytoplasma→ECM och Ka+ ECM→cytoplasma<br />
-Finns 70 st andra kända pumpar</li>
-</ul>
-</li>
-</ul>
-<hr />
-<h4>Kardiotona steoider hämmar Na+-K+ ATPaset</h4>
-<p>Används som läkemedel för personer som har hjärtsvikt, leder till starkar kontraktioner av hjärtmuskler<br />
-Läkemedel heter Digitoxin, Onabain som man kan plocka från växter</p>
-<p>Behöver veta vad det här proteinet gör</p>
-<hr />
-<h4>ABC-transportörer ändrar konformation när de binder och hydrolyserar ATP</h4>
-<p>ATP-bindande kasett<br />
-Kräver två ATP per transportcykel<br />
-Används för att transportera ut socker i eukaryota (i prokaryoter in)<br />
-1. Substrat binder från cytoplasman<br />
-2. Konformationsändring - ökad affinitet för ATP<br />
-3. ATP binder - eversion (vänder)<br />
-4. Substrat frisläpps ECM<br />
-5. Defosfylering 2 ATP → 2 ADP, konformationsändring, eversion</p>
-<p>Ställer till besvär inom medicinen, skickar in hydrofoba föreningar. Många läkemedel är hydrofoba. Men sådana här proteiner finns det som inducerar läkemedel, multidrog-resistans, när de fått en så skickar de ut. Men de skickar ut andra läkemedel också</p>
-<h4>MDR-multidrogresistens</h4>
-<ul>
-<li>ABC-transportör</li>
-<li>Skickar ut xenobiotika=kroppsfrämmande</li>
-<li>Induceras t.ex. av läkemedel</li>
-<li>Blir fler om de utsätts av mkt<br />
-CFTR-muterat cystisk firos, ABC-transportör. Segare slem i lungorna, olika mkt vatten som attraheras till det här slemmet.</li>
-</ul>
-<hr />
-<h3>Tre grupper av membrantransportör</h3>
-<p>Kan vara både passiva och transporta</p>
-<ul>
-<li>Uniporter<ul>
-<li><em>passiv transport</em></li>
-<li>en förening, två håll</li>
-<li>t.ex. glukostransportören</li>
-</ul>
-</li>
-<li>Symport<ul>
-<li><em>sekundär aktiv transport</em><ul>
-<li>p-typ ATP eller ABC-transportörer heter <em>primär aktiv transport</em></li>
-</ul>
-</li>
-<li>två föreningar, samma håll</li>
-<li>använder en gradient för att skapa en annan</li>
-<li>händer t.ex. epitelceller där det krävs mkt in</li>
-<li>Na+ hjälper glukos in mot sin gradient</li>
-</ul>
-</li>
-<li>Antiporter<ul>
-<li><em>sekundär aktiv transport</em></li>
-<li>två föreningar, olika håll<ul>
-<li>en med gradient - nästan alltid <script type="math/tex">Na^+_{(in)}</script>
-</li>
-<li>en mot gradient - tex <script type="math/tex">Ca^{2+}_{(in)}</script>
-</li>
-</ul>
-</li>
-</ul>
-</li>
-</ul>
-<hr />
-<h3>Glukos kan tas upp mot koncentrationsgradient med sekundär aktiv transport  Glukosupptag</h3>
-<hr />
-<h3>Glukosupptag från tarmarna involverar transportörer av olika typer Begrepp</h3>
-<p>I samma cell kan man ha olika typer av transport av samma typ av</p>
-<h1>Summary</h1>
-<p>transportör med gradient<br />
-hyperton mer joner, ut vatten<br />
-hypoton mindre joner, in vatten<br />
-aquaporiner släpper bara igenom vatten<br />
-jonkanaler behöver aktiveras 3 st (ligand, potential, mekaniska dragningar)<br />
-primärt om ATP är med i reaktionen<br />
-sekundär om ATP hjälpt till att bygga upp gradienten<br />
-kanalfogar binder ihop små celler, t.ex. näring i benceller<br />
-Jongradienter Na/Kalium mkt inne/ut på av ATPaset-pump<br />
-ABC kräver 2 ATP fosfo+defosfo<br />
-MDR inblandat i pumpar</p>
-</body>
-</html>