diff --git a/content/Biokemi/Behöver göra.md b/content/Biokemi/Behöver göra.md index 227c3fb..4f76b89 100644 --- a/content/Biokemi/Behöver göra.md +++ b/content/Biokemi/Behöver göra.md @@ -28,7 +28,7 @@ Finns det värde i att svara alla med AI? - ladda upp .db + annoterad ddl # Anki-kortlekar -- [ ] introduktionslabb +- [x] introduktionslabb - [ ] plasmidlabb - [ ] göra klart introduktion till metabolismen - [ ] glykolysen, lägg till vilka steg som är reversibla diff --git a/static.py b/static.py index 77731a6..68245e7 100644 --- a/static.py +++ b/static.py @@ -1,7 +1,25 @@ from obsidian_parser import Vault +import markdown v = Vault("content") note = v.get_note("Biokemi/Cellulära processer/Transport över cellmembran/Anteckningar.md") -import pprint -pprint.pprint(note.reading_view) -raise SystemExit(0) \ No newline at end of file +body = markdown.markdown(note.reading_view) +html = f""" + + + + + +{body} + + +""" +with open("test.html", "w") as f: + f.write(html) + +import webbrowser +webbrowser.open("test.html") diff --git a/test.html b/test.html new file mode 100644 index 0000000..f6e8ebf --- /dev/null +++ b/test.html @@ -0,0 +1,276 @@ + + + + + + +

Diffusion är något INTE behöver hjälp +Passiv vs Aktiv transport +Faciliterad diffusion

+

plasmamembransystem +- tar in och tar +- när det går ut, börjar det i + - ER → Golgi → sekretoriska vesiklar → PM eller + - ER → golgi → PM + - heter sekretoriska vägen + - +- när det går ut + - tidigt endosom → sen endosom → lysosom +- Vad påverkar utgången? + - tjocklek + - kolesterol i membranet + - mättade fettsyror/acylgrupper + - tätare packning +- Vad påverkar ingången? + - permeabilitet (hur genomsläppligt)

+
+

Diffusion över membran

+

Vad är lättast att diffunder? +- lättast → svårast + - (små) hydrofoba, $O_2$ (stora kommer här också) + - små polära $H_2O$ (osmos) + - stora polära, glykos (kolhydrater) + - joner, laddade har det svårast (aminosyrer, nukleotider)

+
+

Glukostransportörer faciliterar diffusion +!Pasted image 20251125132516.png +Även kallade bärarproteiner

+

Passiv transport

+

med gradienten - Man behöver inte tillföra energi, använder energin som tillför gradienten

+

Transportörer/Bärarproteiner

+ +

GLUT1-5 har olika affinitet för glukos +Varje transportör kan ta ungefär ~1000 molekyler per sekund +Högre i blodet och ECM, transport av glukos sker oftast inåt i cellen +Hastigheten beror på +- antal transportprotein +- hur hög koncentration

+

$\Delta G = RTln(C_2/C_1)$ +C1 = till +C2 = från

+

Q: Behöver vi kunna formeln. Svaret är att vi inte behöver en miniräknare på tentan.

+

Diffusion av $H_2O$

+

Fysiologiskt salt ~150mM = isotonisk +- Det är så mkt joner vi har i miljön runt om och i våra celler +- Har man exakt händer ingenting +- Har man mer eller mindre så händer osmos +- hypertonisk, högre saltkoncentration + - då kommer vatten gå ut ur cellen för att xxx koncentrationsgradienten + - Då får vi en cell som krymper +- hypotonisk, lägre saltkoncentration + - då försöker vattnet att ta sig in + - då sväller cellen + - när det kommer in för mycket vatten så går den sönder, då säger den lysering + - man kan använda saltlösning för att få ut innehållet i en cell + - sen centrifugerar man så man får ut sina mitokondrier +- osmos = strävar mot utjämning av koncentrationsgradienten

+
+

Diffusion av vatten faciliteras av aquaporiner

+

Aquaporiner

+ +

Jonkanalerna

+ +
+

Transporthastigheten genom jonkanaler styrs av skillnader i koncentrations- och elektriska gradienter

+

Beroende av andra joner +$\Delta G = RT ln(C_2/C_1) + ZF\Delta V$

+

R: gaskonstanten = 8.314 J·mol⁻¹·K⁻¹ +T: absoluta temperaturen i Kelvin (t.ex. 310 K för 37°C) +C₂: koncentration utanför cellen +C₁: koncentration innanför cellen +Z: jonens laddning (t.ex. Na⁺ = +1, Ca²⁺ = +2, Cl⁻ = –1) +F: Faradays konstant (≈ 96 485 C/mol), laddning per mol elektroner +ΔV: skillnaden i membranpotential (V₂ – V₁), mäts i volt

+
+

Hur skulle en jonkanal vara uppbyggd?

+ +
+

Uppbyggnaden av katjonkanaler är konserverad

+

!Pasted image 20251125135429.png +- central por av helix S5 och S6 +- S1-4 bildar paddel utanför por

+

S4 positivt laddad, känner av ändring i membranpotential +padel fälls upp vid aktivering

+
+

$K^+$-kanalen passar $K^+$ perfekt om dehydratisering sker

+

Selektivitetsfilter K+-kanalen +Det känner igen storlek, konkurrerar mot Na och Ka. + $NA^+$ 0.95 Å + $K^+$ 1.33 Å

+

För att passa den här kanalen som är 3 Å, +Dehydratiseras, bort med vatten +Binder till röda grupper som är karbonylgrupper +Dehydratisering av $K^+$ ger lika många bindingar i filtret som till $H_2O$ +1000 gr höre selektivitet för $K^+$ än $Na^+$

+

Kostar energi att föra igenom Na+, då blir det inte effektivt +Transport via repulsion i fyra bindingsställning (skjutsa vidare)

+

Na⁺ är mindre → har mycket högre laddningstäthet → binder vatten hårdare. Att ta bort vatten kostar därför mer energi för Na⁺ än för K⁺.

+

Varför kan K⁺ passera utan kostnad? +Selektivitetsfiltret är byggt exakt för K⁺-storlek: karbonylgrupperna sitter så att de ersätter precis de vattenbindningar K⁺ förlorar. Energin blir nästan neutral.

+
+

Jonkanal stängs snabbt efter att ha öppnats

+

Bolldomän i cytoplasman med en länk med ett bindningsställe i den aktiverade, öppna kanalen den kan binda in till +- I öppen kanal blir bindningen→inaktiverad +- States + - Closed hänger och slänger + - Open precis utanför + - Inactivated inne i hållet

+

Kanalen stängs efter ms efter aktivering

+

Acetylkolinreceptorn är en receptor för ormgift +Alkaliner, cuarve, hämar transport av jonkanaler

+

kanaler och transportförer har olika mekanismer för att öppna och stänga

+
+

Kanalfogar

+

(gap junctions)

+

Möliggör snabb transport mellan celler +Förbinder cytoplasman +Uppbyggda av konnexinringar +Fri passage för små hydrofila molekyler/joner < kDa

+

Näringsöverföring: lins & ben +Synkronisering: +- finns mkt i hjärtat så allt drar åt sig samtidigt +- livmoder för forlossning, för sammandrarning +- stängs av $[Ca^{2+}]$ går upp eller $[H^+]$

+
+

Aktiv transport

+

mot gradient +kräver energitillsförsel

+

Det finns jongradienter i däggdjursceller +- Na+ lågt i högt utanför +- K högt inne, lågt utanför +- Cl lågt inne, högt utanför

+

Na+–K+ ATPaset, en jonpump

+

1/3 av all energi i alla celler används till det här +(mer i vissa celler än andra)

+ +
+

Kardiotona steoider hämmar Na+-K+ ATPaset

+

Används som läkemedel för personer som har hjärtsvikt, leder till starkar kontraktioner av hjärtmuskler +Läkemedel heter Digitoxin, Onabain som man kan plocka från växter

+

Behöver veta vad det här proteinet gör

+
+

ABC-transportörer ändrar konformation när de binder och hydrolyserar ATP

+

ATP-bindande kasett +Kräver två ATP per transportcykel +Används för att transportera ut socker i eukaryota (i prokaryoter in) +1. Substrat binder från cytoplasman +2. Konformationsändring - ökad affinitet för ATP +3. ATP binder - eversion (vänder) +4. Substrat frisläpps ECM +5. Defosfylering 2 ATP → 2 ADP, konformationsändring, eversion

+

Ställer till besvär inom medicinen, skickar in hydrofoba föreningar. Många läkemedel är hydrofoba. Men sådana här proteiner finns det som inducerar läkemedel, multidrog-resistans, när de fått en så skickar de ut. Men de skickar ut andra läkemedel också

+

MDR-multidrogresistens

+ +
+

Tre grupper av membrantransportör

+

Kan vara både passiva och transporta

+ +
+

Glukos kan tas upp mot koncentrationsgradient med sekundär aktiv transport Glukosupptag

+
+

Glukosupptag från tarmarna involverar transportörer av olika typer Begrepp

+

I samma cell kan man ha olika typer av transport av samma typ av

+

Summary

+

transportör med gradient +hyperton mer joner, ut vatten +hypoton mindre joner, in vatten +aquaporiner släpper bara igenom vatten +jonkanaler behöver aktiveras 3 st (ligand, potential, mekaniska dragningar) +primärt om ATP är med i reaktionen +sekundär om ATP hjälpt till att bygga upp gradienten +kanalfogar binder ihop små celler, t.ex. näring i benceller +Jongradienter Na/Kalium mkt inne/ut på av ATPaset-pump +ABC kräver 2 ATP fosfo+defosfo +MDR inblandat i pumpar

+ +