Daily update

content/Biokemi/Kemiska bindingar/Föreläsning.md

@@ -0,0 +1,180 @@
+
+#### Organeller
+- kärnan
+	- informationslagrning
+	- replication
+	- transkription
+- Nukleol - ribosomsammansättning
+- ER
+	- släta: lipidsyntes
+	- sträva: ribosomer och translation
+- Golgi
+	- glykosylering
+	- sekretion
+- Mitokondriet - primära metabola organell
+	- metabolism
+	- mest nerbrytning, mål är ATP-produktionen
+- Peroxysomer
+	- lite metabolism
+- Lysosomer
+	- nedbrytning
+- Plasmamembranet
+	- skydd
+	- signalering
+	- igenkänning
+	- upptag
+- centriol
+	- utgångspunkt för mikrotuber
+	- cellcykel
+- cytoplasman
+	- allt som är organller
+	- signalering
+	- metabolism
+	- energilagring
+- ribosomer
+	- translation
+
+Gå igenom nästan alla dessa processer under kursen!
+
+#### Cellens energibehov
+- uppbyggnad av makromolekyler (RNA, DNA, proteiner)
+- gradienter - aktiv transport, signalering
+- rörelse - muskelkontraktion, migration
+- värme - hålla temperaturen
+- för att hålla ordning behövs mer oordning på annat håll
+	- oordning -> jämnvikt -> död
+	- funktion kräver ordning
+
+
+#### Livets molekyler
+Nukleinsyror
+- information och dess överföring
+- DNA -> RNA
+- 5 nukleotider
+- translation
+Protein
+- struktur
+- signalering
+- enzymer
+- transport
+- igenkänning (receptorer)
+- immunförsvar
+- 20 aa
+Kolhydrater
+- glykosylering
+- energilagring (glykogen)
+- ett tiotal
+Lipider
+- membran
+- energilagring
+- tusental (variationer av huvud)
+Främst COHN
+- ofullständiga yttre eletronskal
+- vill dela é -> kemisk bindning
+
+#### Kovalenta bindingar
+Delning av elektronpar
+
+- enkelbindning, $C-C$ fri rotation, 85kcal/mol, ~1.54Å
+- dubbelbindning $C=C$ plan struktur, rotation ej möjlig, 150kcal/mol,  ~1.34Å
+
+#### Resonansstabilisering
+Fördelning av é över flera atomer
+![[Pasted image 20251105144005.png]]
+
+Plan binding ~1.4Å
+släta lipidsynetes
+sträva translation
+
+#### Jonbindning
+F = den elektrostatiska kraften mellan jonerna
+$F = k \frac{q_1 q_2}{\varepsilon r^2}$
+där
+- k = Coulombs konstant (≈ 8,99 × 10⁹ N·m²/C²)
+- $q_1$, $q_2$ = jonerna laddningar
+- r = avståndet mellan jonerna
+- $\varepsilon$ = materialets **dielektricitetskonstant** (relativa permitivitet)
+	- ju mer joner, ju mer polär, vatten har högst
+	- vatten används som lösningsmedel i våra celler
+		- $D_{H_2O} = 80$ högst
+		- svaga jonbindingar, för vatten ska orientera sig runt jonerna
+		- 1-5kcal/mol
+	- hexan
+		- $D_{H_2O}$ = 2
+		- jonbildningarna i hexan blir 40ggr starkare än i vatten
+	- ankikort hur man 
+1.4 kcal/mol för envärda joner
+#### Vatten
+Syre har högre elektronegativ än väte
+δ-/δ+
+Elektronegativitet, dragningskraft för elektroner
+- F - ovanligt
+- O - om det är med vinner det
+- N
+- Cl - ovanligt
+- Br
+- I
+- S
+- C
+- H - väte kommer alltid förlora i en binding/molekyl
+
+Fonclbrisch
+
+Hydratiseringsskal runt. Vatten bildar ett nätverk mellan δ-/δ+
+![[Pasted image 20251105150519.png|200]]
+
+#### Vätebindning
+Bildas mellan dipoler
+- Donator: grupp där vätet är δ+
+- Acceptor: δ- och ha ett fritt elektronpar
+I celler oftas $N$ & $O$ som donator/acceptor
+Ju rakare, desto starkare, 
+
+#### van der waals-bindingar
+é runt atomer flukturerar -> tillfällig dipol
+bara när två molekyler är riktigt nära varandra ~3.6Å optimalt
+om närmare repulsion
+1-5 kcal/mol per atompar & mol
+#### hydrofob effekt
+
+- hydrofob: lipider, opolära
+- hydrofil: kolhydrater, aa, polära
+
+$H-C-OH$
+
+hydrofoba molekyler aggregerar (klumpar ihop sig) i vatten
+vatten bildar burar runt hydrofoba föreningar
+aggregering - förre H2O i burar
+
+#### DNA dubbelsträngbildning av DNA
+I vatten(celler) bildar komplementära DNA-strängar 
+en dubbelhelix. 
+komplementära: A=T C≡G - vätebindingar
+Observation: det kan ju binda sig i vatten, så vi får ingen nettovinst genom att para ihop dom.
+I vatten vätebindingar mellan baser gör att den rätta parningen kräver minst energi
+Varken nettovinst eller förlust av vätebindningar vid korrekt basparning → den blir rätt
+Drivkraft: separation av laddningar (Pi) kommer hamn så lång ifrån varandra som möjligt, dessutom har vi vatten som avskärmar dom i celler har vi också joner som hjäper till Mg2+ Na2+
+baser plana, staplas i mitten av strängen, kommer på ett av stång av 3.4Å
+- då får vi van der waals interaktion mellan baserna
+- delar av baserna är hydrofoba, när de är med i vätebindingarna interaktioner med andra, göms från $H_2O$, vända innåt
+I oparat DNA bildas vätebindingarna mellan baserna och $H_2O$
+
+#### pH
+![[Pasted image 20251105153332.png|200]]
+Det finns ingen vätebindingsförmåga kvar vid pH 11 och de släpper ifrån sin väteproton och blir en negativ jon. Utan vätejon
+
+$(svag syra) \ce{HA <=> H^+A^-} (svag bas)$
+
+Jämnviktskonstant, förklarar via
+[Henders-Hasserbalch ekvation](https://en.wikipedia.org/wiki/Henderson%E2%80%93Hasselbalch_equation)
+$K_\mathrm{a} = \frac{[\ce{H+}][\ce{A-}]}{[\ce{HA}]}$
+$\mathrm{p}K_\mathrm{a} = -\log K_\mathrm{a}$
+$\mathrm{pH} = -\log [\ce{H+}]$
+$\mathrm{pH} = \mathrm{p}K_\mathrm{a} + \log\frac{[\ce{A-}]}{[\ce{HA}]}$
+Vad händer när det finns lika mycket bas som syra i det här systemet?
+När [A-] = [Ha-] - log(1) = 0
+
+Vid $pK_a$ buffrande förmåga $\pm 1\ce{pH enhet}$
+Det finns antingen en bas eller syra som kan ta upp/lämna en proton. En rad molekyler som gör att det krävs mycket för att göra en pH förändring
+
+nukleotider bildar spontana xxx bindingar, fosfat grupper separas så mkt som de negativa bindningar,