vault backup: 2025-12-08 19:58:36
All checks were successful
Deploy Quartz site to GitHub Pages / build (push) Successful in 1m47s
All checks were successful
Deploy Quartz site to GitHub Pages / build (push) Successful in 1m47s
This commit is contained in:
@@ -1,428 +0,0 @@
|
||||
---
|
||||
tags:
|
||||
- biokemi
|
||||
- dna-replikation
|
||||
- anteckningar
|
||||
föreläsare: Claes Gustavsson
|
||||
---
|
||||
|
||||
- En jämförelse mellan eukaryota och prokaryota genom
|
||||
- mycket är lika!
|
||||
- Grundläggande enzymatiska processer vid eukaryot DNA replikation (mycket lik prokaryot!)
|
||||
- dyker upp i läkemedel
|
||||
|
||||
Föreläsningen täcker bl.a.:
|
||||
- Leading och Lagging strand
|
||||
- Processivity och proofreading
|
||||
- Replikationsgaffel och replisome
|
||||
- Superhelicitet och topoisomeraser
|
||||
- Nukleaser och ligaser
|
||||
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121091934.png]]
|
||||
Bakterier har eget genom
|
||||
- **Cirkulärt**
|
||||
- vissa problem med linjär replikation av ändar
|
||||
- fördelar, bara gå runt
|
||||
- 500kbp till 11Mbp
|
||||
- **Plasmider**
|
||||
- samma typ av DNA, mindre och kan överföras mellan baktirer t.ex. antibiotikaresistens
|
||||
- Har ett genom
|
||||
|
||||
FRÅGA: varför har människor inte plasmider för att överföra fördelar?
|
||||
|
||||
|
||||
---
|
||||
Eukaryota
|
||||
![[Pasted image 20251121092321.png]]
|
||||
- 30-100 ggr så större än bakteriella
|
||||
- 3 Gbp
|
||||
- Egna problem att det är så stort och linjärt
|
||||
----
|
||||
|
||||
Bra att lära sig:
|
||||
- DNA replikeras
|
||||
- RNA transkription
|
||||
- Protein translation
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121092516.png]]
|
||||
|
||||
----
|
||||
Redan Watts insåg att det var semi-konservativt så fort de förstod hur det såg ut.
|
||||
Då blev allt väldigt uppenbart
|
||||
|
||||
Genom att titta så förstod man funktion, var komplimentära, samma information fanns i båda molekylerna
|
||||
![[Pasted image 20251121092705.png]]
|
||||
|
||||
Viktigt:
|
||||
- semi-konservativ som begrepp
|
||||
- föräldrasträngen är den blå (parental)
|
||||
- nybildadsträng är den röda (nascent)
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121092822.png]]
|
||||
|
||||
Krångligt att rita ut helixarna, blir linjärt för förenkling
|
||||
|
||||
Man börjar på många olika ställen
|
||||
- bildar replikationsbubblor
|
||||
- sen växer bubblorna åt båda hållen
|
||||
- så småningom når det varandra, då går de ihop och då får vi nya strängar
|
||||
|
||||
Bubblorna startar vid "origin of replication" och är **många**, som är väl definierade, väl reglerade
|
||||
Många sjukdomar beror på för mycket/lite dna, eller skapat dna,
|
||||
jättereglerat, en gång, det måste ske samtidigt över hela molekylen.
|
||||
|
||||
Varje bubbla har två replikationsgafflar
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121093320.png]]
|
||||
Bakteriell DNA behöver inte så många replikationsgafflar
|
||||
Har bara **ett** origin of replikation
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
Hur går det till att läsa av båda två strängarna i samma riktining?
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121093608.png]]
|
||||
|
||||
- föräldrasträngarna är antiparallela (övre)
|
||||
- undre är inga problem, mall och så bygger man en i taget
|
||||
- Mallsträngen går från 3' till 5' felaktig
|
||||
- behöver en nödläsning
|
||||
- gör korta snuttar
|
||||
- lägga en ny som går bakåt
|
||||
|
||||
Så
|
||||
- en kontinuerligt
|
||||
- en med små korta snuttar
|
||||
|
||||
|
||||
---
|
||||
![[Pasted image 20251121093757.png]]
|
||||
Man brukar prata om två olika
|
||||
- kontinuerligt: leading strand
|
||||
- små fragment: lagging strand
|
||||
- varje fragment heter okazaki fragment
|
||||
- döpt efter en japansk gästforskare på stanford
|
||||
- 100-200 nukleotider i eukaryoter
|
||||
- 1000-2000 i prokaryoter
|
||||
|
||||
FRÅGA: varför storleks skillnad mellan eukaryoter och prokaryoter?
|
||||
|
||||
---
|
||||
![[Pasted image 20251121094040.png]]
|
||||
Måste ske av ett helt enzymmaskineri
|
||||
För att lyckas så måste vi ha ett antal enzymer
|
||||
te.x ett som hjälper till att dela
|
||||
skillnad mot RNA:
|
||||
- bubblan öppnar bara upp en liten bit
|
||||
- kräver mycket mer kraft krävs (helikas)
|
||||
- polymeras för att sätta på
|
||||
- krävs en för både lagging och leading
|
||||
|
||||
---
|
||||
![[Pasted image 20251121094218.png]]
|
||||
Viktigaste enzymet!
|
||||
DNA-polymeras
|
||||
- hjälpa till och skapa en struktur
|
||||
- nya nukleotider som kan baspara
|
||||
- kallas DNA-syntes
|
||||
- DNA-polymeraset hjälper till att välja ut rätt nukleotid
|
||||
- kan hamna snett, när det inte sitter perfekt så bildas det inget nytt fosfodiesterbindning
|
||||
- när rätt nukleotid är på plats, nu verkar allt stämma då sker det en liten ändring i strukturen - click säger det och kopplar på i den nya kedjan
|
||||
- får energi av fosfatgrupperna som trillar av ATP
|
||||
- då öppnar sig DNA-polymeraset och rör sig en liten bit
|
||||
|
||||
FRÅGA: krävs det ett ATP per replikerad nukleotid?
|
||||
|
||||
----
|
||||
Magnesiumjoner hjälper DNA-polymeraset att sätta fast nya nukleotider
|
||||
SLIDE SAKNAS
|
||||
|
||||
interaktion med magnesiumjoner, hjälper till att lägga så allt ligger väldigt nära varandra
|
||||
det hjälper till att få en reaktion
|
||||
skapa en ny fosfodiesterbindnig
|
||||
|
||||
---
|
||||
![[Pasted image 20251121094606.png]]
|
||||
påminner om en högerhand som växer
|
||||
|
||||
---
|
||||
![[Pasted image 20251121094625.png]]
|
||||
kärnpunkten i vad DNA-polymeras behöver göra
|
||||
|
||||
När det inte funkar kan man få väldigt tråkiga sjukdomar, t.ex. sjukdom vid 13 och går bort vid 20. I mitokondrier, talar mer om det i T3
|
||||
|
||||
Cancer orsakas pga av mutation, då man inte kan mutera DNA på rätt sätt.
|
||||
|
||||
DNA-polymeraset måste vara
|
||||
- noggrant - kallas även **fidelitet**
|
||||
- annars mutationer och kanske sjukdomar
|
||||
- effektivt - kallas **processivitet**
|
||||
- måste fungera på väldigt långa sträcker, vara väldigt noggrant och en hög processivitet, långa sträcker utan att falla av
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121094943.png]]
|
||||
|
||||
Ibland blir det fel, kommer in en felaktig nukleotid
|
||||
|
||||
Det finns en möjlighet för DNA-polymeraset att fixa det, det har inte bara
|
||||
- att röra sig framåt
|
||||
- men har också möjligheten att backa
|
||||
- exonukleoasaktivtet (ta bort ifrån änden)
|
||||
|
||||
Förmågan att backa kallas proofreading
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
SLIDE endonukleaser/exonukleaser saknas
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
endonukleas
|
||||
- ta bort i mitten
|
||||
exonukleas kan delas upp i två grupper
|
||||
- ta bort i en ände
|
||||
- 5'
|
||||
- 3'
|
||||
---
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121095304.png]]
|
||||
|
||||
Måste vara processiva (effektiva!)
|
||||
Miljoner, miljarder baspar som måste replikeras
|
||||
Måste köra under en lång tid
|
||||
|
||||
Processivitet = förmågan att koppla på **många** nukleotider till den **växande** DNA-strängen, utan att polymeraset **lossnar** från mallsträngen.
|
||||
|
||||
sliding camp - klämma
|
||||
- sätter sig fast i änden
|
||||
- fungerar som ett ankar som håller kvar DNA
|
||||
- ökar effektivtet 50ggr för att DNA-polymeraset inte lossnar
|
||||
- utan: 10-20 nt/s
|
||||
- med: 500-1000nt/s
|
||||
|
||||
----
|
||||
**Problem vid DNA-replikation (2)**
|
||||
DNA-polymeraser kan inte starta DNA replikation _de novo_. De behöver en primer.
|
||||
|
||||
de novo = från ingenting
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121095710.png]]
|
||||
För att börja, behöver vi en liten startpunkt som är en RNA primer.
|
||||
|
||||
RNA-polymeras kan startas **de novo**
|
||||
DNA-polymeras behöver en RNA-primer
|
||||
|
||||
Finns ett specialiserat DNA-polymeras som bara gör väldigt korta strängar, behöver bara en liten snutt, som det vanliga DNA-polymeraset kan starta och köra igång
|
||||
- det kallas för DNA-primas
|
||||
|
||||
I våra celler sitter DNA-polymeras tillsammans med DNA-primas (kommer senare)
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121095938.png]]
|
||||
|
||||
leading strand: primers behövs bara en primer
|
||||
lagging strand: en primer per fragment
|
||||
FRÅGA: hur lång är en fragment
|
||||
FRÅGA: varför kan man inte bygga bakvänt?
|
||||
- har med fosfatbryggan, naturen har valt att göra det
|
||||
FRÅGA: plockas primern bort?
|
||||
- vi vill inte ha RNA i DNA
|
||||
- vi vill inte ha en lucka
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
Problem vid DNA-replikation (3)
|
||||
På lagging-strängen finns en RNA-primer i början av varje Okazaki-fragment!
|
||||
Vi vill inte ha sträckor av RNA i DNA-molekylen!
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
Energin kommer med den inkommande nukleotiden
|
||||
det bestämmer att reparation måste gå i rätt riktning
|
||||
trifosfater är lite instabila, de kan gå sönder, sitter de på DNA-kedjan kan det bli katastrof.
|
||||
|
||||
okazaki-fragement kan variera i längd, när de nått en viss längd så lossnar maskineriet
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121102046.png]]
|
||||
|
||||
VIll ta bort - fragement maturation
|
||||
- steg 1 RNA-primer
|
||||
- steg 2 brytpunkten, DNA-fragmenten måste sitta ihop ordentligt
|
||||
- försluter ryggraden så den blir hel
|
||||
- kallas ligering - klistrar ihop fragmenten
|
||||
- får inte finnas brott (nicks)
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121102319.png]]
|
||||
|
||||
#### Steg 1
|
||||
|
||||
Från vänster närmare sig det nya fragmentet
|
||||
DNA polymerases stannar inte, det krashar in i RNAt, när det händer så släpper det från DNA, de sitter inte längre hybridiserat. Bildar en lite flärp, flap. Som petar ut det här RNA, medan DNA finns kvar på strängen
|
||||
|
||||
Finns ett speciellt endonukleas som känner igen detta flappar, kallas Flap Endonukleass 1 eller FEN1 som kan komma in och klyva.
|
||||
Sen finns det bara en litet nick kvar, allt RNA är borta.
|
||||
Det är eukaryota celler när vi ta bort
|
||||
|
||||
---
|
||||
### Steg 2
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121102545.png]]
|
||||
Använder energi från ATP för att laga nicken, det är DNA-ligas som lagar.
|
||||
Själva nicken är avsaknaden av en fosfodiesterbrygga, alla nukleotider finns men en brygga saknas.
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121102658.png]]
|
||||
Använder ATP som en ko-faktor som kan klistras ihop.
|
||||
|
||||
---
|
||||
**Problem vid DNA-replikation (4)**
|
||||
|
||||
DNA är dubbelsträngat! Hur kan vi dela på strängarna så att DNA replikation kan ske?
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121102747.png]]
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
Helikas är en grupp av enzym:
|
||||
- en förmåga att dela DNA
|
||||
- finns olika beroende på process
|
||||
|
||||
I DNA-replikationen sitter helikaset längst fram, det är det som gör att gaffeln kan röra sig.
|
||||
- det binder till en av strängarna, fungerar som en kil
|
||||
- klättrar på en sträng, så pressar det isär DNA som finns framför
|
||||
-
|
||||
|
||||
----
|
||||
![[Pasted image 20251121102941.png]]
|
||||
- Består av 6 st identiska subenheter
|
||||
- Den bildar runt DNA
|
||||
- Har förmåga att klättra som en repklättrare
|
||||
- Hydroliserar ATP använder energi från det
|
||||
- den rör sig upp för det här och så växer gaffel, så går den längre och längre uppför
|
||||
- klättrar utmed
|
||||
- snurrar runt lite här
|
||||
- alla olika subenheter kan hydrolisera ATP, det blir som en rörelse uppåt
|
||||
|
||||
På leadning strand sitter DNA-pol en liten bit efter
|
||||
För lagging strand är det lite mer komplicerat, måste finns upp till 200 nt lång sträcka innan man syntesiserar, måste skydda DNA i den biten, känsligt för omgivningen, mycket som reagera, som går in och basparar med sig själv
|
||||
Måste stabilisera det enkelsträngade DNA så inte det sker
|
||||
|
||||
Kallar de för enkelsträngadeproteiner
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121103232.png]]
|
||||
|
||||
Allt det här stimulerar DNA-replikation, för att det ska kunna ske effekivt
|
||||
I de flesta celler kallar det single-cell-binding protein
|
||||
|
||||
Replication Protein A kallas det i våra celler RPA, spelar en viktig roll här.
|
||||
|
||||
---
|
||||
![[Pasted image 20251121103336.png]]
|
||||
Proteinerna fungerar tillsammans som ett maskineri, de viktig att alla är på plats tillsammans
|
||||
Ofta bildar de interaktioner mellan varandra
|
||||
Helikaset känner av att det finns ett single-stranding DNA binding, de stimulerar **varandra** så de vågar röra sig framåt, de blir mer effektivt.
|
||||
Om man återskapar det här i ett provrör, om man lägger till ett single-stranding DNA.
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
www.youtube.com/watch?=l9ArIJWYZ
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
**Problem vid DNA-replikation (5)**
|
||||
|
||||
När man tvingar isär dubbelhelixen så skapas topologiska problem.
|
||||
|
||||
Varför och hur löser cellen detta?
|
||||
|
||||
----
|
||||
När vi gör en DNA-replikation kan snörerna svängarna/helixarna, har ingenstans att ta vägen, de kommer bli massa spänningar i det här DNA. Tänk skosnöre som är tvinnat.
|
||||
Man kan inte förvänta sig att det ska lösa sig självt.
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121103747.png]]
|
||||
|
||||
Det blir massa spänningar och jobbigt, massa konstiga sekundärstrukturer.
|
||||
Som heter **supercoils**
|
||||
|
||||
Det blir mkt motstånd, måste bli av med spänningarna, behöver någonting framför för att slappna av DNA:t
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121103912.png]]
|
||||
|
||||
Går inte att snurra DNA-molekylerna, de blir fixerade och tar man bara helikaset.
|
||||
Ju mer man kör ju mer spänningar, konstiga strukturer, stannar replikationen.
|
||||
Får detta att slappna av.
|
||||
|
||||
---
|
||||
Linking DNA
|
||||
|
||||
|
||||
- Har ungefär 10.4 bp/varv. Fin avslappnad och optimerad DNA-helix.
|
||||
- 160bp lång, får plats med 25 varv
|
||||
![[Pasted image 20251121104100.png]]
|
||||
|
||||
Man kan slå ihop de, så blir de så fint här:
|
||||
![[Pasted image 20251121104106.png]]
|
||||
|
||||
Men vad händer om man introducerar 5 extra varv, då bygger vi upp spänningar i molekylen.
|
||||
Linking Number (Lk) är antal varv, det ska motsvara det optimera och helst vara 25 varv för 160 bp
|
||||
- vad händer om det är mer eller mindre
|
||||
- då förstör man DNA, det skapar topologisk stress
|
||||
|
||||
Stress = fler antal varv än DNA strängarna
|
||||
|
||||
----
|
||||
Topoismeraser är de som tar bort spänningarna i DNA.
|
||||
|
||||
Det är specilla enzymer.
|
||||
topo=läge
|
||||
iso=samma
|
||||
meris=del
|
||||
-as=enzym
|
||||
|
||||
Typ I:
|
||||
- tar bort supercoils, öka linking number är mer korrekt
|
||||
- kräver inte ATP
|
||||
Typ II:
|
||||
- Tar bort men kan också skapa, kräver ATP
|
||||
|
||||
---
|
||||
Typ 1
|
||||
|
||||
Klyver ena strängen och tar bort ett varv i taget
|
||||
- ändrar med en faktor av 1
|
||||
- använder energi i spänningen
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121104555.png]]
|
||||
|
||||
---
|
||||
![[Pasted image 20251121104707.png]]
|
||||
Typ II
|
||||
- den klyver båda strängarna och låta en sträng
|
||||
- låta en sträng komma igenom, den gör dubbelsträngat brott
|
||||
- två varv i taget
|
||||
- ändrar med en faktor av 2
|
||||
---
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121105233.png]]
|
||||
|
||||
Framför replikationsgaffeln sitter det topoisomeras II framför replikationsgaffeln och tar bort positiva supercoils
|
||||
|
||||
I bakterier kallas topoisomeras typ II ofta för Gyras. Gyras-hämmare är en viktig grupp av antibiotika! Tex. Ciprofloxacin för urinvägsinfektioner
|
||||
de är bredspektrumantibiotika eftersom det är mot många
|
||||
@@ -1,11 +0,0 @@
|
||||
#### Förklara följande begrepp: replikationsbubbla och replikationsgaffel.
|
||||
#### Var är ett origin of replication?
|
||||
#### Hur skiljer sig DNA-syntes åt på leading och lagging strand?
|
||||
#### Vilken funktion har 3’ till 5’-exonukleas-aktiviteten som återfinns hos många DNA-polymeraser?
|
||||
#### Vad är processivitet? Hur kan en sliding clamp stimulera processivitet?
|
||||
#### Vad är ett primas? När behövs ett sådant enzym?
|
||||
#### Hur går “Okazaki fragment maturation” till i våra celler?
|
||||
#### Vilka aktiviteter är förknippade med exonukleas och endonukleas?
|
||||
#### Hur fungerar helikas?
|
||||
#### Vilken roll spelar enkelsträngsbindande proteiner? Vad heter detta protein i våra celler?
|
||||
#### Varför bildas positiva supercoils? Vilka enzymer kan ta bort supercoils och hur?
|
||||
Binary file not shown.
@@ -1,8 +0,0 @@
|
||||
- Grundläggande enzymatiska processer vid DNA replikation
|
||||
- Replikationsgaffeln och repliosomen.
|
||||
- Enzymatiska aktiviteter inom molekylärbiologin: endonukleas, exonukleas, restriktionsendonukleaser, omvänt transkriptas, DNA ligas.
|
||||
- Processivitet och proofreading.
|
||||
- DNA-molekylens topologiska egenskaper: superhelicitet och topoisomeraser.
|
||||
|
||||
**Mål - Studenten ska kunna**
|
||||
Beskriva hur DNA replikeras i eukaryota celler. Funktionen hos enzymer som verkar på DNA.
|
||||
@@ -1,89 +0,0 @@
|
||||
§§§§Vilka två påståenden om eukaryot DNA-replikation är korrekta? (2p)
|
||||
|
||||
- ORC binder till replikationsorigin under hela cellcykeln.
|
||||
- DNA-syntes initieras i M-fas.
|
||||
- CMG-komplexet bildas genom bindning av MCM, GINS och Cdc45.
|
||||
- MCM-helikaset är aktivt under hela cellcykeln.
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
DNA-replikation är en noggrant reglerad process. I vilken fas av cellcykeln binder MCM-helikaset
|
||||
till replikationsorigin, och vilken funktion har detta komplex under replikationen? (4p)
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
A) Vilken roll spelar PCNA vid den eukaryota replikationsgaffeln?
|
||||
B) Hur ser denna faktor ut?
|
||||
(4p)
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
Vilka två påståenden om DNA-replikation stämmer? (2p)
|
||||
|
||||
- Okazaki-fragment bildas under syntes av ”leading strand”
|
||||
- Flap endonuclease 1 (FEN1) kan hjälpa till att ta bort en RNA-primer.
|
||||
- Topoisomeraser kan ta bort supercoils.
|
||||
- DNA replikation sker alltid i 3´ till 5´-riktning.
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
Initiering av eukaryot DNA-replikation är en noggrant reglerad process.
|
||||
A) I vilken fas av cellcykeln binder MCM-helikaset till replikationsorigin.
|
||||
B) I vilken fas av cellcykeln binder Cdc45 och GINS till MCM-helikaset?
|
||||
C) Vad heter det proteinkomplex som är bundet till replikationsorigin under hela cellcykeln?
|
||||
D) Vad gör CMG-helikaset när DNA-replikationen skall initieras?
|
||||
(4p) (Max 15 ord.)
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121081923.png]]
|
||||
På bilden syns en eukaryot replikationsgaffel.
|
||||
|
||||
A) Ange för positionerna a, b, c och d om de motsvarar en 5’ eller 3’-ände.
|
||||
Vid DNA replikation skapas de två strängarna på litet olika vis.
|
||||
B) Vad kallas strängen som markerats med e?
|
||||
C Vad kallas strängen som markerats med f?
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
På bilden syns en eukaryot replikationsgaffel. Fyra olika replikationsfaktorer är markerade på
|
||||
denna bild. Vad heter de olika faktorerna vid pil a, b, c och d? (4p)
|
||||
|
||||
![[Pasted image 20251121081958.png]]
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
a) Vilken roll spelar DNA-polymeras epsilon?
|
||||
b) Hur kan PCNA påverka aktiviteten hos DNA-polymeras epsilon?
|
||||
(4p)
|
||||
|
||||
----
|
||||
Enzymet flap endonuclease 1 (FEN1) är viktigt vid eukaryot DNA replikation. Vad gör detta enzym? (2p)
|
||||
|
||||
----
|
||||
A) Vilken roll spelar PCNA vid den eukaryota replikationsgaffeln?
|
||||
B) Vilken form har denna faktor?
|
||||
|
||||
----
|
||||
Vilka två av följande påståenden är korrekta?
|
||||
- Flap endonuklease 1 (FEN1) kan hjälpa till att ta bort en RNA-primer.
|
||||
- DNA replikation sker alltid i 5´ till 3´-riktning.
|
||||
- Okazaki-fragment bildas under syntes av ”leading strand”.
|
||||
- Topoisomeraser har en 5´ till 3´exonukleas-aktivitet.
|
||||
|
||||
----
|
||||
Bacterial DNA may end up in a bacteriophage due to (choose one or more)/Bakteriellt DNA kan hamna i en bakteriofag för att (välj ett eller flera alternativ): (1p)
|
||||
|
||||
**Välj ett eller flera alternativ:**
|
||||
|
||||
- Errors during the assembly of new bacterophages./Fel som sker när nya bakteriofager sätts samman.
|
||||
- The small and circular nature of bacterial DNA./Bakteriellt DNA är cirkulärt och litet.
|
||||
- Template switching during bacterophage DNA replication./Ändring av mall när bakteriofagens DNA replikeras.
|
||||
- Imprecise excision of the prophage./Inexakt utklippning av profagen.
|
||||
|
||||
----
|
||||
Vid eukaryot DNA replikation så spelar CMG-helikaset en viktig roll. Detta helikas består av tre delar: MCM, Gins och Cdc45. (Max 50 ord.)
|
||||
|
||||
a. I vilken fas av cellcykeln binder MCM till replikations-origin?
|
||||
b. I vilken fas av cellcykeln binder Gins och Cdc45 till MCM?
|
||||
c. Varför är det viktigt att separera laddningen av MCM helikaset från dess aktivering med hjälp av Gins och Cdc45?
|
||||
File diff suppressed because one or more lines are too long
Binary file not shown.
@@ -1,80 +0,0 @@
|
||||
```
|
||||
Replikationsbubbla bildas vid {{c1::origin of replication}} där DNA öppnas och syntes sker i två riktningar.
|
||||
Replikationsgaffel är punkten där {{c1::helikas separerar DNA}} och polymeras arbetar.
|
||||
Origin of replication är {{c1::en specifik DNA-sekvens där replikation startar}}.
|
||||
Leading strand syntetiseras {{c1::kontinuerligt}} i 5’→3’-riktning.
|
||||
Lagging strand syntetiseras {{c1::diskontinuerligt}} som Okazaki-fragment.
|
||||
Okazaki-fragment är {{c1::100-200 nt långa bitar i eukaryoter}}.
|
||||
3’→5’-exonukleas hos DNA-polymeras ger {{c1::proofreading}}.
|
||||
Proofreading tar bort {{c1::felaktig nukleotid}} innan kedjan fortsätter.
|
||||
Processivitet är {{c1::polymerasets förmåga att fortsätta syntes utan att lossna}}.
|
||||
Sliding clamp (PCNA) ökar processivitet genom {{c1::att hålla polymeraset fast på DNA}}.
|
||||
Primas är {{c1::ett enzym som gör RNA-primers}}.
|
||||
RNA-primers behövs för {{c1::att DNA-polymeras inte kan starta de novo}}.
|
||||
Okazaki fragment maturation sker via {{c1::FEN1 som klyver flap + DNA-ligas som försluter nicken}}.
|
||||
FEN1 är {{c1::ett endonukleas som tar bort RNA-primer-flaps}}.
|
||||
Exonukleas tar bort nukleotider {{c1::från ändarna}}.
|
||||
Endonukleas klyver DNA {{c1::mitt i strängen}}.
|
||||
Helikas separerar DNA genom {{c1::ATP-driven upplindning av dubbelhelixen}}.
|
||||
RPA (Replication Protein A) binder {{c1::enkelsträngat DNA och stabiliserar det}}.
|
||||
Positiva supercoils bildas {{c1::framför helikas när DNA tvingas öppnas}}.
|
||||
Topoisomeras I tar bort supercoils genom {{c1::enkelsträngsbrott utan ATP}}.
|
||||
Topoisomeras II tar bort supercoils genom {{c1::dubbelsträngsbrott med ATP}}.
|
||||
CMG-komplexet består av {{c1::Cdc45, MCM och GINS}}.
|
||||
ORC är proteinkomplexet som {{c1::binder origin hela cellcykeln}}.
|
||||
MCM laddas på DNA i {{c1::G1-fasen}}.
|
||||
Cdc45 och GINS binder till MCM i {{c1::S-fasen}}.
|
||||
CMG-helikaset aktiveras i S-fasen och {{c1::öppnar DNA vid replikationsstart}}.
|
||||
PCNA:s roll är {{c1::sliding clamp som ökar polymerasets processivitet}}.
|
||||
PCNA har formen av {{c1::en trimerisk ring}} runt DNA.
|
||||
DNA-polymeras ε syntetiserar {{c1::leading strand}}.
|
||||
DNA-polymeras δ syntetiserar {{c1::lagging strand}}.
|
||||
Primers på lagging strand tas bort av {{c1::FEN1 och RNase H}}.
|
||||
DNA-ligas försluter {{c1::nicks mellan Okazaki-fragment}}.
|
||||
Topoisomeraser förhindrar {{c1::stopp i replikationen pga topologisk stress}}.
|
||||
Supercoils uppstår eftersom {{c1::dubbelhelixen inte kan rotera fritt}}.
|
||||
Bakteriofager får bakteriellt DNA genom {{c1::fel vid packning}} eller {{c2::imprecise excision av profag}}.
|
||||
Eukaryot DNA-replikation sker alltid i {{c1::5’→3’-riktning}}.
|
||||
Okazaki-fragment bildas endast på {{c1::lagging strand}}.
|
||||
```
|
||||
|
||||
Round two
|
||||
|
||||
```
|
||||
Replikationsbubbla bildas när {{c1::helikas öppnar DNA vid origin of replication}}.
|
||||
Replikationsgaffel är {{c1::punkten där DNA separeras och syntes sker i två riktningar}}.
|
||||
Origin of replication är {{c1::en specifik DNA-sekvens där replikation initieras}}.
|
||||
Eukaryoter har {{c1::många origins}}, bakterier {{c2::ett origin}}.
|
||||
Leading strand syntetiseras {{c1::kontinuerligt}} i 5’→3’.
|
||||
Lagging strand syntetiseras {{c1::diskontinuerligt som Okazaki-fragment}}.
|
||||
Okazaki-fragment i eukaryoter är {{c1::100-200 nt}} långa.
|
||||
DNA-polymeras kan bara syntetisera {{c1::5’→3’}}.
|
||||
3’→5’-exonukleas ger {{c1::proofreading och korrigering av fel}}.
|
||||
Processivitet är {{c1::polymerasets förmåga att fortsätta syntes utan att lossna}}.
|
||||
PCNA ökar processiviteten genom {{c1::att fungera som sliding clamp}}.
|
||||
PCNA har formen av {{c1::en ringformad trimer runt DNA}}.
|
||||
Primas syntetiserar {{c1::RNA-primers}} som startpunkter för DNA-syntes.
|
||||
DNA-polymeras α/primase gör {{c1::hybridprimer (RNA+DNA) för lagging och leading strand}}.
|
||||
RNA-primers tas bort av {{c1::RNase H}} och {{c2::FEN1}}.
|
||||
FEN1 klyver {{c1::RNA-DNA-flaps vid Okazaki-mognad}}.
|
||||
Okazaki fragment maturation avslutas av {{c1::DNA-ligas som försluter nicks med ATP}}.
|
||||
Exonukleas klyver {{c1::från ände}}; endonukleas klyver {{c2::inuti DNA-strängen}}.
|
||||
Helikas öppnar DNA genom {{c1::ATP-driven upplindning}}.
|
||||
Eukaryot enkelsträngsbindande protein heter {{c1::RPA (Replication Protein A)}}.
|
||||
RPA skyddar {{c1::ssDNA}} från degradering och sekundärstruktur.
|
||||
Positiva supercoils bildas {{c1::framför helikas då DNA inte kan rotera fritt}}.
|
||||
Topoisomeras I gör {{c1::enkelsträngsbrott utan ATP}}.
|
||||
Topoisomeras II gör {{c1::dubbelsträngsbrott med ATP}} och tar bort supercoils.
|
||||
Bakteriellt topoisomeras II kallas {{c1::DNA-gyras}}.
|
||||
Gyras hämmas av {{c1::fluorokinoloner (t.ex. ciprofloxacin)}}.
|
||||
ORC (Origin Recognition Complex) är bundet {{c1::till origins hela cellcykeln}}.
|
||||
MCM laddas på DNA under {{c1::G1-fasen}}.
|
||||
Cdc45 och GINS binder MCM i {{c1::S-fasen}}.
|
||||
CMG-komplexet består av {{c1::Cdc45}}, {{c2::MCM}}, {{c3::GINS}}.
|
||||
CMG-helikasets funktion är {{c1::att smälta DNA och öppna gaffeln vid replikationsstart}}.
|
||||
DNA-polymeras ε syntetiserar {{c1::leading strand}}.
|
||||
DNA-polymeras δ syntetiserar {{c1::lagging strand}}.
|
||||
Replisomen är {{c1::hela proteinmaskineriet vid replikationsgaffeln}}.
|
||||
DNA-replikation är {{c1::semi-konservativ}}.
|
||||
Bakteriofager kan få bakteriellt DNA genom {{c1::packningsfel}} eller {{c2::imprecise excision av profag}}.
|
||||
```
|
||||
Reference in New Issue
Block a user