vault backup: 2025-11-23 14:26:18

content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/RNA syntes Slides.md

@@ -0,0 +1,107 @@
+# RNA-syntes och processning
+
+## Basala mekanisser vid transkription
+- Initiering  
+- Elongering  
+- Terminering  
+
+## Tre huvudsakliga RNA-polymeraser
+- RNA-pol I  
+- RNA-pol II  
+- RNA-pol III  
+- Specialiserade: snRNA-polymeras, mitokondriellt RNA-polymeras
+
+## Översikt – bakterier
+- Bakterier saknar cellkärna → transkription och translation sker samtidigt
+
+## Ribosomen
+- Ca 2/3 rRNA  
+- rRNA har central katalytisk roll  
+- Lilla subenheten: proteiner + 16S rRNA
+
+## α-Amanitin
+- Från lömsk flugsvamp (södra/mellersta Sverige)  
+- Hämmar RNA-pol II  
+- Latent fas 6–24 h → leverskada + njurskada  
+- Symptom senare: kräkningar, blodiga diarréer  
+- Dödsfall framförallt i södra Europa
+
+## Protein-kodande DNA
+- Endast liten del av genomet kodar för proteiner
+
+# RNA-pol II-promotorn
+
+## Promotorelement
+1. TATA-box (−25 till −30)
+2. Initiator-element (Inr) vid TSS  
+   - Konsensus: (C/T)(C/T)AN(A/T)(C/T)(C/T)
+3. Enhancers  
+   - Kan ligga >1000 bp bort
+
+# Basala transkriptionsfaktorer
+RNA-pol II behöver:
+- TFIIA  
+- TFIIB  
+- TFIID (innehåller TBP + TAFs)  
+- TFIIE  
+- TFIIF  
+- TFIIH (helikas + kinas)
+
+## TBP och TFIID
+- TBP binder TATA-box → böjer DNA ~90°  
+- TBP ingår i TFIID
+
+# Preinitieringskomplex (PIC)
+1. TFIID binder TATA + Inr  
+2. TFIIA binder  
+3. TFIIB binder  
+4. RNA-pol II + TFIIF ansluter  
+5. TFIIH och TFIIE ansluter  
+
+## TFIIH
+- Helikas → smälter promotor-DNA  
+- Kinas → fosforylerar CTD på RNA-pol II
+
+# CTD – C-terminala domänen
+- Repeatrad: Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser × 52  
+- Ofosforylerad → binder PIC  
+- Fosforylerad → startar transkription  
+- Defosforyleras efter terminering
+
+# RNA-processning
+
+## Exon och intron
+- Exon = del som behålls  
+- Intron = del som klipps bort  
+
+## 5’-Capping
+- Guanin kopplas via 5'–5'-trifosfatbindning  
+- Sker efter ~25 nt  
+- Skyddar mot degradering  
+- Krävs för effektiv translation
+
+## Poly(A)-svansen
+- 60–250 adenin  
+- Bestämmer mRNA-livslängd  
+- PABP stabiliserar och stimulerar translation  
+- Svansen förkortas → mRNA bryts ned  
+
+## Closed-loop-struktur
+- 5’-cap + Poly(A) + PABP  
+- Säkerställer att ribosomer arbetar på intakt mRNA
+
+# Splicing
+- Exon behålls, intron tas bort  
+- Kräver splice-sites  
+- Punktmutation kan skapa nytt splice-site → exempel: talassemi
+
+## Spliceosomen
+- snRNA + proteiner  
+- Utför splicing
+
+## Alternativ splicing
+- Samma gen → många proteiner  
+- Innerörats hårceller: >500 mRNA-varianter (Ca²⁺-aktiverad K⁺-kanal)  
+- En gen kan ge två hormoner via alternativa splice-mönster
+
+![[RNA syntes Slides.pdf.pdf]]