vault backup: 2025-12-08 19:58:36
All checks were successful
Deploy Quartz site to GitHub Pages / build (push) Successful in 1m47s
All checks were successful
Deploy Quartz site to GitHub Pages / build (push) Successful in 1m47s
This commit is contained in:
@@ -1,171 +0,0 @@
|
||||
---
|
||||
tags:
|
||||
- biokemi
|
||||
- anteckningar
|
||||
- initiering-och-terminering-eukaryot-dna-replikation
|
||||
föreläsare: Claes Gustavsson
|
||||
---
|
||||
|
||||
Brukar ställa frågor på de som finns i föreläsningar, titta på gamla frågor, inte ställa omöjliga frågor.
|
||||
|
||||
Bakgrund: Vi ska bli läkare, behöver veta vad som händer i humana celler
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121111405.png]]
|
||||
Generella bubblan gäller i våra celler
|
||||
CMG helikas:
|
||||
- Claes Mikael Gustavsson heter föreläsaren!
|
||||
- MCM för att sätta ihop
|
||||
- Gins
|
||||
- Cdc45
|
||||
|
||||
Heter delta och epsilon heter polymerasen de är lite olika
|
||||
sliding camps heter PCNA
|
||||
|
||||
-----
|
||||
|
||||
leading strand:
|
||||
- DNA pol epsilon
|
||||
- sliding clamp PCNA
|
||||
lagging strand:
|
||||
- DNA pol delta
|
||||
- sliding clamp PCNA
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
Löser problemet att RNA primer inte ska sitta löst
|
||||
|
||||
Primaset skiljer sig lite gran
|
||||
DNA-polymeras
|
||||
- RNA-primarna är c:a 5 olika
|
||||
- finns en risk att trilla av, de vill man inte i våra celler
|
||||
- vi vill vara säkra på att den verkligen används
|
||||
- alfa.primas
|
||||
![[Pasted image 20251121111829.png]]
|
||||
- DNA-polymeras alfa-primas
|
||||
- både primas och polymeras i samma
|
||||
- enzym som sitter ihop (namn?)
|
||||
|
||||
om man har en mallsträng kommer enzymet att verka först
|
||||
|
||||
de kan byta plats utan att släppa
|
||||
|
||||
behöver bara en liten extra snutt, kommer sitta mkt mer stabilt på DNA, utan att det finns risk att primern trillar bort.
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121111945.png]]
|
||||
|
||||
|
||||
Vad är de olika polymerasen?
|
||||
- alpha-primas
|
||||
- delta
|
||||
- epsilon
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121112158.png]]
|
||||
|
||||
Ser likadana ut i bakterier, det är en ring som sitter och håller fast DNA pol
|
||||
Man kan uttrycka antikroppar mot PCNA, kan kroppen utveckla av misstag.
|
||||
|
||||
----
|
||||
SLE/Lupus PCNA ANA
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121112518.png]]
|
||||
|
||||
Kan inte dela innan DNA-syntesen är färdig och heller inte sätta igång, specifikt.
|
||||
En gång per cellcykel. Då får vi felaktigt antal kopier.
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
Vi har upp till 30 000 origins i våra cell
|
||||
Alla går inte igång alltid
|
||||
Många måste gå igång för att kunna replikera tillräckligt fort
|
||||
50-300kbp
|
||||
Ska börja ungefär samtidigt.
|
||||
Alla behövs
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
Hur hittar man en origin?
|
||||
|
||||
Det finns ett komplex som binder hela tiden, Origin recognition complex - komplexet som hittar origin. Som består av 6 proteiner. Sitter fast hel cellcykeln. En slags markör.
|
||||
![[Pasted image 20251121113014.png]]
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
Hur påbörjas DNA replikation?
|
||||
|
||||
---
|
||||
![[Pasted image 20251121113046.png]]
|
||||
två rekryteringsfaktorer hjälper ORC att locka till sig DNA helikaset MCM.
|
||||
|
||||
laddningsfaktorer:
|
||||
- Cdc6 och cdt1 till ORC
|
||||
|
||||
|
||||
1. ORC complex sitter i hel cellcykeln
|
||||
2. CDC6 och CDT1
|
||||
3. Helikaset
|
||||
4. Sen laddar CDC6/CDT1/ORC upp MCM i G1-fasen
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121113406.png]]
|
||||
|
||||
Nu är det laddat, men inte aktivt.
|
||||
|
||||
Kräver höga nivår av cyklinberoende kinas (CDK) för att kunna bilda CMG-helikaset
|
||||
|
||||
Viktigt att det bara går att aktiva helikaset när det finns mycket CDK
|
||||
- som en pistol som är laddad, för att kunna få iväg kulan
|
||||
- CMG helikas smälts och replikationen kan man börja
|
||||
- Se till att man inte får en dubbel aktivering (HUR?)
|
||||
|
||||
Noggrant: skilj **laddning** från **aktivering**
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
Problem vid DNA-replikation
|
||||
Hur kan ändarna på linjärt DNA replikeras? Vi måste ju ha en RNA-primer?
|
||||
Detta är ett klassiskt problem.
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121114215.png]]
|
||||
- Behöver ha en RNA-primer i början, men när vi kommer ut i slutet
|
||||
- den sista vi behöver lagging strand för behöver vi en primer
|
||||
- de fixar inte primerasen
|
||||
- vi kommer förlora lite i 5'-änden, över tiden blir det kortare och kortare till slut försvinner det
|
||||
- hur säkerställs det att det gör att replikera hela vägen ut i ändan?
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
I ändarna på kromsomerna kallas telomerer
|
||||
|
||||
- De blir kortare och kortare till cellen dör
|
||||
- Vilket betyder att en cell kan bara delas ett visst antal gånger, sen dör cellerna
|
||||
- Men det gäller inte alla celler
|
||||
- gäller somatiska celler
|
||||
- gäller inte stamceller
|
||||
- gäller inte cancerceller
|
||||
- vad är det som gör att telomererna kan finnas kvar i stam och cancerceller, men det blir kortare och kortare i alla andra celler?
|
||||
![[Pasted image 20251121114507.png]]
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
I centrala dogman DNA→RNA→protein
|
||||
Men det finns möjlighet att gå RNA→DNA vilket är omvänt transkriptas
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121114559.png]]
|
||||
|
||||
Telomeras förlänger kromsomändarna.
|
||||
- Sker genom att lägga till en kort,
|
||||
- behöver en mall för att starta
|
||||
- har med sig en egen bit RNA som fungerar som mall
|
||||
- alla ändar ser likadana ut i slutändan (C A A U C C C A A U C)
|
||||
- lägger till skräp DNA så det är okej att förlora lite i ändarna
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -1,16 +0,0 @@
|
||||
---
|
||||
tags:
|
||||
- biokemi
|
||||
- initiering-och-terminering-eukaryot-dna-replikation
|
||||
- instuderingsuppgifter
|
||||
föreläsare: Claes Gustavsson
|
||||
---
|
||||
|
||||
#### Initiering och terminering av eukaryot DNA replikation.
|
||||
#### Vad är PCNA?
|
||||
#### Beskriv den roll ORC spelar vid initiering av eukaryot DNA-replikation. Vilken roll spelar Cdc6, Cdt1, och MCM-helikaset i denna process.
|
||||
#### När i cell-cykeln och hur aktiveras MCM-helikaset?
|
||||
#### Vilka DNA-polymeraser är verksamma vid den eukaryota replikationsgaffeln? Vilka aktiviteter har dessa?
|
||||
#### Beskriv den eukaryota replikationsgaffeln och de enzymer som finns där!
|
||||
#### Hur fungerar enzymet telomeras? Hur kan detta enzym se till att kromosomändar replikeras korrekt?
|
||||
|
||||
Binary file not shown.
@@ -1,14 +0,0 @@
|
||||
---
|
||||
tags:
|
||||
- biokemi
|
||||
- initiering-och-terminering-eukaryot-dna-replikation
|
||||
- lärandemål
|
||||
föreläsare: Claes Gustavsson
|
||||
---
|
||||
|
||||
- Replikatorsekvenser (ARS, ori).
|
||||
- Initieringsproteiner (ORC, CDC6, MCM).
|
||||
- Reglering av initiering kopplat till cellcykeln
|
||||
- Telomerer
|
||||
|
||||
Beskriva hur replikation startar i eukaryota celler
|
||||
@@ -1,7 +0,0 @@
|
||||
---
|
||||
tags:
|
||||
- biokemi
|
||||
- initiering-och-terminering-eukaryot-dna-replikation
|
||||
- provfrågor
|
||||
föreläsare: Claes Gustavsson
|
||||
---
|
||||
@@ -1 +0,0 @@
|
||||
Initiering och terminering av DNA-replikation i eukaryota celler Den eukaryota replikations-gaffeln DNA-helikaset: CMG helikaset -består av tre delar: MCM, Gins och Cdc45 Det enkelsträngsbindande proteinet: Replication protein A (RPA) Den eukaryota replikations-gaffeln DNA polymeraset på leading strand: DNA-polymeras epsilon • 3’ to 5’ exonukleas aktivitet (proof-reading) • Arbetar tillsammans med clamp (PCNA) DNA polymeraset på lagging strand: DNA-polymeras delta • 3’ to 5’ exonukleas (proof- reading) • Arbetar tillsammans med clamp (PCNA) Sliding clamp: PCNA Primaset finns inte med på bilden! I eukaryota celler är primaset ett kombi- enzym: DNA-polymeras alfa-primas • Startar DNA replikation på både leading och lagging strand, men lämnar sedan. • Har både primas aktivitet och DNA polymeras-aktivitet • Syntetiserar en kort RNA-primer och sedan 20 nt DNA. • Sedan ersätts DNA pol alfa-primas av antingen DNA pol epsilon eller DNA pol delta DNA-polymeras alfa-primas PCNA Sliding clamp – ökar processiviteten hos DNA-polymeras delta och epsilon, genom att förhindra att de lämnar DNA- templatet. Sitter som en ring runt DNA. Fjärlisexantem En autoimmun sjukdom med antikroppar mot antigener i cellkärnan (ANA – antinukleära antikroppar). Antikroppar mot PCNA är mycket vanligt vid SLE . Cellcykeln DNA-replikation sker endast i S-fas Allt DNA replikeras en gång i varje cell-cykel. DNA-replikation startar från origins of replication. • Humana genomet är 3 x 109 bp • 30 000 origins • Avstånd mellan origins är 50 – 300 kb Origin recognition complex • Binder till eukaryota origins of replication • Ett komplex som består av 6 proteiner som sitter bundna till origin under hela cellcyklen. Hur påbörjas DNA replikation? Två rekryterings faktorer hjälper ORC att locka till sig DNA helikaset MCM. • ORC är bundet till origin genom hela cellcykeln • Vid aktivering rekryteras först två laddningsfaktorer (Cdc6 och Cdt1) till ORC. • Cdc6, Cdt1 och ORC laddar sedan MCM-helikaset på DNA i en ATP-beroende process. • Laddning av MCM sker i G1 Reglering av initiering under cellcykeln (1). • CDK är proteinkinaser som reglerar cellcykelns progression. • I S-fas stiger mängden av cyklin- beroende kinas (CDK). • CDK stimulerar laddning av Cdc45 och GINS på MCM. De tre proteinerna bildar tillsammans. bildar det CMG-helikaset. Cdc45 och Gins laddas, MCM-helikastet aktiveras Reglering av initiering under cellcykeln (2). • CMG-helikaset smälter DNA vid origin of replication. • DNA polymeras alfa-primas laddas och kan starta bidirektionell replikation. • Viktigt att separera laddningen av MCM- helikaset från dess aktivering! På det viset säkerställs att DNA-replikation endast initieras en gång under cell- cykeln. Problem vid DNA-replikation Hur kan ändarna på linjärt DNA replikeras? Vi måste ju ha en RNA-primer? Detta är ett klassiskt problem. reverse Ändarna på kromosomer kallas telomerer! Dessa blir allt kortare med tiden i de flesta av vår kropps celler. När de försvinner dör cellen! Celler kan därför bara dela sig ett visst antal gånger! Gäller inte cancerceller och stamceller, som kan fortsätta dela på sig och deras telomerer förkortas inte! Hur går det till? Det finns s.k. ”omvänt transkriptas” – enzymer som kan syntetisera DNA med RNA som mall. Enzymet telomeras förlänger kromosomändar. Sker genom att lägga till en kort, repeterad sekvens på 6 nt. Enzymet Telomeras är ett omvänt transkriptas. Har med sig en egen RNA molekyl som den använder som mall för att syntetisera en kort DNA sträcka om och om igen. Aktivt telomeras finns t.ex. i stamceller och i cancerceller.
|
||||
Binary file not shown.
Reference in New Issue
Block a user