vault backup: 2025-12-08 19:58:36

content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/RNA syntes Anteckningar.md

@@ -1,403 +0,0 @@
----
-tags:
-  - biokemi
-  - rna-syntes
-  - anteckningar
-föreläsare: Claes Gustavsson
----
-
-Claes Gustavsson Biomedicin
-Genexpression, DNA-replikation, kommer tillbaka på T3
-
-### Basala mekanismer vid transkription
-Bakterier kommer upp på föreläsningen
-Prokaryota:
-- Har inget kärnmembran
-- Många av dessa processer sker på samma plats
-Eukaryota
-- Mer tillfälle för reglering, en viktig aspekt, 
-	- Det är så vi styr vilka proteiner som ska finnas i en given cell
-	- Många olika processer, kön/fett/lever, aktivitet, vad den ska göra vid ett tillfälle
-- Många av detta kan vara i olika sjukdomar och standardläkemedel t.ex. kortison
-
-----
-![[Pasted image 20251120092257.png]]
-Röd och blå sträng basparar
-Gula är RNA polymeras
-Poäng är att visa funktion
-Skapar nytt RNA (grön sträng)
-Utnyttjar basparinformation och gör en kopia i form av RNA
-Riktning viktning, dess rörelse, åt höger
-Måste sära lite på de här strängarna
-Viktig funktion är att separera strängarna så de kommer isär så man kan läsa av och skapa RNA som blir längre och längre allteftersom den rör sig i den riktningen
-Sker ei 5→3 riktning
-	- första nukleotiden som sätts in är i 5' (röd ppp)
-	- i 3' kommer det in nya hela tiden
-	- för varje protein bildar en fosfordiesterbrygga, som innehåller ett fosfat
-	- från ATP, 2 ATP spjälkas bort som ger energi i den här processen
-	- Men i 5' änden finns det 3 fosfat (ppp)
-		- VIKTIG POÄNG KOMMER TILLBAKA
-	- Cellen vet att det är ett riktigt/syntetiserat RNA genom att titta på de tre ppp, då vet man att det är en startplats för transkriptionen
-	- den gröna strängen är en kopia av den blå, men de läser av den röda
-		- blå kallas kodande
-		- röd mall strängen, den man läser av
-		- man skriver alltid ner kodandesträngen, inte mallen
-- rewinding går igen bakom (början/slut)
--------
-![[Pasted image 20251120092944.png]]
-går att se bubblan till höger i blåsträng, ungefär 17 baspar lång 
-bubblan är temporär, som finns inne polymeraset, så går den igenom bakom och öppnas upp framför
-2006 fick någon Nobelpriset för att förklara det här
-
-Två viktiga förmågor i RNA-polymeras
-- öppna för att komma åt informationen
-- hjälper till att skapa den nya kedjan
-- har en liten pool, en öppning som suger in nukleotider som en dammsugare, så de kommer in till det aktiva sätet i enzymet
-- enzymen kan vara väldigt stora, men aktiva sätet kan vara väldigt litet
-- åker in genom en tunnel, precis vid 3'-änden där den nya nukleotiden ska sättas
-- kan känna av bassekvenens i den där mallsträngen
-- efter reaktionen bildas en fosfyresterbindning
-- när trifosfatet spjälkar
-- finns det lite joner, Mg2+, kan ibland vara mangan, en liten jon som hjälper till att nukleotiden landar i rätt position
-----
-![[Pasted image 20251120093249.png]]
-
-Finns 3 stycken RNA polymeraser
-- I + III
-	- De har en mer specialiserade funktion, bara vissa
-- I
-	- Upphovt till ribosomalt RNA, de som bygger upp själva ribosomen. Den läser av ett antal av de ribosoma RNA 
-	- FRÅGA: Numrerna är hur de rör sig i vissa röra, namnen beror på hur snabbt de sendimenterade, från 40-talet, idag skulle vi aldrig ge de namnen, men de har stannat kvar
-	- Hände innan man fick reda på DNA koden fungerade
-- II
-	- Pratar mycket om den här för att det är det enzymet som tar hand om skapandet av mRNA
-	- VI har väldigt många proteinkodadnde mRna som ger cellens olika funktioner
-	- spelar stor roll fysiologisk
-	- snRNA kommer vi tillbaka till
-- III
-	- Den läser av ett av det ribosoma RNA, tar också hand om de små tRNA klöver liknande strukturerna,
-Finns också ett i mitokondrier men det ska vi tala om i T3
-
-Ser olika efekter på 𝛼-amanitin det ==behöver vi inte komma ihåg==
-- men vi tar upp det eftersom det slår mot T2, kanske vi stöter på när vi är färdiga läkare, finns i den lömska flugsvampen
-
-
-----
-
-![[Pasted image 20251120093433.png]]
-Ute i cytoplasman, det oranga är ribosomalt RNA molekyl, de bildar en gemensam struktur, det är mycket en blandning av proteiner och RNA. När man hör om proteiner och socker och RNA och allt var det är, utövar vissa saker, RNA är en informationsbärare och så. I våra celler används det som finns (det d en har), RNA kan mycket väl fungera som enzymer, finns inga klara/exakta funktioner, grov förenkling att säga att RNA bara är en informationsbärare, den är med i olika processer som man ser ovan
-
-----
-![[Pasted image 20251120093609.png]]
-Får mer föreläsningar om detta
-Den stora subenheten består av mycket RNA som bygger denna strukturer
-Läses av tRNA molekyler, som kommer in och läser av inne i ribosomen.
-
-RNA är inte bara mRNA, det är också de molekyler som läser av, som också är med och bygger upp ribosomen
-
-----
-![[Pasted image 20251120094230.png]]
-Allt nedanför är polymeras II
-
-Våra kromosomer är väldigt stora, 3 miljarder baspar är storleken på genomet. Det är en utmaning för RNA-polymeraset att hitta rätt
-
-När man tittar lite mer noggrant, ungefär 98,5% utav DNA de ger inte upphov till några genprodukter. Bara ett icke-kodande historier som finns där. Gäller att hitta rätt i hela det här genomet så man kan starta på rätt ställe.
-Generena är lite luriga eftersom de finns sällan i ett enda stycke, de kommer ofta i små delar som måste klistras ihop (splicing). Det är en utmanining att hitta rätt.
-
-Kanske börja transkriberas vid orange, kan bara hitta det via de svaga, TATA-boxen, men så svårt att man behöver en enhancer för att hitta det.
-
------
-![[Pasted image 20251120094424.png]]
-DNA polymeras har svårt att hitta rätt själv, behöver hjälp
-Behöver hitta en promotr
-promotor
-- är den regionen där poymerasen kan initiera transkription
-- exakt hur den ser ut kan variera
-- men på sliden finns det den typiska, hur den ser ut
-- binder där det står promotor ovanför, för att starta transkriptionen
-- man brukar rita det som en pil där det startar, se Inr
-	- pilen anger var man lägger ner den första nukleotiden
-	- det är +1, det är det första som läses av och blir RNA
-	- Åt höger ökar det +10, +20 osv fortsätter, det är ett sätt att veta hur lång RNA-polymeraset har kommit
-	- Hjälper åt att styra, gasar och bromsar
-	- Åt vänster går det nedåt, -10, -20. Finns dock ingen nolla!
-	- varje siffra representerar ett baspar
-- Promotorn brukar man hitta vid en TATA-box
-	- brukar ligga ungefär vid -25 till -30
-- TATA-box
-	- är egentligen bara en bit där det finns mycket ATATATTATA
-	- AT basbaren är lätta att smälta, då det bara finns 2 vätebindningar
-- Inr-element
-	- baspar där det håller på att start (BEHÖVER INTE KUNNA)
-	- skiljer sig ganska mycket åt, svårt att se ett speciellt mönster
-	- inte speciellt **konserverad**, ser olika ut på olika gener
-- Enhancer
-	- Pratar mer i T3
-	- Finns stimulator som slår på genbygget, förstärkare på svenska
-	- Kan ligga mer än 1000 bp ifrån, kan hjälpa till att starta
-----
-RNA polymeras II behöver hjälp av följande faktorer för att igenkänna
-promotorn och initiera transkription
-• 6 basala faktorer
-	• TFIIA
-	• TFIIB
-	• TFIID
-		• TATA-binding protein (TBP)
-		• TBP associated factors (TAFs)
-	• TFIIE
-	• TFIIF
-	• TFIIH
-• Uppbyggt av 10 subenheter, bl.a. ett proteinkinas och ett DNA helikas.
-Kinaser är enzymer som kan överföra en fosfatgrupp (t.ex. från ATP) till
-proteiner eller andra molekyler.
-
-
-Essentiella: de behöver man på alla gener, de är essentiella
-De har lätt, de har hört **T**ranskriptions**F**aktor **II** A, B, D, E, F, H
-- C och G har tagits bort, misstag av forskningen
-
-D och H är de viktigaste
-D:
-- första faktorn, det är den som startar
-- innehåller flera olika subenheter, RNA-polymeras är faktiskt 12 olika proteiner som bygger upp, stora proteinkomplex
-- D är ett exempel består av 13-14 olika
-- Proteinet som är intressantat för oss är
-	- TATA-bindande proteinet TBP
-		- det är det som binder till tataboxen
-		- känner igen och binder dit
-	- TBP associarade kallar man de andra TAFs
-	- 
-H:
-- sista faktorn, som gör att transkriptionen sticker iväg
-- Också ett multiproteinkomplex med 10 subenheter
-	- proteinkinas
-		- enzymer som överföra en fosfatgrupp på ett protein, eller på ett socker, så det sätter på ett annat protein
-	- DNA helikas
-		- det ska vi prata mer om imorgon
-		- det kan sära på DNA
-		- behövs för att skapa transkriptionsbubblan, hjälpa till med det dubbelsträngade DNA, så man kan få en bubla
-----
-![[Pasted image 20251120095449.png]]
-TBP känner igen TATA-boxen, känner igen en viss proteinsekvens, den är lite lustig eftersom den binder till minor groove, det brukar inte proteiner göra, och sen gör den en kraftig böj i DNA, se bilden ovanför, det är i princip 90 grader, sätter sig som en sadel i minor 
-
------
-![[Pasted image 20251120095744.png]]
-Allt det här sker i en sekvens
-1. det första som händer är att det TATA-bindande proteinet binder till TATA-boxen
-2. Sen kommer A, sen B osv
-3. Den sista är H, den kör igång med sin helixas och kinasaktivtet
-Brukar kallas ett preinitieringskomplex, redo att starta men har inte startat.
-----
-![[Pasted image 20251120095916.png]]
-
-- helias som smälter och skapar enkelsträngat
-- kinas aktivtet fosfylerar RNA polymeras II
-	- så själva RNA polymeras II fosfoluysear så att de släpper och sticker iväg
-	- man ger gas, färdig och ladda, men för att sticka iväg krävs ett enzym
-
-----
-
-![[Pasted image 20251120100019.png]]
-
-I vanlig fall är det inte mycket fosfat, men sen sätts det på och sen när det går igång stå trillar fosfaten av
-
-fosfaterna sätts inte på var som helst, de sätts på en liten struktur som ser ut som en svans, en lång proteinstruktur och åker efter RNA-polymeraset som en svans, den är faktiskt jättelång
-det är den svansen som har en ganska otydlig struktur, det är den som repeteras och fosfyleras, beroende på om RNA-polymerases transkriberas eller ej, sätts på av beroende vad som sker. det är en cykel
-
-CTD
-- c-terminala domänen är där fosforsvanen sitter
-	- bildar ingen alpha helix/beta etc, den bara sitter fast hänger efter
-	- den har massa aminosyror som förstör, den ligger och flackar
-	- har mycket aminosyror som kan fosfolyserar, massa gånger
-	- 250 platser som man kan fosfolysera den här svansen, en riktig omfattande
-	- först är de väldigt lite fosfater, då sticker polymeraset iväg
-	- när genen är klar trillar de av
-	- sen ligger det och väntar och laddas
-- 
------
-Filmer
-
-https://www.youtube.com/watch?v=SMtWvDbfHLo
-
-Här i börjar TIID med TPB ser ni böjen på DNAt som är rött
-DEn är bunden och sitter till promotorn
-sen kommer de andra faktorerna in
-sen kommer de in binder 
-till sist har man fått in alla faktorer
-nu kommer en enhancer (pratar ej hur det går till nu)
-när allt är igång med initierings
-aktivatorn 
-sen kämnas alla kvar
-
-sen ser man bubblan i slutet
-
-----
-![[Pasted image 20251120102405.png]]
-
-Att avläsa DNA är bara första delen av att skapa ett mRNA
-De olika stegen när man modiferar eller ändrar brukar man kalla **RNA processing** gör det färdigt för att det ska vara moget
-
-Sliden ovanför är sammanfattande
-
-Börjar med primärt RNA transcript och läser av hela, startar from promotorn, den här kopian som man ska jobba med
-1. Sätter på en struktur i 5'-änden en CAP
-2. Man stoppar transkriptioenn på ett intressant sätt, det är RNA polymeraset i säg stoppar det inte, sen kommer det ut en bit RNA som ser ut på ett rätt sätt, det finns ett enzym som kommer in och klyver det, då känner RNA av att det klippts av och då stannar det
-3. Sen sätter man på en PolyA-svans som bara sätts på, det kommer inte ifrån genen, man tar bort stora stycken av genen
-4. Splicing: Innehåller både exon och introner (icke kodande). man tar bort intronen som inte ska vara med
-	1. splitsning när man jobbar med rep, handlar om att sätta ihop de röda exonerna
-
-----
-
-![[Pasted image 20251120102841.png]]
-
-5' änden har 3 fosfatgruppar, capping enzymer känner igen 5'-änden, det som händer är att enzymerna sätter på en extra nukleotid, en guanin. Den röda uppe i bilden. De känner igen början, det är här vi jobbar, de sätter på den lite lustigt, sätter på den upp-och-ner-på, så är det en 5'-5' binding
-Det är en trifosfatbro
-Det sker väldigt snabbt, efter 25 nukleotider, det jobbar och när det går.
-Sen direkt sätter den på den lika cappen
-
-Poängen är att
-- skydda mRNA så cellen inte gör sönder det, från att degraderas. 
-- stimulerar även proteinsyntesen
-
-FRÅGA: är 25 hur lång kedjan är inne i polymerasen?
-
------
-![[Pasted image 20251120103237.png]]
-Capping sker först
-Sen sker två saker på samma gång och det är att man avslutar transkription /terminerar OCH sätter på en RNA-svans
-
-RNA kommer ifrån bubblan, det dyker upp en klyvningssignal AAUAAA, då finns det endonukleaser 
-
-Introducerar endonukleas/exonukleas och enzymer som utför det
-
-Efter klyvningen frigörs RNA, det stoppar transkriptioen, AAUAAA lockar även tillsig poly(A)polymeraset, som sätter på en kedja AAA($A_n$) på 3' änden
-
-FRÅGA: vilka bindingar skapas med 3' OH gruppen och aminosyrorna?
-
------
-![[Pasted image 20251120103622.png]]
-Svansen anger RNAs halveringstid i cytosolen
-- viktigt sätt att reglera hur mycket proteiner man ska få
-Ju äldre RNA det har funnits, det kortare blir svansen. T3 förklarar mer
-
-Det stimulerar och translation. Både capen och dna-svansen.
-
-Finns alltid en sträcka i början och slutet som inte är med i proteinbilden, de untranslated regions (UTR), finns alltid sådana regioner. 
-
-Struktur
-- cap
-- 5' UTR
-- Coding Sequence
-- 3' UTR
-- PolyA-svans
-
-----
-![[Pasted image 20251120104003.png]]
-
-Vi har en cap, den gröna saken.
-De kommer ganska nära varandra när ribosomen ska börja använda, ribosomen kan veta att det är ett mRNA, men den vet också att den här dna molekylerna har båda delarna.
-Man kollar att det finns en giltlig cap och en svans (PolyA), måste finnas båda för att det ska vara värt
-Det heter closed loop structure, säkerställa att ribosomerna arbetar på en intakt sekvens
-
-----
-
-![[Pasted image 20251120104141.png]]
-
-Gener kan vara väldigt lång, de finns icke-kodande delar som eter **introner** som ska tas bort
-det som vi ska behålla heter **exoner** de delar som ska finnas kvar och få en fungerande RNA molekyl
-
-I bilden ovanför ser man hur intronerna försvinner, sen har man cap och svans, det är den mogna
-
-----
-![[Pasted image 20251120104236.png]]
-
-Till skillnad från transkription, eftersm de har konstiga sekvenser.
-Det har dock inte introner, det finns väldigt specifika sekvensker vad introner börjar och slutar, man burkar kalla det för **splice site** ska tas bort från 5' slice site till och med 3' splice site
-
-Man vet att det alltid finns någonting som är ett greningsställe (branching), det är alltid ett A, det är det som är ett intron, det är lätt att hitta det, t.ex. via datorn. jättelätt att hitta.
-
-viktigt att det sker på rätt sätt, att intronerna tas bort annars kan de ge massa olika sjukdomar.
-![[Pasted image 20251120104417.png]]
-Ett exempel är talassemi är en ärftligt sjukdom, ett abnormal hemoglobin.
-Lite som sickle-cell-anemi lite samma sak, att man stör funktion hos blodkropparna, men det är inte bara negativt. Men den råkar skydda mot malaria, då kan det vara en sjukdom kan vara ett jätteproblem för individen men samtidigt skyddar mot malaria
-Men de finns oftaas för att de också har en positiv effekt
-
-blodkropparna fungerar inte som de ska, de ge upphov till blodbrist eftersom de förstörs, kroppen kompsenser genom att bilda mer blod, mer benmärg, då börjar man få benmärg som växer till, det kan växa till lite överallt, i benen då blir man benskör eller ben som inte brukar ha benmärg, t.ex. skallben men det här barnet har talassemi och för att kompensera för de låga blodvärderna så trycker kroppen upp benmärgen och då får man de här förändringarna i skallbenet, det är det som ger benskörhet.
-
-förstoring av lever, mjälte sen får man hjärtsvikt för mer blod behöver pumpas
-
------
-![[Pasted image 20251120104737.png]]
-
-Talassemi orsakas av att nytt splice site, som är felaktig genom en punktmutation.
-
-Man kan inte anväanda intronet som en kodingsekevens, det kan finnas t.ex. ett STOP kodon inne i intronen, man får en mutation inne i introen, så det ser ut som ett nytt splice site, men nu dyker det upp ett nytt här inne och man får en mutation. Kan ta bort intronerna, missuppfatta och får en felaktig splicing som gör att man behåller en del av intronet.
-Behåller en liten del av det och då får man inte hela proteinet. Men det kanske inte händer hela tiden, kanske bara 70% men det räcker för att få den här sjukdomen
-
-----
-
-![[Pasted image 20251120105000.png]]
-
-Det är en relativt enkelprocess
-
-Vi har exon 1 och exon 2 som vill ta bort intronet som ligger imellan, man gör så att A ligger nära greningstillfället.
-När det böjs på det här stället, så kommer det spontant att ge på den här fosforyesterbryggan, det går att göras på egen hand utan en enzym, det är ovanligt men det finns.
-i 2' OH vid A är det inblandat på båda sidor, det är ledigt och kan binda till splice siten då kan den reagera, då bryts bindningen. På det sättet frigörs det här exonet och då har det en fri 3'-ände, då slår det upp och vänder.
-Det är två fosforysesterbryggor som byter plats, då kopplas exonerna ihop och det som är kvar är bara resten, det är bara en lassostruktur, bara ett larealt. 
-KORT: Splicing handlar om att böja saker så det hamnar rätt
-
-----
-![[Pasted image 20251120105345.png]]
-
----
-![[Pasted image 20251120105404.png]]
-
-Det finns ett proteinkomplex som heter splicozomer, den hjälper till att böja RNAt så den här reaktionen kan se.
-Hur hittar den intromerna så exakt?
-Den har med så små RNA-molekyler själv, består av proteiner och RNA. Det är de som kallas snRNA - small nuclear RNA. 
-De har förmåga att baspara. Den hittar 5' och 3' och binder sen sker reaktionen spontant.
-
-----
-
-![[Pasted image 20251120105531.png]]
-
-Den långa svansen på C-terminalen spelar en roll, det visar sig vara en platform för capping/splicing/polyadenering kan alla binda dit, om vi tänker på att vi ska göra det här processerna, är det viktigt att faktorerna hittar rätt, ett sätt att hitta rätt är att de binder till RNA-polymeraset, de följer med på ryggen på den långa svansen, då åker det med. De är färdiga och är på plats. när RNA börjar dyka upp så är det väldigt lätt att de dyker upp.
-De första som händer är att de cappas, sen splicar det
-
-----
-![[Pasted image 20251120105722.png]]
-
-den c-terminal svansen är en plattform för de enzymer som behöver jobba på det omogna, de slipper leta, det är redan på rätt ställe så gör det mycket enklare att utföra det här.
-
-----
-
-![[Pasted image 20251120105759.png]]
-
-Varför har vi intron överhuvudtaget?
-Det gör att vi kan väldigt många exon och att vi från en och samma gen skapa olika produkter. Det finns något som heter alternative splicing, det kommer med på T3. 
-
-Man behöver inte använda alla exon alltid, man kan välja
-- 1-2-4-5-6
-- 1-3-5-6
-- 1-3-4-5-6
-
-50000 gener, men 200000 gener, olika mRNA
-
-det går aldrig att ändra ordningen, den är alltid samma.
-
-----
-
-![[Pasted image 20251120110037.png]]
-
-I våra hörselkanaler har vi 500 olika mRNA varianter, ni som inte hör perfekt har problem med splicing. Felsplicade. 
-
----
-![[Pasted image 20251120110123.png]]
-Samma sak för olika vävnader
-
----
-
-![[Pasted image 20251120110135.png]]
-
-Splicing relaterade sjukdom, som kan ge upphov till allvarliga sjukdomar. Demens, blodsjukdom osv
-Vissa saker kan man behandla genom att styra splicingen

content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/RNA syntes Instuderingsfrågor.md

@@ -1,23 +0,0 @@
----
-tags:
-  - biokemi
-  - anteckningar
-  - rna-syntes
-föreläsare: Claes Gustavsson
----
-
-#### Instuderingsfrågor - RNA-syntes och processning
-#### 1. Hur ser en transkriptionsbubbla ut?
-#### 2. Vilka tre typer av RNA-polymeraser finns i kärnan och vilka gener transkriberar de?
-#### 3. Vad är alfa-amanitin?
-#### 4. Vilka sekvenselement hittar man vid en eukaryot promotor?
-#### 5. Hur bildas preinitieringskomplexet?
-#### 6. Vilka aktiviteter hos TFIIH startar transkriptionen?
-#### 7. Vilken roll spelar CTD (den C-terminala domänen) vid transkription och processning
-#### av mRNA?
-#### 8. Hur processas den primära RNA-molekylen för att bilda moget mRNA?
-#### 9. Vad är en 5’-cap och vilken funktion har den?
-#### 10. Vad är en poly(A) svans, hur sätts den på och vilken funktion har den?
-#### 11. Vad är intron och exon?
-#### 12. Beskriv de grundläggande stegen vid splicing!
-#### 13. Vad är alternativ splicing? Vilken betydelse har denna process?

content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/RNA syntes Lärandemål.md

@@ -1,16 +0,0 @@
----
-tags:
-  - biokemi
-  - lärandemål
-  - rna-syntes
-föreläsare: Claes Gustavsson
----
-
-
-- Basala mekanismer vid transkription
-- RNA pol I, II och III.
-- RNA processing (capping, polyadenylering, splicing). 
-- snRNA.
-
-Beskriva hur information i cellens DNA översätts till RNA.
-Modifieringar av eukaryot mRNA.

content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/RNA syntes Provfrågor.md

@@ -1,95 +0,0 @@
----
-tags:
-  - biokemi
-  - provfrågor
-  - rna-syntes
-föreläsare: Claes Gustavsson
----
-
-Hur kan en mutation i ett icke-kodande intron ge upphov till sjukdom, t.ex. talassemi?
-
-Vid initiering av RNA polymeras II-beroende transkription ingår flera basala transkriptionsfaktorer.
-Vilket/vilka påstående(n) om denna process stämmer?
-
-- TFIIB fosforylerar den C-terminala domänen (CTD) på RNA polymeras II.
-- TFIIF är den första faktor som binder till promotorn.
-- TFIIE Binder till TATA-boxen.
-- TFIIH kan smälta dubbelsträngat DNA med sin helikas-aktivitet.
-
-Förklara hur korrekturläsning fungerar på molekylär nivå under bakteriell replikation. (2p)
-
-Vilken roll spelar Mediatorn vid transkriptionell aktivering? (2p)
-
-Vilket/vilka av följande alternativ beskriver en funktion för poly-A svansen i 3'-änden på eukaryot mRNA? (1p)
-
-**Välj ett eller flera alternativ:**
-
-- Reglerar mRNA-molekylens halveringstid
-- Skyddar mot felaktig splicing
-- Samverkar med 5'-cap för att stimulera translation
-- Stimulerar transport av mRNA in till cellkärnan
-
-Vilket protein behövs ofta för att initiera transkription av bakteriellt RNA-polymeras? Hur underlättar det initieringen? (2p)
-
-Vad är intron och exon? (2p)
-
-Hur kan en punktmutation i ett intron leda till human sjukdom? (2p) (Max 25 ord).
-
-Vid initiering av RNA polymeras II-beroende transkription ingår flera basala transkriptionsfaktorer.
-
-Vilka två av följande påståenden är korrekta?
-
-- TBP binder till TATA-boxen.
-- TFIIB fosforylerar den C-terminala domänen (CTD) på RNA polymeras II.
-- TFIIF är den första faktor som binder till promotorn.
-- TFIIH kan smälta dubbelsträngat DNA med sin helikas-aktivitet.
-
-A) Var återfinns alfa-amanitin i naturen?
-B) Vilket enzym inhiberar denna substans?
-
-Vilka två av följande alternativ beskriver funktioner för poly-A svansen i 3'-änden på eukaryot mRNA?
-
-- Stimulerar transport av mRNA in till cellkärnan.
-- Skyddar mot felaktig splicing.
-- Stimulerar translation.
-- Reglerar mRNA-molekylens halveringstid.
-
-Vid initiering av RNA polymeras II-beroende transkription ingår flera basala transkriptionsfaktorer.
-
-Vilka två av följande påståenden är korrekta?
-
-- TBP binder till TATA-boxen.
-- TFIIF är den första faktor som binder till promotorn.
-- TFIIB fosforylerar den C-terminala domänen (CTD) på RNA polymeras II.
-- TFIIH kan smälta dubbelsträngat DNA med sin helikas-aktivitet.
-
-Vilka två alternativ är korrekta vad gäller 5' cap hos eukaryot mRNA? (1p)
-- Stimulerar syntes av polyA-svansen.
-- Skyddar mot felaktig splicing.
-- Skyddar mRNA från nedbrytning.
-- Består av nukleotid bunden via en 5’
-
-Hur kan en mutation i ett icke-kodande intron ge upphov till sjukdom, t.ex. talassemi?(4p)
-
-Vilka två påståenden stämmer om splicing? (2p)
-
-- Vid alternativ splicing kan även exon tas bort.
-- Greningsstället är alltid ett G.
-- Spliceosomen består av både proteiner och RNA.
-- En lariatstruktur består alltid av två sammanlänkade exoner.
-
-Vid initiering av RNA polymeras II-beroende transkription samverkar flera basala transkriptionsfaktorer. Vilka två påståenden om denna process stämmer? (2p)
-
-- TFIIH kan smälta dubbelsträngat DNA med sin helikasaktivitet.
-- TFIIB fosforylerar den C-terminala domänen (CTD) på RNA polymeras II.
-- TBP ingår som en subenhet i det större TFIIF-komplexet.
-- TBP binder till TATA-boxen.
-
-Vilken är den biologiska betydelsen av den 5’-cap som återfinns på mRNA i eukaryota celler? (4p)
-
-Vilka två påståenden om RNA-splicing är korrekta? (2p)
-
-- Spliceosomen består av både RNA och proteiner.
-- Splicingprocessen sker i cellens cytoplasma.
-- Splicing sker endast i prokaryoter.
-- En lariatstruktur bildas.

content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/RNA syntes Slides.md

@@ -1,107 +0,0 @@
-# RNA-syntes och processning
-
-## Basala mekanisser vid transkription
-- Initiering  
-- Elongering  
-- Terminering  
-
-## Tre huvudsakliga RNA-polymeraser
-- RNA-pol I  
-- RNA-pol II  
-- RNA-pol III  
-- Specialiserade: snRNA-polymeras, mitokondriellt RNA-polymeras
-
-## Översikt – bakterier
-- Bakterier saknar cellkärna → transkription och translation sker samtidigt
-
-## Ribosomen
-- Ca 2/3 rRNA  
-- rRNA har central katalytisk roll  
-- Lilla subenheten: proteiner + 16S rRNA
-
-## α-Amanitin
-- Från lömsk flugsvamp (södra/mellersta Sverige)  
-- Hämmar RNA-pol II  
-- Latent fas 6–24 h → leverskada + njurskada  
-- Symptom senare: kräkningar, blodiga diarréer  
-- Dödsfall framförallt i södra Europa
-
-## Protein-kodande DNA
-- Endast liten del av genomet kodar för proteiner
-
-# RNA-pol II-promotorn
-
-## Promotorelement
-1. TATA-box (−25 till −30)
-2. Initiator-element (Inr) vid TSS  
-   - Konsensus: (C/T)(C/T)AN(A/T)(C/T)(C/T)
-3. Enhancers  
-   - Kan ligga >1000 bp bort
-
-# Basala transkriptionsfaktorer
-RNA-pol II behöver:
-- TFIIA  
-- TFIIB  
-- TFIID (innehåller TBP + TAFs)  
-- TFIIE  
-- TFIIF  
-- TFIIH (helikas + kinas)
-
-## TBP och TFIID
-- TBP binder TATA-box → böjer DNA ~90°  
-- TBP ingår i TFIID
-
-# Preinitieringskomplex (PIC)
-1. TFIID binder TATA + Inr  
-2. TFIIA binder  
-3. TFIIB binder  
-4. RNA-pol II + TFIIF ansluter  
-5. TFIIH och TFIIE ansluter  
-
-## TFIIH
-- Helikas → smälter promotor-DNA  
-- Kinas → fosforylerar CTD på RNA-pol II
-
-# CTD – C-terminala domänen
-- Repeatrad: Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser × 52  
-- Ofosforylerad → binder PIC  
-- Fosforylerad → startar transkription  
-- Defosforyleras efter terminering
-
-# RNA-processning
-
-## Exon och intron
-- Exon = del som behålls  
-- Intron = del som klipps bort  
-
-## 5’-Capping
-- Guanin kopplas via 5'–5'-trifosfatbindning  
-- Sker efter ~25 nt  
-- Skyddar mot degradering  
-- Krävs för effektiv translation
-
-## Poly(A)-svansen
-- 60–250 adenin  
-- Bestämmer mRNA-livslängd  
-- PABP stabiliserar och stimulerar translation  
-- Svansen förkortas → mRNA bryts ned  
-
-## Closed-loop-struktur
-- 5’-cap + Poly(A) + PABP  
-- Säkerställer att ribosomer arbetar på intakt mRNA
-
-# Splicing
-- Exon behålls, intron tas bort  
-- Kräver splice-sites  
-- Punktmutation kan skapa nytt splice-site → exempel: talassemi
-
-## Spliceosomen
-- snRNA + proteiner  
-- Utför splicing
-
-## Alternativ splicing
-- Samma gen → många proteiner  
-- Innerörats hårceller: >500 mRNA-varianter (Ca²⁺-aktiverad K⁺-kanal)  
-- En gen kan ge två hormoner via alternativa splice-mönster
-
-![[RNA syntes Slides.pdf.pdf]]

content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/RNA syntes Stoff.md

@@ -1,59 +0,0 @@
-```
-Det sitter 3 fosfatgrupper i 5'-änden
-En fosfodiesterbrygga är bindningen som kopplar ihop nukleotider i DNA och RNA. Den bildas när 3’-OH på en sockergrupp binder till 5’-fosfatet på nästa nukleotid.
-För varje nukleotid som sätts på kedjan krävs en ATP, en fosfatgrupp går in i fosfodiesterbryggan, 2 fosfatgrupper spjälkas bort som energi
-RNA kopieras av mallsträngen, den får information som är identisk med den kodande strängen.
-RNA-polymeras öppnar upp DNA-strängen så RNA kan replikeras
-RNA-polymeras öppnning är ~17 baspar lång, för att ge lagom plats för mallsträng, aktivt säte och växande RNA, utan att kosta mer energi än nödvändigt.
-NTP-kanalen är en smal, laddad tunnel som leder fria nukleotider rätt in till det aktiva sätet och ökar träffsäkerheten via elektrostatiska interaktioner.
-Ribosomen består av rRNA + ribosomala proteiner, men rRNA utgör den katalytiska kärnan.
-Pol II syntetiserar mRNA och därmed alla protein-kodande transkript.
-TATA-boxen består av en sekvens av AT-nukleotider med lägre smältpunkt (2 isf 3 vätebindingar)
-Promotor är den region av DNA som RNA polymeraset binder vid för att börja transkriptionen
-RNA-polymeras behöver hjälp att hitta startpunkten, och detta sker via promotorn, särskilt TATA-boxen och de basala transkriptionsfaktorerna
-De basala transkriptionsfaktorerna är: TFIID, TFIIA, TFIIB, TFIIE, TFIIF och TFIIH.
-TATA-boxen i promotorn ligger typiskt -25 till -30 baspar uppströms om transkriptionsstart
-De viktigaste transkriptionsfaktorerna är TFIID och TFIIH
-TFIID är transkriptionsfaktorn som startar transkriptionen
-TFIIH är transkriptionsfaktorn som startar elongeringen
-Elongering är fasen där RNA-polymeras rör sig längs DNA och förlänger RNA-kedjan genom att bygga in fler nukleotider.
-Första steget vid initiering av transkription tas när det TATA-bindande proteinet (TBP) binder in till promotorns TATA-box.
-TBP binder till minor groove och inducerar en kraftig böj i DNA -90°
-TBP ingår i ett större komplex, som kallas TFIID
-Preinitieringskomplexet börjar med TFIID binder till TATA box via TBP.
-TFIIA binder in till TFIID
-TFIIB, F, E, H binder in till TFIID
-TFIIH öppnar DNA med sin helikasaktivitet och fosforylerar CTD med sin kinasaktivitet, vilket startar elongeringen.
-CTD är den C-terminala domänen på RNA-pol II där fosfosvansen sitter och regleras genom fosforylering.
-CTD har många fosforyleringsställen där fosfatgrupper binder för att reglera polymerasets växling mellan initiering, elongering och RNA-processing
-De olika stegen när man modiferar eller ändrar RNA efter transkriptionen kallas RNA processing.
-Capping innebär att man sätter på en guaninmolekyl på 5'-änden upp och ner på, så det blir en 5' - 5' bindning.
-Capping skyddar mRNA från degradering i cytoplasman
-Capping har en stimulerande effekt i proteinsyntasen
-Capping sker väldigt snabbt, efter ungefär 25 nukleotider.
-När RNA avslutar transkriptionen dyker det upp en klyvningssignal AAUAAA
-Poly(A)-svansen sitter på 3'-änden
-Poly(A)-svansen är 60-250 nukleotider lång
-Poly(A)-svansen längd kontrollerar mRNAs halveringstid
-mRNA innehåller från 5': CAP, UTR, kodandesekvens, UTR, PolyA-svans
-Ribosomen verifierar att det finns en giltlig svans i en closed loop structure
-I splicing klipps introner bort så att extroner blir kvar
-Med alternativ splicing kan man skapa flera olika proteiner från samma mRNA
-Talassemi orsakas av att nytt splice site, som är felaktig genom en punktmutation.
-Introner har {{c1::väldigt specifika splice sites}} som markerar var de börjar och slutar.
-Ett intron tas bort från {{c1::5’ splice site}} till {{c2::3’ splice site}}.
-Alla introner har ett {{c1::branch point}} som alltid innehåller {{c2::adenin (A)}}.
-Branch point-adeninet används av spliceosomen som {{c1::angreppspunkt för första nukleofilen}} i splicingen.
-Korrekt splicing är viktigt eftersom {{c1::felaktigt kvarvarande introner kan orsaka sjukdom}}.
-Till skillnad från transkription, som sker på många olika sekvenser, kräver splicing **{{c1::exakta sekvenssignaler}}** för att fungera.
-Talassemi kan orsakas av att en punktmutation skapar ett nytt, felaktigt splice site.
-Felaktig splicing kan göra att en del av ett intron blir kvar i mRNA:t och förstör läsramen.
-Introner kan inte användas som kodande sekvens eftersom de ofta innehåller stopkodon.
-En mutation inne i intronet kan få spliceosomen att tro att det finns ett nytt splice site där.
-Delvis kvarhållet intron gör att proteinet blir förkortat eller icke-fungerande.
-RNA-pol I - 28S, 18S, 5.8S rRNA
-RNA-pol II - mRNA + miRNA + snRNA
-RNA-pol III - tRNA + 5S rRNA
-Alfa-amanitin är ett svampgift som specifikt hämmar RNA-pol II (och delvis III), vilket stoppar mRNA-syntes.
-En transkriptionsbubbla innehåller ~17 baspar öppnat DNA, en RNA-DNA-hybrid på ca 8-9 nukleotider och ett växande RNA som matas ut ur polymeraset.
-```