Update

content/Biokemi/! Målbeskrivning.md

@@ -0,0 +1,198 @@
+
+[[Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/index]]
+### Lipider
+•	Energi-lager: fria fettsyror och triacylglycerol.  
+•	Membranlipider; amfipatibegreppet.  
+•	Kolesterol (struktur ska kunnas).  
+•	Fosfolipider (principiell struktur ska kunnas).  
+•	Glykolipider (principiell struktur ska kunnas).  
+•	Bildning av miceller och membran.  
+•	Transportformer: översikt om lipoproteiners struktur och funktion.  
+*Beskriva lipiders struktur och biologiska funktioner.* 
+### Från aminosyror till proteiner
+•	Primära aminosyror: uppbyggnad och joniseringstillstånd.  
+•	Stereoisomerer.  
+•	De 20 aminosyrornas kemiska egenskaper och principiella struktur.  
+•	Kovalent modifiering av aminosyror.  
+•	Peptidbindningen; prolin och cystein – speciella egenskaper.  
+•	Primär-, sekundär-, tertiär- och kvartärstruktur.  
+•	a-helixar och b-flak: uppbyggnad och stabilisering.  
+•	Principer för proteinveckning; stabilisering av 3D-struktur.  
+•	Disulfidbindningar; protein-disulfidisomeras.  
+•	Chaperoner och chaperoniner.  
+•	Prioner.  
+*Redogöra för aminosyrornas egenskaper och hur de kan interagera.* 
+*Redogöra för de olika nivåerna av proteinveckning.* 
+### Kolhydrater. Struktur
+•	Kolhydraters struktur: aldos/ketos, isomeri, ringbildning, glykosidisk bindning.  
+•	Monosackarider: glukos (struktur ska kunnas), galaktos, N-acetylglukosamin, N-acetylgalatosamin, fukos, sialinsyra.  
+•	Disackarider: laktos, galaktosemi, laktosintolerans.  
+•	Glykokonjugat: glykoproteiner (N-/O-länkade), glykolipider, proteoglykaner (principiell struktur ska kunnas), mucopolysackaridos.  
+•	Diversitet - AB0-systemet.  
+*Beskriva kolhydraters struktur och biologiska roller.* 
+### Att utforska proteiner
+•	Proteom-begreppet.  
+•	Proteiners kemiska/fysikaliska egenskaper som grund för rening.  
+•	Gelfiltrering, jonbytes- och affinitetskromatografi.  
+•	Elektrofores: SDS-PAGE, isoelektrisk fokusering.  
+•	Immunologiska tekniker och ”blottning”; antikropp/antigen.  
+•	Mono- vs polyklonala antikroppar.  
+•	ELISA-princip och kliniska exempel.  
+•	Struktur-bestämning: röntgenkristallografi, NMR, cryo-EM.  
+
+### Hemoglobin
+•	Receptor-ligand-interaktion.  
+•	Myoglobin och hemoglobin: struktur (porfyrinring, Fe).  
+•	Kooperativitet; syrebindningsförmåga.  
+•	Alloster reglering: CO₂, H⁺, BPG – molekylär bakgrund.  
+•	Mättnadskurvor; syretransport till vävnad.  
+•	HbF vs HbA – konsekvenser.  
+•	Sickle-cell-anemi: molekylär bakgrund.  
+### Nukleotider
+•	Centrala dogmen: replikation, transkription, translation, genetisk kod, läsram.  
+•	Enzymer: DNA-pol, RNA-pol, ribosom.  
+•	Nukleotider/nukleosider: principiell struktur.  
+•	Komplementär basparning; stabilitet hos dsDNA/RNA.  
+•	Ribonukleotidreduktas.  
+
+### Biokemi ur ett evolutionsperspektiv
+	•	Evolution: grundkoncept, livets evolution, RNA-värld, endosymbios; tillämpningar.  
+	•	DNA-replikation: grundläggande processer; replikationsgaffel/repliosom.  
+	•	Enzymaktiviteter: endo-/exonukleas, restriktionsendonukleaser, omvänt transkriptas, DNA-ligas.  
+	•	Processivitet och proofreading.  
+	•	DNA-topologi: superhelicitet, topoisomeraser.  
+	•	Transkription: RNA-pol I/II/III; capping, polyadenylering, splicing; snRNA.  
+	•	Prokaryot transkription: särdrag; koppling transkription-translation; operon; bakteriofag; plasmid.  
+	•	Kromatin: DNA-organisation; nukleosom; kromatin-nybildning.  
+	•	Replikationsstart i eukaryoter: ARS/ori; ORC, CDC6, MCM; cellcykelkoppling; telomerer.  
+	•	Translation: tRNA-struktur/funktion; aminoacylering; ribosom; initiering/elongering/translokation/terminering; reglering.  
+	•	Termodynamikens 3 lagar; H, S, G, ΔG, E0′; exergon/endregon; aktiveringsenergi; standardtillstånd; kopplade reaktioner.  
+	•	Enzymer I: aktiveringsenergi, övergångstillstånd, katalys.  
+	•	Enzymer II: aktiva säten; hastighetskonstanter; steady-state; Michaelis-Menten (KM, Vmax, kcat); inhibitorer (kompetitiv/okompetitiv/non-kompetitiv); kofaktorer; vitaminer; kopplade reaktioner; exempel: proteaser (chymotrypsin, katalytisk triad), Ser/Thr- och Tyr-kinaser, fosfataser, syntaser, oxidoreduktaser.  
+	•	Introduktion till metabolism: energiomvandling; anabolism/katabolism; katabolismens stadier; metaboliter/vägar; ATP, NAD(P)H, FADH₂; fosforyltransferpotential; energikvot; oxidation/reduktion; hydrolys/kondensation; B-vitaminer.  
+	•	Glykolys: reaktioner/metaboliter; enzymer; substratnivåfosforylering; reglering (alloster, feedforward, feedback); anaerob/aerob; GLUT; Warburg-effekten.  
+	•	Glykogen: struktur (α-1,4/α-1,6); funktion i lever/muskel; glykogenolys; glykogenes; alloster/hormonell reglering.  
+	•	Glukoneogenes: reaktioner/enzymer/reglering; PFK-2/FBP-2; substrat; laktatdehydrogenas; Cori-cykeln; laktatets öden.  
+	•	Citronsyracykeln: PDH-komplex; prostetisk grupp; CoA/acetyl-CoA; reaktioner/enzymer; dekarboxylering; dehydrogenering; reglering; hypoxi, HIF-1.  
+	•	Betaoxidation och TAG-syntes: fettsyrefrisättning; mitokondrietransport; betaoxidation; ketonkroppar; fettsyra/TAG-syntes.  
+	•	Elektrontransportkedja/oxidativ fosforylering: mitokondriens suborganeller; redoxpotential; elektronbärare; NADH→O₂; respiration; protonpumpning; elektrokemisk gradient; ATP-syntas; frikopplare; membrantransport; inhibitorer; NADH-shuntar; ATP-utbyte.  
+	•	Aminosyrametabolism: proteinogena/icke-proteinogena aminosyror; användning; upptag; essentiella/icke-essentiella; glukogena/ketogena; biosyntes; aminotransferaser; PKU; glutamat/glutamatdehydrogenas; ureacykel; extrahepatiska vävnader; kvävetransport; påfyllnadsreaktioner.  
+	•	Nukleotidnedbrytning: puriner/pyrimidiner; pentoser; skillnader i slutprodukter; pentosfosfat till glykolysintermediär/acetyl-CoA; gikt; två behandlingsstrategier.  
+	•	Pentosfosfatvägen: NADPH och ribos-5-fosfat – uppgifter; oxidativ/icke-oxidativ fas; koppling till glykolys/glukoneogenes; behovsstyrd slussning; G6PD-brist; oxidativ stress → hemolys.  
+	•	Kolesterolsyntes: källor; position i metabolism; ATP-citratelyas; HMG-CoA-reduktas (fyra regleringsmekanismer); tre huvudmekanismer för intracellulär kolesterolkontroll; funktion; utsöndring; enterohepatiska kretsloppet.  
+	•	Heme: syntes; nedbrytning; porfyrier (översikt).  
+	•	Cellmembran: membranlipider/proteiner; barriärfunktion; membrandomäner; glykokalyx (struktur/igenkänning); cell-cell-interaktioner; adhesionsmolekyler.  
+	•	Transport över membran: diffusion; faciliterad diffusion; bärarproteiner; aquaporiner; jonkanaler/aktivering; osmos; kanalfogar; aktiv transport (primär/sekundär; P-typ; Na⁺/K⁺-ATPase; ABC-transportörer; MDR-proteiner); uniport/antiport/symport.  
+
+Mål
+	•	Beskriva hur olika bindningar bidrar till strukturen hos makromolekyler.  
+	•	Beskriva lipiders struktur och biologiska funktioner.  
+	•	Redogöra för aminosyrornas egenskaper och hur de kan interagera.  
+	•	Redogöra för de olika nivåerna av proteinveckning.  
+	•	Beskriva kolhydraters struktur och biologiska roller.  
+	•	Beskriva metoder för undersökning av proteiners struktur och funktion.  
+	•	Beskriva hur proteiners funktion beror på proteinstruktur, bindningspartner och enskilda aminosyrors egenskaper.  
+	•	Beskriva byggstenarna för DNA och RNA, deras syntes och konsekvenser av störd nukleotidsyntes.  
+	•	Kunna översiktligt beskriva stegen i den centrala dogmen.  
+	•	Primär- och sekundärstruktur för DNA och RNA (kunna översiktligt).  
+	•	Övergripande förståelse för utvecklingen av biologiska vägar och biomolekyler.  
+	•	Beskriva hur DNA replikeras i eukaryota celler.  
+	•	Funktionen hos enzymer som verkar på DNA.  
+	•	Beskriva hur information i cellens DNA översätts till RNA.  
+	•	Modifieringar av eukaryot mRNA (capping, poly(A), splicing).  
+	•	De typer av DNA som finns i prokaryoter.  
+	•	Överföring av genetisk information från DNA till RNA i prokaryoter.  
+	•	Beskriva den eukaryota kromosomens uppbyggnad.  
+	•	Beskriva hur replikation startar i eukaryota celler.  
+	•	Beskriva överföringen av genetisk information från mRNA till protein.  
+	•	Förstå sambandet mellan fri energi, entalpi, entropi och jämviktskonstanter.  
+	•	Förstå kopplingen mellan biokemiska reaktioner och biomolekyler med högt energi-innehåll.  
+	•	Redogöra för enzymkinetik och reglering av enzymkatalyserade reaktioner.  
+	•	Beskriva enzymers och koenzymers struktur och funktion.  
+	•	Beskriva mekanismer för reglering av proteiners aktivitet.  
+	•	Redogöra för vad som karaktäriserar anabolism och katabolism, energirika molekyler och cellens energivaluta.  
+	•	Redogöra för glykolysens reaktioner, enzymer och reglering.  
+	•	Förstå skillnaden mellan anaerob och aerob glykolys.  
+	•	Redogöra för glykogens funktion och strukturella uppbyggnad.  
+	•	Beskriva hur glykogen syntetiseras och bryts ned.  
+	•	Beskriva hur glykogenmetabolismen styrs via allostera mekanismer och hormonsignalering.  
+	•	Redogöra för glukoneogenesens reaktioner, enzymer och reglering.  
+	•	Redogöra för laktats roll i metabolismen.  
+	•	Redogöra för länken mellan glykolys och citronsyracykeln och dess reglering.  
+	•	Redogöra för citronsyracykelns reaktioner, enzymer och reglering.  
+	•	Redogöra för omsättningen av triacylglycerol.  
+	•	Redogöra för elektrontransporten och dess koppling till protonpumpning.  
+	•	Redogöra för ATP-syntes via oxidativ fosforylering.  
+	•	Beskriva hur celler får tillgång till aminosyror och vad dessa kan användas till.  
+	•	Förstå skillnaden på essentiella och icke-essentiella aminosyror.  
+	•	Översiktligt redogöra för varifrån aminosyrors α-aminogrupp och kolskelett kommer.  
+	•	Beskriva reaktionerna katalyserade av ALAT och ASAT.  
+	•	Beskriva den bakomliggande orsaken till PKU.  
+	•	Översiktligt beskriva ureacykeln, dess funktion och huvudsakliga reglering.  
+	•	Redogöra för extrahepatiska vävnaders samspel med levern i aminosyrakatabolism.  
+	•	Översiktligt beskriva purinnukleotiders nedbrytning.  
+	•	Redogöra för hur nedbrytning av puriner och pyrimidiner skiljer sig m.a.p. slutprodukter (kväven/kolskelett).  
+	•	Redogöra för pentosfosfatvägens huvudsakliga funktion.  
+	•	Ge exempel på vad NADPH och ribos-5-fosfat används till.  
+	•	Översiktligt beskriva pentosfosfatvägens två faser och interaktion med glykolys/glukoneogenes.  
+	•	Översiktligt beskriva varför G6PD-brist särskilt påverkar erytrocyter och kan ge hemolys vid oxidativ stress.  
+	•	Redogöra för kolesterolets omsättning samt huvudprinciper för kolesterolsyntes och reglering.  
+	•	Redogöra för omsättningen av heme.  
+	•	Beskriva hur det eukaryota cellmembranet är uppbyggt.  
+	•	Beskriva mekanismer för transport över cellens plasmamembran.  
+
+
+
+
+
+
+- Beskriva metoder för undersökning av proteiners struktur och funktion. 
+- Beskriva hur proteiners funktion beror på proteinstruktur, bindningspartner och enskilda aminosyrors egenskaper. 
+- Beskriva byggstenarna för DNA och RNA, deras syntes och konsekvenser av störd nukleotidsyntes. 
+- Kunna översiktligt beskriva stegen i den centrala dogmen. 
+- Primär- och sekundärstruktur för DNA och RNA (kunna översiktligt). 
+- Övergripande förståelse för utvecklingen av biologiska vägar och biomolekyler. 
+- Beskriva hur DNA replikeras i eukaryota celler. 
+- Funktionen hos enzymer som verkar på DNA. 
+- Beskriva hur information i cellens DNA översätts till RNA. 
+- Modifieringar av eukaryot mRNA (capping, poly(A), splicing). 
+- De typer av DNA som finns i prokaryoter. 
+- Överföring av genetisk information från DNA till RNA i prokaryoter. 
+- Beskriva den eukaryota kromosomens uppbyggnad. 
+- Beskriva hur replikation startar i eukaryota celler. 
+- Beskriva överföringen av genetisk information från mRNA till protein. 
+- Förstå sambandet mellan fri energi, entalpi, entropi och jämviktskonstanter. 
+- Förstå kopplingen mellan biokemiska reaktioner och biomolekyler med högt energi-innehåll. 
+- Redogöra för enzymkinetik och reglering av enzymkatalyserade reaktioner. 
+- Beskriva enzymers och koenzymers struktur och funktion. 
+- Beskriva mekanismer för reglering av proteiners aktivitet. 
+- Redogöra för vad som karaktäriserar anabolism och katabolism, energirika molekyler och cellens energivaluta. 
+- Redogöra för glykolysens reaktioner, enzymer och reglering. 
+- Förstå skillnaden mellan anaerob och aerob glykolys. 
+- Redogöra för glykogens funktion och strukturella uppbyggnad. 
+- Beskriva hur glykogen syntetiseras och bryts ned. 
+- Beskriva hur glykogenmetabolismen styrs via allostera mekanismer och hormonsignalering. 
+- Redogöra för glukoneogenesens reaktioner, enzymer och reglering. 
+- Redogöra för laktats roll i metabolismen. 
+- Redogöra för länken mellan glykolys och citronsyracykeln och dess reglering. 
+- Redogöra för citronsyracykelns reaktioner, enzymer och reglering. 
+- Redogöra för omsättningen av triacylglycerol.
+- Redogöra för elektrontransporten och dess koppling till protonpumpning. 
+- Redogöra för ATP-syntes via oxidativ fosforylering. 
+- Beskriva hur celler får tillgång till aminosyror och vad dessa kan användas till. 
+- Förstå skillnaden på essentiella och icke-essentiella aminosyror. 
+- Översiktligt redogöra för varifrån aminosyrors α-aminogrupp och kolskelett kommer. 
+- Beskriva reaktionerna katalyserade av ALAT och ASAT. 
+- Beskriva den bakomliggande orsaken till PKU. 
+- Översiktligt beskriva ureacykeln, dess funktion och huvudsakliga reglering. 
+- Redogöra för extrahepatiska vävnaders samspel med levern i aminosyrakatabolism. 
+- Översiktligt beskriva purinnukleotiders nedbrytning. 
+- Redogöra för hur nedbrytning av puriner och pyrimidiner skiljer sig m.a.p. slutprodukter (kväven/kolskelett). 
+- Redogöra för pentosfosfatvägens huvudsakliga funktion. 
+- Ge exempel på vad NADPH och ribos-5-fosfat används till. 
+- Översiktligt beskriva pentosfosfatvägens två faser och interaktion med glykolys/glukoneogenes. 
+- Översiktligt beskriva varför G6PD-brist särskilt påverkar erytrocyter och kan ge hemolys vid oxidativ stress. 
+- Redogöra för kolesterolets omsättning samt huvudprinciper för kolesterolsyntes och reglering. 
+- Redogöra för omsättningen av heme. 
+- Beskriva hur det eukaryota cellmembranet är uppbyggt. 
+- Beskriva mekanismer för transport över cellens plasmamembran.